As células

A unidade básica de todos os organismos vivos é a célula.

Estas estruturas são altamente complexas e diversas, contendo as características
morfológicas e fisiológicas dos organismos vivos.
As propriedades de um determinado organismo dependem das suas células
individuais, cuja continuidade ocorre por meio de seu material genético.
As formas mais simples de vida ocorrem sob a forma de células isoladas, que se
propagam por divisão celular.
Já os organismos superiores, (e.g., a espécie humana), são constituídos de agregados
celulares que se especializaram no desempenho de funções específicas.

Procariotas: unicelulares, (+) simples na sua organização, embora possam ocorrer

associados em grupos, formando colónias com alguma diferenciação de funções.
Incluem Bactérias e Arquea (ou arqueobactérias, bactérias adaptadas a ambientes
extremos, e.g., lagos salinos, fontes termais e pântanos).
Eucariotas: muito mais complexos. Incluem, para além das plantas multicelulares,
animais e fungos, também protozoários e alguns organismos unicelulares, como
leveduras e algas verdes.
Constituintes moleculares das células
Apesar das diferenças organizacionais fundamentais existentes entre organismos, as células
são muito similares quanto à estrutura e aos constituintes moleculares.

Ao analisar os constituintes moleculares, é importante considerar não apenas as propriedades

individuais das moléculas, mas também como interagem entre si e a sua localização dentro da
célula.

Num organismo multicelular estes fatores moleculares (propriedades, interação e localização)

são muito mais complexos. Isto é facilmente compreensível se tivermos em consideração os
eventos que têm de necessária e coordenadamente ocorrer a fim de produzir a diferenciação e
o desenvolvimento desse organismo.

Os constituintes moleculares são responsáveis pelas interações bioquímicas entre milhares de

moléculas que permitem a vida celular.

Essas reacções químicas acontecem em meio aquoso, por isso, a água, com poucas excepções
(célula óssea), é o componente encontrado em maior quantidade na célula, sendo
indispensável para a actividade metabólica.

A água, devido a sua natureza polar, serve como solvente natural para iões, minerais e outras
substâncias e, também, como meio de dispersão para a estrutura coloidal do citoplasma.

Iões como o Cl-, Na+ e K+, são importantes na manutenção da pressão osmótica e do
equilíbrio ácido-base da célula, outros (e.g., magnésio), são necessários como cofactores
enzimáticos, e outros ainda tais como o fosfato inorgânico, formam a adenosina trifosfato
(ATP), principal fonte de energia química dos processos vitais e os iões cálcio desempenham
um papel de regulação.

Além da água e dos restantes elementos químicos, a célula é constituída por pequenas
moléculas e macromoléculas.

As pequenas moléculas, como os aminoácidos, nucleótidos, lípidos e açúcares constituem os

substratos e os produtos de vias metabólicas, fornecendo energia para a célula. Podem
também ser as unidades básicas que constituem as macromoléculas. Nessa estrutura de
polímero biológico, estas moléculas são chamadas monómeros.

São basicamente três os tipos de polímeros: ácidos nucleicos – formados pelos nucleotídeos
(monómero); proteínas – constituídas pelos aminoácidos; e carboidratos (ou polissacarídeos)–
cujos monómeros são os monossacarídeos.

As células possuem também uma grande quantidade de lípidos que não são polímeros, sendo
maioritariamente pequenas moléculas.
Carboidratos
Os carboidratos incluem 3 grupos: açúcares, fibras e amidos. Apresentam uma grande
variedade de funções celulares. Constituem a principal fonte de energia celular, são
constituintes estruturais importantes da parede celular, atuam como sinais de reconhecimento
específico fornecendo informação entre células. São também substâncias intercelulares com
função estrutural.

Lípidos
Os lípidos mais simples são os ácidos gordos, que também constituem os lípidos mais
complexos. São classificados em saturados, insaturados ou polinsaturados, dependendo das
ligações entre os átomos de carbono. Nos saturados, a cadeia contém apenas ligações simples,
nos insaturados existem ligações duplas, e aqueles com mais do que uma ligação dupla são
polinsaturados.

Os lípidos actuam como reservas de energia (triacilgliceróis), constituintes da membrana

celular (fosfoacilgliceróis, esteróides), agentes de sinalização (esteróides),entre outras funções.

Aminoácidos e proteínas

As proteínas resultam da expressão da informação contida

num gene específico. Por isso, é esse gene que determinará a sequência de
aminoácidos de uma proteína específica. Assim, todas as proteínas possuem uma
ordem definida de resíduos de aminoácidos, o que, por sua vez, estabelece sua
estrutura tridimensional activa, denominada conformação nativa.
As proteínas são classificadas em duas classes principais: fibrosas e globulares.
As proteínas fibrosas, na sua maioria, desenvolvem um papel estrutural nas células e
nos tecidos animais. e.g., colagénio (componente dos ossos e do tecido conjuntivo);
queratina (constituinte principal das unhas e cabelo).
As proteínas globulares são assim chamadas por possuírem uma estrutura enovelada
e compactada, com formato globular. Todas possuem uma estrutura única, com
enovelamento específico e de acordo com a função particular a ser executada. São
abundantes e essenciais, podendo ser encontradas em quaisquer organismos. e.g.,
enzimas (catalisadores biológicos que aceleram as reacções químicas). Com a exceção
de alguns RNAs (ribozimas - possuem atividade catalítica), todas as enzimas são
proteínas.
Existem também proteínas conjugadas (i.e., nucleoproteínas, lipoproteínas e
cromoproteínas), que, para realizarem sua atividade celular, necessitam estar ligadas a
outras moléculas não proteicas- grupos prostéticos.
As proteínas são cadeias longas de aminoácidos e constituem mais da metade do peso
seco de uma célula.
Elas também são polímeros que desempenham inúmeras funções biológicas, além de
determinarem a forma e a estrutura da célula.
As proteínas são, ainda, conhecidas como moléculas que realizam o trabalho celular.
Catalisam um extraordinário número de reações químicas, controlam a
permeabilidade das membranas, regulam a concentração de metabolitos, reconhecem
e ligam não covalentemente outras biomoléculas, proporcionam movimento e
controlam a função génica.
Todas estas funções são realizadas por proteínas constituídas por apenas 20
aminoácidos, unidos por ligações peptídicas (covalentes).
A combinação de dois aminoácidos forma um dipéptido. A de um número limitado um
oligopéptido. Um polipéptido é formado por um elevado número de aminoácidos (por
vezes um número superior a 1.000).

A estrutura primária refere-se à sequência de aminoácidos, ou seja, a ordem na qual os

aminoácidos estão ligados para formar uma cadeia peptídica. Nesta estrutura estão localizadas
as ligações peptídicas e as pontes S–S formadas entre os resíduos de cisteína. São as ligações
peptídicas que estabilizam este tipo de estrutura. Cada proteína possui a sua estrutura
primária específica, que determina a estrutura tridimensional.

A estrutura secundária refere-se aos diversos arranjos espaciais de aminoácidos próximos na

cadeia peptídica central, que provocam dobramentos. As organizações de estruturas
secundárias mais comuns são a α-hélice, a folha β-pregueada e as curvaturas. Um polipeptídeo
pode ser composto por um único tipo de estrutura secundária, (e.g., α-queratina, composta
apenas por α-hélices), ou pode possuir vários tipos de estruturas secundárias na mesma cadeia
(e.g., citocromo C).

A estrutura terciária refere-se à forma como a cadeia polipeptídica está enovelada, incluindo o
arranjo tridimensional de todos os átomos da molécula, inclusive os da cadeia lateral e do
grupo prostético. Este nível estrutural é estabelecido quando diferentes estruturas secundárias
se dispõem entre si. Nas proteínas globulares, as cadeias laterais dos aminoácidos mais
hidrofóbicos tendem agregar-se no interior da molécula, e os grupamentos hidrofílicos na
superfície da proteína. A estrutura tridimensional é formada por α-hélices, folhas β (e outras)
dobradas de forma compacta - domínios.

Proteínas com mais de um polipeptídeo, formando subunidades (proteínas multiméricas),

apresentam mais um nível estrutural, a estrutura quaternária. Esta estrutura refere-se à
disposição das subunidades (cujo número varia) proteicas que formam a molécula. Algumas
proteínas, chamadas alostéricas, possuem cooperação entre subunidades – a alteração em
uma delas pode resultar numa modificação noutra subunidade (e.g., hemoglobina, molécula
tetramérica. Depois que uma molécula de oxigénio se ligar a uma subunidade, a ligação das
demais moléculas é facilitada).

Ácidos Nucleicos
A história da descoberta do DNA é um excelente exemplo de como o conhecimento
científico progride.
De simples curiosidade química no século passado, o DNA passa a mais importante
molécula do planeta, uma vez que nela estão escritas as instruções para a vida de
praticamente todos os seres vivos.
A compreensão da sua estrutura molecular trouxe explicação para o fenómeno da vida
e provocou a maior revolução científica já ocorrida na história da humanidade.

Em 1880, Albrecht Kossel demonstrou que a nucleína continha bases nitrogenadas, o

que explicava ser rica em nitrogénio.
Em 1890 Richard Altmann (aluno de Miescher) obteve nucleína com alto grau de
pureza e pode confirmar sua natureza ácida, dando-lhe o nome de ácido nucleico.
Foi descoberto que a degradação do ácido nucleico (obtido a partir do timo de bezerro
e assim chamado ácido timonucleico), libertava dois tipos de bases púricas: adenina e
guanina, e dois tipos de bases pirimídicas: citosina e timina
Foi demonstrado também que um outro produto da degradação do ácido nucleico era
um hidrato de carbono com 5 carbonos (uma pentose) e que o fósforo estava
presente na forma de um derivado do ácido fosfórico
Em 1900, descobriu-se em Saccharomyces cerevisiae um outro tipo de ácido nucleico
que possuía a base nitrogenada uracilo em lugar de timina. Diferia também do ácido
timonucleico por apresentar o açúcar ribose em lugar de desoxirribose.
Assim foram denominados, em função do glícido constituinte, ácido ribonucleico
(RNA) e ácido desoxirribonucleico (DNA).
Em 1912, Phoebis Levene e Walter Jacobs concluíram que o componente básico dos
ácidos nucleicos era uma estrutura composta por uma base nitrogenada ligada a uma
pentose que, por sua vez, estava unida ao fosfato. Chamaram-lhe Nucleótido.
Uma molécula de ácido nucleico seria, portanto, um polímero constituído por uma
série de nucleótidos unidos entre si, ou seja, um polinucleótido.
Apesar do estudo continuado, os cientistas não faziam ideia da importância dos ácidos
nucleicos para os seres vivos.
Muito tempo passou entre a descoberta, a identificação e aceitação do DNA como
sendo o material hereditário.
Acreditava-se que as proteínas, por sua impressionante variabilidade de composição e
estrutura, eram a substância de eleição para conter a informação genética.

Experiências Clássicas
A identificação do material hereditário em bactérias
A primeira evidência experimental de que o DNA é o material hereditário foi obtida
em experiências realizados com bactérias, o pneumococo Streptococcus pneumoniae.
Os pneumococos podem apresentar-se sob a forma de bactérias encapsuladas, que
crescem em meio de cultura sólido, formando colónias convexas lisas, brilhantes, com
aspeto de creme e com bordos regulares, denominadas colónias S (do inglês smooth=
liso) -- a forma virulenta da bactéria, causadora de pneumonia em ratinhos, levando-
os à morte.
As bactérias encapsuladas podem dar origem a variantes mutantes sem cápsula, que
em meio sólido formam colónias achatadas, rugosas, opacas, friáveis e com bordos
irregulares, denominadas colónias R (do inglês rough= rugoso). Estas bactérias não são
virulentas, isto é, não causam pneumonia em ratinho.
A diferença entre os dois tipos de pneumococo é a cápsula de polissacarídeos
envolvendo as células S e sua ausência nas células do tipo R.
As bactérias tipo S possuem diferentes linhagens, diferindo na composição química
dos polissacarídeos da cápsula. Estas linhagens, ou subtipos, são denominadas S-I, S-II,
S-III etc. e podem ser identificadas por meio de testes serológicos (cada uma induz a
produção de anticorpos específicos quando injetadas em coelhos).

Assim, por exemplo, um coelho imunizado com a linhagem S-I produz anticorpos
capazes de reagir com bactérias do subtipo S-I, mas não com S-II ou S-III.
Este fato já era conhecido na segunda década do século XX.

Uma vez que os anticorpos que permitem a distinção imunológica dos pneumococos
são dirigidos contra os polissacarídeos da cápsula, as bactérias do tipo R não podem
ser distinguidas por este método. No entanto, bactérias R originadas por mutação de
bactérias, e.g., S-I, ao sofrerem mutação reversa, originam sempre bactérias com
cápsula do subtipo S-I e jamais qualquer um dos outros subtipos (o mesmo sendo
válido
para
estes).

Em 1928, o Fred Griffith observou que ratinhos injetados com uma mistura de
bactérias vivas do tipo R (não virulentas) e bactérias do tipo S (virulentas) mortas
pelo calor contraiam pneumonia.
No entanto, a injeção isolada de bactérias vivas do tipo R, ou a injeção isolada de
bactérias do tipo S mortas pelo calor não causavam a doença.
Adicionalmente, foram identificadas no primeiro caso bactérias do tipo S vivas no
corpo dos animais, sendo do mesmo subtipo que as S mortas e não do subtipo das R
vivas.
Por exemplo: se as bactérias
S mortas pelo calor fossem
do subtipo II, as bactérias S
que surgiam eram também
do subtipo S-II, mesmo que a bactéria R usada na experiência fosse originária de uma
linhagem de outro subtipo.

A experiência original de Griffith foi repetida com sucesso em vários laboratórios. No

entanto a sua elucidação só aconteceu em 1944 por Oswald Avery (1877-1955) e
colaboradores.
Estes descobriram que a transformação bacteriana podia ocorrer in vitro, em
que culturas de bactérias R misturadas com bactérias S mortas pelo calor, levavam ao
aparecimento de bactérias do tipo S, o mesmo acontecendo com extractos.
Tratamentos do extrato com amilase (enzima que degrada polissacarídeos),
com proteases (enzimas que degradam proteínas) ou com ribonucleases (enzimas que
degradam RNA) não afetavam o seu poder transformante. No entanto, quando foi
submetido a tratamento com DNAse (desoxirribonuclease), uma enzima que degrada
DNA, o extrato perdeu completamente seu poder de transformar bactérias R em S.
Isto levou à conclusão de que o poder transformante residia no DNA: se o
DNA tinha capacidade de transformar definitivamente características hereditárias das
bactérias, ele deveria ser o próprio material hereditário.
No entanto, outros grupos argumentavam que, mesmo após a purificação por
extração do princípio transformante, poderiam restar ainda quantidades mínimas de
proteínas e que estas sim seriam as
responsáveis pela transformação.
Preparações ativas de extratos
bacterianos com menos de 0,02% de
proteínas vieram provar que a atividade
transformante não poderia ser devida a
proteínas contaminantes da preparação
de DNA.

A identificação do material hereditário de fagos (ou bacteriófagos)

Em 1952, Alfred Hershey e Martha Chase corroboraram o DNA como sendo o material
hereditário.
Utilizaram o vírus bacteriófago T2, organismo extremamente simples constituído por
uma molécula de DNA envolvida por uma capa proteica e cujo ciclo de vida já era bem
conhecido.
Um único vírus pode infetar uma bactéria e lisá-la em aproximadamente 30 minutos,
liberando centenas de cópias do fago infetante.
A pergunta naquela época era qual dos dois componentes do fago, o DNA ou a
proteína da cápsula, constituiria o material hereditário.
Hershey e Chase basearam-se na propriedade das proteínas de não conterem o
elemento fósforo na sua composição e do DNA não conter o elemento enxofre.
Bactérias cultivadas em meio de cultura contendo o isótopo radioativo do fósforo 32P,
integram radioatividade em todas as moléculas que tiverem esse elemento na sua
composição.
Se essas bactérias forem infetadas por bacteriófagos, os fagos gerados terão DNA
radioativo, uma vez que o vírus utiliza matéria-prima da bactéria hospedeira para
produzir as suas cópias.
Da mesma forma, se as bactérias forem cultivadas em meio de cultura contendo o
isótopo radioativo do enxofre 35S, elas produzirão os aminoácidos cisteína e metionina
com o elemento radioativo e as suas proteínas, consequentemente, ficarão
radioativas, e se forem
infetadas pelo fago, as
proteínas virais serão
radioativas.

O modelo da dupla -helice

A descoberta de que o DNA era realmente o material hereditário fez com que atenção
do meio científico fosse voltada para a elucidação da estrutura dessa molécula: que
características permitiriam ao DNA ser o banco de memória da informação
hereditária?
Os grandes desenvolvimentos das técnicas biofísicas e bioquímicas no período da
Segunda Guerra Mundial permitiram que, em menos de dez anos, a estrutura
físicoquímica do DNA fosse elucidada.
Erwin Chargaff e colaboradores empregaram métodos de cromatografia para
quantificar nem amostras de DNA de diferentes espécies e de diferentes órgãos de
uma mesma espécie.

Isto
quer
dizer que, enquanto as proporções entre as bases variam de espécie para espécie, o
total de bases púricas (A+G) é igual ao total de bases pirimídicas (T+C), ou seja:

Simultaneamente, outros grupos estudaram a estrutura da molécula de DNA por meio

da difração de raios-X, uma metodologia rotineiramente utilizada na elucidação da
estrutura das proteínas.
Os resultados mais importantes foram obtidos por Maurice Wilkins e Rosalind Franklin.
Esses resultados indicaram que o DNA tem uma estrutura helicoidal.
Em 1953, James Watson e Francis Crick apresentaram um modelo molecular que
levava em conta o tamanho e configuração espacial dos nucleotídeos e ainda
respeitava os dados de Chargaff e dos cristalógrafos (Wilkins e Franklin).
Neste modelo a molécula de DNA é constituída por duas cadeias polinucleotídicas
dispostas em hélice ao redor de um eixo imaginário, girando para a direita (uma hélice
dupla).
As duas cadeias polinucleotídicas mantêm-se unidas por meio de pontes de
hidrogénio, que se estabelecem entre pares de bases específicos: adenina com timina
e citosina com guanina. sendo que as interacções electroestáticas entre bases na
mesma cadeia contribuem para a sua estabilização.
Assim, as duas cadeias que constituem um segmento de DNA são complementares
entre si, ou seja, onde em uma delas existir uma timina, na outra existirá uma adenina,
e onde existir uma guanina, na outra existirá uma citosina.
Além disso, o modelo prediz que as duas cadeias polinucleotídicas são antiparalelas, ou
seja, elas têm polaridades opostas:
Numa delas o esqueleto açúcar-fosfato está orientado no sentido 3’ → 5’, ou seja, do
carbono 3’ de um nucleotídeo na extremidade de uma cadeia ao carbono 5’ do
nucleotídeo adjacente, enquanto que na cadeia complementar a orientação é
inversa, do carbono 5’ ao 3’ (5’ → 3’).

Replicação

semiconservativa
Uma hipótese para a replicação da molécula de DNA foi proposta por Watson e Crick
em 1953, que postularam que durante a replicação do DNA cada uma das duas
cadeias polinucleotídicas componentes da molécula atuaria como molde para a
síntese de uma cadeia complementar.
Assim, uma molécula ao replicar-se produziria duas moléculas filhas, cada uma delas
composta por uma cadeia polinucleotídica antiga, originada da molécula mãe, e outra
nova, recém-sintetizada.
Como, segundo essa hipótese, metade da molécula é conservada a cada replicação, o
mecanismo foi chamado replicação semiconservativa.

Representação esquemática da hipótese da replicação semiconservativa do DNA. A

molécula original abrir-se-ia, por meio da quebra das pontes de hidrogênio entre as
bases, e cada cadeia actuaria como molde para a síntese da cadeia complementar

Evidência comprovativa da Replicação Semiconservativa

Separação do DNA em gradiente de concentração

Quando uma solução de cloreto de césio é submetida a ultracentrifugação, forma-se
um gradiente de densidade. O sal de césio fica distribuído em concentrações
gradativamente maiores do topo para o fundo do tubo, de modo que a solução é mais
densa no fundo e menos densa no topo.
Quando moléculas de uma substância são adicionadas à solução e a mistura é
submetida a ultracentrifugação, essas moléculas posicionam-se no gradiente numa
faixa correspondente à sua própria densidade.
Moléculas de DNA com proporções diferentes de 14N e 15N têm densidades
diferentes e podem ser separadas umas das outras por centrifugação num gradiente
de cloreto de césio.
Visualização da replicação de cromossomas bacterianos

No início da década de 1960, John Cairns conseguiu pela primeira vez observar DNA
bacteriano em duplicação e confirmar a circularidade do cromossoma anteriormente
sugerida por meio de experiências genéticas.
Cairns usou timina radioativa para marcar as moléculas de DNA bacteriano. Adicionou
o nucleótido ao meio de cultura Escherichia coli antecipando que esta seria absorvida
pelas células e, durante a duplicação cromossómica seria incorporada nas novas
moléculas de DNA.
Sendo a timina uma base nitrogenada que entra exclusivamente na composição do
DNA, funcionou, portanto, como marcador específico da molécula.

Seguidamente cobriu o material marcado com uma emulsão fotográfica e manteveo

protegido da luz durante algum tempo. Nesse período de exposição, a radiação beta
(eletrões resultantes da desintegração atómica do núcleo do isótopo) impressiona a
emulsão fotográfica.
Após a revelação da emulsão os grãos negros presentes no filme corresponderão a
desintegrações atómicas, revelando a presença de isótopos radioativos no local
impressionado.
A esta técnica chama-se auto-radiografia.
 Os

resultados da experiência de Cairns permitiram-lhe concluir:

1. “O cromossoma de E. coli contém, aparentemente, uma única molécula de
DNA, de mais ou menos 1 milímetro de comprimento [...]. É, de longe, a maior
molécula de que se tem conhecimento de entre os sistemas biológicos.”
2. A molécula contém duas cadeias polinucleotídicas que se separam na época
da duplicação.
3. A molécula duplica-se num único ponto que se desloca por todo o
cromossoma. Nesse ponto, as duas novas cadeias estão a ser produzidas: duas cadeias
vão-se tornando quatro (a este ponto veio a chamar-se “forquilha” de replicação, por
causa de sua forma.)
4. Os cromossomas em duplicação não têm a forma de letra Y, como
aconteceria no caso de uma estruturalinear. Em vez disso, as três extremidades do Y
estão unidas: as extremidades das moléculas-filhas estão unidas umas às outras e à
extremidade da molécula original. Por outras palavras, “o cromossoma é circular
durante a duplicação.”
Na verdade, experiências posteriores vieram demonstrar que a interpretação
apresentada no ponto 3 não era a correta: hoje sabemos que a duplicação do
cromossoma circular bacteriano inicia-se em um único ponto, mas prossegue em dois
pontos com sentidos opostos, ou seja, é bidirecional.

Estruturas Secundária e Terciária do DNA

 Estruturas Secundárias
Forma B do DNA
O modelo em hélice apresentado por Watson e Crick corresponde à
forma B do DNA, ou DNA-B, e é a principal forma presente no interior das
células.
Contudo, o DNA pode assumir outras formas de estrutura secundária
dependendo da sua composição de bases e das condições do meio. Assim,
acredita-se que essas outras formas estruturais possam ocorrer em regiões
particulares da molécula de DNA.
Forma A do DNAO chamado DNA-A possui em média 11 pares de bases por
volta completa da hélice e os pares de bases não são perpendiculares ao eixo da
hélice, como no DNA-B.
No DNA-A os pares de bases apresentam-se inclinados cerca de 20o em
relação ao eixo da molécula e a distância entre os pares adjacentes é cerca de
0,25 nm.
Acredita-se que a configuração A seja a presente em moléculas de RNA em
dupla-hélice e em moléculas híbridas, onde uma das cadeias é DNA e a outra,
RNA.
Forma Z do DNA

Em contraste com as formas A e B que giram para a direita, existe uma variante
em que a hélice gira para a esquerda, é o chamado DNA-Z.

O nome decorre do fato de que, nessa estrutura, o esqueleto açúcar-fosfato

assume uma conformação em ziguezague.

A conformação Z apresenta em média 12 pares de bases por volta completa da

hélice e ocorre em polímeros cuja sequência de bases consiste de purinas e pirimidinas
alternadas.

O DNA Z foi descoberto in vitro e tanto sua ocorrência in vivo quanto a sua
possível função ainda são motivo de grande controvérsia na literatura.
 Modelo da hélice dupla do DNA proposta por Watson e Crick
(DNA tipo B).
As ligações fosfodiéster da hélice foram salientadas com
o traço de cor cinza para reforçar a visão de enrolamento da
hélice.
Em rosa-claro estão representadas as bases
nitrogenadas. Estas encontram-se voltadas para o interior da
hélice e as pontes de hidrogénio estão representadas por linhas
azuis tracejadas.
Observe que as bases nitrogenadas são perpendiculares
ao eixo da hélice (se a molécula for vista do eixo longitudinal da
hélice, as bases apresentam-se todas voltadas para dentro da
hélice e “empilhadas” mantendo-se por forças de Van der
Waals).
As setas indicam distâncias em nanómetros. São mostradas as duas cavidades
formadas na hélice.

As fortes cargas negativas dos grupos fosfato das cadeias fosfodiéster das duas fitas
de DNA tendem à repulsão, mas um conjunto de forças age para estabilizar a estrutura da
hélice dupla do DNA. Estas forças têm de ser fortes o suficiente para manter a integridade da
hélice dupla, mas devem permitir a flexibilidade conformacional, essencial para a sua atividade
durante a replicação e a transcrição do DNA em que a hélice dupla deve ser separada para que
estes processos vitais ocorram.

Além das ligações covalentes, que unem os átomos nas moléculas, outras forças mais
fracas atuam, estabilizando a estrutura de hélice dupla do DNA:

1. Os efeitos hidrofóbicos, que estabilizam o emparelhamento entre as bases. Os

anéis das purinas e das pirimidinas, que estão voltados para o interior da hélice dupla são
mantidos por coesão interna de moléculas de água, e os sítios hidrofílicos das bases ficam
expostos ao solvente nas cavidades.

2. O empilhamento das bases no interior da hélice dupla permite o estabelecimento

de forças de Van der Walls entre os anéis aromáticos de bases adjacentes. Estas forças são
fracas, mas aditivas na manutenção da estrutura final.

3. As cadeias de açúcar/fosfato, que são carregadas negativamente, interagem com

catiões (principalmente Mg+2) em solução, neutralizando a repulsão entre as duas cadeias e
estabilizando a hélice dupla.

Na célula, a molécula de DNA quase sempre está ligada a proteínas estruturais (e.g.,
histonas), ou a proteínas funcionais, e estas interacções também contribuem, de forma
maioritária, para a manutenção da estrutura do DNA. Embora o DNA seja visto, na maioria das
vezes, como uma cadeia dupla, o DNA de cadeia única encontra-se na natureza nos genomas
de vírus e em alguns plasmídeos bacterianos.
 Propriedades químicas do DNA com maior importância para
as funções de armazenamento da informação genética
1) A Complementaridade entre as bases nitrogenadas das duas cadeias,
2) O antiparalelismo, que confere direccionalidade às cadeias, e,
3) A capacidade de desnaturação de renaturação da hélice dupla.
A desnaturação (ou fusão) ocorre quando as cadeias complementares do DNA,
que a hélice dupla, são rompidas e as fitas se separam. O processo inverso, o
restabelecimento da hélice dupla é a renaturação (ou hibridização ou anelamento).

Desnaturação e renaturação de ácidos nucleicos

As ligações não-covalentes do tipo pontes de hidrogénio, que mantêm a
estrutura da dupla-hélice, podem ser desfeitas pelo calor, por pH muito ácido ou
muito básico, ou por exposição a baixas concentrações de sais.
Quando as pontes de hidrogénio são quebradas, as duas cadeias
polinucleotídicas separam-se num processo denominado desnaturação.
No caso da temperatura, aquela em que cerca de 50% das hélices de uma
amostra de DNA se encontra desnaturada é denominada temperatura de fusão e
representada pelo símbolo Tm
O valor da temperatura de fusão depende da proporção entre as quantidades
de pares G-C e A-T da molécula. Os pares G-C são unidos por três pontes de hidrogénio
e são, portanto, mais difíceis de serem separados no processo de desnaturação. Assim,
quanto maior for o conteúdo de pares G-C em uma molécula de DNA, maior será a
energia necessária para separar as cadeias e maior será a Tm.
É possível calcular o conteúdo de GC ou AT de um dado DNA a partir do valor
da sua Tm, determinado, de forma experimental, utilizando as equações:

O DNA em solução, em condições próximas às fisiológicas, possui uma Tm entre

85-95oC. Assim, nas temperaturas que ocorrem em condições fisiológicas, o DNA
tende a conservar a estrutura de dupla-hélice.
A desnaturação/renaturação do DNA pode ser acompanhada pela medida, em
espectrofotómetro, da absorvância da luz ultravioleta (UV).
As bases nitrogenadas são responsáveis pela maior absorção da luz UV em
comprimento de onda de 260 nm, que é máxima (37% mais) quando as fitas de uma
hélice dupla de DNA estão completamente separadas - as bases estão totalmente
expostas ao meio.
 Isso pode ser demonstrado aumentando a temperatura de uma solução de
solução e medindo a absorvância da solução a 260 nm.
A absorbância irá aumentar com a temperatura até o momento em que as fitas
se separam completamente, registando-se a absorbância máxima (efeito
hipercrómico), permanecendo constante mesmo que a temperatura continue a
aumentar - as bases já se encontram totalmente expostas.

A reacção de renaturação dos

ácidos nucleicos ocorre em duas
etapas:

Primeiro, as cadeias únicas encontram-se na solução ao acaso; se as sequências de

bases forem complementares, vai ocorrer o emparelhamento de algumas bases, formando
uma região curta de dupla-hélice;

Numa segunda etapa, a região de emparelhamento das bases vai-se estendendo ao

longo da molécula, que actua como se fosse um fecho. A renaturação faz com que o DNA
recupere as propriedades físicas modificadas pela desnaturação.

A renaturação pode ocorrer entre quaisquer sequências de ácidos nucleicos que

sejam complementares entre si. É genericamente chamada hibridação se as cadeias
polinucleotídicas envolvidas no processo tiverem origens diversas; pode ocorrer hibridação
entre duas cadeias de DNA ou também entre uma cadeia de DNA e uma de RNA.

O fato de duas moléculas de ácidos nucleicos poderem hibridar-se é uma ferramenta

laboratorial muito útil para se testar a complementaridade de duas sequências de bases,
uma vez que em certas condições somente cadeias de elevado grau de complementaridade
podem constituir uma hélice dupla.
 Sempre que a molécula de DNA é replicada ou transcrita, ou realiza recombinação as
cadeias de DNA são desnaturadas e renaturadas.

Após a renaturação, todas as propriedades originais da hélice dupla são

restabelecidas.

É possível desnaturar o DNA in vitro, em solução, por aumento da temperatura, por

titulação com ácidos ou alcalóides e por agentes desnaturantes, como a formamida, a ureia e
o dimetilsulfóxido (DMSO), por exemplo. Os ácidos protonizam os anéis nitrogenados de A, G
e C, e os alcalóides desprotonizam os anéis nitrogenados de G e T.

Estes tratamentos geram grupamentos carregados no interior da hélice dupla, o que

leva, também, ao rompimento das pontes de hidrogénio entre bases complementares.

Como as ligações glicosídicas nas purinas são sensíveis em pH ácido, a desnaturação

por ácidos tem pouca aplicação prática, pois provoca a despurinação das bases, o que altera
a molécula de DNA de forma definitiva.

Estrutura Terciária do DNA

O superenrolamento (ou supertorção) do DNA
Corresponde ao enrolamento da dupla hélice sobre si mesma.

Uma molécula de DNA com extremidades livres, isto é, não circular e não associada a
proteínas, está numa condição denominada relaxada.

Nesta condição ela não apresenta nenhum outro tipo de enrolamento além da
estrutura helicoidal típica, não estando submetida a nenhum tipo de tensão.

Nas células vivas, o DNA não apresenta extremidades livres; em certos vírus,
plasmídeos e cromossomas bacterianos ele é circular; nos cromossomas eucarióticos, ele
apresenta-se na forma de alças ancoradas no esqueleto cromossómico (t-loops).

No mundo vivo a molécula de DNA está, assim, sob tensão, a qual é gerada
quando a dupla-hélice sofre rotações em redor de seu próprio eixo, tornando-se
superenrolada.
Esta conformação é fundamental para o empacotamento do DNA nos genomas
e na estrutura dos nucleossomas. Além disso, o superenrolamento está envolvido na
replicação, na transcrição e na recombinação, controlando a expressão de alguns
genes.
A introdução de giros adicionais no DNA requer energia e consequentemente,
a molécula superenrolada pode, de um certo modo, ser encarada como
energeticamente carregada (à imagem de uma mola).
O superenrolamento de uma molécula de DNA é positivo quando a torção se
dá para a direita, ou seja, no mesmo sentido que o giro normal da dupla hélice.
 É negativo quando a torção ocorre para a esquerda, em sentido contrário ao
giro da dupla-hélice.
O DNA celular apresenta-se normalmente com superenrolamento negativo ,
que fornece energia para a desnaturação da hélice dupla permitindo o acesso de
enzimas, que promovem a atividade dos genes através da replicação, a transcrição, a
reparação e a recombinação do DNA.
O conhecimento atual mostra que esse superenrolamento é mantido pela
célula num sistema homeostático e que, além da estrutura primária do DNA
(sequência de bases), o superenrolamento também armazena informação, sendo essa
informação é importante para a sua funcionalidade.
Além disso, o superenrolamento permite que regiões dos genomas que estão
muito afastadas umas das outras estejam espacialmente próximas.
O superenrolamento positivo só ocorre em Eucariotas transitoriamente e em
zonas restritas durante os processos de replicação e transcrição e nos Arquea.

As topoisomerases
O superenrolamento do DNA é controlado por dois tipos de enzima denominados
topoisomerases.

Promovem a quebra transitória de ligações fosfodiéster da fita de DNA, gerando uma

forma intermediária, em que a proteína permanece ligada covalentemente ao DNA e
permite que as fitas do DNA passem umas sobre as outras ou sofram torção, alterando,
assim, o superenrolamento da molécula.

Deste modo, essas enzimas introduzem ou removem superenrolamentos no DNA e

resolvem estruturas, como os nós e os concatâmeros, geradas nos processos celulares.

A topoisomerase I catalisa a quebra de uma das hélices do DNA superenrolada

negativa ou positivamente, diminuindo o superenrolamento.

A topoisomerase II atua quebrando as duas hélices da molécula e superenrolando o

DNA negativamente. Exemplo de uma topoisomerase do tipo II é a enzima girase presente nas
bactérias.

Neste processo, elas nunca deixam as extremidades das cadeias livres, mas estão
sempre ligadas covalentemente às extremidades abertas, de modo a não permitir em
nenhum momento que as cadeias girem livremente.
Outras estruturas do DNA

Curvatura
Longas cadeias de DNA são muito flexíveis, enquanto que sequências menores que 100 pb são
relativamente rígidas para serem curvadas.

Algumas sequências específicas e proteínas especiais tornam determinadas regiões do DNA

mais susceptíveis à curvatura.

Essas regiões mais flexíveis à curvatura são importantes em sequências envolvidas com o
controle de processos como a replicação, a transcrição e a recombinação.

Um exemplo clássico é o nucleossoma, no qual um segmento de DNA de 145 pb se enrola

quase duas vezes em torno de um octâmero de histonas.

Muitas outras proteínas, além das histonas, promovem curvatura no DNA: fatores de
transcrição, enzimas de recombinação, enzimas que modificam o DNA, entre outras.
Existem diferentes funções para a curvatura do DNA:
1. condensar e empacotar DNA, como nos nucleossomas;
2. expor a sequência de bases internalizada na hélice dupla;
3. aproximar sítios de ligação distantes no DNA linear;
4. formar estruturas especiais proteína-DNA para alinhar determinados sítios, como
no caso de recombinação sítio-específica;
5. forçar a molécula de DNA para estimular a clivagem ou a desnaturação.

Estruturas cruciformes
Existem sequências no DNA que apresentam simetria, contendo regiões repetidas e
invertidas. Por exemplo: ATTCGCGTAGTAGACATAGCTGACATAGTCAGCTATGTCTGCTC
Sequências como estas podem formar estruturas onde o emparelhamento entre as
duas fitas é substituído pelo emparelhamento entre as bases complementares na
mesma fita. ATTCGCGTAGTAGACATAGCTGACA
:::::::::::::T
CTCGTCTGTATCGACTGA
Esta alteração reduz o número de voltas da hélice dupla na região, removendo o grau
de superenrolamento negativo, em uma unidade para cada dez bases de
emparelhamento.
Estas estruturas ocorrem in vivo e são fundamentais para determinados processos.

Junções de Holliday
As junções de Holliday são estruturas formadas por quatro fitas de DNA, sendo
intermediárias importantes na recombinação genética.
Proteínas e enzimas específicas reconhecem essas estruturas e determinam como elas
serão clivadas, originando os produtos da recombinação.

RNA - ácido ribonucleico

Uma das moléculas que gerou uma grande quantidade de novos conhecimentos em
biologia molecular na última década.
Descoberto simultaneamente com o DNA, os estudos de RNA tiveram, a princípio, um
desenvolvimento mais lento.
O elevado número de diferentes classes de RNA e a sua participação em inúmeros
processos celulares, até à altura desconhecidos, foram os principais responsáveis pela
demora na sua caracterização e descoberta das suas funções.
A descoberta de funções biológicas em que os RNAs estão envolvidos ainda hoje está a
aumentar.
Há cerca de duas décadas o RNA era essencialmente apontado como tendo funções na
síntese proteica e por consequência a investigação centrava-se neste aspecto.
RNA - ácido ribonucleico
O RNA mensageiro (mRNA) era visto como um intermediário na transferência da
informação contida no genoma para a síntese das proteínas, sendo que a opinião
prevalecente era que a sua conformação seria aleatória e sem influência no processo.
Maior importância era dada à conformação do RNA ribossómico (rRNA), gerada por
suas estruturas secundária e terciária, mas ainda assim parecia ser um mero suporte
das proteínas ribossómicas, tendo a função de catalisar a síntese proteica.
Os RNAs transportadores (tRNAs) eram mais estudados em termos de estrutura
terciária, mas somente sob a perspectiva da sua capacidade de movimentar os
aminoácidos e interagir com os ribossomas.
Actualmente conhecem-se novas classes de RNA envolvidas na expressão genómica. A
partir da descoberta de uma larga diversidade de conformações espaciais, possíveis
novas interacções dos RNAs com proteínas, com DNA e com outros RNAs foram
determinadas.
Uma molécula de RNA linear pode, de forma semelhante ao DNA, armazenar
informação genética na sua sequência de bases; realizar um emparelhamento
interno, formando uma estrutura secundária, expondo ou escondendo determinadas
sequências e, assim, interagir com outras moléculas. Pode assumir uma conformação
espacial - estrutura terciária - com superfícies com potencial de interacção com outras
moléculas ou regiões internas com locais de ligação com metais; e promover catálise,
tal como as enzimas. Isto é, sob o ponto de vista da actividade bioquímica, os RNAs
podem catalisar reacções.
Esta maleabilidade de funções não tem paralelo com nenhuma outra macromolécula
na célula. Existe assim a hipótese de que o RNA tenha sido uma (talvez até “a”)
molécula primordial que evoluiu para outras funções.
Isto confere relevância adicional ao conhecimento da estrutura e da conformação do
RNA.
O RNA é mais reactivo que o DNA.
A diferença aparentemente subtil da presença da hidroxilo na posição 2’ da ribose tem
reflexos importantes na estrutura e na reactividade do RNA.

Estrutura Secundária
O emparelhamento C-G e A-U ocorrem entre regiões complementares
na mesma molécula de RNA e, mais raramente entre moléculas
distintas.
Hélices duplas podem assim ocorrer, sendo a conformação semelhante
á do DNA A, já que a presença de um grupo hidroxilo na posição 2’ da
pentose não permite uma estrutura de tipo B, pois cria um impedimento
espacial.
Híbridos DNA-RNA ocorrem durante diferentes processos na célula (e.g.,
transcrição) sendo a estrutura de tipo A.
(C) Estrutura secundária do tRNA (RNA de transferência). As regiões
emparelhadas são os grampos e a regiões não emparelhadas são as
alças. (D) Estrutura secundária complexa do rRNA 16S de bactéria (RNA
ribossómico). Esta molécula é uma cadeia única de RNA com regiões internas de
emparelhamento.

Classes de RNA
Contrariamente ao DNA, vários tipos diferentes de RNA coexistem simultaneamente
na célula, desempenhando funções específicas.
Os RNAs são classificados de acordo com a sua localização e sua função celulares,
sendo por vezes a sua função ainda mal compreendida, e prevendo-se a descoberta de
novas classes.
Classicamente, os tipos de RNA (envolvidos na síntese proteica) são:
1. mRNA (RNA mensageiro)- transfere informação genética do DNA para os
ribossomas, onde ocorre a síntese das proteínas. Representa 1-5% do RNA total da
célula.
2. rRNA (RNA ribossómico)- componente maioritário dos ribossomas. Representa
cerca de 75% do RNA total da célula formando cadeias duplas por emparelhamentos
internos.
3. tRNA (RNA transportador)- transporta os resíduos de aminoácidos até os
ribossomas para a síntese das proteínas. Representa 10-15% do RNA total da célula.
Estas três classes (mRNA, rRNA e tRNA) directamente ligadas á síntese de proteínas
são denominados RNAs de manutenção do metabolismo celular básico
(housekeeping) (ter em consideração que há outros).
A descoberta das outras classes de RNA levou a uma subdivisão mais ampla dos RNAs,
em codificadores e não codificadores.
RNAs codificadores são exclusivamente aqueles que contêm a informação genética
para a síntese das proteínas. São os mRNAs das células procarióticas e eucarióticas.
(No caso das células eucarióticas, os mRNAs são produzidos, a princípio, como
precursores denominados pré-mRNAs, que passam por vários processos de
modificação para produzir o mRNA final ativo.)
Todos os outros RNAs são denominados não codificadores. Incluem o rRNA e o tRNA,
e adicionalmente o snoRNA, snRNA, sRNA, crRNA, miRNA, siRNA, piRNA e lncRNA.
Nos organismos eucarióticos, além dos RNAs não codificadores (rRNA e tRNA) ainda
são encontrados os RNAs nucleares pequenos, snRNAs (de small nuclear), os RNAs
citoplasmáticos pequenos, scRNAs (de small cytoplasmic) e os RNAs nucleolares (do
nucléolo) pequenos, snoRNAs (de small nucleolar).
Também estes RNAs estão envolvidos com a manutenção básica do metabolismo da
célula. Os snRNAs são encontrados no núcleo, formando complexos com proteínas, as
ribonucleoproteínas (RNPs), e participam do processo de remoção dos intrões.
Encontram-se no nucléolo (região do núcleo onde ocorre a síntese do rRNA) e
participam no processamento dos ribossomas.
As demais classes de RNA de eucariotas estão envolvidas na regulação da expressão
dos genes. São RNAs não codificadores ncRNA (de non-coding) que são divididos em
dois grupos: curtos e longos.
Os ncRNAs curtos são os microRNAs, miRNAs (de micro), os RNAs de interferência
pequenos, siRNA (de small interfering, algumas vezes somente iRNA) e os piRNAs (que
se ligam a proteínas PIWI). Estes RNAs ligam-se com duas classes de proteínas: as
Argonautas (mi e siRNA) e as proteínas PIWI (piRNA). Os miRNAs e os siRNAs são
encontrados em todas as células eucarióticas. Os piRNAs são encontrados apenas em
células germinativas de animais.
Os ncRNAs longos- lncRNA (de long non-coding)
são encontrados tanto no núcleo como no citoplasma, sendo, em geral, transcritos e
tendo funções regulatórias ainda não totalmente elucidadas.
Nas células eucarióticas, além dos RNAs de manutenção da célula, as mitocôndrias e
os cloroplastos possuem os seus próprios mRNAs, rRNAs e tRNAs (com características
semelhantes aos RNAs procarióticos), que realizam a síntese, a partir dos seus
genomas, de proteínas relacionadas com a função destes organelos.
Em procariotas duas classes de RNAs não codificadores foram descritas: sRNAs (de
small) e crRNAs (de CRISPR clustered regularly interspaced short palindromic repeats).
Os sRNAs são pequenos (entre 100 e 300 nucleótidos), podem emparelhar com
mRNAs específicos, podem ligar-se com proteínas e regular a expressão de
determinados genes por alteração da estabilidade do mRNA ou por modulação da
tradução.
Os crRNAs têm sequências homólogas com genomas de bacteriófagos (vírus de
bactérias) e plasmídeos e interferem com a infecção por bacteriófagos e com a
conjugação de plasmídeos.

Classes de RNAs, processos celulares que participam, distribuição e

função
CROMATINA
Um princípio geral evidente na organização do material genético de qualquer forma de
vida, seja ela acelular, como um vírus, ou celular, como um organismo procariótico ou
eucariótico é o de que as moléculas de RNA ou DNA se encontram compactadas por
forma a serem acomodadas no interior destas entidades.
Isto é necessário uma vez que o comprimento das moléculas de ácido nucleico, que
constituem os genomas, excede em muito as dimensões do espaço a elas destinado,
seja ele proporcionado por um capsídeo viral, por uma célula procariótica ou pelo
núcleo de uma célula eucariótica.
Exemplos: Capsídeo do vírus do mosaico do tabaco (TMV, tobacco mosaic virus):
0,0008 µm de diâmetro; 0,3 µm de comprimento; genoma de RNA com 2 µm de
comprimento. Bactéria Escherichia coli: célula cilíndrica 2 µm de comprimento; 1µm de
diâmetro; genoma de DNA circular de 1600 µm (1,6 mm) de circunferência. Célula
humana: núcleo esférico de 6 µm de diâmetro; extensão total de DNA de 1,8 m.
É fundamental que esta compactação seja feita de forma organizada, pois somente
assim pode ser viabilizada a ocorrência de processos funcionais (replicação, segregação
de cromossomas, expressão génica).
Esta compactação funcional é alcançada por meio de interacções organizadas das
moléculas de ácido nucleico com proteínas específicas. A identidade dessas proteínas e
a mecânica molecular da compactação genómica diferem entre organismos.
O caso dos capsídeos dos vírus é altamente variável e não será aqui discutido.
No caso de procariotas e eucariotas, o DNA que constitui o genoma é compactado
num arranjo complexo (por associação com proteínas) com o grau de compactação a
variar em resposta ao estado funcional da célula, alternando de forma reversível entre
estruturas mais e menos compactas.

Cromatina Procariótica
Todos os procariotas (bactérias e Archaea) têm genomas estruturados num nucleóide,
uma massa de cromatina que ocupa cerca de 1/4 do volume celular total. Por não
serem delimitados por qualquer tipo de invólucro e serem estruturas funcionalmente
dinâmicas, os nucleóides procarióticos não têm uma forma fixa, embora possa
afirmar-se que a sua forma genérica é cilíndrica.
Em E. coli as dimensões do nucleóide giram em torno de 1,7 µm de comprimento e
0,65 µm de diâmetro, determinando um volume próximo de 0,5 µm3. Este volume
contrasta com os 200 µm3 que seriam ocupados pelo DNA genómico da bactéria, caso
este estivesse livre.
Assim, os cromossomas procarióticos, no contexto do nucleóide, precisam ser
compactados algumas centenas de vezes, formando uma estrutura de cromatina
organizada e funcional.
Nucleóide da cromatina bacteriana
O primeiro nível de compactação nas bactéria é obtido pela ocorrência de mudanças
de trajectória aleatórias no DNA, a cada 150 pb (equivalentes a uma extensão de 50
nm) resultantes do equilíbrio electroestático entre a repulsão no interior da molécula
causada pela presença de múltiplas cargas negativa (auto-repulsão aniónica) e o
equilíbrio destas com grande quantidade de catiões presentes na zona do nucleóide.

Um nível superior de compactação do cromossoma é proporcionado pela formação de

alças, que formam domínios topológicos independentes.
Cada alça que constitui um domínio tem, em média, 10 kb de extensão total, sendo a
sua base e o seu ápice mantidos por interações entre o DNA e proteínas cromatídicas.
Ao longo de cada alça, um nível adicional de compactação da cromatina é obtido pela
introdução do superenrolamento negativo no DNA, o que também depende de
interacções com proteínas específicas (detalhe da figura).
Além disso, no contexto da organização em domínios topológicos, há níveis adicionais
de organização estrutural do cromossoma, que definem os chamados macrodomínios-
superestruturas que abrangem de dezenas a centenas de domínios topológicos
compartimentalizando o cromossoma em grandes segmentos com funções distintas.
Na célula, interações com proteínas definem a formação de alças que constituem
domínios topológicos independentes. Cada alça é estabilizada na base e no ápice; a
compactação adicional é conseguida pelo superenrolamento localizado do DNA nas
alças, o que depende de interacções com proteínas (detalhe).
Os macrodomínios:
- em termos funcionais podem diferir quanto à probabilidade de envolvimento em
eventos de recombinação, ou à frequência de transcrição dos genes nele presentes. -
em termos estruturais, sabe-se pouco sobre a organização da cromatina mas, pensa-se
que sejam proteínas que delimitam fisicamente cada um desses grandes segmentos
cromossómicos, simultaneamente determinando as propriedades funcionais (e.g.,
determinando o grau de superenrolamento de cada um dos domínios e o seu número
– quanto maior a actividade transcricional menor o número de domínio e menor o
grau de enrolamento).
Existem evidências experimentais do envolvimento destas seis NAPs (Dps/MrgA, Fis,
IHF, H-NS, HU e SMC/MukB) nos mecanismos gerais de compactação da cromatina.
H-NS, Lrp e SMC/MukB - estabilizam as bases das alças. Fis, IHF e HU - induzem o
dobramento do DNA, definindo o ápice de cada alça. SMC/MukB - introduzem e
estabilizam supererolamentos negativos no DNA (e assim definem o grau de
superenrolamento do DNA nos domínios topológicos independentes). H-NS - delimita
segmentos de DNA com diferentes graus de superenrolamento.
Todas as NAPs têm a capacidade de compactar o DNA, mas, na organização da
cromatina, a contribuição individual de cada tipo de NAP é relativamente modesta,
sendo os graus de compactação e organização atingidos são o resultado do somatório
das actividades de várias NAPs. Além disso, há sobreposição parcial de funções entre
as NAPs, pois mesmo na ausência de uma dessas proteínas (em caso de mutação
deletéria no gene correspondente), a estrutura da cromatina é mantida,
demonstrando que as atividades de uma ou mais das outras NAPs podem compensar
funcionalmente essa ausência.
Protéinas associadas ao nucleóide(NAPs, nucleiod-associated proteins)
Todas as NAPs têm a capacidade de compactar o DNA, mas, na organizaçãp da
cromatina, a contribuição indicidual de cada tipo de NAP é relativamente modesta,
sendo os graus de compactação e organização atingidos são o resultado do somatório
das atividades de várias NAPs.
Além disso, há sobreposição parcial de funções entre NAPs, pois, mesmo na
auseência de uma dessas protéinas(emcaso de mutação deletória no gene
correspondente), a estrutura da cromatina é mantida, demostrando que as atividades
de uma ou mais das outras NAPs podem compensar funcionalmete essa ausência.
O repertório de NAPs expressas na cécula varia em função do estado fisiológico da
bactéria, sugerindo uma relação de causa-efeito com as alterações estruturais
observadas no nucleóide.

Os padrões da expressão de NAPs é diferencial em função do andamento do processo

de multiplicação, demonstando que diferentes composições de protéinas que dobram
e interligam oDNA modulam a estrutura do nucleóide em cada fase.
As diferentes composições proteicas e o estado de compactação do DNA modulam
funcionalmente a cromatina bacteriana, que, em fase exponencial de multiplicação,
é muito mais ativa do ponto de vista da transcrição e da replicação do que no estágio de

multiplcação estacionário.

(A fase exponencial é muito mais ativa e é muito importante a compactação (quanto

maior a capacidade de dobramento, mais próximos os genes se encontram).

A mecânica molecular dos processos de regulação da expressão génica é influenciada

pela estrutura da cromatina, de modo que muitos genes podem ter a sua transcrição
regulada por NAPs. Este tipo de regulação pode ser:
Indireta- a razão de alterações no grau de supertorção de um domínio
cromossómico(alça), que afetam positiva ou negativamente a transcrição de genes
naquela região:
Direta- algumas NAPs podem ligar-se a regiões reguladoras e ativar ou reprimir a
transcrição de genes.
Algumas enzimas, como a DNA-girase e a RNA-polimerase, desempenham apeis na
organização da cromatina bacteriana. A sua ligação ao DNA e as atividades de
topoisomerase e polimerase, respetivamente, alteram de forma localizada a
distribuição de superenrolamentos no DNA e constituem barreiras topológicas de
natureza transitória na cromatina.
Podem assim ser em parte responsáveis pela definição dos limites entre domínios ou
entre macrodomínios e pelas transcrições nos estados de superenrolamento do DNA
nas estruturas cromatídicas de ordem superior dos protozoários.
A taq-polimerase, é uma RNA-polimerase.

Nucleoide e Cromatina em Archaea

À semelhança dos procariotas também as Archaea têm o seu material genético

organizado num nucleóide uma massa cromatídica cujo grau de compactação varia
com o estado fisiológico da célula. No entanto os sistemas de compactação são
distintos, aproximando-se alguns mais dos eucariotas que dos protozoários. Este é
um testemunho da história evolutiva deste grupo, uma vez que a separação das
bactérias ocorreu há mais tempo, quando comparada com a dos eucariotas. Isto
determina uma “organização híbrida” da cromatina com a presença de um amplo
leque de NAPs, incluídas proteínas exclusivas dos Archaea, proteínas ortólogas de
NAPs das bactérias ou de proteínas cromatídicas eucarióticas.
A maioria das NAPs de Archaea é capaz de polimerizar sobre o DNA e, assim, formar
fibras nucleoproteicas. Essas fibras cromatídicas podem apresentar diferentes
configurações, dependendo da espécie, em função do repertório de NAPs presente e
da quantidade relativa de cada uma dessas proteínas. No entanto a distribuição das
NAPs não é homogénea no domínio Archaea, pois várias delas têm distribuição
restrita a um determinado filo ou a certas classes ou géneros. Além disso, o número de
genes parálogos que codifica cada tipo de NAP varia bastante (podendo chegar até 6),
implicando em variação correspondente no repertório de isoformas para pelo menos
algumas dessas proteínas.

Uma análise filogenética sobre a distribuição dos genes codificadores de NAPs demonstra que,
em diferentes linhagens evolutivas do domínio Archaea, diversos subconjuntos de NAPs são
utilizados para a compactação da cromatina. Considerando espécies com genomas já
sequenciados, os dois tipos de NAPs com maior distribuição são Alba e histonas. As proteínas
Alba (numa ou duas isoformas) estão presentes nos 3 filos de Archaea (Euryarchaeota,
Nonoarchaeota e Chrenarchaeota) apenas não tendo sido identificadas em euriarqueotas das
classes Halobacteria e
Methanosarcina.

As histonas (de uma a seis

isoformas), são também
encontradas nos 3 filos de
Archaeas, mas estão ausentes
em euriarqueotas da classe
Thermoplasmata e em
crenarqueotas hipertermofílicas
(Aeropyrum, Sulfolobus e
Pyrobaculum). Apesar de mais
pequenas, são estruturalmente
muito similares às histonas dos
Eucariotas. As outras proteínas
cromatídicas (e.g., CC1m Cren7,
Sul7d HU/Hta, e MC1) têm
distribuições mais restritas.
Notar que em todas as linhagens de Archaea, pelo menos dois dos tipos de NAPs são
expressas.