Reconstrução de imagens 3D

Paulo Roberto da Fonseca Filho

Dep. Física e Biofísica - IBB – UNESP
prfonseca@ibb.unesp.br
 Objetivos
• Apresentar alguns conceitos de reconstrução de
imagens

• Apresentar a ferramenta In Vesalius

• Utilizar o In Vesalius em alguns exames de

tomografia computadorizada

Fonseca, P.R. - Reconstrução de imagens

2 3D
 Sumário
 Motivação - Diagnóstico  InVesalius
por imagens Apresentação
Panorama das imagens Principais recursos
3D Reconstruindo
 Exemplo
 Imagens digitais  exemplos com o
pessoal
O que é uma imagem
digital
Reconstrução
Exemplos de
reconstrução

 Tomografia
computadorizada
Princípios físicos
Formação de imagens
Fonseca, P.R. - Reconstrução de imagens
3 3D
Exemplos de imagens
 Motivação
“Uma imagem vale mais que mil palavras”

Fonseca, P.R. - Reconstrução de imagens

4 3D
 Diagnóstico por imagem

Fonseca, P.R. - Reconstrução de imagens

5 3D
 Raios-X
convencional Mamografia

Fonseca, P.R. - Reconstrução de imagens

6 3D
 CT PET/CT

Fonseca, P.R. - Reconstrução de imagens

7 3D
 MRI US

Fonseca, P.R. - Reconstrução de imagens

8 3D
 Total de procedimentos com CT
nos Estados Unidos

Fonseca, P.R. - Reconstrução de imagens IMV Benchmark Report on CT, 2006

9 3D
 Parte “teórica”

"Não há nada de novo na terra. Tudo

já foi feito antes” (Arthur C. Doyle)

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10 3D
 Imagens digitais

Fonseca, P.R. - Reconstrução de imagens

11 3D
 Imagens digitais
Domínio do Resultado
problema

Reconhecimento e
Aquisição Base de conhecimento
interpretação

Pré-
processamento

Representação e
Segmentação
descrição

Fonseca, P.R. - Reconstrução de imagens

12 3D
 Aquisição

Fonseca, P.R. - Reconstrução de imagens

13 3D
 Formação
Imagens digitais são discretizadas
• no espaço e no tempo
• coordenadas x, y, z
• limitados pela resolução do
sistema

• no brilho
• intensidade dos pixels 
picture elements
• limitados pela “precisão” dos
dados
η ( n, m )
“Vetor 2D de amostras” (Funkhouser
2000)
Sistema de Filtros
f ( x, y ) aquisição + g ( n, m ) restauradores fˆ ( n, m )

Fonseca, P.R. - Reconstrução de imagens

14 3D
Formação

Tópicos Especiais em
15
Biometria
x-ray Gamma ray
Transmissio emission
n through from within
the body the body

Nuclear
magnetic
resonance
Ultrasoun
induction
d echoes
 Formando uma imagem...

Fonseca, P.R. - Reconstrução de imagens

17 3D
 ... digital

Fonseca, P.R. - Reconstrução de imagens

18 3D
 Pré-processamento
 O pré-processamento tem a função de “preparar” a
imagem para um procedimento posterior
(segmentação, restauração etc).
 O realce inclui:
 Processamento ponto a ponto
 Equalização de histograma

 Filtragem espacial
 Suavização (média, mediana)

 Filtragem no domínio da freqüência

 Passa-alta
 Passa-baixa

Fonseca, P.R. - Reconstrução de imagens

19 3D
  Matlab

Fonseca, P.R. - Reconstrução de imagens

20 3D
Segmentação
 Retirar objetos ou características de interesse de uma
imagem a partir de limiarização, detecção de
descontinuidades ou similaridades.

 Por morfologia,

Tópicos Especiais em
21
Biometria
 Filtragem

22
Processamento no domínio do
espaço

Filtro de média

Tópicos Especiais em
23
Biometria
Processamento no domínio do
espaço

Filtro de mediana

Tópicos Especiais em
24
Biometria
 Espectro de Fourier

Círculos com raios iguais a 18,43,78,152 contêm 93,95,99,99,5% da

potência da imagem

25 Aplicações da TF para a
Física Médica
  Albert Einstein (Ulm, 14 de Março de
Um pouco de “brincadeira” 1879 — Princeton, 18 de Abril de
1955) foi o físico que propôs a teoria
da relatividade. Ganhou o Prémio
Nobel da Física de 1921 pela correta
explicação do Efeito fotoeléctrico; no
entanto, o prémio só foi anunciado em
1922. O seu trabalho teórico sugeriu a
possibilidade da criação de uma
bomba atómica, apesar de ter sido
contra seu desenvolvimento como
arma de destruição em massa.
 Após a formulação da teoria da
relatividade em Junho de 1905,
Einstein tornou-se famoso
mundialmente, na época algo de
pouco comum para um cientista. Nos
seus últimos anos, a sua fama
excedeu a de qualquer outro cientista
na história, e na cultura popular,
Einstein tornou-se um sinónimo de
alguém com uma grande inteligência e
um grande gênio. A sua face é uma d
as mais conihecidas em todo o mundo.
Em sua honra, foi atribuído o seu
nome a uma unidade usada na
fotoquímica, o einstein, bem como a
um elemento químico, o Einstênio.
 Foi um dos maiores génios da Física,
tendo o seu QI estimado em cerca de
240. Algumas fontes informam um
suposto resultado de 158,
provavelmente limitadoda
Aplicações pelo teto do
TF para a
26 teste.
Física Médica
 Fonte: Wikipaedia
 Filtro passa-baixa

Diminuição da freqüência de corte

27 Aplicações da TF para a
Física Médica
 Filtro passa-baixa

Diminuição da freqüência de corte

28 Aplicações da TF para a
Física Médica
 Tomografia Computadorizada

Fonseca, P.R. - Reconstrução de imagens

29 3D
Imagens tomográficas
 Uma imagem CT 2D corresponde a um secção
do paciente (3D)

 A espessura dessa “fatia” é de 1 a 10 mm

Aproximadamente uniforme
Cada pixel da imagem 2D corresponte a um
elemento de volume (voxel) do paciente
 Cada feixe registrado é uma medida de
transmissão atrés do passiente ao longo
de uma linha
− µx
I t = I0e
ln(I 0 / I t ) = µx
 Compute Xray attenuation coeff. , µ(x,y) as follows:
Beers law for xray attenuation in non uniform media is
where the ζ axis is parallel to the X rays.
 Compute :
 Take the one dimensional Fourier transform, P(Λ ,θ) of p(θ, λ)
with respect to λ.
 The results are values of the two dimensional Fourier
transform of µ(x,y), at points along a line through the
origin and at an angle θ with the Ky axis in the 2D
Fourier domain. P(Λ ,θ)
 Repeat for all angles θ from 0 to 360.
 Interpolate the Fourier domain data from
its polar form to a rectangular grid.
 The inverse 2D Fourier transform is µ( x,y).
32
Número CT ou unidades
Hounsfield
Número CT(x,y) em cada pixe, (x,y)

µ ( x, y ) − µ water
CT ( x, y ) = 1,000
µ water
varia entre –1,000 e +3,000
–1,000 = ar
–300 a –100 = tecido mole
 – 200 = pulmão
0 = água
 + 50 = músculo
+3,000 < osso e áreas com contraste
Número CT
É quantitativo
CT mede densidade óssea com precisão
Pode ser usado para estimar risco de fratura,
por exemplo

Com elevada resolução espacial e grande

contraste
CT pode ser usada para determinar
dimensões de lesões
 Como tudo começou....

Original "Siretom"
dedicated head
CT scanner, circa
1974

Fonseca, P.R. - Reconstrução de imagens

35 3D
Circa 1975, in the early A present-day scan,
days of the CT scan. showing a six-fold
increase in detail
(images courtesy Siemens Medical Systems and Imaginis.com)
… e onde estamos….
Specifications First CT (circa Modern CT
1970) Scanner (2001)
Time to acquire one CT 4-5 minutes 0.5 seconds
image

Pixel size 3 mm x 3 mm 0.5 mm x 0.5 mm

Number of pixels in an 64,000 256,000

image

Table Data: http://www.physicscentral.com/action/action-02-

Aquisição
Ao conjunto de feixes que são
transmitidos através do paciente com
mesma orientação denomina-se
projeção

Dois tipos de projeção são usados:

Parallel beam geometry
Fan beam geometry
 Feixe divergente
1a geração:
Somente 2
detectores
NaI  lento
“Parallel ray”
“pencil beam”
baixo
espalhamento
160 feixes x 180
proj.
FOV de 24 cm
4,5 min/scan
1,5 min
2a geração
Conjuto de 30
detectores
mais radiação
espalhada é
detectada
600 feixes x 540
proj.
18 s/slice
O mais rápido
3a geração
Mais de 800
detectores
O ângulo do “fan
beam” cobre todo
paciente
Não é necessário
translação
Tubo e detectores
rotacionam juntos
Sistemas mais
novos chegaram a
0,5 s/slice
4a geração
Elimina alguns
artefatos da
geração anterior
4.800 detectores
estacionários
5a geração
Desenvolvida
especifcamente para
imagens CT do coração
50 ms/slice
vídeos do coração http://www.gemedicalsystems.com
/rad/nm_pet/products/pet_sys/disc
batendo overyst_home.html#
6a geração
Helicoidal: adquire imagem enquanto a
mesa move
Menor tempo para uma aquisição completa
Menor uso de contraste
7a geração
Múltiplos conjuntos de detectores
Espaçamento maior no colimador
Mais dados para reconstrução das imagens
 Com apenas um conjunto de detectores, a resolução
é determinada pela abertura do colimador
 Com múltiplos detectores, a espessura do corte
(slice) é determinada pelas dimensões do detector
 Reconstruindo uma imagem
CT

Fonseca, P.R. - Reconstrução de imagens

46 3D
Princípios
 Imagens planares de raios-X
reduzem o paciente (3D) a
uma projeção 2D

A densidade em um dado
ponto é resultado da
atenuação do feixe de raios-X
desde o ponto focal até o
detector

Informação do eixo paralelo

ao feixe de raios-X é perdida

Com duas imagens planares

permitem localizar com
precisão a posição de um
dado objeto que apareca em
ambas imagens
 Fonseca, P.R. - Reconstrução de imagens
48 3D
Reconstrução
Radon (1917) provou que uma imagem de
um objeto desconhecido pode ser
produzida se existirem um número infinito
de projeções desse objeto.
Reconstrução tomográfica
Existem muitos algoritmos para
reconstrução
Filtered backprojection
 mais comumente utilizado
 reconstroi utilizando um “procedimento inverso” à
aquisição
 valor de µ é “espalhado” ao longo do caminho que
percorreu durante a aquisição
 dados de diversos feixes são retroprojetados em
uma matriz, formando a imagem
Sinograma
Armazena os dados
antes da reconstrução
Objetos nos limites do
FOV geram uma senóide
no sinograma
Uma CT de 3ª geração
com falha num detector
apresentaria uma linha
vertical no sinograma
Representação
Feixes são presentados
horizontalmente
projetções
verticalmente
1a e 2a gerações
usavam 28800 e
324000 pontos
 Imagens atuais (512 x
512) de um CT circular
contém cerca de 0,2
Megapixels
 CTs em
desenvolvimento devem
usar até 0,8 Megapixels

N.º feixes afeta

componente radial
da resolução
espacial
Número de feixes
Número de projeções
Ocorre aliasing
Interpolação
Os algoritmos de reconstrução não
consideram casos de “escaneamento”
helicoidal
Antes da reconstrução, os dados helicoidais
são interpolados em uma série de imagens
planares
Com dados helicoidais, as imagens podem
ser reconstruídas em qualquer posição
dentro do “scan”, (pode diminiur um pouco a
dose)
retroprojeção
Retroprojeção filtrada
Os dados são filtrados antes de serem
retroprojetados na matriz de imagem
Isso envolve a convolução de uma “máscara”
Diferentes máscaras são usadas conforme a
aplicação clínica
 “apresentação” da imagem

Fonseca, P.R. - Reconstrução de imagens

59 3D
Podem ser aplicadas
técnicas de realce
Podem ser recontruídas outras
“visualizações” a partir de uma
aquisição (considerando alguma
perda de resolução)
 Seleção de volumes ou
superfícies permite
sofisticadas visualizações
3D

Left, automated analysis of infused CT-brain by GE software; right, 3D polp

imaging
 Imagem multi-slice

63
64
 Imagens de CT multi-slice

65
 Angiografia

66
 Parte “prática”
“experiência não é o que se fez, mas o que se
faz com aquilo que se fez” (Aldous Huxley)

Fonseca, P.R. - Reconstrução de imagens

67 3D
 In Vesalius®

Fonseca, P.R. - Reconstrução de imagens

68 3D
 Sobre o software
InVesalius é um software público para área
de saúde que visa auxiliar o diagnóstico e o
planejamento cirúrgico. A partir de imagens
em duas dimensões (2D)  obtidas através
de equipamen­tos de tomografia
computador­izada ou ressonância
magnética, o programa permite criar
modelos virtuais em três dimensões (3D)
correspondentes às estruturas anatômicas
dos pacientes em acompanhamento
médico. O software tem demonstrado
grande versatilidade e vem contribuindo
Fonseca, P.R. - Reconstrução de imagens
69 3D com diversas áreas dentre as quais
 www.softwarepublico.gov.br
Fonseca, P.R. - Reconstrução de imagens
70 3D
 Principais recursos
Importação de arquivos DICOM
Visualização 3D
Visualizacao 2D e 3D
Visualizacao 2D
Câmera endoscópica 
Editando fatias (para remoção de artefatos
/ ruídos)
Segmentação e geração de STL para Prototipag

Fonseca, P.R. - Reconstrução de imagens

71 3D
 Agradecimentos
• À Comissão organizadora da Jornada
• Prof. André Costa Neto
• Prof.ª Susy Campos

• Ao Laboratório de Biomagnetismo – IBB UNESP

• Prof. José Ricardo A. Miranda

• À FAPESP

Fonseca, P.R. - Reconstrução de imagens

72 3D
 “O futuro não é o que tememos. É o que
ousamos”
(Carlos Lacerda)

Paulo Roberto da
Fonseca Filho
prfonseca@ibb.unesp.br

73 Fonseca, P.R. - Reconstrução de imagens 3D

 Referências
 “The Basics of MRI” by JP Hornak
http://www.cis.rit.edu/htbooks/mri/

Fonseca, P.R. - Reconstrução de imagens

74 3D
Spectrum
What a CT scan looks like to a
radiologist
http://www.stmichaelshospital.com/content/
programs/medical_imaging/ct_scan/index.as
p
Which CT Scanner is best?
Axial v. Helical scanners
Axial scanners
 Longer time to scan
 Danger in misregistration of scanner
Helical scanners
 Quicker scan time
 Images for overlapping slices can be generated
 More complicated image reconstruction
Single-slice vs. Multi-slice
detectors

Single-slice detectors
Slow exam times

Multi-slice detectors
Much quicker exam times
Up to 4 slices in 0.5 seconds
Soon to be 8 or even 16 detectors
 Conclusions
CT is not very exciting from a physics point
of view (… didn’t you think the Saha
chapter on CT was facinating?)
However, it is the most popular “modern”
imaging technique: available at over
30,000 world locations, including over
6,000 health care centers in the US (many
with multiple CT machines)
New uses of CT are constantly being
developed. Recently, smaller CT setups are
being used in the OR to evaluate surgeries
as they progress. Better computer
techniques will also enhance the value of
CT studies.