Aula de Bioquímica II

Tema:

Controle da Expressão Gênica

Prof. Dr. Júlio César Borges

Depto. de Química e Física Molecular – DQFM
Instituto de Química de São Carlos – IQSC
Universidade de São Paulo – USP
E-mail: borgesjc@iqsc.usp.br
 Controle da Expressão Gênica
Todas as células de um contêm as mesmas informações depositadas no genoma

O Gene é expresso quando ele é transcrito em mRNA  Principal ponto de controle

Circuitos regulatórios guiam o desenvolvimento de eucariotos multicelulares e envolvem
diversos tipos de mecanismos regulatórios

A expressão de uma proteína pode ser:

Constitutiva: Constantemente expressa
Induzida: Expressa quando necessária
 Controle da Expressão Gênica
Processos que afetam a concentração do produto gênico: pontos potenciais de controle

Gene: É um segmento de DNA que leva à produção

de um transcrito de RNA e inclui regiões que
antecedem e que seguem a região transcrita, bem
como sequências que não são traduzidas (íntrons)
que se intercalam aos segmentos codificadores
individuais (éxons), que são traduzidos.
 Inclui elementos reguladores, o promotor e
oterminador da transcrição

 A iniciação da transcrição (1) é o principal

mecanismo, pelo menos o mais bem
documentado  regulação sincronizada

 O processamento pós-transcricional (2) e a

estabilidade do mRNA (3) são muito
importantes, principalmente em eucariotos
 Controle da Expressão Gênica

Em procariotos
A identidade da sequência consenso do
promotor dita a “força” da transcrição pela
frequência do recrutamento da RNApol
 Existe modulação adicional por proteínas

Esquema geral simplificado do promotor de genes de eucariotos

Existem elementos regulatórios a milhares de bases a upstream do promotor

Região promotora do gene da PEP-

carboxiquinase
 Alta complexidade da regulação
deste gene.
 Ajuste fino proporcional a
importância do processo
 Controle da Expressão Gênica
As informações para o controle da expressão gênica estão no DNA

Regulação negativa

Dependente de Repressores

- Inibem a expressão gênica por

bloquear o acesso da RNApol ao
promotor

- Dependem da presença do
Efetor (sinal molecular)

Tipo característico em
procariotos

Elementos operador próximos

ao promotor
 Controle da Expressão Gênica
As informações para o controle da expressão gênica estão no DNA

Regulação positiva

Dependente de Ativadores

 Induz a expressão Gênica

- Dependem da presença do
Efetor (sinal molecular)

Tipo característico em
eucariotos
 A Expressão Gênica é regulada por proteínas
 Proteínas específicas reconhecem sequências específicas de DNA
 Possuem domínios de interação com DNA e de interação com outras proteínas
- Normalmente dímeros  reconhecer sequências palindrômicas  simétricas
 o papel dos Sulcos maior (mais específico) e menor (menos específico) no DNA

Alta especificidade
KA das proteínas
regulatórias pelas
sequências-alvo é 4-6
ordens de grandeza
maior do que para
outras sequências

- Sequências específicas de DNA  superfície específica

para formação de ligações de H
 Domínios típicos de Ligação ao DNA
-Formam estruturas autônomas separadas do restante da proteína

- Estruturas capazes de interagir estreita e

especificamente com o DNA-alvo
- Relativamente pequenos (60-90 resíduos)
- projetam-se na superfície das proteínas
- Conectadas ao restante da proteína por
regiões flexíveis

 O Domínio Hélice-volta-hélice está presente

em muitas proteínas ligadores de DNA

- Apresentam-se como “dímeros” de forma a

reconhecer a sequência palindrômica no DNA

- Forma um eixo de simetria com DNA

 Domínios típicos de Ligação ao DNA
Organização dimérica (exceto o zinc finger)

 Reconhecimento por
uma fita beta Zíper de Leucina
Leu
Hélice-alça-hélice

Resíduos básicos
Interação com o Pi

Zinc Fingers

Homeodomínios
 Controle da expressão em Procariotos
Procariotos produzem proteínas relacionadas a processos interdependentes de forma
agrupada
- Mecanismo geral simples para coordenar a regulação de genes inter-relacionados

 Sistema óperon: unidade básica de transcrição

- Operador  sequência de DNA próximo ao promotor
 mRNA policistrônico:
 1 promotor  1 mRNA  várias proteínas traduzidas
- Cada sequência codificadora tem seu próprio motivo Shine-Dalguarno

- Existem exemplos deste sistema em eucariotos  exceção

 Controle da expressão em Procariotos
Procariotos induzem a expressão de enzimas conforme a disponibilidade de fonte de
energia

β-galactosidade é uma importante ferramenta

biotecnológica  atua sobre galactosídios alternativos
 Controle da expressão em Procariotos
A indução da expressão da β-galactosidase  induz a expressão de 2 outras enzimas
- Galactosídeo permease: transporte de lactose pela membrana
- Tiogalactosídeo transacetilase: desintoxicação de outras moléculas transportadas pela
permease
 Indução conjunta de enzimas para adaptação a um novo ambiente:
 Mecanismo comum de indução.

 Modelo do óperon: Explica a regulação paralela de diferentes proteínas

-Formado por:
- um gene regulador: codifica uma proteína repressora
- uma sequência operadora: alvo da proteína repressora
- genes estruturais: produtos da expressão do óperon
 Operon Lac
Conjunto de genes envolvidos na regulação e expressão das proteínas envolvidas no
metabolismo de Lactose.

P: sequência promotor
lacI: gene proteína repressora
O: operadores: sítio de ligação da proteína repressora
lacZ: gene da β-galactosidade
lacY: gene da permease
lacA: gene da tio-transacetilase

lacZ, lacY e lacA formam um mRNA policistrônico ou

poligênico
 Proteína repressora Lac
 Permanece fortemente ligado à sequência operadora na ausência de Lactose
- KA 1x106 vezes maior pela sequência operadora do que por outra sequência
 Impede a transcrição por impedir que a RNApol desenrole o DNA localmente

Estrutura tetramérica

Cada monômero possui um domínio hélice-volta-

hélice que reconhece a sequência operadora
- Ocasiona a formação do loop de DNA
 Proteína repressora Lac
 O ligante da Proteína repressora Lac é um produto secundário da β-galactosidase
 1,6-alolactose: INDUTOR
- A lactose não interage com a Proteína repressora Lac

α-D-galactopiranosil-(14)-D-glicopiranose

Indutores

α-D-galactopiranosil-(16)-D-glicopiranose
 Operon Lac
1) Na ausência de Lactose, não existe 1,6-alolactose e portanto a Proteína repressora Lac
permanece ligada à sequência operadora impedindo a transcrição do DNA

2) Na presença de Lactose, parte desta é convertida a 1,6-alolactose que se liga à Proteína

Repressora Lac e reduz a afinidade desta pela sequência operadora. Com a saída da
Proteína repressora Lac da sequência operadora os genes estruturais podem ser transcritos
na forma de um mRNA policistrônico ou poligênico
 Mesmo na ausência de lactose, existe transcrição basal dos genes estruturais

Repressor lacI ligado ao

lacI operador bloqueia a lacI lac mRNA (policistrônico)
mRNA transcrição dos genes mRNA
lacZ, lacY e lacA

Permease

β-galactosidase
Transacetilase
 Controle da Expressão Gênica em procariotos
Comutação de reguladores
Ativação da expressão gênica por AMPc
AMPc (coativador)  indução conjunta de enzimas catabólicas

[Glicose] alta  [AMPc]

baixa e lactose ausente

[Glicose] baixa  [AMPc]

alto e lactose ausente

AMPc liga-se à cAMP [Glicose] alta  [AMPc]

receptor Protein – CRP
CRP liga-se ao operador do
operon Lac a -51 do Promotor
e “recruta” a RNApol
 Atuam em vários óperons
 Regulons: rede de
óperons com reguladores
comuns
baixo e lactose presente
 Ativação fraca
[Glicose] baixa  [AMPc]
alto e lactose presente
 Ativação forte
Efeito coordenado entre
repressor/ativador
 Controle da Expressão Gênica em procariotos
Em procariotos, muitos operons funcionam de forma análoga ao operon Lac

Ex: operon Pur

Controla o metabolismo de Purinas

A proteína Repressor Pur liga-se à sequência operadora na presença de um ligante:

 co-repressor

O genoma de E. coli contêm mais de 20

sequências operadora para a proteína
repressora Pur
Regulon
 Permite a regulação paralela de todos
os passos metabólicos da síntese de
purinas
 Controle da Expressão Gênica em procariotos
A estratégia dos atenuadores
- Comum nos operons para síntese aminoácidos
Atenuação do óperon trp
- Ocorre na síntese do mRNA
O óperon trp controla a síntese de - Formação de grampos de mRNA auto complementares
Triptofano
Altos níveis de Trp reprime o óperon
- Ligação do Trp a proteína repressora induz
ligação ao operador

Se a [Trp] ↑ síntese rápido do peptídeo líder

 Formação alça 3-4  fim da transcrição

Se a [Trp] ↓ síntese lenta do peptídeo líder

 Formação alça 2-3  transcrição continua
 Controle da Expressão Gênica em procariotos
Outros mecanismos, inclui-se a autoindução em biofilmes: quorum sensing

Feedback de tradução de óperons de Controle da tradução

proteínas ribossomais Resposta estringente
- Visa regular a concentração das - Depende da disponibilidade de aminoácidos
proteínas ribossomais e rRNA
- Ausência de aminoácidos
- Recrutamento do fator estringente
- Síntese de ppGpp
- Inibição da RNApol
 A proteína ribossomal inibe a
tradução de seu próprio mRNA
 A medida que o respectivo
rRNA é sintetizado, a proteína
ribossomal dissocia-se de seu
mRNA e liga ao rRNA
- Maior afinidade pelo rRNA
 Controle da Expressão Gênica em procariotos
Papel de pequenos RNAs  sRNA
Alguns mRNAs bacterianos são regulados por sRNA em cis ou em trans

trans: outro sRNA

regula a tradução de
um dado mRNA
Função dependente da
proteína Hfq  facilita
formação de duplex
Indução RNA-RNA

cis: parte do próprio

mRNA regula a própria
tradução
- Riboswitches: Aptâmeros
naturais de RNA
dependentes de ligantes
- Ligantes identificados:
TPP, cobalamina, FMN, Lys,
Gly, purinas e adoMet (S-
adenosilmetionina).

Repressão
Mecanismo de
splicing em
eucariotos
 Controle da Expressão Gênica em procariotos
Controle por recombinação
Recombinação regula a expressão de diferentes proteínas do flagelo (FljB e FliC) a cada
1000 gerações
Mecanismo de escape do sistema imune

 Sistema óperon
- Recombinase Hin inverte posição do promotor (e gene para a hin) para a FljB
- Sem expressão da proteína repressora FljA  expressão da FliC
 Controle da Expressão Gênica em Eucariotos
 O tamanho do genoma
 Diversidade Celular
- Impõem mais complexidade para atingir especificidade.
 Transcrição e tradução NÃO são processos acoplados.
 Os genes de uma mesma via não estão organizados em óperons.
- Existem somente algumas exceções
 Transcrição basal não observada  transcrição está inativa para a maioria dos genes
- Regulação positiva  requer Ativadores sempre
- Regulação negativa  necessitaria de grande número de repressores presentes na célula
em quantidade  há poucos exemplos em eucariotos

Papeis dos ativadores ou fatores de transcrição

1) Montagem do complexo de transcrição basal com os TFII
2) Outras proteínas regulatórias específicas se unem a este complexo basal
- Ligam-se à sequências “Enhancer” - Potenciadores
 São proteínas modulares e multiméricas
– Domínio de Ligação ao DNA e Domínio Ativador
 Remodelamento da Cromatina
O DNA de eucariotos se apresenta ligado à proteínas formando os Nucleossomos
- As regiões do DNA que estão sendo transcritas estão menos compactadas
- Heterocromatina  fortemente condensada: não disponível para transcrição
- Eucromatina  Parcialmente disponível para a transcrição
 A regulação negativa em eucariotos seria redundante com os nucleossomos
 Remodelamento da Cromatina
A acetilação das histonas contribuem para a ativação da transcrição
- Histonas acetilases (HAT) acetilam a Lys da cauda N-Terminal das Histonas
1) Reduz a afinidade da Histona pelo DNA  afrouxa o nucleossoma
2) Recrutamento de outros componentes da maquinaria de transcrição
3) Iniciação da remodelagem da cromatina

Reversão executada
por
Histonas
desacetilases

 repressão da
transcrição por
compactação da
cromatina
 Remodelamento da Cromatina
Em levedura, os genes necessários para o metabolismo de galactose são ativados pela
proteína GAL4.
- Reconhece a sequência: 5’-CGG(N)11CCG-3’  4.000 pontos no DNA de levedura
- Somente 10 deles são identificados pela GAL4  99,75% estão bloqueados

 Regiões do DNA que estão mais ou menos compactadas são

tecidos específicas

 Existem proteínas remodeladoras do DNA tecido específicas

que regulam os conjuntos de genes que deverão ser
transcritos e os que devem ser “silenciados”.

 O DNA é metilado por Metilases específicas no C5 da C

- 70% das 5’-CG-3’ estão metiladas
- A metila projeta-se para o sulco maior bloqueando interações
- As 5’-CG-3’ próximas ao 5’ dos genes ativos são
hipometiladas
 Controle da Expressão Gênica em Eucariotos
As informações para o controle da expressão gênica estão no DNA

Envolve interação, direta ou indireta, de

ativadores/repressores e a RNApol em eucariotos

 Requerimento de:
- elementos potenciadores (enhancers) a longa
distância do promotor

- Regulador de arquitetura para dobrar o DNA

(alças ou looping)

- Coativador aumenta a taxa de

recrutamento/ativação da RNApol

 Repressor pode atuar bloqueando a ação do

coativador

 Controle combinatório
- Depende do subconjunto de proteínas produzidas
naquele tipo celular
- Heteroligômeros e heterocomplexos
 Controle da Expressão Gênica em Eucariotos
Controle combinatório
 Dependendo do conjunto de proteínas  diferentes efeitos
 Número reduzido de proteínas reguladoras  maior especificidade
 reconhecem sequências assimétricas
 Ex: 2 famílias de reguladores com 3 membros cada
Formam Homodímeros e heterodímeros  36 possíveis combinações
 Acentuadores ou potenciadores
- sequências específicas “acima” do promotor que funcionam como pontos de ligação
específicos para proteínas ativadoras ou repressoras.
- Podem estar a milhares de pares de base à 5’ do promotor
- Dependem da presença das proteínas ligadoras específicas
- Podem ajudar a expor o DNA para RNApol II
- Podem ajudar a montagem do complexo basal de
transcrição

Acentuador da creatina
quinase regulando a expressão
da β-galactosidade
 Regulação gênica em eucariotos
Requer ação combinada de diversos agentes
 UAS: upstream activator sequences: Sequências ativadoras a montante
Pode ser a jusante também
 Reguladores da arquitetura: proteínas HMG
 Remodelamento da cromatina
 Coativadores: Ativadores ou repressores  interação com o Mediador
 Fatores basais de transcrição
 Regulação gênica positiva em eucariotos
Coreografia da ativação da transcrição
Eventos em cascata  variável para diferentes genes
 Processo dependente de moléculas efetoras e reversível
 Expressão gênica regulada por hormônios
Receptores Nucleares
Os receptores para hormônios estereoidais atuam induzindo a transcrição
- Proteínas modulares  domínio de ligação ao DNA e domínio de ligação ao hormônio
Ex: Estrogênio e testosterona

~ 50 membros no genoma humano

Atuam como dímeros  reconhecem

elementos simétricos

Agonistas

Antagonistas
 Expressão gênica regulada por hormônios
Receptores Nucleares
Os Receptores de hormônios nucleares regulam a transcrição por recrutar Co-ativatores ou
mediadores para o complexo de transcrição
 Expressão gênica regulada por hormônios
 Ação hormônios esteroides, tireoidianos e retinóide
- Livre transito pela membrana plasmática
 Presença de sequências HRE: elementos de resposta hormonal específicos
 Regulação por repressão da Tradução
Transcrição e tradução são processos desacoplados  edição do mRNA e transporte para o
citoplasma
Envolve o armazenamento de mRNAs inativos no citoplasma
1) Fatores de iniciação da tradução são sujeitos a fosforilação  inibe
2) Proteínas repressoras ligam-se à região 3’ não traduzida (3’UTR - untranslated region)
- Bloqueia a iniciação da tradução
3) Sítio de ação da regulação gênica regulada por RNA
 Silenciamento gênico
O papel do microRNA – miRNA  60% dos genes humanos
Produção transitória  chamados como pequenos RNAs temporais (stRNA)
Eucariotos superiores (nematódeos, mosca, plantas e mamíferos)
Fazem parte de noncoding RNA (ncRNA)  incluem snRNA, tRNA, rRNA, snoRNA
- Mamíferos codificam mais ncRNA do que mRNA

- O miRNA interage com o mRNA na 3’UTR 

degradação ou inibição da tradução
- Controla o desenvolvimento do organismo
- Controle de infecções virais em plantas

 Possuem ~70 nt auto-complementares 

duplex RNA-RNA  grampos
 Clivagem pela endonuclease DICER ou
DROSHA
 Interação dos fragmentos de ~22 nt com o
mRNA alvo em duplex RNA-RNA  inibição da
tradução ou degradação
- Base da técnica de RNA de interferência (siRNA)
- Aplicação no controle de infecções virais