Os polímeros de resíduos de aminoácidos são divididos em: oligopeptídeos, polipeptídeos e proteínas (MM> 10 kDa).

FUNÇÃO: ENZIMAS: aceleração de

reações biológicas (ribonuclease, lipase, álcool desidrogenase, catalase). PROT DE TRANSPORTE: para substâncias específicas (hemoglobina, albumina
sérica, transportador de glicose transmembrana, lipoproteínas). PROT. NUTRIENTES E DE ARMAZENAMENTO: reserva de nutrientes essenciais (prote-
ínas de sementes, ovalbumina, caseína (leite), ferritina (armazenamento de Fe). PROT. CONTRÁTEIS OU DE MOBILIDADE: permitem a locomoção,
contração, mudança de forma (actina, miosina, tubulina). PROT ESTRUTURAIS: fornecem resistência e força a tecidos (queratinas, colágeno, fibroína).
PROT DE DEFESA: def e proteção (imunoglobulinas ou anticorpos, trombina e fibrinogênio, veneno de serpentes, toxinas bacterianas). PROT REGULA-
DORAS: regulação da atividade celular ou fisiológica (insulina, hormônio do crescimento, proteínas G). OUTRAS PROT: proteínas anticongelantes, mone-
lina (adoçante vegetal), proteínas de adesão. Classificação pelo número de cadeias polipeptídicas: 1 única subunidade, formadas por 2 ou mais subunidades,
1 cadeia = 1 monômero ou protômero, oligoméricas, multiméricas (homo ou hétero-multiméricas). Classificação pela composição: Simples, Conjugadas:
glicoproteínas (proteínas de membrana, IgG), lipoproteínas (HDL, VLDL), nucleoproteínas (ribossomos, cromossomos), fosfoproteínas (caseína, glicogênio
fosforilase a), metaloproteínas (metaloenzimas, ferritina), hemoproteínas (hemoglobina, citocromos), flavoproteínas (flavoenzimas). Keq=[H+][A-
]/[HÁ]=Ka, pKa=log1/Ka=-logKa. ZWITTERION = íon híbrido ou dipolar. pH=pKa+log[A-]/[HÁ]. pK1=α-carboxila, pK2=α-amina. 10(pH-pK) = [COO-
]/[COOH] ou [NH2]/[NH3+]. Classificação dos Aá dos aminoácidos proteicos, proteogênicos, proteinogênicos ou primários (20): O critério se baseia nas
propriedades físico-químicas da cadeia lateral R. Desses 20, 9 são essenciais e 18 permitem a síntese endógena de glicose através da via metabólica da
gliconeogênese. Os Aá de cadeia lateral aromática absorvem luz UV. Fenilcetonútia(PKU):Doença autossômica recessiva, gene PAH:cromossomo 12. Indi-
víduo normal: FF ou Ff, doente ff, ou forma mais rara:problemas na metabolização do cofator tetraidrobiopterina. Efeitos: oligofrenia, microcefalia, convul-
sões, hiperatividade, problemas com o desenvolvimento motor, cheiro de rato ou de bolor na pele, cabelo, suor e urina (fenilacetato) hipopigmentação da
pele e cabelos, eczema. Diagnóstico: teste do pezinho. Valina, leucina, isoleucina, triptofano, tirosina – inibe a entrada de aás neutros, grandes através da
barreira hemato-encefálica. Fenilpiruvato:inibe a produção de ATP no cérebro por competição com a Piruvato translocase e inibição da Piruvato desidroge-
nase. Tratamento:dietoterapia até uns 16 anos(alimentos com baixa conc. de Phe) e suplementos de aás livres.Ligações proteína-carboidrato em glicoproteí-
nas: tipo N (asparagina), tipo O(serina ou treonina). O 21º aminoácido: selenocisteína. Aás modificados: Modificações pós-traducionais enzimáticas sobre
aás proteogênicos:fosforilação,hidroxilação,metilação,acetilação, miristoilação,palmitoilação,glicosilação,sulfatação. D-Aá naturais: D-Ser e D-Asp (livres
no tecido cerebral),D-Ala e D-Glu (parede celular de bactérias Gram+),D-Aá em determinados peptídeos e antibióticos produzidos por bactérias, fungos,
répteis e outros animais (não mamíferos). pH ou ponto isoelétrico pI=(pK1+pK2)/2 para Aá mono-amino e mono-carboxílicos. pH ou ponto isoelétrico
pI=(pK1+pKR)/2 para Aá ácidos. pH ou ponto isoelétrico pI=(pK2+pKR)/2 para Aá básicos. Lembre: pH > pI → Aá (-) aniônico, pH = pI → Aá (0)
isoelétrico, pH <pI → Aá (+) catiônico, Isso é importante para você entender os procedimentos de isolamento de aminoácidos baseados na carga: cromato-
grafia de troca iônica e eletroforese. Faixas típicas de valores de pKa para grupamentos ionizáveis em proteínas: Grupo ionizável-faixa de pKa: Carboxila
alfa 3,5 – 4,0;COOH não alfa do Asp ou Glu 4,0 – 4,8; Imidazol da His 6,5 – 7,4; SH da Cys 8,5 – 9,0; OH da Tyr 9,5 – 10,5; Alfa-amino 8,0 – 9,0; Epsilon-
amino da Lys 9,8 – 10,4; Guanidinio da Arg ~12,0. Métodos de separação de aás baseiam-se nas seguintes propriedades: Carga (troca iônica, eletroforese) e
polaridade (cromatografia em papel). Peptídeos:nº de peptídeos possíveis=20 n. Massa média dos resíduos de aminoácidos: 110 Da, Estimativa da massa de
um peptídeo/proteína: n x 110 Da, Estimativa do número de resíduos: massa (Da)/110 Da. Propriedades da ligação peptídica: Hidrólise química: HCl 6N,
110ºC, em geral fornece 16 aás, métodos especiais são necessários para o triptofano e fosfoaminoácidos, a análise em tempos diferentes (ex: 24, 48 e 72
horas a 110ºC) pode ser usada para melhorar a quantificação de Ser e Thr (destruídas parcialmente) e Ile e Val (clivagem mais lenta). Asp e Asn = Asx; Glu
e Gln = Glx. Hidrólise enzimática: Enzimas: proteases, peptidases ou enzimas proteolíticas. Dividem-se em: endoproteases e exoproteases. A susceptibilidade
de uma proteína à degradação é expressa como sua “meia vida” (t1/2), o tempo necessário para diminuir sua concentração à metade. Ex: proteínas hepáticas:
menos de 30 min até 150 h. Enzimas “de manutenção” + de 100 h; Enzimas reguladoras: 0,5 a 2 h. Sequências PEST (ricas em Pro, Asp, Ser e Thr): marcam
proteínas para rápida degradação. Exemplos de oligopeptídios e polipeptídios: peptídios-nº resíduos-glândulas/célular produtoras-efeitos principais: encefa-
linas-5-pituitária anterior e medula adrenal-analgesia, oxitocina-9-pituitária posterior-contração da musculatura uterina no parto e das gl. mamárias na lacta-
ção, vasopressina-9-pituitária posterior-aumento da pressão sanguínea e da reabsorção de água pelo rim, glucagon-29-células α do pâncreas, aumento da
produção de glicose pelo fígado no jejum, gramicidina-10-cepas de Bacillus Brevis-antibiótico, glutationa-3-maioria das células-proteção de radicais SH de
proteínas e manutenção do Fe2+ da hemoglobina e dissipação de H2O2. Oligopeptídeos: Encefalinas:são pentapeptídeos que terminam com o aá leucina (Leu)
ou com o aá metionina (Met). Estes peptídios fixam-se nos receptores de certas células nervosas pela extremidade da sua cadeia tirosina N-terminal, cuja
conformação é semelhante à dos opiáceos.Agem como analgésicos. Metionina-encefalina ([Met]-encefalina) é Tyr-Gly-Gly-Phe-Met. Leucina-encefalina
([Leu]-encefalina) é Tyr-Gly-Gly-Phe-Leu. Oxitocina: Papel no parto (contrações do útero), Amamentação (liberação do leite), Efeito anti-inflamatório →
cicatrização,Orgasmo (aumenta no sangue),Melhora o vínculo, a capacidade amorosa,a generosidade, a interação e a fraternidade, Participa no reconheci-
mento facial,Diminui a agressividade,Tratamento de autismo (?). Glutationa: Antioxidante intracelular (Monômero:eficaz contra espécies reativas de oxigê-
nio). Chaperonas: Algumas proteínas precisam de chaperonas, Proteínas que auxiliam no enovelamento de cadeias polipeptídicas ou na montagem de prote-
ínas oligoméricas, Ex: chaperoninas e proteínas de choque térmico (heat shock proteins) ou Hsp (Hsp60, Hsp70, Hsp100, etc.). 1. A estrutura 3D é determi-
nada pela sequência 2. A função depende da estrutura 3D 3. Uma proteína isolada existe em um ou um reduzido número de formas estruturais 4. As interações
não covalentes têm o papel principal na manutenção da estrutura 5. Apesar do enorme número de estruturas, existem alguns padrões comuns. Conformação
Definição: É o arranjo tridimensional dos átomos de uma proteína. Uma proteína pode ter alterações conformacionais envolvendo a quebra de ligações não
covalentes. As conformações de uma proteína geralmente são as mais estáveis (menor energia livre G) =“estado ou conformação nativa”.Diferença de G da
proteína desenovelada e enovelada ~ 20-65 kJ/mol, Lig. Covalente: 200-460 kJ/mol; não covalente:4-30 kJ/mol. Estabilidade: tendência de manter a confor-
mação nativa. Impedimento estérico (espacial):É a limitação da rotação causada pelo arranjo espacial de átomos na molécula, os átomos não podem se
sobrepor, o tamanho do átomo é definido pelo raio de van der Waals, as nuvens de elétrons se repelem entre si. Estrutura primária da prot: 5’-AAGGGTAC-
CCAACATTTAGTT-3’, 3’-TTCCCATGGGTTGTAAATCAA-5’,5’-AAGGGUACCCAACAUUUAGUU-3’,N Lys.Gly.Ser.Gln.His.Leu.Val C. DNA –
transcrição -> RNAm – tradução -> Proteína. Estrutura secundária: Estruturas com padrões repetitivos, hélice alfa (alpha helix),folha beta pregueada (beta
sheet),Estruturas não repetitivas, Dobras ou curvas beta (beta turns),Enovelamento aleatório ou amorfo (random coil). A hélice alfa no gráfico de Ramachan-
dran: Valores repetitivos de φ e ψ ao longo da cadeia produzem uma estrutura regular, por ex, valores repetitivos de φ ~ -57° e ψ ~ -47° são próprios de uma
hélice alfa dextrogira. Como fica a conformação beta no Gráfico de Ramachandran? Valores repetitivos na região φ = -110 a –140 e ψ = +110 a +135 são
próprios de folhas beta. A estrutura da plastocianina é composta principalmente de folhas beta; o gráfico de Ramachandran fornece valores na região de –
110 a +130. Estruturas supersecundárias (motivos ou motifs): Hélice-alça-hélice, 7 hélices transmembrana, Zíper de leucina, Unidade bab, Grampo b, Dedo
de Zn, Mão EF. Métodos para determinação da estrutura tridimensional de proteínas: Cristalografia e difração de raios-X, NMR: Ressonância Magnética
Nuclear, SAXS: espalhamento de raios-X de baixo ângulo. Enovelamento e desnaturação de proteínas: Enovelamento: O processo começaria durante a
síntese nos ribossomos, simultaneamente com a tradução. A síntese não é contínua porque a disponibilidade de RNAt não é igual para todos os códons;
alguns são “raros”. Esses códons ficariam posicionados no RNAm para permitir o enovelamento de dominios. Hipóteses para o enovelamento: Hipótese
Termodinâmica: o enovelamento seria aleatório e dirigido pela G de estabilização, atingindo o estado de menor G (Christian Anfinsen), Paradoxo de Cyrus
Levinthal: uma proteína de 100 resíduos levaria 2100 ps (3,9 x 1010 anos) para se enovelar. (Idade do Universo ~1,37 x 1010 anos), Hipótese do Caminho
de enovelamento: a proteína se enovelaria para atingir o estado de mínima energia mais acessível do ponto de vista cinético, incluiria estados intermediários.
Mecanismo do enovelamento: 1. Formação de um núcleo fraco que determina a topologia estrutural; 2. Colapso global da cadeia; 3. Consolidação do enove-
lamento das regiões periféricas até atingir a conformação nativa. A velocidade de enovelamento não é constante. Formação de ligações dissulfeto: Procariotos:
ocorre no espaço periplasmático com auxílio de enzimas DSB (disulfide bridge-forming enzymes). Eucariotos: no retículo endoplasmático, com as enzimas
PDI (protein disulfide isomerase). Chaperonas moleculares: Proteínas de choque térmico ou Proteínas do Estresse, Induzidas pelo aumento da temperatura,
raios UV, inflamação, infecções, hipóxia, poluentes, etc. Estabilizam o enovelamento, auxiliam na translocação citoplasma → organelas, e colaboram na
montagem de oligômeros. Desnaturação de prot: perda da estrutura por desenovelamento, o desenovelamento leva à perda da função. É a conversão de uma
molécula funcional para uma forma não funcional, e não é acompanhada pela quebra de ligações peptídicas. Há muitos estados desnaturados, porém apenas
um nativo. Pode ser reversível ou irreversível. Eventualmente algumas proteínas podem lentamente reconstituir seu estado nativo. Proteínas desnaturadas
têm maior tendência à agregação. Agentes desnaturantes: Físicos: aumento da temperatura,congelamento lento (proteínas de ovo, leite,enzimas), espuma.
Químicos: pH, solventes (grupos apolares e cte. dielétrica), tensoativos (detergentes), ureia, guanidina. Por que a desnaturação é abrupta? Processo Coope-
rativo: A estrutura parcialmente desnaturada é mais fraca, começando a mudar mais rapidamente. Métodos de análise da desnaturação: Espectrofotometria,
Espectrofluorimetria, Dicroismo circular, Espalhamento de luz, Calorimetria diferencial de varredura (DSC), Atividade catalítica, Viscosimetria. Desnatura-
ção térmica: Tripsinogênio 55°C, Pepsinogênio 60°C, Lisozima 72°C, Mioglobina 79°C, Glicinina de soja 92°C, Globulina de aveia 108°C. Consequências
da Desnaturação:Perda da atividade enzimática, Destruição de toxinas, Digestibilidade melhorada, Perda de solubilidade, Mudanças na textura, Impossibili-
dade de cristalizar. Amiloidoses: Proteínas amiloides: Benéficas ou Prejudiciais (algumas são infecciosas=príons). Alzheimer, Encefalopatia espongiforme
bovina (doença da vaca louca), Amiloidoses familiar e senil, Doença de Creutzfeldt-Jakob, insônia familiar fatal, Kuru. Insônia familiar fatal: insônia, ataques
de pânico, paranóia, fobias ~ 4 meses, Alucinações e ataques de pânico ~ 5 meses, Incapacidade de dormir => perda rápida de peso ~ 3 meses, Demência,
paciente não responde a estímulos ou fica calado ~6 meses. Estágio final. Outros sintomas: suor excessivo, contração das pupilas, menopausa súbita/impo-
tência, hipertensão, constipação, enrijecimento da nuca. Doenças prionicas: Proteína envolvida: PrPC de membrana de neurônios. Duas conformações: PrPC
(normal) e PrPSc (príon), 13 tipos: 10 afetam mamíferos, e destes 7 os humanos. PrPC: 42 % alfa-hélice e 3% folha beta, PrPSc: 17-30% alfa-hélice e 43-
54% folha beta. Doenças priônicas: PrPC-PrPSc: celular-infecciosa; globular-amilóide; solúvel-insolúvel; Predomina hélice alfa-Predomina folha beta; Sen-
sível à luz UV-Resistente à luz UV;Sensível à Proteinas K-Resistência parcial à Proteinase K. Proteínas fibrosas e globulares: Classificação de proteínas:
Fibrosas: 1) As cadeias polipeptídicas formam longas fibras ou folhas 2) Insolúveis em água (muitos resíduos hidrofóbicos) 3) Uma estrutura secundária,
estruturas fortes, porém flexíveis 4) Papel estrutural (queratina, colágeno). Globulares: 1) As cadeias polipeptídicas se enovelam em formatos esféricos ou
globulares 2) Solúveis em água 3) Contêm vários tipos de estrutura secundária 4) Desempenham diversas funções (enzimas, proteínas regulatórias). Proteínas
fibrosas: queratinas: (1) redução de todos os grupos RSSR: ác. tioglicólico (2-mercaptoacético) em uma solução de amônia (pH 9). Esta solução reduz os
grupos RSSR para RSH (”solução“relaxante). (2) induzir no cabelo a forma desejada: lisa ou ondulada. (3) oxidação dos grupos RSH para RSSR, com a
aplicação de um agente oxidante, tal como o peróxido de hidrogênio (H2O2, água oxigenada) ou borato de sódio (NaBrO3) (os cabelereiros se referem a esta
solução como "neutralizante"). TIPOS DE COLÁGENO: mamíferos: 33 tipos de cadeias 20 tipos diferentes: I – pele, ossos, tendões, vasos sanguíneos,
córnea II – cartilagem, discos intervertebrais III – vasos sanguíneos, pele do feto. Proteínas fibrosas: colágeno: Aminoácidos modificados por hidroxilação
presentes no colágeno. Essencial: Vitamina C. Deficiência de vitamina C = escorbuto (Falta de ácido ascórbico= falta de 4-Hyp(hidroxi-prolina), causa
glossite, dentes frouxos, hemorragia nos folículos capilares, inflamação/sangramento gengival, hematomas e hemorragia na base das unhas. Proteínas fibro-
sas: fibroína (seda): Uma única aranha pode ter vários tipos diferentes de fibroína: encapsulamento da presa, para formar a "moldura", raios e espirais da teia,
para formar os casulos, para proteger os ovos, para prender a presa. Um fio de seda capaz de dar a volta ao mundo pesaria 450g! Proteínas globulares:
mioglobina: A mioglobina é uma proteína alostérica (Grego: allos = outro, stereós = sítio). Responde à ligação de lactato, que diminui a afinidade por oxigênio
(aumenta a P50 da mioglobina). O lactato age como modulador alostérico heterotrópico (por ser diferente do ligante natural da mioglobina, o oxigênio).
Proteínas globulares: hemoglobina: A hemoglobina também é uma proteína alostérica e responde a dois tipos de moduladores alostéricos: (1) Responde à
ligação de O2 (grupos heme) = alosteria homotrópica = cooperatividade = origem da curva sigmoidal. (2) Responde também à ligação de outras substâncias
diferentes do oxigênio: H+, CO2, 2,3-BPG, ATP, Cl- = alosteria heterotrópica. Moduladores alostéricos: (negativos) inibidores-> conformação T(ensa) + O2
baixa afinidade por O2 ↔ (positivos) ativadores -> conformação relaxada Hb(O2)4 elevada afinidade por O2. Hb Normal: As moléculas de Hemoglobina
existem como unidades isoladas no eritrócito, tanto na forma oxigenada quanto na desoxigenada, As células mantêm o seu formato de disco bicôncavo em
qualquer pO2. Hb S (falciforme): As moléculas de Oxi-hemoglobina se mantêm isoladas, porém as de desoxi-Hb se juntam formando polímeros, induzindo
distorção do formato do eritrócito, Alguns eritrócitos assumem o formato de foice. Outros alvos da intoxicação por CO: Mioglobina: Afinidade ~60X do que
por O2, redução do débito cardíaco, hipotensão. Citocromo Oxidase (cadeia respiratória): Afinidade menor do que pelo O2, disfunção mitocondrial. Sistema
Nervoso Central: peroxidação de lipídeos e desmielinização, apoptose, edema, necrose.