Grafos Loop e o Problema de Montagem de

Fragmentos de DNA
Patrcia Takaki
Dissertacao de Mestrado
Grafos Loop e o Problema de Montagem de
Fragmentos de DNA
Este exemplar corresponde `a redac ao nal da
Dissertac ao devidamente corrigida e defendida
por Patrcia Takaki e aprovada pela Banca Ex-
aminadora.
Campinas, 27 de Maio de 2006.
Joao Meidanis (Orientador)
Marcia Rosana Cerioli (co-orientadora)
Dissertac ao apresentada ao Instituto de Com-
putac ao, unicamp, como requisito parcial para
a obtenc ao do ttulo de Mestre em Ciencia da
Computac ao.
iii
Instituto de Computac ao
Universidade Estadual de Campinas
Grafos Loop e o Problema de Montagem de
Fragmentos de DNA
Patrcia Takaki
Maio de 2006
Banca Examinadora:
Joao Meidanis (Orientador)
Celina Miraglia H. de Figueiredo
COPPE - UFRJ
Marisa Gutierrez
Facultad de Ciencias Exactas - Universidad Nacional de La Plata
Celia Picinin de Mello (Suplente)
IC - UNICAMP
c _ Patrcia Takaki, 2006.
Todos os direitos reservados.
v
Frases
vi
Agradecimentos
Quero agradecer a Deus por ter me conado mais este desao e me iluminado para
conseguir vence-lo. Agradeco principalmente a meus pais, Olga e Lauro Takaki, pelo apoio
incondicional e irrestrito, ao meu marido Fabrcio e minha lha J ulia, pela inspiracao e
compreensao. Aos irmaos Law, Igor e Deb pelo incentivo constante e verdadeiro senti-
mento de irmandade, `a cunhada Anne e sobrinhos Natalia, Loren e Lucas pelo carinho
e pela conanca. Agradeco ao meu orientador, Joao Meidanis, por ter contribudo de
maneira tao especial com o meu crescimento, pelos valiosos momentos em que pude apren-
der com sua experiencia e conhecimento.
`
A minha co-orientadora, Marcia Cerioli, que
com muita disposicao trouxe-me de volta para este tortuoso caminho que foi a escrita so-
bre os grafos loop. Sua simplicidade e compreensao, caractersticas de um grande coracao,
nunca serao esquecidas.
Minha gratidao ao competente grupo de pesquisadoras em grafos, a quem os meritos
nao poderiam deixar de ser dedicados, Mariza Gutierrez e Liliana Alcon da Facultad de
Ciencias Exactas / Universidad Nacional de La Plata (Argentina) e Celina Figueiredo
e Marcia Ceriolli (co-orientadora) da COPPE / Universidade Federal do Rio de Janeiro
(Brasil). Um agradecimento especial `a Lin e ao Zanoni pela sincera amizade e por me
receberem varias vezes em Campinas com tanta hospitalidade e paciencia. Agradeco pelas
amizades que a Unicamp me deu, Marlia, Katsumi, Guilherme, Jose Augusto e todos que
de alguma forma tornaram a vida em Campinas mais alegre e a distancia de casa menos
dolorosa.
Que todos saibam a dimensao do meu domo arigato.
vii
Prefacio
A Biologia Computacional, area de concentra cao desta dissertac ao, teve seu incio com
a descoberta do DNA e dos transistores nos anos 50. A Bioinformatica, como e referen-
ciada por alguns, surpreende o mundo com sua rapida evolu cao, tendo completado varios
projetos genoma como o genoma humano em 2003. A montagem de fragmentos de DNA,
nosso principal foco, e uma das etapas do sequenciamento genetico que tem sido muito
explorada e ainda precisa de muitos formalismos para os complexos problemas computa-
cionais encontrados. Um destes problemas em aberto e nossa maior motiva cao, e o das
repeticoes, visto que os trechos repetidos nos genomas confundem os programas monta-
dores de fragmentos de DNA, gerando resultados ambguos e demandando de um esforco
conjunto de biologos e bioinformatas para indicar aos programas as corretas posicoes
dos fragmentos em relacao `as repeticoes. Nossos estudos propoem uma nova modelagem
matematica para a montagem de fragmentos de DNA atraves dos grafos loop. Esta classe
de grafos generaliza os grafos de intervalos, tradicionalmente utilizados nesta area, e os
grafos arco-circulares, estando contida na classe dos grafos 2-intervalo. Atraves de um tra-
balho em equipe, pesquisadoras de outras universidades puderam somar seus esforcos na
concretizac ao dos resultados aqui presentes e acreditamos estar dando os primeiros passos
em direcao `a resoluc ao deste que e um dos problemas mais signicantes da Bioinformatica.
viii
Abstract
ix
Conte udo
Frases vi
Agradecimentos vii
Prefacio viii
Abstract ix
1 Introducao 1
1.1 Motivac ao . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3
1.2 Terminologia da Teoria dos Grafos . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4
1.3 Classes de Grafos Envolvidas e seus Reconhecimentos . . . . . . . . . . . . 6
1.3.1 As Classes de Grafos . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 7
1.3.2 Os reconhecimentos . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 9
1.4 Organizac ao . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 11
2 Grafos Loop: Resultados Iniciais 12
2.1 Grafos loop e suas Representac oes . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 13
2.2 Terminologia dos Grafos Loop . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 15
2.3 Operacoes denidas para os Grafos Loop . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 20
2.4 Grafos que nao sao Loop . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 23
2.5 Grafos Loop Grafos Apresentados . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 24
2.6 Sobre o Reconhecimento dos Grafos Loop . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 27
x
2.7 Uma Condicao Suciente . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 29
3 Resultados Avancados 31
3.1 Arestas Virtuais em Ciclos . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 31
3.2 Tree Loop Graphs . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 34
3.3 Ciclos Induzidos em Grafos Loop . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 36
3.4 Grafos Loop e os Conjuntos Asteroidais . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 38
4 Conclusoes e Trabalhos Futuros 40
Bibliograa 42
xi
Lista de Figuras
2.1 Representac ao esquematica de um Loop . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 13
2.2 Representac ao alternativa de um Loop . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 13
2.3 Transla cao de um intervalo . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 14
2.4 C
4
e suas representac oes loop . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 15
2.5 Intervalos e suas partes virtuais . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 16
2.6 Gates Reais () e Gates Virtuais () . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 19
2.7 Exemplo de translac ao do intervalo 4 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 20
2.8 Representac ao por intervalos das possibilidades de adjacencia . . . . . . . . 22
2.9 Alguns exemplos de grafos nao loop . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 23
2.10 Estruturas proibidas minimais: biciclos . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 24
2.11 Estrutura proibida minimal para arvores . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 24
2.12 Grafo de intervalos e sua representac ao loop . . . . . . . . . . . . . . . . . 25
2.13 Grafo loop e sua 2-representa cao . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 26
2.14 Representacao Arco-Circular e Representa cao Loop . . . . . . . . . . . . . 26
2.15 Diagrama de Venn das classes de grafos envolvidas . . . . . . . . . . . . . . 28
2.16 Subgrafos minimais proibidos para os grafos de intervalos que sao grafos loop 30
3.1 Grafo C
4
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 32
3.2 Biciclos: Estruturas Proibidas Minimais . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 34
3.3 Congurac ao proibida para uma arvore loop . . . . . . . . . . . . . . . . . 36
xii
Captulo 1
Introducao
Assim que se iniciaram os trabalhos em direc ao ao seq uenciamento de genomas em
laboratorios, percebeu-se que nao haveria possibilidade de realizar esta tarefa na escala de-
sejada sem ajuda computacional. Os tamanhos das moleculas sao extremamente grandes,
ate mesmo de varios organismos microscopicos, de modo que o volume de informac oes
envolvido impossibilita qualquer tentativa de tratamento manual. Surge entao a neces-
sidade de um forte estudo teorico e de uma metodologia que reconheca e solucione tais
considerac oes praticas.
A Montagem de Fragmentos de DNA, uma das etapas de um Projeto de Sequenci-
amento Total do Genoma de um organismo, encontra varios problemas para se obter a
molecula original do DNA a partir de seus fragmentos sequenciados. Dado que algumas
moleculas de DNA sao bastante extensas podendo alcancar 10
11
bp (bp: base pair ou pares
de bases) e que os metodos laboratoriais de seq uenciamento sao viaveis somente para tre-
chos de DNA que tenham tamanhos variando em torno de 1000 bp surge a necessidade de
quebra-lo em fragmentos. Estes sao ent ao amplicados, seq uenciados e devem ser remon-
tados de forma a obter o que chamamos de consenso, que esperamos ser bem proximo
da molecula inicialmente fragmentada. A biologia molecular computacional enfrenta as-
sim, diversos complicadores na montagem destes fragmentos ao longo de todo o processo,
tais como a propria natureza complexa das moleculas, os limitados metodos laboratoriais
1
2
disponveis, a falta de cobertura da molecula, a contaminac ao pelo DNA do vetor, os erros
de base call (substituic oes, insercoes ou delecoes de bases nitrogenadas), os fragmentos
quimericos e as orientac oes desconhecidas. A partir destes problemas, foram modeladas
algumas solucoes que envolvem, por exemplo, a atribuic ao de qualidade `as bases nitro-
genadas, a utilizac ao de complementos reversos, e algumas heursticas que auxiliam, mas
nao eliminam, a intervenc ao do usuario com o programa montador, como pode ser visto
em [Mei93]. A maioria destes problemas pode ser contornada por uma abordagem unica,
exceto o problema das repeticoes, que carece de tratamento aprimorado especco [MT02].
A existencia das repetic oes e um dos problemas mais signicantes, em termos de
contingente pessoal e tratamento formal adequado, posto que confunde os programas
montadores gerando consensos ambguos e, consequentemente, constantes intervenc oes de
pesquisadores da biologia e da computac ao. Os grafos de intervalos tem sido, durante
anos, o modelo adotado no Sequenciamento do DNA mas ultimamente se mostraram
inadequados devido `as repeticoes acima citadas [MT02].
Os grafos loop denidos neste trabalho formam uma classe de grafos de intersecc ao que
generalizam os grafos de intervalos e os grafos arco-circulares. Nosso principal objetivo
e o de formalizar esta nova classe de grafos, denir suas propriedades e relacionamentos
com outras classes, analisar suas estruturas proibidas, gerar modelos de intervalos com-
patveis e propor estrategias para o seu reconhecimento. Com isso espera-se que esta
modelagem matematica permita um correto e denitivo tratamento de problemas como
o das repetic oes na montagem de fragmentos de DNA.
Denicoes caractersticas da biologia molecular computacional podem ser encontradas
nos principais livros de bioinformatica como por exemplo [SM97, Wat95, Gus97], e a fun-
damenta cao biologica inerente a este trabalho nos livros de genetica e biologia molecular
como [GMTL98, Tam91] e [Lew00] dentre outros.
1.1. Motivac ao 3
1.1 Motivacao
Desenvolver pesquisas na area de genoma e de grande importancia para a sociedade
de maneira geral. No aspecto social, a existencia de doencas como o cancer e a Aids e a
ausencia de drogas e equipamentos adequados, sao em si motivos sucientes para se dedicar
atenc ao e recursos sempre, posto que lidam com a sa ude de seres humanos. Problemas
de ordem economica, como prejuzos causados por patogenos em plantac oes, processos
produtivos inecientes e ausencia de tecnologia adequada na ind ustria e na agricultura
sao entraves ao proprio desenvolvimento e autonomia economicos do Brasil, visto que
um pas nao prospera produtivamente quando muito se perde com a incapacidade de
gerir questoes economicas internas. Problemas de carater cientco e tecnologico, como
o relativamente restrito reconhecimento internacional do Brasil no desenvolvimento de
pesquisas cientcas, a grande demanda por descobertas mais adequadas `as necessidades
nacionais e a dependencia externa de metodologias e tecnologias de ponta para aplicacoes
internas diversas sao um convite ao compromisso pessoal e coletivo dos prossionais da
ciencia e da tecnologia, bem como aos org aos de fomento `a pesquisa, objetivando-se
reverter este quadro.
Desenvolver pesquisas na area de bioinformatica aplicada na Montagem de Fragmen-
tos de DNA se fundamenta no fato de que, atualmente, bastante tempo e inevitavelmente
consumido por muitos pesquisadores em atividades manuais onde o usuario deve proceder
novos experimentos laboratoriais para informar ao programa de montagem quais as corre-
tas posicoes dos conjuntos de fragmentos seq uenciados em relacao `as repetic oes existentes
nos genomas. Nao existe, ate o presente momento, um mecanismo que automatize o re-
conhecimento das repetic oes existentes e que saiba tomar decisoes no momento em que
o programa se depara com uma ou varias repeticoes no genoma. Os sequenciamentos
realizados ate o presente momento se valeram de aproximac oes heursticas incorporadas
nos programas de montagem, exigindo um grande esforco de muitos pesquisadores de
ambas as areas. Acreditamos que realizando uma modelagem formal para o problema
de montagem de fragmentos de DNA utilizando os grafos loop, denidos nesta pesquisa,
1.2. Terminologia da Teoria dos Grafos 4
sera possvel detectar a presenca das repeticoes e fornecer informac oes sucientes para a
correta e automatica montagem dos fragmentos.
Estudos anteriores foram feitos representando os fragmentos e os relacionamentos en-
tre estes atraves grafos de intervalos. As soluc oes para a montagem de genomas sao
ent ao modeladas como caminhos nestes grafos [Gus97, Cer00, Mei92, SM97, Li01, Wat95].
Como sera mostrado ao longo deste trabalho, os grafos loop generalizam os grafos de
intervalos e os grafos arco-circulares, classes cujos algoritmos de reconhecimento foram
melhorados gradativamente ate serem propostos numa complexidade de tempo linear
[McC01, Tuc80, BL75, FG65, GH64, LB62]. Este fato nos remete `a tentativa de elaborar
estrategias de reconhecimento desta nova classe tendo por base algumas propriedades que
as mesmas compartilham. Por outro lado, os grafos 2-intervalos, que tem reconhecimento
NP-completo [WS84], generalizam os grafos loop e nos alerta para a possibilidade de her-
darmos tambem tal caracterstica. Esta e sem d uvidas uma grande motivacao: propor
uma caracterizacao dos grafos loop e assim contribuir sobremaneira com os estudos que
enderecem problemas cuja modelagem matematica seja similar ao problema das repetic oes
na montagem de fragmentos de DNA.
1.2 Terminologia da Teoria dos Grafos
Nesta sec ao estao reunidas as principais denic oes e notacoes da teoria dos grafos
utilizadas neste trabalho e em grande parte encontradas no livro [BM76].
Um grafo G e denotado por um par (V, E) onde V representa um conjunto nito de
vertices e E um conjunto de pares nao ordenados de vertices de G chamados arestas. A
cardinalidade do conjunto de vertices e denotada por n, ou [V [, e a do conjunto de arestas
por m, ou [E[. Um grafo G e trivial se [V [ = 1.
Um vertice u e adjacente a outro vertice v em G se uv E, sendo u e v os extremos
da aresta. Os vizinhos de um vertice v e o conjunto N(v) que consiste de todos os vertices
adjacentes a v. A vizinhanca de v e N[v] = N(v) v. Um vertice v e universal quando
1.2. Terminologia da Teoria dos Grafos 5
N[v] = V . Um grafo e simples se nao contiver lacos, arestas ligando um vertice a ele
mesmo, nem arestas m ultiplas, duas ou mais arestas ligando pares identicos de vertices.
Um grafo H = (U, F) e um subgrafo de um grafo G = (V, E), denotado H G, se
U V e F E. Se U = V , dizemos que H e um subgrafo gerador de G. Se H e
um subgrafo de G mas G ,= H, dizemos que H e um subgrafo proprio de G. Dado um
conjunto de vertices V

V , o subgrafo induzido por V

e o subgrafo G[V

] = (V

, E

) de
G tal que E

e o conjunto de arestas de G que tem ambos os extremos em V

. Da mesma
forma, se V

e o conjunto de todos os vertices incidentes a alguma aresta de E

E,
para um dado E

, dizemos que G[E

] = (V

, E

) e o subgrafo induzido por E

. Dois grafos
G = (V, E) e H = (U, F) sao isomorfos se existe uma bijec ao entre V e U que preserva
as adjacencias.
Uma clique de um grafo G e um subconjunto S de V tal que G[S] e isomorfo a algum
grafo completo K
r
, r > 0, onde cada par de vertices distintos esta ligado por uma aresta.
O maior n umero inteiro r para o qual K
r
G e conhecido como n umero clique ou clique
number de G, denotado por (G). Uma clique maximal de G e uma clique que nao esta
contida propriamente em nenhuma outra clique de G. O complemento de um grafo G,
denotado por G, e o grafo (V, E

) tal que E

= uv V V [ u ,= v e uv / E.
Um caminho em um grafo G = (V, E) e uma sequencia de vertices distintos P =
v
1
, v
2
, . . . , v
k
, onde v
i
v
i+1
E, i = 1, . . . , k 1 e o comprimento, k 1, e o n umero de
arestas do caminho. Uma corda em P e uma aresta cujos extremos sao dois vertices nao
consecutivos de P. Um caminho induzido e um caminho sem cordas. Denotamos por P
k
um caminho induzido por k vertices.
Um ciclo em um grafo Ge uma sequencia de vertices C = v
1
, v
2
, . . . , v
k
, onde v
1
, v
2
, . . . , v
k
e um caminho em G, v
1
e adjacente a v
k
e k 3. O tamanho de um ciclo, k, e denido
pelo seu n umero de vertices. Um ciclo e induzido se nao possui cordas. Chamamos de C
k
todo ciclo induzido por k vertices (C
3
e tambem chamado de triangulo).
Um grafo H e uma estrutura proibida para uma determinada classe de grafos se um
grafo pertencente a esta classe nao puder conter H como subgrafo induzido. A estrutura
1.3. Classes de Grafos Envolvidas e seus Reconhecimentos 6
proibida sera minimal se qualquer subgrafo induzido proprio dela pertencer a esta classe.
Um vertice v de G e simplicial se a sua vizinhanca N[v] induz um subgrafo completo
de G, isto e, N[v], (v N(v)) e uma clique, nao necessariamente maxima, mas sempre
maximal.
Uma aresta e e dita ser contrada se ela e deletada e seus extremos sao fundidos em
um so vertice, sendo G.e a denotac ao do grafo resultante. Neste trabalho a contracao de
uma aresta nao gera lacos nem arestas m ultiplas.
Uma aresta e e dita ser subdividida se ela e deletada e substituda por um caminho de
comprimento dois unindo suas extremidades; sendo o vertice interno deste caminho um
novo vertice.
1.3 Classes de Grafos Envolvidas e seus Reconheci-
mentos
O relacionamento entre classes de grafos e um estudo freq uente e muito interessante
sob o ponto de vista teorico, posto que classes diferentes podem ter propriedades ou
comportamentos semelhantes. Caracterizac oes de algumas classes de grafos nasceram
destes estudos, que reutilizam resultados obtidos em outras classes adaptados `a classe
desejada. Um exemplo pratico e a verica cao da propriedade de 1s consecutivos (para
linhas ou colunas) na matriz de incidencia do grafo ou ainda das estruturas proibidas
minimais de uma classe. Outra pratica igualmente comum e a de comparar as sadas
de procedimentos bem conhecidos, como a busca em largura ou a ordenac ao topologica.
Com as denic oes e caracterizacoes aqui reunidas, espera-se que seja possvel relacionar
o que se sabe sobre os grafos loop com as propriedades e os comportamentos das outras
classes apresentadas a seguir. Tudo isto para tornar possvel a derivac ao de novas ideias
para a obtenc ao de resultados importantes, como a elaborac ao de um algoritmo para o
reconhecimento desta classe. Algumas classes de grafos como os cordais, os de intervalos,
os arco-circulares e os de 2-intervalos, bem como algumas de suas variac oes, sao aqui
1.3. Classes de Grafos Envolvidas e seus Reconhecimentos 7
apresentadas e inter-relacionadas como se pode encontrar nos livros [Gol80], [Har72] e
seus algoritmos de reconhecimento estao presentes fontes de estudos como [WS84, McC01]
etc. Na sec ao 2.5 sera apresentado como estas classes se relacionam com os grafos loop e
sera fornecido um diagrama de inclusao destas classes. Os grafos loop previamente citados
generalizam as classes dos grafos de intervalo e dos grafos arco-circulares e estao includos
na classe dos grafos 2-intervalo.
1.3.1 As Classes de Grafos
Seja T uma famlia de conjuntos. O grafo de interseccao de T e obtido representando
cada conjunto em T por um vertice e ligando dois vertices por uma aresta se e somente
se seus conjuntos correspondentes se intersectam [Gol80]. Quando nao ha restric oes sobre
T, a classe de grafos obtida como grafos de intersecc ao e a classe de grafos.
O problema de caracterizar os grafos de intersecao de famlias de conjuntos tendo
alguma topologia especca e interessante do ponto de vista teorico e, frequentemente,
tem aplicac oes no mundo real [Gol80].
Os grafos de intervalo estao entre as estruturas matematicas mais utilizadas para
modelar problemas do mundo real. A reta sobre a qual os intervalos se situam pode
representar diversas abstrac oes que sejam normalmente tratadas como unidimensionais ou
que pertenca a um conjunto linearmente ordenado. Problemas tpicos de agendamento,
sincronizac ao e escalonamento (scheduling) sao modelados a partir dos grafos de intervalos.
Um grafo de intervalos G = (V, E) e um grafo de intersecc ao de uma famlia T =
(I
i
)
i=1...n
de intervalos, isto e, V = T e E e tal que I
i
I
j
E I
i
I
j
,= para
todo I
i
, I
j
V [Gol80]. Grafos de intervalos podem modelar o problema de montagem
de fragmentos de DNA dado que os fragmentos sao representados como uma famlia de
intervalos que devem ser parcialmente sobrepostos gerando um grafo G como denido
acima. Nao e importante se usamos intervalos abertos ou fechados, pois a classe dos
grafos resultante e a mesma [Gol80].
Se todos os intervalos apresentam um tamanho unico, ou seja, [I
i
[ = [I
j
[ ent ao tem-
1.3. Classes de Grafos Envolvidas e seus Reconhecimentos 8
se os grafos de intervalos unitarios; se os intervalos sao tomados de forma que nenhum
contenha propriamente outro, isto e, I
i
, I
j
, entao tem-se os grafos de intervalos proprios
ou grafos indiferenca ou ainda time graphs. Em 1969, Roberts demonstrou que as classes
de grafos de intervalos unitarios e grafos de intervalos proprios coincidem [Har72].
O n umero de intervalo, denotado por i(G), de um grafo G e o menor inteiro positivo t
para o qual existe uma func ao f que atribui a cada vertice u de G um subconjunto f(u)
de R que e a uniao (nao necessariamente disjunta) de t intervalos fechados de R. Vertices
distintos u e v de G sao adjacentes se e somente se f(u)f(v) ,= . O n umero de intervalo
t e igual a 1 se e somente se G e um grafo de intervalos, quando t = 2 tem-se os grafos
2-intervalo. A funcao f e chamada de t-representac ao de G.
Um grafo G e arco-circular se existe um conjunto de arcos A, que chamamos repre-
senta cao, ao redor de um crculo e uma correspondencia 1-1 entre vertices de G e arcos
de A de maneira que dois vertices distintos sao adjacentes se e somente se os arcos corre-
spondentes se intersectam. Todo grafo de intervalos e um grafo arco-circular, o contr ario
no entanto e falso.
Uma propriedade dos grafos e hereditaria se quando um grafo possui esta propriedade,
ent ao qualquer subgrafo induzido dele tambem a possui. Analogamente, a classe dos
grafos de intervalo e uma classe hereditaria, pois qualquer subgrafo induzido de um grafo
de intervalo e tambem um grafo de intervalo.
Um grafo G e um grafo triangulado, ou cordal, se qualquer ciclo simples de tamanho
estritamente maior que 3 em G possui uma corda, ou seja, se G nao possui um subgrafo
induzido isomorfo a C
n
, n 4. Todo grafo de intervalos e cordal, a recproca no entanto
nao e verdadeira.
Um grafo G e de comparabilidade se satisfaz a propriedade de orientacao transitiva,
ou seja, se for possvel transformar cada aresta num par ordenado de forma que para
quaisquer vertices u, v, w V se uv E e vw E entao uw E. Um grafo G e de
co-comparabilidade se seu complemento, G, e um grafo de comparabilidade. Um grafo
permutacao e um grafo de comparabilidade cujo complemento tambem e de comparabili-
1.3. Classes de Grafos Envolvidas e seus Reconhecimentos 9
dade.
Segundo Gilmore e Homan [GH64], um grafo G e um grafo de intervalo se e somente
se G e cordal e de co-comparabilidade.
1.3.2 Os reconhecimentos
Na Teoria dos Grafos em geral, diferentes classes tem diferentes algoritmos de recon-
hecimento, quando tem. De maneira sucinta, os reconhecimentos das classes de grafos
apresentadas em 1.3.1 baseiam-se em estrategias diversicadas e remetem `a observac ao
de propriedades como por exemplo de subgrafos proibidos ou de 1s consecutivos para
linhas ou colunas na matriz de adjacencia; ou ainda remetem `a aplicac ao de procedimen-
tos como a busca em largura lexicograca, ou ordenacao topologica na gerac ao da ordem
simplicial, ou esquema de eliminac ao perfeita etc. Esta sec ao re une as principais ideias
presentes nos reconhecimentos existentes dos grafos apresentados na secao anterior com
o objetivo de familiarizar o leitor com tais algoritmos e estimula-lo a elaborar novos cam-
inhos, semelhantes ou nao aos ja conhecidos, para que se obtenha o reconhecimento dos
grafos loop.
Caracterizacoes estruturais dos grafos de intervalos foram dadas por Lekkerkerker e
Boland em [LB62] que especicaram os subgrafos proibidos dando um algoritmo O(n
4
);
Gilmore e Homan [GH64] em termos de ciclos; e Fulkerson e Gross [FG65] em termos
de matrizes em O(n
4
). Estas caracterizac oes permitiram que fossem desenvolvidos difer-
entes algoritmos de reconhecimento. O primeiro algoritmo de tempo linear para reconher
grafos de intervalos surgiu em 1975 com Booth e Leuker [BL75]. Este algoritmo inicia
determinando as cliques maximais do grafo e ent ao tenta encontrar um tipo particular de
ordem destas cliques que caracteriza os grafos de intervalo. As cliques maximais de um
grafo de intervalo podem ser encontradas em tempo linear usando a LexBFS, ou busca
em largura lexicograca. Estruturas especiais chamadas PQ-trees, ou arvores-PQ, sao
ent ao usadas para encontrar a correta ordenac ao das cliques, sendo que a manipulacao
algortmica destas arvores sao elaboradas e pouco triviais. Lex-BFS tambem pode ser
1.3. Classes de Grafos Envolvidas e seus Reconhecimentos 10
utilizada para reconhecer grafos de intervalos proprios [FMM]
Em 1989, Korte e Mohring introduziram suas MPQ-trees, uma vers ao modicada das
originais PQ-trees, e deram um algoritmo incremental mais simples para o reconhecimento
dos grafos de intervalo, tambem em tempo linear [KM89]. Em 1991, Simon provou que
quatro iterac oes da LexBFS sao o suciente para reconhecer grafos de intervalo [Sim91].
Os grafos cordais, ou triangulados, foram caracterizados por Dirac em 1961 (quando
era chamados de rigid circuit graphs) e posteriormente por Lekkerkerker e Boland em
1962, que provaram que os grafos cordais sempre tem um vertice simplicial. Usando este
fato, Fulkerson e Gross em 1965 sugeriram um procedimento iterativo para reconhecer
grafos triangulados baseado nesta observac ao e na propriedade hereditaria. Dez anos
depois, Rose, Tarjan e Leuker propuseram um reconhecimento dos cordais por meio de
um algoritmo linear que utiliza a Lex-BFS para gerar um esquema de eliminac ao perfeita
[RTL76].
Uma caracterizac ao dos grafos arco-circulares foi proposta por Tucker em 1970 orig-
inalmente em termos de sua matriz de adjacencia aumentada
1
. O seu teorema diz que
um grafo G = (V, E) e arco-circular se e somente se seus vertices puderem ser indexados
v
1
, v
2
, ..., v
n
de tal forma que para todo i e j, se v
i
v
j
E entao ou v
i+1
, ..., v
j
Adj(v
i
)
ou v
j+1
, ..., v
i
Adj(v
j
) (se i < j, ent ao v
j+1
, ..., v
i
signica que v
j+1
, ..., v
n
, v
1
, ..., v
i
).
Booth conjecturou em 1975 que reconhecer grafos arco-circulares seria NP-completo
[Boo75], mas Tucker chegou a um algoritmo O(n
3
) em 1980 e Hsu melhorou esta complex-
idade para O(nm) em 1995. Posteriormente Eschen e Spinrad chegaram a um limite de
O(n
2
) em 1993 e por m McConnell elaborou um algoritmo O(n +m) em 2001 [McC01].
Reconhecer grafos arco-circulares nao e uma tarefa trivial, o algoritmo linear existente
e intrigante e baseia-se na decomposic ao modular, na orientac ao transitiva de grafos de
comparabilidade e nos algoritmos de grafos permutac ao e grafos de intervalo.
O reconhecimento de grafos de comparabilidade pode ser dado utilizando um esquema
de eliminacao de fontes que utiliza um algoritmo de ordenacao topologica, que e linear no
1
A matriz de adjacencia aumentada de um grafo G e obtida `a partir da matriz de adjacencia pela
adicao de 1s ao longo da diagonal principal.
1.4. Organizacao 11
tamanho do grafo [Gol80].
1.4 Organizacao
Este trabalho esta organizado da seguinte forma. Neste primeiro captulo, foi in-
troduzido o contexto do sequenciamento do DNA e a problematica das repetic oes na
montagem de fragmentos de DNA. Comentou-se tambem outras motivacoes para este
trabalho e foram expostos os objetivos. Ainda neste captulo foram denidos alguns con-
ceitos basicos da teoria dos grafos e notac oes a serem utilizadas ao longo desta dissertacao,
alem de reunidas as principais classes de grafos importantes para este contexto bem como
seus reconhecimentos.
No captulo 2 esta a denic ao da classe dos grafos loop, sua propria terminologia,
propriedades importantes, alguns exemplos de grafos loop, de representa coes loop e de
grafos nao loop. Estao presentes ainda neste captulo, os relacionamentos dos grafos loop
com outras classes de grafos intersecc ao apresentadas no captulo 1 e, ao nal, estao
reunidas todas estas classes em um diagrama de inclusao com exemplos minimais.
No captulo 3 sao mostrados alguns resultados obtidos para os ciclos e as arvores que
sao grafos loop, como por exemplo, o n umero mpar de arestas virtuais em ciclos e o
grau maximo de ramicacao para os vertices de uma arvore que seja grafo loop. Estes
resultados foram utilizados na descoberta de algumas estruturas proibidas minimais e
permitiram a propostic ao de um algoritmo polinomial para reconhecer uma arvore dentro
dos grafos loop. Ainda neste captulo estao tambem os estudos relacionados aos ciclos
induzidos e aos conjuntos asteroidais
Por m, no captulo 4 sao apresentadas algumas conclusoes e considerac oes nais sobre
o estudo realizado.
Captulo 2
Grafos Loop: Resultados Iniciais
Neste captulo estao as denic oes e os termos criados para modelar o problema das
repetic oes na montagem de fragmentos de DNA atraves dos chamados grafos loop. As
repetic oes sao um conjunto de bases nitrogenadas
1
que se repetem em diferentes porc oes
de uma cadeia de DNA. Uma consequencia deste fato e que uma tentativa de modelar
a montagem de fragmentos ou o mapeamento fsico de um DNA por meio dos grafos de
intervalos fatalmente falharia. As repetic oes provocariam a formac ao de ciclos, ou lacos,
na representac ao por intervalos em questao, nao observando o princpio da ordenacao
linear necessario para os grafos de intervalos.
Com esta ideia do laco, de onde originou a denominacao loop graphs, foi proposta
esta classe que generaliza os grafos de intervalos e os arco circulares, intuitivamente as-
sociando caractersticas de ambas as classes, alem de estar contida na classe dos grafos
2-intervalo.
Para tanto se faz necessario compreender o comportamento e conhecer as carac-
tersticas basicas desta classe. Inicialmente procurou-se denir sua propria terminologia,
as operac oes possveis sobre a classe e dar exemplos de grafos que nao sao loop. Tomando
as classes de grafos reunidas no captulo 1, sao apresentados os relacionamentos destas
1
As bases nitrogenadas, juntamente com uma pentose e um radical fosfato, compoem os nucleotdeos,
unidades basicas formadoras dos acidos nucleicos DNA e RNA. No caso do DNA, cuja pentose e a
desoxiribose, as bases nitrogenadas sao: adenina (A), citosina (C), guanina (G) e timina (T).
12
2.1. Grafos loop e suas Representac oes 13
com os grafos loop e consolidados por meio de um diagrama de inclusao. Ao nal, alguns
exemplos de grafos nao loop sao apresentados neste captulo, seguidos de uma condicao
suciente para que um grafo de intervalo seja um grafo loop.
2.1 Grafos loop e suas Representac oes
Para denirmos a classe dos grafos loop, vamos introduzir as noc oes de loop, de rep-
resenta cao loop e algumas propriedades relacionadas. Observe inicialmente a Figura 2.1.
a
1
a
2
b
1
b
2
A B
Figura 2.1: Representa cao esquematica de um Loop
Denicao 1 Um loop L = (A, B) da reta real R consiste de dois intervalos fechados
A = [a
1
, a
2
] e B = [b
1
, b
2
], denominadas repeticoes, tais que a
1
a
2
< b
1
b
2
e b
2
b
1
=
a
2
a
1
. Denotamos por l o n umero b
1
a
1
, chamado comprimento de L.
Uma forma alternativa de representar um loop e desenhando uma reta que se volta
sobre si mesma, formando um laco como sugere a Figura 2.2
Figura 2.2: Representac ao alternativa de um Loop
Por consequencia, temos que, intuitivamente, a representac ao de um grafo loop pode
ser obtida a partir da representac ao de arcos no loop abrindo-se a reta real torcida que
esta formando o loop, e, de forma analoga, tambem e possvel tomar uma representac ao
aberta na reta e faze-la dobrar sobre si mesmo formando um laco.
2.1. Grafos loop e suas Representac oes 14
Intervalos ou porcoes de intervalos que estejam contidos no loop podem ser representa-
dos am ambas as repetic oes, por meio da translac ao deste, demonstrando que existe uma
certa liberdade para a criacao de modelos loop diferentes de um mesmo grafo loop.
Denicao 2 Seja C = [c
1
, c
2
] um intervalo ou subintervalo da reta real contido em A
(resp. B) e d um n umero real qualquer, denotamos por C +d (resp. C d) a translacao
do intervalo C para C

= [c
1
+d, c
2
+d] (resp. C

= [c
1
d, c
2
d]).
Assim, tem-se que na Denic ao 1, B = A +l.
Observe uma ilustrac ao de translac ao do intervalo C na Figura 2.3 abaixo:
Figura 2.3: Transla cao de um intervalo
Fazendo a uniao do loop com os intervalos que representam um grafo loop, tem-se a
representa cao loop do grafo.
Denicao 3 Uma representacao loop D = (L, F) e composta por um loop L e uma
famlia de intervalos T = (I
i
)
i=1,...,n
.
Denicao 4 Dada uma representac ao loop D = (L, T), o grafo G(D) = (V, E) e denido
como segue: G(D) = (V, E) onde V = T e dois vertices I
i
e I
j
sao adjacentes se e somente
se:
1. I
i
I
j
,= ou
2. (I
i
+l) I
j
B ,= ou (I
i
l) I
j
A ,= .
2.2. Terminologia dos Grafos Loop 15
Denicao 5 Um grafo G e um grafo loop se existe uma representac ao loop D tal que
G = G(D). Dizemos neste caso que G e representado por D ou que D e um modelo loop
de G ou, ainda, que D e uma representacao loop de G.
Na Figura 2.4 tem-se o grafo C
4
e uma representac ao loop de C
4
e tambem uma
representa cao equivalente de arcos ao longo do loop. A aresta 1-4 indica a presenca de
uma aresta virtual, cujo conceito esta apresentado na proxima sec ao.
Figura 2.4: C
4
e suas representac oes loop
2.2 Terminologia dos Grafos Loop
A seguir estao reunidos os novos termos criados que serao utilizados em explicacoes de
propriedades, comportamentos, operac oes e nas tentativas de reconhecimento dos grafos
loop ao longo de todo a dissertac ao. A maioria destes novos termos como imagem virtual,
parte virtual, gate real e gate virtual, gate interior e gate exterior, aresta real e aresta vir-
tual, tentam capturar a ideia de como o loop permite duplicar uma determinada regiao
da reta sobre a qual os intervalos se acomodam. Esta ideia aumenta as possibilidades de
disposic ao dos intervalos e permitem uma maior exibilidade ao grafo na sua construc ao.
2.2. Terminologia dos Grafos Loop 16
Denicao 6 Seja L um loop de comprimento l. A imagem virtual de um ponto x A
(resp. x B) e o ponto x +l B (resp. x l A). Dado x A B, denotamos por x

a imagem virtual de x.
Observe que a

1
= b
1
, a

2
= b
2
, b

1
= a
1
, b

2
= a
2
e (x

= x.
Denicao 7 Seja L = (A, B) um loop e I um intervalo. A parte virtual I

de I e a
menor uniao de intervalos fechados contendo (x

: x A I x

: x B I) I.
I

pode consistir de 0, 1 ou 2 intervalos fechados.

Algumas congurac oes possveis para os intervalos no loop e suas respectivas partes
virtuais sao dadas na Figura 2.5.
Figura 2.5: Intervalos e suas partes virtuais
Note que se I I

,= ent ao I I

e tambem um intervalo de 1 e tem-se que:

I I

= x ou
2.2. Terminologia dos Grafos Loop 17
I I

= y ou
I I

= x, y (I

consiste de 2 intervalos)
Alem disso se I I

,= entao I I

e um intervalo de 1 que contem [a

1
, b
2
].
Lema 1 Seja G um grafo loop e D uma representacao loop de G. Se I e um intervalo de
D tal que I I

,= entao existe uma outra representacao loop D

de G cujos intervalos
sao os mesmos de G exceto I que e substitudo por I
1
tal que I
1
I

1
= .
Prova: Denindo I
1
= I I

tem-se que I
1
e um intervalo de 1 que cobre a
1
, b
2
pois
I I

,= , ent ao I

1
= e assim I
1
I

1
= . 2
Corolario 1 Todo grafo loop admite uma representa cao loop D = (L, F) tal que para
todo I F, I I

= .
Prova: Para todo intervalo I de D em que I I

,= substitua-o por I I

usando o
Lema 1 ate que todo intervalo I de D obedeca I I

= . 2
Consideramos, sem perda de generalidade, que as extremidades de todo intervalo I
nao coincidem com a
1
, a
2
, b
1
, b
2
.
Denicao 8 Numa representac ao loop, um intervalo e dito loop intervalo se: I I

= ,
com as extremidades de I distintas de a
1
, a
2
, b
1
, b
2
.
A seguir, os conceitos de gates, reais e virtuais, que foram formalizados no intuito de
destacar pontos no loop em que e possvel acomodar um ou mais intervalos sem que esta
ramicac ao do modelo provoque intersecoes com outros intervalos.
Denicao 9 Seja I = [x, y] um loop intervalo. As extremidades de I sao tambem
chamadas de gates reais de I. Os gates virtuais de I sao I

a
1
, a
2
, b
1
, b
2
. Denom-
inamos simplesmente por gates de I os gates reais e os virtuais de I.
Lema 2 Seja I um loop intervalo. O n umero total de gates de I e 2, 3 ou 4.
2.2. Terminologia dos Grafos Loop 18
Prova: Todo intervalo I possui pelo menos 2 gates, os reais. Caso I intersecte apenas uma
das repetic oes (A ou B), em apenas uma das extreminadas das mesmas (a
1
, a
2
, b
1
ou b
2
),
tem-se que I possui tres gates, 2 reais e 1 virtual. Caso I intersecte ambas as repeticoes
(A e B), pela denic ao 8 de loop intervalo, tem-se que I cobre a
1
, b
2
, possuindo no
total 4 gates, 2 reais e 2 virtuais. E nalmente caso I cubra A ou B a
1
, a
2
ou b
1
, b
2
,
tambem possuira 4 gates, 2 reais e 2 virtuais. 2
Observe agora uma classicacao de tipos para um intervalo I quanto aos gates:
I tipo 0: nao possui gates virtuais;
I tipo 1: possui apenas um gate virtual que e a
1
ou b
1
;
I tipo 2: possui apenas um gate virtual que e a
2
ou b
2
;
I tipo 1-2: possui dois gates virtuais que podem ser a
1
e a
2
ou b
1
e b
2
ou a
1
e b
2
.
Todas as possveis posicoes de um intervalo I numa representac ao loop sao dadas na
Figura 2.6, onde os gates reais sao representados por e os gates virtuais por .
Sabemos que dois vertices I
u
e I
v
de G sao adjacentes se e somente existe uma rep-
resenta cao loop D onde (I
u
I
v
) (I
u
I

v
) ,= . Logo torna-se necessario classicar as
arestas de G, segundo uma representac ao loop D, como reais ou virtuais para diferenciar
estas duas formas possveis de intersecc ao entre intervalos.
Denicao 10 Se D = (L, F) e uma representac ao loop de G = (V, E) entao o conjunto
de arestas E pode ser particionado em dois subconjuntos em relac ao a D: arestas reais e
virtuais. Uma aresta I
i
I
j
e real, segundo uma representac ao loop D, caso I
i
I
j
,= e e
virtual caso (I
i
+l) I
j
B ,= ou (I
i
l) I
j
A ,= .
Observe a seguir o algoritmo da Figura 2.2 para detectar se existe aresta entre dois
vertices de um grafo G dados dois intervalos de uma representacao loop I
v

vV (G)
e, em
caso positivo, classica-la em aresta real ou virtual como proposto na Denicao 10. Para
2.2. Terminologia dos Grafos Loop 19
Figura 2.6: Gates Reais () e Gates Virtuais ()
isso utilizamos a Denicao 7, para manipular a parte virtual, I

, de um loop intervalo I
e um operador binario do tipo logico que retorna se dois intervalos intersectam:
I
u
I
v
= true I
u
1
I
v
1
I
u
2
ou I
v
1
I
u
1
I
v
2
Detecta/Classifica Aresta()
1 Input I
u
1
, I
u
2
, I
v
1
, I
v
2
, A
1
, A
2
, B
1
, B
2
2 if I
u
I
v
3 then return Aresta Real
4 else if I
u
I

v
2.3. Operacoes denidas para os Grafos Loop 20
5 then return Aresta Virtual
6 else return Nao existe aresta entre I
u
e I
v
2.3 Operac oes denidas para os Grafos Loop
Claramente um grafo loop pode admitir varias representacoes loop gerando diferentes
congurac oes entre arestas reais e virtuais. Um exemplo de translacao de um intervalo
entre as repeticoes A e B gerando grafos isomorfos e dado na Figura 2.7.
Figura 2.7: Exemplo de translac ao do intervalo 4
Observe o seguinte resultado trivial:
Teorema 1 Sejam G um grafo loop, D = (L, F) uma representacao loop de G e I um
vertice de G tal que I B (resp. I A). Entao uma nova representacao loop D

de G
pode ser obtido pela substituicao em D

de I por I

= I l (resp. por I

= I +l).
Prova: Aplica-se a translac ao do intervalo I e as arestas reais e virtuais de D incidentes
em I serao invertidas no novo modelo loop D

preservando as arestas da vizinhanca N[I]

2.3. Operacoes denidas para os Grafos Loop 21
de G. 2
O proximo teorema e um caso particular da exibilidade de tornar arestas em reais e
vice-versa.
Teorema 2 Sejam G um grafo loop, D = (L, F) um modelo loop de G e I um intervalo de
D que nao intersecta A e B simultaneamente e que nao possua arestas reais. Entao existe
um modelo loop D

tal que G(D

) e isomorfo a G e o intervalo I

em D

correspondente
ao vertice I de G nao possui arestas virtuais.
Prova: Dado que I nao intersecta A e B simultaneamente, tem-se tres casos:
I A = e I B = . Neste caso, I nao possui arestas virtuais, ent ao fazendo
D

= D resolve-se a questao.
I A ,= e I B = . Podemos supor que I esta contido em A pois I nao possui
arestas reais. Pelo teorema 1, substituindo I por I + l obtemos D

desejado. A
translacao de I fara com que todas as arestas virtuais de I em D se tornem reais
em D

.
I A = e I B ,= . Caso analogo ao anterior, supondo que I B e substituindo
I por I l em D

.
2
Denicao 11 Seja x 1. Um intervalo I cobre um ponto x se x I I

.
Claramente se x I ent ao I cobre x e 2 vertices distintos u e v de um grafo loop sao
adjacentes se e somente se os intervalos I
u
e I
v
cobrem um mesmo ponto da reta real,
ent ao x R tal que x (I
u
I

u
) (I
v
I

v
), o mesmo que dizer que x R tal que
x (I
u
I
v
) (I
u
I

v
), como veremos adiante.
Lema 3 Dois intervalos I
u
e I
v
cobrem um mesmo ponto x R em uma representac ao
loop D, i.e. dois vertices sao adjacentes em G, se e somente se (I
u
I
v
) (I
u
I

v
) ,= .
2.3. Operacoes denidas para os Grafos Loop 22
Prova: Se x (I
u
I

u
) (I
v
I

v
) entao x (I
u
I
v
) (I
u
I

v
) (I

u
I
v
) (I

u
I

v
).
Se x (I

u
I

v
) entao x A e x +l I
u
I
v
ou x B e x l I
u
I
v
.
Se x (I

u
I
v
) ent ao x A e x +l I
u
ou x B e x l I
u
.
Por outro lado se x I
v
A x +l I
v
I

v
2
Observa-se que, em uma representac ao por intervalos da reta real, existem possibili-
dades distintas para entre os intervalos que se intersectam, i.e. para que vertices sejam
adjacentes em um grafo, como: um intervalo contem uma ou duas extremidades do outro
intervalo, podendo ocorrer em qualquer caso uma das possibilidades da Figura 2.8:
Figura 2.8: Representac ao por intervalos das possibilidades de adjacencia
Tem-se ent ao que entre os loop intervalos ocorre algo analogo, substituindo contem
por cobre e extreminadade por gate de tal forma que, dados dois intervalos I e J,
se I contem uma extremidade de J J

entao I cobre um gate de J. Temos agora o

seguinte lema:
Lema 4 Se dois loop intervalos cobrem um mesmo ponto entao um loop intervalo cobre
2 gates do outro ou cada loop intervalo cobre um gate do outro.
Prova: Sejam I e J dois loop intervalos cobrindo o mesmo ponto x. Logo x (I I

)
(J J

)
Se x I J entao I contem 2 extremidades de J ou J contem 2 extremidades de
I ou cada um contem uma extremidade do outro. Assim o resultado esta provado
pois as extremidades de I e J sao gates e estes contem um ponto, ent ao cobrem um
ponto,
2.4. Grafos que nao sao Loop 23
Se x I J

ent ao existe um intervalo J

de J

tal que I J

,= , logo como no
caso anterior tem-se que I contem 2 extremidades de J

, J

contem 2 extremidades
de I ou cada um contem uma extremidade do outro.
2
Estes resultados serao utilizados nos proximos captulos quando as estruturas proibidas
minimais forem apresentadas e discutidas.
2.4 Grafos que nao sao Loop
Para melhor compreender a classe de dos grafos loop, na Figura 2.9 estao reunidos
alguns exemplos de grafos que nao sao loop. Estruturas proibidas sao estudadas no
intuito de se adquirir um maior conhecimento sobre uma determinada classe estudada
e, frequentemente, para se obter um reconhecimento de uma classe por meio destas. Os
grafos cordais, por exemplo, sao denidos em termos dos subgrafos proibidos, os C
n
com
n 4. Grafos que nao sao loop e a famlia de conguracoes proibidas minimais sao
assuntos a serem detalhados no captulo ??.
Figura 2.9: Alguns exemplos de grafos nao loop
Os ciclos C
n
, n 4, bem como as triplas asteroidais, sao estruturas proibidas para a
classe dos grafos de intervalo, que pertencem `a classe dos grafos loop. No entanto, 2 ou
mais ciclos compartilhando um vertice e/ou uma ou mais arestas sao estruturas proibidas
para os grafos loop. Nos denominamos esta estrutura de biciclos. Grafos loop com ciclos
2.5. Grafos Loop Grafos Apresentados 24
induzidos foram estudados por [AFC
+
05b] e serao detalhados em ??. Observe a Figura
2.10.
Por outro lado, os ciclos sao estruturas permitidas para os grafos arco-circulares
Figura 2.10: Estruturas proibidas minimais: biciclos
Para o caso particular das arvores, faz-se necessaria a denic ao do vertice de rami-
cac ao e do grau de ramicacao de um vertice, conceitos a serem apresentados na sec ao
3.2 com base no trabalho [AFC
+
04]. De forma preliminar, e apresentada na Figura 2.11
a estrutura proibida minimal que caracteriza as arvores que sao grafos loop, tornando
possvel o seu reconhecimento em tempo polinomial.
Figura 2.11: Estrutura proibida minimal para arvores
2.5 Grafos Loop Grafos Apresentados
Esta claro que se G e um grafo loop e R e o conjunto das arestas reais em alguma
representa cao loop D, entao o subgrafo induzido pelas arestas reais, G[R], e um grafo de
intervalos. Sendo assim, todo grafo loop e um grafo de intervalos com a adic ao de algumas
2.5. Grafos Loop Grafos Apresentados 25
arestas e todo grafo de intervalos e tambem um grafo loop posto que uma representa cao
de intervalos e uma representac ao loop sem arestas virtuais. Veja a Figura 2.12.
Figura 2.12: Grafo de intervalos e sua representac ao loop
Lema 5 Todo grafo de intervalos e um grafo loop
Prova: Seja D uma representac ao de uma famlia de intervalos F de G e I
i
= [x
i
, y
i
] um
intervalo de F. Dena um loop L = (A, B) como segue: seja b
2
= min(x
i
) 1, b
1
= b
2
1,
a
2
= b
1
2 e a
1
= a
2
1. Agora faca D

(L, F) a partir de D acrescentando o loop L e

tem-se uma representacao loop para G. 2
Ainda relacionando os grafos loop com outras classes de grafos conhecidas temos que
todo grafo loop e um grafo 2-intervalos visto que para qualquer representa cao loop D de G
todo intervalo I que intersecta A e/ou B pode ser representado por um par de intervalos
f(i) tal que f(i) = I I

. Observe a Figura 2.13.

Lema 6 Todo grafo loop admite uma 2-representacao.
Prova: Seja D uma representacao loop para G. Dena uma 2-representacao D

para G
da seguinte forma: Assuma que f(i) = I
i
= [x
i
, y
i
] seja um intervalo de D correspondente
ao vertice I
i
. Se I
i
A = e I
i
B = ou se I
i
A ,= e I
i
B ,= , entao f

(i) = I
i
.
Se I
i
A ,= mas I
i
B = , entao f

(i) = I
i
I

. Se I
i
B ,= mas I
i
A = , entao
f

(i) = I
i
I

. Agora ij e uma aresta de G se e somente se f

(i) f

(j) ,= . 2
2.5. Grafos Loop Grafos Apresentados 26
Figura 2.13: Grafo loop e sua 2-representa cao
E nalmente todo grafo arco-circular e um grafo loop. Intuitivamente podemos fazer
uma representac ao loop tomando a representacao arco-circular e abrindo o crculo sobre
a reta real de tal forma que tenhamos uma correspondencia entre os arcos do crculo e os
intervalos no loop, que estarao contidos em [a
1
, b
2
]. Podemos considerar o crculo como
o loop e o maior arco como sua repeticao, desde que nenhum arco cubra todo o crculo.
Observe a Figura 2.14
Figura 2.14: Representa cao Arco-Circular e Representac ao Loop
2.6. Sobre o Reconhecimento dos Grafos Loop 27
Lema 7 Todo grafo arco-circular e um grafo loop.
Prova: Seja G um grafo arco-circular e A uma representacao de G por arcos ao redor do
crculo. Cada vertice de G e representado por um arco em A formado de um ponto inicial
a
v
, 0 a
v
< 2, e um comprimento c
v
, 0 < c
v
< 2, de tal forma que dois vertices u e v,
sendo a
u
a
v
em A, sao adjacentes se e somente se a
u
+ c
u
a
v
ou a
v
+ c
v
2 a
u
.
Tome o maior comprimento c dentres os arcos e faca A = [0, c] e B = [2, 2 +c]. Agora
represente a famlia de intervalos a partir dos arcos fazendo I
v
= [a
v
, a
v
+c
v
]
vV (G)
e
tem-se uma representacao loop de um grafo arco-circular. 2
Para melhor compreender os relacionamentos estabelecidos entre a classe dos grafos
loop e as demais classes de grafos intersecc ao, observe o diagrama da Figura 2.15 envol-
vendo alguns exemplares importantes das classes citadas:
2.6 Sobre o Reconhecimento dos Grafos Loop
Os grafos arco-circulares e os grafos 2-intervalos, por contiturem as classes mais
proximas aos grafos loop, pelo fato de os primeiros estarem includos na classe dos
grafos loop e os segundos inclurem a classe dos grafos loop, foram objetos de estudos
incessantes na busca do reconhecimento da classe dos grafos loop. Nos limites entre tais
classes encontramos exemplares de grafos loop nao arco-circulares e de grafos 2-intervalos
nao loop. O reconhecimento dos grafos arco-circulares e polinomial [Tuc80], [McC01],
enquanto reconhecer grafos 2-intervalos e demonstrado ser NP-completo [WS84].
Varias tentativas foram feitas para classicar os grafos loop partindo do e chegando
ao reconhecimento dos grafos arco-circulares. A ideia era identicar propriedades que
denissem os ent ao denidos vertices de ponta de tal forma adequados, que sua remoc ao
sucessiva preservaria hereditariedade da classicacao e responderia se o grafo resultante
e ou nao um arco-circular, que sabemos ser grafo loop. Entretanto, mesmo apos varias
modicac oes na denicao, ainda nao foi possvel capturar esta ideia. A identicac ao
de clique de corte tambem objetivou desmembrar o grafo original de tal forma que
2.6. Sobre o Reconhecimento dos Grafos Loop 28
G
r
a
f
o
s
2
-
I
n
t
e
r
v
a
lo
G
r
a
f
o
s
L
o
o
p
G
r
a
f
o
s
A
r
c
o
-
C
irc
ular
G
r
a
f
o
s
d
e
Intervalo
Figura 2.15: Diagrama de Venn das classes de grafos envolvidas
obtessemos grafos de intervalos atraves de sua remoc ao, igualmente sem sucesso devido a
alguns contra-exemplos.
Por outro lado, uma tentativa tambem ainda nao solucionada e a de provar que re-
conhecer grafos loop seja NP-completo, ainda que tivesse sido tentada a reduc ao utilizada
para os grafos 2-intervalo. Ja para uma sub-classe dos grafos que nao possuem ciclos,
ou seja, para as arvores, Mariza, Liliana, Celina, Marcia e Joao Meidanis deram uma
caracterizac ao das arvores que sao grafos loop, como sera visto no Captulo ??, Secao 3.2.
2.7. Uma Condic ao Suciente 29
2.7 Uma Condicao Suciente
Foi mostrado, na secao anterior, que todo grafo loop e um grafo de intervalo com
a adicao de algumas arestas. Sendo assim, esta sec ao busca responder parcialmente `a
seguinte questao: que arestas poderiam ser acrescentadas a um grafo de intervalo para se
obter um grafo loop?
Teorema 3 Seja G um grafo de intervalo, k um vertice qualquer de G e V um subconjunto
de vertices de G que nao contem k. Seja G

o grafo obtido `a partir de G pela adicao de

um vertice u adjacente a k e de um vertice v adjacente a todos os vertices de V . Se G

e um grafo de intervalo entao o grafo H, obtido pela adicao em G de todas as arestas

ausentes entre k e os vertices de V , e um grafo loop.
Prova: Se G

e um grafo de intervalo entao existe uma representacao por intervalos de

sua famlia de intervalos D

= (I
i
)
iV (G

)
. A representac ao loop D para o grafo loop H
pode ser obtida `a partir de D

sendo que:
os intervalos A e B do loop sao os intervalos I
u
e I
v
dos vertices u e v adicionados a
G posto que estes nao sao adjacentes, ou seja, seus intervalos sao disjuntos e, como
k domina u em G

, pode-se supor que I

u
I
k
e ainda que ambos os intervalos tem
o mesmo tamanho;
os demais intervalos de D serao representados pelos vertices de G pois V (G)
V (G

). Neste modelo, as arestas reais sao as arestas de G e as arestas virtuais sao

todas as arestas entre k e os vertices de V , pois k e adjacente somente a u em G

.
2
Aplicacao: os subgrafos proibidos minimais para os grafos de intervalos da gura 2.16
sao grafos loop cujos vertices do conjunto V estao na cor cinza e o vertice k na cor preta.
2.7. Uma Condic ao Suciente 30
Figura 2.16: Subgrafos minimais proibidos para os grafos de intervalos que sao grafos loop
Captulo 3
Resultados Avancados
Neste captulo expomos os resultados de estudos realizados com classes especcas
de grafos. A maioria destas contribuic oes foram publicadas em [AFC
+
04, AFC
+
05b,
AFC
+
05a] e se referem, pela ordem, `as arvores que sao grafos loop, fornecendo um algo-
ritmo de reconhecimento desta classe; aos grafos loop com ciclos induzidos, gerando as
congurac oes minimais proibidas para esta classe; e, por m, aos grafos loop e os con-
juntos asteroidais, sendo provada a cardinalidade maxima permitida para estes conjuntos
nesta classe. Estes resultado sao apresentadas neste captulo sendo omitidos todos os
passos de suas provas....
3.1 Arestas Virtuais em Ciclos
Os ciclos sao uma estrutura proibida para os grafos de intervalos e permitida para os
grafos arco-circulares que constituem uma classe importante de grafos loop.
O seguinte teorema demonstra
Teorema 4 Seja D um modelo loop e I
x
um intervalo em D que nao possua arestas reais.
Se G[Dx] nao possui arestas virtuais e e conexo, entao todos os outros intervalos de D
estao em ] , I
x
1
[ ou ]I
x
2
, +[ (em um dos lados de I
x
).
31
3.1. Arestas Virtuais em Ciclos 32
Prova: Suponha que exista um intervalo I
x
nas condicoes do teorema proposto e que
existam intervalos I
y
e I
z
de D de ambos os lados de I
x
, tais que I
y
2
< I
x
1
e I
x
2
< I
z
1
.
Como G[Dx] deve ser conexo, existe entao um caminho entre os vertices y e z, e como
G[D x] deve possuir apenas arestas reais, entao I
x
intersecta pelo menos um intervalo
que compoe este caminho em D

= DI
x
formando arestas reais, o que e uma contradic ao.
2
Teorema 5 Qualquer representacao loop para o C
4
possui uma ou tres arestas virtuais.
Prova: Por contradicao. Assuma que o C
4
da Figura 3.1 possa ser representado por um
modelo loop cujo n umero de arestas virtuais seja par. Tem-se entao tres possibilidades:
x y
w z
Figura 3.1: Grafo C
4
1. Caso 1: 0 arestas virtuais. Como o subgrafo induzido pelas arestas reais de um
grafo loop deve ser um grafo de intervalos, temos uma contradicao posto que o C
4
nao e um grafo de intervalos.
2. Caso 2: 2 arestas virtuais. Existem ainda dois subcasos:
(a) 2 arestas virtuais consecutivas. Assuma que xy e xz sejam arestas virtuais
consecutivas, se I
x
intersectar A e B simultaneamente, pelo Teorema 4 con-
cluimos que I
y
, I
z
e I
w
devem estar todos do mesmo lado de I
x
. Sendo assim,
o Teorema 2 nos permitiria concluir que o intervalo I
x
que intersecta A (resp.
B) poderia ser substitudo por I
x
+l (resp. I
x
l) fazendo com que as arestas
virtuais de I
x
se tornassem reais na nova representac ao, gerando um modelo
loop para o C
4
sem arestas virutais, contradi cao provada no caso 1.
3.1. Arestas Virtuais em Ciclos 33
(b) 2 arestas virtuais nao consecutivas. Neste caso todos intervalos possuem uma
interesecc ao real e uma virtual. Tomando um vertice qualquer, digamos I
x
,
cujo intervalo esteja contido em A (resp. B) em alguma representac ao loop
e cujas arestas xy e xz sejam virtual e real respectivamente, pelo Teorema 1
temos que a aresta real xz pode se tornar virtual e a aresta virtual xy se tornar
real, gerando duas arestas virtuais consecutivas, uma contradic ao provada no
subcaso anterior.
3. Caso 3: 4 arestas virtuais. Primeiramente observamos que no maximo dois dos
vertices podem corresponder a intervalos que intersectam A e B simultaneamente,
pois a maior clique em C
4
tem tamanho 2. Assim sendo, haver a um intervalo nas
condicoes do teorema 2, e obteremos o subcaso (a) do caso (2) acima citado, sendo
tambem uma contradicao esta conguracao.
2
Teorema 6 Se G e um grafo loop cujos vertices possuem grau 2 e D = (L, F) e um
modelo loop para G, entao D sempre apresentara um n umero mpar de arestas virtuais.
Prova: Por induc ao no n umero de vertices n de G. O caso base da induc ao, C
4
esta
provado no Teorema 5. Assuma que todo modelo loop D para um grafo G = C
n
, n > 4
possua um n umero mpar de arestas virtuais. No passo da induc ao efetua-se a contra cao
das arestas reais existentes, ou seja, faz-se a uniao de intervalos cuja intersecc ao real nao
seja vazia e tem-se ciclos cada vez menores C
n1
, C
n2
, C
n3
.... Note que o n umero de
arestas virtuais e preservado na contracao de arestas reais. Quando nao existirem mais
arestas reais, trocamos duas arestas virtuais por duas reais translatando o intervalo que
so possui arestas virtuais, como proposto no Teorema 2. A paridade das arestas virtuais e
ent ao preservada. Estes passos sao executados ate que se obtenha o caso base da induc ao,
o C
4
, que sabemos ter 1 ou 3 arestas virutais, logo o modelo original tinha um n umero
mpar de arestas virtuais. 2
3.2. Tree Loop Graphs 34
Uma consequencia deste Teorema 6 e a denic ao de uma das estruturas proibidas
encontradas para a classe dos grafos loop. Elas podem ser descritas pela presenca de dois
ciclos C
n
, n 4 que compartilham uma ou mais arestas. Nos denominamos esta estrutura
de bi-ciclo. O domino e o diamante mostrados na Figura 3.2 sao duas estruturas proibidas
minimais.
6 5 4
3 2 1
4
5
3
2 1
Figura 3.2: Biciclos: Estruturas Proibidas Minimais
Teorema 7 O biciclo e uma estrutura proibida para a classe dos grafos loop.
Prova: Por contradi cao. Dado que o biciclo possui dois ciclos, digamos C
1
e C
2
, compar-
tilhando pelo menos uma aresta, tem-se que pelo Teorema 6 C
1
e C
2
possuem um n umero
mpar de arestas virtuais, ent ao a soma das arestas virtuais do ciclo formado pelas arestas
nao compartilhadas por C
1
e C
2
resulta num valor par, o que e uma contradi cao. 2
3.2 Tree Loop Graphs
Nesta secao sao apresentados os resultados publicados em [AFC
+
04] que caracterizam
as arevores que sao grafos loop e, em caso armativo, produzem uma representacao loop
para a arvore. Esta caracterizac ao gera um algoritmo polinomial para classicar tais
arvores em grafos loop ou nao. Para tanto faz-se necessario relacionar conceitos como o
de vertice e grau de ramicac ao e de conjuntos asteroidais. Estes ultimos serao melhor
explicados na Secao 3.4
Uma arvore e um grafo onde cada par de vertices esta conectado por precisamente um
caminho. Uma arvore trivial contem apenas um vertice.
3.2. Tree Loop Graphs 35
A denicao de vertice de ramicacao a seguir e originada dos estudos das arvores
proibidas para os grafos de intervalo, sendo que arvores que sao grafos de intervalo sao
aquelas que nao possuem vertices de ramicac ao.
Denicao 12 Um vertice de ramicacao em uma arvore T e um vertice v cuja remocao
origina um grafo T v contendo pelo menos 3 arvores nao triviais.
De forma analoga, associa-se o conceito de vertice de ramicacao com o seu grau, a
saber:
Denicao 13 O grau de ramicacao g(v) de um vertice de ramicac ao v e o n umero de
arvores nao triviais existentes em T v.
Sendo assim, todo vertice de ramicac ao tem grau de ramicacao pelo menos 3.
Para caracterizar as arvores que sao grafos loop, e enunciado a seguir o teorema prin-
cipal, as ideias presentes nas provas parciais e os argumentos que o validam. Sao tambem
vericados alguns exemplos de aplicac ao deste teorema em classicac oes de arvores.
Uma forma equivalente de apresentar a ideia do seguinte teorema e denindo as arvores
que sao loop `a partir das estruturas proibidas, ou seja, das estruturas excludas pelo
teorema.
Teorema 8 Uma arvore T e um grafo loop se e somente se T nao possui vertice de
ramicacao, T possui exatamente um vertice de ramicacao com grau de ramicacao 3
ou 4, ou T tem exatos 2 vertices de ramicacao com graus de ramicacao iguais a 3.
Prova: Claramente, se T nao possui vertice de ramicacao T e um grafo de intervalo
e, por sua vez, um grafo loop. No caso da arvore T possuir 1 vertice de ramicacao u,
o seu grau de ramicac ao g(u) nao pode ser maior ou igual a 5 ja que valor deste grau
correponde `as arvores nao triviais de T u. Sejam v
i
, i = 1, ..., n, n 5, os vertices
adjacentes a u. Pelo Lema 4 cada intervalo I
v
i
que intersecta I
u
em cobre pelo menos um
gate de I
u
e estes gates devem ser diferentes entre si ja que tais vertices nao sao adjacentes.
3.3. Ciclos Induzidos em Grafos Loop 36
Ent ao seria necessario que I
u
tivesse pelo menos 5 gates, o que contradiz o Lema 2 que diz
ser 2, 3 ou 4 o n umero maximo de gates de um intervalo. Para o caso da arvore T possuir
2 vertices de ramicacao, digamos u e v, assuma que um destes, digamos u tenha grau
de ramicac ao 3. Entao I
u
e do tipo 1, 2 ou 1-2 pois deve ter pelo menos 3 gates, 2 reais
e pelo menos 1 virtual. Sem perda de generalidade assuma que o gate virtual de I
u
seja
b
1
. Ent ao I
u
cobre o ponto a
1
. Assuma agora que exista outro vertice de ramicacao I
v
,
(g(v) 4) que necessariamente seria do tipo 1-2 pois deve ter 4 gates, 2 reais e 2 virtuais,
cobrindo A ou B ou [a
2
, b
1
]. Podemos assumir que u e adjacente a v retirando os vertices
do caminho entre eles desde que eles teriam grau de ramicac ao 2. Como I
v
tem 2 gates
virtuais, o intervalo que intersecta o gate virtual de I
u
sera adjacente a I
v
formando um
ciclo, uma contradicao. 2
Por m, segue na gura 3.3 a conguracao proibida para uma arvore que seja grafo
loop.
Figura 3.3: Conguracao proibida para uma arvore loop
3.3 Ciclos Induzidos em Grafos Loop
Nesta sec ao estao os estudos que consideraram as conguracoes minimais proibidas
para os grafos loop contendo ciclos induzidos. Como resultado foram obtidas novas
condic oes necessarias para a classe dos grafos loop que consequentemente dao novas
famlias proibidas innitas. Foram analisadas as propriedades dos intervalos correspon-
dentes aos vertices dos ciclos induzidos ou aos vertices dominados por ciclos induzidos.
Denicao 14 Um ciclo induzido e um ciclo sem cordas com pelo menos 4 vertices.
3.3. Ciclos Induzidos em Grafos Loop 37
Os grafos cordais sao exatamente a classe de grafos denida em termos da nao ex-
istencia dos ciclos induzidos.

E o mesmo que dizer que os grafos nao cordais sao aqueles
nos quais o conjunto dos vertices pertencentes a qualquer ciclo induzido nao e vazio.
Denicao 15 Dado um loop, a reta real pode ser particionada em tres intervalos: o
intervalo (, a
1
] chamado parte exterior esquerda do loop; o intervalo (a
1
, a
2
) chamada
/emphparte interior do loop e o intervalo [b
2
, ) chamda parte exterior direita do loop.
Assuma que CV (G), ou simplesmente CV , denote o conjunto de vertices que pertencam
a qualquer um dos ciclos induzidos do grafo. O Lema a seguir diz que todo intervalo em
CV intersecta a parte interior do loop.
Lema 8 Seja G um grafo loop e u CV (G). Em qualquer representacao loop de G, o
loop intervalo I
u
intersecta a parte interior do loop.
Prova: a fazer 2
Denicao 16 Para um vertice qualquer u, N[u] denota a vizinhanca fechada de u.
Denicao 17 Um vertice u e dominado por um vertice v se N[u] N[v] e e dominado
por um conjunto S de vertices se N[u] N[S] sendo N[S] =
sS
N[s]. Denotamos por
D(S) o conjunto de vertices dominados por S.
Com estes conceitos podemos constatar varios fatos envolvendo os grafos arco-circulares
e os grafos de intervalo. Resumidamente tem-se que dado um grafo qualquer G, seu con-
junto de vertices pode ser particionado nos subconjuntos CV, D(CV ) CV e V (G)
D(CV ); alem do mais N[CV ] D(CV ) e um subconjunto de V (G)D(CV ). Assumindo
que CV e N(CV )D(CV ) sao ambos nao vazios, de acordo com os resultados mostrados
em [AFC
+
05b], se G e um grafo loop ent ao os vertices em CV devem induzir um grafo
arco-circular e os vertices em V (G)D(CV ) devem induzir um grafo de intervalos com no
maximo duas componentes conexas. Alem disso, os vertices em N(CV ) D(CV ) devem
3.4. Grafos Loop e os Conjuntos Asteroidais 38
formar um ou dois grafos completos; e o grafo obtido pela adic ao de um novo vertice a
G D(CV ) que seja adjacente a cada vertice de N[CV ] D(CV ) deve tambem ser de
intervalos.
3.4 Grafos Loop e os Conjuntos Asteroidais
Tendo em vista que os grafos loop generalizam os grafos de intervalo e os grafos de
intervalo sao caracterizados como grafos cordais e livres de triplas asteroidais (AT-free),
esta sec ao re une alguns resultados dos estudos publicados em [AFC
+
05a] que envolvem
estes dois conceitos no contexto dos grafos loop.
Denicao 18 Uma tripla asteroidal e composta de 3 vertices nao adjacentes tais que a
remoc ao da vizinhanca fechada de qualquer um deles produz um grafo contendo os outros
dois vertices na mesma componente conexa.
Denicao 19 Um conjunto k-asteroidal, k 3 e um subconjunto S de vertices de um
grafo G se a cardinalidade de S e k e para cada vertice x de S, o conjunto S x esta
contido em uma compoente conexa de G N[x], onde N[x] e a vizinhanca fechada de x.
Os conjuntos 3-asteroidais sao precisamente as triplas asteroidais tambem denidas.
Sabe-se que existem grafos arco-circulares com conjuntos 4-asteroidais e mesmo com
conjuntos k-asteroidais arbitrarios (como um ciclo induzido com 2k vertices). Ent ao
existem tambem grafos loop com conjuntos asteroidais arbitrariamente grandes.
Para os grafos arco-circulares, no entanto, dados 4 arcos disjuntos de um crculo,
existem sempre 2 arcos que nao podem ser unidos sem encontrar pelo menos um dos
outros dois restantes. Ja para os grafos loop e possvel ter 4 intervalos tais que quaisquer
dois podem ser unidos sem encontrar os outros dois, mas nao e possvel ter 5 intervalos
nestas condic oes.
Para capturar estas propriedades e proposta a seguinte generalizac ao das triplas as-
teroidais que tambem generalizam os conjuntos asteroidais:
3.4. Grafos Loop e os Conjuntos Asteroidais 39
Denicao 20 Um subconjunto S de vertices de um grafo G e um conjunto k-asteroidal
forte se a cardinalidade de S e k e cada par de vertices x
1
e x
2
de S esta na mesma
componente conexa de G N[S x
1
, x
2
], onde N[S x
1
, x
2
] =
xS\x
1
,x
2
N[x].
Captulo 4
Conclusoes e Trabalhos Futuros
O problema das repetic oes na montagem de fragmentos de DNA, principal inspirac ao
para a formalizac ao dos grafos loop, ainda e um problema em aberto na biologia computa-
cional ate a presente data. Os grafos loop tem se mostrado uma classe intrigante de grafos
sob o ponto de vista da descoberta de um algoritmo que os reconheca. Em contrapartida,
e uma classe que se revelou passvel de varias formalizacoes diferentes segundo os aspectos
que se deseja estudar. A exibilidade que, por um lado atende `as demandas de mode-
lagem computacional de problemas concretos, por outro torna complexa a proposic ao de
um reconhecimento de tempo polinomial.
As formalizacoes das soluc oes reunidas neste documento sao de muita importancia e
compoem uma fonte unicada de informac oes e resultados obtidos sobre os grafos loop.
Isto e de grande relevancia para que sejam dados os proximos passos que consolidem esta
classe no mundo da teoria dos grafos.
A caracterizac ao das arvores [AFC
+
04] que sao grafos loop foi um importante resul-
tado, que inicialmente aponta para um reconhecimento baseado em estruturas proibidas
minimais, a exemplo do que acontece com algumas classes de grafos como os cordais. As
congurac oes proibidas minimais relacionando os ciclos induzidos e os vertices dominados
pelos ciclos induzidos [AFC
+
05b], bem como os conjuntos k-asteroidais fortes [AFC
+
05a],
constituram tambem importantes resultados parciais ao mesmo tempo que ensejam out-
40
41
ros trabalhos futuros derivados destes contextos.
Bibliograa
[AFC
+
04] Liliana Alcon, Celina M. H. de Figueiredo, Marcia R. Cerioli, Mariza Gutier-
rez, and Joao Meidanis. Tree loop graphs. Electronic Notes in Discrete
Mathematics, 18:1723, 2004.
[AFC
+
05a] Liliana Alcon, Celina M. H. de Figueiredo, Marcia R. Cerioli, Mariza Gutier-
rez, and Joao Meidanis. Loop graphs and asteroidal sets. Electronic Notes in
Discrete Mathematics, 22:179183, 2005.
[AFC
+
05b] Liliana Alcon, Celina M. H. de Figueiredo, Marcia R. Cerioli, Mariza Gutier-
rez, and Joao Meidanis. Non loop graphs with induced cicles. Electronic
Notes in Discrete Mathematics, 19:289295, 2005.
[BL75] Kellogg S. Booth and George S. Leuker. Linear algorithms to recognize in-
terval graphs and test for the consecutive ones property. Proc. 7th ACM
Symposium on Theory of Computing, pages 255265, 1975.
[BM76] J. A. Bondy and U. S. R. Murty. Graph Theory With Applications. The
Mecmillan Press LTD, 1976.
[Boo75] Kellogg S. Booth. PQ-Tree Algorithms. PhD thesis, U.C. Berkeley, EUA,
1975.
[Cer00] Fabio Ribeiro Cerqueira. Montagem de fragmentos de DNA. Masters thesis,
Universidade Estadual de Campinas, Campinas, Sao Paulo, Brasil, Janeiro
2000.
42
BIBLIOGRAFIA 43
[FG65] D. R. Fulkerson and O. A. Gross. Incidence matrices and interval graphs.
Pacic J. Math, 15:835855, 1965.
[FMM] Celina M. H. Figueiredo, Joao Meidanis, and Celia P. Mello. A lexBFS
algorithm for proper interval graph recognition. Technical Report DCC-93-04,
mar.
[GH64] P. C. Gilmore and A. J. Homan. A characterization of comparability graphs
and of interval graphs. Canad. J. Math, 16:539548, 1964.
[GMTL98] A. J. F. Griths, J. H. Miller, Suzuki. D. T., and R. C. Lewontin. Introducao
`a Genetica. Guanabara Koogan AS, 1998. Traduzido por Paulo Armando
Motta.
[Gol80] Martin Charles Golumbic. Graph Theory and Perfect Graphs. Academic
Press, 1980. Courant Institute of Mathematical Sciences - New York Univer-
sity.
[Gus97] Dan Guseld. Algorithms on Strings, Trees, and Sequence. Cambridge Uni-
versity Press, 1997.
[Har72] Frank Harary. Grapf Theory. Addison-Wesley Series in Mathematics.
Addison-Wesley Publishing Company, third edition, 1972.
[KM89] N. Korte and H. Mohring. An incremental linear-time algorithm for recog-
nizing interval graphs. SIAM J. Computing, 18:6881, 1989.
[LB62] C. G. Lekkerkerker and J. Ch Boland. Representation of a nite graph by a
set of intervals on the real line. Fund. Math, pages 51:4564, 1962.
[Lew00] Benjamin Lewin. Genes VII. Oxford University Press, 2000.
BIBLIOGRAFIA 44
[Li01] Lin Tzy Li. Montagem de fragmentos de DNA pelo metodo ordered shot-
gun sequencing OSS. Masters thesis, Universidade Estadual de Campinas,
Campinas, Sao Paulo, Brasil, Fevereiro 2001.
[McC01] RossM. McConnell. Linear-time recognition of circular-arc graphs. Proceed-
ings of the 42 IEEE Symposium on Foudations of Computer Science, New
York, pages 386395, 2001.
[Mei92] Joao Meidanis. Algorithms for Problems in Computational Genetics. PhD
thesis, University of Wisconsin-Madison, EUA, 1992.
[Mei93] Joao Meidanis. Rethinking the dna fragment assembly problem. Technical
Report DCC-93-23, DCC - Unicamp, sep 1993.
[MT02] Joao Meidanis and Patrcia Takaki. Interval graphs with repeats and the
DNA fragment assembly problem. Technical Report IC-02-14, IC-Unicamp,
November 2002.
[RTL76] Donald J. Rose, Robert E. Tarjan, and George S. Leuker. Algorithmics as-
pects of vertex elimination on graphs. SIAM J. Comput., 5:266283, 1976.
[Sim91] Klaus Simon. A new simple linear algorithm to recognize interval graphs.
In CG 91: Proceedings of the International Workshop on Computational
Geometry - Methods, Algorithms and Applications, pages 289308, London,
UK, 1991. Springer-Verlag.
[SM97] Joao C. Setubal and J. Meidanis. Introduction to Computational Molecular
Biology. PWS Publishing Company, 1997.
[Tam91] Robert Tamarin. Principles of Genetics. Wm. C. Brown Publishers, fth
edition, 1991.
[Tuc80] Alan C. Tucker. An ecient test for circular-arc graphs. SIAM J. Computing,
9:124, 1980.
BIBLIOGRAFIA 45
[Wat95] Michael S. Waterman. Introduction to Computational Biology. Chapman and
Hall, 1995.
[WS84] Douglas B. West and David B. Shmoys. Recognizing graphs with xed interval
number is np-complete. Discrete Applied Mathematics, pages 8:295305, 1984.