TUTORIAL

 DINÂMICA  MOLECULAR  -­‐    GROMACS  (iniciantes)  (4.5.5)  

 
Santo  André  –  Setembro/2014  
 
Fernanda  Bettanin  
Aluna  de  doutorado,  ABCSim  (Laboratório  de  Simulacão  e  Modelagem),  CCNH,  UFABC  
fernandabettanin@gmail.com  
 
 
Motivação  deste  tutorial:  Feito  para  o  III  Workshop  de  Química  da  UFABC,  este  
tutorial   tem   o   intuito   de   introduzir   uma   simulação   simples   de   Dinâmica  
Molecular  (MD)  no  programa  GROMACS  (GMX),  para  que  os  alunos  de  graduação  
possam  conhecer  a  técnica  utilizando  conceitos  de  mecânica  clássica.  
 
Público-­‐foco:   Este   tutorial   serve   para   alunos   de   graduação   ou   pós-­‐graduação  
que   nunca   tiveram   contato   com   dinâmica   molecular.   É   desejável   que   o   aluno  
tenha   conhecimento   básico   em   Linux;   este   tutorial   traz   uma   tabela   de   comandos  
básicos  para  sua  execução.  
 
Informes:   É   de   extrema   importância   seguir   fielmente   o   tutorial   para   êxito   do  
mesmo.   O   GROMACS   tem   um   manual   onde   é   possível   encontrar   informações  
importantes  sobre  seu  funcionamento  e  de  dinâmica  molecular  (recomendada  a  
leitura   para   quem   deseja   se   aprofundar   e   executar   dinâmicas   com   sistemas  
diferentes  desse  tutorial).  
(http://www.gromacs.org/Documentation/Manual)  
 
O   programa   GROMACS:   O   GROMACS   é   um   pacote   computacional   para   execução  
de   dinâmica   molecular   que   já   vem   pronto   para   ser   compilado   em   Linux.   Este   é  
otimizado   para   rodar   em   Linux,   portanto   esse   tutorial   será   feito   em   Linux.   A  
instalação   é   fácil   porém   devido   ao   curto   tempo   do   curso,   isso   já   foi   feito.   Para  
quem   deseja   instalar   no   seu   próprio   computador,   deve   seguir   as   instruções   do  
site  abaixo.  
http://www.gromacs.org/Downloads/Installation_Instructions  
 
Os  arquivos  GROMACS:  
 
Arquivo  de  topologia  molecular  (.top)  
 
  Esse   arquivo   é   gerado   pelo   programa   pdb2gmx,   que   transforma   um  
arquivo   .pdb   que   contém   a   estrutura   de   um   peptídeo   ou   proteína,   para   o  
arquivo   de   topologia,   que   por   sua   vez   contém   a   descrição   das   interações   dos  
átomos  do  peptídeo  ou  da  proteína.  
 
Arquivo  de  estrutura  molecular  (.gro,  .pdb)  
 
  O  programa  pdb2gmx,  quando  gera  o  arquivo  de  topologia,  também  gera  
um  arquivo  de  estrutura  (.gro),  similar  com  o  .pdb,  porém  este  pode  conter  as  
velocidades   dos   átomos.   Se   as   velocidades   não   forem   necessárias   para   a  
dinâmica,  é  possível  utilizar  um  arquivo  .pdb  para  a  estrutura.  Para  criar  uma  
caixa   com   solvente   em   torno   da   proteína,   é   utilizado   o   programa   genbox,   que  
também  altera  o  arquivo  .top,  acrescentando  informações  sobre  o  solvente.  
 
Arquivo  de  parâmetros  de  DM  (.mdp)  
 
  Esse  arquivo  contém  as  informações  para  a  simulação  ser  executada.  Por  
exemplo:   método   de   minimização   a   ser   utilizado,   tempo   de   integração,   número  
de  passos,  temperatura,  pressão,  etc.  
 
Arquivo  índice  (.ndx)  
 
  Em   alguns   casos   é   necessário   esse   arquivo   para   especificar   ações,   como  
acoplamento   de   temperatura,   acelerações   e   congelamento,   sobre   um  
determinado   grupo   de   átomos.   O   GMX   usa   um   arquivo   padrão   que   contém   todos  
os   grupos.   Se   for   necessário   definir   novos   grupos,   pode-­‐se   utilizar   o   programa
make_ndx.  
 
Arquivo  binário  de  entrada  (.tpr)  
 
  Através   do   programa   grompp,   os   arquivos   de   estrutura   molecular  
(.gro),   de   topologia   (.top),   de   parâmetros   de   dinâmica   (.mdp)   e,  
opcionalmente,   o   arquivo   índice   (.ndx)   são   somados   para   gerar   um   novo  
arquivo,   chamado   arquivo   de   entrada   (.tpr   ou   .tpb),   em   código   binário,   que   o  
mdrun  do  GMX  é  capaz  de  ler.  
 
Arquivos  de  saída  (.trr,  .xtc,    .edr,  .trj,.log)  
 
  A   simulação   propriamente   dita   é   realizada   pelo   programa   mdrun,   que  
utilizando   o   arquivo   de   entrada   .tpr,   gera   os   seguintes   arquivos   de   saída:  
arquivo   de   trajetórias   (.trr,   .xtc   ou   .trj);   arquivo   de   energias   e   outros  
parâmetros   (.edr)   e   um   arquivo   de   informações   sobre   a   evolução   da   simulação  
(.log).   O   arquivo   .trr   contém   apenas   informações   de   posição   enquanto   os  
outros   arquivos   de   trajetórias   incluem   velocidades   e   forças,   que   podem   ser  
necessárias  para  poder  continuar  a  dinâmica  simulada  ou  realizar  certos  tipos  de  
análise.  
 
O  Tutorial  
 
  Nesse  tutorial  será  simulada  uma  caixa  cúbica  contendo  214  moléculas  de  
água,   íons   de   cloro   (Cl-­‐)   e   Sódio   (Na+).   Ao   final   da   simulação   será   possível  
observar  as  camadas  de  solvatação  e  a  posição  das  moléculas  de  água  em  relação  
aos   íons.   Para   acessar   os   arquivos   iniciais   e   executar   a   dinâmica,   serão   usados  
comandos  no  terminal.  Para  abrir  o  terminal  digite:  Ctrl+Alt+T
Obs.:  todos  os  comandos  com  traço,  não  adianta  copiar  e  colar.  

# cd Desktop/DM_aguaion
# ls

Passo1)  Criar  caixa  de  água  a  partir  de  uma  molécula  de  água  
 
  Para   ver   o   conteúdo   dos   arquivos,   pode-­‐se   usar   um   editor   ou   os  
comandos  less,  more  ou  cat.  Para  sair  da  visualização  utilizando  less,  basta  
digitar  q.  
 
# less agua.pdb
Observe  que  existe  apenas  uma  molécula  de  água.  
# q
 
# less agua.mdp
Contém  todos  os  parâmetros  da  dinâmica.  
# q
 
# less topol.top
Contém  dados  do  sistema.  
# q
 
# less leap
Script  para  adicionar  íons.  
# q
 
  Primeiramente  vamos  transformar  o  arquivo  .pdb  em  .gro:  
 
# editconf –f agua.pdb –o agua.gro
 
  Veja  a  diferença  entre  os  arquivos  .pdb  e  .gro:  
 
# less agua.gro
# q

   
Vamos   visualizar   a   molécula   de   água   sozinha   utilzando   o   programa   de  
visualização  VMD:  

# vmd agua.gro
# quit
 
  Agora  para  criar  uma  caixa  de  água:  
 
# genbox –cs agua.gro –box 3.0 3.0 3.0 –o caixa.gro
 
  Observe   que   foi   criado   o   arquivo   caixa.gro   com   216   moléculas   de  
água:  
 
# less caixa.gro
# q

  Vamos  visualizar  a  caixa  de  água:  

# vmd caixa.gro
# quit

 
Passo  2)  Adicionar  um  íon  Cl  e  um  íon  Na  na  caixa  de  água  
 
  Para   adicionar   os   íons   é   necessário   um   arquivo   .tpr.   Para   gerá-­‐lo  
execute  o  comando:  
 
# grompp –f agua.mdp –p topol.top –c caixa.gro –maxwarn 1
 
  Observe   que   o   arquivo   topol.tpr   foi   gerado.   Para   rodar   uma   dinâmica,  
este   é   o   arquivo   que   o   mdrun,   programa   que   roda   a   dinâmica   dentro   do   GMX,  
consegue  ler.  
 
# less topol.tpr
# q
 
  Para  tornar  um  arquivo  executável,  é  necessário  um  comando.  O  comando  
abaixo   torna   o   arquivo   leap   executável,   para   que   seja   possível   rodar   todos   os  
comandos  que  estão  escritos  dentro  de  leap  de  uma  só  vez:    
 
# sudo chmod 777 leap

  Agora  para  adicionar  os  íons,  vamos  rodar  o  script  leap:  

# ./leap
# 2
 
  Observe  que  o  arquivo  aguaion.gro  foi  gerado,  contendo  os  íons  Cl-­‐  e  
Na+:  
 
# less aguaion.gro
# q
 
Passo  3)  Executar  a  dinâmica  
 
  Agora   é   necessário   criar   um   novo   arquivo   .top   e   um   novo   arquivo   .tpr  
para  rodar  a  dinâmica  com  os  íons  (não  copiar  e  colar  o  comando  abaixo):  
 
# grompp –f agua.mdp –o topol.tpr –c aguaion.gro –p
topol.top –maxwarn 1
 
  Observe  a  mudança  no  arquivo  .top:  
 
# less topol.top
# q
 
  Neste   momento   temos   todos   os   arquivos   necessários   para   rodar   a  
dinâmica  em  si.  
 
# mdrun –s topol.tpr –v

4)  Visualizar  a  dinâmica  executada  

 
  Vários   arquivos   novos   foram   gerados.   Vamos   visualizar   um   vídeo  
montado  por  todos  passos  da  dinâmica  através  do  programa  VMD:  
 
# vmd confout.gro
 
  A   partir   deste   momento,   todos   tópicos   devem   ser   feitos   no   programa  
VMD:  
 
-­‐  Clicar  sobre  o  nome  confout.gro  na  janela  principal  do  VMD  (VMD  Main)  
-­‐  Clicar  em  File/Load data into molecule no  canto  superior  esquerdo  
da  janela  principal  do  VMD  (VMD  Main)  
-­‐  Clicar  em  Browse...  na  nova  janela  que  se  abriu  
-­‐  Selecionar  o  arquivo  traj.xtc
-­‐  Clicar  em  OK
-­‐  Clicar  em Load
 
  Espere  até  que  todos  os  passos  da  dinâmica  carreguem.  
  Para  melhor  visualizar  o  sistema:  
 
-­‐  Clicar  em  Display/Orthografic  na  janela  principal  do  VMD  (VMD  Main)  
-­‐   Clicar   em   Graphics/Representations   para   abrir   uma   nova   janela  
(Graphical  Representations)  
-­‐  Nesta  nova  janela,  digitar  resname CL  abaixo  de  Select atoms
  -­‐  Clicar  em  Creat Rep
  -­‐  Selecionar  o  tipo  VDW  de  visualização  abaixo  de  Drawing Method
  -­‐  Repetir  para  o  íon  Sódio  (representação  NA  para  o  programa)  
 
  Agora  sim  pode-­‐se  visualizar  melhor  o  vídeo.    
 
-­‐  Volte  para  a  janela  principal  (VMD  Main)  do  VMD  e  clique  na  seta  para  dar  play,  
ajustando  a  velocidade  (speed)  a  seu  critério  
-­‐  Volte  para  a  janela  Graphical Representations
-­‐  Digite  within 5 of resname CL  abaixo  de  Selected atoms
-­‐  Clicar  em  Creat Rep
  -­‐  Selecionar  o  tipo  CPK  de  visualização  abaixo  de  Drawing Method  
  -­‐  Clique  duplo  nas  representações  já  existentes  até  que  todas  fiquem  em  
vermelho,  exceto  within 5 of resname CL  e  resname CL
  -­‐  Repita  os  últimos  4  passos  para  o  íon  Sódio  (NA)