UNIVERSIDADE DA MADEIRA

Fac. Ciências da Vida BIOTECNOLOGIA - TP

1. Considere as sequências da proteína malato desidrogenase de cinco cianobactérias.

Pseudanabaena - M S K L T P N P S Y S V S M L I E L P N T A G K L A A V I N A L A A E G G N L S H I D L I E Q N R K F T V R E I T V N A -60
Synechococcus - M T K L T P S S S Y S I A L R I R L L N Q P G A L A R V T Q A I A E V G G S L S Q I D L I H Q S A A E T V R E I C V D A -60
Cyanobacterium - M T D L T P S S S F S L A V H L E L L N R A G A L A K V T N A I A S V G G S L G N I T L I E R N L Q T V K R E L Q I D A -60
Nostoc - M A D L T P N S S F S L T L R L Q I P N R V G M L A S V T Q A I A T S G G N L G Q I D L I E Q T R Q E S T R D I T V D A -60
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Pseudanabaena - S S N E H V E N L I V V V K D L P D I K L L Q V Q D R T F E I H K G G K I H I Q S T L P L K G Q D D L A M A Y T P G V G -120
Synechococcus - V S S E H A Q Q I Y T A V A S L A N V K V E R V V D R T F E L H R G G K L Q V V A K S P L E S A A D L A M A Y T P G V G -120
Cyanobacterium - S S S D H A D K I L D A I K S L E D V K I L Q V S D R T F E L H K G G K I R I E N R I E I K N S S D L A M A Y T P G V G -120
Nostoc - A S T E H A E T I V Q A I K E L P N I K L L D V Y D R T F N L H R G G K I S I T S R I A L K S V S D L A M A Y T P G V G -120
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Pseudanabaena - R V C M A I A D D K S K V F E F T I K S N T I A I V S D G S A V L G L G N I G P E A A M P V M E G K A M L F K E F A G L -180
Synechococcus - R V S L E I A A N P A A V Y E Y T I K G N S V G I V T D G S A V L G L G N V G P E A A L P V M E G K A A L F K R F A D I -180
Cyanobacterium - R I C K A I A E K P E E V F S L T I K S N S I A I V T D G S A V L G L G N L G A E A A L P V M E G K A M L F K G F A D I -180
Nostoc - R I C K A I A E N P E E V Y N L T I K Q N T V A I V T D G S A V L G L G N L G P A A A L P V M E G K A M L F K E F A G I -180
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Pseudanabaena - D A F P V C L A T Q N V D E I V E T V K R I S P V F G G V N L E D I S A P R C F E I E S R L Q K E L D I P V F H D D Q H -240
Synechococcus - D A F P L C L A T Q E V G E I V E T V V R L A P G F G G F N L E D I S A P R C F A I E S Q L K A R L N L P V F H D D Q H -240
Cyanobacterium - D A F P I C L A T Q D V E E I I S I V K N I I P V F G G V N L E D I A A P R C F E I E K R L Q E E L D V P I F H D D Q H -240
Nostoc - D A F P I C L A T Q N T D E I V Q A V K Q I A P V F G G V N L E D I A A P R C F E I E Q R L R Q E L D I P V F H D D Q H -240
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Pseudanabaena - G T A I V V L A A M L N A L K I V D K P I E T V R I V V N G A G A A G V A V A R L L K K A G A T R I L M C D S R G I I C -300
Synechococcus - G T A I V V L A A L L N A L K V V K K S L D E V R I V L N G A G A A G I A V T Q L L R R A G A A H I L V C D R Q G I L S -300
Cyanobacterium - G T A I V T M A A L I N A L K L V G K E I D K I R V V I N G A G A A G V A I A R L L N Q A Q C Y N I T L C D S K G I I S -300
Nostoc - G T A I V T L A A L Y N S L K L V H K S M A D I R I V I N G A G A A G V A I A R L L R K A G A Q T I L M C D S K G I L S -300
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Pseudanabaena - K D R S G L N A E K M E F A C I E T G N L A D A L R G A D V F L G L S I G N I V S S E M V R S M A D K R I V F A M A N P -360
Synechococcus - R S R S D L T P E K A A I A V E E K G S L A E A L V G A D V F I G V S V A N A L T V E M V E K M A P D P I V F A L A N P -360
Cyanobacterium - K D R E N L N A E K Q L L A V E K G G T L A D A L V D A D V F I G V S A P N I L T P D M V K T M A K D T I I F A M A N P -360
Nostoc - T S R T D L T E E K Q E F A V K A Q G T L A G A M Q G A D V F I G V S A P G V L T P E M V Q A M A K D P I V F A M A N P -360
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Pseudanabaena - I P E I Q P E L V A D D V A V M A T G R S D Y A N Q I N N V L A F P G V L R G A L D A R V Q H I T T D M H V E A A K A I -420
Synechococcus - V P E I Q P E L V G N R V A V M A T G R S D Y P N Q I N N V L A F P G V F R G A L D C R A K Q I N T E M C V A A A Q A I -420
Cyanobacterium - I P E I Q P E L I K D I A A V V A T G R S D Y P N Q I N N V L A F P G I F R G A L D C R A K G L T T E M Y L Q A A G A I -420
Nostoc - I P E I Q P E L V S K T V A I M A T G R S D Y P N Q I N N V L A F P G V F R G A L D C R A K E I T T K M Y L E A A S A I -420
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Pseudanabaena - A A L V T A D E L A P D F I I P S V F D H R V A P A V S T A I K Y I A N Q L G L S R V - -463
Synechococcus - A A L I P A E E L D P Q W I I P S V F D G R V V P Q V A A A V I Q A A R Q T G V A G I P -464
Cyanobacterium - A S L V S T E E L N K E H I V P S V F D P R V A T V V A E A V K K A A R E A G V A R N - -463
Nostoc - A S L V N P A D L N P E H I I P S V F D A R V A P A V A A S V Q R A A R E E G I A K S - -463
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a) Que sequências são preferencialmente escolhidas para desenhar um par de primers?

b) Escolha e assinale duas regiões que permitam a amplificação de um fragmento por PCR com c.a. de
300-600 pb. Desenhe os primers correspondentes às regiões escolhidas.

primer forward: 5’-

primer reverse: 5’-

c) Calcule a temperatura de hibridação desses primers.

d) No final da reacção, qual é o tamanho do fragmento esperado?