Bioinformática

Saltar para a navegaçãoSaltar para a pesquisa

Mapa do cromossomo X humano (a partir do site NCBI). O mapeamento do genoma humano é uma
das maiores conquistas da bioinformática.

Bioinformática é um campo interdisciplinar que corresponde à aplicação das

técnicas da informática, no sentido de análise da informação, nas áreas de
estudo da biologia. Como um campo interdisciplinar da ciência, a bioinformática
combina a biologia, ciência da
computação, estatística, matemática e engenharia para analisar, interpretar e
processar dados biológicos.
A bioinformática vem sendo utilizada para análises in silico de questões
biológicas utilizando técnicas de matemática e estatística.
Alguns especialistas[1][2] brasileiros da área acreditam que a bioinformática,
como se entende tradicionalmente no meio acadêmico e não pela análise da
palavra, é circunscrita à biologia molecular, às vezes ainda mais
especificamente restrita à Genômica.[3] Outros acadêmicos, por outro lado,
advogam a noção mais abrangente[4] do termo para algo na direção da
definição envolvendo informação biológica de modo geral.
Buscando tratar os dados, é necessário desenvolver programas para, por
exemplo: identificar genes, prever a configuração tridimensional de proteínas,
identificar inibidores de enzimas, organizar e relacionar informação biológica,
simular células, agrupar proteínas homólogas, montar árvores filogenéticas,
comparar múltiplas comunidades microbianas por construção de bibliotecas
metagenômicas e analisar experimentos de expressão gênica, entre outras
inúmeras aplicações. De uma maneira menos formal, a bioinformática também
tenta entender os princípios organizacionais de sequências de ácidos
nucleicos e proteínas.
Uma das maiores conquistas da bioinformática foi o mapeamento completo
do genoma humano.
A bioinformática tornou-se uma parte muito importante de muitas áreas
da biologia molecular. Em biologia molecular experimental, técnicas de
 bioinformática, tais como imagem e processamento de sinais, permitiram a
extração de resultados úteis a partir de grandes quantidades de dados brutos.
No campo da genética e genômica, ela auxilia no sequenciamento e anotações
de genomas e suas mutações observadas. Ela também desempenha um papel
importante na análise da expressão e regulação de genes e proteínas.
As ferramentas de bioinformática auxiliam na comparação de dados genéticos
e genômicos e, mais geralmente, na compreensão dos aspectos evolutivos da
biologia ao nível molecular. A um nível mais integrativo, ela ajuda a analisar e
catalogar as vias biológicas e redes, que são uma parte importante da biologia
sistêmica. Em biologia estrutural, a bioinformática auxilia na simulação e
modelagem de DNA, RNA e proteínas, bem como interações biomoleculares.

Índice

• 1História
• 2Objetivos
o 2.1Relação com outros campos
• 3Análise de sequências
o 3.1Sequenciamento de DNA
o 3.2Montagem de sequências
o 3.3Anotação genômica
o 3.4Biologia evolutiva computacional
o 3.5Genômica comparativa
o 3.6Genética das doenças
o 3.7Análise de mutações no câncer
• 4Expressão de genes e proteínas
o 4.1Análise de expressão gênica
o 4.2Análise de expressão proteica
o 4.3Análise da regulação
• 5Análise da organização celular
o 5.1Microscopia e análise de imagens
o 5.2Localização de proteínas
• 6Bioinformática Estrutural
• 7Bioinformática no Brasil
• 8Referências
• 9Ver também
• 10Ligações externas

História[editar | editar código-fonte]

O termo bioinformática foi originalmente usado pelos biológos Paulien
Hogeweg e Ben Hesper no começo dos anos 1970 para definir o estudo de
processos informacionais nos sistemas bióticos,[5][6] sendo ela uma ciência
interdisciplinar, envolvendo matemática, tecnologia computacional e biologia
molecular.[7]
Três fatores importantes facilitaram a emergência da bioinformática:

• primeiramente, uma crescente coleção de sequências de aminoácidos,

fornecendo tanto dados quanto uma coleção de problemas fascinantes que
 não poderiam ser resolvidos sem a capacidade de processamento dos
computadores;
• a ideia que se tornava central na biologia molecular de que as
macromoléculas carregavam informações, fornecendo uma importante
ligação conceitual entre a biologia molecular e a ciência da computação,
muito embora a relevância desta teoria tenha sido questionada;
• o início da acessibilidade para biólogos a computadores após a segunda
guerra mundial.[7]
Podemos desenhar a árvore da história da bioinformática começando em 1951
com Fred Sanger sequenciando o aminoácido da insulina,[8] dois anos depois,
em 1953, James D. Watson e Francis Crick descrevem a estrutura em dupla
hélice do DNA,[9] Francis Crick novamente contribui com o Dogma Central da
Biologia Molecular, onde ele ilustra os mecanismos de transmissão e
expressão da hereditariedade e propõe que o DNA é transcrito em RNA
mensageiro e que este é traduzido em proteína, elemento que por fim efetua a
ação celular. Francis já compartilhava estas informações em 1956, porém
somente em 1970 este conhecimento é compilado e distribuído
oficialmente.[10] Em 1961, Marshall W. Nirenberg e Heinrich J. Matthaei realizam
o experimento de Nirenberg e Matthaei, onde se decifrou o código genético
usando homopolímeros de ácidos nucleicos para traduzir aminoácidos
específicos.[11] Paul Berg juntamente com Robert H. Symons e David A.
Jackson realizaram a primeira recombinação de uma molécula de DNA em
1972.[12] Em 1973, um ano após o feito de Paul Berg, Stanley N. Cohen, Annie
C. Y. Chang, Herbert W. Boyer, e Robert B. Helling realizam a primeira
recombinação em um organismo, uma Escherichia coli que teve seu DNA
recombinado in vitro.[13]
Em 1977, F. Sanger, S. Nicklen e A. R. Coulson mapearam o vírus ϕX174, que
se torna então o primeiro genoma completamente mapeado.[14] Emerge então
um consenso de que era necessário um banco internacional de ácidos
nucleicos, e em 1979, em um encontro realizado pela National Science
Foundation na Universidade Rockefeller, é emitida uma chamada para a
criação dessa base de dados. Nos dois anos seguintes, foram realizadas uma
série de oficinas para definir o projeto que culminou em 1982 com o início
oficial do GenBank.[15]
No ano de 1990, o National Institutes of Health (NIH) e o Department of
Energy (DOE) se juntam a parceiros de todo o globo para iniciar o Projeto
Genoma Humano, (HGP, do inglês Human Genome Project).[16] Em 1995,
ocorre o mapeamento da primeira bactéria, a Haemophilus influenzae Rd, com
todos os seus 1.830.137 bases de pares de nucleotídeos sendo demonstrados
no trabalho conjunto de diversos pesquisadores.[17] Com a ajuda internacional e
o rápido avanço tecnológico, o HGP anuncia em 2003, dois anos antes do
previsto, o mapeamento completo do genoma humano.[16]

Objetivos[editar | editar código-fonte]

Um dos atuais objetivos da bioinformática é ajudar biólogos a recolher e
processar dados de genomas para estudar funções de proteínas. Outro papel
importante é o de ajudar pesquisadores e companhias farmacêuticas a
realizarem estudos detalhados nas estruturas das proteínas a fim de facilitar o
desenvolvimento de novas drogas.[18] Tarefas típicas realizadas em
bioinformática incluem: deduzir a forma e a função de uma proteína a partir de
uma dada sequência de aminoácidos; encontrar todos os genes e proteínas em
um determinado genoma; e determinar áreas na estrutura da proteína onde as
moléculas da droga podem ser anexadas.[18] Subdisciplinas importantes na
bioinformática e biologia computacional incluem:

• Desenvolvimento e implementação de programas computacionais que

permitem o acesso eficiente para uso e gestão de vários tipos de
informação.
• Desenvolvimento de novos algoritmos e medidas estatísticas que avaliam
as relações entre os membros de grandes conjuntos de dados. Por
exemplo, existem métodos para localizar um gene dentro de uma
sequência para prever a estrutura e / ou função da proteína, e a agrupar
sequências de proteínas em famílias de sequências relacionadas.
O objetivo primário da bioinformática é incrementar e interpretar processos
biológicos. O que a diferencia das outras abordagens de interpretação de
dados biológicos é seu foco no desenvolvimento e aplicação de técnicas
computacionais intensivas para atingir esse
objetivo.Exemplos: reconhecimento de padrões, mineração de dados e
algoritmos de aprendizado de máquina.
A maioria das pesquisas feitas no campo incluem alinhamento de
sequências, descoberta de genes, montagem de genomas, desenho de drogas,
descoberta de drogas, alinhamento de estruturas de proteínas, predição de
estrutura protéica, predição de expressão gênica e interações proteína-
proteína.
Atividades comuns em bioinformática incluem mapeamento e análise de DNA e
sequências de proteínas, alinhando DNA e sequências de proteínas para
compará-los, e criação e visualização de modelos 3-D de estruturas de
proteínas.