Biologia sistêmica

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Biologia sistémica (pt) ou Biologia Sistêmica (pt-BR), ou mesmo biologia de
sistemas[1], é a averiguação do intercâmbio entre os "componentes" (elementos,
entidades) de um Sistema Biológico, e como essas influências mútuas
conduzem à manifestação de funções (capacidades) e comportamentos do
sistema em tese, tituladas de Propriedades Emergentes, do inglês emergent
properties.
Como exemplo de estudos em biologia sistêmica tem-se o ritmo cardíaco, ver
por exemplo (,[2] [3]). Como explica [2]. O ritmo cardíaco nasce da influência mútua
entre proteínas; em geral, interação entre proteínas e como isso cria
propriedade nos sistemas biológicos é estudado pela Proteômica. Quando a
ideia de que o ritmo cardíaco era controlado por interação entre proteínas foi
apresentada pela primeira vez, muita aversão foi criada; oscilação nasce sem a
demanda física de um eixo rotatório, exclusivamente interação. Esse tipo de
propriedade tem sido estudado pela biologia sistêmica valendo-se de sistemas
dinâmicos.
Como forma de instruir-se de muitas das particularidades da biologia sistêmica,
ver vídeo [4] publicado na língua inglesa, mas com textos em português. Nesse
vídeo se espera de entender de forma bem clara as mudanças de paradigma,
cada vez mais biólogos precisarão trabalhar em sinergia com físicos,
matemáticos, engenheiros e vise-versa [nota 1] na busca de criar teorias mais
completas no que tange explicações científicas.
A biologia sistêmica faz pleno uso de matemática e computação. Como
destaca Pires[6]: "O emprego de modelos matemáticos começou basicamente
no começo do século passado, mas ganhou impulso com a criação e
disseminação dos computadores. A biologia sistêmica é um dos filhos dessa
mudança."

Índice

• 1O que é Biologia Sistêmica?

• 2Objetivos da Biologia Sistêmica
• 3Biologia Sistêmica Computacional
• 4Medicina P4
• 5Eventos na área
• 6Ligações externas
• 7Notas
• 8Referências

O que é Biologia Sistêmica?[editar | editar código-fonte]

De acordo com [7]: "A Biologia Sistêmica é o ramo da ciência que busca
entender os organismos biológicos em todos os seus níveis, desde a
caracterização de suas partes constituintes (genes, RNAs, proteínas,
metabólitos), a elucidação das interconexões entre os distintos membros
dessas redes de interações, até a compreensão do organismo como um todo."
(*) Esta definição enquadra alguns estudos da bioinformática dentro do ramo
da biologia sistêmica, ou mesmo da biologia molecular. Talvez uma tentativa de
aplicar esta definição pode ser encontrado em,[8] no qual se procura modelar
a dinâmica do corpo vitral usando informações que potencialmente pertencem
ao genótipo, ou seja, uma abordagem bottom-up em vez de top-down.
Abordagens para modelar podem ser divididas em bottom-up e top-down. No
caso da abordagem bottom-up, usamos a abordagem reducionista e
estudamos os componentes básicos e integramos estes para encontrarmos
padrões e funções. Na abordagem top-down, começamos de um sistema
intacto e o decompomos em partes e interações. Problemas ocorrem quanto
estas abordagens falham, não conhecemos os componentes e interações de
forma integral.[9] De acordo com,[2] neste caso devemos aplicar o que se chama
de middle-way-out, "caminho do meio".
Na verdade como muitos destacam, um definição direta e simples não é
possível, principalmente devido ao fato de que o campo tem mudado com a
evolução de paradigmas, o que é claro são as raizes desta que são, usando
como referência [10]: biologia matemática (mathematical biology), biologia
molecular (Molecular Biology), matemática, física, ciência da computação,
engenharia, e outras; ver esquema ao lado.

Raízes da biologia sistêmica (um esquema mais complicado pode ser elaborado devido à natureza
interdisciplinar da mesma)

Como destaca,[11] biologia sistêmica busca alcançar certa similaridade ao

pensamento da física, pensamento dedutivo, a biologia tradicional foi marcada
por experimentos sem generalização; como exemplo alternativo, mas bastante
próximo ver estudos em farmacocinética (pharmacokinetics) e farmacodinâmica
(pharmacodinamics). Exemplos de componentes que "interagem
dinamicamente", interação necessariamente envolve dinâmica,
incluem: genes, enzimas e metabólitos numa via metabólica, ou mesmo
receptores na superfície celular. Pode ser útil a ilustração de conceber a
biologia sistêmica como a aplicação da teoria de sistemas à biologia, algo que
se deve manter atenção uma vez que biologia sistêmica possuem
"movimentos" próprios. O conceito que certamente serviu como carro-chefe da
biologia sistêmica foi o conceito de circuito genético.[12]
Ainda, esta seria uma analogia natural com outros termos já incorporados na
nossa língua como: princípios e conceitos sistêmicos, pensamento
sistêmico, redes sistêmicas, linguística sistêmica, etc. Entretanto, em outras
línguas escolheu-se uma tradução "ao pé da letra" do inglês, como para o
francês em Biologie des systèmes, espanhol Biología de sistemas ou o italiano
em Biologia dei sistemi [nota 2]. Cabe ainda a comunidade científica falante do
Português dar a palavra final neste assunto uma vez que, como área nova em
Portugal e no Brasil, ainda não existe uma cultura estabelecida.
A abordagem da biologia sistêmica é caracterizada pelo uso, em alternância
cíclica, de: teoria, modelagem computacional/matemática e experimentos para
descrever quantitativamente células e processos celulares.

Objetivos da Biologia Sistêmica[editar | editar código-fonte]

Uma vez que o objetivo é modelar todas as interações de um sistema, as
técnicas experimentais que melhor se ajustam ao seu paradigma são as
"técnicas modernas de larga-escala" (tradução tentativa para high-throughput),
também conhecidas como as técnicas da família "ôma" (numa tradução
tentativa para omics do inglês) (como genomics, em
português genômica, transcriptomics ou transcritômica, proteomics ou proteômi
ca, metabolomics ou metabolômica, e assim por diante). Ver esquema abaixo.