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Manual de instalação do ORCA versão 4.1.1 com posterior instalação do

OpenMPI para utilização de hyper-threading.

Technical Report · March 2019

DOI: 10.13140/RG.2.2.36114.71364

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1 author:

Othon S. Campos
Universidade Federal do Espírito Santo
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 MANUAL BÁSICO DE INSTALAÇÃO DO ORCA 4.1.1
ÚLTIMA ATUALIZAÇÃO: DOMINGO, 03 DE MARÇO DE 2019
AUTOR: OTHON SOUTO CAMPOS
Versão 1.0

O ORCA, a princípio, consegue ser executado em qualquer sistema operacional comercialmente disponível, a
saber: Linux, macOS e Windows. Assim, este tutorial abordará a instalação do ORCA com a paralelização via
OpenMPI no Linux Mint.

0) AGRADECIMENTOS
Não seria justo de nossa parte deixar de agradecer às pessoas que gentilmente disponibilizaram tantas
informações relativas à correta utilização do ORCA. Uma delas é o canal Química Computacional no
YouTube (https://www.youtube.com/channel/UCYNILE8R8Eihrpbz8INPisQ), que disponibilizou um tutorial
de instalação do ORCA de forma simples e detalhada, cujo conteúdo é aqui compilado. Também somos
gratos ao fórum do ORCA (https://orcaforum.kofo.mpg.de/app.php/portal).

Outros sites de informações relativos ao ORCA:

https://sites.google.com/site/orcainputlibrary/home
https://orcaforum.kofo.mpg.de/app.php/dlext/?view=detail&df_id=34
https://www.youtube.com/channel/UCHOYP6S-4kCvzDbpSqU6B0A
https://www.youtube.com/channel/UCeVjkQqYNCtPneoggbP77Qg
http://scienide2.uwaterloo.ca/~nooijen/Chem-440-computational/ (página contendo diversas informações
sobre cálculos no ORCA)
http://simons.hec.utah.edu/ITCSecondEdition/TableofContents.html (livro gratuito sobre química teórica de
Jack Simons, professor da University of Utah)

Dúvidas, sugestões e críticas sempre serão bem-vindas. Escreva para othon.campos(a)chemist.com e irei
responder o mais rápido possível.

Este documento está protegido sob a licença Creative Commons, atribuição não
comercial sem derivações 4.0 internacional.
 1) INSTALAÇÃO DO ORCA NO LINUX MINT
Para que seja possível o download do ORCA, inscreva-se no fórum do ORCA abrindo o seguinte endereço:
https://orcaforum.kofo.mpg.de/app.php/portal. Clique em “Register now!”. Após o cadastro, você irá definir
um login e senha para entrar nesse fórum. Concluído o processo de registro, entre com seu username e
senha e clique em Login

Na página inicial do fórum, clique em “Downloads”.

Em seguida, será mostrada uma tela contendo diversas informações relativas ao ORCA. Como iremos instalar
a versão mais recente (4.1.1), clique em “ORCA 4.1.1”.

1
 Nesta página são mostradas as versões do ORCA 4.1.1 disponíveis para downlodas. Clique na opção “ORCA
4.1.1, Linux, x86-64, .tar.xz Archive (OpenMPI 2.1.5)”1, e em seguida no botão verde “Download”. Aguarde o
download do arquivo.

Após o download do arquivo, clique duas vezes e abra-o. As distribuições de Linux possuem um gerenciador
de arquivos compactados. Portanto, extraia o arquivo para uma localização fácil (p. ex., na pasta
“Documentos”).

Pronto, o ORCA já está instalado. O caminho instalado foi home/othin/Documents/orca. “Home” diz respeito
à pasta inicial do Mint, “othin” é o usuário que logou no S.O., “Documents” é a pasta de documentos, e
“orca” é, finalmente, a pasta dos binários do ORCA. De forma abreviada, o mesmo caminho pode ser
representado por ~/Documents/orca. O sinal de til dá um comando implícito ao terminal que se quer
acessar a pasta “home/othin”.

1
A princípio, quaisquer versões disponíveis, seja no formato tar.zst ou .tar.xz podem ser baixadas. A diferença está no
método de compactação. Basta ver no tamanho dos arquivos disponíveis.

2
 Apesar do ORCA estar instalado, é preciso tomar cuidado quanto ao uso dele no Linux, pois este traz um
programa de leitura de tela também chamado Orca. Para tanto, vamos utilizar um script chamado “runorca”,
de nome propositadamente diferente. O link para download é este:
https://www.dropbox.com/sh/cphj3e1p4wjaxgv/AAAt6GOL7YTg2u83smBsFyARa?dl=0.
Não há necessidade de se cadastrar no Dropbox para baixa-lo. Clique no ícone “runorca” e clique em
Download/Download direto.

Em seguida, uma caixa de diálogo abrirá perguntando se deseja abrir o arquivo ou se deseja salvá-lo no
disco. Selecione a primeira opção, clique em “Procurar...”. Assim nós iremos procurar um programa que
possa abrir este arquivo, que é um editor de texto. Em seguida, clique em “Exibir todos os aplicativos” e
selecione “Editor de Texto”. Clique em OK.

3
 Depois, deve aparecer esta tela. Nós iremos alterar esta linha. Aí nós digitaremos, entre os parênteses,
home/othin/Documents/orca411. Infelizmente o comando ~ não é reconhecido.

Com a alteração, fica assim.

Salve o arquivo numa pasta de fácil acesso (p. ex., “Downloads”). Depois abra o Terminal, esse programa fica
localizado na lateral esquerda inferior.

Com o Terminal aberto, digite sem os parênteses “cd Downloads”. Em seguida, digite,
“chmod +x runorca” e “sudo mv runorca /usr/local/bin”.

4
O que foi feito nesses comandos? O “chmod +x runorca” faz habilitar o script para que seja utilizável como
um aplicativo, sem a necessidade de digitar todo o endereço de localização do runorca. Em seguida,
pedimos via “sudo” (pois se trata de um comando possível somente via administrador) que o arquivo
runorca seja movido para a pasta /usr/local/bin. Em seguida, pede-se a senha do usuário. Para testar o script,
basta digitar runorca e digitar enter.

Como não há um arquivo de input (ou seja, um arquivo que dará o comando para que o ORCA interprete e
calcule), o script dará um erro. Quando se insere um arquivo de input, usando o comando runorca teste.inp,
aparece a seguinte mensagem.

5
 Apesar dessa mensagem indicar que o cálculo foi submetido, isso não significa dizer que o ORCA esteja
realmente trabalhando. Neste caso, precisamos analisar o arquivo teste.out que pode ser aberto no Editor de
texto. Se aparecer algo parecido com a figura abaixo, o ORCA foi configurado corretamente.

6
 2) INSTALAÇÃO DO OPENMPI 2.1.5 NO LINUX MINT

Os cálculos computacionais somente seriam possíveis com a ajuda do processador (Intel ou AMD), uma vez
que este equipamento é responsável pelo processamento desses cálculos. Contudo, a Intel introduziu o
conceito do Hyper-threading2, ou seja, do processamento com mais de um núcleo do processador. Isso
garante uma velocidade no processamento de dados muito grande, uma vez que o processador dividirá o
processo computacional no número de núcleos disponíveis. Basta lembrar dos processadores Intel
“QuadCore” ou “Core2Duo”, em que faziam referência ao número de núcleos disponíveis. Claro que essa
propriedade está presente nos processadores mais recentes, e o ORCA tira proveito disso para acelerar o
cálculo, dividindo-o nos núcleos do processador3. O programa necessário para que isto aconteça é o
OpenMPI, que chama os executáveis do ORCA para serem utilizados nos múltiplos núcleos do processador.
Neste caso, baixamos a versão do ORCA já configurada com OpenMPI 2.1.5. Basta verificar as informações da
versão do ORCA sendo baixada.

Para encontrar o OpenMPI, basta entrar no site www.open-mpi.org. Clique em Download.

2
Para quem tiver interesse, há um verbete na Wikipedia sobre o assunto: https://en.wikipedia.org/wiki/Hyper-threading.
3
É importante analisar corretamente quantos núcleos disponíveis o processador possui. No Linux Mint, clique no botão
verde e digite system info. Na linha “Processador”, aparecerá o processador em uso, e o número que multiplica essa
informação é o número de processadores em uso. Esse será o número a ser utilizado ao configurar o OpenMPI.

7
 Para achar a versão que precisamos, clique em “Version 2.1” abaixo da linha “Still supported”.

A versão que precisamos baixar está em “Previous release downloads”.

Também pode ser baixada qualquer versão. Uma vez que usamos o Mint, baseado no Ubuntu, deve-se baixar
a versão “openmpi-2.1.5.tar.bz2”. Aguarde o download. Extraia o arquivo compactado para dentro da pasta
de Downloads e abra o Terminal. Assim, digite cd Downloads/openmpi-2.1.5 e, em seguida, digite
./configure.

Esse arquivo iniciará o processo chamado compilação, em que preparamos os arquivos para serem instalados
no Mint. Isso demora algum tempo, e estará terminado quando o cursor do Terminal estiver novamente
disponível. Neste momento, digite make all -j x, em que x representa o número de núcleos disponíveis no
processador, vide nota 3 da página anterior. Muitos comandos aparecerão no Terminal e demorará mais do
que o comando anterior. Aguarde o término deste processo.

8
Terminado o processo anterior, digite sudo make install, sendo que este será o penúltimo processo para
instalação do OpenMPI. Aguarde o final da instalação.

Terminada a instalação, digite no Terminal o comando sudo nano ˜/.bashrc e tecle enter. Este comando
iniciará um editor de texto especial que irá abrir um arquivo de sistema do Mint necessário para o
direcionamento de diversas funções no sistema operacional. Caso seja digitado corretamente, o comando
abrirá a tela abaixo.

9
 Com as setas do teclado ou com a rolagem do mouse, encontre a última linha e digite o seguinte comando:
export LD_LIBRARY_PATH="/usr/local/lib:"$LD_LIBRARY_PATH
Deve estar assim:

Para salvar essas alterações, pressione as teclas, na sequência: Control+x. Tecle y para salvar as alterações,
tecle enter e será retornado para a tela inicial do Terminal. Digite source .bashrc para atualizar a
modificação, e digite o comando mpirun -version. Deverá aparecer a seguinte tela; se aparecer, o OpenMPI
está instalado corretamente.

Concluída esta etapa, o ORCA já está configurado para ser executado em modo hyper-threading, utilizando o
número total de núcleos do processador (página 8).

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