Seminário: Modelagem de Sistemas Fisiológicos –

métodos e aplicações
Elenice / Jony / Juliana / Leide Sayuri Ogasawara
/ Luis / Marizete

Mestrado Profissional em Informática em Saúde - CCS/UFSC

DISCIPLINA: Realidade Virtual, Simulação e Robótica

PROFESSOR: Dr. Jefferson Luiz Brum Marques
 Eixos (conforme orientação do professor)
I. Introdução (Parcialmente com Jony / em aberto para mais complemento)
1. Como pode ser usada a modelagem matemática no contexto da saúde?
(Leide )
2. Os aspectos gerais e alguns exemplos de aplicação da modelagem (Jony)
3. Ilustrar como usar a modelagem de sistemas fisiológicos adequadamente (em
aberto)
4. Discorrer sobre o modelo compartimental (em aberto)
5. Estudos de Caso (em aberto)
II. Conclusão (em aberto).

Jony
 Introdução

Modelagem de Sistemas Fisiológicos –

aspectos da evolução decorrente das
necessidades humanas emergentes (no
Mundo Moderno).

Jony
 Introdução
Modelagem computacional tem crescente importância nas áreas de
Química e Bioquímica como atestado pelo prêmio Nobel em Química no
ano 2016 para o desenvolvimento de métodos híbridos de simulação
molecular. Os cientistas Jean-Pierre Sauvage, Sir J. Fraser Stoddart e
Bernard L. Feringa desenvolveram moléculas com movimentos
controlados que podem realizar tarefas com a adição de energia, uma
grande evolução no campo da nanotecnologia.

Jony
Aspectos e exemplos de aplicação de modelagem

O estudo se pauta em simulações de dinâmica molecular que buscam gerar informações

confiáveis para o design racional de ferramentas terapêuticas. Além disso, instalações de
supercomputadores permitem a triagem de um grande número de condições (i.e., mutações,
concentrações, temperatura, pH, etc.) ajudando na aceleração, racionalização ou até mesmo
evitando o consumo excessivo de tempo de trabalho experimental. Neste projeto nos propõe-
se um colaboração internacional com foco em dois alvos de design de drogas: i) A proteína
NS3 protease/helicase; e ii) a proteína de envelope.

Jony
Aspectos e exemplos de aplicação de modelagem

Neste estudo considerou-se a construção de modelos atomísticos baseado na teoria do

funcional densidade (DFT) para dois sistemas principais: 1. Modelos de pele para aplicações
em cosmetologia e 2. Modelos para tecido epitelial tumoral, considerando que o diagnóstico
precoce é fundamental para alcançar um tratamento com resultados favoráveis de cânceres.
Neste estudo simulam-se um modelo teórico para o tecido tumoral partindo do modelo
computacional para tecidos desenvolvido pelos pesquisadores com diferentes graus de
hidratação e a presença de água confinada em sua estrutura, e comparando-se com dados
experimentais de carcinogênese em tecido.

Jony
Aspectos e exemplos de aplicação de modelagem

A IAPP é uma proteína cosecretada juntamente com a Insulina pelas células beta-
pancreáticas, sendo as fases iniciais de sua agregação comprovadamente citotóxicas, o que
implica um papel crucial no desenvolvimento da Diabetes Mellitus do tipo 2 (DM-2) em
humanos. Neste sentido, o estudo empregou técnicas para calcular a propensão agregacional
relativa de proteínas - baseada no cálculo da variação de energias livres termodinâmicas –
visando não só melhor entender os mecanismos agregacionais específicos presentes nas mais
diversas isoformas naturais de IAPP, mas também utilizar este índice para selecionar
potenciais variantes moleculares biotecnologicamente otimizadas para tratamentos
adjuvantes da DM-2

Jony
Aspectos e exemplos de aplicação de modelagem

Nos últimos doze anos o Grupo de Modelagem Molecular de Sistemas Biológicos do

Laboratório Nacional de Computação Científica (LNCC) tem desenvolvido o programa
DockThor para predição de complexos moleculares receptor-ligante. Mais recentemente foi
lançado em nível nacional, na 65a Reunião Anual da Sociedade Brasileira para o Progresso
da Ciência (SBPC), o Portal web DockThor (www.dockthor.lncc.br), disponibilizando
gratuitamente para a comunidade acadêmica o primeiro programa de atracamento molecular
receptor-ligante. Técnicas computacionais, conhecidas como atracamento molecular (do
inglês, molecular docking), são capazes de prever o modo de ligação e os detalhes do tipo de
reconhecimento molecular proteína-ligante, delineando-se em áreas estratégicas de pesquisa
associadas à saúde e à biotecnologia

Jony
Aspectos e exemplos de aplicação de modelagem

Este estudo propõe a aplicação de métodos computacionais para investigar o processo de

adsorção de PAMs em modelos de membrana, as alterações que a bicamada sofre com essa
adsorção e as características físico-químicas que governam tal processos, contribuindo para
o desenvolvimento de peptídeos mais potentes e seletivos. Os peptídeos antimicrobianos
(PAMs) são moléculas produzidas por organismos vivos com a finalidade de combater
agentes infecciosos. Alguns desses peptídeos são de grande interesse farmacêutico como
antibióticos já que seu mecanismo de ação antibactericida, baseado no ataque à membrana
celular, apresenta baixo potencial de desenvolvimento de cepas resistentes.

Jony
Modelagem matemática no
contexto da saúde
•Modelo matematico ou simplesmente modelo, pode ser
apresentado como uma representação de um sistema real, o
que significa que um modelo deve ˜ representar um sistema
e a forma como ocorrem as modificações no mesmo.

•A modelagem nada mais do que é um teste de hipóteses

quantitativo que tem sido usado com sucesso há muitas ´
centenas de anos na Matematica e nas ciências.
Aspectos essenciais na
construção do modelo
•1. Devemos possuir uma base matemática muito boa para
formular as hipóteses que permitirão um melhor
entendimento quantitativo dos objetos reais e a resposta no
mundo real;
• 2. As vezes, a construção do modelo pode ajudar a
identificar informações em que o conhecimento e os dados
sejam insuficientes;
•3. A modelagem pode estimular idéias e abordagens
experimentais;
Aspectos essenciais na
construção do modelo
•4. A modelagem poderá reduzir a importância dos
experimentos no próprio local, habilitando o modelo
xperimental a dar respostas a questõess particulares entre ˜
algumas hipóteses alternativas; ´
• 5. Comparados com os métodos tradicionais, às vezes,
modelos fazem um melhor ` uso dos dados, que se tornam
cada vez mais precisos, por seem mais difíceis de obter;
•6. Informaçõesdo mundo real, podem ser passadas para o
modelo matemático, dando uma abordagem unificada e
muitas vezes estimulando a colaboração do trabalho em
equipe;
Aspectos essenciais na
construção do modelo
•7. Com muita frequência, o modelo proporciona um resumo
conveniente dos dados;
• 8. Em modelos, podemos usar métodos de interpolação,
aproximação, extrapolação ou de previsão dos dados;
• 9. Um bom modelo pode ser usado para sugerir prioridades
para a pesquisa e desenvolvimento aplicados. Se a
sugestão for usada com cautela, poderá ajudar o ´
responsável pela pesquisa a tomar decisões importantes.
Modelos mecanísticos e
modelos empíricos
•Modelos mecanísticos
•Se desejarmos entender a resposta de um sistema científico
em termos de um mecanismo, um modelo mecanístico
devera ser usado. Este tipo de modelo pode ser construído
pela visão da estrutura do sistema, dividindo-se o sistema
em vários componentes e tentando entender o
comportamento do todo o sistema através de cada parte e
através das interações que ocorrem com as partes.
Modelos mecanísticos

•Devem ser feitas hipóteses que são também conhecidas

como variáveis, sendo essas a base deste tipo de modelo.
•O modelo deve ser descrito matematicamente e as
hipóteses dever aparecer nas equações
Modelos empíricos

•Este modelo consiste em ver os dados experimentais,

possivelmente fazendo alguma analise dos dados e tentando
fazer alguma suposição inteligente (quase sempre muito
simples) na forma de conjunto de equações ou mesmo
através de explicações intuitivas, que poderão ser usadas
como um modelo matemático e com os dados de uma forma
conveniente.
Modelos, dados previstos e
dados experimentais
Redes de Petri
•As redes de Petri possuem técnicas bem estabelecidas
para a modelagem de sistemas concorrentes,
atividades paralelas e assíncronas [Murata, 1989],
características encontradas em muitos processos
biológicos e ecológicos, que se concentram na área da
biomatemática. O formalismo das redes de Petri baseia-
se em uma representação visual, facilitando o
entendimento de processos. Elas possuem uma
rigorosa definição do modelo, além de propriedades
que permitem análises qualitativas e quantitativas
através de simulações do comportamento de tais
processos
Redes de Petri
Redes de Petri
Redes de Petri
Redes de Petri
Redes de Petri
Redes de Petri
Redes de Petri
Redes de Petri
Redes de Petri
Redes de Petri
Redes de Petri
Redes de Petri
Redes de Petri
Redes de Petri
Redes de Petri- Exemplo
didático
Redes de Petri- Exemplo
didático
Redes de Petri- Exemplo
didático
 Referências Bibliográficas
SILVA, Glauco de Souza. Sinestesia em interfaces de usuários: modelando o design da interação atrás
dos sentidos humanos. João Pessoa: 2015 – UFPB-CI.

http://g1.globo.com/ciencia-e-saude/noticia/nobel-de-quimica-foi-para-trio-pela-criacao-de-maquinas-molecul
ares.ghtml
[acessado em 07 de setmebro de 2017).

http://sdumont.lncc.br/projects_ongoing.php?pg=projects [acessado em 08 de setembro de 2017].

MARRANGHELLO, Norian. Redes de Petri: Conceitos e Aplicações. 2005. (Acessado dia 12 de Setembro
de 2017).

RODOVALHO, Laísa Bárbara Vaz. Modelagem e simulação de processos biomatemáticos usando redes de
petri predicado transição diferenciais: Estudo de caso sobre o vírus hiv e o ciclo de vida do aedes aegypti.
2012. (Acessado dia 12 de Setembro de 2017).
 Equipe de Trabalho:

Elenice / Jony / Juliana / Leide / Luis / Marizete

Muito Obrigado!!!