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GenticaeEvoluoPsgraduaoProf.

DarioGrattapaglia

PsgraduaoGenticaeEvoluoProf.DarioGrattapaglia
Roteirodeaulas:
Migraofluxognico Seleonatural Derivagentica Impactocombinadodasforasevolutivasnasalteraesdefreqnciasallicas Estruturagenticadepopulaesteoria Estruturagenticadepopulaesexerccios

1.MIGRAO(FLUXOGNICO/HIBRIDIZAO) Fonte de variao que resulta da migrao de indivduos entre populaes que apresentam diferenasemfrequnciasallicas. Em geral uma fora que se ope ao efeito de deriva ou endocruzamento e tende a homogeneizaraspopulaes. p(d)=freq.allicanapop.doadorap(r)=freq.allicanapop.Recipiente Freq.allicanapop.recipienteapsamigrao=p(r)=(1m)p(r)+mp(d) p=p(r)m[(p(r)p(d)]p(r)= p=m[p(r)p(d)] Exercciosparacompreenso 1)AfrequnciadoaleloOdolocoquecontrolaosistemaABOdegruposanguneoiguala 0,60 em uma populao de uma ilha. A frequncia deste alelo na populao continental 0,40. Foi estabelecido um sistemade barcas de transporte entre a ilha e o continente. Com isso estimase que cerca de 10% dos pais que do origem a filhos no continente so na verdadeprovenientesdailha(m=0,1).Qualseramudanaesperadaemfrequnciaallicado aleloOnapopulaocontinentalnaprximagerao? 2)Afreq.doaleloRh+emnegrosafricanos0,630.Afreq.destealelonosnegrosamericanos hoje de 0,446. A freq. deste alelo nos brancos americanos de 0,028, Calcule a taxa de migraoentrenegrosebrancosamericanos? 3)EmumapopulaoisoladanacomunidadedeAraratamaisde4000metrosdealtitude,no leste da Turquia, fronteira com o Iran uma anomalia recessiva autossmica monognica ocorriacomumaelevadafrequncia.Umindivduoacada1000nascidosvivosapresentavaa doena. Com a abertura de uma estrada nas montanhas da Turquia nos anos 50 esta populaoisoladapassouatercontatocadavezmaisfrequentecomaspopulaesurbanas dascidadesvizinhasnasquaissomente1indivduoacada10.000nascidosvivosapresentavaa mesma doena. Em Junho de 2006 um levantamento realizado na comunidade de Ararat verificou que somente 1 indivduo a cada 5000 nascidos vivos atualmente apresentava a doena. Calcule qual foi a taxa de migrao de indivduos das cidades vizinhas para a comunidadedeArarat.

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2.SELEONATURAL Processodesobrevivnciaereproduodiferencialdediferentesfentiposougentiposem contrasteseleoartificialconduzidapormelhoristasgenticos. Fitness=adaptabilidade=viabilidade+taxareprodutiva aprobabilidaderelativadesobrevivnciaetaxadereproduodeumdeterminadofentipo ougentipo,oumelhor,deumadeterminadaclassefenotpicaougenotpica. Afrequnciadoalelocomofitnessmdiomaiselevadoaumentanapopulao. Seleo contra alelos deletrios recessivos extremamente lenta em condies naturais a menos que seja possvel detectar o alelo recessivo em heterozigose atravs de outros mtodos diretos de anlise de DNA. Com isso possvel eliminar o alelo recessivo em uma geraoevitandoareproduodaquelesindivduosportadoresdoalelodeletrio. Exemplo1: Frequnciasallicas:p=0,1eq=0,9 SeleocontraaleloA2emhomozigose(alelodeletrio). Gentiposhomozigotos(A2A2)temfitnessreduzidoem0,33 A1A1 A1A2 A2A2 Total 2 2 Frequncia inicial p =0,01 2pq=0,18 q =0,81 1,00 dezigotos Fitness 1,0 1,0 10,33=0,67 Contribuio de 1x0,01=0,01 1x0,18=0,18 0,67x0,81= 10,81x0,33= cada gentipo 0,543 0,73 para a prxima gerao Frequncia 0,01/0,73 0,18/0,73 0,543/0.73 normalizada Novas 0,01 0,25 0,74 1,00 frequncias genotpicas Frequnciasallicasapsumageraodeseleo: Freq.A2=0,74+x0,25=0,86,ousejahouveumdecrscimode0,9para0,86 Exercciosparacompreenso 1) Considerando uma situao de uma populao em equilbrio de HW e um loco com dois alelossendoafrequnciadeA1p=0,3eumprocessodeseleocontraoaleloA2aumataxa deseleode0,12paracadacpiadealelospresentenoindivduo.Preenchaoquadroabaixo ecalculeasfrequnciasallicasdosdoisalelosapsumageraodeseleocontraoaleloA2.

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Frequncia inicial dezigotos Fitness Contribuio de cada gentipo para a prxima gerao Frequncia normalizada
Novas frequncias genotpicas

A1A1

A1A2

A2A2

Total

2)ConsidereumasituaodeumapopulaoemequilbriodeHWeumlococomdoisalelos, A1 e A2 sendo a frequncia de A2 q= 0,4 e um processo de seleo contra o alelo A2 de maneiraquesomente58%dosindivduoshomozigotose75%doheterozigotosparaestealelo sobrevivem.Calculeasfrequnciasallicasdosdoisalelosapsumageraodeseleo. 3)ConsidereumasituaodeumapopulaoemequilbriodeHWeumlococomtrsalelos, A1,A2eA3sendoafrequnciadeA1p=0,4,A2q=0,5eumprocessodeseleocontraoalelo A2demaneiraquesomente30%dosindivduoshomozigotose80%doheterozigotosparao alelo A2 sobrevivem. Para o Alelo A3 o fitness dos homozigotos de 0,90 e para os demais gentiposnohreduodefitness.Calculeasfrequnciasallicasdostrsalelosapsuma geraodeseleocontraoaleloA2eA3.

Frequncia inicialde zigotos Fitness Contribuiode cadagentipo paraaprxima gerao Frequncia normalizada Novas frequncias genotpicas

A1A1

A2A2

A3A3

A1A2

A1A3

A2A3

Total

Frequnciasallicasapsaseleo: f(A1)= f(A2)=

f(A3)=

3.DERIVAGENTICA

Mudanas em frequncias allicas que ocorrem principalmente em pequenas populaes resultantesdofatoqueosgenesqueaparecememdescendnciasnosoumaamostragem perfeitamenterepresentativadosgenesnosparentais(efeitodeamostragem).

Conceito de erro por amostragem termo utilizado para descrever o fato de que as frequncias observadasdeeventospodemapresentarumdesviodoesperadodevidoamostragemreduzida

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Efeito fundador e Gargalos genticos so termos utilizados para denotar as situaes nas quaisumpequenogruposeseparadeumapopulaomaior(voluntariamenteoupormotivos catastrficos) para fundar uma nova colnia. Esta deriva aguda resulta de uma gerao de amostragem.Ex.gruposanguneoBcompletamenteausenteemamerndiosdonorte.

Amudanamaisdramticaemfrequnciasallicasresultadeeventosde reduoabruptadotamanhopopulacional. 4. IMPACTO COMBINADO DAS FORAS EVOLUTIVAS NAS ALTERAES DE FREQNCIAS ALLICAS Umdosproblemasaoseestudargenticadepopulaeseevoluoaquaseimpossibilidade de observar a evoluo ocorrendo. Uma ferramenta importante utilizada pelos bilogos evolutivosasimulao.Simulaessotipicamenterealizadasemcomputadoresquepodem simular fenmenos em espaos de tempo relativamente curtos de forma a tornar possvel veroseventosevolutivos.Assimulaestambmpermitemalterarasvariveisrapidamente tornando fcil fazer anlises comparativas dos impactos das foras evolutivas atuando individualmente e de forma combinada sobre o destino das freqncias allicas nas populaes. Para um melhor entendimento do impacto combinado das foras evolutivas vamos lanar mo do PopG que deve ser baixado no link: http://evolution.gs.washington.edu/popgen/popg.html Estepermiteasimulaosimultneadasquatroforasestudadas,deriva,seleo,mutaoe migrao, no requer instalao especfica (apenas a descompactao de um arquivo) e permitesimularat200populaesdecadavez. ExercciosparacompreensoOsgrficosabaixoforamgeradosviasimulaodoprocessode deriva gentica em 20 populaes iniciando com a mesma freqncia allica (eixo Y) e deixandoaspopulaesevolurempor200geraes(eixoX).

1) Nas duas simulaes abaixo nenhum fora evolutiva adicional est atuando alm do processodederivagentica.Oquedevetercausadoarespostadiferenciadadaspopulaes nopainelB?Porque?

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2) Nas duas simulaes abaixo as 20 populaes em evoluo tem o mesmo tamanho. Qual(is)fora(s)evolutiva(s)almdaderivagenticapode(m)estaratuandonas populaes dopainelBparageraradiferenaobservadanaevoluodasrespostaobservada?Explique comocadaumadelasestariaatuando.

Exerccios:Efeitodederivagentica
Simule situaes nas quais somente a deriva gentica atua (i.e. sem seleo, mutao ou migrao) variandootamanhodapopulaoNcom50e1000indivduos,simulandosempre100populaese iniciando com freqncias allicas de A f(A) = p de 0.25 e 0.5 e simulando por t geraes com t variandoem100e1000. Avalie o impacto relativo de cada uma das trs varivies estudadas, i.e. tamanho populacional (N), freqnciaallicainicial(p)enmerodegeraes(t)sobreaextinooupreservaodediversidade allica.

Exercciosdefixao:Efeitoscombinadosdeseleonatural,mutao,migraoederiva
1)Simulesituaesnasquaisaseleonaturalatuanapresenadederivagentica.Novamentevarieotamanho da populao N com 50 e 1000 indivduos, simulando sempre 100 populaes e iniciando com freqncias allicasdeAf(A)=pde0.05e0.25,simulandoportgeraescomtvariandoem100e500.Testandodiferentes nveisdefitnessreduzidodogentipohomozigotorecessivo(aa) 2)Simulesituaesnasquaisaseleonaturalfavorecendooheterozigoto(sobredominncia)atuanapresena de deriva gentica e veja o impacto sobre a manuteno da diversidade gentica nas subpopulaes de diferentestamanhosmantendoofitnessdeambososhomozigotosigual. 3)Simulesituaesnasquaisforasopostasdemutaounidirecionalde(A)para(a)eseleonaturalcontra indivduos(aa)atuametenteestimarempiricamenteportentativaeerroosvaloresdemutaoedefitnesspara quecontinuetendopelomenos50%daspopulaesaindasegregando(i.e.mantendoambososalelos)em200 geraescomtamanhopopulacionalN=100eN=1000.

Comoasforasevolutivasaumentamoudiminuemavariabilidadegenticadentroeentre populaes Fora variaodentro variaoentre Endocruzamentoouderiva + Mutao + Migrao + Seleo Direcional +/ Balanceada +
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5.ESTRUTURAGENTICADEPOPULAESTEORIA Asubdivisodepopulaesimplicaemumefeitosemelhanteaoendocruzamento.Porisso conveniente mensurar este efeito em termos da reduo da proporo de gentipos heterozigotos. Umapopulaosubdivididatem3nveisdecomplexidade:indivduos(i),subpopulaes (s)eapopulaototal(t). Estesnveisimplicamnasseguintesmedidasdevariabilidade Hi=heterozigosidadeobservadadentrodeumasubpopulao. Hs=aheterozigosidadeesperadaemumasubpopulaoequivalentecruzandoaoacaso, calculada pela mdia aritmtica da heterozigosidade esperada das vrias subpopulaes quecompemapopulaototal. Ht = a heterozigosidade esperada de uma populao total equivalente, cruzando ao acaso, calculada pela heterozigosidade esperada com base na mdia das frequncias allicasdasvriassubpopulaesquecompemapopulaototal.

Com base nestas trs medidas de variabilidade tornase possvel descrever a estrutura genticadapopulaototal,istoadistribuiorelativadevariabilidadenosdiferentesnveis hierrquicosutilizandoasestatsticashierrquicasFdeWright: Coeficientedeendocruzamento;Fis=(HsHi)/Hs Medeareduodeheterozigosidadedeumindivduodevidoacruzamentosentreindivduos aparentados ocorrendo mais freqentemente do que seria esperado devido simplesmente pelo acaso dentro de subpopulaes. Fis diz respeito, portanto, ao endocruzamento de indivduosrelativosubpopulaoaqualpertence ndicedefixao;Fst=(HtHs)/Ht Mede a reduo de heterozigosidade de uma subpopulao devido deriva gentica o que gera subdiviso de populaes. Fst diz respeito, portanto, ao endocruzamento nas subpopulaesrelativopopulaototalqualpertencem. Coeficientedeendocruzamentototal;Fit=(HtHi)/Ht Coeficientedeendocruzamentototalincluiacontribuiodevidoacruzamentosnoaoacaso dentrodesubpopulaeseoutracontribuiodevidosubdiviso(deriva).Medeareduo total de heterozigosidade de um indivduo em relao populao total. Diz respeito, portanto,aoendocruzamentodeindivduosrelativospopulaototal. Arelaoentreestestrsparmetrosaseguinte:(1Fis)x(1Fst)=(1Fit)

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6.ESTRUTURAGENTICADEPOPULAESEXERCCIOS Exerccio1 1.1OsistemaMN(gruposanguneo)foitipadoem3populaeshumanas.Natabelaabaixo esto organizados os resultados do nmero de indivduos de cada classe genotpica. Teste cadapopulaoparaoequilbriodeHardyWeinberg.CalculeHi,HseHteemseguidaostrs coeficientesdeendocruzamentodeWright,Fis,FsteFitecompleteastabelas. Populao MM MN NN total FreqM FreqN Hi Hs 2 Africanos 72 178 72 322 Alemes 48 240 312 600 Brasileiros 165 182 76 423 Hi= Fis= Hs= Fst= Ht= Fit= 1.2Combasenassuasanlisesdaquestoacimaassinaleverdadeirooufalso.
1. 2. 3. 4. 5. 6. 7. 8. 9. 10. 11. 12. 13. 14. 15. 16. 17. 18. 19. 20. ( )Osdadossugeremqueamaiorpartedoendocruzamentototaldevidoaocruzamentoentre parentesenodiferenciaoentrepopulaes ( )TodasaspopulaescomexceodebrasileirosestoemequilbriodeHardyWeinberg ( ) Os dados sugerem que ocorrem cruzamentos aparentados napopulaode brasileiros mas nonapopulaodealemes ( )SomenteduaspopulaesentreastresestoemequilbriodeHardyWeinberg ( ) Existe uma carncia de heterozigotos MN em relao ao esperado por HW na populao africana ( )Aspopulaesdeafricanosealemestemfreqnciasallicasdiferentespormsomenteuma delasapresentaumacarnciadeheterozigotos ( )ApopulaodeafricanosestemequilbriodeHardyWeinberg ( )OsalelosMeNtemfreqnciasiguaisnapopulaodeafricanos ( )Apopulaoalemapresentaamaiorheterozigosidadeobservada ( )ExisteumadiferenciaosignificativaentreaspopulaesreveladapelocoeficienteFis ( )OaleloMmaisfreqentedoqueoNemduasdastrspopulaes ( )Aheterozigosidademdiaesperadamenordoqueaheterozigosidademdiaobservada ( )Podeseafirmarqueaspopulaesdealemeseafricanossoasquemaiscontribuemparao endocruzamentoobservado ( )Apopulaodealemesaquemaisseaproximadeumapopulaoideal ( ) Comparando as populaes duas a duas a menor diferena de frequncias allicas foi observadaentreafricanosebrasileiros ( )ApopulaodebrasileirosestemequilbriodeHWapesardeapresentarmaisheterozigotos doqueoesperado ( ) As freqncias allicas mdias das tres populaes se aproximam mais das freqncias observadasemafricanos ( )Aheterozigosidadeesperadaembrasileirosmaiordoqueemalemes ( ) Na anlise global das trs populaes ocorrem cruzamentos aparentados mais freqentementedoqueoesperado ( )Podeseafirmarqueasfreqnciasallicasforammelhorestimadasemafricanosdoqueem brasileiros

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Exerccio2 Trspopulaeshumanasforamtipadasparaummarcadormicrossatliteeosdadosgerados foramosseguintes: Populao A1A1 A1A2 A2A2 A1A3 A2A3 A3A3 Alemes 24 125 130 120 243 120 Islandeses 615 150 18 82 15 4 Yanomami 25 35 40 153 237 430 Combasenosdadosacimaestimeosseguintesparmetros: a) Frequnciasallicasegenotpicasdecadapopulao b) TestecadapopulaoparaadernciaaoequilbriodeHW c) EstimeoCoeficientedeendocruzamento(Fis)ondicedefixao(endocruzamento devidoderivagentica)(Fst)eoCoeficientedeendocruzamentototal(Fit)ediscuta osresultadosemtermosdasproporesrelativasdehomoeheterozigotos, endocruzamentoederivagenticaconsiderandoaspectosgeogrficosdaspopulaes
Respostasdosexerccios Migrao 1.f(O)=0,42 2.m=0,305 3.m=0,810 SeleoNatural 1.f(A1)=0,330;f(A2)=0,670 2.f(A1)=0,664;f(A2)=0,336 3.f(A1)=0,497;f(A2)=0,380;f(A3)=0,123 Derivagentica 1.Diferenanotamanhodaspopulaesemevoluo 2.Asseguintesforaspodemestaratuando:amigraoentrepopulaes,amutaodoaleloAparaoaevice versabemcomoaseleobalanceadafavorecendoamanutenodeheterozigotos Estruturadepopulaes Exerccio1 1.1Quiquadrado:Africanos3,59n.s.;Alemes=0,04n.s.Brasileiros4,20rejeitoHWE Hi= 0,4461 Fis= 0.0084 Populao f(M)=p f(N)=q Hs= 0,4499 Fst= 0,0848 Africanos 0,500 0,500 Ht= 0,4915 Fit= 0,0924 Alemes 0,280 0,720 Brasileiros 0,605 0,395 Media 0,435 0,565 1.2.FVVVFFVVFFFFFVVVVVFF Exerccio2 Populao f(A1)=p f(A2)=q f(A3)=r Hi=0,452 Fis=0,0305 TesteparaHWE Alemes 0,192 0,412 0,396 Hs=0,466 Fst=0,2834 A2=1,04 Islandeses 0,827 0,114 0,059 Ht=0,651 Fit=0,3052 I2=6,85 Yanomami 0,129 0,191 0,679 Y2=10,18rejeitoHWE Media 0,388 0,230 0,382

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