Exercícios sobre navegadores de

genomas
Prof. Georgios Pappas Jr <gpappas@unb.br>
1. ENSEMBL

1. Procurar o gene talin2 (TLN2) em humanos

◦ Qual a sua coordenada genômica (chromosome:start-end)?

◦ No genoma, qual o nome dos genes imediatamente anterior e

posterior ao TLN2 ( screenshot)

◦ Quantos transcritos existem para este gene?

▪ Quantos destes são efetivamente traduzidos?

◦ Qual o tamanho do maior mRNA?

◦ Qual a função deste gene? ( Dica: Verificar UniProt)

◦ Se quiséssemos saber se o gene TLN2 é presente em outros

organismos disponíveis no ENSEMBL (genes homólogos), o
ENSEMBL possui uma seção de Comparative Genomics.

 Quantos genes homólogos foram reportados até o momento?

( Dica: Gene Tree)

▪ Mostre uma árvore da comparação genômica deste gene

entre as espécies disponíveis no ENSEMBL

2. Procure o gene Primase (PRIM1) em humanos

◦ Qual o cromossomo e fita onde este gene está localizado?

◦ Mostre em uma tabela quantas variantes de mRNAs (splicing)

existem

▪ Mostre uma figura com a estrutura gênica das variantes

de splicing

◦ Como este gene é uma enzima note que surge um link Gene-
based display › Pathways. Mostre um  screenshot da via
DNA strand elongation

2. UCSC genome browser

Vá para o site do UCSC genome browser e responda as seguintes perguntas

1. ENSEMBL | p. 1
 1. Na região 3p25.3 do genoma humano existem quantos genes?
Liste o código de 5 destes

2. Busque o gene OGG1 de humanos

 ◦ Qual o produto deste gene?

◦ Qual o cromossomo onde se encontro e o tamanho do gene

◦ Quantos transcritos alternativos existem

3. Phytozome
Vá para o site do Phytozome, o qual utiliza o genome browser JBrowse, e responda
as seguintes perguntas

1. Busque o gene Primase (AT5G41880) de Arabidopsis thaliana

◦ Qual o cromossomo e fita onde este gene está localizado?

◦ Mostre um  screenshot para a página do gene ( Dica: G

 gene view)

◦ Mostre um  screenshot para a página do genome browser

( Dica: B view in JBrowse)

▪ Quais os códigos do gene anterior e posterior à primase?

3. Phytozome | p. 2