Manual Vina

Características
Precisão

O AutoDock Vina melhora significativamente a precisão média das previsões do modo

de ligação em comparação com o AutoDock 4, a julgar pelos nossos testes no conjunto
de treino utilizado no desenvolvimento do AutoDock 4. [*]

Além disso e de forma independente, o AutoDock Vina foi testado contra um

benchmark de triagem virtual chamado Directory of Useful Decoys pelo grupo
Watowich , e foi considerado "um concorrente forte contra os outros programas, e no
topo da embalagem em muitos casos" . Deve-se notar que todos os seis dos outros
programas de ancoragem, aos quais foi comparado, são distribuídos comercialmente.

Compatibilidade de AutoDock Tools

Para sua entrada e saída, a Vina usa o mesmo formato de arquivo de estrutura molecular
PDBQT usado pelo AutoDock . Arquivos PDBQT podem ser gerados (interativamente
ou em modo batch) e visualizados usando MGLTools . Outros arquivos, como os
arquivos de parâmetro AutoDock e AutoGrid (GPF, DPF) e arquivos de mapeamento de
grade não são necessários.

Fácil de usar

A filosofia de design da Vina não é exigir que o usuário entenda seus detalhes
de implementação, ajuste parâmetros obscuros de pesquisa, resultados de
cluster ou saiba álgebra avançada (quaternions). Tudo o que é necessário é
que as estruturas das moléculas sejam encaixadas e a especificação do espaço
de pesquisa, incluindo o local de ligação. O cálculo de mapas de grade e a
atribuição de cargas de átomo não são necessários. O resumo de uso pode ser
impresso com " vina --help". O resumo permanece automaticamente em
sincronia com os possíveis cenários de uso.

Qualidade de Implementação

 Por design, os resultados não devem ter um viés estatístico relacionado

à conformação da estrutura de entrada.
 Atenção é dada para verificar a correção sintática da entrada e relatar os
erros para o usuário de maneira lúcida.
 A invariância dos comprimentos de ligação covalente é verificada
automaticamente nas estruturas de saída.
 Vina evita impor restrições artificiais, como o número de átomos na
entrada, o número de torções, o tamanho do espaço de busca, a
exaustividade da busca, etc.
Correntes Laterais Flexíveis

Como no AutoDock 4, algumas cadeias do lado do receptor podem ser

escolhidas para serem tratadas como flexíveis durante o acoplamento.

Rapidez

O AutoDock Vina tende a ser mais rápido que o AutoDock 4 por ordens de
grandeza . [*]

Vários CPUs / Cores

Além disso, a Vina pode aproveitar várias CPUs ou núcleos de CPU em seu sistema
para reduzir significativamente seu tempo de execução.

World Community Grid

Os projetos qualificados podem executar cálculos do AutoDock Vina gratuitamente

no World Community Grid . Os projetos existentes que usam o AutoDock Vina incluem
os que visam a AIDS , a malária , a leishmaniose e aesquistossomose . Alguns desses
projetos têm em média mais de 50 anos de computação por dia .

perguntas frequentes
Como começar a aprender a usar Vina?

Assistir ao tutorial em vídeo pode ser a melhor maneira de fazer isso.

Qual é o significado ou significado do nome "Vina"? Por que foi

desenvolvido?

Por favor, veja este post da lista de discussão .

Quão preciso é o AutoDock Vina?

Veja Recursos

Deve-se notar que a precisão preditiva varia muito dependendo do alvo, por
isso, faz sentido avaliar o AutoDock Vina em relação ao seu alvo em
particular primeiro, se você conhece ativos, ou uma estrutura de ligantes
nativos ligados, antes de encomendar compostos. Ao avaliar qualquer
mecanismo de encaixe em uma tela virtual retrospectiva, pode fazer sentido
selecionar chamarizes de tamanho similar e talvez outras características físicas
para seus ativos conhecidos.

Qual é a diferença entre AutoDock Vina e AutoDock 4?

O AutoDock 4 (e versões anteriores) e o AutoDock Vina foram desenvolvidos
no Laboratório de Gráficos Moleculares do The Scripps Research Institute. O
AutoDock Vina herda algumas das ideias e abordagens do AutoDock 4, como
tratar o docking como uma opimização global estocástica da função de
pontuação, pré-calcular mapas de grade (Vina faz isso internamente) e alguns
outros truques de implementação, como precalcular a interação entre todos os
par de átomos em todas as distâncias. Ele também usa o mesmo tipo de
formato de estrutura (PDBQT) para compatibilidade máxima com software
auxiliar.

No entanto, o código fonte, a função de pontuação e os algoritmos reais

usados são novos, então é mais correto pensar no AutoDock Vina como uma
nova "geração" em vez de "versão" do AutoDock. O desempenho foi
comparado na publicação original [*] e, em média, o AutoDock Vina foi
consideravelmente melhor, tanto em velocidade quanto em precisão. No
entanto, para qualquer alvo determinado, qualquer programa pode fornecer
um resultado melhor, embora seja mais provável que o AutoDock Vina o
faça. Isso se deve ao fato de que as funções de pontuação são diferentes e
ambas são inexatas.

Qual é a diferença entre AutoDock Vina e AutoDock Tools?

AutoDock Tools é um módulo dentro do pacote de software MGL

Tools especificamente para gerar entrada (arquivos PDBQT) para AutoDock
ou Vina. Também pode ser usado para visualizar os resultados.

Posso encaixar duas proteínas com o AutoDock Vina?

Você pode ser capaz de fazer isso, mas o AutoDock Vina é projetado apenas
para o acoplamento receptor-ligante. Existem programas melhores para
encaixe de proteína-proteína.

Vina vai rodar na minha máquina de 64 bits?

Sim. Por padrão, máquinas modernas de 64 bits podem executar binários de

32 bits de forma nativa.

Por que recebo o erro "não consigo abrir conf.txt"? O arquivo existe!

Muitas vezes, os navegadores de arquivos escondem a extensão do arquivo,

portanto, enquanto você pensa que tem um arquivo " conf.txt", ele é
chamado " conf.txt.txt". Essa configuração pode ser alterada no painel de
controle ou nas preferências do sistema.

Você também deve certificar-se de que o caminho do arquivo que você está
fornecendo está correto com relação ao diretório (pasta) em que você está, por
exemplo , se você está se referindo simplesmente à conf.txtlinha de comando,
certifique-se de estar no mesmo diretório (pasta). este ficheiro. Você pode
usar lsou dircomandos no Linux / MacOS e Windows, respectivamente, para
listar o conteúdo do seu diretório.

Por que recebo "erros de uso" quando tento seguir o tutorial em vídeo?

As opções da linha de comando mudaram um pouco desde que o tutorial foi

gravado. Em particular, " --out" substituído " --all".

Vina corre bem na minha máquina, mas quando eu corro no meu exótico
cluster Linux, recebo um erro "boost thread resource". Por quê?

Seu cluster Linux é [inadvertidamente] configurado de forma a não permitir a

geração de threads. Portanto, Vina não pode ser executado. Entre em contato
com o administrador do sistema.

Por que minha conformação encaixada é diferente do que você obtém no

tutorial em vídeo?

O algoritmo de ancoragem é não determinístico. Embora com esse par

receptor-ligante, o mínimo da função de pontuação corresponda à
conformação correta, o algoritmo de encaixe às vezes não consegue encontrá-
lo. Tente várias vezes e veja por si mesmo. Observe que a probabilidade de
não encontrar o mínimo pode ser diferente com um sistema diferente.

Minha conformação encaixada é a mesma, mas minhas energias são

diferentes das que você recebe no tutorial em vídeo. Por quê?

A função de pontuação foi alterada desde que o tutorial foi registrado, mas
apenas na parte que é independente da conformação: a penalidade específica
do ligante para a flexibilidade foi alterada.

Por que meus resultados parecem estranhos no PyMOL?

O PDBQT não é um formato de estrutura molecular padrão. A versão do

PyMOL usada no tutorial (0.99rc6) é bem apresentada (porque o PDBQT é
um pouco semelhante ao PDB). Isso pode não ser o caso de versões mais
recentes do PyMOL.

Alguma outra maneira de ver os resultados?

Você também pode visualizar arquivos PDBQT em PMV (parte de MGL

Tools) ou convertê-los em um formato de arquivo diferente (por exemplo,
usando AutoDock Tools ou com "save as" em PMV)
Quão grande deve ser o espaço de busca?

Tão pequeno quanto possível, mas não menor. Quanto menor o espaço de
pesquisa, mais fácil será para o algoritmo de encaixe explorá-lo. Por outro
lado, não explorará as posições do átomo da cadeia lateral do ligante e flexível
fora do espaço de busca. Você provavelmente deve evitar espaços de pesquisa
maiores que 30 x 30 x 30Angstrom, a menos que você também aumente " --
exhaustiveness".

Por que estou vendo um aviso sobre o volume do espaço de pesquisa

sendo superior a 27000 Angstrom ^ 3?

Isso é provavelmente porque você pretendia especificar os tamanhos do

espaço de pesquisa em "pontos de grade" (0.375 Angstrom), como em
AutoDock 4. Os tamanhos de espaço de pesquisa AutoDock Vina são
fornecidos em Angstroms. Se você realmente pretendia usar um espaço de
pesquisa extraordinariamente grande, pode ignorar esse aviso, mas observe
que o trabalho do algoritmo de pesquisa pode ser mais difícil. Você pode
precisar aumentar o valor do exhaustivenesspara compensar isso. Isso levará
a um tempo de execução mais longo.

A conformação ligada parece razoável, exceto pelos hidrogênios. Por

quê?

AutoDock Vina realmente usa uma função de pontuação de átomo

unificado, ou seja , uma que envolve apenas os átomos pesados. Portanto, as
posições dos hidrogênios na saída são arbitrárias. Os hidrogênios no arquivo
de entrada são usados para decidir quais átomos podem ser doadores de
ligação de hidrogênio ou aceitadores, então a protonação correta das estruturas
de entrada ainda é importante.

O que "exaustividade" realmente controla, sob o capô?

Na implementação atual, o cálculo de docking consiste em um número

de execuções independentes , iniciando a partir de conformações
aleatórias. Cada uma dessas execuções consiste em
vários passos sequenciais . Cada passo envolve uma perturbação aleatória da
conformação seguida por uma otimização local (usando o algoritmo de
Broyden-Fletcher-Goldfarb-Shanno) e uma seleção na qual a etapa é aceita ou
não. Cada otimização local envolve muitas avaliações da função de
pontuação, bem como suas derivadas nas coordenadas de posição-orientação-
torção . O número de avaliaçõesem uma otimização local é guiada por
convergência e outros critérios. O número de etapas em uma corrida é
determinado heuristicamente, dependendo do tamanho e flexibilidade do
ligante e das cadeias laterais flexíveis. No entanto, o número de execuções é
definido pelo exhaustivenessparâmetro. Como as execuçõesindividuais são
executadas em paralelo, quando apropriado, exhaustivenesstambém limita o
paralelismo. Ao contrário do AutoDock 4, no AutoDock Vina,
cada execução pode produzir vários resultados: resultados intermediários
promissores são lembrados. Estes são mesclados, refinados, agrupados e
classificados automaticamente para produzir o resultado final.

Por que não recebo a conformação de limite correta?

Pode ser qualquer um de uma série de coisas:

 Se você estiver vindo do AutoDock 4, um erro muito comum é

especificar o espaço de pesquisa em "pontos" (0,375 Angstrom), em
vez de Angstroms.
 Seu ligante ou receptor pode não ter sido corretamente protonado.
 Má sorte (o algoritmo de busca poderia ter encontrado a conformação
correta com boa probabilidade, mas foi simplesmente azarado). Tente
novamente com uma semente diferente.
 O mínimo da função de pontuação corresponde à conformação correta,
mas o algoritmo de busca tem dificuldade em encontrá-la. Nesse caso,
maior exaustividade ou menor espaço de pesquisa deve ajudar.
 O mínimo da função de pontuação simplesmente não é onde está a
conformação correta. Tentar repetidas vezes não ajudará, mas pode
ocasionalmente dar a resposta correta se dois erros (busca e pontuação
inexatos) fizerem certo. O encaixe é uma aproximação aproximada.
 Relacionado com o acima exposto, o culpado também pode ser a
qualidade da estrutura do receptor de raios X ou RMN.
 Se você não está fazendo redocking, ou seja , usando a forma de ajuste
induzido correta do receptor, talvez os efeitos de ajuste induzidos sejam
grandes o suficiente para afetar o resultado do experimento de
ancoragem.
 Os anéis só podem ser rígidos durante o acoplamento. Talvez eles
tenham a conformação errada, afetando o resultado.
 Você está usando um ligante 2D (plano) como entrada.
 A conforma�o ligada real do ligando pode ocasionalmente ser
diferente da que a estrutura de raios X ou RMN mostra.
 Outros problemas

Como posso ajustar a função de pontuação?

Você pode alterar os pesos facilmente, especificando-os no arquivo de

configuração ou na linha de comando. Por exemplo
vina --weight_hydrogen -1.2 ...
duplica a força de todas as ligações de hidrogênio.

Funcionalidades que permitiriam aos usuários criar novos tipos de átomos e

pseudo-átomos e especificar suas próprias funções de interação são planejadas
para o futuro.

Isso deve facilitar a adaptação da função de pontuação a alvos específicos,

modelagem de docking covalente e flexibilidade de macrociclo, experimento
com novas funções de pontuação e, usando pseudo-átomos, criar modelos de
interação direcional.

Fique atento à lista de discussão do AutoDock , se você deseja ser notificado de

qualquer versão do teste beta.

Por que não recebo tantos modos de ligação quanto especifico com " --
num_modes"?

Esta opção especifica o número máximo de modos de ligação para saída. O

algoritmo de encaixe pode encontrar menos modos de ligação "interessantes"
internamente. O número de modos de ligação na saída também é limitado pelo
" energy_range", que você pode querer aumentar.

Por que os resultados não mudam quando eu modifico as cobranças

parciais?

O AutoDock Vina ignora os encargos parciais fornecidos pelo usuário. Ele

tem seu próprio modo de lidar com as interações eletrostáticas através dos
termos hidrofóbico e de ligação de hidrogênio. Veja a publicação
original [*] para detalhes da função de pontuação.

Eu mudei alguma coisa, e agora os resultados de encaixe são

diferentes. Por quê?

Em primeiro lugar, se você não mudou nada, alguns resultados poderiam ter
sido diferentes de qualquer maneira, devido à natureza não-determinística do
algoritmo de busca. A reprodutibilidade exata pode ser assegurada pelo
fornecimento do mesmo aleatório seeda ambos os cálculos, mas somente se
todos os outros parâmetros e entradas forem iguais. Mesmo pequenas
alterações na entrada podem ter um efeito semelhante a uma nova semente
aleatória. O que faz sentido discutir são as propriedades estatísticas dos
cálculos: por exemplo, "com o novo estado de protonação, Vina é muito
menos provávelencontrar a conformação encaixada correta".

Como faço para usar correntes laterais flexíveis?

Você divide o receptor em duas partes: rígido e flexível, com o último
representado de forma semelhante à forma como o ligante é
representado. Consulte a seção "Arquivos PDBQT de Receptor Flexível"
do Guia do Usuário da AutoDock4.2 (página 14) para saber como fazer isso em
AutoDock Tools. Então, você pode emitir o comando: vina --config conf --
receptor rigid.pdbqt --flex side_chains.pdbqt --ligand
ligand.pdbqt. Veja também este artigosobre este assunto.

Como eu faço triagem virtual?

Por favor, consulte a seção relevante do manual .

Observe que existe uma variedade de aplicativos de

gerenciamento de encaixe para ajudá-lo nessa tarefa.

Eu não tenho recursos de computação suficientes para executar uma tela

virtual. Quais são minhas opções?

Você pode executar seu projeto na World Community Grid ou usar o

DrugDiscovery @ TACC. Ver outro software .

Eu tenho idéias para novos recursos e outras sugestões.

Para novos recursos propostos, gostaríamos que houvesse um amplo

consenso, resultante de uma discussão pública, em relação à sua
necessidade. Por favor, considere iniciar ou participar de uma discussão
na lista de discussão AutoDock .

Você responderá minhas perguntas sobre Vina se eu enviar um e-mail ou

ligar para você?

Não. Vina é apoiada pela comunidade. Não há obrigação de os autores

ajudarem os outros em seus projetos. Por favor, veja esta página para obter
ajuda.

Notas de Plataforma e Instalação

janelas

Compatibilidade

Espera-se que o Vina funcione no Windows XP e nos sistemas mais recentes.

Instalando

Clique duas vezes no arquivo MSI baixado e siga as instruções

Corrida

Abra o Prompt de Comando e, se você instalou o Vina no local padrão, digite:

"\Program Files\The Scripps Research Institute\Vina\vina.exe" --help

Se você estiver usando o Cygwin , o comando acima seria:

/cygdrive/c/Program\ Files/The\ Scripps\ Research\ Institute/Vina/vina
--help

Veja o Video Tutorial para detalhes. Não se esqueça de verificar outros

softwares para GUIs, etc.

Linux

Compatibilidade

Espera-se que o Vina funcione em x86 e sistemas Linux compatíveis de 64

bits.

Instalando
tar xzvf autodock_vina_1_1_2_linux_x86.tgz

Opcionalmente, você pode copiar os arquivos binários onde quiser.

Corrida
./autodock_vina_1_1_2_linux_x86/bin/vina --help

Se o executável estiver no seu PATH, você pode simplesmente digitar " vina --
help". Veja o Video Tutorial para detalhes. Não se esqueça de verificar outros
softwares para GUIs, etc.

Mac

Compatibilidade

Espera-se que Vina funcione no Mac OS X 10.4 (Tiger) até o 10.6 (Snow
Leopard), tanto Intel quanto PowerPC.

Instalando
tar xzvf autodock_vina_1_1_2_mac.tgz

Opcionalmente, você pode copiar os arquivos binários onde quiser.

Corrida
./autodock_vina_1_1_2_mac/bin/vina --help

Se o executável estiver no seu PATH, você pode simplesmente digitar " vina --
help". Veja o Video Tutorial para detalhes. Não se esqueça de verificar outros
softwares para GUIs, etc.

Construindo a partir da fonte

Atenção: Construir Vina a partir da fonte não é feito para ser feito por
usuários regulares!

Etapa 1: Instalar um pacote de compilador C ++

No Windows, você pode querer instalar o Visual Studio; no OS X, Xcode; e

no Linux, o conjunto de compiladores do GCC.

Passo 2: Instale o Boost

Instale o Boost . (A versão 1.41.0 foi usada para compilar os binários oficiais.
Com outras versões, sua sorte pode variar). Em seguida, crie e execute um dos
programas de exemplo, como o exemplo Regex, para confirmar que você
concluiu essa etapa. Se você não puder fazer isso, procure ajuda da
comunidade do Boost.

Passo 3: Construa Vina

Se você estiver usando Visual Studio, você pode querer criar três
projetos: lib, maine split, com o código fonte dos subdiretórios
apropriados. libdeve ser uma biblioteca, da qual os outros projetos
dependam maine splitdevem ser aplicativos de console. Para um desempenho
ideal, lembre-se de compilar usando o Releasemodo.

No OS X e no Linux, você pode querer navegar para

o buildsubdiretório apropriado , personalizar a Makefile configuração dos
caminhos e a versão do Boost e, em seguida, digitar
make depend
make

Uso
Resumo

O resumo de uso pode ser obtido com " vina --help":

Input:
--receptor arg rigid part of the receptor (PDBQT)
--flex arg flexible side chains, if any (PDBQT)
--ligand arg ligand (PDBQT)

Search space (required):

--center_x arg X coordinate of the center
--center_y arg Y coordinate of the center
--center_z arg Z coordinate of the center
--size_x arg size in the X dimension (Angstroms)
--size_y arg size in the Y dimension (Angstroms)
--size_z arg size in the Z dimension (Angstroms)

Output (optional):
--out arg output models (PDBQT), the default is chosen
based on
the ligand file name
--log arg optionally, write log file

Misc (optional):
--cpu arg the number of CPUs to use (the default is
to try to
detect the number of CPUs or, failing
that, use 1)
--seed arg explicit random seed
--exhaustiveness arg (=8) exhaustiveness of the global search
(roughly
proportional to time): 1+
--num_modes arg (=9) maximum number of binding modes to
generate
--energy_range arg (=3) maximum energy difference between the best
binding
mode and the worst one displayed
(kcal/mol)

Configuration file (optional):

--config arg the above options can be put here

Information (optional):
--help display usage summary
--help_advanced display usage summary with advanced options
--version display program version

Arquivo de configuração

Por conveniência, algumas opções de linha de comando podem ser colocadas

em um arquivo de configuração.

Por exemplo:
receptor = hsg1/rigid.pdbqt
ligand = ligand.pdbqt

center_x = 2
center_y = 6
center_z = -7

size_x = 25
size_y = 25
size_z = 25

energy_range = 4

Em caso de conflito, a opção de linha de comando tem precedência sobre o

arquivo de configuração.

Espaço de busca

O espaço de busca restringe efetivamente onde os átomos móveis, incluindo

aqueles nas cadeias laterais flexíveis, devem estar.

Exaustão

Com a configuração padrão (ou qualquer dado) exhaustiveness, o tempo

gasto na busca já varia heuristicamente dependendo do número de átomos,
flexibilidade, etc. Normalmente, não faz sentido gastar tempo extra
procurando reduzir a probabilidade de não encontrar o mínimo global da
função de pontuação além do que é significativamente menor do que a
probabilidade de que o mínimo esteja longe da conformação nativa. No
entanto, se você achar que a compensação automática entre exaustividade e
tempo é inadequada, você pode aumentar o exhaustivenessnível. Isso deve
aumentar o tempo linearmente e diminuir a probabilidade de não encontrar o
mínimo exponencialmente.

Saída

Energia

A afinidade de ligação prevista está em kcal/mol.

RMSD

Os valores de RMSD são calculados em relação ao melhor modo e usam

apenas átomos pesados móveis. Duas variantes de métricas de RMSD são
fornecidas, rmsd/lb(limite inferior de RMSD) e rmsd/ub(limite superior de
RMSD), diferindo em como os átomos são correspondidos no cálculo da
distância:

 rmsd/ub combina cada átomo em uma conformação com ela mesma na

outra conformação, ignorando qualquer simetria
 rmsd'combina cada átomo em uma conformação com o átomo mais
próximo do mesmo tipo de elemento na outra conformação ( rmsd'não
pode ser usado diretamente, porque não é simétrico)
  rmsd/lb é definido da seguinte forma: rmsd/lb(c1, c2) = max(rmsd'(c1,
c2), rmsd'(c2, c1))

Posições de hidrogênio

Vina usa uma função de pontuação de átomos unidos. Como no AutoDock, os

hidrogênios polares são necessários nas estruturas de entrada para digitar
corretamente átomos pesados como doadores de ligação de hidrogênio. No
entanto, em Vina, os graus de liberdade que apenas movem hidrogênios, como
as torções do grupo hidroxila, são degenerados. Portanto, na saída, alguns
átomos de hidrogênio podem ser esperados para ser posicionados
aleatoriamente (mas consistente com a estrutura covalente). Para um
tratamento unificado, isso é essencialmente uma questão cosmética.

Modelos separados

Todos os modos de ligação previstos, incluindo as posições das cadeias

laterais flexíveis, são colocados em um arquivo PDBQT multimodal
especificado pelo parâmetro "out" ou escolhido por padrão, com base no nome
do arquivo do ligando. Se necessário, esse arquivo pode ser dividido em
modelos individuais usando um programa separado chamado "vina_split",
incluído na distribuição.

Opções avançadas

As "opções avançadas" do AutoDock Vina destinam-se a ser usadas

principalmente por pessoas interessadas no desenvolvimento de métodos, e
não nos usuários finais . O resumo de uso incluindo as opções avançadas pode
ser mostrado com
vina --help_advanced

As opções avançadas permitem

 pontuação sem minimização

 realizando apenas otimização local
 randomizando a entrada sem pesquisa (isso é útil para testar o software
de encaixe)
 alterando os pesos de seus valores padrão (veja o documento [*] para o
que os pesos significam)
 exibindo as contribuições individuais para a pontuação molecular inter ,
antes da ponderação (estes são mostrados com " --score_only"; ver o
artigo [2] para o que os termos são)

Triagem Virtual
Você pode escolher algumas das ferramentas listadas em Outros softwares para
executar a triagem virtual. Como alternativa, se você estiver familiarizado
com o shell script , poderá fazer uma triagem virtual sem eles.

Os exemplos abaixo assumem que Bash é seu shell. Eles precisarão ser
adaptados às suas necessidades específicas.

janelas

Para realizar a triagem virtual no Windows, você pode usar os scripts Cygwin e
Bash abaixo ou, como alternativa, adaptá-los para a linguagem de
script do Windows .

Linux, Mac

Suponha que você esteja em um diretório que contém o

receptor receptor.pdbqte um conjunto de ligantes
chamado ligand_01.pdbqt, ligand_02.pdbqtetc.

Você pode criar um arquivo de configuração conf.txt, como

receptor = receptor.pdbqt

center_x = 2
center_y = 6
center_z = -7

size_x = 25
size_y = 25
size_z = 25

num_modes = 9

e encaixe todos os ligandos com este script de shell . O script assume

que vinaestá no seu PATH. Caso contrário, modifique-o de acordo.

PBS Cluster

Se você tiver um cluster Linux Beowulf , poderá executar os dockings

individuais em paralelo.

Continuando com nosso exemplo, em vez de executar todos os dockings em

um loop localmente, escreveremos um *.jobscript por ligando e
usaremos qsub(um comando PBS ) para programar esses scripts para serem
executados pelo cluster.

Execute este script de shell para fazer isso. O script assume

isso vinae qsubestá no seu PATH. Caso contrário, modifique-o de acordo.
Depois que os trabalhos tiverem sido agendados, você poderá monitorar seu
status com
qstat -u `whoami`

Selecionando Melhores Resultados

Se você estiver no Unix e em um diretório que contenha diretórios com

arquivos PDBQT, todos os quais são resultados do AutoDock Vina, você pode
achar este script Python útil para selecionar os melhores resultados. Execute
como:
vina_screen_get_top.py 10

para obter os nomes dos 10 principais resultados, que podem ser facilmente
copiados.