Universidade Federal do Rio Grande do Norte

Programa de Pós-graduação em Bioinformática

Processo Seletivo – Doutorado em Bioinformática
Apresentação Oral de Projeto

Computação Reconfigurável Aplicada a Técnicas de Meta-heurística para a

Predição de Estruturas Bidimensionais Proteicas pelo Modelo HP

Linha de Pesquisa: Desenvolvimento de Produtos e Processos

Orientando: Msc. Gabriel B. M. Câmara
Orientador: Prof. Dr. Marcelo A. C. Fernandes
 AGENDA
• INTRODUÇÃO E JUSTIFICATIVA
• OBJETIVOS E METAS
• METODOLOGIA
• RESULTADOS ESPERADOS
• CRONOGRAMA
INTRODUÇÃO E JUSTIFICATIVA

• Macromoléculas
PROTEÍNAS • Diferenciação
Estrutural Hemoglobina Imunoglobulinas

DNA polimerase
• NMR
PREDIÇÃO Caros Demorados

ESTRUTURAL • DRX
Conhecimento
Muita Energia
Técnico
 INTRODUÇÃO E JUSTIFICATIVA

PREDIÇÃO ESTRUTURAL DE PROTEÍNAS - PSP

Modelagem Molecular

Problema NP Completo
Mudanças Estruturais
Modelo Hidrofóbico – Polar (HP)

Parkinson
Banco de Dados das Estruturas

Alzheimer
 INTRODUÇÃO E JUSTIFICATIVA

MODELO HIDROFÓBICO – POLAR (HP)

Busca da menor energia

livre do sistema proteico E(s,c) = −1∗∑∑ fHH(si,ci,sj,cj)
1, Se si = sj = H e ci e cj são adjacentes
fHH(si,ci,sj,cj) =
Ø, Nos demais casos

ci e cj são os tipos de resíduos e si e sj são suas posições na estrutura

 INTRODUÇÃO E JUSTIFICATIVA
• Novos Modelos
Melhoria da • Força Bruta Algoritmos
Modelagem • Inteligência Metaheurísticos
Artificial
• Tempo
• Gasto energético
Possíveis Problemas Bio inspirados
• Qualidade
• Ruim em
Computadores • Particle Swarm
convencionais • Ant Colony
• Tamanho
• Não paralelizáveis • Genetic Algorithm
• Nº de Variáveis • Firefly Algorithm
 Introdução e Justificativa
Field-Programmable Gate Arrays (FPGA)

Computação
Convencional
• Falta de
Especificidade
• Chip dedicado = Ajustável Paralelização
Alto custo
Grande Gasto
energético interno
Otimização Específico
 OBJETIVOS E METAS
Modelo HP
Algoritmos
FPGA
Metaheurísticos

Arquitetura
otimizada de
Hardware
para
modelagem
Proteica
 OBJETIVOS E METAS
OBJETIVOS ESPECÍFICOS

Analisar as técnicas de predição metaheurísticas para proteínas do

modelo HP existentes e caracterizar o tempo de processamento em
plataformas computacionais tradicionais utilizadas.

Analisar a utilização de novas estruturas de hardware dedicado (FPGA) no

contexto de modelagem molecular de proteínas com o modelo HP.

Analisar a utilização de hardware dedicado (FPGA) na otimização de

técnicas metaheurísticas utilizadas na predição da estrutura proteica pelo
modelo HP.
 Metodologia
Nível de
Transferência de
Registro (RTL) Kits

Estudo do
Algoritmo
Avaliação Desenvolvimento
Simulação
Paralelização

Virtex-6 FPGA
DE2i-150 FPGA
System DSP ML605
Generator/Xilinx Builder/Altera

Síntese e
Matlab/Simulink Matlab/Simulink Incorporação
 RESULTADOS ESPERADOS
Gerar uma análise de custo de processamento em relação as
técnicas de meta-heurísticas já utilizadas na literatura na
predição proteica com o modelo HP.

Gerar um modelo de referência em hardware (FPGA) para

modelagem molecular de proteína usando o modelo HP.

Gerar o modelo de referência em Hardware (FPGA) para

otimizar as técnicas metaheurísticas visando a modelagem
proteica pelo modelo HP.
 CRONOGRAMA
MESES

Tópicos a serem estudados 4 8 12 16 20 24 30 36 40 48

Revisão da Literatura sobre
métodos metaheurísticos em X X X
Bioinfomática.
Implementação dos algoritmos
X X X
metaheurísticos.
Revisão da literatura sobre o uso
X X X
de FPGA em bioinformática.
Implementação do sistema FPGA
X X X
na predição da estrutura proteica.
Otimização das técnicas
X X X
metaheurísticas por FPGA.
Preparação para a defesa X

Participação em eventos nacionais

X X X
e internacionais
Publicação de artigos e/ou
X X
patentes