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A delimitação de espécies é o processo pelo qual os limites das espécies são determinados e novas espécies são
descobertas. Com métodos mais modernos, é possível esclarecer complexos de espécies já descritas. Os complexos de
espécies são conjuntos de espécies parecidas em que taxonomistas não conseguem determinar com precisão os limites
de cada uma delas. Isso acontece porque as características usadas para diagnose e descrição muitas vezes se sobrepõem,
pois muitas dessas espécies apresentam plasticidade fenotípica, levando à uma “área cinzenta” quanto a classificação do
que momento em que indivíduo ou população são considerados uma ou outra espécie; isso é muito comum em espécies
vegetais, considerando que muitas são bem plásticas e com morfologia sobreposta, causando problemas de espécies
sinônimo ou simplificações taxonômicas.
A solução é formar um conceito de espécies unificado, levando em consideração que espécie é definida
como uma metapopulação isolada evoluindo separadamente da outra. São utilizadas como critérios secundários, a
distinção fenética, o monofiletismo recíproco e o isolamento reprodutivo, utilizadas como evidências da separação de
espécies. Assim, uma espécie é uma HIPÓTESE científica que pode ser confirmada/refutada.
Para a genética de populações, é necessário entender a estrutura genética e o fluxo gênico de cada
complexo de espécies, o quão diferenciada é cada população (estruturada). Na prática, analisa-se populações de duas os
mais espécies vegetais, marca-se sua distribuição e separa-se previamente as populações em espécie por morfologia
conforme diagnose. Utiliza-se então um marcador nuclear específico para o grupo. Depois, avalia-se se os alelos são
privados ou compartilhados. Ou seja, se há grande quantidade de alelos provados as espécies estão bem estruturadas, ou
seja, em bom grau de especiação; se há grande quantidade de alelos compartilhados, as populações são consideradas
uma só espécie e não são diferenciadas.