FERRAMENTAS
uma pesquisa em um banco de dados NUCLEOTÍDEOS.
BIOINFORM Á TICAS
 Compilado de ferramentas bioinformáticas onlines.
BASES DE DADOS
Diversos bancos de dados biológicos foram e têm sido
criados a fim de armazenar e organizar de maneira lógica e
estruturada os variados tipos de dados biológicos visando
idealmente uma padronização.
Dados primários: Eles contêm arquivos de dados "brutos",
não filtrados, enviados por uma infinidade de laboratórios.
GenBank: Pertence ao NCBI.
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/
ENA: (European Nucleotide Archive): Pertence ao EMBL-EBI.
https://www.ebi.ac.uk/ena
DDBJ: (banco de dados do DNA do Japão): Pertence ao NIG
https://www.ddbj.nig.ac.jp/index-e.html
Proteínas: (banco de dados de proteínas): (Estrutura
tridimensional de proteínas).
https://www.uniprot.org/
https://www.rcsb.org/
Dados secundárias: Contêm dados já processados ou
curados (revisados manualmente pelo pessoal
especializado do banco de dados).
RefSeq: DNA, RNA e proteínas. (Sequencias revisadas)
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/refseq/
UNIPROTKB: Sequências de proteínas muito confiáveis.
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/refseq/
OBS: existem diversos de bancos disponíveis, os citados
acima são os principais.
BUSCA POR SEQUÊNCIAS
BLAST
FERRAMENTA BÁSICA DE LOCALIZAÇÃO DE ALINHAMENTO LOCAL
https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi
Quando se tem uma sequência nova e de função
desconhecida, a primeira coisa a se fazer é comparar com
sequencias já existentes nas bases de dados.
 BLAST N
https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?
PAGE_TYPE=BlastSearch
A partir de uma sequência de NUCLEOTÍDEOS, ele realiza
 MEGABLAST
Para selecionar esta opção é só ir à plataforma de anterior
Blast N acima e selecionar.
Projetado para identificar uma sequência de problemas
(100% de semelhança) ou para encontrar sequências muito
semelhantes (> 95% de resíduos idênticos).
 BLAST P
https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?
PROGRAM=blastp&PAGE_TYPE=BlastSearch&LINK_LOC=bla
sthome
A partir de uma sequência PROTEIN, ele realiza uma
pesquisa em um banco de dados PROTEIN.
 BLAST X
https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?
PROGRAM=blastx&PAGE_TYPE=BlastSearch&LINK_LOC=bla
sthome
A partir de uma sequência de NUCLEOTIDES, ele realiza
uma pesquisa em um banco de dados PROTEIN.
 TbBLAST N
https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?
PROGRAM=tblastn&PAGE_TYPE=BlastSearch&BLAST_SPEC
=&LINK_LOC=blasttab&LAST_PAGE=blastx
Alinhamento de segurança AMINOÁCIDOS com as bases de
dados de NUCLEÓIDOS traduzidas.
 TbBLAST X
https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?
PROGRAM=tblastx&PAGE_TYPE=BlastSearch&BLAST_SPEC=
&LINK_LOC=blasttab
A partir de uma sequência de NUCLEOTIDES, ele realiza
uma pesquisa em um banco de dados NUCLEOTIDE, mas, ao
contrário de Blast n, o TBLASTX compara as traduções de
seis quadros de leitura da sequência de consulta de
nucleotídeo com as traduções de seis quadros de leitura do
banco de dados de sequência de nucleotídeos.
(Detecte novos genes em sequências genômicas e novas
transcrições)
Alinhamento de pares de sequências (PSA)
 DOT PLOT
é um método visual que compara duas sequências entre si
e ajuda a identificar regiões de interesse e possíveis
semelhanças entre elas. Deve-se enfatizar que o DOT PLOT
não oferece um resultado numérico (escore).
https://dotlet.vital-it.ch/
Usado para identificar 1) Domínios proteicos repetidos, 2)
Domínios proteicos conservados, 3) identificar Éxons e
íntrons, 4) Terminadores e outras estruturas de Stem-Loop,
5) Frameshifts, 6) Regiões de baixa complexidade.

 ALINHAMENTO GLOBAL E LOCAL

ALINHAMENTO GLOBAL No global, tenta-se que o

alinhamento cubra as duas sequências, introduzindo
completamente as lacunas necessárias.

ALINHAMENTO LOCAL Somente as áreas mais

semelhantes são pesquisadas, independentemente de toda
a sequência não ser coberta.

https://embnet.vital-it.ch/software/LALIGN_form.html

https://www.ebi.ac.uk/Tools/psa/emboss_needle/

https://www.ebi.ac.uk/Tools/psa/emboss_water/