Monografia Final Helder

UNIVERSIDADE ESTADUAL DE SANTA CRUZ HLDER CONCEIO ALMEIDA
CLCULO DE COEFICIENTES DE CONVERSO UTILIZANDO O CDIGO MCNPX PARA O FANTOMA MAX
ILHUS BAHIA 2010
HLDER CONCEIO ALMEIDA
Relatrio
final
de
estgio
supervisionado
apresentado, para a obteno do ttulo de bacharel disciplina em Cincia da Computao,
Estgio
Supervisionado,
Universidade Estadual de Santa Cruz.
rea de concentrao: Cincia da Computao.
Orientador: Prof. Dany Sanchez Dominguez
ILHUS BAHIA 2010
HLDER CONCEIO ALMEIDA
Ilhus-BA, 16/06/2010
______________________________________ Dr. Dany Sanchez Dominguez UESC / DCET (Orientador)
______________________________________ Dr. Paulo Svio da Silva Costa UESC / DCET (Professor)
______________________________________ Esbel Toms Valero Orellana UESC / DCET (Convidado)
DEDICATRIA
minha famlia e amigos que me apoiaram e no mediram esforos para que eu chegasse at essa etapa de minha vida, assim como a meus professores e orientadores que sempre me incentivaram, dedico.
AGRADECIMENTOS
Aos meus professores da formao bsica, pelo ensino, disciplina e incentivo que me foi passado desde os tempos de infncia. Ao Departamento de Cincias Exatas e Tecnolgicas da Universidade Estadual de Santa Cruz que me concedeu a oportunidade da realizao do curso. Fundao de Amparo Pesquisa do Estado da Bahia por ter me concedido bolsa de Iniciao Cientfica, por duas vezes, incentivando-me a contribuir com a pesquisa e disseminao do conhecimento na regio. Aos meus professores Esbel Toms Valero Orellana, Susana Marrero Iglesias e Felix Mas Milian que acreditaram e desenvolveram o meu potencial na pesquisa cientfica e me incentivaram a atuar nesta atividade. Especialmente ao meu orientador, Dr. Dany Sanchez Dominguez que foi meu professor e orientador em dois projetos de iniciao cientfica, diversos projetos de pesquisa durante toda a graduao, alm de orientar-me nesse projeto de concluso de curso. Aos colegas Alexandre Gonzaga dos Santos, Gabriel Falco da Silva Rios, Marlesson Rodrigues Oliveira Santana e Pablo Rangel Lopes Silva pelo companheirismo nas horas de descontrao e de estudo, pela companhia nas viagens para os diversos eventos e o apoio nas disciplinas mais exigentes durante o curso. E finalmente minha famlia e noiva pelo imenso apoio, ajuda e cooperao. Especialmente aos meus pais.
"A mente que se abre a uma nova idia jamais voltar ao seu tamanho original." Albert Einstein
RESUMO
O uso de radiao ionizante em diversas aplicaes est amplamente difundido na sociedade atual. A explorao destas tecnologias deve ser feita em condies que garantam a segurana dos trabalhadores, dos usurios e do pblico em geral. Do ponto de vista de proteo radiolgica, relevante o uso de tcnicas e metodologias que calculem com preciso a dose absorvida por rgos e tecidos radio-sensveis. Ao estimarmos a dose absorvida essencial contar com coeficientes de converso que permitam calcular esta grandeza de forma simples e precisa. O cdigo de Monte Carlo N-Particle eXtended (MCNPX) amplamente utilizado para pesquisa nesta rea da radioproteo. Este utiliza mtodos probabilsticos para simular a interao da radiao com a matria. As tcnicas de simulao utilizadas pelo MCNPX requerem muito poder de processamento e memria, tornando-o lento e possivelmente impraticvel. Este projeto prope instalar, configurar e medir o desempenho do MCNPX nos sistemas operacionais Windows e Linux, alm de utilizar o cdigo para calcular os coeficientes de converso do fantoma anatmico brasileiro MAX comparando-o com os recomendados pela Comisso Internacional de Proteo Radiolgica e com o fantoma chins CAM.
Palavras-chave: cdigos de Monte Carlo; MCNPX; Coeficientes de converso; fantoma MAX.
LISTA DE TABELAS 1. 2. Valores dos fatores de peso da radiao, wR. .................................................. 9 Fatores de peso para rgos e tecidos especficos para o clculo de dose efetiva. ..................................................................................................... 9 3. Comparao entre as massas dos rgos do MAX com as
recomendadas pela ICRP 89. Em negrito esto assinaladas as diferenas ....................................................................................................... 15 4. Tempo de execuo do MCNPX no SO Linux Fedora 9 para testes seriais (em minutos)........................................................................................ 20 5. Tempo de execuo do MCNPX no SO Windows XP para testes seriais (em minutos). .................................................................................................. 21
LISTA DE FIGURAS 1. 2. 3. 4. 5. Radiaes mais ionizantes e seus respectivos poderes de penetrao ........... 7 Representao do modelo matemtico MIRD-5. ............................................ 12 Passos para construo de modelo dosimtrico para o corpo inteiro. ........... 13 Fantoma MAX (a) vista frontal, (b) vista lateral e (c) corte transversal. .......... 15 Comparativo do tempo de execuo do MCNPX entre os SO Windows XP e Linux Fedora 9 para eltrons de 30 MeV. .............................................. 21 6. Comparativo do tempo de execuo do MCNPX entre os SO Windows XP e Linux Fedora 9 para phtons com energia 10 MeV. ............................. 22 7. SpeedUp do MCNPX, de 1 a 8 processadores, ao simular eltrons com energias 10 e 30 MeV, e 106 e 107 histrias. ................................................ 24 8. SpeedUp do MCNPX, de 1 a 8 processadores, ao simular phtons com energias 1 e 10 MeV, e 106 e 107 histrias. .................................................. 25 9. Tempo de execuo do MCNPX de 1 a 8 processadores, ao simular eltrons com energias 10 e 30 MeV, e 106 e 107 histrias. ........................... 26 10. Tempo de execuo do MCNPX de 1 a 8 processadores, ao simular phtons com energias 1 e 10 MeV, e 106 e 107 histrias. ............................. 26 11. 12. Geometria de irradiao antero-posterior (AP) simulada neste trabalho. ....... 29 Comparao dos CCs da pele na geometria AP entre os fantomas MAX06, CAM e as recomendaes da ICRP 74. ........................................... 30 13. Comparao dos Coeficientes de Converso do fgado na geometria AP entre os fantomas MAX06, CAM e as recomendaes da ICRP 74. .............. 30 14. Comparao dos Coeficientes de Converso do esfago na geometria AP entre os fantomas MAX06, CAM e as recomendaes da ICRP 74. ........ 31
15.
Comparao dos Coeficientes de Converso da lente dos olhos na geometria AP entre os fantomas MAX06, CAM e as recomendaes da ICRP 74. ......................................................................................................... 31
16.
Comparao dos Coeficientes de Converso dos testculos na geometria AP entre os fantomas MAX06, CAM e as recomendaes da ICRP 74. ........ 32
17.
18.
LISTA DE SIGLAS ALARA CC CAM ICRP ICRU INP LAHET LCC MAX MCNP MCNP4C MCNP5 MCNPX MPI PVM SO UESC UFPE UV VOXEL As Low As Reasonably Achievable Coeficiente de Converso Chinese Adult Man International Commission on Radiological Protection International Commission on Radiological Units and Measuraments Input File Los Alamos High-Energy Transport Laboratrio de Computao Cientfica Male Adult voxel Monte Carlo N-Particle Monte Carlo N-Particle Version 4c Monte Carlo N-ParticleVersion5 Monte Carlo N-Particle eXtended Message Passing Interface Parallel Virtual Machine Sistema Operacional Universidade Estadual de Santa Cruz Universidade Federal de Pernambuco Ultra Violeta Volume em Pixel
SUMRIO RESUMO ..................................................................................................... vi 1. 1.1. 1.2. 1.2.1. 1.2.2. 2. 2.1. 2.1.1. 2.1.2. 2.2. 2.2.1. 2.2.2. 2.2.3. 2.2.4. 2.2.5. 2.3. 2.4. 2.4.1. 2.4.2. 2.5. INTRODUO ............................................................................................. 1 Identificao do Problema ............................................................................ 3 Objetivos....................................................................................................... 4 Objetivo Geral............................................................................................... 4 Objetivos Especficos ................................................................................... 4 FUNDAMENTOS TERICOS ...................................................................... 5 Radiao ...................................................................................................... 5 Radiao no-ionizante ................................................................................ 5 Radiao ionizante ....................................................................................... 5 Grandezas e unidades dosimtricas ............................................................ 7 Dose absorvida ............................................................................................. 8 Dose equivalente .......................................................................................... 8 Dose efetiva.................................................................................................. 9 Fluncia ...................................................................................................... 10 Kerma ......................................................................................................... 10 Coeficientes de converso ......................................................................... 11 Modelo antropomrfico matemtico ........................................................... 12 Modelo antropomrfico baseado em imagem............................................. 13 O simulador MAX ....................................................................................... 14 O cdigo de transporte de partculas MCNPX, baseado nomtodo de Monte Carlo ........................................................................................... 16 3. 3.1. 3.1.1. 3.1.2. 4. 5. 6. DESEMPENHO E CONFIGURAO DO MCNPX .................................... 18 O desempenho do MCNPX ........................................................................ 19 Testes em arquitetura serial ....................................................................... 19 Testes em arquitetura paralela ................................................................... 22 CLCULO DOS COEFICIENTES DE CONVERSO ................................ 28 CONCLUSES E TRABALHOS FUTUROS ............................................. 34 REFERNCIAS BIBLIOGRFICAS .......................................................... 36 APNDICE ................................................................................................. 38 APNDICE A - Manual de Instalao do MCNPX 2.6 ................................ 37
1 1. INTRODUO
A utilizao de radiaes ionizantes tem inmeras aplicaes na sociedade moderna, como medicina nuclear, produo de energia, plantas de irradiao e tcnicas nucleares analticas. Entretanto, a utilizao de radiao nestas aplicaes introduz riscos sade devido a seus efeitos prejudiciais ao corpo humano. As agncias reguladoras e a comunidade acadmica trabalham em conjunto para quantificar os efeitos biolgicos da radiao e estabelecer normas e critrios que salvaguardem trabalhadores, usurios e indivduos do pblico em geral. A manuteno de nveis de radiao ionizante abaixo dos limites recomendados por normas internacionais um tema amplamente abordado pela comunidade cientfica mundial. A proteo radiolgica durante a utilizao de fontes de radiao ionizante na medicina deve seguir uma filosofia de trabalho que preze pela segurana e qualidade de vida das pessoas envolvidas em todas as etapas de seu uso. A Comisso Internacional de Proteo Radiolgica (ICRP) e a Comisso Internacional de Unidades e Medidas de Radiao (ICRU) estabelecem que sejam implantados mtodos de otimizao que garantam que os trabalhadores e os membros do pblico expostos radiao sejam submetidos aos menores nveis de radiao possveis, obedecendo ao princpio ALARA (to baixo quanto
razoavelmente possvel), levando-se em conta fatores sociais e econmicos. O princpio ALARA um postulado no qual se afirma que uma vez que no so totalmente conhecidos os danos causados pela exposio radiao ionizante em doses baixas, devem-se manter os nveis de exposio to baixos quanto admissveis, possivelmente exequveis (VERGARA, 2005) Prever as doses de radiao recebidas pelos rgos e tecidos do corpo humano uma tarefa complexa. Pesquisas e experimentos para determinar a dose absorvida diretamente em seres humanos so inaceitveis. Uma alternativa realizar estes testes utilizando modelos ou fantomas que representem bem o corpo humano, mas este enfoque tem diversas limitaes: os fantomas utilizados possuem pouco detalhamento em relao a pessoas reais, os experimentos so caros e suas condies de aplicao limitadas. A melhor alternativa fazer uso de simulaes computadorizadas usando cdigos probabilsticos de transporte de partculas. Esses simuladores requerem modelos matemticos, conhecidos como fantomas
2 antropomrficos, que consigam representar indivduos de uma populao comum o mais detalhadamente possvel. Os fantomas antropomrficos so representaes computacionais utilizadas para determinar coeficientes de converso entre a dose absorvida nos rgos e tecidos e grandezas mensurveis. Esses podem representar a anatomia do corpo humano, com informaes sobre densidade, composio qumica, forma, tamanho e localizao dos rgos. Atualmente, os mais utilizados so: o modelo matemtico e o modelo baseado em imagens de tomografia computadorizada ou imagem de ressonncia magntica, chamado de fantoma voxelizado. Nos ltimos anos as agncias reguladoras ICRP e ICRU, baseadas em dados estatsticos recentes, aprimoraram as recomendaes para uso de radiaes ionizantes. Especificamente, a recomendao ICRP 103 introduz novos rgos e tecidos a serem considerados nos clculos de doses absorvida e doses efetiva. Em paralelo, a comunidade acadmica tem aperfeioado os fantomas anatmicos, visando obter resultados mais precisos. Os modelos anatmicos mais eficazes so os modelos voxelizados, os quais so compostos por um grande nmero de cubos em forma de arranjos tridimensionais. O Brasil o nico pas da Amrica Latina que desenvolveu seus prprios fantomas anatmicos voxelizados, o FAX (Female Adult voXel) e MAX (Male Adult voXel). Isto relevante para a radioproteo nacional j que permite uma caracterizao mais detalhada da populao brasileira na preveno de doses absorvidas. O grande desafio ao utilizarmos fantomas voxelizados o elevado custo computacional das simulaes. Para contornar esta limitao, so calculados Coeficientes de Converso (CCs) que permitem correlacionar a dose absorvida em rgos e tecidos com grandezas operacionais fcies de medir. Neste sentido, a simulao probabilstica utilizada para
determinar os CCs que logo so utilizados para estimar as doses de radiao. As prximas sees deste trabalho descrevem os objetivos e as etapas da pesquisa realizada. Estas foram divididas em quatro partes. Primeiramente a reviso e aprofundamento bibliogrfico sobre os principais temas tratados, sendo eles: proteo radiolgica, radiao (ionizante e no ionizante), grandezas e unidades dosimtricas envolvidas na interao da radiao com a matria, e o cdigo de Monte Carlo MCNPX. Em seguida abordada a instalao e configurao do MCNPX, assim como medidas de desempenho referentes a este software. Ainda neste trabalho, so revelados os coeficientes de converso calculados e a anlise
3 comparativa destes com os relatados na ICRP 74 e em outro projeto de pesquisa envolvendo o fantoma chins CAM.
1.1.
Identificao do Problema O MCNPX (Monte Carlo N-Particle eXtended) um dos principais cdigos
probabilsticos para simular problemas de transporte de partculas. Atravs dele possvel calcular Coeficientes de Converso (CCs) com grande preciso e diversas opes de energias e partculas. Porm, este clculo apresenta elevado custo computacional e, consequentemente, um intervalo de tempo de execuo considervel. Isso dificulta e, muitas vezes, inviabiliza o uso da ferramenta, pois so necessrios computadores robustos e muito tempo de antecedncia para executar os clculos. Sendo importante enfatizar que o referido tempo, muitas vezes, ultrapassa semanas de clculos ininterruptos para pequenos rgos e tecidos do fantoma. Um dos motivos para esta necessidade de tempo acentuada se deve, muitas vezes, ao mau aproveitamento dos recursos disponveis do hardware onde o cdigo est instalado. Pesquisadores de diversos centros no Brasil e no mundo no aproveitam todos os recursos disponibilizados pelo software (FOSTER 2004), acomodando-se sua instalao padro, em ambientes no favorveis sua execuo. Porm, o prprio cdigo fornece suporte a otimizao e portabilidade entre sistemas e arquiteturas computacionais diferentes, podendo ser executado em ambientes com computao paralela, aproveitando assim novas tecnologias como computadores multiprocessados e clusters de computadores. Alm disso, possvel instal-lo em diversos sistemas operacionais, abrindo campo pesquisa do sistema que fornece melhor condies sua execuo. Contudo, para que a personalizao da instalao do MCNPX seja feita de maneira correta e realmente eficiente, necessrio conhecimento computacional aprofundado e especfico sobre sistemas operacionais e tecnologias de paralelizao.
4 1.2. Objetivos
1.2.1. Objetivo Geral Adquirir competncias na utilizao de cdigos Monte Carlo para simulao computacional de problemas de transporte de partculas, especificamente ao trabalhar com o cdigo MCNPX. Podendo assim fornecer valores numricos precisos para os CCs do fantoma MAX, permitindo aperfeioar os mecanismos de radioproteo e os protocolos de medicina nuclear nacionais. Alm disso, consolidar os conhecimentos em linguagens de programao, arquiteturas de computadores, processamento paralelo e computao de alto desempenho, especificamente os conceitos ligados implementao, compilao, otimizao e execuo do cdigo MCNPX. 1.2.2. Objetivos Especficos Os objetivos especficos deste trabalho so: 1. Instalar uma verso otimizada do MCNPX em um cluster de computadores; 2. Avaliar o desempenho computacional do cdigo MCNPX nas arquiteturas e sistemas operacionais mais utilizados pela comunidade cientfica; 3. Utilizar tcnicas de processamento paralelo e computao de alto desempenho que permitam utilizar o cdigo MCNPX com fantomas voxelizados de alta resoluo com custo computacional aceitvel. Espera-se obter um speedup de aproximadamente 0.5p a 0.9p (seja p o nmero de processadores utilizados na simulao) reduzindo o tempo de execuo de problemas seriais de alguns dias para poucas horas; 4. Calcular coeficientes de converso para estimar a dose absorvida utilizando o fantoma anatmico brasileiro MAX nos seguintes rgos: pele, fgado, lentes dos olhos, esfago, tireide, testculos e pulmes; 5. Adquirir conhecimentos adicionais sobre diferentes arquiteturas, sistemas operacionais de computadores, compiladores e tcnicas de computao de alto desempenho.
5 2. FUNDAMENTOS TERICOS
2.1.
Radiao O conceito de radiao aplicado a ondas eletromagnticas ou partculas que
se propagam com alta velocidade e energia. Estas partculas tm carga eltrica e/ou magntica, e ao interagir com a matria podem produzir variados efeitos. A radiao pode ser gerada por fontes naturais ou por dispositivos construdos pelo homem. As radiaes eletromagnticas mais conhecidas so: luz, micro-ondas, ondas de rdio AM e FM, radar, laser, raios X e radiao gama. As radiaes sob a forma de partculas, com massa, carga eltrica e carga magntica mais comuns so feixes de eltrons, prtons e ftons, radiao beta e radiao alfa. Das radiaes particuladas sem carga eltrica, a mais conhecida o feixe de nutrons. A radiao pode ser caracterizada como ionizante e no ionizante; a principal diferena entre elas a energia e, portanto sua frequncia ou comprimento de onda (SILVA, 2007). 2.1.1. Radiao no ionizante A radiao no ionizante caracterizada por no possuir energia suficiente para arrancar eltrons dos tomos do meio por onde est se deslocando, mas tem o poder de quebrar molculas e ligaes qumicas. Dessa radiao fazem parte: radio freqncia, infravermelho e luz visvel. Este tipo de radiao no alvo de estudo neste trabalho por no causar danos sade do ser humano. 2.1.2. Radiao ionizante A radiao ionizante definida como aquela que tem energia suficiente para interagir com os tomos do meio por onde se propaga. Em outras palavras: essa radiao tem energia para arrancar pelo menos um eltron de um dos nveis de energia de um tomo do meio por onde est se deslocando. Assim, esse tomo deixa de ser neutro e passa a ter uma carga positiva, pois o nmero de prtons se torna maior que o de eltrons. A radiao ionizante converte o tomo neutro, tornando-se um on positivo.
6 A radiao ionizante pode ser classificada em dois grupos: aquela que possui carga eltrica e a neutra. Alguns tipos de radiao corpuscular como partculas alfa e beta, eltrons e prtons possuem carga, assim se encontram no primeiro grupo; o nutron, sem carga, se enquadra no segundo. Alguns tipos de radiao eletromagntica tambm so ionizantes, como os raios UV, X e gama, mas como no possuem carga tambm fazem parte da segunda categoria (SILVA, 2007). As diferenas entre cada tipo de radiao esto no mtodo de produo, no poder de penetrao e na interao com a matria. Com relao a este ltimo, podemos afirmar que as partculas eletricamente carregadas interagem diretamente com a matria, produzindo ionizao direta, j as partculas neutras e os ftons provocam ionizao indireta. O poder de penetrao da radiao ionizante est diretamente relacionado com a energia inicial que ela tem e com a interao que ela sofre durante seu movimento. Por exemplo, a partcula alfa possui duas cargas positivas, dessa forma ela perde energia para os tomos do meio muito rapidamente e isto implica em um alcance bem pequeno (no ar no ultrapassa alguns centmetros e no corpo humano chega somente superfcie da pele). Essa partcula tambm pode ser considerada pesada em comparao s demais, assim se movimenta em linha reta, e tem alto poder de ionizao, ou seja, ela deposita grande quantidade de energia por centmetro que percorre (grande densidade de ionizao) (SILVA, 2007). A partcula beta tem apenas uma carga positiva e massa pequena, assim no se movimenta em linha reta e sua interao com a matria menor que a da alfa, resultando num alcance de aproximadamente 1 metro no ar. O poder de ionizao da partcula beta mais baixo do que o da alfa e sua densidade de ionizao baixa. Os nutrons so partculas eletricamente neutras, com isso seu poder de ionizao pequeno e mesmo ionizando o meio por onde esto se propagando, entretanto seu poder de penetrao muito grande. Materiais ricos em hidrognio como a gua e a parafina servem como blindagem para os nutrons. A ionizao que os ftons dos raios X e gama provocam na matria indireta, pois primeiro eles promovem a criao ou a aniquilao de eltrons ou de psitrons, que por sua vez ionizam a matria (reaes secundrias).
7 A Figura 1 mostra as quatro radiaes mais ionizantes e seu poder de penetrao:
Alfa
Beta Gama Nutron gua Papel Radiaes mais ionizantes e seus respectivos poderes de penetrao Concreto
Figura 1
Os efeitos biolgicos das radiaes ionizantes ainda esto sendo estudados e caracterizados, neste sentido as aplicaes que utilizam radiao ionizante devem estar justificadas, isto , o beneficio da aplicao supera os potenciais danos ao meio ambiente e a sociedade. Adicionalmente o trabalho com radiao ionizante esta rigorosamente controlado por normas e critrios internacionais que visam minimizar os efeitos prejudiciais do uso da radiao.
2.2.
Grandezas e unidades dosimtricas Desde os primrdios da utilizao das radiaes ionizantes em diversas
aplicaes para fins de monitorao de radiao externa1 tem sido desenvolvido um conjunto de grandezas de proteo radiolgica e suas relaes. Essas grandezas so utilizadas na caracterizao da radioatividade e dos campos da radiao, na descrio da interao da radiao com a matria e na quantificao dos efeitos. A Comisso Internacional de Unidades e Medidas de Radiao (ICRU) e a Comisso Internacional de Proteo Radiolgica (ICRP) so responsveis por organizar e padronizar essas medidas. Para fins de proteo radiolgica a ICRP definiu as grandezas limitantes,
Fonte de radiao externa ao organismo. H tambm a radiao interna, onde o indivduo ingeriu, inalou ou absorveu a fonte de radiao.
8 utilizadas para indicar o risco sade humana devido radiao ionizante; j a ICRU responsvel pelas grandezas operacionais, que levam em considerao as atividades de radioproteo. A seguir descrevemos as grandezas limitantes e operacionais que despertam maior interesse.
2.2.1. Dose absorvida A grandeza fsica bsica usada em proteo radiolgica a dose absorvida, DT. Ela definida como o quociente entre a energia mdia, elemento de volume do material e a massa, seja: 1 A dose absorvida expressa em J/kg no Sistema Internacional de Unidades e o nome especial para esta unidade o gray (Gy). , absorvida por um
, desse volume (ICRP 103, 2008), ou
2.2.2. Dose equivalente Como os efeitos da radiao podem variar com a qualidade (tipo e energia) da radiao, para uma mesma dose absorvida, foi necessrio criar um conceito com o qual fosse possvel comparar os efeitos provocados pelas diferentes qualidades de radiao. Assim, algumas radiaes so mais efetivas do que outras em causar efeitos estocsticos nos organismos e seres vivos. Para considerar isto, foi introduzida a grandeza dose equivalente, HT, que a dose absorvida mdia em um rgo ou tecido, (DT,R), multiplicada por um fator de peso adimensional da radiao, wR, relativo ao tipo e energia da radiao incidente R (ICRP 103, 2007), ou seja: 2 A dose equivalente expressa em J/kg no Sistema Internacional de Unidades. A unidade para a dose equivalente recebe o nome especial de sievert (Sv). Os fatores de peso da radiao, wR, foram estipulados pela ICRP 60 e so apresentados na tabelaTabela1.
9 Tabela1Tipos de energia Ftons Eltrons e mons, Nutrons Nutrons Nutrons Nutrons Nutrons
Valores dos fatores de peso da radiao, wR.

Intervalos de Energias Todas as energias Todas as energias < 10 keV > 10 keV a 100 keV > 100 keV a 2MeV > 2 MeV a 20 MeV > 20 MeV Fator de peso da radiao, wR 1 1 5 10 20 10 5 5 20
Prtons, (no de recuo) > 2 MeV Partculas alfa, fragmento de Todas as energias fisso e ncleos pesados
Fonte: REIS JNIOR, 2007, p. 08.
2.2.3. Dose efetiva A dose efetiva, E, a soma ponderada das doses equivalentes em todos os tecidos e rgos do corpo, expressa por: 3
onde wT o fator de peso do tecido T e HT a dose equivalente a ele atribuda. No sistema internacional de Unidades, a dose efetiva expressa em J/kg, mas recebe o nome especial de sievert (Sv). Os valores de wT para os rgos ou tecidos considerados para o clculo da dose efetiva, estipulados pela ICRP 103 so apresentados na Tabela 2. Tabela 2Fatores de peso para rgos e tecidos especficos para o clculo de dose efetiva.
Fator de peso do Tecido ou rgo (wT) 0,08 0,12 0,12 0,12 0,12 0,04 0,12
Tecido ou rgo Gnada Medula ssea Clon Pulmo Estmago Bexiga Mamas
10
Tecido ou rgo Fgado Esfago Tireide Pele Glndulas salivares Crebro Superfcie ssea Restante* Fator de peso do Tecido ou rgo (wT) 0,04 0,04 0,04 0,01 0,01 0,01 0,01 0,12
* Os rgos restantes so compostos por: adrenais, tecido extratorcico, vescula, corao, rins, intestino delgado, nodos linfticos, mucosa oral, msculo, pncreas, bao, timo e tero/prstata.
Fonte: CORDEIRO, 2009, p. 24.
2.2.4. Fluncia A fluncia, , o quociente de dN por da, onde dN o nmero ftons incidentes sobre uma esfera de seo de rea da, ou seja: 4 Esta varivel facilmente calculada, pois pode ser medida no ambiente exterior ao rgo e tecido exposto. No necessitando sujeitar o indivduo a qualquer tipo de radiao ionizante. 2.2.5. Kerma O kerma, K, o quociente de dEtr por dm, onde dEtr a soma das energias cinticas iniciais de todas as partculas carregadas liberadas por partculas ionizantes no carregadas no elemento de material de massa dm (ICRP 103, 2008) ou seja: 5 O Kerma expresso em J/kg, no Sistema Internacional de Unidades. Assim como a Fluncia esta varivel facilmente calculada, pois pode ser medida no ambiente exterior ao rgo e tecido exposto
11 2.3. Coeficientes de converso Determinar a dose absorvida no corpo humano uma tarefa complexa, a realizao de experimentos com objetos de estudo reais (pessoas) invivel por razes obvias. Uma das alternativas utilizar fantomas com materiais equivalentes ao tecido humano e realizar medidas para diversas geometrias de irradiao. Entretanto existem diversas limitaes neste procedimento. necessrio realizar uma grande quantidade de medidas, posicionando dosmetros nos vrios compartimentos do fantomas. Outra alternativa utilizar simulao computacional e cdigos de Monte Carlo de transporte de radiao para realizar esta tarefa. Este enfoque vivel do ponto de vista operacional, entretanto o consumo de recursos computacionais muito elevado. Neste sentido desejvel estabelecer uma correlao entre as grandezas operacionais que podem ser medidas facilmente e a dose absorvida em rgo e tecidos do corpo humano. Esta correlao chamada de coeficientes de converso (CCs). A frmula para seu clculo apresentada abaixo: ( ) ( ) ( ) 6
Coeficientes de converso so dados que correlacionam valores das grandezas kerma e fluncia com a dose efetiva e a dose nos rgos ou tecidos. Permitindo assim calcular de forma simples a dose a que um indivduo estaria exposto, evidente que o uso dos CCs introduz uma aproximao (REIS JNIOR, 2007). Para o clculo de CCs necessria a utilizao de: um simulador antropomrfico que represente a anatomia do corpo humano (fantoma); um cdigo computacional para simular o transporte da radiao nos rgos e tecidos, representados pelo simulador antropomrfico, em diversas condies de irradiaes visando a determinao da dose. Existem dois modelos capazes (modelos que contm informaes sobre a densidade, composio qumica, forma, tamanho e localizao dos rgos) de representar o corpo humano para simulaes: os modelos matemticos e os modelos baseado em imagens. Ambos so chamados de modelos antropomrficos e podem ser utilizados junto a cdigos computacionais para simular a dose
12 absorvida em rgos e tecidos do corpo humano como resultado da exposio deste radiao ionizante.
2.4.
Modelo antropomrfico matemtico No fantoma matemtico, os tecidos, os rgos e o formato do corpo foram
descritos por expresses matemticas que representavam combinaes e interseces de planos, elipsoides, cones, cilindros circulares e elpticos e toros (REIS JNIOR, 2007). Este modelo foi baseado nos dados anatmicos da ICRP, publicao n. 23, (ICRP 23, 1975) para representar o homem adulto mdio e conhecido como MIRD-5 (Medical Internal Radiation Dose Committee).
Figura 2 -
Representao do modelo matemtico MIRD-5.
H modelos matemticos com caractersticas que esto de acordo com as massas e volumes da anatomia humana. Porm estes modelos possuem limitaes quanto forma do corpo e dos rgos internos. Isso porque havia necessidade de represent-los de forma simplificada para que os cdigos de Monte Carlo pudessem executar as simulaes, devido s limitaes dos recursos computacionais (tempo de processamento e espao de armazenamento). Todavia a anatomia humana extremamente complexa para ser realisticamente representada por equaes
13 matemticas simples.
2.4.1. Modelo antropomrfico baseado em imagem Alternativamente limitao imposta pela complexidade da anatomia humana aos simuladores matemticos, surgiram os modelos baseados em imagens internas. Denominados fantomas em voxel (Volume em pixel), estes so criado a partir de uma sequncia de imagens digitais de rgos e tecidos do corpo humano que mostram reas de seo, vistas do topo, ao longo do corpo do indivduo a ser analisado. Fantomas em voxel, atualmente, so os mais prximos da representao real do corpo humano, porm para sua utilizao encontram-se alguns empecilhos no fceis de serem superados. A qualidade da imagem utilizada na gerao do cdigo interfere diretamente na preciso com que os rgos so representados no fantoma. As imagens do corpo so compostas de fatias vistas do topo, as quais possuem espessura, largura e comprimento da matriz. O voxel representado pela multiplicao do tamanho do pixel pela espessura da fatia da imagem, obtendo um elemento tridimensional (CHAO, 2001). A Figura 3 mostra os passos necessrios para a criao de um modelo dosimtrico a partir de fatias de imagens.
Figura 3 -
Passos para construo de modelo dosimtrico para o corpo inteiro.
Normalmente as imagens iniciais tm formato quadrado, com 512 x 512
14 pixels. Alguns processos de transformao so aplicados nas imagens para que estas possuam a forma ideal para uso em dosimetria numrica, os principais so a segmentao, classificao e reamostragem. Na segmentao aplicam-se rotinas para interpretar os dados das cores de uma varredura dentro de um tipo de tecido no corpo. Novas imagens so geradas, agora com o contorno de vrios rgos facilmente reconhecidos atravs das diferenas nos tons de cinza. O prximo passo definir valores de densidade para cada rgo, para isso so definidos sete tecidos diferentes para a construo do modelo: tecido pulmonar, tecido mole, pele, msculo, ossos, medula ssea e ar.
Depois que cada o rgo e tecido segmentado, um valor de identificao (ID) especfico atribudo a cada cor. Assim as regies segmentadas so rgos e tecidos onde todos os voxels que pertenam a um rgo ou tecido possuem o mesmo ID. A reunio de todos estes voxels formam um modelo para a representao do corpo inteiro, o qual pode ser lido e importado para o cdigo de Monte Carlo para a simulao do transporte de radiao. 2.4.2. O simulador MAX A publicao de uma nova srie de dados pelo relatrio 89 da ICRP, intitulado Dados Anatmicos e Fisiolgicos Bsicos para o Uso em Proteo Radiolgica: Valores de Referncia foi motivao para a criao do fantoma MAX (KRAMER, 2003). O modelo antropomrfico MAX (Figura 4) foi construdo a partir de uma base de dados com 151 imagens de tomografias computadorizadas da varredura de tronco e cabea de um paciente com 37 anos de idade, que pesava 70 kg e tinha uma altura de 1,75 m. Todos os rgos de risco, exceto a medula ssea, foram segmentados manualmente por uma tcnica que foi desenvolvida no Departamento de Energia Nuclear da UFPE. Aps a segmentao, os volumes dos rgos e tecidos foram ajustados para concordar com as massas recomendadas pela ICRP 89. A Tabela 3 exibe a comparao entre a massa dos rgos do fantoma MAX e a recomendada pela ICRP 89.
15
Figura 4-
Fantoma MAX (a) vista frontal, (b) vista lateral e (c) corte transversal.
Fonte: SANTOS, 2010, p. 20.
Tabela 3
Comparao entre as massas dos rgos do MAX com as recomendadas pela ICRP 89. Em negrito esto assinaladas as diferenas
ICRP 89 (g) 14600 14 50 10500 1450 670 15 310 1800 1200 29000 40 1000 3300 150 35 25 MAX (g) 14591,7 14,7 50 11371,6 1450 670 15,8 310 1800 1061,5 31003,8 40 1000 3254,8 150 34,7 25
rgo / Tecido Tecido adiposo Suprarrenais Bexiga Esqueleto Crebro Clon Olhos Rins Fgado Pulmes Msculo esqueltico Esfago Intestino Delgado Pele Bao Testculo Timo
16
rgo / Tecido Tireide Traqueia Medula ssea Vermelha Pncreas Estmago
Fonte: SANTOS, 2010, p. 20.
ICRP 89 (g) 20 10 1170 140 400
MAX (g) 19,8 14,3 1200 140 400
2.5.
O cdigo de transporte de partculas MCNPX, baseado no mtodo de Monte Carlo As tcnicas de Monte Carlo aliadas ao crescimento da velocidade dos
computadores tm causado um grande crescimento na resoluo de problemas complexos de radioproteo. Consequentemente a quantidade de publicaes cientficas nas reas mdicas e biolgicas utilizando o mtodo de Monte Carlo vem crescendo significativamente. O mtodo de Monte Carlo pode ser usado para representar um processo estatstico, como a interao da radiao com a matria, tendo maior utilidade em problemas complexos que no podem ser simulados por mtodos determinsticos. No mtodo de Monte Carlo os eventos probabilsticos que representam um processo estatstico so simulados de forma sequencial. O processo de amostragem estatstica baseado na seleo de nmeros aleatrios (SANTOS, 2010). No transporte de partculas da radiao, a tcnica de Monte Carlo consiste em seguir cada partcula, desde a fonte, ao longo de sua vida, at o seu desaparecimento (escape, absoro etc.). O cdigo de transporte de partculas MCNP (X-5 Monte Carlo Team, 2003), desenvolvido em Los Alamos National Laboratory (EUA) e baseado no mtodo de Monte Carlo, atualmente um dos cdigos computacionais mais utilizados mundialmente na rea de transporte de radiao envolvendo nutrons, ftons, eltrons e partculas carregadas tais como prtons, deutrios e partculas alfa. A possibilidade de trabalhar com geometrias complexas em trs dimenses, a variedade de opes de dados de entrada e a capacidade de trabalhar com diversos grupos de energia, fazem deste cdigo, uma ferramenta extremamente eficiente no campo da modelagem de instalaes nucleares, blindagem da radiao, fsica mdica, proteo radiolgica, entre outros. O cdigo simula o transporte de partculas, individual ou coletivamente, atravs da matria. O transporte feito por meio de processos aleatrios repetitivos
17 utilizando tcnicas estatsticas, em modelos previamente determinados, permitindo a obteno de solues de vrios problemas que requerem grande poder computacional devido ao fato de possurem grande quantidade de eventos probabilsticos (SANTOS, 2010). Para ser executado corretamente, o MCNPX e suas bibliotecas precisam estar instalados e configurados. Ademais, necessrio que o arquivo de entrada (fantoma) esteja adequado e atenda aos requisitos do software. No arquivo de entrada (INP) necessrio determinar: tipo de fonte, de detector, configurao geomtrica e condies gerais do sistema desejado, como tamanho, forma, espectro de energia, composio da fonte de radiao bem como do meio que a radiao ir interagir e definio da geometria do detector desejado.
18 3. DESEMPENHO E CONFIGURAO DO MCNPX
O MCNPX pode ser instalado na grande maioria das plataformas computacionais e sistemas operacionais conhecidos, Mac OS, Windows e Unix/Linux. Porm em alguns sistemas o elevado nvel de dificuldade na instalao e configurao acaba tolhendo desta ferramenta o uso de maneira mais eficiente e divulgada. O software utiliza mtodos probabilsticos de grande complexidade para executar as simulaes e apresentar resultados com boa preciso, em contrapartida o cdigo requer alto custo computacional para consegui-los. Porm com a evoluo da tecnologia tm surgido novos hardwares com grande poder de processamento e softwares que permitem um melhor aproveitamento dos recursos oferecidos. Como exemplos existem as novas arquiteturas de processadores com n ncleos de processamento e as bibliotecas MPI (Message Passinho Interface), utilizadas para comunicao entre computadores na computao paralela2. O suporte a processamento paralelo e distribudo foi incorporado a partir da verso 5 do MCNP. Como biblioteca padro foi escolhida o MPI, a qual definida como melhor opo para uso em clusters homogneos UNIX/Windows ou computadores multiprocessados com memria compartilhada. Em acrscimo, o MCNPX tambm d suporte ao uso de PVM (Parallel Virtual Machine), mais indicado em ambientes com redes heterogneas de computadores (FOSTER, 2004). Para este projeto teve-se a disposio um cluster homogneo do tipo Beowulf3, composto de nove computadores com sistema operacional (SO) Linux; alm disso, um computador com sistemas operacionais (SO) Windows e Linux para fazer testes de desempenho entre os SOs. Primeiramente procurou-se informaes sobre o desempenho do MCNPX em um determinado ambiente computacional. Porm h pouca informao sobre este
A computao paralela uma forma de computao em que vrios clculos so realizados simultaneamente, operando sob o princpio de que grande problemas geralmente podem ser divididos em problemas menores, que ento so resolvidos concorrentemente (em paralelo) (ALMASI; GOTTLIEB, 1988). 3 Cluster Beowulf so clusters de desempenho escalveis, baseados numa infraestrutura de hardware comum, rede privada e software 'open source' (Linux). O 'hardware comum' pode ser qualquer tipo de computador, significando que no necessrio usar equipamentos prprios para cluster, bastando utilizar equipamentos comuns a redes tradicionais e PCs. Definio retirada de http://pt.wikipedia.org/wiki/Aglomerado_Beowulf.
19 aspecto do programa. A grande maioria dos resultados aponta para a instalao e utilizao em ambiente Windows, pois h uma verso do MCNPX que j vem compilada e otimizada para este sistema operacional. Contudo, ao utilizar esta instalao padro foi verificado um gasto de tempo muito grande na realizao de simulaes de mdio e grande porte. E ainda que s uma parte dos recursos computacionais disponveis estava sendo utilizada. Para o andamento deste projeto foi necessria a execuo de um grande nmero de simulaes. Primeiro para testes de funcionamento e depois para determinar os CCs, tornando necessrios uma maior rapidez e aproveitamento dos recursos disponveis. Aproveitando a disponibilidade de clusters de computadores nos laboratrios e o suporte do MCNPX ao padro de comunicao de dados em computao paralela MPI objetivou-se conseguir uma instalao personalizada que obtive-se bom desempenho nestas mquinas.
3.1.
O desempenho do MCNPX Para que se obtivesse uma instalao otimizada do MCNPX era necessrio
executar uma bateria de testes de desempenho. Estes possuram duas fases distintas, primeiramente testes em modo serial, usando apenas um nico processo, para descobrir a plataforma mais eficaz ao executar o MCNPX, considerando como critrio o sistema operacional. A outra fase de testes consistiu em medir o desempenho da execuo do MCNPX em modo paralelo, usando diversos processos simultneos na resoluo de uma tarefa. 3.1.1. Testes em arquitetura serial Na primeira fase foram feitos testes seriais com quatro faixas de energia: 0.1 MeV, 1 MeV, 10 MeV e 30 MeV, e seis quantidades de histrias: 1,00E+03, 1,00E+04, 1,00E+05, 1,00E+06, 1,00E+07 e 1,00E+08. Foram realizados
experimentos numricos nos sistemas operacionais Windows XP e Linux Fedora9. Todos os experimentos foram feitos em mquinas com a configurao de hardware idntica. Visando garantir a fidelidade nas comparaes entre as plataformas, cada corrida foi executada no mnimo trs vezes para ento ser realizada uma anlise
20 estatstica sobre as tomadas de tempo obtidas. Cada mquina usada nos testes era composta por um processador Intel(R) Pentium(R) D CPU 2.80GHz, cache L2 com 2048 KB. Como dito anteriormente, h um arquivo executvel do MCNPX para a plataforma Windows, no sendo necessria nova compilao, pois este executvel seria totalmente customizado para este SO. J para execut-lo no Linux, necessrio compil-lo no sistema, este foi compilado de maneira simples, sem qualquer diretiva de otimizao. O primeiro fato a se observar na execuo dos testes nas plataformas est no fato do Linux permitir a execuo do MCNPX com prioridade mxima, fazendo que este monopolize o processador durante a maior parte do tempo que est sendo executado. At mesmo a interface grfica da plataforma pode ser desativada para no interferir no processamento. Enquanto no Windows o mecanismo no to eficaz, o sistema de prioridade do Windows se torna falho com o tempo, deixando s vezes o processador ocioso e liberando pouco processamento ao MCNPX. Alm disso, no possvel desabilitar toda a interface grfica e manter todos os recursos disponveis simulao, como no Linux. Durante o ciclo de testes seriais foi confirmada a diferena de desempenho entre as plataformas. O Linux se mostrou, na maior parte das simulaes, mais eficiente que o Windows, conseguindo um desempenho mdio 10% superior na maioria dos testes. As tabelas Tabela 4 e Tabela 5mostram os tempos de colhidos de cada execuo do MCNPX. Tabela 4 Tempo de execuo do MCNPX no SO Linux Fedora 9 para testes seriais (em minutos).
1,00E+03 0,502 0,551 0,555 1,00E+04 0,573 0,742 0,628 Quantidade de Histrias 1,00E+05 1,00E+06 1,403 9,751 2,528 1,472 20,310 9,846 1,00E+07 93,452 198,582 93,286 1,00E+08 923,287 1974,090 929,261
Ftons a 10 MeV Eltrons a 30 MeV Ftons e Eltrons a 10 MeV
21 Tabela 5 Tempo de execuo do MCNPX no SO Windows XP para testes seriais (em minutos).
Quantidade de Histrias 1,00E+05 1,00E+06 1,491 10,457 2,805 1,5777 22,649 10,8107
Ftons a 10 MeV Eltrons a 30 MeV Ftons e Eltrons a 10 MeV
1,00E+03 0,532 0,618 0,6005
1,00E+04 0,597 0,797 0,6792
1,00E+07 99,836 221,347 102,7878
1,00E+08 990,428 2205,017 1023,9067
Pode-se ver claramente a diferena de velocidade entre as plataformas. Simulando o transporte de eltrons a 30 MeV o Linux foi quase 231 minutos mais rpido que o Windows em um teste com durao aproximada de 16 horas, o que significa um ganho de mais de 10%. Essa diferena vista com clareza nas FigurasFigura 5 e Figura 6.
Tempo gasto no processamento de Eltrons

4,00 2,00 0,00 1,00E+03 1,00E+04 1,00E+05 1,00E+06 1,00E+07 1,00E+08
Tempo ( % )
-2,00
-4,00 -6,00 -8,00
Windows Linux
-10,00
-12,00
Histrias
Figura 5-
Comparativo do tempo de execuo do MCNPX entre os SO Windows XP e Linux Fedora 9 para eltrons de30 MeV.
22
Tempo gasto no processamento de Phtons
2,00 1,00 0,00 -1,00 1,00E+03 1,00E+04 1,00E+05 1,00E+06 1,00E+07 1,00E+08
Tempo ( % )
-2,00 -3,00 -4,00 -5,00 -6,00 -7,00 -8,00
Windows
Linux
Histrias
Figura 6-
Comparativo do tempo de execuo do MCNPX entre os SO Windows XP e Linux Fedora 9 para ftons com energia10 MeV.
As Figuras Figura 5 e Figura 6 ilustram os comparativos de tempo das execues do MCNPX nos sistemas operacionais Windows e Linux. Os grficos foram montados com os valores em porcentagem, tomando como valor de parmetro o tempo do SO Windows. Assim, este se apresenta sempre com ganho de tempo constante em 0%. Consequentemente a linha que representa o Linux varia de acordo com o ganho ou perda de tempo deste SO em relao ao Windows. Assim quanto maior o ganho de tempo a representao do Linux se encontrar abaixo e mais distante da linha do Windows. Nos grficos Figura 5 e Figura 6 fica evidente o melhor desempenho do Linux, neste teste sendo representado pelo Fedora9. Sobretudo o Fedora foi mais rpido na execuo de eltrons a 30 MeV, chegando a ser 11% mais veloz em alguns casos. Os testes executados demonstram a maior eficincia do Linux, sendo superior ao Windows em todas as tomadas de tempo. Estes testes evidenciaram o melhor gerenciamento da execuo do MCNPX no Linux, e quantificaram o ganho e a perda de desempenho em cada sistema testado.
3.1.2. Testes em arquitetura paralela Completadas as tomadas de tempo em serial, foi verificado na literatura sobre a possibilidade da instalao do MCNPX em clusters de computadores, recorreu-se,
23 ento, ao seu manual de instalao, o qual foi utilizado na instalao em ambiente Windows e Linux no modo serial. No manual h um guia de instalao para arquiteturas paralelas. Porm ao seguir passo-a-passo deste guia no obteve-se uma verso do software funcionando corretamente. Ressaltando que o processo de instalao indicado foi executado em duas distribuies (Fedora9 e Gentoo) do Linux, sistema operacional baseado em UNIX, e em nenhuma obteve-se sucesso. Aps pesquisa exaustiva e diversas tentativas e erros, foi-se selecionado materiais de diversas fontes (fruns, livros, tutoriais on-line), os quais juntamente com conhecimento acumulativo sobre possveis erros e passos errados na instalao, geraram um manual de instalao (Apndice A). Este capaz de guiar, de maneira correta e unificada pelos principais passos para a instalao e configurao do MCNPX em ambiente Windows e Linux, neste ltimo com a possibilidade de instalao paralelizada utilizando MPI. Na segunda fase os testes foram executados em mquinas paralelas com a energia dividida agora em 3 faixas: 1 MeV, 10 MeV e 30 MeV. Devido a pouca diferena de desempenho medido na primeira fase entre as quantidades de energia de 0.1 MeV e 1 MeV, optou-se por testar apenas as outras energias. Em relao quantidade de histrias foram consideradas trs alternativas: 1,00E+05, 1,00E+06 e 1,00E+07. Os experimentos foram realizados utilizando o Gentoo Linux 64 bits em um cluster semi-homogneo composto por oito mquinas. Sendo que quatro destas possuem, cada, um processador Intel(R) Core(TM)2 Duo CPU E6550 @ 2.33GHz, cache L2 com 4096 KB. Outras duas possuem processador Intel(R) CPU 2160 @ 1.80GHz e cache L2 com 1024 KB. Uma delas com um processador Intel(R) Pentium(R) Dual CPU E2140 @ 1.60GHz e cache L2 com 1024 KB. E a ltima com um processador Intel(R) Pentium(R) D CPU 2.80GHz e cache L2 com 2048 KB. As caractersticas da tcnica de paralelizao do MCNPX consistem em criar n processos sendo que 1 o processo mestre, que divide e sincroniza a comunicao entre os n-1 processos escravos restantes. O n mestre divide o cdigo para ser processado em n-1 partes e gerencia a juno de todas as partes novamente. Diferenas na configurao de mquinas que pertencem a um cluster interferem diretamente no seu bom aproveitamento, no que diz respeito distribuio e balanceamento da carga. Mas apesar desta questo o desempenho do MCNPX ao ser executado em paralelo foi satisfatrio, conseguindo speedup
24 linear em boa parte dos testes. O speedup a razo do tempo de execuo da aplicao em um processador pelo tempo de execuo em N processadores. Assim quanto maior for o valor do speedup, maior foi eficincia na execuo paralela do aplicativo. As Figuras 7 a 10 mostram o desempenho do MCNPX quando executado no cluster com 1, 2, 4 ou 8 processadores (sendo um processo por mquina) e o speedup conseguido nos testes. Como era esperado s h ganho de desempenho na execuo paralela quando o problema a ser simulado demanda grande poder computacional e um longo tempo de processamento. Sendo assim mais indicado o uso de mquinas paralelas para o MCNPX em problemas que se executam por pelo menos algumas horas em arquitetura serial, o que acontece na grande maioria das simulaes.
Speedup ao Simular Eltrons no MCNPX

8 7 6 Speedup 5 4 3 2 1 1 2 3 4 5 6 Quantidade de Processadores 7 8
Ideal Eltrons 10 MeV (1x10 histrias) Eltrons 10 MeV (1x10 histrias) Eltrons 30 MeV (1x10 histrias)
Eltrons 30 MeV (1x10 histrias)
Figura 7-
SpeedUp do MCNPX, de 1 a 8 processadores, ao simular eltrons com energias 10 e 30 MeV, e 106 e 107 histrias.
25 Speedup ao Simular Ftons no MCNPX

8 7 6 Speedup 5 4 3
Ideal Ftons 1 MeV (1x10 histrias) Ftons 1 MeV (1x10 histrias) Ftons 10 MeV (1x10 histrias) Ftons 10 MeV (1x10 histrias)
2 1
1 2 3 4 5 6 Quantidade de Processadores 7 8
Figura 8-
SpeedUp do MCNPX, de 1 a 8 processadores, ao simular ftons com energias 1 e 10 MeV, e 106 e 107 histrias.
Ao observar as figuras Figura 7 e a Figura 8 nota-se que quanto maior a quantidade de histrias (1,00E+07) maior o speedup alcanado. Isso se deve ao fator de balanceamento onde quanto maior for o nmero de repeties executados por cada n, sem comunicao entre eles, maior ser o speedup, J que o maior fator limitante no desempenho dos clusters a comunicao entre os ns. As figuras abaixo relacionam o tempo demandado pela execuo do MCNPX com quantidades de processadores, ou mquinas, diferentes.
26 Tempos ao Simular Eltrons no MCNPX

500 450 400 350 Tempo 300 250 200 150 100 50 0 1 2 3 4 5 6 Quantidade de Processadores 7 8
Eltrons 10 MeV (1x10 histrias)
Eltrons 10 MeV (1x10 histrias) Eltrons 30 MeV (1x10 histrias) Eltrons 30 MeV (1x10 histrias)
Figura 9-
Tempo de execuo do MCNPX de 1 a 8 processadores, ao simular eltrons com energias 10 e 30 MeV, e 106 e 107 histrias. Tempos ao Simular Ftons no MCNPX
300
250 200 Tempo 150 100 50 0 1 2 3 4 5 6 Quantidade de Processadores 7 8
Ftons 1 MeV (1x10 histrias)
Ftons 1 MeV (1x10 histrias)

Ftons 10 MeV (1x10 histrias) Ftons 10 MeV (1x10 histrias)
Figura 10-
Tempo de execuo do MCNPX de 1 a 8 processadores, ao simular ftons com energias 1 e 10 MeV, e 106 e 107 histrias.
As figuras Figura 9 e Figura 10 mostram a curva de tempo em relao quantidade de processadores na execuo problema. possvel identificar que
27 quanto mais demorada for a execuo do MCNPX maior vantagem ao utilizar uma grande quantidade de processadores. O cluster usado nos testes do MCNPX est configurado visando o aumento de desempenho do MCNPX, nele est instalado o compilador Intel para linguagem C e Fortran verso 10 com suas bibliotecas atualizadas. O compilador est instalado com a verso mais nova e com diretivas de otimizao para cada mquina. Alm do compilador Intel, para aproveitar a opo de paralelismo do MCNPX foi instalada o MPICH2 com a verso mais nova de todas as suas bibliotecas. Assim o LCC agora obtm uma verso personalizada do cdigo MCNPX que alcana o mximo desempenho na infraestrutura de hardware disponvel.
28 4. CLCULO DOS COEFICIENTES DE CONVERSO
Os CCs so uma alternativa confivel e barata para estimar as doses absorvidas por rgo e tecidos radio-sensveis do corpo humano na presena de radiao ionizante. Uma vez conhecidos os CCs podemos medir grandezas operacionais como a Kerma e a Fluncia, e em seguida e a partir destas medidas estimar a dose em rgos e tecidos. Para calcularmos os CCs seguimos o processo inverso, utilizamos um cdigo de simulao de Monte Carlo e um fantoma detalhado do corpo humano. Realizamos uma simulao probabilstica do transporte de radiao e
correlacionamos as doses absorvidas em rgo e tecidos com as grandezas operacionais. Esta metodologia introduz aproximaes que podem comprometer a preciso dos CCs computados. Entre estas aproximaes esto: o detalhamento e preciso do fantoma utilizado, o cdigo computacional utilizado e a preciso das simulaes, geralmente ligada ao nmero de histrias de cada partcula. Outro problema que os CCs caracterizam o homem de referncia, isto um homem com estatura, peso e complexo, que refletem a media da populao mundial. Consequentemente, numerosos grupos tnicos esto muito distantes deste homem de referncia, para aliviar esta situao alguns pases desenvolvem seus prprios fantomas que aproximam melhor sua populao. Entre estes pases encontra-se Brasil que desenvolveu os fantomas MAX e FAX (KRAMER, 2003; KRAMER, 2004). O clculo dos CCs uma tarefa que exige alto custo computacional em termos de quantidade de memria e tempo de processamento. Este alto custo motivado pela necessidade de fantomas detalhados, acompanhamento de um nmero elevado de partculas, cdigos probabilsticos que considerem reao secundaria. Tambm necessrio considerar diferentes partculas e varias geometrias de irradiao. Nesta seo apresentamos os CCs para o fantoma brasileiro MAX06 para ftons e eltrons secundrios para os principais rgos e tecidos radio-sensveis. O cdigo computacional utilizado o MCNPX e as simulaes foram realizadas no cluster do LCC. As doses absorvidas mdias em rgos foram calculadas para uma irradiao simulada de corpo inteiro com um feixe de ftons e eltrons
29 monoenergticos de energias que variam de 10 keV a 10 MeV. O feixe incide na direo anteroposterior (AP) do simulador do corpo humano, considerada a mais crtica (ZANKL, et al.,1997). Essa geometria de irradiao mostrada na Figura 11.
Figura 11
Geometria de irradiao anteroposterior (AP) utilizada para calcular os coeficientes de converso neste trabalho.
As figuras Figura 12 a Figura 18 ilustram os coeficientes calculados durante o projeto para os rgos e tecidos: pele, fgado, esfago, lentes dos olhos, testculos, tireide e pulmes. Os resultados obtidos para o MAX so comparados com os CCs recomendados pela ICRP 74 (ICRP 74, 1996) e os publicados para o fantomas de voxel chins CAM (Chins Adult Man) (LIU, 2009). Os CCs recomendados pela ICRP 74 foram calculados utilizando o fantomas matemtico MIRD-5 e desconsiderando os eltrons secundrios na simulao.
30
PELE
1,20E+00
1,00E+00
H/Kar (Sv/Gy) 8,00E-01 6,00E-01 4,00E-01 2,00E-01 0,00E+00 10 15 20 30 40 50 60 70 80 100 150 200 300 400 500 600 800 1000 2000 4000 6000 8000 10000
MAX_06 ICRP74 CAM
Ftons + eltrons (keV)
Figura 12
Comparao dos CCs da pele na geometria AP entre os fantomas MAX06, CAM e as recomendaes da ICRP 74.
FGADO
1,80E+00 1,60E+00 1,40E+00 H/Kar (Sv/Gy) 1,20E+00 1,00E+00 8,00E-01 6,00E-01 4,00E-01 2,00E-01 0,00E+00 10 15 20 30 40 50 60 70 80 100 150 200 300 400 500 600 800 1000 2000 4000 6000 8000 10000 MAX_06 ICRP74 CAM
Figura 13 -
Comparao dos Coeficientes de Converso do fgado na geometria AP entre os fantomas MAX06, CAM e as recomendaes da ICRP 74.
31
ESFAGO
1,40E+00
1,20E+00 H/Kar (Sv/Gy) 1,00E+00 8,00E-01 6,00E-01 4,00E-01 2,00E-01 0,00E+00 MAX_06 ICRP74 CAM
Figura 14 -
Comparao dos Coeficientes de Converso do esfago na geometria AP entre os fantomas MAX06, CAM e as recomendaes da ICRP 74.
LENTE DOS OLHOS

1,80E+00 1,60E+00 1,40E+00 H/Kar (Sv/Gy) 1,20E+00 1,00E+00 8,00E-01 6,00E-01 4,00E-01 2,00E-01 0,00E+00 MAX_06 ICRP74 CAM
Figura 15 -
Comparao dos Coeficientes de Converso da lente dos olhos na geometria AP entre os fantomas MAX06, CAM e as recomendaes da ICRP 74.
32
TESTCULOS
2,50E+00
2,00E+00 H/Kar (Sv/Gy) 1,50E+00 1,00E+00 5,00E-01 0,00E+00 MAX_06 ICRP74 CAM
Figura 16-
Comparao dos Coeficientes de Converso dos testculos na geometria AP entre os fantomas MAX06, CAM e as recomendaes da ICRP 74.
TIREIDE
2,50E+00
2,00E+00 H/Kar (Sv/Gy) 1,50E+00 1,00E+00 5,00E-01 0,00E+00 MAX_06 ICRP74 CAM
Figura 17-
33
PULMES
1,60E+00
1,40E+00 1,20E+00 H/Kar (Sv/Gy) 1,00E+00 8,00E-01 6,00E-01 4,00E-01 2,00E-01 0,00E+00 MAX_06 ICRP74 CAM CMP
Figura 18-
Observando as Figuras 12 a 18 podemos constatar que de forma geral existe uma boa concordncia entre os CCs obtidos para o MAX06, os recomendados pela ICRP 74 e os publicados para CAM. As maiores diferenas aparecem para a pele e a lente dos olhos a altas energias, estas diferenas esto justificadas nas aproximaes do MIRD-5 para estes tecidos e na considerao da ICRP 74 dos eltrons secundrios na simulao. Entre os fantomas de voxel MAX06 e CAM existe uma boa concordncia em todos os tecidos e rgo considerados, o que mostra que as simulaes realizadas refletem o estado da arte nesta rea de pesquisa.
34 5. CONCLUSES E TRABALHOS FUTUROS
Este
trabalho
de
pesquisa
resultou
na
instalao
configurao
personalizada do MCNPX em Windows e Linux, em uma verso para o cluster do Laboratrio de Computao Cientfica, e em um manual de instalao completo em sistemas Linux. Tambm foram feitas medidas e comparaes do desempenho do MCNPX entre os ambientes onde este foi instalado, sistemas com execuo serial, computador comum (monoprocessado); e com computao paralela, clusters de computadores (multiprocessados). Os testes evidenciaram o melhor desempenho do MCNPX em Linux. Os tempos de execuo neste SO foram, em mdia, 10% inferiores em relao ao Windows. Os resultados foram ainda mais surpreendentes em se tratando da execuo paralela. Utilizando deste recurso foi confirmado speedup na mdia de 0.88p, onde p representa a quantidade de processadores. Estes valores comprovam um aumento de aproximadamente 88% no desempenho em relao execuo serial, para cada processador adicionado ao cluster. Estas concluses incentivam as pesquisas no acrscimo da utilizao deste software para simulao computacional em radioproteo. O estudo do seu desempenho e a sua instalao otimizada tornara sua utilizao eficiente, conseguindo resolver, em horas, problemas de simulaes que antes demandavam dias. Como complemento foram calculados os coeficientes de converso para estimar a dose equivalente nos rgos mais radio-sensveis do fantoma MAX06, listados na ICRP 60. Os valores H/Kar, crescem com o aumento da energia, alcanando um mximo entre 80 keV e 100 keV, e, ento diminuem lentamente com o acrscimo de energia do fton. Essa variao pode ser explicada pela forte tendncia do fton de ser espalhado com energia em torno de 80 keV (ZANKL et. al., 1997). Os valores de CCs computados foram comparados com os recomendados e utilizados pela ICRP 74 e com os calculados para o fantomas chins CAM, visando comprovar a preciso e eficincia da simulao e do fantoma MAX06. Os CCs para a dose equivalente foram calculados para a geometria de irradiao AP. O erro mdio encontrado para esta geometria foi 9,8%.
35 Os resultados alcanados permitem concluir que o fantoma MAX06 juntamente com o cdigo de Monte Carlo MCNPX esto capacitados para calcular doses equivalentes em rgos ou tecidos, pelo fato de apresentarem razovel concordncia com os dados obtidos para outros modelos matemticos e de voxels existentes na literatura (ICRP 74 referencia ao CAM). Os fantomas antropomrficos de voxels, devido a sua representao mais realstica da anatomia humana, possivelmente substituiro os fantomas matemticos em um futuro no muito distante. Trabalhos futuros sero executados visando calcular os CCs para as outras geometrias de irradiao no fantoma MAX: postero-anterior (PA), lateral esquerda (LLAT), lateral direita (RLAT), rotacional (ROT) e isotrpica (ISO). Posteriormente, tambm calcular os CCs para o fantoma feminino FAX06 e outros fantomas mais modernos como MASH e o FASH (KRAMER, 2010).
36 6. REFERNCIAS BIBLIOGRFICAS
ALMASI, G.S.;GOTTLIEB, A. Highly Parallel Computing. 1. Ed. Estados Unidos: Menlo Park, CA (USA): Benjamin-Cummings Pub. Co, janeiro de 1988. 519 p. BOZKURT, A.Assessment of Organ Doses from Expousure to Neutrons Using the Monte Carlo Technique and an Image-Based Anatomical Model. Doctor Thesis, Rensselaer Polytechnic Institute Troy. New York, 2000. CHAO, T. The Development and Aplication of a Tomographic Whole-Body Model for Monte Carlo Organ Dose Calculation. DoctorThesis, RensselaerPolytechnicInstitute Troy, New York, 2001. CORDEIRO, T. P. Vieira. Clculo dos Coeficientes de Converso para Dose Efetiva para Nutrons Utilizando Simulador Antropomrfico de Voxels. Rio de Janeiro: UFRJ/COPPE, 2009. 97 p. FOSTER, R. Arthur. et. al. MCNP(TM) Version 5.Nuclear Instruments and Methods in Physics Research Section B: Beam Interactions with Materials and Atoms. Janeiro de 2004. ICRP 60, Recommendations of the International Commission on Radiological Protection. International Commission on Radiological Protection. Pergamon Press. Oxford, 1991. ICRP 60, Recommendations of the International Commission on Radiological Protection. International Commission on Radiological Protection. Pergamon Press. Oxford, 1991. ICRP 74, Conversion Coefficients for use in Radiological Protection Against External Radiation. International Commission on Radiological Protection. Pergamon Press, Oxford, 1996. ICRP 103, The 2007 Recommendations of the International Commission on Radiological Protection. International Commission on Radiological Protection. Pergamon Press. Oxford, 2007. KRAMER, R. et. al. All About MAX: a Male Adult Voxel Phantom For Monte Carlo Calculation in Radiation Protection Dosimetry. Phys. Med. Biol., 48, 1239-1262, 2003. KRAMER, R. et. al. All About FAX: a Female Adult Voxel Phantom For Monte Carlo Calculation in Radiation Protection Dosimetry. Phys. Med. Biol., 49, 52035216, 2004. KRAMER, R. et. al. FASH and MASH: female and male adult human phantoms based on polygon mesh surfaces: I. Development of the anatomy. Phys. Med. Biol. 55 133, 2010
37 LIU, Liye. et.al. Organ dose conversion coefficients on an ICRP-based Chinese adult male voxel model from idealized external photons exposures.Phys. Med. Biol. 54, 66456673, 2009. PELOWITZ, Denise B. MCNPXTM USERS MANUAL: Version 2.6.0. 1. Ed. 2008. 549 p. REIS JNIOR, Juraci P. Clculos dos Coeficientes de Converso para Dose Efetiva em Termos do Kerma no Ar para Ftons Utilizando Simulador Antropomrfico de Voxels e o Cdigo MCNPX. Rio de Janeiro: COPPE, 2007. 74 p. SANTOS, L. A. M. Fatores de atenuao em termos da dose efetiva para feixes de raios X utilizado em radiodiagnstico. Rio de Janeiro: UFRJ/COPPE, 2010. 64 p. SILVA, Cely P. da. Como funciona a radiao. How Stuff Works: como tudo funciona. Contedo on-line. Publicado em 23 de novembro de 2007 (atualizado em 10 de dezembro de 2007). Disponvel em: <http://ciencia.hsw.uol.com.br/radiacao.htm>. Acesso em15 de junho de 2010. SILVA, G. M. Guia Foca GNU/Linux.Copyleft. Contedo on-line. 2008. Disponvel em: < http://focalinux.cipsga.org.br/>. Acesso em 08 de junho de 2010. SOLCHENBACH, K. Grid applications on distributed memory architectures: Implementation and evaluation. Parallel Computing. 3 ed. Volume 7. Setembro de 1988. VIEIRA, Jos W. Construo de um modelo computacional de exposio para clculos dosimtricos utilizando o cdigo Monte Carlo EGS4 e fantomas de voxels. Recife: O Autor, 2004. 88 p. X-5 Monte Carlo Team, 2003. MCNP A General Monte Carlo N-Particle Transport Code, Version5, Volume I: Overview and Theory, LA-UR-03-1987. Los Alamos NationalLaboratory, USA. VERGARA, M. Dosis al feto en radiodiagnostico. Rev. chil. radiol.; Volume 1, 2005. ZANKL, M. et. al. The Calculation of Dose from External Photon Expousures Using Reference Human Phantoms and Monte Carlo Methods: Part. VII. Organ doses due to parallel and Environmental Exposures Geometries GSF-Report, agosto de 1997.
38 APNDICE APNDICE A Manual de Instalao do MCNPX 2.6
39
Universidade Estadual de Santa Cruz Departamento de Cincias Exatas e Tecnolgicas Cincia da Computao NBCGIB LCC
MANUAL DE INSTALAO DO MCNPX Cdigo Monte Carlo N-ParticleeXtended Verso 2.6
Autor: Hlder Almeida
Ilhus, BA 25 de Setembro de 2009
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SUMRIO
1. DESEMPENHO DOS SISTEMAS OPERACIONAIS
O objetivo do projeto foi descobrir em qual sistema operacional o MCNPX obteria o melhor desempenho na sua execuo. Sendo assim aps instalao no Windows XP, Fedora9 e Gentoo ficou comprovado que a instalao do MCNPX 2.6 no Windows XP, apesar de ser a mais fcil, teve o pior desempenho, obtendo tempos para as simulaes, em mdia, 12% mais lenta que o mais rpido, o SO Gentoo. O Fedora9 conseguiu tempos muito prximos aos do Windows XP nos resultados.
2. CONFIGURAES ESPECIAIS
Antes de comear a instalao necessrio prestar ateno a algumas configuraes especiais que podem ser necessrias para que o MCNPX execute as simulaes de maneira correta. O MCNPX vem com algumas limitaes que em alguns casos devem ser corrigidas para atender algumas simulaes, entre as principais limitaes esto o valor de apenas 100 tallies para as simulaes e mximo de 20 detectores. Para modificar estes valores o processo simples, apenas modificar as respectivas variveis no cdigo fonte adicionando os valores desejados. Para facilitar este processo, abaixo seguem encontrar as principais variveis para fazer as modificaes. Ateno! Para simular os arquivos do FAX e MAX 06 com todo o corpo necessrio modificar apenas o valor da varivel NTALMX para pelo menos 200, todas as outras podem continuar com seus valores padres. 1. NTALMX determina o nmero mximo de tallies para as simulaes. Onde encontrar: na linha 15 do arquivo src/mcnpx/mcnpf/IMCN_jc.F: integer(kindi),parameter :: ntalmx = 100 !/*mid5e 2. MXDT define a quantidade de detectores: 2*/
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Onde
encontrar:
na
linha
72
do
arquivo
src/mcnpx/mcnpf/GLOBAL1_zc.F: integer(kindi), parameter :: mxdt = 20!/*mgp5e48*/ 3. SISTEMA OPERACIONAL WINDOWS XP
Apesar de mais lento o Windows XP tem a grande vantagem da facilidade na instalao. Isso se deve ao fato do cdigo j vir compilado e pronto para executar. Basta apenas algumas etapas de configurao para que tudo esteja pronto. Observando este aspecto, altamente indicada a instalao do MCNPX em ambiente Windows para execuo de pequenas simulaes com propsito de testar arquivos de entrada e outras caractersticas que no necessitam, em primeiro lugar, de melhor desempenho.
3.1. InstalaoPadro O MCNPX j vem previamente compilado para plataforma Windows, sendo que sua instalao se d apenas por copiar a estrutura de diretrios, juntamente com as bibliotecas e executveis para uma pasta de escolha do usurio. Os prximos passos exemplificam a instalao e uso do MCNPX no Windows XP: 1. Localize os arquivos compilados e compactados do MCNPX, geralmente nomeados com Win32.zip, assim como o arquivo DATA.tar.gz contendo as bibliotecas; 2. Crie uma pasta MCNPX em um drive com espao suficiente ~3GB ; 3. Descompacte o arquivo Win32.zip dentro da pasta MCNPX.
Dependendo da verso do arquivo pode ser criada outra pasta que contenha os subdiretrios \Bind e \Data. Se acontecer, simplesmente mova estes subdiretrios de volta para a pasta MCNPX; 4. Agora descompacte o arquivo Data.tar.gz extraindo os arquivos dentro da pasta MCNPX\Data. Caso no exista um arquivo chamado xsdir neste subdiretrio, ento copie xsdir1 paraxsdir; 5. Assumindo que o diretrio do MCNPX tenha sido criado no drive C:, defina a varivel ambiente DATAPATH para o endereo
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C:\MCNPX\Data\; C:\MCNPX\BIN;
acrescente
varivel
PATH
caminho
6. O MCNPX est pronto para ser utilizado, bastando para isso abrir o Prompt de Comando do Windows e executar: C:>mcnpxinp=test ... 3.2. Recompilando Para modificar o cdigo e/ou recriar os executveis ser necessrio ter instalado o compilador Compaq Visual Fortran (CVF verso 6.1 ou superior) ou o compilador Intel (Verso 8.0 ou superior). Com estes compiladores j instalados deve-se seguir estes passos: 1. Localize os arquivos do cdigo fonte do MCNPX, geralmente nomeados com vXXX.tar.gz. 2. Crie uma pasta MCNPX em um drive com espao suficiente ~3GB). Descompacte o arquivo vXXX.tar.gz dentro do diretrio MCNPX. 3. Abra o Prompt de Comando, crie um diretrio para construo do MCNPX e navegueat este. mkdirmcnpx_bld cdmcnpx_bld ..\mcnpx\configure O arquivo em lote configure est localizado dentro do diretrio criado no passo 2. Existem 3 opes para o comando configure: I8 Constri uma verso compatvel com inteiros de 8 bytes. MPI Constri uma verso para MPICH. CVF- Constri uma verso usando o compilador CVF. A opo padro (quando as opes acima no so usadas) compilar o cdigo usando o compilador Intel. Exemplificando, para construir uma verso do MCNPX utilizando inteiros de 8 bytes e com suporte a MPICH o comando deveria ser: ..\MCNPX\configure I8 MPI O manual do MCNPX informa que o compilador Intel produz um executvel
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cerca de 25% mais veloz que os executveis do CVF. Depois de executar o comando configure alguns arquivos especficos para uma compilao para Windows sero descompactados. 4. Assumindo que o diretrio do MCNPX tenha sido criado no drive C:,acrescente varivel PATH o caminho C:\MCNPX\BIN. 5. Agora pode-se executar o GNU Make digitando MAKE no prompt de Comando: cdmcnpx_bld cdsrc\Test make 6. O MCNPX est pronto para ser utilizado, bastando para isso abrir o Prompt de Comando do Windows e executar: C:>mcnpxinp=test ... 3.3. Dados Crosssection Todas as bibliotecas adicionais necessrias para simular determinados tipos de partculas (Bertin, etc.) devem ser adicionadas no diretrio MCNPX\Data.
4. SISTEMA OPERACIONAL LINUX (FEDORA 9 + GENTOO + DEBIAN)
No SO Linux o MCNPX precisa ser compilado para que funcione corretamente. Aps alguns testes, ficou clara a diferena de desempenho entre as plataformas (32 e 64 bits), sendo o desempenho da plataforma 64 bits sempre superior. As distribuies Linux abordadas neste manual so Fedora9 e GENTOO.
4.1. Instalao no Fedora9 (serial) O Fedora9 no obteve resultados de desempenho muito superiores aos do Windows XP, e ainda foi o SO onde a instalao do MCNPX deu mais trabalho, devido falta de bibliotecas para os compiladores. Contudo neste foi feito a maior
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parte da bateria de testes seriais (sem MPICH), devido disponibilidade de equipamentos na data de execuo do projeto. Exclusivamente no Fedora9 foi instalado o compilador Intel (verso gratuita), para fins comparativos com o GCC e Gfortran. Os resultados foram favorveis ao primeiro compilador, porm com uma diferena muito pequena. Abaixo exibido um passo-a-passo resumido da instalao do compilador Intel na verso 11.069 para plataforma 32 bits. 4.1.1. Compilador C++ Intel 11.069 (32 bits e 64 bits) Instalao do Compilador C++ INTEL 11.069 no FEDORA 9 usando plataforma Intel 32 bits: 1. Primeiramente preciso instalar algumas bibliotecas requeridas pelo compilador. Usando o FEDORA 9 com o GNOME a nica biblioteca necessria que no est instalada por default libstdc++.so.5. Para instal-la execute a sequncia de comandos: yumlistavailable | greplibstdc Ser listado todos os pacotes disponveis para o download. Anote o nome do pacote mais atual. yuminstall<nome do pacote que anotou> 2. Criar, caso no exista, os diretrios:1 mkdir /opt/intel/cc/11/069/ /opt/intel/licenses/ 3. Colocar os arquivos de licenas dentro do diretrio /opt/intel/licenses/ 4. Extrair o contedo do arquivo .tgz com o compilador adquirido. 5. Entrar no diretrio criado aps a extrao. cd<diretrio> 6. Executar o gerenciador de Instalao: ./install.sh
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7. Siga os passos do gerenciador. 8. Leia o passo . 4.1.2. Compilador Fortran 90 Intel 11.069 (32 bits e 64 bits) Instalao do Compilador Fortran 90 INTEL 11.069 no FEDORA 9 usando plataforma Intel 32 bits: 1. Primeiramente preciso instalar algumas bibliotecas requeridas pelo compilador. Usando o FEDORA 9 com o GNOME a nica biblioteca necessria que no est instalada por default libstdc++.so.5. Para instal-la execute a sequncia de comandos: yumlistavailable | greplibstdc Ser listado todos os pacotes disponveis para o download. Anote o nome do pacote mais atual. yuminstall<nome do pacote que anotou> 2. Criar, caso no exista, os diretrios: mkdir /opt/intel/fc/11/069/ mkdir /opt/intel/licenses/ 3. Colocar os arquivos de licenas dentro do diretrio /opt/intel/licenses/ 4. Extrair o contedo do arquivo .tgz com o compilador adquirido. 5. Entrar no diretrio criado aps a extrao. cd<diretrio> 6. Executar o gerenciador de Instalao: ./install.sh 7. Siga os passos do gerenciador. 8. Leia o passo . 4.1.3. Configurando as Variveis de Ambiente Aps instalar o compilador Intel seguindo os passos anteriores, necessrio
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configurar algumas variveis para que o compilador funcione normalmente. Seguem as etapas necessrias: 1. Edite o arquivo /etc/profile, acrescentando as seguintes linhas ao fim do arquivo: IA32ROOT=$IA32ROOT:/opt/intel/Compiler/11.0/069/ INTEL_FLEXLM_LICENSE=$INTEL_FLEXLM_LICENSE:/opt/intel/licenses LDPATH=$LDPATH:/opt/intel/Compiler/11.0/069/lib/ia32/ MANPATH=$MANPATH:/opt/intel/Compiler/11.0/069/man/ PATH=$PATH:/opt/intel/Compiler/11.0/069/bin/ia32 ROOTPATH=$ROOTPATH:/opt/intel/Compiler/11.0/069/bin/ia32 export IA32ROOT INTEL_FLEXLM_LICENSE LDPATH MANPATH PATH ROOTPATH 2. Reinicie o computador. 3. Para testar v ao terminal e digite: ifort v icc v No bash, dever retornar Version 11.0 para cada um dos comandos. 4.1.4. Instalando o MCNPX Aps a instalao bem sucedida dos compiladores os prximos passos consistem em extrair, compilar e testar o MCNPX. A instalao no Fedora 9 se deu exatamente como noGentoo, sendo que todas as complicaes encontradas foram referentes ao compilador no encontrar suas bibliotecas. Aps definidas as Variveis de Ambiente citadas acima, toda a instalao ocorreu de maneira tranquila. Portanto para consultar sobre a compilao do MCNPX os passos so os mesmos dos indicados para o Gentoo (b. Instalao no Gentoo (serial e paralelo)).
4.2. Instalao no Gentoo (serial e paralelo) Dentre as opes de distribuies Linux disponveis no LCC na poca da execuo do projeto (Fedora9 e Gentoo) , o Gentoo obteve o melhor desempenho. Alm disso, as instalaes serial e paralela do MCNPX ocorreram sem surpresas. A prxima parte do manual descreve o processo de compilao e instalao do MCNPX utilizando os compiladores Intel (C++ e FORTRAN 90 sem utilizar a
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biblioteca do MPICH). Em seguida ser demonstrado algo semelhante, com a diferena dos compiladores usados serem o GNU GCC e o Gfortran, tambm sem fazer uso das livrarias do MPICH. Por ltimo abordada a instalao do MCNPX com MPICH, porm apenas utilizando os compiladores GNU. recomendado no fazer o processo de construo dos objetos e estruturas da instalao em um diretrio diferente do da instalao final. Para isso, crie um diretrio qualquer ex. /tmp/mcnpx_install/ e execute os comandos de compilao e instalao de dentro dele. 4.2.1. Compiladores Intel (C/C++ e Fortran 90) sem MPI As verses testadas dos compiladores Intel foram 9.1.036 para o compilador Fortran90 (ifort ou ifc) e 9.1.042 para o compilador C/C++ (icc). 1. Tenha certeza que o compilador est corretamente instalado e que as variveis abaixo foram definidas corretamente: IA32ROOT=/opt/intel/compiler91 INTEL_FLEXLM_LICENSE=/opt/intel/compiler91/licenses LDPATH=/opt/intel/compiler91/lib MANPATH=/opt/intel/compiler91/man PATH=/opt/intel/compiler91/bin ROOTPATH=/opt/intel/compiler91/bin As variveis acima so necessrias para o compilador 2. Descompacte o arquivo .tar que contm os arquivos com o cdigo fonte do MCNPX e execute o script configure com as opes abaixo supondo que voc v instalar o MCNPX em /usr/local/mcnpx e que os executveis dos compiladores tenham os nomes ifort e icc para as linguagens Fortran e C/C++, respectivamente.) $ ./configure --prefix=/usr/local/mcnpx --with-FC=ifort \ --with-CC=icc \ --host=i686-pc-linux \ --with-FFLAGS=-i8 \ --with-FFLAGS="-DUNIX=1 -DLINUX=1" \ --with-CFLAGS="-DUNIX=1 -DLINUX=1" \ --with-NOCHEAP Entendendo o comando... --prefix=/usr/local/mcnpx informa o local onde os executveis sero
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compilados necessria a existncia destes diretrios ; --with-FC=ifort informa o nome do compilador Fortran; --with-CC=icc informa o nome do compilador C/C++; --host=i686-pc-linux informa a plataforma do computador, somente pra informao ao software; --with-FFLAGS=-i8 e --with-NOCHEAP indicam ao compilador Fortran a possibilidade de trabalhar com inteiro de 8 bytes; --with-FFLAGS="DUNIX=1 -DLINUX=1" e --with-CFLAGS="-DUNIX=1 -DLINUX=1" serve para que o compilador interprete os cdigos fontes com codificao especfica para UNIX / LINUX, previnindo possveis erros lexos. Para mais opes consultar o manual de instalao do MCNPX 2.6. 3. Aps executar este script os objetos e os makefiles para a compilao j estaro prontos, faltando apenas executar o comando make. $ make ATENO! Antes de executar o comando maketests necessrio alterar um arquivo Makefile.h para que os testes ocorram sem erros. Altere o arquivo /tmp/mcnpx_install/src/test/Makefile.h nas linhas que contm as variveis TARCH, TSYS, TFC e TCC e as deixe assim: TARCH = intel TSYS = linux TFC = ifc TCC = icc S ento execute os commandos abaixo: $ maketests $ makeinstall Feito isto, o MCNPX j se encontra instalado. Mas para que seu funcionamento ocorra sem problemas ainda necessria a definio de algumas variveis de ambiente. 4. Antes de executar o MCNPX necessrio definir as variveis de ambiente PATH e DATAPATH. Isso pode ser feito editando o arquivo .bashrc de cada usurio ou utilizando uma definio global, que pode ser encontrada no /etc/bash/bashrc ou /etc/bash.bashrc dependendo da distribuio do Linux.
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PATH=/usr/local/mcnpx/bin DATAPATH=/usr/local/mcnpx/DATA Assumindo que o local de instalao tenha sido em /usr/local/mcnpx/ os valores acima devem estar inclusos no caminho das variveis de ambiente. 5. Colocar as biblioteca utilizadas nos clculos dentro da pasta DATA. Verifique se o seu diretrio lib contm as livrarias phtlib, bertin e barpol.dat. Se no existirem estas livrarias ento necessrio installas. Caso existam necessrio criar um link dessas livrarias dentro da pasta DATA. Para isso basta seguir os passos: $ cd /usr/local/mcnpx/DATA $ ln -s ../lib/phtlib . $ ln -s ../lib/bertin . $ ln -s ../lib/barpol.dat . Verifique se existe o arquivo mcnpx/DATA/xsdir, caso no esteja presente copie o arquivo xsdir1 para um outro chamado xsdir. 6. Se as variveis de ambiente e as bibliotecas foram configuradas e instaladas corretamente o sistema dever responder corretamente chamada do programa MCNPX. 4.2.2. Compiladores GNU (C/C++ e Fortran 90) sem MPI A verso testada dos compiladores foi a 4.2. 1. Durante o processo de compilao do MCNPX o compilador de Fortran 90 deve ser chamado de f90, ento necessrio criar um link simblico entre o gfortran e f90. $ cd /usr/i686-pc-linux-gnu/gcc-bin/4.1.1 $ ln -s gfortran f90 2. Decompacte o arquivo .tar que contenha os arquivos do cdigo fonte do MCNPX. Para que o compilador GNU funcione corretamente no prximo passo necessrio modificar algumas partes do cdigo de cinco arquivos escritos em Fortran. So eles: src/bertin/getexm.F src/htape3x/getexm.F
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src/mcnpx/mcnpf/getexm.F src/phtlib/mcnpf/getexm.F src/xsex3/getexm.F Em cada um destes modifique a seguinte linha: integer(ki4), external :: iargc Transformando-a em: integer(ki4) :: iargc !/*ge5f 8*/ !/*ge5f 8*/
3. Execute o script configure com as opes abaixo (supondo que queira instalar o MCNPX em /usr/local/mcnpx/ : $ ./configure --prefix=/usr/local/mcnpx \ --with-FC=f90 \ --with-CC=gcc \ --host=i686-pc-linux \ --with-FFLAGS=-i8 \ --with-FFLAGS="-DUNIX=1 -DLINUX=1 -DG95=1" \ --with-CFLAGS="-DUNIX=1 -DLINUX=1" \ --with-NOCHEAP Entendendo o comando: --prefix=/usr/local/mcnpx informa o local onde os executveis sero compilados (necessria a existncia destes diretrios ; --with-FC=f90 informa o nome do compilador Fortran; --with-CC=gcc informa o nome do compilador C/C++; --host=i686-pc-linux informa a plataforma do computador, somente pra informao ao software; --with-FFLAGS=-i8 e --with-NOCHEAP indicam ao compilador Fortran a possibilidade de trabalhar com inteiro de 8 bytes; --with-FFLAGS="DUNIX=1 -DLINUX=1 DG95=1" e --with-CFLAGS="-DUNIX=1 -DLINUX=1" serve para que o compilador interprete os cdigos fontes com codificao especfica para UNIX / LINUX, previnindo possveis erros lexos. Para mais opes consultar o manual de instalao do MCNPX 2.6. 4. Aps executar este script os objetos e os makefiles para a compilao j estaro prontos, faltando apenas executar o comando make. $ make
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ATENO! Antes de executar o comando maketests necessrio alterar um arquivo Makefile.h para que os testes ocorram sem erros. Altere o arquivo /tmp/mcnpx_install/src/test/Makefile.h nas linhas que contm as variveis TARCH, TSYS, TFC e TCC e as deixe assim: TARCH = intel TSYS = linux TFC = ifc TCC = icc S ento execute os commandos abaixo: $ maketests $ makeinstall Feito isto, o MCNPX j se encontra instalado. Mas para que seu funcionamento ocorra sem problemas ainda necessria a definio de algumas variveis de ambiente. 5. Antes de executar o MCNPX necessrio definir as variveis de ambiente PATH e DATAPATH. Isso pode ser feito editando o arquivo .bashrc de cada usurio ou utilizando uma definio global, que pode ser encontrada no /etc/bash/bashrc ou /etc/bash.bashrc dependendo da distribuio do Linux. PATH=/usr/local/mcnpx/bin DATAPATH=/usr/local/mcnpx/DATA Assumindo que o local de instalao tenha sido em /usr/local/mcnpx/ os valores acima devem estar inclusos no caminho das variveis de ambiente. 6. Colocar as biblioteca utilizadas nos clculos dentro da pasta DATA. Verifique se o seu diretrio lib contm as livrarias phtlib, bertin e barpol.dat. Se no existirem estas livrarias ento necessrio installas. Caso existam necessrio criar um link dessas livrarias dentro da pasta DATA. Para isso basta seguir os passos: $ cd /usr/local/mcnpx/DATA $ ln -s ../lib/phtlib . $ ln -s ../lib/bertin . $ ln -s ../lib/barpol.dat .
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Verifique se existe o arquivo mcnpx/DATA/xsdir, caso no esteja presente copie o arquivo xsdir1 para um outro chamado xsdir. Se as variveis de ambiente e as bibliotecas foram configuradas e instaladas corretamente o sistema dever responder corretamente chamada do programa MCNPX. 4.2.3. Compiladores GNU (C/C++ e Fortran 90) com MPI Pequenas modificaes nas configuraes acima (para a instalao com o Compilador GNU (C/C++ e Fortran 90) sem MPI) permitem habilitar a habilidade de executar o MCNPX de forma paralela, utilizando MPI (Message-Passing Interface). A instalao a seguir foi feita com a biblioteca do MPICH2 verso 1.03. Estas bibliotecas podem ser encontradas neste endereo
http://www.mcs.anl.gov/research/projects/mpich2/. 1. Instalar o MPICH2. No site do projeto encontra-se uma grande quantidade de material com contedo para diversas distribuies, includo o Gentoo. Alm disso, nos repositrios do Gentoo possvel encontrar pacotes j prontos para instalao de maneira ainda mais fcil, destas bibliotecas. Aps a instalao ser possvel encontrar dois executveis na pasta /usr/bin/: /usr/bin/mpif90 - compila e liga programas em MPI escritos em Fortran 90. /usr/bin/mpif90- compila e liga programas em MPI escritos em C. Alm destes executveis importante saber a localizao da instalao de algumas bibliotecas do MPICH, pois esta informao ser necessria na execuo do script configure. Exemplos das bibliotecas MPICH que devem ser localizadas: /usr/lib64/libmpich.a /usr/lib64/libmpich.so /usr/lib64/libmpichcxx.a /usr/lib64/libmpich.so.0.0 /usr/lib64/libmpichf90.a /usr/lib64/libmpich.so.0 2. Durante o processo de compilao do MCNPX o compilador de Fortran 90 deve ser chamado de f90, ento necessrio criar um link simblico entre o gfortran e f90.
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$ cd /usr/i686-pc-linux-gnu/gcc-bin/4.1.1 $ ln -s gfortran f90 3. Decompacte o arquivo .tar que contenha os arquivos do cdigo fonte do MCNPX. Para que o compilador GNU funcione corretamente no prximo passo necessrio modificar algumas partes do cdigo de cinco arquivos escritos em Fortran. So eles: src/bertin/getexm.F src/htape3x/getexm.F src/mcnpx/mcnpf/getexm.F src/phtlib/mcnpf/getexm.F src/xsex3/getexm.F Em cada um destes modifique a seguinte linha: integer(ki4), external :: iargc Transformando-a em: integer(ki4) :: iargc !/*ge5f 8*/ !/*ge5f 8*/
4. Execute o script configure com as opes abaixo supondo que queira instalar o MCNPX em /usr/local/mcnpx/ : $ ./configure --prefix=/usr/local/mcnpx \ --with-FC=mpif90 \ --with-CC=mpicc \ --host=i686-pc-linux \ --with-FFLAGS=-i8 \ --with-FFLAGS="-DUNIX=1 -DLINUX=1 -DG95=1" \ --with-CFLAGS="-DUNIX=1 -DLINUX=1" \ --with-MPILIB="-L/usr/lib64 -lmpich" \ --with-NOCHEAP Entendendo o commando: --prefix=/usr/local/mcnpx informa o local onde os executveis sero compilados necessria a existncia destes diretrios ; --with-FC=mpif90 informa o nome do compilador Fortran; --with-CC=mpicc informa o nome do compilador C/C++; --host=i686-pc-linux informa a plataforma do computador, somente pra informao ao software; --with-FFLAGS=-i8 e --with-NOCHEAP indicam ao compilador Fortran a possibilidade de trabalhar com inteiro de 8 bytes; --withFFLAGS="-DUNIX=1 -DLINUX=1 DG95=1" e --with-CFLAGS="-DUNIX=1 -
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DLINUX=1" serve para que o compilador interprete os cdigos fontes com codificao especfica para UNIX / LINUX, previnindo possveis erros lexos; --withMPILIB="-L/usr/lib64 -lmpich" indica o endereo das bibliotecas do MPICH necessrias para a compilao . Para mais opes consultar o manual de instalao do MCNPX 2.6. 5. Aps executar este script os objetos e os makefiles para a compilao j estaro prontos, faltando apenas executar o comando make. $ make ATENO! Antes de executar o comando maketests necessrio alterar um arquivo Makefile.h para que os testes ocorram sem erros. Altere o arquivo /tmp/mcnpx_install/src/test/Makefile.h nas linhas que contm as variveis TARCH, TSYS, TFC e TCC e as deixe assim: TARCH = intel TSYS = linux TFC = ifc TCC = icc S ento execute os commandos abaixo: $ maketests $ makeinstall Feito isto, o MCNPX j se encontra instalado. Mas para que seu funcionamento ocorra sem problemas ainda necessria a definio de algumas variveis de ambiente. 6. Antes de executar o MCNPX necessrio definir as variveis de ambiente PATH e DATAPATH. Isso pode ser feito editando o arquivo .bashrc de cada usurio ou utilizando uma definio global, que pode ser encontrada no /etc/bash/bashrc ou /etc/bash.bashrc dependendo da distribuio do Linux. PATH=/usr/local/mcnpx/bin DATAPATH=/usr/local/mcnpx/DATA Assumindo que o local de instalao tenha sido em /usr/local/mcnpx/ os
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valores acima devem estar inclusos no caminho das variveis de ambiente. 7. Colocar as biblioteca utilizadas nos clculos dentro da pasta DATA. Verifique se o seu diretrio lib contm as livrarias phtlib, bertin e barpol.dat. Se no existirem estas livrarias ento necessrio installas. Caso existam necessrio criar um link dessas livrarias dentro da pasta DATA. Para isso basta seguir os passos: $ cd /usr/local/mcnpx/DATA $ ln -s ../lib/phtlib . $ ln -s ../lib/bertin . $ ln -s ../lib/barpol.dat . Verifique se existe o arquivo mcnpx/DATA/xsdir, caso no esteja presente copie o arquivo xsdir1 para um outro chamado xsdir. Se as variveis de ambiente e as bibliotecas foram configuradas e instaladas corretamente o sistema dever responder corretamente chamada do programa MCNPX.

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UNIVERSIDADE ESTADUAL DE SANTA CRUZ HLDER CONCEIO ALMEIDA

CLCULO DE COEFICIENTES DE CONVERSO UTILIZANDO O CDIGO MCNPX PARA O FANTOMA MAX

ILHUS BAHIA 2010

HLDER CONCEIO ALMEIDA

CLCULO DE COEFICIENTES DE CONVERSO UTILIZANDO O CDIGO MCNPX PARA O FANTOMA MAX

apresentado, para a obteno do ttulo de bacharel disciplina em Cincia da Computao,

Universidade Estadual de Santa Cruz.

rea de concentrao: Cincia da Computao.

Orientador: Prof. Dany Sanchez Dominguez

ILHUS BAHIA 2010

HLDER CONCEIO ALMEIDA

CLCULO DE COEFICIENTES DE CONVERSO UTILIZANDO O CDIGO MCNPX PARA O FANTOMA MAX

______________________________________ Dr. Dany Sanchez Dominguez UESC / DCET (Orientador)

______________________________________ Dr. Paulo Svio da Silva Costa UESC / DCET (Professor)

______________________________________ Esbel Toms Valero Orellana UESC / DCET (Convidado)

CLCULO DE COEFICIENTES DE CONVERSO UTILIZANDO O CDIGO MCNPX PARA O FANTOMA MAX

Palavras-chave: cdigos de Monte Carlo; MCNPX; Coeficientes de converso; fantoma MAX.

Radiao O conceito de radiao aplicado a ondas eletromagnticas ou partculas que

7 A Figura 1 mostra as quatro radiaes mais ionizantes e seu poder de penetrao:

, desse volume (ICRP 103, 2008), ou

Valores dos fatores de peso da radiao, wR.

Fonte: CORDEIRO, 2009, p. 24.

Representao do modelo matemtico MIRD-5.

Fonte: REIS JNIOR, 2007, p. 12.

Passos para construo de modelo dosimtrico para o corpo inteiro.

Fonte: REIS JNIOR, 2007, p. 14.

Normalmente as imagens iniciais tm formato quadrado, com 512 x 512

Fonte: SANTOS, 2010, p. 20.

ICRP 89 (g) 20 10 1170 140 400

MAX (g) 19,8 14,3 1200 140 400

18 3. DESEMPENHO E CONFIGURAO DO MCNPX

Ftons a 10 MeV Eltrons a 30 MeV Ftons e Eltrons a 10 MeV

Ftons a 10 MeV Eltrons a 30 MeV Ftons e Eltrons a 10 MeV

1,00E+03 0,532 0,618 0,6005

1,00E+04 0,597 0,797 0,6792

1,00E+07 99,836 221,347 102,7878

1,00E+08 990,428 2205,017 1023,9067

Tempo gasto no processamento de Eltrons

-2,00 -3,00 -4,00 -5,00 -6,00 -7,00 -8,00

Speedup ao Simular Eltrons no MCNPX

Eltrons 30 MeV (1x10 histrias)

25 Speedup ao Simular Ftons no MCNPX

26 Tempos ao Simular Eltrons no MCNPX

Ftons 1 MeV (1x10 histrias)

Ftons 1 MeV (1x10 histrias)

28 4. CLCULO DOS COEFICIENTES DE CONVERSO

MAX_06 ICRP74 CAM

Ftons + eltrons (keV)

Ftons + eltrons (keV)

Ftons + eltrons (keV)

LENTE DOS OLHOS

Ftons + eltrons (keV)

Ftons + eltrons (keV)

Ftons + eltrons (keV)

Ftons + eltrons (keV)

34 5. CONCLUSES E TRABALHOS FUTUROS

38 APNDICE APNDICE A Manual de Instalao do MCNPX 2.6

MANUAL DE INSTALAO DO MCNPX Cdigo Monte Carlo N-ParticleeXtended Verso 2.6

Autor: Hlder Almeida

Ilhus, BA 25 de Setembro de 2009

1. DESEMPENHO DOS SISTEMAS OPERACIONAIS

src/mcnpx/mcnpf/GLOBAL1_zc.F: integer(kindi), parameter :: mxdt = 20!/*mgp5e48*/ 3. SISTEMA OPERACIONAL WINDOWS XP

4. SISTEMA OPERACIONAL LINUX (FEDORA 9 + GENTOO + DEBIAN)

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src/mcnpx/mcnpf/GLOBAL1_zc.F: integer(kindi), parameter :: mxdt = 20!/mgp5e48/ 3. SISTEMA OPERACIONAL WINDOWS XP