Ferramentas genmicas aplicadas no

melhoramento gentico animal: progressos

recentes e perspectivas futuras

Workshop Internacional para Seleo Genmica em

Bovinos de Corte
Alexandre Rodrigues Caetano, Ph.D.

Embrapa Recursos Genticos e Biotecnologia

Resumo
Melhoramento animal
Prospeco de genes de interesse econmico
Seleo genmica
Sequenciamento de genomas

Perspectivas futuras

Antes da Genomica

1920: 5.300 kg / Lactao

17.4 kg / Dia

O melhoramento animal tradicional

teve um impacto significativo
sobre as cadeias de produo
animal
Presente: >16.000 kg / Lactao
>50 kg/ Dia
Aumento de ~200%

Melhoramento Animal

~10.000 anos

200 anos

~70 anos

~60 anos

Teste de Prognie
Fentipo medido nas filhas
Tempo Necessrio:
Nascimento do bezerro
Smen = ~1 a 1,5 anos
Gestao = 9 meses
Primeiro cio da filha = ~1 a
1,5 anos
Gestao = 9 meses
Primeiro controle leiteiro =
1ms
TOTAL = ~5 (8) anos

Melhoramento Animal
Resultados obtidos extremante importantes
para a produo animal
Aumento na produtividade/eficincia
Melhoria na qualidade dos produtos

Processo no gera informao sobre

mecanismos biolgicos envolvidos
Maiores dificuldades com caractersticas de
difcil mensurao / baixa herdabilidade

Avaliao
Gentica

Deciso

Sumrio

Aplicao de Ferramentas
Moleculares no Melhoramento

O primeiro captulo.... (1980s - ~2005) :

Mapeamento de QTL e identificao de genes

que controlam caractersticas de interesse

Mapeamento de Genes que Controlam

Caractersticas Quantitativas
QQ
X

P
F1

F2

qq

Qq

Qq

5
LOD

4
3

2
1

*
*

QTL

*
*
*

5
4
3
2
1

** * *

*
*QTL

**

Identificao do Gene / Mutao

Desenvolvimento de
mais marcadores

AA

GG

AGATCAGGCATCTAGCTCTCT
AGATCAGGCATCTAGCTCTCT
AGATCAGGCGTCTAGCTCTCT
AGATCAGGCGTCTAGCTCTCT

Sequenciamento de
Genes Candidatos

TESTE
DIAGNSTICO

Bovinos de Corte
GDF8
Calpana
Calpastatina
Leptina
DGAT
Etc.

Bovinos Leiteiros
BLAD
-casena
-lactoglobulina
DGAT
Etc.

Sunos

ESR
HAL
Rendement Napole (RN)
Etc.

Equinos

HYPP
Hair color
SCID
White foal sindrome
Etc.

Painis de Marcadores No Mercado

Merial Igenity
Quantos Genes/SNPs?
% da a2 explicada?
Correlao com o verdadeiro valor gentico do animal?

Pfizer

GeneSTAR
GeneSTAR MVPs (Molecular Value Predictions)
Quantos Genes/SNPs?
% da a2 explicada?
Correlao com o verdadeiro valor gentico do animal?

Qual o valor REAL dessas ferramentas para o

melhoramento?

Aplicao de Ferramentas
Moleculares no Melhoramento
O segundo captulo - a era ps sequenciamento
genmico (2008) :
Novas tecnologias de genotipagem impactaram
significativamente a integrao da genmica
com o melhoramento animal!

Genotipagem de SNPs com

Chips de DNA

SNP Chips
Eficincia
Dezenas, centenas de milhares de marcadores
genotipados em um nico ensaio

Acurcia
Abundancia / distribuio de marcadores pelo
genoma
Custo

Microsatlites vs SNPs
Mapa tpico com microsatlites
1 marcador a cada 20cM = 150 marcadores
Custo = ~US$10 x marcador = US$1500 / individuo

Bovine 50K
1 marcador a cada 0,05cM = ~60K marcadores
Custo = US$215$180$150$130$75$65
por indivduo (terceirizado)

SNP Chips
Bovinos
Illumina HD, 50K, 3K (6K)
Affymetrix 600K

Equinos
Illumina 50K

Sunos
Illumina 60K

Ovinos
Illumina 60k

Impactos das novas ferramentas

Perspectivas para o PRESENTE

Impacto das novas tecnologias

Programas de avaliao e melhoramento
animal
Seleo genmica

Identificao de genes que afetam

caractersticas de interesse econmico

Seleo Genmica
Caracterstica: Peso aos 2anos
Parmetros Genticos
= 450kg
Ga = 8 kg
40kg de efeito GA

-20kg

+20kg

40kg de efeito gentico aditivo

400 genes controlam a caracterstica?
60 mil marcadores (1 marcador / 50kbp)
Estimativa do efeito de cada marcador/gene na caracterstica com uma
populao controlada

Avaliao Gentica
450kg

550kg

-10

+5
0

+50

0
-50

+30

+20

DEP= BV = pop - prog = +18kg

-30

-10

DEP= BV = pop - prog = -17kg

100g

50g

5g

50g

5g

50g

75g

100g

5g

5g

5g

75g

100g

75g

100g

5g

100g

50g

50g

100g

50g

etc . . .

100g

Identificao dos marcadores em regies que afetam a caracterstica

Diviso do efeito gentico em cada regio do genoma

AA

ii

Pp

bb

Jj

Qq

Cc

KK

Rr

DD

ll

SS

ee

MM

TT

Ff

NN

uu

Gg

oo

vv

HH

Genotipagem de qualquer indivduo da populao

etc . . .

+100g

-50g

-5g

+5g

-50g

+75g

+100g

+5g

+5g

-5g

+75g

+75g

+100g

-5g

+100g

-50g

-50g

-100g

-50g

-50g

-100g

etc . . .

+100g

Estimativa da DEP molecular

% da a2 explicada ??, acurcia?

= +10kg

+
Avaliao
Gentica

Deciso

Sumrio

Avaliao Genmica

e /ou

+
Avaliao
Genmica

Fazendo as Contas
Custo de testar um touro (leite) = US$50K
nessrio testar 10 touros para selecionarmos
um = US$500K
Custo de genotipagem com o 50K chip = US$70
Genotipagem de 10 touros, teste dos 5
superiores = (5 x $50 000) - (10 x $70) =
= Economia = $249 300 +

TEMPO

Acurcia da GEBV? Corr (EBV, GEBV) ?

Progeny Tested Bull

O-Man

Doses de smen ~200,000 unidades/

ano
Preo: US$40 / unidade
Faturamento > US$5 milhes / ano
40,144 filhas em lactao
9th WCGALP, August 2010 (42)

Van Tassell and Cole

USDA-ARS-AIPL: animais da raa holandesa

genotipados
Date
04-10
08-10
12-10
04-11
05-11
06-11
07-11
08-11
09-11
10-11
11-11
12-11

Bulls*
9,770
10,430
11,293
12,152
12,429
15,379
15,386
16,519
16,812
16,832
16,834
17,288

Cows*
7,415
9,372
12,825
11,224
11,834
12,098
12,219
14,380
14,415
14,573
14,716
17,236

Young animals**
Bulls
Heifers
16,007
8,630
18,652
11,021
21,161
18,336
25,202
36,545
26,139
40,996
27,508
45,632
28,456
50,179
29,090
52,053
30,185
56,559
31,865
61,045
32,975
65,330
33,861
68,051

All
animals
41,822
49,475
63,615
85,123
91,398
100,617
106,240
112,042
117,971
124,315
129,855
136,436

*Traditional evaluation **No traditional evaluation

John Cole, 2012

2011

Ganhos em Acurcia1 por Raa

Produo e Mrito Lquido(NM$) de touros jovens
Trait
Net merit
Milk
Fat

HO
23
23
33

JE
9
11
15

BS
3
0
5

Protein
Fat %
Protein %

22
43
34

4
41
29

1
10
5

1Mdia

de ganho sobre a mdia dos pais ~35%

Gordon Conference on Quantitative Genetics, Feb. 2009 (44)

Paul VanRaden

2009

Acurcias Estimas para Touros

Jovens da Raa Holandesa

*Animais sem avaliao tradicional em Abril de 2011

John Cole, 2012

2011

Efeito do tamanho da populao de

treinamento

Quanto vale um SNP?

Informao de pedigree: ~7 filhas

Avaliao com painel de SNP: ~34 filhas

(produo de protena, h2 = 0,30)

Avaliao com painel de SNP: ~131 filhas

(taxa de prenhes, h2 = 0,04)

Van tassel 2011

Impacto das novas tecnologias

Programas de avaliao e melhoramento
animal
Seleo genmica

Identificao de genes que afetam

caractersticas de interesse econmico

Clonagem Posicional
1988 Fibrose Cstica em humanos (10 anos)
1997 Musculatura dupla (GDF8) em bovinos
(2 anos)
2008 - Curly Calf Sindrome (Artrogripose
Multiplex) (2 semanas)

Net Merit
VanRaden et al. 2009

Resistncia ao carrapato

Cardoso et al. 2012

2011

O que est em andamento na

Embrapa?

Rede Genmica Animnal

PC4

Projeto de
pesquisa a

INPUT
Expertise multidisciplinar para construo
e utilizao de ferramentas e metodologias
centrais
Experimentos de alta complexidade com
dados e amostras j coletados
Novas tecnologias e metodologias a
serem internalizadas e incorporadas a
atividades em andamento

PC6

Projeto de
pesquisa b

Projeto de
pesquisa c

Projeto de
pesquisa z

Ferramentas
de
Bioinfmatica
e Estatsticas
PC2 e 3

Projeto de
pesquisa d

PRODUTOS

Projeto de
pesquisa ..

Projeto de
pesquisa f
Projeto de
pesquisa e

PC5

Acesso a novas plataformas tecnolgicas

e metodologias
Obteno de resultados e conhecimentos
estratgicos para experimentos de alta
complexidade j em andamento
Estabelecimento de uma rede de
competncias para execuo de novos
projetos

Instituies Participantes
1. Embrapa Gado de Corte
2. Embrapa Gado de Leite
3. Embrapa Pecuria Sudeste
4. Embrapa Pecuria Sul
5. Embrapa Informtica
Agropecuria
6. Embrapa Recursos Genticos
e Biotecnologia
7. Embrapa Meio-Norte
8. Embrapa Caprinos
9. EmbrapaTabuleiros Costeiros

10. UFV
11.UFJF
12.UFMS
13.UnB
14.UNESP Botucatu
15.UESB Universidade Estadual do
Sudoeste da Bahia
16.UNESP Jaboticabal
17.APTA Agncia Paulista de
Tecnologia do Agronegcio
18.UFSCAR
19.USP-ESALQ

Participao de 78 pesquisadores

Rede Genmica Animnal

http://www.macroprograma1.cnptia.embrapa.br/GenomicaAnimal

MP2 Seleo Genmica para

Resistncia ao Carrapato
Lder: Fernando Cardoso, CPPSUL

 Contagem de carrapatos em
mais de 4.000 animais (>8000
contagens)
DNA coletado e processado
Genotipagem de 2000
animais em 2011

Resultados

SNPs effects for tick resistance (GWAS)

MP2 Seleo Genmica em Sunos

Lder: Monica Ledur

MP2 Seleo Genmica em Sunos

Genotipagem de 2500 animais
Captao de recursos: CNPq/GENOPROT
Dados:
Crescimento
Eficincia Alimentar
Qualidade de carne e carcaa
Reproduo

Desenvolvimento conjunto / Transferncia

MP2 Seleo Genmica em Raas Leiteiras

Lder: Marcos Vincius Silva

Avaliao gentica de raas leiteiras

Holands, Gir, Girolando, Guzerat

Implementao da SG nos programas

Gir
Girolando
Guzer

Genotipagem de 5,000-10,000 animais

MP2 Seleo Genmica Nelore

Lder: Luiz Otvio Campos da Silva

Implementao da Seleo Genmica no

programa de avaliao do Nelore liderado
pelo CNPGC

Foco em caracterscas reprodutivas e de

qualidade de carne e carcaa
Genotipagem de 5 a 10.000 animais

Laboratrio Multiusurio de Bioninformtica

http://www.agropediabrasilis.cnptia.embrapa.br/web/lmb/home

Aplicao de Ferramentas
Moleculares no Melhoramento

O terceiro captulo: a utilizao de painis de SNP

de baixa densidade para imputao

Illumina chips are [mostly] nested

~$200

Bovine HD (700K)

Missing 7,352 SNP50 markers

Missing 5,264 V2 markers

~$70

Bovine SNP50 (50K)

50K is missing 14 3K markers

Bovine LD (3K)

9th WCGALP, August 2010 (68)

Missing 76 3K markers

~$20
Van Tassell and Cole

Como Funciona a Imputao?

Identificao dos hapltipos existentes na
populao utilizando o nmero mximo de
marcadores
Rastrear os hapltipos identificados utlizando um
conjunto mnimo de marcadores
Exemplo: usando 5 SNPs para reastrear 25 SNP
5 SNP:

22121

25 SNP: 2122121112112112111212211

Chip HD chip / Sequencia

Touros

Animais
Avaliados

Animais sem avaliao

e vacas

90-50k chip / HD chip

3-10K chip

6K SNPs

Aplicao de Ferramentas
Moleculares no Melhoramento

O quarto captulo: perspectivas futuras

1950: Previso do que seria um PC...

10.000 anos

200 anos

~70 anos

~60 anos

~60 anos

Abril 2003

2009
SEQUENCIAMENTO DE
NOVA GERACAO

Perspectivas Futuras
Sequenciamento de genomas
Custo atual: US$5.000
Genoma por US$1.000? $100?

Possibilidade de utilizar as mutaes

causativas vs SNPs em L.D.

Re-Sequenciamento de Genomas
2009

2011

2012

e vrios outros a caminho

No Brazil

Genoma Minas: Guzerat e Gir

No Brazil

Brasil, EUA e Itlia: Unesp conclui o genoma do Nelore

ABCZ - Laura Pimenta (editado por Melissa Miziara - CIGB)

Agosto 2011

MP2 - Rede de Seqenciamento de Genomas

Desenvolvimento de capacidade
para sequenciar, montar e analisar
genomas
Genotipagem por sequenciamento
Integrao com os programas de
avaliao e melhoramento da
Embrapa

Genotipagem por
Sequenciamento
Vrios mtodos em
desenvolvimento
Seleo especfica de
enzima/tamanho de fragmento
Baixo custo e automatizvel
Descoberta e genotipagem de
SNPs
Amostragem de 1-20% do
genoma = 10-500K SNPs
Cobertura varivel
Custo compatvel com painis
fixos?
Elshire et al. 2011 Plos

Perspectivas Futuras
Transio de chips genricos para chips
customizados
Custo
Otimizao para uso em raas especficas
Novas tecnologias

Testes de Confirmao de Paternidade

com SNPs
Tecnologia padro at o momento:
microssatlites
~150 SNPs so suficientes para realizar o teste
Minimizar custos para o produtor
Microssatlites + 50K SNPs?

Converso dos Testes de Confirmao

de Paternidade

Perspectivas Futuras
A avaliao genmica apenas uma ferramenta!
Encurta intervalo de geraes
Aumenta acurcia das estimativas do VG
MAS, aumenta tambm potencial de problemas se voc
escolher os objetivos incorretos

No fez sentido implementar o processo se o setor no

fizer uso correto da ferramenta
Integrao dos resultados das avaliaes nos
programas de melhoramento (com objetivos bem
definidos)
Refinamento de modelos de avaliao (BLUP, Mtodos
Bayesianos)

Perspectivas Futuras
No Brasil
Boas perspectivas de implementao de
avaliaes genmicas nos programas de avaliao
Necessidade de melhor integrao da ferramenta
com os programas de melhoramento
Demanda para ndices econmicos

Melhor alinhamento dos objetivos de seleo

com a estrutura da cadeia produtiva
Carne: maciez?
Leite: volume total vs slidos?

OBRIGADO !!!

alexandre.caetano@embrapa.br