A sntese de metabolitos secundrios frequentemente afetada
pelas condies ambientais. Metablitos secundrios podem ter seu
acumulo alterado devido a sazonalidade, ritmo circadiano, desenvolvimento, temperatura, disponibilidade hdrica, radiao ultravioleta(os metabolitos funcionam como protetores solares para as plantas dos raios uv-b e tbm antioxidantes), intensidade de luz, macronutrientes, Micronutrientes, altitude, Poluio atmosfrica, Induo por estmulos mecnicos ou ataque de patgenos . A poca em que uma droga coletada um dos fatores de maior importncia, visto que a quantidade e, s vezes, at mesmo a natureza dos constituintes ativos no constante durante o ano. A composio de metablitos secundrios de uma planta pode variar apreciavelmente durante o ciclo dia/noite. Conforme mencionado, o estresse hdrico freqentemente tem conseqncias significantes nas concentraes de metablitos secundrios em plantas, e h vrios relatos de que estas condies geralmente levam a um aumento na produo de vrios tipos de metablitos secundrios. Outro fator que a chuva contnua pode resultar na perda de substncias hidrossolveis das folhas e razes por lixiviao; sabe-se que isto se aplica a algumas plantas produtoras de alcalides, glicosdeos e at mesmo leos volteis. Estresse nutricional usualmente resulta em aumento nas concentraes de metablitos secundrios, exceto no caso da deficincia de nitrognio e enxofre, em que a produo de metablitos secundrios contendo estes elementos diminuda. Menores quantidades de metablitos fenlicos so produzidas em condies de fornecimento abundante de nitrognio. H pouca informao disponvel sobre o impacto de micronutrientes na produo de metablitos secundrios em plantas( varia muito de espcie para espcie, de famlia para famlia). A correlao positiva geralmente existente entre o contedo total de flavonides e a altitude. Esta correlao pode ser explicada pela maior susceptibilidade radiao UV em altitudes maiores, uma vez que, conforme comentado anteriormente, os flavonides so reconhecidos por propiciarem proteo radiao e seus efeitos. Alguns metablitos secundrios podem ter sua concentrao alterada por influncia da composio atmosfrica( isso varia muito)
Fatores mecnicos aos quais as plantas esto susceptveis, tais
como ferimentos, ou mesmo meros estmulos, causados por chuva, granizo, vento, areia, invaso por patgenos e pastagem de herbvoros, tambm podem influenciar a expresso do metabolismo secundrio. Uma forma de defesa induzida, a resposta a curto ou longo prazo danificao de tecidos vegetais aumentando a produo e o acmulo de metablitos secundrios j existentes na planta, levando fuga dos animais. De fato, algumas observaes tm revelado que injria causada por alimentao de insetos pode resultar em uma resposta fisiolgica diferenciada, na qual a expresso gnica e/ou formao de metablitos secundrios induzida especificamente ou mais rapidamente, devido a eliciadores presentes na saliva do inseto.