Lista I de Exerccios Biologia III

Professor da Disciplina: Prof. Dr. Guilherme Menegon Arantes Pedro Henrique Rocha Bruel 7143336 Curso de Cincias Moleculares Turma 20

Exerccio (1): (a):

Esto presentes 37 cpias da estrutura, isto , 37 configuraes de cada tomo da protena. Ao utilizar o VMD, possvel perceber que cada uma destas configuraes representa uma foto da protena em cada instante, um frame de uma simulao temporal para esta protena. A partir desse vdeo da protena, percebe-se que a alfa-hlice da estrutura quase no se movimenta, mas possvel ver movimentos mais amplos nas extremidades C e N terminal. Dedos de zinco in a nutshell: Os dedos de zinco aparecem em variadas protenas, e mediam a interao dessas protenas com diversas outras molculas pequenas, ou com DNA, RNA e outras protenas. Hoje, diversas classes e tipos de dedos de zinco so produzidos por laboratrios, e utilizados como fatores de transcrio, em recombinases, nucleases e metilases. As dedo-de-zinco-nucleases so utilizadas para manipulao de diversos genomas de organismos complexos. Fontes: http://en.wikipedia.org/wiki/Zinc_finger#Applications http://en.wikipedia.org/wiki/Structural_motif

(b):
Foram encontradas 32 Ligaes de Hidrognio: (no consegui me livrar dos outros modelos, quando eu os removia do arquivo pdb, a ferramenta de ligaes no funcionava corretamente.) donor VAL22-Main HIS23-Main ARG18-Main SER17-Main SER17-Side LYS24-Side PHE10-Main TYR1-Main GLN20-Side CYS3-Main LYS24-Main LEU16-Main ARG21-Main GLU7-Main CYS3-Main LYS2-Side ARG18-Side ARG21-Side acceptor occupancy HIS19-Main 37.84% GLN20-Main 2.70% SER14-Main 83.78% LYS13-Main 86.49% LYS13-Main 81.08% ARG21-Main 2.70% TYR1-Main 56.76% PHE10-Main 21.62% LEU16-Main 29.73% GLU7-Main 5.41% GLN20-Main 8.11% GLU12-Main 16.22% ARG18-Main 24.32% GLU7-Side 2.70% ARG8-Main 5.41% SER9-Side 2.70% SER17-Side 2.70% ARG18-Main 8.11%

LYS2-Side ARG21-Side ARG18-Side GLN20-Main ARG18-Side CYS6-Main GLU7-Main ALA15-Main ASN25-Main ARG21-Side ASN25-Side ASN25-Side GLU12-Main ARG8-Side

GLU7-Side ASN25-Side GLU12-Side LEU16-Main ARG18-Main CYS3-Main CYS3-Main GLU12-Side GLN20-Main ARG21-Main GLN20-Main ARG21-Main PHE10-Main GLU7-Main

5.41% 2.70% 2.70% 2.70% 2.70% 2.70% 2.70% 2.70% 2.70% 5.41% 2.70% 2.70% 2.70% 2.70%

(c):
Segue a sequncia FASTA da PDB ID 1ZNF: >1ZNF:A|PDBID|CHAIN|SEQUENCE XYKCGLCERSFVEKSALSRHQRVHKNX

(d):
Os cinco primeiros colocados do alinhamento foram: (1): 1ZNF Three dimensional solution structure of a single zinc Finger DNA-binding domain; (2): 2YRJ Solution structure of the C2H2-type zinc finger domain (781-813) from zinc finger protein 473; (3): 2EMI Solution structure of the C2H2 type zinc finger (region 547-579) of human Zinc finger protein 484; (4): 1MEY Crystal structure of a designed zinc finger protein bound to DNA; (5): 2YTR Solution structure of the C2H2 type zinc finger (region 760-792) of human Zinc finger protein 347;

(e):
Alinhamento com o segundo colocado 2YRJ:
2 10 20 24 | . | . | | Query YKCGLCERSFVEKSALSRHQRVH Y+CG C ++F +K+ L++HQR+H Sbjct YRCGECGKAFAQKANLTQHQRIH | . | . | | 13 20 30 35 Legend: Green - identical residues | Orange - similar residues | | Red - sequence mismatch | Blue - deletion | Grey insertion

As sequncias so muito semelhantes, pois temos apenas 4 resduos que no so idnticos ou similares. As diferenas podem ser explicadas pelo fato de as estruturas serem provenientes de organismos diferentes, j que a primeira (1ZNF) provm do Xenopus laevis, um tipo de sapo africano, e a segunda (2YRJ), presente no corpo humano. As duas podem ainda ter ligantes diferentes, ou atuar diferentemente nas protenas em que se encontram. Com relao estrutura, vemos que a alfa-hlice caracterstica dos dedos de zinco se encontra nas duas estruturas, mas em propores diferentes. As extremidades, porm, diferem bastante.

Exerccio (2): (a):

A protena PDB ID 3MI4 uma tripsina de boi, ou Bos taurus, pertencente a uma classe de proteases encontradas no aparelho digestivo de uma grande variedade de vertebrados. Mais especificamente, uma serino-protease, isto , possui um resduo de serina em seu stio ativo. A tripsina produzida no pncreas e secretada inativa no duodeno, onde ativada por enteropeptidases, enzimas que clivam a tripsina inativa. Uma tripsina ativada pode ativar outras tripsinas num processo chamado de autocatlise, que comum em serino-proteases, e previne a auto degradao do pncreas. Fontes: http://en.wikipedia.org/wiki/Trypsin http://en.wikipedia.org/wiki/Serine_protease

(b):
Identificao dos Ligantes:
ID BEN CA GOL SO4 Nome Benzamidina on Clcio Glicerol on Sulfato Frmula C7H8N2 Ca C3H8O3 SO4

A afinidade uma medida de intensidade da interao de uma protena com seu ligante. Para fazer essa medida utilizamos um nmero, que obtido dividindo a constante de dissociao do complexo protena-ligante pela sua constante de formao Equao 2.e.1.

Equao 2.e.1.

Quanto menor for o nmero Kd maior ser a afinidade do ligante pela protena. Uma afinidade alta quer dizer que a ligao ser favorvel, isto , a energia livre de complexao ser mais negativa quanto maior a afinidade, ou menor o valor de Kd. O clculo da energia livre de complexao G pode ser feito em funo de Kd e T, a temperatura do sistema, como visto na Equao 2.e.2. (
Equao 2.e.2.

(c):
Segue a tabela com as Ligaes de Hidrognio envolvendo a benzamidina:
Ligao de H 1 2 3 4 5 Resduo SER 190 A SER 190 A ASP 189 A ASP 189 A GLY 219 tomo N2 benzamidina N2 benzamidina N2 benzamidina N1 benzamidina N1 benzamidina Distncia () 2.94 3.19 2.87 2.83 2.88

As bridged hidrogen bonds so ligaes de hidrognio mediadas por molculas de gua. A benzamidina possui apenas uma dessas ligaes, em seu tomo N2. Fonte: http://www.pdb.org/pdb/staticHelp.do?p=help/viewers/ligandExplorer_viewer.html

(d):
Segue a tabela com as ligaes hidrofbicas envolvendo a benzamidina:
Ligao Hidrofbica 1 2 3 4 5 Resduo VAL 213 A VAL 213 A SER 190 A TRP 215 A GLN 192 A tomo C5 benzamidina C6 benzamidina C benzamidina C1 benzamidina C3 benzamidina Distncia () 3.84 3.87 3.81 3.71 3.85

(e):
As interaes do clcio com a protena so do tipo interao metlica, segundo o prprio Ligand Explorer.
Ligao Metlica 1 2 3 4 Resduo GLU 80 A VAL 75 A ASN 72 A GLU 70 A tomo Clcio Clcio Clcio Clcio Distncia () 2.31 2.29 2.31 2.27

Uma das possveis funes do on pode ser estabilizar a estrutura proteica, mantendo a conformao, e com isso a funo, mesmo em situaes adversas.