CAPTULO 3 LEGENDAS DAS FIGURAS Figura 3.

1 rvore filogentica mostrando os trs domnios (Eubactria, Archaea e Eukaria) em que s o classificados os seres vivos! As dist"ncias evolutivas foram calculadas a #artir do alinhamento de seq$ncias de r%&A '() de organismos re#resentativos de cada domnio! *odificada de *orell ('++()! Figura 3.2 Esquema re#resentativo da estrutura e da e,#ress o de um gene t#ico, que codifica uma #rotena! - gene constitudo, basicamente, #or uma regi o codificadora e #or uma regi o reguladora! .or conven/ o, o gene re#resentado de 01 #ara 21, considerando a sua fita codificadora (em #reto, na figura)! A fita com#lementar (em magenta, na figura), de #olaridade o#osta (de 21 #ara 01), utili3ada como molde #ara a sntese de um m%&A de mesma #olaridade e seq$ncia (salvo a troca de 4 #or 5) que a fita codificadora! A regi o codificadora fica #osicionada de#ois (a 6usante) da regi o reguladora! A regi o reguladora constituda #or um #romotor, que constitui o stio de liga/ o da %&A7#olimerase, e #or outras seq$ncias reguladoras, como o o#erador e a 5A)! - o#erador ocu#a uma #osi/ o ad6acente (anterior ou #osterior) 8 do #romotor, #odendo, eventualmente, haver sobre#osi/ o #arcial destes dois elementos! 5ma 5A) t#ica #ode ficar a de3enas ou centenas de #ares de bases a montante do #romotor! 9uando o gene e,#resso, a %&A7#olimerase o transcreve num m%&A cu6a sntese inicia alguns nucleotdeos antes da regi o codificadora e termina alguns nucleotdeos de#ois do final da mesma! As regi:es n o7codificadoras do %&A s o chamadas de regi:es 01 ou 21 n o7tradu3idas (ou 54%, do ingls, untranslated region)! &o ribossomo, a regi o codificadora do %&A lida de 01 #ara 21 e tradu3ida numa #rotena, cu6a seq$ncia de amino;cidos sinteti3ada da sua e,tremidade aminoterminal #ara a sua e,tremidade carbo,iterminal! Em genes que codificam %&As est;veis, como os de r%&A e de t%&A, a eta#a de tradu/ o n o ocorre! Figura 3.3 %e#resenta/ o esquem;tica de um o#eron hi#ottico contendo trs genes estruturais (A, B e C), se#arados #or regi:es intercistr<nicas curtas e sob controle de uma regi o reguladora (constituda #or #romotor e o#erador) comum! -s genes s o transcritos num =nico m%&A #olicistr<nico, a #artir do qual s o tradu3idas se#aradamente as trs #rotenas codificadas (A, >, e ?)! Figura 3.4 Eventos evolutivos que geram c@#ias de genes, genes #ar;logos e genes ort@logos! (A) 5ma sim#les du#lica/ o #ode gerar duas c@#ias de um mesmo geneA se este aumento do n=mero de c@#ias conferir alguma vantagem ada#tativa, ele #oder; ser fi,ado ao longo da evolu/ o! (B) A#@s um evento de du#lica/ o, uma das c@#ias geradas #ode manter a fun/ o ancestral, enquanto a outra #ode divergir e, eventualmente, assumir outra fun/ o relacionadaA os genes gerados #or du#lica/ o e #osterior divergncia s o chamados de #ar;logos! (C) Benes com seq$ncias nucleotdicas similares e codificando #rotenas com fun/:es corres#ondentes em diferentes es#cies #odem ser derivados de um gene originalmente #resente num ancestral comum 8quelas duas es#ciesA esses genes, relacionados n o #or du#lica/ o, mas #ela ancestralidade comum, s o chamados de ort@logos! &a figura, as barras em magenta escuro re#resentam as seq$ncias ancestraisA as barras em magenta claro re#resentam seq$ncias que divergiram ao longo da evolu/ o! Figura 3.5 %e#resenta/ o esquem;tica do cromossomo circular =nico de um #rocarioto t#ico! ?romossomos circulares #rocari@ticos s o divididos em unidades de ma#a (5*) arbitr;rias, cu6o n=mero e e,tens o (medida em minutos necess;rios #ara transferncia, #or con6uga/ o, de um segmento cromoss<micoA em #ares de basesA ou em graus) variam conforme a es#cie considerada! &a figura, o cromossomo dividido em 'CC 5*, como em E. coli, cada uma delas equivalendo a 'D'CC do genoma da bactria (a defini/ o da 5* de E. coli discutida na se/ o E- genoma de E. coli F7'GH)! - cromossomo re#licado a #artir de um =nico evento bidirecional (indicado #or setas), que inicia em oriC e termina em terC! As #osi/:es dos stios de origem (I2,0) e trmino (ao redor da #osi/ o 2') da re#lica/ o tambm corres#ondem 8s do cromossomo de E. coli!

Figura 3. Esquema re#resentando o mecanismo de gera/ o de duas #rotenas distintas a #artir de um mesmo gene (re#resentado #elo seu m%&A) utili3ando c@dons de inicia/ o alternativos! Figura 3.! *a#a do genoma circular de J&A de fita sim#les do fago K'LM (0!2L0 nt de e,tens o) mostrando a sobre#osi/ o de genes (identificados #or letras)! - n=mero de nucleotdeos entre genes n o7sobre#ostos est; indicado! *odificada de )anger et al! ('+LL)! Figura 3." -rienta/ o de alguns genes no cromossomo de E. coli! ?ada seta corres#onde a um gene e indica a dire/ o da sua transcri/ oA a#enas genes e,#ressos em altos nveis est o re#resentados! As setas do lado e,terno do crculo corres#ondem a genes que fa3em #arte da maquinaria de sntese #rotica, incluindo aqueles organi3ados nos sete o#erons res#ons;veis #ela sntese de r%&A (rrnA, B, C, D, E, G e H)A as setas no interior do crculo corres#ondem a genes necess;rios #ara a sntese de J&A (re#lica/ o) ou %&A (transcri/ o)! As #osi/:es da origem (oriC) e da regi o de trmino (terC) da re#lica/ o est o assinaladas! *odificada de >reNer et al. ('+II)! Figura 3.# *a#a gentico do cromossomo de E. coli mostrando a #osi/ o dos o#erons de genes de r%&A (rrnA, B, C, D, E, G e H) e de alguns dos genes que codificam #rotenas riboss<micas (identificados #or S e L) em rela/ o aos stios de origem e trmino da re#lica/ o! >aseada nos dados de >lattner et al. ('++L)! Figura 3.1$ Estrutura e fun/ o de intenas! (A) Ontenas s o #oli#e#tdeos que interrom#em algumas #rotenas e s o ca#a3es de catalisar a sua #r@#ria e,cis o e a subseq$ente uni o dos segmentos #oli#e#tdicos que as flanqueiam (as e,tenas &7terminal e ?7terminal), dando origem a uma intena livre e a uma #rotena e,tenica! (B) A maioria das intenas tambm ca#a3 de atuar como uma endonuclease de homing (ou maturase), mediando a introdu/ o da -%P que a codifica em um outro gene7alvo n o interrom#ido! - #rocesso de homing iniciado #ela #r@#ria intena, que reconhece e cliva um stio es#ecfico no gene7alvo, onde ser; introdu3ida a -%P! Em geral, o stio7alvo de inser/ o, determinado #ela es#ecificidade da intena, uma variante do mesmo gene onde a -%P da intena estava originalmente inserida, #resente numa diferente linhagem ou es#cie! Figura 3.11 )egrega/ o #lasmidial! &a segrega/ o regulada #or sistemas de #arti/ o (A), os stios par interagem com a membrana celular da bactria e, 8 medida em que a clula cresce, as c@#ias do #lasmdeo s o afastadas umas das outras, o que leva 8 segrega/ o das mesmas em n=meros a#ro,imadamente iguais nas duas clulas7filha geradas durante a divis o celular! &a ausncia de um sistema de #arti/ o (B), a segrega/ o das c@#ias de um #lasmdeo a cada divis o celular ocorre ao acaso, o que #ode levar 8 eventual elimina/ o do mesmo numa linhagem celular! *odificada de )nQder R ?ham#ness ('++L)! Figura 3.12 Oncom#atibilidade de #lasmdeos! ?ada #lasmdeo #ossui um sistema de controle da sua re#lica/ o que determina o seu n=mero de c@#ias na clula hos#edeira e define o seu gru#o Onc! 9uando dois #lasmdeos #ertencentes ao mesmo gru#o Onc residem numa mesma clula hos#edeira (A), o sistema de re#lica/ o comum limita o n=mero de c@#ias de ambos, de modo que a soma das c@#ias de cada ti#o de #lasmdeo n o #ode ultra#assar o n=mero total de c@#ias #ermitido #ara aquele gru#o Onc! &a figura, o n=mero total de c@#ias #ermitido de IA assim, a re#lica/ o eDou a segrega/ o desigual em ciclos de divis o celular sucessivos acaba levando 8 #erda de um dos #lasmdeos e 8 fi,a/ o do outro na linhagem! 9uando dois #lasmdeos #ertencentes a gru#os Onc distintos residem numa mesma clula hos#edeira (B), sistemas de controle da re#lica/ o n o7relacionados controlam inde#endentemente o n=mero de c@#ias de cada um deles! &uma situa/ o como esta, os dois #lasmdeos #odem coe,istir indefinidamente numa mesma linhagem celular! *odificada de )nQder R ?ham#ness ('++L)!

Figura 3.13 *a#a gentico do #lasmdeo P! As trs regi:es #rinci#ais que constituem o #lasmdeo est o indicadasS a regi o tra, que contm os genes que codificam a fmbria se,ual e as fun/:es de transfernciaA a regi o que contm os elementos trans#onveis O)G, O)2 (em duas c@#ias) e 4n'CCC (anteriormente chamado de ), res#ons;veis #ela integra/ o de PA e a regi o que contm os genes envolvidos na re#lica/ o vegetativa do #lasmdeo! *odificada de )mith7FearQ ('+II)! Figura 3.14 %e#resenta/ o esquem;tica do #rocesso de transferncia de um #lasmdeo P #or con6uga/ o! A clula doadora #rodu3 uma fmbria se,ual que estabelece um contato est;vel com a clula rece#tora! A retra/ o da fmbria a#ro,ima as duas clulas e viabili3a a forma/ o de um tubo de con6uga/ o entre elas! A transferncia do J&A inicia com a clivagem de uma das fitas do J&A #lasmidial em oriT! A fita clivada desenrolada a #artir da sua e,tremidade 01 e #assa, atravs do tubo de con6uga/ o, #ara a clula rece#tora, ao mesmo tem#o em que uma fita com#lementar 8quela que fica na clula doadora sinteti3ada #ara substitu7la! A fita transferida, #or sua ve3, serve de molde #ara a sntese de uma fita com#lementar a ela na clula rece#tora! Ao final do #rocesso, uma c@#ia do #lasmdeo #ermanece na clula doadora, enquanto uma nova c@#ia do mesmo gerada na clula rece#tora, que #assa a ser chamada de transcon6ugante! &a figura, as fitas originais do #lasmdeo con6ugativo est o re#resentadas em #reto, enquanto as novas fitas sinteti3adas durante o #rocesso de transferncia est o re#resentadas em magenta! -s #rodutos dos #rinci#ais genes tra envolvidos em cada eta#a do #rocesso est o indicados! Figura 3.15 *obili3a/ o de um #lasmdeo n o7con6ugativo! 5m #lasmdeo n o7con6ugativo, que n o #ossui os genes necess;rios #ara a sntese das fmbrias se,uais, #ode ser mobili3ado (transferido #or con6uga/ o) utili3ando fun/:es de um #lasmdeo con6ugativo residente na mesma clula e algumas fun/:es #r@#rias! - #lasmdeo con6ugativo (em #reto) fornece as fun/:es 4ra necess;rias #ara a sntese da fmbria se,ual e #ara o estabelecimento de um contato est;vel entre a clula doadora e a clula rece#tora (ver Pigura 2!'M)! - #lasmdeo mobili3;vel (em magenta) #ossui uma regi o mob, que codifica as fun/:es necess;rias #ara o reconhecimento e a clivagem da sua #r@#ria origem de transferncia ( oriT)! A transferncia e a re#lica/ o do #lasmdeo mobili3;vel ocorre como no #rocesso de con6uga/ o normal! Embora n o este6a re#resentada na figura, a transferncia simult"nea do #lasmdeo con6ugativo tambm #ode ocorrer! Figura 3.1 %e#resenta/ o esquem;tica do ciclo ltico de um bacteri@fago! 5m fago, ao colidir com a membrana de uma bactria hos#edeira adequada, adere 8 mesma e in6eta o seu genoma (no caso, uma molcula de J&A linear de fita du#la) no interior da clula! Togo a#@s a infec/ o, a maquinaria de transcri/ oDtradu/ o da bactria e,#ressa os genes iniciais do fago! Estes genes codificam #rotenas reguladoras, que, #or sua ve3, ativam a e,#ress o dos genes intermedi;rios do fago! -s #rodutos dos genes intermedi;rios determinam a ocorrncia de v;rios ciclos de re#lica/ o do J&A do fago, gerando in=meras c@#ias do seu genoma! -s genes intermedi;rios tambm #rodu3em algumas #rotenas reguladoras, que ativam a e,#ress o dos genes tardios, cu6os #rodutos s o #rotenas do ca#sdeo e fatores envolvidos na forma/ o das #artculas virais maduras e na lise da clula hos#edeira! Ao final do ciclo, as novas #artculas virais formadas s o liberadas e #odem infectar novas clulas hos#edeiras suscetveis! &a figura, o J&A viral est; re#resentado em magenta e o cromossomo da clula hos#edeira n o mostrado! Figura 3.1! %e#resenta/ o esquem;tica do ciclo lisognico de um bacteri@fago! 5m fago tem#erado, ao infectar uma bactria, #ode integrar o seu genoma (em magenta) no cromossomo da clula hos#edeira #or recombina/ o stio7es#ecfica! - genoma integrado #ode ser mantido nesta forma, chamada de #rofago, ao longo da linhagem bacteriana, que chamada de lisognica! A manuten/ o do ciclo lisognico de#ende da #rodu/ o de uma #rotena re#ressora, que mantm o circuito regulador lisognico e re#rime o ciclo ltico! &a ausncia da #rotena re#ressora, ocorre a e,cis o do #rofago e a entrada no ciclo ltico (ver Pigura 2!'()! Figura 3.1" %e#resenta/ o esquem;tica de um evento de transdu/ o generali3ada! 9uando um fago infecta uma bactria e entra em ciclo ltico, o seu genoma re#licado in=meras ve3es

e o cromossomo da clula hos#edeira fragmentado! Jurante o #rocesso de forma/ o das #artculas virais, um fragmento de J&A da bactria #ode ser acidentalmente em#acotado num ca#sdeo viral, formando uma #artcula transdutora! A #artcula transdutora, ao infectar uma outra clula bacteriana, transfere #ara ela o fragmento de J&A da #rimeira bactria, e,ecutando a transdu/ o #ro#riamente dita! Eventualmente, o fragmento transferido #ode ser incor#orado ao genoma da clula rece#tora #or recombina/ o gentica, #rodu3indo uma clula transdu3ida est;vel! Figura 3.1# %e#resenta/ o esquem;tica da transdu/ o es#eciali3ada mediada #elo bacteri@fago ! &um ciclo lisognico, o fago tem seu genoma integrado em um stio es#ecfico do cromossomo da clulas hos#edeira, ad6acente ao o#eron gal! A e,cis o do #rofago de#ende de indu/ o (#or e,em#lo, #or radia/ o ultravioleta), que desencadeia o ciclo ltico! &um evento de e,cis o normal (8 esquerda), o genoma do fago #recisamente removido do cromossomo bacteriano e, de#ois de re#licado, d; origem a #artculas virais normais! E,ce#cionalmente, um evento de e,cis o anormal (8 direita) gera um genoma defectivo, no qual #arte do genoma do fago substituda #or seq$ncias do o#eron gal! Este genoma defectivo, de#ois de re#licado, gera #artculas virais transdutoras, ca#a3es de transferir as seq$ncias do o#eron gal #ara outra bactria (no evento de transdu/ o #ro#riamente dito)! Figura 3.2$ Estrutura geral de elementos trans#onveis bacterianos! (A) 5ma seq$ncia de inser/ o ou O) (em cin3a) #ossui um gene de trans#osase (em cin3a escuro) flanqueado #or duas seq$ncias re#etidas invertidas (em cin3a claro)! A inser/ o de uma O) em um J&A7 hos#edeiro (em magenta) determina a du#lica/ o direta da seq$ncia7alvo es#ecfica reconhecida #ela trans#osase! As e,tens:es (#b) do gene da trans#osase, das seq$ncias re#etidas invertidas e do stio7alvo variam, conforme a O) considerada, dentro dos intervalos mostrados! (B) 5m trans#oson ou 4n constitudo #or um ou mais genes funcionais (em cin3a escuro) flanqueados #or elementos O) (em cin3a claro), res#ons;veis #ela sua trans#osi/ oA a inser/ o de um 4n em um J&A7hos#edeiro (em magenta) tambm gera re#eti/:es diretas da seq$ncia7alvo! -s tamanhos das barras n o s o #ro#orcionais aos tamanhos reais dos elementos re#resentados e as seq$ncias em (A) s o mostradas a#enas #ara indica/ o das orienta/:es das re#eti/:es, n o corres#ondendo a qualquer O) es#ecfica! Figura 3.21 Esquema com#arativo dos dois ti#os #rinci#ais de trans#osi/ o! &a trans#osi/ o re#licativa (8 esquerda) uma molcula doadora (em cin3a) #ossuidora de um elemento trans#onvel (em magenta) transfere uma c@#ia do mesmo #ara uma molcula rece#tora (em #reto)A os #rodutos do evento, que envolve re#lica/ o e recombina/ o, s o duas molculas #ortadoras do elemento trans#osto! &a trans#osi/ o n o7re#licativa (8 direita), um evento de recombina/ o intermolecular transfere o elemento trans#onvel de uma molcula #ara outraA ao final do #rocesso, a molcula doadora dei,ada com uma quebra na sua fita du#la, que #ode ou n o ser re#arada #ela maquinaria de re#ara/ o de J&A da clula! Ambos os eventos s o mediados #or uma trans#osase es#ecfica, via de regra codificada #elo #r@#rio elemento trans#onvel! &os e,em#los mostrados, as molculas de J&A hos#edeiras dos elementos trans#onveis s o circulares, mas o #rocesso #ode igualmente envolver molculas de J&A lineares! -s mecanismos moleculares envolvidos nos eventos de trans#osi/ o s o discutidos em detalhe no ?a#tulo I!