Meta-análise de estudos genéticos apoia uma associação

de variantes comuns a contribuição suscetibilidade

Doença comum

Associação de poderosos estudos oferecer uma abordagem Identificar

variantes genéticas que influenciam suscetibilidade a comuns disease1–4, mas
são afetadas pela a impressão de que eles nem sempre reproducible5,6. Em
princípio, a inconsistencia pode ser devido a falsos resultados positivos falsos
negativos tachonar estudos,- es ou verdade variabilidade em associação entre
diferentes populations4–8. A questão essencial é saber se falsos resultados
positivos
A esmagadora maioria deles explicar a inconsistência. ANALISÁMOS 301
Estudos publicados comunicados que abrange 25 diferentes associações.
Houve um grande excesso de estudos reproduzinte os primeiros resultados
positivos relatórios, incompatível com a hipótese de não verdadeiro positivo
As associações (P < 10–14). Este excesso de repetições não poderiam ser
EXPLICAR de forma razoável pela publicação Tendenciosidades e estava
concentrado
Entre 11 de 25 associações. De 8 de estas 11 associações, reunido do follow-
up análise estudos produzido estadisticamente significante réplica do primeiro
relatório, com modestos estimado
Efeitos genéticos. Assim, uma considerável fração (mas no âmbito metade) de
descrito associações têm um forte indício de réplica; para falsos negativos,
destes, underpowered estudos provavelmente contributo a inconsistente
réplica. Concluímos que existem Provavelmente muitas variantes comuns no
genoma humano com modesto mas comum reais efeitos sobre risco de
doença, e que tachonares usante grande número de amostras será
convincentemente identificar essas variantes. Das 166 associações entre
freqentemente estudadas verda- comum formigas e, selecionamos diseases9
comum um subconjunto de 25 associações de meta-analysis (quadro 1). Após
a exclusão da primeira Notícias positivas (definido como o mais rapidamente
estudo para conseguir P < 0,05), identificámos 301 adicional estudos
publicados entre esses 25 As associações, ou cerca de 12 estudos repetidos
potencial por associação. Consideramos a hipótese de que o original
Associações são relatados falsas notícias positivas em grande parte. No falta
de publicação desta hipótese viés, que predicts cerca de 5% desses 301
estatisticamente significativa estudos devem ser- jargão em P < 0,05, cerca de
1% dos estudos devem ser signifi- jargão em P < 0,01 e assim por diante. Dos
301 estudos, no entanto, 59 atingido P < 0,05 (contra 15 tais estudos
expectado por acaso), 26 Estudos tiveram P < 0,01 (contra 3 expectado), e 10
estudos tiveram P < 0,001 (versus <1 expectado). Estas taxas estão em grande
excesso de o esperado por acaso na hipótese de não verdadeira relacio-
Ciations (P < 10–14 para a 0,05 e 0,01 significação limiares e P < 10–12 para a
0,001 limiar; P valores determinados por meio do distribuição de Poisson para
cada entrada).
Este resultado poderia, teoricamente, ser explicado pela publicação
preconceito, O preferencial publicação de estudos estatísticos que permitam
atingir significado e não-publicação de estudos que não. Mas Vários linhas de
evidência sugerem que este não é o caso. Em primeiro lugar, 47 de 59 estudos
com P < 0,05 mostraram um efeito na mesma direcção como que figura no
estudo original (inconsistente com ao acaso directionality predito sob o cenário
de De verdade associações; P < 10–5 por sinal teste). Segundo calculámos, O
número de hipotético não publicado não-significativa tachonares que seriam
necessários para explicar este grande excesso de replicatiões. A probabilidade
de que qualquer estudo seria seguir-up
Por acaso tanto como atingir significância em P < 0,05 e mostrar uma
efectuação no mesmo sentido que o relatório original é de 1 de 40. Assim, para
dar conta dos observados 47 repetições, iriam Necessidade de se foram
extraídos um pool de estudos 40 vezes maior, que é, de 1.880 total publicado e
não publicado Estudos (95% intervalo de confiança (c.i.) = 1.381–2.501). Como
Existem apenas 301 trabalhos publicados, devemos postular a Existência de
um adicional 1.579 não publicado, não-significativa Estudos, ou uma média de
63 não publicado estudos para cada relacioCiation (95% c.eu. = 43–88). Dada
a relativa facilidade com que Mesmo com imparcialidade as pequenas não-
significativa associação estudos têm sido publicado (especialmente se a
associação em questão é controVersial), e porque uma média de apenas 13
estudos foram total Na realidade publicada por associação, o presente grau de
publicação preconceito parece improvável. Do mesmo modo, fomos capazes
de estimar a quantidade real de publicação influenciar na nossa amostra por
considerar o número de Estudos que conseguiu P < 0,05 mas não mostrou um
efeito na em frente a direcção como que figura no relatório original. Não foram
12 desses estudos; como acima, estes deverão também ocorrem por
oportunidade de vez em 40 vezes, e portanto ser proveniente de um pool de
480 Estudos (95% c.eu. = 250–839). Como existem apenas 301 barLEÇA
estudos, o presente corresponde a uma média de 179 unpubLEÇA estudos, ou
aproximadamente 7 não publicado por estudos ssociation (95% c.eu. = 0–21).
Este pequeno grau de publicação preconceito é plausível mas também
insuficiente para explicar o grande num- RIC de repetições observamos. Por
último, foi feita uma 'funil plano DE analysis10, um gráfico teste para publicação
preconceito, e encontraram que apenas três estudos mostraram uma
importante prova de publiTion preconceito (Tabela 1 e figo. 1). Assim, o
excesso de repetições Observamos não pode ser explicado pela publicação
preconceito.
Publicado online 13 Janeiro de 2003; doi:10,1038/ng1071 ©

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Em particular, apenas 11 das 25 associações tinham mltiplas réplica-
ÄOES de o relatório original, e estes conta para 44 de 47
repetições (quadro 1). Este grau de agrupante foi não-casual
(P = 0,002 por simulação). Assim, mais de metade dos comunicados associa-
Òes têm pouca ou nenhuma evidência de réplica, mas uma considerável frac-
Tion de associações (11 de 25 para Essaanálise) foram
reproduzido muito mais freqentemente do que seria de esperar por acaso.
Temos em seguida os possíveis motivos para explorar incoerência de
réplica, especialmente entre as 11 associações com mltiplos
repetições e não-repetições. Uma possibilidade é que associa-
Òes são específicos para determinadas populações. Alternativamente, falsos
traba-
Tivos devido a estratificação étnica mistura e população
(descritos no ref.a 1, por exemplo) poderá contribuir para inconsistência.
Por último, os estudos com amostras de pequenas dimensões poderia faltar
poder de fiavelmente
detectar modesto genético, provocando intermitente réplica.
Se a incoerência na réplica se deveram a população-
Os efeitos específicos para algumas associações, um deve esperar het-
erogeneity através de estudos (associação de alguma verdade
e nenhuma associação populações em outros). Dez associações
mostrou uma heterogeneidade significativa. Em seis destes casos, como-
Nunca, a prova de heterogenidade desapareceram depois que
desarmazenada quer um único distantemente estudo ou dos casos anómalos
representando
menos que 5% de estudos (quadro 2). Assim, para a maioria associa-
Òes, há apenas poucos elementos para heterogenidade de lado a lado
CAD, doença arterial coronariana, infarto do miocárdio; MISSISSÍPI; ins,
inserção; del, supressäao; RFLP, restrição-comprimento do fragmento
polimorfismo; dinucl. rept., dinucleotide
repetir. P valor para publicação viés foi calculada como described10. A norma
normal desviar (norma erro divididos por o logue de a razão de chances) para
cada um
Estudo é regrediram contra os seus precisão (o inverso da norma erro). Se a
90% c.eu. para o intercepto exclui zerar, reflectido no presente quadro como P
< 0,10, não existe
Provas da publicação preconceito.

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Estudos (embora o poder para detectar heterogenidade é limitado
Com número reduzido de estudos). Para os quatro restantes heterossexual-
Geneous associações, que separa os estudos de etnia não
Retirar o heterogenidade (quadro 3), e não poderíamos identificar
Qualquer clara metodológico discrepâncias que poderiam dar satisfações
O heterogenidade (dados não mostrados). Assim, a população-específicos
Efeitos parecem pouco provável para explicar o excesso de repetições.
falsos positivos devido aos repetidos população estratificação também
parece pouco provável para explicar a maior parte do excesso de repetições,
como 9
A 11 multiplicar reproduzido associações foram repetidos usante
controlos baseados-familiares ou em mltiplas grupos étnicos.
Por outro lado, underpowered não-significativa estudos do Real
Associações com modestos efeitos genéticos podem razoavelmente conta
por grande parte da variabilidade na réplica. COERENTE com o presente
Modelo, EM 8 de 25 original notícias positivas foram reproduzido em um
meta-analysis of follow-up estudos genéticos modesta, com efeitos
que seria difícil para reproduzir em pequenos estudos (quadro 2). Como
expectado, todos os 8o estavam entre as 11 associações com mltiplos
repetições. Mais rácios previsionais chances foram entre 1,1 e 2;
A maioria dos casos extremos, um risco relativo de 1,07 para HTR2A e
esquizofrenia, exigindo um estudo de caso–controle 6.900 pares
Para atingir 80% a motor em P < 0,05, muito maior do que típico relacio-
Ciation estudos com centenas de pessoas.
Um dos aspectos da análise importante é que a esti-
amigo do efeito genético no primeiro relatório positivo é influenciado
para cima. Na verdade, de 24 de 25 associações, as chances proporção no
primeiro
Provas de publicação preconceito:
Fig. 1 Assinalar traçar análises para detectar publicação preconceito. Todos os
dados ponto repre-
Um estudo separado sents indicada para a associação. Para cada estudo, as
chances
proporção é Plotada em um logarítmico escala contra a precisão (a recíproca
de
O desvio padrão). Está ausente, Se influenciar pequenos estudos terão
chances rácios que são
de modo extensivo disseminado mas ainda centrado em torno da razão de
chances as estimativas fornecidas pelo
maior, mais preciso estudos. Neste caso, o plano vai lembrar um funil sobre
sua
lado com a boca para o eixo y (topo). Se influenciar está presente, parte da
diversão-
nel boca (pequenos estudos com chances rácios próximo a 1) será omitente
(baixo).
formal critérios estatísticos estão descritos na lenda a Tabela 1.
aStatistically significativas em modelos efeitos fixos e aleatório. bStatistically
significativas no modelo de efeitos fixos em direção oposta à apenas; relatório
original. OU, esti-
casado reunido odds ratio; CAD, doença arterial coronariana, infarto do
miocárdio; MISSISSÍPI.

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Relatório positivo excedidas o efeito genético estimado pela meta-
análise das restantes estudos. Este resultado é coerente com o
principal conclusão de uma recente revisão da associação studies11. Nós
Hipotetizar que esta é uma consequência coerente sobrestimação
O 'fenômeno' a maldição do vencedor, recentemente descritas no conjunto-
MARIUSZ de vinculação studies12 e talvez mais claramente descrita para
leilġes (ver ref.a 13 por exemplo). Se todos os participantes local leilão
oferta que são preconceituosos mas impreciso estimativas de um item da
verdade
Valor, o preço de venda final será um ascendente influenciado estimativa de
O valor, porque o sucesso da proposta vencedora está condicionada a que
Sendo a maior oferta de um conjunto de estimativas sem vieses. Por um
semelhante
lógica, o efeito genético de uma associação estudo será influenciado
sobe, na condição de que esse estudo é o primeiro a chegar estatística
significado e ser publicado. Em qualquer caso, o expectado grau
de sobe viés pode ser matematicamente modelado e predito.
Para 23 de 25 estudos inicial positiva, a sobrestimação do
Efeitos genéticos foi consistente com um vencedor a maldição do fenômeno
(Apenas 3 dos 23 valores P sob os nossos vencedor a maldição do modelo
foram
<0,1, e nenhuma foi <0,01). Uma consequência do vencedor's
praguejamento é que a razão de chances no primeiro estudo não pode ser
positiva
USADA para estimar a resistência do efeito genético, como foi salientado
em anteriores authors11,12. De modo notável, dois estudos em nosso primeiro
positivo
GYS1 e análise (ABCC8 Íntron 24 com diabetes tipo 2)
EXTREMAMENTE sobreavaliado o real efeito genético, numa medida que
Foi inconsistente com um vencedor do praguejamento (P < 10–5 em ambos os
casos).
Estes dois estudos podem representar as associações limitada a uma forte
Muito específicos da população, mas pode também ser simplesmente
danificado estudos.
nossos resultados corroboram duas conclusões: falsas complementares
associação positiva são abundantes em literatura, mas existem
Real também muitas associações escondimento entre os dados. Estas de
verdade
Associações provavelmente conferir maior risco de uma modestamente comum
Doença e assim são difíceis de detectar. Além disso, alguns dos
esse verdadeiros associações estão dispersos por já publicados
Associações. A nossa análise foi limitado a associações com com-
Mon as variantes, como não existem o bastante publicada association
Estudos com raras variantes para permitir meta-analysis, provavelmente
Devido a maiores desafios do estudante raras variants14. Assim,
Apesar de o nosso apoio a contribuição dos resultados variantes comuns
A doença comum, eles não tratar de uma maneira ou outra o
Contribuição da variação de rara doença comum.
UM recente estudo também revisadas associações entre verda- comum
formigas e disease11 comum. É difícil comparar suas directamente
Resultados porque incluíam to ours notícias positivas na sua primeira
Análises, e porque nossa revisão parece ser mais abrangente
(por exemplo, identificámos 48 estudos de uma associação entre
DRD3 e esquizofrenia, comparado com 25 em seus study11). Para 8o
de 36 associações em sua análise, o reunido a razão de chances excedidas 1,
Apesar de não terem rejeitar publicação preconceito como um possível expla-
Nação. Apesar das dificuldades em comparação, o panorama geral está
É encorajador semelhante: quando todos os estudos publicados são
combinados,
Cerca de 20–30% dos estudos genéticos associação são statisti-
Camente previsionais modesta significativa, com efeitos genéticos.
Propomos três recomendações gerais. Em primeiro lugar, à luz de
O aparentemente elevada proporção de falsas notícias positivas no aceso-
erature, mais rigorosos critérios para interpretante association tachonar-
Ies são necessários. Uma única associação significativa deveria, de modo
nominal
ser visto como provisório até que tenha sido independentemente reproduzido
Pelo menos uma vez e de preferência por duas vezes. A revisão desses 25
associa-
Òes sugere que dois estudos com P < 0,01 ou um único estudo
(com excepção da primeira positivo) com P < 0,001 é de modo forte preditor
de futuro réplica (dados não mostrados).
Em segundo lugar, grandes estudos deve ser incentivada, com colaborativo
Provavelmente os esforços necessários para atingir o tamanho da amostra de
muitos tu-
Areias do caso–controlo pares que é necessário para estudos definitivos de
variantes comuns com modestos efeitos genéticos. Até mesmo as grandes
amostras
Serão necessários para detectar gene–gene ou gene–ambiente Interac-
Òes ou associações específicas para definir subgrupos ou para corrigir
experimentante associação de mltiplas fenótipos. De contribuir para aumentar a
Dimensão eficaz da amostra, relatórios da associação deveriam incluir um
meta-análise de todos os dados disponíveis publicados para dar uma mais
robusto
A estimativa do efeito genético. Para facilitar essa meta-análises e
minimizar publicação preconceito, todos os estudos que cumpram doença
association
as normas de qualidade mínima deve ser publicado. Essas normas
Poderia incluir explícito fenótipo definições, listagem completa de todos
fenótipos analisadas, localização precisa do polimorfismo(s),
baixa Genotipificação taxa de erro, análise que evita sobreposição com previ-
Ous estudos e disponibilidade de genótipo contagens de casos e con-
Trols (ou dados equivalentes para família-com base estudos). Publicação
não-significativa resultados poderiam ser incentivados utilizando fóruns como
um
Estudo da associação base de dados comum ou 'breve relatórios' e 'negativos
Resultados' secções de revistas da especialidade, com com o pro- crédito
suficiente
veja incentivos para publicação.
Por último, os nossos resultados sugerem um possível produtivo avenue para
ser humano doença genética em o futuro próximo. É provável que um
fração (talvez um publicados anteriormente trimestre) de associações
representa o verdadeiro associações com doença comum. Assim, usante
grande número de amostras para testes em todos os previamente
comunicados às associações, talvez
Inicialmente centrado sobre as associações que já foram
reproduzido pelo menos uma vez, seria provavelmente identificar uma
significativa
Número de variantes que afetam o risco de doença comum.

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Métodos
Selecção de associações para análise. Em um estudo anterior, identificámos
160 Associações entre doença e risco polimorfismos comum
(definido como tendo pelo menos dois alelos com 1% na freqüência >popu-
Tion) quando a associação não foi consistentemente reproducible9.
Especificamente,
Estas associações tinha três ou mais distintos estudos publicados no total, em
menos um dos que atingiram significância estatística (um 'positiva' estudo) e a
Pelo menos 25% de que não atingiram significância (negativos estudos). A
minimizar problemas decorrentes de mltiplos hipótese experimentante,
limitámos
a nossa análise para a 130 estudos de variantes com uma única associada
alelo ou
genótipo e dicotômico fenótipos como doente versus saudáveis.
Temos também o tratamento relatórios que envolva diferentes polimorfismos na
mesma
Gene como separar as associações. Embora marcadores em associações em
muâltiplos
Um gene pode apoiar o general noção que variar em que gene é relacio-
Sões com doença suscetibilidade, não é possível avaliar plenamente se
uma associação em provas previr um marcador de outro
sem saber o marcador padrão de vinculação desequilíbrio (Correla-
Entre os marcadores tion) na população em estudo.
Foram selecionados 25 destas associações para análise mais aprofundada, 8
associações
escolhido ao acaso acrescido de todas as associações para identificar três
doenças de inter-
est para nós: diabetes tipo 2 (9 associações), associações transtorno bipolar
(2)
Associações e esquizofrenia (6). É que se buscou identificar todas publicadas
Estudos para estes 25 associações independentes por vários perscruta da
litera-
Tivo publicados através aproximadamente 2001 maio (tendo o cuidado de
identificar
casos em que mltiplas papéis discutiram o mesmo conjunto de dados e choos-
Ing apenas um representante papel).
A análise estatística Para cada estudo., comparamos o nmero de risco (ou
alelos
Genótipos) nos casos e de controlo e calculados os valores de P pela análise
com 1 χ2
grau de liberdade (Fisher ou pelo teste se a qualquer das células no expectado
Mesa eram inferiores a 5). A situação de transmissão-desequilíbrio
experimentante
Na matriz–prole Trios é algebricamente equivalente ao tratamento do número
de
As transmissões de cada alelo como o número de ocorrências de que o alelo
no cas-
Es e considerando a realização dos controlos a ser uma grande população com
igual num-
RIC de cada alelo (reflictam a expectado 50:50 transmissão proporção).
UTILIZÁMOS
alelo contagens a menos que o original positivo relatório mostrou uma
associação mais forte
A doença risco com uma determinada diplóide genótipo mais do que com um
allele.
ANALISÁMOS todos os estudos utilizando a mesma fenótipo que foi relatada
associados no estudo original positivo para essa associação. COMPARÁMOS
a
Número de valores observados estudos com abaixo de um P determinado
limite com o
Número de tais estudos expectado por acaso utilizando uma distribuição de
Poisson. Nós
realizada funil parcela anaâlise em described10.
Para determinar se houve não-casual agrupante da réplica
Estudos (follow-up relatórios com P < 0.05 e associação na mesma orien-
ÑO que o relatório original), que efectuámos 10.000 simulações de nossos
dados.
Em cada aleatoriamente simulaçäao, temos 47 estudos repetidos a cada um
as 25 associações com uma probabilidade proporcional ao número total de
Estudos publicados para cada associação. Para obter um empírico P valor, nós
contado o nmero de simulações em que o grau de agrupante de
Estudos repetidos correspondido ou excedidas a atual os dados observados.
Por associação, testamos a recolha de estudos (excluindo a
Em primeiro lugar relatório positivo) de homogeneidade utilizando um
coeficiente de Pearson χ2 bondade-de-fit15;
As associações foram considerados homogéneos para P > 0,05. Para
Homoge-
UTILIZÁMOS Neous associações, o Epílogo Statistical Package (epicentro soft-
mercadoria) para calcular a reunido a razão de chances e 95% c.eu. para a
razão de chances
usando tanto a efeitos fixos efeitos ao acaso um model16,17 e model18. Para
het-
erogeneous associações, nós alinhado os estudos de acordo com as suas
individ-
Ual χ2 os valores de a bondade-de-combinar teste, retirou o estudo com o
χ2 maior valor e repetiu este processo até uniformidade foi atingido.
Se a associação se tornou homogéneos após a remoção ou um estudo ou
menos que 5% dos estudos, nós recalculado o macacão a razão de chances e
95%
C.i., e que quaisquer novas medidas foram tomadas. Meta-análises que exigia
a
Remoção de mais de um número limitado de distantemente estudos para
alcançar
uniformidade foram analisados por meio de três novas abordagens.
Para estes persistentemente heterogênio associações, que nos colocámos dois
Fontes potenciais de heterogenidade. Em primeiro lugar, temos estratificado os
estudos por étnico-
Rado e repetiu a análise separadamente para cada grupo étnico. Em segundo
lugar, a
métodos de cada estudo foi avaliado por um epidemiologista quem foi
cegar o resultado de cada estudo para determinar se metodológico
As discrepâncias foram evidentes em qualquer dos estudos. Foram retiradas
da
meta-análise de estudos com evidentes falhas ou diferenças metodológicas
e repetiu a análise. Se nenhuma destas abordagens resultou na homo-
eliminados sucessivamente geneity, temos estudos com a maior contribuição
para
heterogenidade como em cima de até uniformidade foi atingido. Embora a
desta forma desarmazenada estudos não podem ser considerados casos
anómalos, mudante tachonar-
Sei que mais contribuem para a heterogenidade é uma forma imparcial de
alcançante
A homogeneidade exigida para meta-analysis. Meta-análises foram conside-
Derou ter reproduzido o relatório original se a 95% c.i em torno do pool.
razão de chances para os estudos excluídos homogéneos utilizando tanto fixo
e1
casual-efeitos modelos.
Para a análise, a maldição do vencedor calculámos a probabilidade de
observante
uma razão de chances pelo menos tão grande como o descrito inicial positiva
em cada estudo,
dado o tamanho da amostra e alelo frequências no estudo, supondo que
O real efeito genético foi de modo exacto estimado pelo o restante estudos
(Quadro 2). Não podemos então refinado o cálculo de suponente que uma
primeira positivo
Relatório seria reunir pelo menos uma das três condições que tornam uma
publicação rápida
Provavelmente: P < 0,01, a razão de chances ≥ 2 ou uso de família-com base
dos controlos. (Estes requi-
Òes são razoáveis, como 24 dos 25 primeiros relatórios positivos alcançados
pelo menos um dos
Estas três condições.) O valor P sob o vencedor do praguejamento modelo é o
Relação entre o valor P para os dados reais no primeiro relatório dividida pelo
valor de P
Para os dados que minimamente atingir um destes três condições.