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PAPAIZ, MOTTA, VALENTIM, MORAIS E ALVES (2014)

UMA SOLUO PARA RENDERIZAO REMOTA DE IMAGENS MDICAS


TRIDIMENSIONAIS: ANLISE DE DESEMPENHO

Fabiano Papaiz
Professor de Sistemas de Informao do Instituto Federal do Rio Grande do Norte, Campus
Natal/Central, Mestre em Sistemas e Computao pela Universidade Federal do Rio
Grande do Norte. E-mail: fabiano.papaiz@ifrn.edu.br
Bruno Motta de Carvalho
Professor do Departamento de Informtica e Matemtica Aplicada da Universidade Federal
do Rio Grande do Norte, Doutor em Computer and Information Science pela University of
Pennsylvania. E-mail: motta@dimap.ufrn.br.
Ricardo Alexandro de Medeiros Valentim
Professor do Departamento de Engenharia Biomdica da Universidade Federal do Rio
Grande do Norte, Doutor em Engenharia Eltrica e de Computao, Coordenador do
Laboratrio de Inovao Tecnolgica em Sade do Hospital Universitrio Onofre Lopes.
E-mail: ricardo.valentim@ufrnet.br.
Antnio Higor Freire de Morais
Professor de Sistemas de Informao do Instituto Federal do Rio Grande do Norte, Campus
Mossor, Doutorando e Mestre em Engenharia Eltrica e de Computao pela
Universidade Federal do Rio Grande do Norte. E-mail: higor.morais@ifrn.edu.br.
Robinson Luis de Souza Alves
Professor de Sistemas de Informao do Instituto Federal do Rio Grande do Norte, Campus
Natal/Central, Doutor em Engenharia Eltrica e de Computao pela Universidade Federal
do Rio Grande do Norte. E-mail: robinson.alves@ig.com.br.

RESUMO
Este trabalho prope e analisa uma soluo para renderizao remota de imagens mdicas
tridimensionais (3D). Nesta soluo, todo o processo de renderizao volumtrica
realizado por um servidor (ou um cluster de servidores) e somente a imagem resultante
enviada para o cliente, permitindo ainda que este realize operaes como rotao,
deslocamento e zoom. Para a realizao da anlise de desempenho, foram definidos trs
diferentes cenrios de execuo. No primeiro cenrio, o processo foi realizado por um
servidor com hardware grfico (GPU). No segundo, foi utilizado um servidor sem GPU,
mas com alto poder de processamento em paralelo, possuindo 48 cores (unidades de
processamento). O terceiro cenrio foi utilizado para simular o funcionamento padro da
maioria das aplicaes mdicas de visualizao, onde todo o processo de renderizao foi
realizado localmente em um computador. Com os resultados obtidos, ficou demonstrado
que a soluo proposta resolveu satisfatoriamente dois dos principais problemas da
visualizao tridimensional dos exames mdicos, sendo eles: o tempo gasto com a
transferncia dos arquivos DICOM e o poder computacional necessrio para realizar o
processo de renderizao. A arquitetura da soluo permitiu que computadores menos
potentes e dispositivos mveis, como tablets e celulares, pudessem ser utilizados para
visualizao das imagens mdicas 3D.

Revista Brasileira de Inovao Tecnolgica em Sade, On-Line, Desde 2010.

PAPAIZ, MOTTA, VALENTIM, MORAIS E ALVES (2014)

PALAVRAS-CHAVE: Visualizao volumtrica, renderizao remota, servios web,


imagens mdicas, telemedicina.
A SOLUTION FOR REMOTE RENDERING OF THREE-DIMENSIONAL
MEDICAL IMAGES: PERFORMANCE ANALYSIS
ABSTRACT
This paper proposes and analyzes a solution for remote rendering of three-dimensional
medical images (3D). In this solution, the entire process of volume rendering is performed
by a server (or server cluster) and only the resulting picture is sent to the customer, yet
allowing it to perform operations such as rotation, pan and zoom. To perform the analysis
of performance, three different execution scenarios were defined. In the first scenario, the
process was performed by a server with graphics hardware (GPU). In the second, we used
a server without GPU, but with high processing power in parallel, having 48 cores
(processing units). The third scenario was used to simulate the default behavior of most
medical visualization applications, where the entire rendering process was performed
locally on a computer. With the results obtained, it has been shown that the proposed
solution solved satisfactorily two of the main problems of three-dimensional visualization
of medical examinations, being they: the time spent for the transfer of DICOM files and
the computational power required to perform the rendering process. The architecture of
solution allows less powerful computers and mobile devices (tablets and mobile phones)
being used for visualization of tomography and magnetic resonance images.
KEYWORDS: volumetric visualization, remote rendering, web services, medical imaging,
telemedicine.

UMA SOLUO PARA RENDERIZAO REMOTA DE IMAGENS MDICAS


TRIDIMENSIONAIS: ANLISE DE DESEMPENHO

INTRODUO
Na rea da medicina, clara a importncia das tecnologias que geram imagens digitais dos
pacientes. Exames como Ultrassom (US), Tomografia Computadorizada (CT) e
Ressonncia Magntica (MR) so comumente realizados no dia-a-dia dos hospitais e suas
imagens auxiliam os mdicos no diagnstico de uma doena. Nos hospitais, estas imagens
so geralmente guardadas e acessadas atravs de um Sistema de Comunicao e
Arquivamento de Imagens (PACS - Picture Archiving and Communication System). Os
mdicos utilizam estaes de trabalho ligadas rede do hospital para acessar e visualizar
tais imagens atravs de aplicaes mdicas. Hoje em dia, a maioria dos PACS seguem um
padro mundial denominado DICOM (Digital Imaging and Communications in Medicine).
O objetivo principal do DICOM possibilitar e facilitar a interoperabilidade entre
computadores, equipamentos e aplicaes da rea mdica. Para isso, o padro especifica
protocolos de redes, estruturas de diretrios, formatos de arquivos e comandos para troca
de dados, entre outros itens. Diversas APIs (Application Programming Interface) esto
disponveis em vrias linguagens e podem ser utilizadas pelos desenvolvedores para a
criao de aplicaes mdicas em conformidade com o padro DICOM [39] [34].
Alguns exames, como CT e MR, geram uma sequncia ordenada de imagens
bidimensionais (2D) do corpo do paciente, tambm conhecidas como cortes, fatias ou
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slices. Atravs de algoritmos de renderizao de dados volumtricos, tais fatias podem ser
agrupadas e reconstrudas de forma a gerar uma projeo 2D de uma imagem
tridimensional (3D) do paciente, facilitando assim o trabalho de interpretao por parte do
mdico. Um exemplo pode ser visto na Figura 1.
Com o avano tecnolgico dos equipamentos de sade, esto sendo geradas imagens cada
vez mais ntidas, com maiores resolues e, com isso, arquivos com tamanhos cada vez
maiores. Isso faz com que o processo de visualizao das imagens 3D se torne pesado e
necessite de um poder computacional maior para ser realizado. Assim a realizao dessa
tarefa por dispositivos mveis disponveis no mercado, como os tablets e os celulares,
requer destes uma maior capacidade de processamento. Alm disso, para que a aplicao
possa gerar a imagem 3D necessrio que todas as fatias sejam enviadas para o dispositivo
onde ela est sendo executada, o que pode tornar essa tarefa complicada, caso esteja sendo
utilizada uma conexo via internet, pois uma grande quantidade de dados precisa ser
transferida antes que o processamento possa ser iniciado. Atualmente, o conjunto de fatias
de um exame tomogrfico chega ao tamanho de dezenas ou centenas de megabytes. Por
exemplo, um exame tomogrfico que gere 200 fatias com resoluo de 512x512 pixels por
imagem, sem compresso, com profundidade de cor de 16 bits (2 bytes para cada pixel), ir
ocupar um tamanho aproximado de 100 megabytes.

Figura 1 Exemplo de reconstruo 3D a partir de imagens 2D. No lado esquerdo


podemos observar as imagens 2D, a partir das quais foi gerada a renderizao da
projeo 2D da imagem 3D (imagem do lado direito).
Podemos dizer que o grande tamanho do conjunto de dados um dos principais problemas
enfrentados pela rea da Visualizao Volumtrica na Medicina. Uma soluo para este
problema est na renderizao remota dos dados volumtricos, onde o processo de
renderizao realizado por um servidor (ou cluster de servidores) com grande poder
computacional, podendo inclusive possuir hardware grfico (GPU), e somente a imagem
resultante enviada para o cliente. Isto faz com que computadores ou dispositivos mveis
que possuam baixo poder computacional possam ser utilizados para visualizar dados
volumtricos de forma interativa e satisfatria para o usurio final.
Este trabalho teve como objetivo geral o desenvolvimento e, principalmente, a avaliao de
desempenho de uma soluo que possibilitasse a renderizao remota de imagens mdicas
3D, sendo possvel a utilizao de computadores menos potentes e at dispositivos mveis
(tablets e celulares) para acessar, visualizar e interagir com as imagens. A soluo proposta
ainda possui a caracterstica de tirar proveito do processamento em paralelo, podendo ser
implantada em ambientes de computao distribuda, como um cluster de servidores. O
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problema com o tamanho do conjunto de dados foi solucionado atravs da definio de


uma arquitetura em camadas. Outra caracterstica importante que esta soluo pode ser
utilizada a partir de qualquer aplicao mdica em conformidade com o padro DICOM,
desde que esta consiga trocar informaes com servios web.
Alguns trabalhos relacionados, como em [45], [25] e [23], diferem da soluo proposta
principalmente pelo fato de que estes necessitam instalar ou baixar arquivos especficos no
dispositivo do usurio para poderem funcionar, enquanto que na soluo apresentada o
usurio ir necessitar apenas de um navegador web. Em outros trabalhos, como em [1] e
[3], so apresentadas solues na rea da telemedicina que esto voltadas para auxiliar os
mdicos durante suas visitas aos leitos dos pacientes, onde estes tm a possibilidade de
consultar os dados dos pacientes, inclusive imagens mdicas, mas no tratam
especificamente da visualizao remota de imagens mdicas tridimensionais.
MATERIAIS E MTODOS
A arquitetura de referncia da soluo proposta neste trabalho foi dividida em trs
camadas: Cliente, Renderizao e PACS. Uma viso geral da arquitetura pode ser vista na
Figura 2. Na Camada Cliente o usurio precisa possuir apenas um navegador web para
acessar a aplicao de testes, selecionar os exames mdicos desejados e visualizar as
imagens em 3D. Na Camada PACS so armazenados os arquivos DICOM contendo as
imagens, ficando disponveis para serem acessados pela Camada de Renderizao. Na
Camada de Renderizao, so hospedados os servios web de Aquisio e de
Renderizao, sendo esta camada a responsvel por realizar o processo de aquisio dos
arquivos DICOM e de renderizao remota das imagens 3D, disponibilizando-as para o
usurio final.

Figura 2 Arquitetura de referncia da soluo proposta.

Componentes da Camada PACS


Nesta camada, foi utilizado um servidor com processador Intel Xeon X5650 (2,67 GHz),
com 16 GB de memria RAM e sistema operacional Ubuntu 12.04. Neste servidor foi
instalado o programa dcm4chee [7], verso 1.4, o qual um servidor PACS gratuito, em
conformidade com o padro DICOM e open source. No arquivo de distribuio do
dcm4chee j est includo o servidor de aplicaes JBoss [15], necessrio para a sua
execuo. O dcm4chee pode trabalhar em conjunto com os mais populares Sistemas
Gerenciadores de Bancos de Dados, sendo que neste trabalho foi utilizado o MySQL 5.6
[12] pelo fato de ser gratuito e por j termos experincia com a utilizao deste banco de
dados em trabalhos anteriores.

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Para compor a base de dados de testes, foram selecionados oito exames de tomografia
computadorizada (CT) de fraturas sseas, os quais esto detalhados na Tabela 1. Tais
exames possuem diferentes quantidades de fatias axiais e so de regies variadas do corpo
humano, sendo a resoluo de cada fatia de 512x512 pixels.
Tabela 1: Detalhes dos exames (arquivos DICOM) selecionados para os testes.
Exame Regio do Corpo Fatias Tamanho (MB)
1
P
259
138,8
2
Perna
540
289,1
3
Face
427
228,6
4
Cotovelo
394
211,0
5
Coluna
505
270,4
6
Crnio
170
91,0
7
Punho
474
253,8
8
Crnio
167
89,4

Componentes da Camada de Renderizao


A soluo proposta foi testada em duas configuraes de servidores, sendo um servidor
com hardware grfico (GPU) e outro sem GPU, mas com vrios processadores. Tambm
foi utilizado nos testes um computador do tipo notebook. Os detalhes destes trs
computadores esto descritos na Tabela 2. No servidor com GPU, o processo de
renderizao foi realizado pelo hardware grfico. No servidor sem GPU, foi utilizada
computao paralela para a renderizao das imagens. No notebook, as Camadas Cliente e
de Renderizao foram unificadas para serem executadas localmente, sendo que a
renderizao foi realizada sem utilizao de GPU ou de computao paralela. Nestes trs
computadores foram utilizados o sistema operacional Ubuntu verso 12.04 e os pacotes de
softwares utilizados, com suas respectivas verses, esto descritos na Tabela 3.
No servidor sem GPU e no notebook, o software Paraview [31], responsvel pela
realizao da renderizao remota, precisou ser compilado com a opo de suporte
biblioteca MESA-3D [29], a qual uma implementao open source da especificao
OpenGL [14]. A biblioteca MESA-3D permite que o processo de renderizao seja feito
apenas pela CPU, fazendo uma emulao do hardware grfico. No servidor sem GPU
tambm foi necessrio instalar o software MPICH [33], verso 1.2.7, o qual uma
implementao open source do padro MPI (Message Passing Interface) [32] para
computao paralela. O software ParaviewWeb [18], precisou ser compilado nos 3
computadores antes de poder ser configurado e executado.
Insero e Disponibilizao dos Exames Mdicos
Os exames de CT utilizados nos experimentos foram cedidos pelo Servio de Apoio ao
Diagnstico e Tratamento (SADT) do Hospital Monsenhor Walfredo Gurgel, localizado no
municpio de Natal/RN. A fim de preservar a identidade dos pacientes, algumas das
informaes originais dos exames foram substitudas por valores aleatrios, como, por
exemplo, o nome do paciente. Estes exames foram inseridos na base de dados do servidor
Tabela 2: Configurao dos computadores utilizados nos testes.

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Item de Configurao Servidor com GPU Servidor sem GPU


Notebook
Memria RAM
12 GB
128 GB
8GB
Processador
Intel Core i7 950 AMD Opteron 6176 Intel Core i5 2410
Clock
3,06 GHz
2,3 GHz
2,3 GHz
Qtd. Processadores
2
4
1
Total de Cores
8
48
4
Cores Utilizados
1
8, 16 e 24
1
GPU
GeForce GTX 580
Qtd. GPUs
2
GPUs Utilizadas
1
-

Tabela 3: Pacotes de softwares utilizados nos computadores utilizados nos testes.


Pacote de Software
Verso
Descrio
Apache Tomcat
6.0
Servidor web para aplicaes Java
Software para hospedar servios web que seguem a
Apache AXIS
2.0
especificao SOAP/WSDL
Software para visualizao de dados cientficos 2D e
Paraview
3.14
3D. Permite a renderizao remota e pode ser
configurado para utilizar computao paralela
Framework utilizado em conjunto com o Paraview para
ParaviewWeb
3.14
possibilitar a renderizao remota atravs de aplicaes
web
Software para troca assncrona de mensagens requerido
Apache ActiveMQ
5.7
pelo ParaviewWeb
API Java, que implementa o padro DICOM, utilizada
DCM4CHE
2.0.26
para o desenvolvimento de aplicaes mdicas
VTK
5.8
APIs para processamento, classificao e visualizao
de imagens digitais
ITK
3.20
PACS atravs de um programa utilitrio chamado dcmsnd, fornecido pelo dcm4chee. Para
disponibilizar o acesso s imagens para a Camada de Renderizao, foi configurado no
dcm4chee um Application Entity Title (AET) para o servio web de aquisio, sendo este
um passo requerido pelo padro DICOM para permitir que as aplicaes possam trocar
informaes com um servidor PACS.
Aplicao Web Cliente Para Teste da Soluo
Para a realizao dos testes foi desenvolvida uma aplicao web em Java, onde so listados
os exames de CT disponveis, permitindo ao usurio selecion-los para realizar a
visualizao 3D. Na Figura 3 exibida a tela principal desta aplicao. Alm dos exames,
o usurio tambm pode selecionar em qual cenrio (GPU, Blade ou Cliente) deseja
executar a renderizao. Esta aplicao ficou hospedada no servidor web Apache Tomcat
da Camada de Renderizao. A Figura 4 mostra a imagem 3D sendo exibida na Pgina de
Visualizao, onde o usurio pode realizar operaes na imagem, como rotao,
deslocamento ou zoom. O usurio pode ainda alterar o threshold de visualizao, sendo
possvel visualizar objetos diferentes de um mesmo exame, como tecidos, rgos ou ossos.

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Servios Web da Camada de Renderizao


Na Camada de Renderizao, foram desenvolvidos dois servios web: Aquisio e
Renderizao. Eles foram desenvolvidos utilizando-se tecnologia Java e ficaram
disponveis para serem consumidos pela aplicao web de testes atravs do software
Apache AXIS2. A seguir esto descritas as funcionalidades principais de cada servio
dentro da soluo proposta.

Figura 3 Pgina inicial da aplicao web utilizada nos testes.

Figura 4 Pgina de visualizao da imagem 3D.


O servio web de Aquisio o responsvel por:
Receber da aplicao cliente o identificador do exame (UID) que o usurio deseja
visualizar;
Solicitar ao servidor PACS os arquivos DICOM contendo as imagens do exame
selecionado;

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Processar as imagens recebidas para gerar um arquivo onde so armazenadas as


informaes sobre os dados volumtricos (topologia, geometria, valores dos voxels
etc). Este arquivo gerado no formato nativo do Paraview, com extenso .vtk;
Enviar como resposta para a aplicao cliente o nome do arquivo gerado e a URL
da pgina que dever ser acessada para a visualizao 3D.
O servio web de Renderizao, atravs da utilizao do programa Paraview e do
ParaviewWeb, o responsvel por:
Acessar o arquivo que contem os dados volumtricos (gerado pelo servio de
Aquisio);
Realizar o processamento necessrio para a visualizao volumtrica, aplicando as
funes de transferncia de cores e de opacidade;
Retornar a imagem 3D resultante para o cliente;
Processar remotamente as operaes feitas pelo usurio na imagem 3D, como
rotao e zoom, enviando novamente a imagem 3D resultante.
Cenrios Para Teste e Avaliao da Arquitetura
Trs cenrios distintos (GPU, Blade e Cliente) foram definidos para testar e avaliar o
desempenho da soluo proposta, conforme pode ser visto na Figura 5. Tais cenrios foram
criados para representarem o processo de renderizao de imagens 3D de diferentes
formas.
No Cenrio GPU, o processo de renderizao foi realizado pelo hardware grfico do
servidor. Para obteno das imagens mdicas, a comunicao entre o servio web de
Aquisio e o servidor PACS foi realizada via protocolo DICOM. A conexo de rede
utilizada foi do tipo Gigabit Ethernet, diminuindo assim, o tempo necessrio para a
transferncia dos arquivos DICOM contendo as imagens. Para a visualizao das imagens
mdicas 3D, o usurio acessou a aplicao web cliente atravs de uma conexo via
internet, usando protocolo TCP/IP.
No Cenrio Blade, o processo de renderizao foi realizado atravs de computao
paralela, onde vrios cores dos processadores foram utilizados simultaneamente para
realizar o processamento. Durante os testes, o programa Paraview foi executado utilizandose 8, 16 e 24 cores em paralelo, fazendo com que este cenrio se dividisse em 3
subcenrios, denominados Blade(8), Blade(16) e Blade(24). A obteno das imagens e a
utilizao pelo usurio foram realizadas da mesma forma como foi descrito anteriormente
para o Cenrio GPU.
No Cenrio Cliente, todo o processamento foi realizado localmente no computador do
usurio. A conexo com o servidor PACS foi feita via conexo internet (protocolo
TCP/IP). Este cenrio no realizou a renderizao de forma remota e foi criado com fins a
avaliar o funcionamento padro das aplicaes na rea da sade de visualizao de
imagens. Nestas aplicaes, todos os arquivos DICOM precisam ser transferidos para o
computador do usurio antes de realizar (localmente) o processo de renderizao da
imagem 3D. Neste cenrio, a Camada de Renderizao foi mesclada com a Camada
Cliente, ficando com uma arquitetura de apenas duas camadas. Os softwares da Camada de
Renderizao foram todos instalados e configurados no computador do usurio.

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Figura 5 Cenrios para a execuo e avaliao da soluo proposta.

Velocidades de Conexo Utilizadas nos Cenrios


Para obter uma anlise de desempenho mais detalhada, foram realizados testes com
diferentes velocidades de conexo de rede. As velocidades foram controladas atravs do
pacote wondershaper [46]. Este pacote instala um script shell que utiliza o programa
utilitrio do Linux chamado Traffic Control, tambm conhecido como tc. Com este script
possvel definir a velocidade mxima em kilobits que se deseja atribuir para a uma
interface de rede de um computador. Por exemplo, o comando wondershaper eth0 512 512
define uma velocidade mxima de download e upload de 512kb/s para a interface eth0. O
controle da velocidade foi realizado executando o wondershaper nos computadores da
Camada Cliente utilizados nos experimentos.
Nos Cenrios Blade e GPU, foram utilizadas as velocidades de 256kb/s, 512kb/s, 1Mb/s e
5Mb/s para a conexo entre a Camada Cliente e a Camada de Renderizao. Tais
velocidades foram escolhidas com base nas velocidades comumente oferecidas aos clientes
pelas empresas operadoras de internet poca deste trabalho. No Cenrio Cliente, estas
duas camadas situam-se no mesmo local e, portanto, o controle de velocidade no foi
necessrio.
Para a conexo com a Camada PACS, no Cenrio Cliente foram realizados testes com as
velocidades de 1, 3, 5, 7, 10 e 100Mb/s. As velocidades de 1 a 10Mb/s foram inseridas para
determinar a partir de que ponto a velocidade de conexo deixa de afetar
consideravelmente o tempo de transferncia dos arquivos DICOM. A velocidade de
100Mb/s foi inserida porque era a velocidade de conexo mais comumente encontrada nas
redes locais de hospitais e instituies de ensino do RN. Nos Cenrios Blade e GPU, a
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comunicao entre a Camada de Renderizao e a Camada PACS foi atravs de uma


conexo do tipo Gigabit Ethernet, com velocidade de 1 Gigabit por segundo.
Utilizao de Dispositivos Mveis para a Visualizao
A soluo foi criada visando possibilitar que dispositivos com menor poder computacional
pudessem ser utilizados para visualizar as imagens 3D, pois todo o processamento fica a
cargo do servidor da Camada de Renderizao. Para comprovar essa caracterstica da
soluo, dois testes adicionais foram realizados. A soluo foi acessada a partir de um
dispositivo tablet, modelo IPad da Apple, e um celular, modelo WT19a da Sony Ericson.
Definio e Registro dos Indicadores de Desempenho
Para a anlise de desempenho da soluo nos trs cenrios, foram definidos os seguintes
indicadores:
Tempo de Transferncia (TT): representa o tempo para transferir os arquivos
DICOM das imagens da Camada PACS para a Camada de Renderizao;
Tempo de Gerao (TG): representa o tempo para processar as imagens mdicas
recebidas e gerar um arquivo onde sero armazenadas as informaes sobre os
dados volumtricos (arquivo com extenso vtk, no formato nativo do Paraview);
Tempo de Visualizao (TV): representa o tempo decorrido desde a seleo do
exame na aplicao web cliente at que a primeira imagem 3D fosse visualizada
pelo usurio;
Tempo de Interao (TI): representa o tempo que o usurio precisou para posicionar
a imagem 3D atravs de operaes de rotao, deslocamento e zoom, simulando a
situao onde a imagem precisasse ser impressa e inserida em um laudo.
A Figura 6 demonstra onde se inicia e finaliza a medio cada indicador dentro da
arquitetura da soluo. Para medir os tempos TT e TG foram inseridos marcadores no
cdigo fonte do servio web de Aquisio. O tempo TV foi medido com marcadores
inseridos na Pgina de Visualizao da aplicao web cliente. O tempo TI tambm foi
medido pela aplicao web cliente, tendo incio logo aps a medio de TV e finalizado no
momento em que o usurio, aps interagir com a imagem, clicou no boto Finalizar da
Pgina de Visualizao. Todos os tempos registrados foram armazenados em uma tabela
de um banco de dados criado especialmente para este fim, a qual contm os seguintes
campos: Exame, Cenrio, TT, TG, TV, TI e Velocidade da Conexo.
Para a automatizao dos testes foi utilizada a ferramenta Selenium IDE [42], a qual
permite gravar todas as aes realizadas por um usurio em uma aplicao web (cliques em
links, botes etc), para ento repet-las novamente de forma automtica e por quantas vezes
for desejado. A utilizao da aplicao web cliente foi gravada de forma que todos os 8
exames foram visualizados. Em seguida, a ferramenta Selenium IDE foi configurada para
repetir essa utilizao por 20 vezes, ou seja, ao final da execuo cada exame foi
visualizado 20 vezes, gerando um total de 160 amostras. Essa quantidade de amostras (20
por exame) foi considerada por ns como sendo suficiente para a analisar o desempenho da
soluo. A execuo foi realizada para todas as combinaes de cenrios e velocidades de
conexo definidos. Os testes nos Cenrios Blade e GPU foram realizados utilizando-se 3
computadores que, simultaneamente, executaram a aplicao web cliente.

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Figura 6 Locais onde se iniciam e finalizam as medies dos indicadores de tempo


dentro da arquitetura da soluo.
Para para registrar o tempo de TI, foram selecionados os 2 exames com maior quantidade
de fatias, sendo eles o Exame 2 (540 fatias) e o Exame 5 (505 fatias). Estes exames foram
escolhidos por serem os maiores em tamanho do arquivo DICOM e, portanto, precisarem
de mais recursos computacionais para serem renderizados. Os experimentos de interao
foram realizados por 5 usurios (alunos dos cursos de graduao e ps-graduao do
DIMAp da UFRN) com familiaridade na utilizao de computadores, mas sem
familiaridade com aplicaes mdicas de visualizao tridimensional. Cada usurio
visualizou e interagiu com os 2 exames em todos os cenrios e em todas as velocidades de
conexo. Estes usurios foram instrudos a realizar as seguintes atividades durante cada
visualizao:
1. Selecionar o exame a ser visualizado;
2. Alterar o valor do threshold para a faixa de 250 a 2000 para que fossem
visualizadas as partes sseas do paciente. O valor padro definido foi de -200 a 0,
onde o usurio visualizava inicialmente somente os tecidos e os rgos;
3. Rotacionar, deslocar e fazer ampliaes/redues (zoom) na imagem para
posicion-la de acordo com o guia de imagens que foi entregue (ver Figura 7);
4. Concluir a interao atravs da opo Finalizar da Pgina de Visualizao.
Aps a concluso dos testes, cada usurio foi entrevistado sobre qual cenrio ele teve a
melhor e a pior experincia de utilizao, com base nos tempos de resposta da aplicao e
na facilidade de interao com a imagem 3D. E ainda, qual havia sido a operao mais
difcil de realizar com as imagens em todos os cenrios (rotao, deslocamento ou zoom).

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Durante os testes, foram realizadas 4.480 visualizaes de exames na aplicao web cliente
para registrar os tempos TT, TG e TV, sendo todas estas automatizadas atravs da
ferramenta Selenium IDE. J para registrar o tempo TI, os usurios realizaram um total de
130 visualizaes e posicionamentos das imagens 3D.

Figura 7 Guia das imagens entregue aos usurios durante os experimentos para
medio do Tempo de Interao (TI). As imagens so referentes aos Exames 2 e 5.

RESULTADOS
A seguir so listados todos os resultados obtidos nos testes para cada combinao de
cenrio e velocidade de conexo. Todos os indicadores (tempos TT, TG, TV e TI) so
exibidos individualmente e, ao final, de forma conjunta para ser possvel observar a frao
que cada um ocupou no tempo total de processamento.
Tempo de Transferncia
A mdia dos resultados obtidos para o tempo de transferncia (TT) dos arquivos DICOM
esto exibidos, na forma de grfico, na Figura 9. A Tabela 4 lista, alm da mdia, o desvio
padro e os valores mximo e mnimo obtidos. Os valores esto expressos em segundos e,
para algumas velocidades do Cenrio Cliente, os valores tambm foram expressos em
minutos.
Tempo de Gerao
O processo de gerao do arquivo vtk foi executado utilizando-se apenas 1 core em todos
os cenrios, portanto, no foi executado em paralelo no Cenrio Blade e nem pelo
hardware grfico no Cenrio GPU. As mdias dos tempos obtidos esto exibidas na Figura
8 na forma de grfico. Na Tabela 5, alm da mdia, esto listados o desvio padro e os
valores mximo e mnimo obtidos (valores expressos em segundos).
Tempo de Visualizao
As mdias dos resultados obtidos esto exibidas na Figura 10 na forma de grfico e com
informaes adicionais na Tabela 6 (valores esto expressos em segundos). Para o Cenrio
Blade, os nmeros que aparecem entres parntesis indicam a quantidade de cores
utilizados pelo programa Paraview para realizar a renderizao, sendo que nos testes foram
utilizados 8, 16 e 24 cores.
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Tempo de Interao
Os experimentos para medio do tempo TI nos Cenrios Blade (8, 16 e 24 cores) e GPU
foram realizados com as velocidades de 512kb/s, 1Mb/s e 5Mb/s. No Cenrio Cliente, a
interao foi realizada localmente. As mdias dos resultados obtidos esto exibidas no
grfico da Figura 11 e com informaes adicionais na Tabela 7, sendo que os valores esto
expressos em segundos.
Tabela 4: Valores da mdia, desvio padro, mximo e mnimo obtidos para o Tempo
de Transferncia dos arquivos DICOM.
Tempo de Transferncia dos Arquivos DICOM
Cenrio Velocidade
Mdia
Desvio Padro Mximo Mnimo
Blade
Gigabit
4,638
1,907
11,893
1,449
GPU
Gigabit
4,594
1,904
12,890
1,571
1Mb/s
1498,294 (24,971 min.)
791,050
2289,344 707,244
3Mb/s
401,763 (6,696 min.)
211,968
614,012 189,665
5Mb/s
181,837 (3,030 min.)
95,888
277,791 85,842
Cliente
7Mb/s
90,991 (1,52 min.)
38,048
134,177 41,372
10Mb/s
16,882
7,004
24,801
7,713
100Mb/s
16,389
6,090
24,351
6,994

Figura 8 Mdia do Tempo de Gerao do arquivo vtk.


Tabela 5: Valores da mdia, desvio padro, mximo e mnimo obtidos para o Tempo
de Gerao do arquivo vtk.
Tempo de Gerao do Arquivo vtk
Cenrio Cores Velocidade
Mdia Desvio Padro Mximo Mnimo
Blade
1
No se aplica 3,858
1,241
6,058
1,597
GPU
1
No se aplica 2,429
1,092
9,893
0,798
Cliente
1
No se aplica 5,039
4,686
19,418
0,668

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Juno dos Resultados Obtidos


Aqui foi realizada a juno dos tempos obtidos nos testes para analisar a frao que cada
um ocupou no processo como um todo. A Figura 12 contm as informaes dos Cenrios
Blade (8, 16 e 24 cores) e GPU para as velocidades de 512kb/s, 1Mb/s e 5Mb/s, onde os
valores esto expressos em segundos. Na Figura 13 esto as informaes do Cenrio
Cliente para as velocidades de 3, 5, 7 e 10Mb/s, sendo tambm inseridos os tempos do
Cenrio GPU com velocidade de 5Mb/s, que foram os melhores obtidos nos testes. Estes
valores esto expressos em minutos.

Figura 9 Mdia do tempo de transferncia dos arquivos DICOM.

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Figura 10 Mdia do Tempo de Visualizao (em segundos).

Tabela 6: Valores da mdia, desvio padro, mximo e mnimo obtidos para o Tempo
de Visualizao.
Tempo de Visualizao
Cenrio

Cores

Velocidade
Mdia

16
Blade
24

1
GPU
Cliente

256kb/s
512kb/s
1Mb/s
5Mb/s
256kb/s
512Mb/s
1Mb/s
5Mb/s
256kb/s
512kb/s
1Mb/s
5Mb/s
256kb/s
512kb/s
1Mb/s
5Mb/s
(Local)

18,778
18,591
18,887
18,754
15,340
15,387
15,362
15,184
14,788
14,773
14,907
14,731
11,010
11,481
10,283
10,986
30,229

Desvio
Padro
3,948
3,883
3,831
4,061
2,824
2,838
2,822
2,811
2,796
2,809
2,833
2,866
3,070
3,466
3,349
3,795
9,590

Mximo

Mnimo

24,294
24,702
24,598
24,597
24,119
20,785
19,647
19,366
20,649
21,898
21,228
21,467
18,187
19,375
18,718
20,830
52,376

10,511
10,583
10,712
10,458
9,655
9,136
9,451
9,203
8,681
9,036
9,095
8,687
5,400
5,434
5,429
5,401
15,874

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Figura 11 Mdia do Tempo de Interao (em segundos).

Tabela 7: Valores da mdia, desvio padro, mximo e mnimo obtidos para o Tempo
de Interao.
Tempo de Interao do Usurio
Cenrio
Cores
Velocidade
Desvio
Mdia
Mximo
Mnimo
Padro
512kb/s
82,907
37,172
131,176
26,480
8
1Mb/s
61,878
43,761
177,799
32,848
5Mb/s
41,500
18,062
83,010
21,470
512kb/s
63,398
24,540
113,060
26,425
16
1Mb/s
51,478
15,958
79,261
31,862
Blade
5Mb/s
36,205
9,322
47,869
21,169
512kb/s
49,321
15,533
74,977
25,956
24
1Mb/s
44,696
7,274
53,561
33,742
5Mb/s
44,324
12,743
68,124
28,329
512kb/s
44,903
17,302
79,122
22,434
1
GPU
1Mb/s
44,678
16,111
63,789
14,834
5Mb/s
26,072
11,066
46,527
11,585
Cliente
1
(Local)
63,319
29,879
114,150
31,361

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Figura 12 Juno dos tempos TT, TG, TV e TI obtidos nos testes para os Cenrios
Blade e GPU (valores em segundos).

Figura 13 Juno dos tempos TT, TG, TV e TI obtidos nos testes para o Cenrio
Cliente (valores em minutos).

Visualizao nos Dispositivos Mveis


O cenrio utilizado para os testes com o tablet e o celular foi o GPU e a conexo foi feita
via rede sem fio, com velocidade de 54Mb/s. Para ambos os dispositivos, o tempo mdio
de visualizao da imagem 3D (tempo TV) foi de aproximadamente 11 segundos. Nas
Figura 14 e 15 esto ilustradas, respectivamente, as visualizaes realizadas nos dois
dispositivos mveis.

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Figura 14 Utilizao da soluo em um dispositivo tablet, modelo IPad da Apple.

Figura 15 Utilizao da soluo em um celular, modelo WT19a da Sony Ericson.

DISCUSSO
Nesta seo realizada uma anlise sobre os resultados obtidos para os indicadores de
desempenho durante os testes da soluo. Foi possvel automatizar quase que por completo
a realizao dos testes, pois excetuando-se o tempo TI (que depende exclusivamente da
interao do usurio), os demais tempos puderam ser medidos atravs da simples repetio
da utilizao da aplicao web cliente atravs da ferramenta Selenium IDE [42].
Tempo de Transferncia
No Cenrio Cliente, com uma conexo de 10Mb/s, o tempo mdio obtido foi de 16,882
segundos, sendo o mximo 24,801 segundos (Tabela 4). Estes valores foram praticamente
iguais aos obtidos para a velocidade de 100Mb/s, demonstrando que no h muita
diferena no tempo TT para velocidades entre 10 e 100Mb/s. Em velocidades abaixo de
10Mb/s, os tempos mdios obtidos ficaram na casa dos minutos. Isso indica que, para um
usurio visualizar estes tipos de exames atravs da internet, tendo que transferir todos os
arquivos DICOM para seu computador, ele ter que aguardar em mdia alguns segundos
(16) caso sua velocidade seja igual ou superior a 10Mb/s. Como pode ser observado na
Tabela 4, quando a velocidade de conexo esteve entre 5 e 7Mb/s o tempo de espera foi de
1,5 a 3 minutos. Para os casos onde a velocidade de conexo esteve entre 1 e 3Mb/s, o
usurio teve que aguardar pelo menos 6 minutos para que os arquivos DICOM fossem
transferidos para o seu computador.

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Nos Cenrios Blade e GPU, o tempo mdio de transferncia foi de aproximadamente 4,6
segundos, sendo que o maior tempo registrado foi de 12,890 segundos. Isso demonstra que,
a arquitetura utilizada conseguiu minimizar bastante o problema do tempo necessrio para
a transferncia dos arquivos DICOM.
Tempo de Gerao
O tempo TG foi o nico que no sofreu influncia da velocidade da conexo de rede, pois
o processo foi sempre executado localmente no computador onde foi realizada a
renderizao. Pelos resultados listados na Tabela 5, nota-se que o processador e a memria
do computador onde foi realizado o processamento influenciaram diretamente no tempo
TG. O tempo no Cenrio GPU foi o melhor obtido, sendo em mdia 1,4 segundos inferior
ao tempo do Cenrio Blade e praticamente a metade do tempo obtido no Cenrio Cliente.
Pelo fato do computador utilizado no Cenrio Cliente possuir menor capacidade de
processamento e de memria RAM, foi registrado um maior valor para o desvio padro, de
4,686 segundos, demonstrando que houve uma maior disperso nos tempos obtidos em
relao mdia.
Tempo de Visualizao
Pelo grfico da Figura 10 pode-se observar que as velocidades de conexo utilizadas nos
experimentos no tiveram influncia sobre o tempo de visualizao da primeira imagem
3D no computador cliente. Os resultados obtidos para diferentes velocidades dentro de um
mesmo grupo de experimentos foram muito semelhantes. Isto se deve ao fato de que as
imagens 3D resultantes da renderizao possuam um tamanho de no mximo 75kB, no
causando um impacto relevante mesmo para conexes com velocidade de 256kb/s. Dessa
forma, conclui-se que os tempos registrados representam quase que exclusivamente o
tempo necessrio para o servio web de Renderizao gerar a imagem 3D, j que o tempo
necessrio para a requisio do servio web pela aplicao cliente e para o envio da
imagem como resposta foi muito pequeno.
Por possuir um computador com menor capacidade de processamento e memria, no
Cenrio Cliente foi obtido o maior valor para o tempo de visualizao, demorando cerca de
30 segundos em mdia (Tabela 6). Nele foi registrado tambm o maior desvio padro
(9,59) entre os cenrios de teste.
No Cenrio Blade, os resultados da Tabela 6 mostram que a execuo do Paraview com
diferentes nmeros de cores (8, 16 e 24) no teve um impacto significativo no tempo
mdio de visualizao da primeira imagem 3D. A diferena entre as mdias dos
experimentos Blade(8) e Blade(24) foi aproximadamente de 4 segundos apenas e, apesar
da ltima configurao alocar 3 vezes mais recursos de processamento (24 cores) do que a
primeira (8 cores), o ganho no tempo de processamento foi de aproximadamente 28%.
Com isso, conclumos que para um ambiente similar ao do Cenrio Blade no necessrio
alocar uma porcentagem elevada dos recursos do servidor para realizar o processo de
renderizao, liberando-o para poder atender a mais requisies simultaneamente.
No Cenrio GPU pde-se observar o ganho de processamento que o hardware grfico
proporcionou na renderizao do volume (Tabela 6). Os tempos obtidos foram em mdia
3,8 segundos abaixo do tempo aferido na configurao com maior poder computacional do
Cenrio Blade (com 24 cores).
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Tempo de Interao
Para o tempo de TI, era esperado que os dados obtidos tivessem uma maior disperso,
podendo ser observada na diferena entre os valores mximo e mnimo e pelo desvio
padro obtidos e apresentados na Tabela 7. Isso porque, cada usurio teve pouco tempo
para se acostumar com a aplicao e uns tiveram mais dificuldades do que outros na
utilizao. Mas o objetivo principal da medio do tempo TI era avaliar se a soluo
proporcionaria ao usurio final uma experincia de utilizao que fosse melhor ao da
utilizao da aplicao no Cenrio Cliente, com base nos tempos de resposta para a
visualizao e interao com a imagem 3D.
Aps a entrevista com os usurios, todos informaram que a pior experincia de utilizao
foi durante o Cenrio Cliente, devido ao maior tempo necessrio para aguardar o
carregamento inicial da imagem 3D na tela. Com base nas respostas dos usurios,
percebeu-se que no foi a dificuldade de interao com a imagem o principal fator da
escolha deste cenrio como o pior, mas sim o tempo necessrio at que a primeira imagem
3D fosse visualizada pelo usurio, sendo este tempo a somatria dos tempos TT, TG e TV.
Isto um dos problemas que a soluo visa solucionar, pois a renderizao diretamente
influenciada pelo hardware (processador, memria e GPU) e pela velocidade de conexo
de rede que o usurio est utilizando. Em contrapartida, todos os usurios responderam que
no Cenrio GPU foi onde tiveram a melhor experincia de utilizao, sendo esta escolha
justificada pelo seu menor tempo de espera para visualizar a primeira imagem 3D e pela
maior facilidade de realizao das operaes de rotao, deslocamento e zoom. Quanto ao
questionamento de qual teria sido a operao mais difcil de ser realizada,
independentemente do cenrio, todos responderam que foi a rotao da imagem, a qual
demonstrou ser menos precisa do que as outras (deslocamento e zoom), dificultando o
posicionamento correto da imagem na forma que foram instrudos a fazer.
Ao final, pde-se concluir que o Cenrio GPU proporcionou a melhor experincia de
utilizao aos usurios, mesmo na menor velocidade testada (512kb/s), sendo o tempo
mdio de interao inferior a 45 segundos. Neste Cenrio, as operaes com a imagem
fluram de forma mais suave, sem interrupes bruscas na sua visualizao, dando a
impresso de estarem sendo realizadas localmente. O Cenrio Blade proporcionou uma boa
experincia principalmente nas velocidades de 1 e 5Mb/s, sendo que a maior dificuldade
encontrada pelos usurios foi na configurao com 8 cores e velocidade de 512kb/s, onde
foi registrada a maior mdia entre todos os experimentos, de aproximadamente 83
segundos (Tabela 7).
Anlise Conjunta dos Tempos Registrados
O problema com o tempo necessrio para a transferncia dos arquivos DICOM foi bastante
minimizado com a soluo proposta, onde foram necessrios em mdia apenas 4,5
segundos para transferir todas as fatias de um exame para o servidor da Camada de
Renderizao, tanto no Cenrio Blade como no GPU (Figura 12). No Cenrio Cliente, o
melhor tempo foi registrado para as velocidades entre 10 e 100Mb/s, sendo de
aproximadamente 16,5 segundos (Figura 13). Os demais tempos registrados no Cenrio
Cliente realam este problema para o caso onde o acesso aos arquivos DICOM foi feito via
internet, chegando a demorar mais de 3 minutos com velocidade de at 5Mb/s e superior a
20 minutos para velocidades de at 1Mb/s. Os valores para a velocidade de 1Mb/s foram
omitidos do grfico da Figura 13 para proporcionar uma maior clareza na comparao dos
resultados.
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O processo de gerao do arquivo vtk causou pouco impacto no tempo total da


renderizao, tendo mdia de 5 segundos no Cenrio Cliente, que foi a maior registrada
(Tabela 5).
Outro problema encontrado na rea da visualizao volumtrica na medicina, est no fato
de que nem todos os computadores conseguem renderizar e proporcionar uma interao
com a imagem 3D de forma satisfatria para o usurio. necessria uma boa combinao
de hardware (processador, memria e GPU) para que a renderizao seja realizada mais
rapidamente e a interao seja feita de forma mais suave, sem interrupes bruscas na
visualizao da imagem. A soluo tambm foi testada a partir de dispositivos mveis com
menor poder computacional, sendo um tablet e um celular. Em ambos os dispositivos, a
aplicao conseguiu ser executada e a imagem 3D inicial foi visualizada com um tempo
mdio de 11 segundos. A alterao do threshold funcionou perfeitamente nos dois
dispositivos. No tablet, as operaes de rotao e zoom puderam ser aplicadas, mas no de
uma forma to simples, sendo um pouco mais complicado de realiz-las com os dedos ao
invs de um mouse. J no celular, a interao com os dedos foi muito difcil e geralmente
no resultava nas operaes esperadas. Estes dois testes confirmaram que dispositivos
mveis com limitaes de processamento, memria e espao em disco, podem ser
utilizados para a visualizao 3D atravs da soluo proposta. Para isso, devem ser
desenvolvidas pginas de visualizao voltadas especificamente para o dispositivo a ser
utilizado, possuindo botes e comandos auxiliares para a realizao das operaes de
rotao, deslocamento e zoom.
CONCLUSO
Atravs do desenvolvimento deste trabalho, conclumos que possvel a utilizao de uma
soluo de renderizao remota de imagens 3D para visualizao de exames mdicos
tomogrficos. Foi demonstrado que a arquitetura utilizada conseguiu resolver
satisfatoriamente os dois principais problemas da visualizao volumtrica desses exames:
a transferncia dos arquivos DICOM e o poder computacional necessrio para realizar o
processo de renderizao da imagem 3D.
Na arquitetura da soluo proposta, atravs da utilizao de uma conexo do tipo Gigabit
Ethernet entre as Camadas PACS e de Renderizao (Cenrios GPU e Blade), a
transferncia dos arquivos DICOM conseguiu ser realizada com um tempo mdio de 4,6
segundos, sendo bastante inferior quando comparado ao Cenrio Cliente, principalmente
com velocidades de conexo abaixo de 3Mb/s, onde o menor tempo registrado ficou acima
dos 6 minutos.
Quanto ao poder computacional requerido no processo de renderizao, a soluo
apresentada demonstrou que computadores menos potentes, e at mesmo dispositivos
mveis, podem ser utilizados para visualizar as imagens 3D, pois todo o processamento
realizado pelo servidor remoto. As operaes com a imagem (rotao, deslocamento e
zoom) puderam ser realizadas de forma satisfatria em computadores e notebooks,
conforme pde ser observado no Cenrio GPU, o qual proporcionou a melhor experincia
de utilizao para os usurios, mesmo a uma velocidade de apenas 512kb/s.
Os resultados dos experimentos realizados servem como base para orientar a implantao
de uma soluo deste tipo, tanto em ambientes com hardware grfico como naqueles que
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no possurem GPU. Este estudo demonstra que seria mais indicado utilizar a soluo num
ambiente similar ao do Cenrio GPU, pois neste cenrio foram obtidos os melhores
resultados, sendo uma opo mais barata em relao aos servidores do tipo blade (com
vrios processadores), alm da melhor experincia proporcionada aos usurios durante a
interao com a imagem 3D.
Solues como esta podem ser utilizadas no ambiente do Hospital Universitrio Onofre
Lopes (HUOL) da UFRN, permitindo que sejam realizados diagnsticos e laudos a
distncia. Esta soluo tambm pode ser aplicada na rea acadmica ou em treinamentos
de profissionais de sade, auxiliando os professores e instrutores durante as aulas que
necessitarem da visualizao 3D dos exames mdicos.

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