Estrutura tridimensional de

protenas
Prof. Dr. Francisco Prosdocimi

Nveis de Estruturas
Proticas

A conformao espacial das

protenas
As protenas no so traos
rgidos porque suas ligaes
qumicas podem realizar
rotao
A maioria das ligaes
qumicas no so planares

Cada protena tem uma

estrutura especfica que
depende de
sua estrutura primria
interaes qumicas
resultantes entre as cadeias
laterais dos aminocidos
modificaes ps-traducionais
condies do meio em que
elas esto inseridas

Temas importantes
1. A conformao tridimensional
(3D) depende da seqncia
de aminocidos
2. A funo depende da
estrutura
3. Cada protena existe em um
ou em pequeno nmero de
formas estruturalmente
estveis
4. As principais foras para a
estabilizao de estruturas
so foras no-covalentes
5. Existem padres estruturais
comuns que ajudam a
organizar o entendimento

apolipoprotein A-I (PDB code 1AV1)

Estrutura formada apenas por alfas-hlices

Conformao nativa
Protena dobrada em conformao
funcional
Dobramento espacial se d
principalmente por interaes fracas
principalmente hidrofbicas
Ligaes de H e inicas so otimizadas
em estruturas termodinamente mais
favorveis

Estabilidade estrutural
Tendncia a manter a conformao
nativa
Ligaes dissulfeto so incomuns, mas
estabilizam protenas de organismos
termfilos

Camada de solvatao: formada pela

gua envolvendo uma molcula
hidrofbica

Estrutura de uma treptavidina,

protena modificada a partir da
estreptavidina humana que
funciona biotecnologicamente
para ligar outras molculas, como
a biotina. Formada apenas por
folhas beta e loops (2Y3E)

Ligaes peptdicas e o
ngulo omega

Ligaes peptdicas teem

geometria rgida e planar

Trans:

= 180

ngulos torsionais, phi e

psi
Responsveis pela
curvatura na
estrutura da protena
Entre o C-
e o N (do NH2)
e o C (do COOH)

Omega, phi e psi

Diagrama de
Ramachandran
Devido a restries espaciais, nem todos os
ngulos so possveis
Impedimento estrico: dois tomos
no podem ocupar o mesmo lugar
Azul escuro: reas sem
sobreposio
Assimetria do diagrama vem
do fato de que os resduos das
protenas so L-aminocidos
Gly tem menos impedimentos
estricos

Estrutura secundria de
protenas
Prof. Dr. Francisco Prosdocimi

Estruturas secundrias
Descreve o arranjo espacial
dos tomos na cadeia
principal
Ocorre quando os ngulos
diedros (phi e psi)
permanecem quase iguais
durante todo um segmento
da protena
Tipos

Hlices
Conformaes
Voltas
Indefinida (loops, coils, turns)

Alfa-hlices
O arranjo mais simples que as protenas podem
assumir um arranjo helicoidal
Esqueleto polipeptdico fica
enrolado em torno de um eixo
imaginrio
Cada volta contm 3,6 resduos
= -57; = -47

Grupos R se voltam para fora

do eixo
Em mdia, 25% dos aminocidos de qualquer protena esto
em hlices

All-alpha proteins

Estabilidade da alfa
hlice
A hlice comum porque
nesse modelo as
posies das ligaes
de hidrognio esto
otimizadas
Entre um H ligado ao NH2
e um O do COOH
Cada ligao peptdica
participa de ligao de
hidrognio, conferindo
estabilidade

Para isso, todos os

aminocidos precisam ter
o mesmo tipo de
isomeria ptica (L ou D)

Tendncia dos aas em

formar hlices
O grupo lateral interfere na
capacidade do aminocido em
formar hlices
Volume e forma de Asp, Ser, Thr
e Cys desestabilizam se
estiverem muito prximos
Pro e Gly dificultam a formao
de hlices

Relaes com o vizinho

tambm so importantes
Componentes amino a carbonil
formam dipolo eltrico

Restries para a formao

de hlice-
195
1. Tendncia do resduo
em formar hlice
2. Interaes entre os
grupos R espaados 3-4
aa
3. Volumes dos grupos R
adjacentes
4. Ocorrncia de Pro e Gly
5. Interaes entre
resduos das
extremidades com o
dipolo

Conformao
(beta)
Esqueleto estendido em
forma de zigue-zague
Folhas paralelas e antiparalelas
Paralela: = -119; =
113
Anti-par: = -139; =
135

Quanto as folhas so
prximas, os grupos R
devem ser pequenos
Teias e queratinas... Gly e Ala

Estruturas em folhas
Beta
Beta-propeller
Beta-barril

Voltas-
A presena de resduos em voltas ou
alas invertem a direo da cadeia

Ramachandran para
estruturas 2D
Valores de phi e psi bem definidos

Dicroismo circular (CD)

Uma assimetria
estrutural em uma
molcula leva a
diferenas de
absoro de luz
polarizada
A medida dessa
diferena permite-nos
ter uma ideia da
estrutura secundria
de uma protena

Estruturas tercirias e
quaternrias de protenas
Prof. Dr. Francisco Prosdocimi

Estrutura terciria (3D)

Arranjo tridimensional total de
todos os tomos de uma protena
Alcance mais longo e dimenso
total, quando comparado com 2D
Segmentos distantes na
estrutura 1D podem ser atrados
por interaes fracas
Algumas protenas so formadas
por mais de um complexo
polipeptdico (quaternria)
Protenas fibrosas e globulares

Protenas fibrosas
Queratina, colgeno, fibrona
Protenas estruturais: fora e
elasticidade

Insolveis em gua: aas

hidrofbicos (Ala, Val, Leu, Ile, Met e Phe)
Alfa queratina: cabelo, pelo,
unhas, garras, penas, chifres,
cascos e parte externa da pele
Pontes dissulfeto
estabilizam e do mais
resistncias s cadeias

Colgeno
Tecidos conectivos:
tendes, cartilagens
Garante resistncia

Hlice especfica (phi

= -51; psi = 153)
Existem mais de 30
variantes do
colgeno
dependendo do
tecido e da funo

Fibronas de seda
Folhas beta
Rica em A e G
Alto
empacotamento

Ligaes de H
entre as cadeias
B
No elstica,
mas flexvel

Protenas globulares
Diversidade estrutural reflete diversidade
funcional
Dobramento gera estrutura compacta

Teem partes em hlices-a e partes em

folhas-B
Motivos estruturais
Padro identificvel
Envolve elementos 2D
e conexes entre eles

Classificao estrutural das

protenas

Classificao estrutural das

protenas

SCOP Famlias de
protenas

Estrutura quaternria
Dmeros,
homodmeros,
heterodmeros
Trmero, tetrmero
Oligmero,
multmero

Desnaturao de
protenas
Condies diferentes
das celulares levam as
protenas desnaturao
Perda da estrutura leva
tambm perda da
funo
Calor, pHs extremos,
temperatura (?), solventes
orgnicos, detergentes

Renaturao de
protenas
A sequncia terciria
determinada pela
sequncia primria,
certo?
As protenas
desnaturadas,
portanto, podem voltar
aos estados nativos
atravs de renaturao,
quando o estmulo
retirado

Enovelamento protico
Lento e gradual
Diminuio da entropia
at alcanar um estado
estvel
Algumas protenas se dobram
de forma assistida pelas
protenas chaperonas

Vaca louca
A doena de CreutzfeldtJakob, causada por uma
falha no enovelamento
de protenas
Mecanismo no muito
entendido, mas parece
que as protenas em
forma prinica
transformam as outras
tbm em protenas com
esse formato

Concluses
Estrutura da protena estabilizada
principalmente por interaes fracas
Estrutura secundria consiste no arranjo
espacial de tomos de trechos de protenas,
definidas por ngulos phi e psi especficos
A estrutura 3D das protenas tem dois tipos
bsicos: protenas fibrosas e globulares
A estrutura quaternria vem da juno de
vrias subunidades tercirias oriundas de genes
A estrutura das protenas pode ser destruda
pela desnaturao, o que mostra que a funo
depende da estrutura
Enovelamento de protenas envolve mltiplos
mecanismos