GenBanK para comparação de Genomas e Visualização de Cladograma de Distância Genética

GenBank® é o banco de dados de seqüência genética de uma coleção de todas as sequências

de DNA publicamente disponíveis. GenBank faz parte da International Nucleotide Sequence Database
Collaboration, que compreende o banco de dados de DNA do Japão (DDBJ), o European Nucleotide
Archive (ENA) e GenBank no NCBI (National Center for Biotechnology Information). Essas três
organizações trocam dados diariamente.
O banco de dados GenBank foi projetado para fornecer e encorajar o acesso dentro da
comunidade científica às informações de sequência de DNA mais atualizadas e abrangentes. Portanto, o
NCBI não impõe restrições quanto ao uso ou distribuição dos dados do GenBank. No entanto, alguns
autores podem reivindicar patentes, direitos autorais ou outros direitos de propriedade intelectual em toda
ou parte dos dados que enviaram. A NCBI não está em condições de avaliar a validade de tais
reivindicações e, portanto, não pode fornecer comentários ou permissão irrestrita sobre o uso, a cópia ou a
distribuição das informações contidas no GenBank.
Pesquise e alinhe as sequências do GenBank com uma sequência de consulta usando o BLAST
(Ferramenta de Pesquisa de Alinhamento Local Básico). Pesquise, mapeie e faça download de
sequências usando as utilidades de e-utilitários NCBI, monte árvores filogenéticas e etc...

ROTEIRO:
1. Abra o site https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/
2. No prompt de pesquisa, selecione a opção “nucleotide” e pesquise pelo nome científico de uma espécie
vegetal qualquer
3. Dentre os resultados, escolha uma sequencia de nucleotídeos (clique no resultado)
Obs: Note que à frente do nome científico em cada resultado aparecerá o nome do gene sequenciado e logo abaixo
quantos pares de base (bp) esse gene possui. Dê preferência a genes com maior número de bp.
4. Clique em Run Blast, na aba/menu à direita
5. Na parte inferior, selecione a caixa “Show results in a new window” e clique em BLAST (aguarde)
6. Os resultados serão abertos em uma nova aba do navegador depois de alguns segundos ou minutos.
7. Passando o mouse sobre as linhas vermelhas, aparecerá o nome das espécies e também da região do
genoma que apresentaram melhor alinhamento com o genoma pesquisado.
8. Na lista de sequencias com alinhamentos significativos (Sequences producing significant alignments),
escolha 10 espécies variadas, marcando-se as caixinhas do lado esquerdo de cada resultado.
9. No cabeçalho dessa mesma lista, clique em Distance tree of results (Árvore de distância de resultados)
10. Outra janela será aberta e mostrará o cladograma comparando a sequência do genoma pesquisado
inicialmente com os demais resultados selecionados.
11. Clicando com o botão direito sobre o cladograma, pode-se escolher diferentes layouts de cladogramas,
dentre eles o “Slanted Cladogram”.
12. No plugin do cladograma, clique em “Tools”, escolha a aba “Download” e “PDF file”. O cladograma
será salvo em formato PDF.
13. Faça uma análise descritiva do Cladograma, de acordo com as relações de “parentesco” entre as
espécies selecionadas para a construção do cladograma.

OBS: Este tipo de análise não pode ser encarado como definitivo, visto que estamos comparando
apenas uma sequencia limitada de nucleotídeos dentro do genoma inteiro da espécie.