Universidade de Trs-os-Montes e Alto Douro

Curso de Licenciatura em Gentica e Biotecnologia

Genmica e Protemica

3. Trabalho Prtico
Anlise de Sintenias Cromossmicas Construo de
Mapas fsicos e Oxford Grids

Neste trabalho pretende-se que os alunos adquiram a teoria experimental subjacente

construo de um mapa fsico utilizando metodologias e conceitos da rea de Genmica

Comparativa. A importncia da construo de mapas fsicos para um determinado genoma e a

sua aplicao em diversas reas do conhecimento ser abordada de forma clara e abrangente.

1- Recursos na web para pesquisa de Sintenias Cromossmicas softwares livres

- Cinteny: http://cinteny.cchmc.org - Anlise e visualizao de sintenias e rearranjos nos

genomas de vrios organismos. Este software muito til na visualizao de macrosintenias.

- CHROMHOME: http://chromhome.vet.cam.ac.uk/chromhome - Visualizao de mapas

cromossmicos comparativos obtidos por CCP ou E-painting (extrapolao in silico feita a partir

de mapas conhecidos) entre vrias espcies. Este software muito til na visualizao de

macrosintenias.

- SyMAP: http://www.agcol.arizona.edu/software/symap Anlise de regies sintnicas

baseado em mapas fsicos. Este software muito til na visualizao de microsintenias.

- Ensembl Sinteny Viewer: http://www.ensembl.org/index.html Este software integra os

dados dos vrios projectos de genomas sendo possvel visualizar macrosintenias e

microsintenias. Apesar de j estarmos na presena da release 75 (Fevereiro de 2014) as

macrosintenias ainda s podem ser visualizadas entre o genoma humano e 17 dos 69

genomas disponveis neste Genome browser. Para os outros 17 genomas, as macrosintenias

ainda s podem ser visualizadas entre alguns dos genomas.

2- Recursos na web para pesquisa de Sintenias Cromossmicas atravs de Oxford

Grids

- Oxgrid - The Oxford Grid Project: http://oxgrid.angis.org.au - Anlise de sintenias atravs da

construo de Oxford Grids tendo como base os dados relativos sequenciao dos

genomas. No entanto tambm permite a construo de Oxford Grids para genomas no

completamente sequenciados.

- Oxford Grid: http://www.informatics.jax.org/searches/oxfordgrid_form.shtml Mostra a

comparao ortolgica entre duas espcies, incluindo detalhes acerca das ortologias que esto

na base de construo das oxford grids e inclui ligaes para os mapas comparativos

respectivos.

3- Delineamento Experimental de um Trabalho Prtico: Mapeamento de uma sequncia

em genomas de vrias espcies

Depois dos alunos estarem familiarizados com as ferramentas atrs apresentadas para

pesquisa de sintenias cromossmicas, so convidados a delinearem o trabalho experimental de

mapeamento de uma sequncia problema em genomas de vrias espcies.

Lista de Verificao:

1- Problema

Mapeamento de uma sequncia problema em genomas de vrias espcies.

2- Compilao de informao
Sugere-se: Pesquisa de bibliografia cientfica e de publicaes online acerca da genomas a

analisar.

3- Discusso entre docente e discentes acerca do estado-da-arte relativo ao problema

em anlise

4- Delineamento da experincia

Sugere-se: - Pesquisa de espcies index disponveis para anlise comparativa.

- Averiguar material e tecnologias disponveis no laboratrio e que sejam

adequadas para a resoluo do problema em anlise.

- Elaborar sintenias e oxford grids com as espcies index escolhidas.

- Elaborar o esquema experimental a realizar no trabalho prtico.

5- Realizao experimental (realizado no trabalho prtico 4)

Sugere-se: - Solicitar o protocolo docente e verificar material e equipamento antes de iniciar o

trabalho.

6- Anlise dos resultados (realizado no trabalho prtico 4)

Sugere-se: - Compilar os resultados de todos os grupos antes de finalizarem a aula.

7- Interpretao dos dados e concluses (realizado no trabalho prtico 4)

8- Discusso entre docente e discentes acerca dos resultados, sua interpretao e

concluses do trabalho.

9- Publicao dos resultados sob a forma de um artigo cientfico (realizado no trabalho

prtico)

Sugere-se: - Ler alguns artigos cientficos para se ter uma noo clara do que um artigo

cientfico.
No que se refere ao delineamento da experincia (ponto 4 da lista de verificao apresentada

anteriormente) este dever ser efectuado na corrente aula.

Numa primeira abordagem, os alunos devero consultar preferencialmente o Ensembl Sinteny

Viewer: http://www.ensembl.org/index.html de modo a obterem as sintenias entre as espcies

index.

A seguir apresenta-se um exemplo para a determinao de sintenias cromossmicas entre

RNO (Rattus norvegicus, rat) e MMU (Mus musculus, mouse).

FIGURA 1
Sintenias entre o cromosoma 2 de RNO e 3, 13, 15 e Y de MMU. Adaptado do Genome
Browser, Emsembl Sinteny Viewer: http://www.ensembl.org/index.html. Release 75

FIGURA 2
Sintenias entre o cromosoma 13 de MMU e cromossomas 1, 2, 4, 7, 10 e 17 de RNO.
Adaptado do Genome Browser, Emsembl Sinteny Viewer: http://www.ensembl.org/index.html.
Release 75