Aula de Bioquímica II

Tema:

O Código Genético

Prof. Dr. Júlio César Borges

Depto. de Química e Física Molecular – DQFM
Instituto de Química de São Carlos – IQSC
Universidade de São Paulo – USP
E-mail: borgesjc@iqsc.usp.br
O Código Genético
Decifrado na década de 1960

Alfabeto de 4 Letras no DNA Alfabeto de 20 Letras

nas Proteínas

O código é Redundante ou Degenerado

41 = 4 combinações possíveis
42 = 16 combinações possíveis
43 = 64 combinações possíveis

3 bases no DNA
3 bases no mRNA
1 CÓDON
1 aminoácido na proteína

- 61 códons 20 Aminoácidos
- 3 códons terminação da cadeia polipeptídica
É variável em espécies diferentes
 O Código Genético
Relação de orientação das cadeias de DNA de mRNA de Proteína
 O Código Genético
Fases de leitura do mRNA
- A fase de leitura correta é informada na sequência do mRNA
 O Código Genético
- A fase de leitura correta é informada na sequência do mRNA

Fases de leitura
-O código não é sobreposto e não
tem “pontuação”

ALI VEM MEU PAI COM MEU TIO

ALI EMM EUP AIC OMM EUT IO
ALI EMM EUX PAI COM MEU TIO
O Código Genético

O arranjo na tabela não

é aleatório

- XYC e XYU

- XYA e XYG

= geralmente códons para

os mesmos aminoácidos:
Sinônimos

Existe 1 códon de
iniciação

Existem 3 códons de
terminação – stop codons
 O Código Genético
A redundância do Código
Diferentes códons para mesma informação mesmos aminoácidos

A redundância do Código
genético evita que mutações
pontuais alterem
drasticamente a sequência de
aminoácidos e que existem 44
“stop códons” que levariam a
interrupção da síntese

A frequência de códons
reflete a presença do AA
codificado nas proteínas
 O Código Genético
Pareamento complementar Códon-Anticódon
O Aminoácido não reconhece o códon por si só!!! Ele necessita de uma molécula
adaptadora (tRNA) para reconhecer o códon por Pareamento complementar.

Anticódon
(tRNA)

Códon Anticódon
(mRNA) Representa a sequência
localizada no tRNA que
faz o pareamento
complementar com o
Códon
 O Código Genético
A redundância do Código
A primeira base do anti-códon - 3º base do códon - permite pareamentos variáveis.
O código genético é degenerado porque a 1o base do anti-códon permite
complementaridade menos restritiva
Apresentam especificidade para 1º e 2º base e toleram oscilações na 3º base no códon
 O Código Genético
A redundância do Código
 O Código Genético
O Código genético é, praticamente, UNIVERSAL
A Linguagem do código genético é, praticamente, a mesma em todos os
organismos.

- Portanto, é possível expressar proteínas de forma heteróloga

- Existem pequenas variações no código genético de protozoários e das mitocôndrias

Códon Código Padrão Código Mitocondrial

UGA Stop Trp
UGG Trp Trp
AUA Ile Met
AUG Met Met
AGA Arg Stop
AGG Arg Stop
>gi|34783338|gb|BC024242.2| Homo sapiens GrpE-like 1, mitochondrial (E.
coli), mRNA (cDNA clone MGC:33210 IMAGE:4823476), complete cds
GCTGGGTGCGTGCGCGGCGACTGCGACGGGCAGTGGCAGTCATGGCGGCTCAGTGCGTGAGGTTGGCGCG
GCGCAGTCTTCCTGCTTTGGCGTTGTCTCTCAGGCCATCTCCCCGGTTGTTGTGCACAGCCACGAAACAA
AAGAACAGTGGCCAGAACCTGGAAGAGGACATGGGTCAGAGTGAACAGAAGGCAGATCCTCCTGCTACAG
AGAAGACCCTCCTGGAAGAGAAGGTCAAGTTGGAGGAACAGCTGAAGGAGACTGTGGAAAAATATAAACG
AGCTTTGGCAGACACTGAGAACTTACGGCAGAGGAGCCAGAAATTGGTGGAGGAGGCAAAATTATACGGC
ATTCAAGCCTTCTGCAAGGACTTGTTGGAGGTGGCAGACGTTCTGGAGAAGGCAACACAGTGTGTTCCAA
AAGAAGAAATTAAAGACGATAACCCTCACCTGAAGAACCTCTATGAGGGGCTGGTCATGACTGAAGTCCA
GATCCAGAAGGTGTTCACAAAGCATGGCTTGCTCAAGTTGAACCCTGTCGGAGCCAAGTTCGACCCTTAT
GAACATGAGGCCTTGTTCCACACACCGGTTGAGGGGAAGGAGCCAGGCACAGTGGCCCTAGTTAGCAAAG
TGGGGTACAAGCTGCATGGGCGCACTCTGAGACCCGCCCTGGTGGGGGTGGTGAAGGAAGCTTAGCTGCT
GTTGATGGGGTGGGTGTTTTTAAACTCACTTGATGTAACTCTCAAGGCTGGTTCATTGTTTCTCATCTAT
GAGTACGTGTGACCTTTTCCCAAACCTTATTGGAAACCTTAAGTAACCAGTGGCTAAACAGAAAAGCCGG
TTGCCCAACTGCATTAATGAACTCTAATTCGGGAGTCTGTTCCCTTTTAGTGCCACGCGTTGAATAGTTC
CACATACTTTCAGAAGAGCTCAGCAGGGCCCTGCCTGGTCTCCCGAGCATCATGAGTAACGTGTCTGCTC
AGACTCTGCTGACACCAAAGTATTTTAAACAAATAAAAGGTCTTGGGGAATTCTGTTTGGCTACCTGGGC
ACGCCAGTCTGCACCATGTGTCCCTGCGGCGCATGAGTGACTGGCGTATTTAGCCCGTCACATTTCATTC
GCTGAAGGAAAGGCAAGAGAGTTGAAACATTTTTCTTACTTAAAAAAAATGATCTTTGTGAAGAACATAG
TGAGTTCGTTTGTCTTCAGTCAACAGCGGCTGAAACTGACCACTGAGAAATGGGTGTGGGCACTGACAGT
TCTCCCCCATTATTTGGCCAGGAATTGAGCTTGGCTTGGCAAAGTTCCTTTTACCCTGTTCTGTTCATCT
AAATGCAGACATATTTAAATCATATTCAACTAGTTACTAATGACCTCAAGTTGTATTCCCTGGCAAAATG
GACTTTCTCAAAATAGGACTGCACGCTTGGTGTACTTTAAATGTTAATGTTTAATTTAAAATTTTTATTT
AAGAGGATTAAAGCCCTAATGTTTATTTTCCTACAAAAAAAAAAAAAAA
>gi|34783338|gb|BC024242.2| Homo sapiens GrpE-like 1, mitochondrial (E.
coli), mRNA (cDNA clone MGC:33210 IMAGE:4823476), complete cds
 tRNAs
Os tRNAs funcionam como adaptadores
moléculas de RNA que transportam um AA correspondente a um códon
- Interpretam a informação e transportam o AA correspondente ativado
- 73 a 93 pb 25 kDa
- Tamanho e forma similar para encaixar no Ribossoma
tRNAs

Contêm ribonucleotídeos
não-usuais

- Bases não usuais modificar

o padrão de Ligações de H

- Metilação Reduz potencial

polar da superfície e evita
algumas ligações de H

- Aumenta possibilidades de
seleção específica
 tRNA
Os tRNAs são moléculas adaptadores
- Todos os tRNA possuem enovelamento de L Adaptável ao Ribossoma
- Alça DHU - alça TΨC formam a curva do L
- possuem um loop em fita simples Alça anti-códon complementar à sequência do
códon
- possui uma extremidade CCA 3’OH livre sítio de ligação do AA correspondente
 tRNA
Os tRNAs funcionam como adaptadores
Exemplos de estruturas tridimensionais de tRNAs
Apesar da forma similar Possuem informações na superfície que especificam qual o AA
deve ser ligado pelas Aminoacil-tRNA sintetases

Mimetismo molecular
tRNA-TFu EF-G
 tRNA
Forças que estabilizam o tRNA
-Ligações de Hidrogênio tipo Watson-Crick - Dupla-hélice em A-DNA
- Empilhamento de bases - Ligações de H não Watson-Crick
 O Código Genético
- A redundância do código genético ocorre justamente na adaptação do tRNA
1) mais de um tRNA especifica e transporta um mesmo AA
2) um mesmo tRNA identifica diferentes códons no mRNA

Frequência de erro de síntese de proteínas

p = (1-ε)n

Frequência de erro menor do que 10-4 é adequada

 tRNAs
Aminoacil-tRNA sintetases
Participam diretamente do processo de decodificação
- Responsáveis pelo reconhecimento do par: AA e o tRNA correspondente
Catalisam o acoplamento covalente do COOH do AA no 3’OH do tRNA
- Ligação altamente energética
- Necessita de acoplamento energético aminoácido adenilado

Muitas são específicas Acoplam 1 AA em seus respectivos tRNAs

Em bactérias, porém algumas acoplam mais de um AA em diferentes tRNAs
- Modificação posterior do AA

O AA-tRNA formado carrega Energia Livre para a síntese protéica

Ativação do AA pela ligação com AMP liberação de pirofosfato
- Reação catalisada pelas AA-tRNA sintetases
 Aminoacil-tRNA sintetases
Enzimas responsáveis pelo acoplamento do AA ao tRNA correspondente
Correspondem às únicas moléculas Biológicas que conhecem o Código Genético

O Reconhecimento preciso do AA e
tRNA correspondente para o
acoplamento correto.

Corresponde a uma etapa essencial

para o Dogma Central da Biologia

Depende do reconhecimento correto

tanto do AA como do tRNA
correspondente executado pela
Aminoacil tRNA-sintetase
 tRNAs
Reconhecimento do tRNA pelas Aminoacil-tRNA sintetases
Dois mecanismo principais
1) Reconhecimento direto do anti-códon
2) Reconhecimento do braço aceptor do AA
Treonil-tRNA Sintetase Glutaminil-tRNA Sintetase
 tRNAs
Reconhecimento do tRNA pelas Aminoacil-tRNA sintetases
- Envolve muitos outros contatos entre a enzima e o tRNA
- Participação de ribonucleotídeos modificados
 tRNAs
Aminoacil-tRNA sintetases
Duas Classes de enzimas

Implicações
evolutivas
 tRNAs
Aminoacil-tRNA sintetases
As enzimas das diferentes classes interagem com o tRNA por lados opostos
Permite diferentes formas de identificação do tRNA correto
1) Ligam ATP de maneira diferente 2) Acilação das hidroxilas 3’ e 2’
3) Monômeros e dímeros

Hidroxilas 2’ Hidroxilas 3’
Monômeros Dímeros
 tRNAs
Reconhecimento do AA pelas Aminoacil-tRNA sintetases

Classe 1 (Monômero) Classe 2 (Dímero)

 Aminoacil-tRNA sintetases
A reação ocorre em duas etapas
1o Ativação

Hidrólise do PPi dirige a

termodinâmica da Reação
- Duas ligações “ricas” em energia
são consumidas

O Produto da 1º Etapa da reação

está ativado
termodinamicamente para a 2º
etapa da reação
Aminoacil-tRNA sintetases
A reação ocorre em duas etapas
2o Transacetilação
 Aminoacil-tRNA sintetases
2o Transacetilação (Continuação)
 tRNAs
Reconhecimento do AA pelas Aminoacil-tRNA sintetases
As enzimas exploram as propriedades dos aminoácidos
Treonil-tRNA sintetase
 tRNAs
Reconhecimento do AA pelas Aminoacil-tRNA sintetases

A Edição assegura a exatidão da reação 1 erro a cada 104-105 reações

1) O AA correto apresenta maior afinidade pelo sítio ativo
2) As Aminoacil-tRNA sintetases possuem mecanismos de autocorreção evitam
acoplamento incorreto de AA à tRNAs
- após ligação do AA a um tRNA, a enzima checa a identidade do AA em outro sítio ativo
sítio de Edição
- Alça 3’OH do tRNA é Flexível permite trocar de sítio
- Se ocorre o encaixe AA errado hidrólise do AA-tRNA formado

Em geral: Seleção por tamanho

- AA maiores do que o sítio de acilação são rejeitados por este
- AA menores do que o sítio de acilação interagem com o sítio de Edição
 tRNAs
Sítio de Edição das Aminoacil tRNA-Sintetases
A averiguação da acilação ocorre sem a dissociação da Aminoacil tRNA-sintetase do tRNA