IVESCOLA DEMODELAGEMMOLECULAR EM SISTEMASBIOLGICOS

LaboratrioNacionaldeComputaoCientfica
1317deOutubrode2008
ORGANIZAO LaboratrioNacionaldeComputaoCientfica LNCC/MCT InstitutodeBiofsicaCarlosChagasFilho IBCCF/UFRJ FundaoOswaldoCruz PROCC/FIOCRUZ

APOIO FAPERJ LNCC FIOCRUZIBCCFIST

ComitOrganizador LaurentE.Dardenne(LNCC/MCT) ErnestoR.Caffarena(PROCC/FIOCRUZ) PedroG.Pascutti(IBCCF/UFRJ)

www.bioinfo.ufrj.br/ivescola

Secretaria SniaBrandoLNCC/MCT

Palestrantes:
AdriannoD.AndricopuloInstitutodeFsicadeSoCarlos/USPaandrico@if.sc.usp.br ArakendosSantosWerneckFCE/UnBaraken@unb.br DiegoBarretoIBCCF/UFRJdiego@biof.ufrj.br ErnestoR.CaffarenaPROCC/FIOCRUZernesto@fiocruz.br FbioC.L.AlmeidaInstitutodeBioqumicaMdica/UFRJfalmeida@cnrmn.bioqmed.ufrj.br FbioLimaCustdioLNCC/MCTflc@lncc.br FernandoLuisBarrosodaSilvaDep.deFicaeQumica/FCFR/USPfernando@fcfrp.usp.br GerdBrunodaRochaDept.deQumica/UFPBgbr@quimica.ufpb.br HubertStassenInstitutodeQumica/UFRGSgullit@iq.ufrgs.br HugoVerliFaculdadedeFarmcia/UFRGShverli@cbiot.ufrgs.br KalineRabeloCoutinhoInstitutodeFica/USPkaline@if.usp.br KlberCarlosMundimInstitutodeQumica/UNBkcmundim@unb.br LaurentEmmanuelDardenneLNCC/MCTdardenne@lncc.br MarceloZaldiniDept.deCinciasFarmacuticas/UFPEzaldini@ufpe.br MunirSkafInstitutodeQumica/UNICAMPskaf@iqm.unicamp.br PedroGeraldoPascuttiIBCCF/UFRJpascutti@biof.ufrj.br PriscillaZ.CaprilesGoliattLNCC/MCTcapriles@lncc.br RicardoBiccadeAlencastroInstitutodeQumica/UFRJbicca@iq.ufrj.br TcioViniciosA.FernandesIBCCF/UFRJtacio@chagas.biof.ufrj.br

MiniCursosPrticos: IIntroduoDinmicaMolecular(programaGROMACS)(DiegoBarretoeTcioFernandes) IIMtodoLIE(LinearInteractionEnergy)paraclculodeEnergiaLivre(ErnestoCaffarena) IIIPrediodeEstruturasdeProtenasviaModelagemComparativa(PriscilaCapriles) IVPrediodeEstruturasdeProtenasporPrimeirosPrincpios(FbioCustdio) VClculosQunticosabinitiodeEstruturaEletrnica(ArakenS.Werneck) VIClculosQunticosSemiEmpricosdeEstruturaEletrnica(GerdBruno) VIIModelagemMoleculardaspropriedadeseletrostaticasdeproteinasecomplexosmoleculares Deconceitosbasicosaaplicacoespraticas(FernandoBarroso) VIIIMtodoMonteCarloparaSimulaodeLquidos(KalineCoutinho) IXEfeitoSolventeAMetodologiaAGOA(MarceloZaldini)

PROGRAMAIVEMMSB
Segundafeira,13deoutubrode2008 08:0018:30 09:0010:00 10:0011:00 11:0011:20 11:2012:20 12:2013:20 13:2014:30 14:3018:45 Inscries DinmicaMolecularnoPlanejamentodeFrmacos(PedroPascutti) MiniCurso:TeoriaeAlgoritmosemDinmicaMolecular(HubertStassen) CoffeBreak PrediodeEstruturasdeProtenasviaModelagemComparativa(PricilaCapriles) MiniCurso:TeoriaeAlgoritmosemDinmicaMolecular(HubertStassen) Almoo CursosPrticos

Terafeira,14deoutubrode2008 09:0010:00 10:0011:00 11:0011:20 11:2012:20 12:2013:20 13:2014:30 14:3018:45 HidrataoemSistemasBiomoleculares(MunirSkaf) MiniCurso:TeoriaeAlgoritmosemDinmicaMolecular(HubertStassen) CoffeBreak AplicaesdaTcnicadeRMN(FbioC.L.Almeida) PrediodeEstruturasdeProtenasporPrimeirosPrincpios(FbioCustdio) Almoo CursosPrticos

Quartafeira,15deoutubrode2008 09:0010:00 10:0011:00 MtodosQunticoseParametrizaesSemiEmpricas(GerdBruno) MtodoMonteCarloAplicadoaoEstudodeMolculaseProcessosReativosem Soluo(KalineCoutinho) 11:0011:20 11:2012:20 12:2013:20 CoffeBreak SessodePosters MtodoHbridoQM/MMparaEstudarPropriedadesEletrnicasdeSistemas MolecularesemSoluo(KalineCoutinho) 13:2014:30 14:3018:45 19:0022:00 Almoo CursosPrticos Coquetel

Quintafeira,16deoutubrode2008 09:0010:00 AQumicaMedicinaleaIntegraodeMtodosComputacionaiseExperimentais noPlanejamentodeFrmacos(AdrianoD.Andricopulo) 10:0011:00 DesenvolvimentoeImplementaodeSoftwaresparaPlanejamentodeFrmacos (MarceloZaldini) 11:0011:20 CoffeBreak

11:2012:20 12:2013:20 13:2014:30 14:3018:45

MtododologiasdeDockingMolecularReceptorLigante(LaurentDardenne) ClculodeEnergiaLivreutilizandoDinmicaMolecular(ErnestoCaffarena) Almoo CursosPrticos

Sextafeira,17deoutubrode2008 09:0010:00 Microencapsulacaodoavesso:Aspectosfisicoquimicosdacomplexacaode proteinasepectinaparaaplicacoesemcienciasfarmaceuticasealimentos (FernandoBarroso) 10:0011:00 11:0011:20 11:2012:20 12:2013:20 ModelagemdeCarboidratoseGlicoprotenas(HugoVerli) CoffeBreak OtimizaodeEstruturasMolecularesporMtodosEstocsticos(KlberMundim) DinmicaMolecularAplicadaaoEstudodeMacromolculasBiolgicas(Ricardo BiccadeAlencastro) 13:2014:30 14:3015:00 Almoo Hidrophobic Interaction: Dependence with pressure, solute concentration and temperature in clustering of LennardJones particles. The importance of solvent (GastonFerrara) 15:0015:30 MolecularevolutionandstructuralaspectsofFungi,Animalia,Plantae,andProtista alcoholdehydrogenasefamily(ClaudiaE.Thompson) 15:3016:00 16:0016:30 DockingMolecularAplicadoaDNA:validaodeumprotocoloparaidentificaode modosdeinteraoentrecidosnuclicoseseusligantes(ClarisseG.Ricci) EstudodeDerivadosdaArtemisininacomatividadeAntimalricausandoMapasde MEPs,DockingMoleculareAnaliseMultivariada(CarlaCarolinaF.Menezes) 16:3016:45 16:4517:15 Intervalo Computationalstudiesof1Hpyrazole4carbohydrazidesderivativeswithpotential trypanocidalactivity(AlessandraMendonaTelesdeSouza) 17:1517:45 ModelagemMoleculardeumasriedefenilamidinasantagonistasdoreceptorde NMDAedesenhoracionaldenovosderivadosdetriazolilamidinas(PaulaA.Abreu) 17:4518:15 Simulao via Dinmica Molecular das Interaes entre o frmaco antitumoral ecteinascidinaeoligonucleotdeos(MelinaMottin) 18:1518:45 EstruturaeSolvataodoDiazepamemMeiomAquosoUsandoMtodoMQ/MM (RafaelS.Margarido)

TRABALHOSAPRESENTADOSEMFORMADEPOSTER 1 Physicochemical properties of the complex CalciumCalbindin D9K: The mutationE60Qpuzzle AndrA.R.Teixeira,FernandoLusBarrosodaSilva 2 TheoreticalsolvationmodeloftheHarmaneinaqueoussolution. TarcisoFilhoandJordanDelNero 3 QSARINVESTIGATIONOF3BENZAZEPINENEWDERIVATIVES EliergeBarrosCosta,WilliamsJ.C.Macedo,MariadaGloriaG.Cristino,AntonioFlorncio deFigueredo,CleydsonB.Rdossantos,FbioMotaRosa,JosCiracoPinheiro. 4 ESTUDO COMPUTACIONAL DE DERIVADOS DE TRYPTANTHRINS COM ATIVIDADEANTIMALRICA FbioM.Rosa; EliergeBarrosCosta,CarlaCarolinaF.Menezes,JooEliasVidueira Ferreira,WilliamsJ.C.Macdo,JosCiracoPinheiro. 5 HidrophobicInteraction:Dependencewithpressure,soluteconcentrationand temperatureinclusteringofLennardJonesparticles.Theimportanceofsolvent. GastnFerrara,AndrsN.McCarthy,andJ.RalGrigera 6 MolecularevolutionandstructuralaspectsofFungi,Animalia,Plantae, andProtistaalcoholdehydrogenasefamily ClaudiaE.Thompson,FranciscoM.Salzano,LoretaB.Freitas,OsmarN.deSouza 7 USO DE TCNICAS DE MODELAGEM MOLECULAR PARA O ESTUDO DA RELAO ESTRUTURAATIVIDADE DA HAPTOGLOBINA E SUAS VARIANTES POLIMRFICAS Plnio Cunha Sathler, Leonardo Alves Miceli, Carlos Rangel Rodrigues, Helena Carla Castro 8 Docking Molecular Aplicado a DNA: validao de um protocolo para identificaodemodosdeinteraoentrecidosnuclicoseseusligantes. Ricci,C.G.;Netz.P.A. 9 EstudodeDerivadosdaArtemisininacomatividadeAntimalricausando MapasdeMEPs,DockingMoleculareAnaliseMultivariada CarlaCarolinaF.Menezes,JooEliasVidueiraFerreira,EliergeBarrosCosta,Antonio Florncio de Figueredo, Maria da Gloria G.Cristino, Fbio Mota Rosa, Jos Ciraco Pinheiro. 10 Computational studies of 1Hpyrazole4carbohydrazides derivatives with potentialtrypanocidalactivity Souza,A.M.T.,Gomes,A.,Castro,H.C.,Brito,M.A.,Albuquerque,M.G.,Charret,K.S., Amaral,V.F.,Ferreira,V.F.,Albuquerque,S.,Bernardino,A.M.R.,Rodrigues,C.R. 6

11 SIMULAOCOMPUTACIONALDEAGONISTASDEESTRGENOSFRENTE SEURECEPTORUSANDODINMICAMOLECULAR Guimares,E.S.;Stringhetta,J.P.S.;Preza,S.L.E.1;Margarido,R.S.;Ferreira,J.V.B.; Kassab,N.M.;Amaral,M.S. 12 ESTUDODEMODELAGEMPORHOMOLOGIADEENZIMASMETILCOENZIMA REDUTASE(MCR) Silva,J.R.A.,Silva,J.L.,Alves,C.N.,Silva,M.R.,SilvaRocha,R. 13 ModelosdaenzimaDihidrofolatoRedutaseTimidilatoSintasedoorganismo LeishmaniamajorgeradosatravsdeModelagemporHomologia Anjos,I.C.;Rgo,T.G.;Rocha,G.B. 14 ESPALHAMENTODEPSITRONSPORMOLCULASDEH2O WagnerTenfen,SrgioEduardoMichelin,KahioTibrioMazon,FelipeArretche. 15 Modelagem Molecular de uma srie de fenilamidinas antagonistas do receptordeNMDAedesenhoracionaldenovosderivadosdetriazolilamidinas Abreu,P.A.;Castro,H.C.;Frugulhetti,I.C.P.P.;PaesDeCarvalho,R.; Rodrigues,C.R.; Giongo, Viveca; Caversan, O.M.; Marins, L.M.S.; Andr M. Henriques; Pinheiro, S., Albuquerque,M.G. 16 Kineticandstructuralcharacterizationoffumaratehydratasefrom Leishmaniamajor PatrciaRosaFelicianoandMariaCristinaNonato 17 IdentificaodaAtividadeAntimicrobianadenorlapachonasfrenteacepas deEnterococcusfaecalis Andr Luiz Pinto Guedes Loureno, Paula A. Abreu, Carlos Rangel Rodrigues, Eufranio_Jnior,VitorF.Ferreira,HelenaC.Castro,. 18 SimulaoviaDinmicaMoleculardasInteraesentreofrmacoantitumoral ecteinascidinaeoligonucleotdeos. MelinaMottin,AlexSandroC.deAndrade,PauloAugustoNetz,HermesL.N.deAmorim. 19 ESTRUTURA E SOLVATAO DO DIAZEPAM EM MEIO AQUOSO USANDO MTODOMQ/MM
Margarido,R.S.;Preza,S.L.E.;Ludwig,V.E.;Ferreira,J.V.B.;Kassab,N.M.;Amaral,M.S.

20 RelaoentreosparmetrosQumicosQunticoseaAtividadeBiolgicade AnlogosdaDeoxartemisininacomSubstituionoC10 CarlaCarolinaF.Menezes,MariadaGloriaG.Cristino,EliergeBarrosCosta,CleydsonB. Rdossantos,FbioMotaRosa,JosCiracoPinheiro 21 EstudodedockingmanualdeinibidoresdaFAK(FocalAdhesionKinase)e suacorrelaocomdadosexperimentais 7

DanielAugustoBarradeOliveira,MaraldeOliveiraNeto 22 STRUCTURAL AND BIOCHEMICAL CHARACTERIZATION OF A NEW INORGANIC PYROPHOSPHATASE FROM THE CATTLE TICK RHIPICEPHALUS (Boophilus)MICROPLUS EveniltonP.Costa,JorgeH.Fernandez,EldoCampos,CarolineP.deAndrade,PaulaC. Pohl,ArnoldoR.Faanha,AoiMasuda,ItabajaraVazJr.andCarlosLogullo 23 PapeldaaGlicosidasenasntesedehemozonaemRhodniusprolixus Mury,FB.,Ferreira,LS.,Silva,J.R.,S,LFR,Oliveira,M.F.,Oliveira,PL.,Silva,CP,Dansa Petretski,M. 24 InvestigationofIntrinsicPlasticityofFalcipain2onSubstrateRecognition Celestino,P.S.F.,Gomes,D.E.B,Pascutti,P.G. 25 BINDINGSSITESOFPROTOPORPHYRINIXONHUMANSERUMALBUMIN:A MOLECULARDYNAMICSTUDY TeobaldoRicardoCuyaGuizado,SoniaReanuxWanderleyLouro,PedroGeraldoPascutti 26 InvestigaodaAditividadedaRotaoticaemSistemasQuirais RenatoV.daSilva,BenedettaMennuccieClarissaO.daSilva 27 AlgoritmoEvolutivoeModeloHPparaPrediodeEstruturasdeProtenas P.H.R.Gabriel,T.W.Lima,A.C.B.Delbem 28 EstudodoCampodeForaparaaEmodina AntonioR.Cunha,M.TeresaLamyeKalineCoutinho 29 EstruturaodoEumenineMastoparano(EMPAF) DeniseC.deMelo,JorgeChahine 30 Estudo terico da interao do complexo 5a,6 anidrotetraciclinaaquocloroplatina(II) com 5GPG3: um hbrido intercalante alquilante BrunaLuanaMarcial1eHlioF.DosSantos 31 ModelageminsilicodaprotenaMelittinIIdeApismellifera deSouza,M.L.,Jorge,D.M.,Giuliatti,S. 32 EstudosTericosdosEfeitosdeSolventesnaEstabilidadeConformacionale noEspectrodeAbsoroEletrnicadoxidoMesitil MarcusV.A.DamascenoeKalineCoutinho 33 Analysis of outer and cytoplasmic membranes proteins from GluconacetobacterdiazotrophicususingMHOLline Manuela Leal da Silva, Patrcia M. de Barros, Letcia Miranda Lery Santos, Paulo MascarelloBisch 8

34 ComparativemodelingofproteinsinvolvedinVibriocholeraeO1Pistarvation response Leite,D.M.C.,VianezJnior,J.L.S.G.,Bisch,P.M. 35 CRYSTALOGRAPHIC STUDIES OF CHLOROCATECHOL 1,2DIOXYGENASE FROMPSEUDOMONASPUTIDA JoaneKathelenRodriguesRustiguel;AnaPaulaUliandeArajo,AntonioJosdaCosta Filho,MariaCristinaNonato 36 EstudoTericodeNovosDerivadosdaartemisininaContendoAcarcom atividadeantimalricausandoSAReQSAR EliergeBarrosCosta,CleydsonB.Rdossantos,WilliamsJ.C.Macedo,MariadaGloria G.Cristino,ThiagoLuizDiasGomes,JosCiracoPinheiro 37 ABINITIOSTUDYOFTHEHSANTERMINALBINDINGSITE M.BrownGonalves,G.F.Caramori,L.deRezende,A.M.D.C.Ferreira,H.M.Petrilli 38 AnlisedePropriedadesDinmicaseEstruturaisdoxidodePolietilenode DiferentesComprimentosemSoluoAquosa DeniseC.deMelo,ricaT.Prates,EdvaldoSabadini,MunirS.Skaf 39 DINMICA MOLECULAR DE PROTENAS: ESPECTROS DO ABSORO DE REPRESSORDETETRACICLINA
Preza,S.L.E.;Margarido,R.S.;Ludwig,V.E.;Ferreira,J.V.B.;Kassab,N.M.;Amaral,M.S.

40 EFEITOS DE DPINITOL NO ARMAZENAMENTO DE PROTENAS E AMIDO DURANTEAGERMINAODESEMENTES Ribeiro, E.S., Souza, S.C., Gomes da Silva, L., Fernandes, K.V.S., XavierFilho, J. & Oliveira,A.E.A. 41 GNATT:UmaFerramentaparaauxiliaranlisederedesgnicaseproticas JosL.RybarczykFilho,MauroA.A.CastroeRitaM.C.deAlmeida 42 Utilizao de Ferramentas Computacionais para Caracterizao de SeqnciasGenticas LauritadosSantos,ReinaldoR.RosaeGntherJ.L.Gerhardt 43 IDENTIFICATION AND CHARACTERIZATION OF PROTEINS INVOLVED IN mRNAEXPORTFROMNUCLEITOCYTOPLASMINT.cruzi SERPELONIM.1,HOFFMANG.F.1,VIDALN.M1.,MUNIZJ.R.C2.,FIGUEIREDOQ.B.C. R.3,PROBSTC.M.1,ALVESL.1,GOLDENBERGS.1,VILAA.R1. 44 NovaMetodologiadeDeterminaodeCargasAtmicas LourdesM.deMorais,FernandoC.Rangel,KleberC.Mundim 45 PORTALMHOLline:UMWORKFLOWPARAMODELAGEMCOMPARATIVAEM GRANDEESCALA DamsioA.A.Ferreira,LaurentE.DardenneePriscilaV.S.Z.Capriles 9

46 ConstruodeBibliotecasdeFragmentosparaaPrediodeEstruturasde Protenas Santos,K.B.,Custdio,F.L.,Dardenne,L.E. 47 Obteno terica de um prottipo para membranas celulares de fosfatidilcolina CinthiaSantosSoareseClarissaOliveiradaSilva

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Resumo1
PhysicochemicalpropertiesofthecomplexCalciumCalbindinD9K: ThemutationE60Qpuzzle AndrA.R.Teixeira(IC),FernandoLusBarrosodaSilva(PQ) DepartmentofPhysicsandChemistryFCFRP/USPRibeiroPretoSP http://glu.fcfrp.usp.br/bpc Several biochemical processes and phenomena are largely driven by electrostatic interactions (Jnsson,B.etal.,2007).Atthiswork,ourmaingoalistostudythecomplexformationbetween calciumionsandtheE60QCalbindinD9K(CaB)mutant.Residue60seemstohaveakeyinfluence onbothCaBbindingsites.Wefocusedhereontwocentralissues:(a)theunderstandingofthe differencesbetweentheoreticalandexperimentaldataonlyfoundforthismutant(Svensson,B.et al.,1990,Jnsson,B.etal.,2007),and(b)tovalidatetheanomalousbehavioroftheresidueGlu60 observed in the wildtype CaB (pdb id 3ICB) by previous molecular dynamics (MD) studies (Ahlstrom, P. etal.,1989;Vecchi,S.M.etal.,nonpublished). SeveralCaBstructures from differentsources(Xray,NMRandobtainedbyMD)wereutilizedinthepresentanalysis.Sincefor bothNMRandMDstructures,thereisnotasinglewelldefinedstructureandthestatisticalweights forthesesetofconfigurationsareunknown,wehaveanalyzedbothsingleandaveragedstructures. CoarsegrainedmodelsintheMcMillanMayerlevelareusedtomodelthesystemtogetherwiththe socalledCellModel.Ourmainoutcomeswerederivativesofthefree(electrostatic)energywhich werecalculatedbytwodifferentapproaches:theTanfordKirkwood(TK)protocolandMonteCarlo simulations.MonteCarlo(MC)simulationswerealsocarriedinordertotitratetheproteinasa function of pH and obtain the pKa values of the residue Glu 60 for each different structure. PreliminaryresultsobtainedbytheTKapproachshowthatallstructuresinthewildformbehave equallyinresponsetotheionicstrength.Nevertheless,fortheE60Qmutation,thedataisvery sensitivetothechoiceoftheproteinstructure.Largedifferenceswereobserved(upto3pKunits!). ThetitrationswerecarriedouttounderstandtheelectrostaticbehavioroftheresidueGlu60at differentenvironmentswhichmakespossibletocomparethesimulateddatawiththeexperimental proteinbehavior.Wefoundminordifferencesbetweenthevaluesobtainedforallthestructures(apo form).Theseresultsclearlyshowthatthedifferencesbetweenthesidechainconformationsofthe structuresobtainedbydifferentmethodshavegreatinfluenceintheoreticalcalculationswhichcan betheinitialhintinordertoeffectivelyexplainthediscrepantbehaviorofthemutantE60Q. 11

Resumo2

TheoreticalsolvationmodeloftheHarmaneinaqueoussolution. TarcisoFilhoandJordanDelNero
InstitutodeCinciasExataseNaturais,FaculdadedeFsica,Universidade FederaldoPar,66075110,Belm,Par,Brazil.

The carbolinesareagroupofalkaloidsformedbyatricyclicpyrido(3,4b)indolering. Considerableattentionhasbeenaimedonthespectroscopyfeaturesofthesesystems.Inlargepart, this is associated with their known phototoxic effects towards various organisms. Their phototoxicity also appears to be strongly associated with the diffusion of these molecules into lipophilicregionsofcellsorotherbiologicaltargets. Inthiswork,wereportresultsfromthestudyofabsorptionspectrumofthe carboline Harmane in aqueous solution by means of the sequential Monte Carlo / quantum mechanics methodology.Theaveragecomputedvaluesfor *transitionenergiesoftheHarmaneobtainedin thecurrentworkareinverygoodconformitywiththeexperimentalobservations. Infact,thedatapresentedinthisworkdemonstratethatuseofthecombinationofclassical andquantummechanicaltechniquesisanusefultechniquetomodelsolvationofbiomolecules.

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Resumo3 QSAR INVESTIGATION OF 3BENZAZEPINE NEW DERIVATIVES

EliergeBarrosCosta,WilliamsJ.C.Macedo,MariadaGloriaG.Cristino,AntonioFlorncio deFigueredo,CleydsonB.Rdossantos,FbioMotaRosa,JosCiracoPinheiro.
LaboratriodeQumicaTericaeComputacional,DepartamentodeQumica,InstitutodeCinciasExatase Naturais,UniversidadeFederaldoPar,CP101101,CEP66075110,BelmPA,Brasil.

The aim of the present study was to investigate the compounds from a series of 3 benzazepinederivativesas5HT2creceptoragonists.The5HT2creceptorisoneofmorethan14 different5HTreceptorsubtypes,crucialforbehaviouralresponses,feedingandsatiety. Thecorrespondingcompoundswhenboundto5HT2creceptorhaveshowntobepotentand selective in theobesitytreatment.These3benzazepinederivativeswithactivityinthe5HT2c receptor are designedwiththe aidof quantumchemicalandpartial least squaremethods. The compoundofthefig.1wasinitiallystudiedasastartpointofthecurrentinvestigationandafter that,itsderivativeswithactivityagainstobesityinthe5HT2creceptorwereindeedstudied. All the compounds were initially studied with the ab initio HartreeFock (HF) level of computationand321G*basissetusingtheGaussian98suiteofprograms.Afterthisprocess,we computedthemoleculardescriptorsbymeansoftheDragonprogram. According to the PCA and HCA analysis, HOMO1, charge on carbon 11 (QC11), informationcontentindex(ICO)andRmaximumautocorrelationoflag2/weightedbyatomic masses(R2m+)descriptorsareresponsiblefortheseparationbetweencompoundswithhigherand loweractivityinthe5HT2creceptor.Correspondly,theQSARmodelwasbuiltbymeansofthe PLSmethodusingatrainingsetof26compoundswiththreeprincipalcomponentsexplaining83.52 %ofthetotalvariance. ThePLSqualitymodel(pEC50=0.2524HOMO1+0.3255QC11+ 0.3488ICO+0.3405R2m+)wasevaluatedforQ2=0.84,R2=0.90,SEP =0.30andF (4,21)=47.25. Theregressionmodelwasappliedtopredicttheunknownactivitiesof20benzazepinesderivatives newcompounds.

8 7 6

1 10

2 3 4

11

Figure1.Molecularstructureofthe8bromo7methoxy1methylbenzazepine

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Resumo4
ESTUDOCOMPUTACIONALDEDERIVADOSDETRYPTANTHRINS COMATIVIDADEANTIMALRICA
FbioM.Rosa(PG);EliergeBarrosCosta(PG),CarlaCarolinaF.Menezes(IC),JooEliasVidueira Ferreira(PG),WilliamsJ.C.Macdo(PG),JosCiracoPinheiro(PQ).
LaboratriodeQumicaTericaeComputacional,FaculdadedeQumica,InstitutodeCinciasExataseNaturais,Universidade FederaldoPar,CP101101,CEP66075110,Belm,PA,Amaznia,Brasil.

Nestapropostasoestudados23compostosderivadosdaTryptanthrinscomousodepotencialeletrosttico molecular (MEP), anlise de componente principal (PCA) e anlise hierrquica de grupamento (HCA) relacionando com o parmetro de atividade IC50 de cada molcula. As estruturas das molculas foram otimizadascomomtodoHF/321GimplementadacomoprogramaGaussian98,assimcomoosdescritores selecionados.OmtodoPCAeHCAfoimodeladacomoprogramaPirouette.OsmapasdeMEPforam visualizadoscomoprogramaMolekel. AFigura2mostraosmapasdeMEPparaa(a) Tryptanthrins edoisderivadosestudados(b)maisativo composto2e(c)menosativocomposto11.Deacordocomessafiguraasregies1,2,3e4deMEP correspondeaogrupofarmacfaro,ouseja,aregiodaTryptanthrinsmelhorreconhecidapeloreceptor.

N N

O N

O N O O N N N N

Cl F

O N

Cl

O N N N

2
Cl

O O N N N

O O

4
N N O

O O N N S

H3C

N O N Cl

O O N

O O N

7
O N N

8
Br

9
O N

10
N H O N HO S N

4 3 2 1

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Cl N O N O N

12
O O N N O N

13
O

O O N N N O N N

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O N

16
O N N

O O O N

O F F O O

Cl

F N

H3C

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O N

18
Br HO

19
N Cl
H 3C

20

N N

21

N CH3

22

23

(a)

(b)

(c)

Figura 1. Estrutura da Tryptanthrins.

Figura2.MapasdeMEPparaaTryptanthrins(a)edoisderivadosestudados (b)maisativoe(c)menosativo.

NaaplicaodePCAforamselecionadososdescritoresLUMO, (momentodipolar),Q3(cargasobreo tomo3decarbonodoanelbenznico)eSPI(perfilestrutural).Astrscomponentesprincipaisdescrevem 93,3%dainformaooriginalparaos23derivadosdeTryptanthrins.

(a)

(b)

Figura3.(a)grficodosscores.(b)grficodoslodings.(c)dendogramaobtidopelaHCA.

(c)

DeacordocomaFigura3(a)oscompostosestudadosestodistribudosemduasregies.Umadelascontm oscompostosmaisativos(2,3,4,5,13,14,15,16,18,19,20,22)eaoutraosmenosativos(1,6,7,8,9,10, 11,12,17,21,23).NaFigura3(b)observamosqueoscompostosmaisativostmprincipalcontribuiodos descritores,Q3eSPI,enquantoosmenosativostmmaiorcontribuiododescritorLUMO.JaFigura 3(c)mostraodendogramaobtidonaHCA,observarsequeosdoisgrupos,soosmesmosobtidospeloPCA. Assimconclumosque: 1. Osderivados de Tryptanthrins ativosapresentamregiesdeMEPmaisnegativascorrespondente ao farmacfarodessasmolculas. 2. APCAseparouos23compostosdasrieestudadaemduasclasses.Osmaisativos(2,3,4,5,13,14,15, 16,18,19,20,22)eosmenosativos(1,6,7,8,9,10,11,12,17,21,23). 3. Odendogramaobtidoparaos23compostoscomatividadeantimalrica,mostraqueosresultadosda HCAconfirmamosdaPCA.

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Resumo5

Hidrophobic Interaction: Dependence with pressure, solute concentration and temperature in clustering of LennardJones particles. The importance of solvent
Gastn Ferrara, Andrs N.McCarthy, and J.Ral Grigera

While the hydrophobic effect is one of the most relevant interactions, it may be said that in the case of biological systems this effect becomes of determinant importance. Although the matter has been analyzed extensively, certain aspects are yet to be elucidated. The dependence of this interaction with pressure and temperature presents an abnormal conduct. We have been able to reproduce this behavior qualitatively and quantitatively. We have worked analyzing firstly the clustering of Lennard-Jones particles in water under different conditions of size, concentration, temperature, and pressure. Secondly, we studied the non-clustering of these particles when the solvent is replaced by Lennard-Jones particles under different conditions of temperature and concentration. This simple model is analyzed by means of Molecular Dynamics Simulation, which allows us to change easily the conditions of the system. The results obtained show notable agreement with the available experimental data, which establishes a clear validation for both model and method. From our results, we may state that the hydrophobic interactions are responsible for the clustering of non-polar particles in solution.

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Resumo6
MolecularevolutionandstructuralaspectsofFungi,Animalia,Plantae,andProtista alcoholdehydrogenasefamily
ClaudiaE.Thompsona,FranciscoM.Salzanoa,LoretaB.Freitasa,OsmarN.deSouzab a DepartamentodeGentica,InstitutodeBiocincias,UniversidadeFederaldoRioGrandedoSul; b Laboratrio de Bioinformtica, Modelagem e Simulao de Biossistemas, Faculdade de Informtica,PontifciaUniversidadeCatlicadoRioGrandedoSul,PortoAlegre,RS,Brazil. The alcohol dehydrogenase (Adh) genes encode glycolytic enzymes which have been characterized inallkingdoms.Theymaybeinvolved,indifferentorganisms,withtheethanol, norepinephrine, dopamine, serotonin, and bile acid metabolism. However, the diversification processwhichoccurredinthesesubstancesalongevolutionisnotwellknown.Itsfamilyshowsa highconservationofzinccontaininglongchain(LC)ADHs,anddiversifiedmetabolicfunctions. TherelationshipamongthedifferentclassesofADHbelongingtothedifferentkingdoms wasinvestigated,demonstratingthattheeventsofmultipleduplicationhavebeenresponsibleforthe increaseofdiversityofthisenzyme.Withinthechordates,thephylogeneticanalysisindicatesthat duplicationshaveoccurredleadingtoamultiplicityofADHsforms.Infish,twomainclusterswere identified:ADH1andADH3.Intetrapods,newformsofADHhaveemerged,andinallclassesthe ADH2isclosertotheADH1thanADH3.Besidesthis,theADH4andADH5seemtoberesultof theduplicationoftheADH1.TheFungiKingdompresentthetrickiestresults:multipleeventsof duplicationareresponsibleforthediversificationoftheenzyme,correspondingtothebirthand deaththeoryofevolution.TheplantresultswerepublishedbyusinGene(v.396,p.108115,2007). TheADHfamilyexpansionexemplifiesaneofunctionalizationprocesswithreiterativeduplication eventsleadingtonewactivities.Noindicationofpositiveselectionwasencounteredforthe Adh genefamily.However,thecoefficientsoffunctionaldivergence()estimatedbetweentheisoforms indicate statisticallysignificantsitespecificshiftof evolutionaryratebetweenthem,aswell as betweenthoseofdifferenttaxonomicgroups,suggestingthatalteredfunctionalconstraintsmaytake placeatsomeaminoacidresiduesafterspeciation.Theaminoacidsresiduesimportantforthe functionaldivergenceofthisenzymewereidentifiedintheADHtridimensionalstructure.Thenext step will be performing molecular dynamics simulations to better understand the functional differencesamongtheADHforms.Thisisabriefversionofaworkthatwillbesubmittedto publicationelsewhere. Financialsupport:InstitutosdoMilnioandProgramadeApoioaNcleosdeExcelnciaProjects, CNPq(ConselhoNacionaldeDesenvolvimentoCientficoeTecnolgico),FAPERGS(Fundaode AmparoPesquisadoEstadodoRioGrandedoSul),PROPESQUFRGS(PrReitoriadePesquisa daUniversidadeFederaldoRioGrandedoSul),andPRPPGPUCRS(PrReitoriadePesquisae PsGraduaodaPontifciaUniversidadeCatlicadoRioGrandedoSul).

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Resumo7

USODETCNICASDEMODELAGEMMOLECULARPARAOESTUDO DARELAOESTRUTURAATIVIDADEDAHAPTOGLOBINA
ESUASVARIANTESPOLIMRFICAS PlnioCunhaSathlera*,LeonardoAlvesMicelia,CarlosRangelRodriguesb, HelenaCarlaCastroa a LABioMol,Dep.deBiologiaCelulareMolecular,UFF,RJ.bModMolQSAR,Fac.deFarmcia, UFRJ,RJ. A modelagem molecular compreende mtodos computacionais tericos utilizados para preveredescreverasestruturasmolecularesesuarelaocomafunobiolgicadestasmolculas. Estesmtodosincluemamodelagemmolecularporhomologiaquesebaseianaconservaoda conformaoestruturalduranteoprocessoevolutivoeminmerasfamliasdeprotenas,aindaque estasapresentemvariaesnaestruturaprimria.Nestetrabalho,temoscomoobjetivoutilizaresta tcnicaparaconstruirmodeloseestudararelaoestruturaatividadedahaptoglobina(Hp),uma 2sialoglicoprotenaplasmticadimricaqueinteragecomahemoglobinalivre,ecujaestrutura tridimensional ainda no foi determinada experimentalmente, incluindo tambm suas variantes polimrficasHp1(F)eHpR.ParaesteestudoutilizamososprogramascomputacionaisClustalW2, SwissmodelDeepview/SwissPDBViewerVerso3.7eProcheck.Osnossosresultadosnoestudo dehomologiamostraramqueacadeialevedaHp1similarasproteasesdosistemacomplemento C1r(domniocatalticozimgeno)eC1s,eaapoliprotenaH(24%,27%e15%respectivamente), enquantoacadeiapesadasimilaraC1r(domniocatalticoativo)eadiversasserinoproteases comosqueparticipamdacascatadacoagulao(ex:trombinaefatorX29%).Osmodelos tericosdassubunidadesedaestruturamonomricadaHp1esuasvariantes[Hp1(F)eHpR]foram construdosesemostraramestveispelaanlisedogrficodeRamachandran.Elesapresentaram baixos valores de RMS na anlise comparativa com as protenas homlogas, indicando a conservaoestruturalesimilaridadenoenovelamentocaractersticodasserinoproteases,apesarda Hpserumaprotenadetransporteenoumaenzima.Umestudorecentemostrouqueaecotina,um inibidordeserinoproteases,capazdeseligarahaptoglobinaeprovavelmenteporcausadissose mantm na circulao por mais tempo que protenas do mesmo tamanho, quando injetada em camundongos.Assim,osmodelosdaHpesuasvariantespoderoserfuturamenteutilizadosno estudotericosobreainteraoentreaHpesuasvariantescomaecotina,podendoauxiliarna compreensomaisamplasobreaatuaodestasmolculasnosvriosprocessosbiolgicosemesto envolvidas.SuporteFinanceiro:UFF,FAPERJeCNPQ.

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Resumo8
DockingMolecularAplicadoaDNA:validaodeumprotocoloparaidentificaodemodosdeinterao entrecidosnuclicoseseusligantes.

Introduo:Odockingmolecularumaferramentacomputacionalquevemsendoaplicadaprincipalmentea protenaseseusligantes,sendoqueamaioriadosprogramasdisponveisfoiparametrizadaexclusivamente paraessaclassedemacromolculas. Diferentementedasprotenas,oscidosnuclicosnopossuemstiosdeligaonicosebemdefinidospara cada ligante. Ligantes de DNA podem ou no apresentar seletividade por determinadas seqncias de nucleotdeos, mas sempre possuem um modo de interao determinado. Os dois principais modos de interaocomDNAso:1)intercalaoentreparesdebases(ligantesrgidos,planaresearomticos)e2) ligaoaosulcomenor(molculasflexveis). Nessecontexto,testamosodesempenhodoprogramaAutoDock1naidentificaodomododeinteraode diferentesligantesdeDNAcomoobjetivodeverificarse,utilizandoumprotocolopadro,possvelaplicar esteprogramaparaodockingdecidosnuclicos. Abordagem terica e metodologia: Os dockings foram realizados com o programa AutoDock 4.0, utilizandooAlgoritmoGenticoLamarckiano.OAutoDockconsideraoliganteflexveleamacromolcula, rgida.Foramescolhidosdoisligantes,cujoscomplexoscristalogrficoscomDNAforamobtidosnoProtein DataBank(ID:2GB9e261D).Oprimeiro,umderivadodaacridina,umintercaladortpico,eosegundo,a netropsina,umligantedesulcomenor.Naprimeiraetapadotrabalho,foifeitoodockingentrecadaligantee o DNA original do complexo cristalogrfico, variando parmetros do programa para obteno de um protocolo eficiente. A seguir, foram realizados dockings tambm com oligonucleotdeos cannicos, que foramgeradoscomoprogramaX3DNA2,naformaBecomseqnciasidnticassdosoligonucleotdeos cristalogrficos.Comoomodointercalaoimpeoafastamentoentredoisparesdebasesconsecutivospara receberointercalador,umdosoligonucleotdeoscannicosfoimodificadoafimdeincluirumaabertura prpriaparaintercalao.Porfim,foramfeitosdockingscruzadosparaavaliaraespecifidadedomtodo:a netropsinafoidocadacomosoligonucleotdeos(cristalogrficoecannico)utilizadosoriginalmenteparao derivadodaacridinaeviceeversa. Resultados e concluses: Foi estabelecido um protocolo de 25 corridas por docking, em que foram analisadasasdezcorridascomenergiasdeinteraomaisfavorveis.Osresultadosestoresumidosna tabelaabaixo.
Ligante DNA %Intercalao %Sulcomenor MelhorGi(kcal/mol) 1 Acridina Cristalogrfico 80 010 8,16(intercalao) 2 Acridina Cannico* 20 030 6,57(intercalao) 3 Netropsina Cristalogrfico 00 090 9,59(sulcomenor) 4 Netropsina Cannico 00 090 8,52(sulcomenor) 5 Acridina Cristalogrfico 10 090 7,46(sulcomenor) 6 Acridina Cannico 00 090 7,32(sulcomenor) 7 Netropsina Cristalogrfico 20 040 6,19(intercalao) 8 Netropsina Cannico* 00 100 8,22(sulcomenor) 14:dockingsdiretos.58:dockingscruzados. *dnamodificadocontendoaberturaentredoisparesdebasesconsecutivosparaintercalao.

Ricci,C.G.;Netz.P.A.(GrupodeQumicaTerica,IQ,UFRGS)

Nos dockings comoligonucleotdeoscristalogrficosoriginais(1e3)hboaidentificaodosmodosde ligao,quantitativaequalitativamente.QuandooDNAcristalogrficosubstitudopelocorrespondente cannico(2e4),humaquedanodesempenho,quemaisevidenteparaaacridinadoqueparaanetropsina. Issoestdeacordocomaspropriedadesdecadaligante,poisumintercaladorexigemaioradaptaodo DNAparainteraodoqueumligantedesulco.Nosdockingscruzados,issosetornamaisevidente,poisa acridina praticamente no intercala quando o DNA no possui abertura entre pares de bases (5 e 6). Conclumosque,utilizandocomoreceptorumoligonucleotdeocannicocomaberturaparaintercalao(2e 8),esteprotocolopodeserutilizadoparaclassificarnovosligantescomointercaladoresouligantesdesulco. Referncias:1Morris,G.Metal.JournalofComputationalChemistry,v.19,p.1639:1662.1998.2Lu,X.J& Olson,W.K.NucleicAcidsRes.,v.31,pp.51085121.2003

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Resumo9

EstudodeDerivadosdaArtemisininacomatividadeAntimalricausando MapasdeMEPs,DockingMoleculareAnaliseMultivariada
CarlaCarolinaF.Menezes,JooEliasVidueiraFerreira,EliergeBarrosCosta,AntonioFlorncio deFigueredo,MariadaGloriaG.Cristino,FbioMotaRosa,JosCiracoPinheiro.
LaboratriodeQumicaTericaeComputacional,DepartamentodeQumica,InstitutodeCinciasExatase Naturais,UniversidadeFederaldoPar,CP101101,CEP66075110,BelmPA,Brasil.

Amalriaestentreasmaiorescausasdemortalidadeentreaspopulaesderegiestropicais.A maior parte dasmortessoatribudasaoparasitaplasmdiofalciparum.Assim,nestetrabalho, estudouseaartemisininae22deseusderivadoscomatividadeantimalrica.Oscompostosforam retirados a partirdeinformaesdisponveisnaliteraturaeconstrudoscomaajudadopacote computacional Gauss View 1.0 e submetidos otimizao para obteno da geometria de conformao mais estvel (menor energia) com o programa computacional Gaussian 98, empregandose o mtodo HartreeFock e a base 631G. Em seguida, foram gerados computacionalmentemapasdepotenciaiseletrostticosmoleculares(MEP)apartirdadensidade eletrnicausandooprogramaMolekel.Tambm,realizaramseclculosdedockingmolecularcom ousodoprogramaAutodock4.0,afimdeavaliarainteraoentreartemisininaheme,ondese retirou a interaodemenor energiae apartirdestacalculouseocomprimentodeligao no complexoentreoferrodahemeeosseguintesoxigniosdaartemisininaO1,O2eO13.Comisso, obtevese para todas as molculas aproximadamente 1700 descritores, incluindo estruturais, topolgicos e eletrnicos. Ento a matriz de correlao foi construda e submetida a estudos quimiomtricos.Nessaetapa,fezseumaanliseexploratriadosdadoscombasenacorrelao entreosdescritoreseologaritmodaatividaderelativa.Asvariveisquetiveramcorrelaomenor que 0,2 foram descartadas. Com os descritores restantes, aplicouse a tcnica de anlise de componentesprincipais(PCA)eanlisehierrquicadeagrupamentos(HCA)atravsdoprograma Pirouette. Os descritores que melhor separaram as estruturas com alta atividade das de baixa atividadeforamenergiadehidratao(HE),mximavariaoeletrotopolgicanegativa(MAXDN), distnciaentreostomosdeoxignio13ecarbono12(R5)engulodeligaoenvolvendoos tomosdeoxignio13,carbono12ecarbono1a(A5)edistnciaentreotomodeferrodahemeeo tomodeoxignio13(dFeO13).Asprimeirastrscomponentesprincipaisdescrevem86,03%da informaooriginalparaas23molculas.AanlisedeHCAforneceresultadosimilaraodePCA, ondeoscompostossoagrupadosemdoisclusters:maisativosemenosativos.AanlisedosMEP mostrouadisposiodedensidadedecarganegativasobrearegiodoaneltrioxanonaartemisinina eemseusderivadosevemaserumsuportetericoeauxiliarnoestudodaatividadedasestruturas, pois se a artemisinina, uma estrutura ativa contra malria, e apresentam regio de potencial negativosobrearegiodoanel,osderivadosqueseencontramdispostodamesmaforma,isto, comopotencialnegativotambmsobrearegiodoanel,deveroapresentarpossveisatividades antimalariais.Dessaforma,osresultadosdessetrabalhopermitemcorrelacionarestruturaatividade noscompostosestudados,oqueajudarapropornovosderivadosparafuturassnteseseensaios biolgicos.

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Resumo10
Computationalstudiesof1Hpyrazole4carbohydrazidesderivatives withpotentialtrypanocidalactivity
Souza,A.M.T.1,5,Gomes,A.1,Castro,H.C.2,Brito,M.A.3,Albuquerque,M.G.3,Charret,K.S.2,Amaral, V.F.2,Ferreira,V.F.1,Albuquerque,S.4,Bernardino,A.M.R.1,Rodrigues,C.R.5 (amtsouza2@yahoo.com.br)
ProgramadePsGraduaoemQumicaOrgnica,InstitutodeQumica,UFF,RJ,Brazil. InstitutodeBiologia,UFF,RJ,Brazil. LabMMol,LaboratriodeModelagemMolecular,InstitutodeQumica,UFRJ,RJ,Brazil. 4 FaculdadedeCinciasFarmacuticasdeRibeiroPreto,USP,SP,Brazil 5 ModMolQSAR,FaculdadedeFarmcia,UFRJ,RJ,Brasil.

ChagasdiseaseisapublichealthproblemcausedbyTrypanosomacruzi,whichaffects morethan20millionpeopleinCentralandSouthAmerica.Itremainspartofagroupof neglecteddiseases,towhichchemotherapyneedstobedeveloped.Currentlythereisan urgentneedtodevelopanimprovedtherapyduetothetoxicityandresistanceproblemsof thecurrentdrugsonthemarket.CruzainisaT.cruziessentialcysteineproteaseinvolved inintracellularreplicationanddifferentiation.Thismakestheenzymeatargetforpotential trypanocidal drugs. The aim of this work is to theoretically evaluate a series of carbohydrazidesaspotentialtrypanocidalagents. ThuscalculationsweregeneratedfromSinglePointenergyHartreeFockcalculationson theoptimizedstructures,usingtheSPARTAN04(WaveFunctionInc.)witha631G*basis setwhereestereolectronicparameterswereobtained.TheStructureActivityRelationship (SAR) study showed the importance of the stereoelectronic properties of substituents introducedinBphenylringandarylhydrazonemoietiestorulethebiologicalactivity.In addition the theoretical evaluation indicated the frontiers orbitals as important to the increaseofactivitysincethemostactivecompoundspresentedHOMOconcentratedatB phenyl ring whereas the less active presented LUMO instead. Overall, the compound withoutsubstituentinR1andwithchlorineatominR2wasthemostpromisingcompound of the series. Therefore we performed docking studies using Autodock4 program, with parameters set using ADT program on PC. We docked the most and the less active compounds into cruzain to evaluate feasible interactions with the active site of this enzyme.Inagreementtotheexperimentaldata,themostandthelessactivecompounds interactedindifferentwayswiththeactivesiteofcruzainwithhydrogenbondsnoticedonly in the most active compoundcruzain complex. Interestingly, all compounds present a theoreticalgoodinsilicoADMETstudies,oralbiodisponibility,pharmacokineticandtoxicity properties better than the trypanocidal drugs currently used in the Chagas disease treatment. These data may provide new perspectives on the development of carbohydrazidesderivativeswithtrypanocidalactivity. Insummary,theseresultsreinforcedthesignificantactivityofcompound2thatcanbe pointedasapromisingleadmoleculeforfurthersyntheticandbiologicalexplorationforthe developmentofnewdrugsforChagastreatment.

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Resumo11
SIMULAOCOMPUTACIONALDEAGONISTASDEESTRGENOSFRENTE SEURECEPTORUSANDODINMICAMOLECULAR Guimares,E.S.1;Stringhetta,J.P.S.1;Preza,S.L.E.1;Margarido,R.S.1;Ferreira,J.V.B.1; Kassab,N.M.2;Amaral,M.S.1,*
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LaboratriodeModelagemMolecular,DepartamentodeFsica,CCET,UniversidadeFederaldeMatoGrossodoSul, CampoGrande,MS,email:marcos@dfi.ufms.br 2 DepartamentodeFarmciaBioqumica,CCBS,UFMS,CampoGrande,MS

Osestrgenosconstituemumafamliaimportantede hormnios esterides de ocorrncia natural e desempenham funes fundamentais no desenvolvimento e manuteno fisiolgica do organismo. Suas aes somediadas por receptores intracelularesdeestrgeno(RE),ativadoporligantes proticos de considerada complexidade qumica. Dentre esses, temse o receptor RE, que esta relacionado ao sistema reprodutor feminino. O complexo estradiolRE tem sua estruturaa tridimensional elucidada por difrao de raiosX resoluo 2,8 , e depositada no servidor Protein Data Bank (cdigo PDB: 1A52). De acordo com Tanenbaumecolaboradores1,oREapresenta10cadeiashliceenvolvendo163resduoseduasfolhas com9resduos.AfimdeavaliarqualitativamenteaaodoestradiolRE,nestetrabalhoforamrealizadas 2 simulaesporDMdessecomplexoemmeioaquosocomopacotedeprogramaGROMACS ecampode forasGROMOS96.OsparmetrosdoCampodeForasparaoestradiolforamobtidosnoservidorDundee ServerBeta3;enquanto,suascargas,pelomtodoCHELPG,nonveldeteoriaB3LYP/631G,usandoo programaGAUSSIAN4.Osistemafoiconstrudonumacaixacbicacontendo31.360molculasdegua SPC/Ecomocomplexolocalizadonocentroecomdistnciasmnimasde1,4nmentreaprotenaeasbordas da caixa. A simulao ocorreu no ensemble NVT, 298K de temperatura, com o sistema em equilbrio termodinmico durante 1.000ps. De acordo com dados experimentais, acreditase que o mecanismo de ao do estrgenoeseubioreceptorenvolveosaminocidosresiduais His524,Glu353,Arg394.Resultadosobtidosapartirdas simulaes mostram que as distncias envolvendo esses aminocidos permaneceram de acordo com os valores obtidos experimentalmente, como mostra a figura ao lado com a distncia entre a His524 e o estradiol durante a simulao. Desta forma, a compreenso da relao entre estrutura qumica e atividade agonista do estradiol e das caractersticasdostiodeligaodobioreceptorrepresentam etapasimportantesparadesenvolvimentodenovosfrmacos comaoagonistafrenteaoRE.

Referncias:
[1] Tanenbaum, D.M., Wang, Y., Williams, S.P., Sigler, P.B. Crystallographic comparison of the estrogen and progesteronereceptor'sligandbindingdomains.Proc.Natl.Acad.Sci.USA,v.95,p.59986003,1998. [2]GROMACS.Disponvelem:www.gromacs.org.Acessadoem:22setembro2008. [3] Dundee Server Beta. Disponivel em:http://davapc1.bioch.dundee.ac.uk/cgibin/prodrg_beta. Acessado em: 22 setembro2008. [4]GAUSSIAN03,RevisionE.01,Disponvelem:http://www.gaussian.com.Acessadoem:22setembro2008. ApoioFinanceiro:FUNDECT/MS,PROPP/UFMS

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Resumo12
ESTUDODEMODELAGEMPORHOMOLOGIADEENZIMASMETILCOENZIMA REDUTASE(MCR) Silva,J.R.A.1*,Silva,J.L.1,Alves,C.N.1,Silva,M.R.1,SilvaRocha,R.2
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LaboratriodePlanejamentoeDesenvolvimentodeFrmacos,InstitutodeCinciasExataseNaturais,Universidade FederaldoPar,CP11101,66075110,Belm,PA,Brasil.*roger_ufpa@hotmail.com. 2 DepartmentofMicrobialBiotechnology,CentroNacionaldeBiotecnologia,Madri,Espanha. PALAVRASCHAVE:MetilCoenzimaMredutaseehomologiamolecular.

INTRODUO:AMCRumagrandeecomplexaenzimadecercade300kDacomsuaestruturadividida emsubunidades(emgeral2,2 e2 ).Temsidoobservadoqueaenzimaestassociadacofatores,sendo queapenasalocalizaodoCofatordenominadoFator430(F430)conhecida.Cadasubunidade contm umamolculadeF430,portanto,aenzimacontmduasmolculasdeF430comogrupocromforoprosttico.A MCRatuantenaetapafinaldametanognese,catalisaaclivagemredutivadometilcoenzimaM,quepode serrepresentadopor:MeCoMouCH3SCoM,ouaindatioestercofatormetilcoenzimaM. Atualmente no Banco de Dados existem MCRs cristolografadas de apenas trs organismos diferentes(Methanopyrusklanderi,MethanosarcinabarkeryeMethanobacteriumthermoautotrophicum),no entanto,nenhumdelesoriundodeestudosnaRegioAmaznica.UtilizouseumaseqnciadaenzimaMetil CoenzimaMRedutase(MCR),quetemsidointensamenteestudadaeisoladadevriosorganismos.Vrias revisesetrabalhostratandodoassuntoforampublicadosnosltimosanos.Recentemente,foramisoladas seqncias nucleotdicas MCR do reservatrio da Usina Hidroeltrica de Tucuru, no Laboratrio de Polimorfismo de DNA, obtidas de organismos denominados arquias. O estudo de modelagem por homologiapoderpermitirageraodeumaestruturatridimensionaldeumaMetilCoenzimaredutase, genuinamenteamaznica. MATERIAIS E MTODOS: Outra forma de adquirir um modelo para MCR usando a tcnica de ModelagemporHomologia,queumatcnicausadaquandoadeterminaoestruturaldeumaprotenapor tcnicasderaiosXnopossvel.Umdosfatosimportantesquepermitemousodestatcnicaqueas protenasagrupamseemumnmerolimitadodefamliastridimensionais.Pararealizarseahomologia, propriamentedita,foiutilizadooservidorSWISSMODEL.Apsaobtenodahomlogafoiverificado, comoPROCHECK,umgraudeidentidadeestruturaliguala68,8%. RESULTADOSEDISCUSSO:Comoumadasferramentasdevalidaodomodelo,emrelaoaoseu template,foioclculodeRMSD,obtendoseovalorigual0,085,mostrandosemelhanaestruturalentreas enzimas.Almdeste clculo,foirealizadooclculo domapadepotencialeletroesttico.Com este,foi verificado que a poro que corresponde ao stio ativo de ambas as estruturas, obtiveram potencial eletroestticosemelhantes,mesmoexistindoemalgumaspartesdasestruturas,divergnciasdedensidade eletrnica. CONCLUSES: Podese concluir a validao, do modelo obtido, tanto estruturalmente, quanto funcionalmente, pelos mtodos utilizados para a comparao templatehomloga. Est em andamento, estudosdesimulaocomputacional,pelomtododeDinmicaMolecular,paraaverificaoecomparao dasinteraesexistentesnosstiosativosdeambasasestruturas. AutilizaodemtodoscomputacionaisdeDinmicaMolecularcomModelagemporhomologiapermitem queanalisemoscommaiorconfiabilidadeadinmicadaestruturashomlogasedesuasmoldes.Almdo queestetrabalhocontribuinamedidaemquepropsageraodeumaestruturatridimensionaldeumaMetil CoenzimaredutaseoriundadaRegioAmaznica.

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Resumo13
ModelosdaenzimaDihidrofolatoRedutaseTimidilatoSintasedoorganismo LeishmaniamajorgeradosatravsdeModelagemporHomologia
Anjos,I.C. 1* (IC) ;Rgo,T.G.(PG)2;Rocha,G.B.(PQ)1 italocurvelo@yahoo.com.br
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DepartamentodeQumicaUniversidadeFederaldaParaba,CampusI,58051900,JooPessoa,PB,Brasil CentrodeInformticaUniversidadeFederaldePernambuco,CidadeUniversitria50740540Recife,PE,Brasil

Introduo
AsleishmaniosessodoenastropicaiscausadasporprotozoriosdogneroLeishmania.Ostratamentosdisponveis hojeparaessasdoenassolongos,carosepossuemfortesefeitoscolaterais. ADihidrofolatoredutaseTimidilatoSintase(DHFRTS)umaenzimabifuncionalquecatalizareaesseqenciais nocicloTimidilato.Emmuitosorganismos,Timidilatosintase(TS)eDihidrofolatoredutase(DHFR)soenzimas monofuncionaisdistintas.AinibiodeumadasduasenzimasinterrompeocicloTimidilato,causandoamortedas clulas.Poressarazo,aDHFRTSusualmenteindicadacomoumalvoempotencialparaoprojetodefrmacos contraleishmania. Paraumestudoapropriadodasinteraesenzimafrmaco,necessrioterummodelodaDHFRTSdaL.major. EmboraaestruturaderaioXdestaenzimajtenhasidoobtidaporKnightonetal.[1],orespectivoarquivopdbnofoi depositadonobancodedadosdeprotenas(PDB).Devidoindisponibilidadedemodelosexperimentaisparaareferida enzima, neste trabalho foram desenvolvidos dois modelos tericos para a DHFRTS atravs da modelagem por homologiabaseadoemprotenasobtidasporcristalografiaderaioXedepositadasnoPDB.

ResultadoseDiscusso
Nabuscaporprotenasparaseremusadascomotemplatesavaliamososseguintesparmetros:resoluo,similaridade comaDHFRTSdaL.majoreextensodasregieshomlogas.Asseguintesprotenasforamusadasparaaconstruo dosmodelos: Cryptosporidiumhominis DHFRTS(pdb:1QZF),Rattusnorvegicus TS(pdb:1RTS), Homosapiens TS (pdb:1JU6), Cryptococcusneoformans TS(pdb:2AAZ)e Trypanosomacruzi DHFRTS(pdb:2h2q).Os parmetros usadosnaescolhadessasprotenassomostradosnatabela1. Tabela1Protenasescolhidasparaacriaodosmodeloseosparmetrosusadosparaavalilas Protena Modelo Evalue Identidades Resoluo() 1QZF 1 5.17D107 40% 2.80 1RTS 1 8.26D105 59% 3.30 1JU6 1 2.66D103 61% 2.89 2AAZ 1 7.50D90 55% 2.08 2H2Q 2 0.0 64% 2.40 AsseqnciaslinearesdasprotenasescolhidasforamalinhadascomaseqnciadeaminocidosdaDHFRTSdaL. majorusandoaferramentaClustalW.Osalinhamentosobtidosforamusadosparaacriaodosmodelosutilizandoo programaModeller9v2.Posteriormente,foigeradoogrficodeRamachandranparacadamodeloatravsdoprograma Procheck com o intuito de validao dos modelos gerados. Os resultados dos grficos de Ramachandran esto resumidosnatabela2. Tabela2PorcentagemdeaminocidosemcadaregiodogrficodeRamachandran Regies Modelo1 Modelo2 Mostfavouredregions 86.7% 90.4% Additionalallowedregions 10.5% 7.8% Generouslyallowedregions 2.0% 1.5% Disallowedregions 0.9% 0.3%

Concluses
PelosresultadosextradosdosgrficosdeRamachandran,possvelafirmarqueambososmodelostiveramuma qualidadesatisfatria,masosegundomodelopossuiumageometrianitidamentemaisfavorvelqueoprimeiro. ________________
Knighton,D.R.;Kan,C.;Howland,E.;Janson,C.A.;Hostomska,Z.;Welsh,K.M.;MatthewsD.A.;NatureStructuralBiology1994,1186.

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Resumo14
ESPALHAMENTODEPSITRONSPORMOLCULASDEH2O Autores:WagnerTenfen,SrgioEduardoMichelin,KahioTibrioMazon,FelipeArretche. No presente trabalho apresentamos clculos das sees de choque de psitrons por molculasdegua(H2O)paraafaixadeenergiaabaixode10eV.Tantoasseesintegrais(ICSs) quantoasdiferenciais(DCSs)sofundamentaisparacompreenderadinmicadoespalhamento nestesistema,eambassoapresentadasnopresentetrabalho.Comparamosnossosresultadoscom asprevisestericasdeBalujaet.al.[1]Gianturcoet.al.[2]easmedidasrealizadasporZeccaet. al.[3]eSueokaet.al.[4]. OpresenteclculodamatrizT,daqualobtemosasseesdechoque,realizadocoma utilizaodoMtododasFraesContinuadas(MCF)[5].Este,ummtodoiterativoe,paraefeito deconfiabilidade,apresentamostambmocritriodeconvergncia.Estetrabalhoaindanoinclui clculoscompletadoscomasexcitaesrotacionais,quesofundamentaisparaqueasseesde choquediferenciaistenhamumvalormuitoelevadonosbaixosngulos,ouseja,elasdevemdivergir nongulozero.Isto,emmolculascomdipoloesperasequeaDCStenhaumvalormuitoelevado parabaixongulo(<10)etendamadivergir. Osclculosaquiapresentadossofeitosnaaproximaodencleofixo,eafunodeonda damolculaalvoobtidaatravsdoclculoSCF,assimcomoosorbitaismolecularesquegeramo potencial U(ST) usado para determinar a matrizT atravs do MCF. Os resultados obtidos sero apresentadosduranteoencontro,soanimadoreseaindaestoemfasedeanlise. REFERNCIAS [1]Baluja,KL;Zhang,R;Franz,J;etal.2007J.Phys.B:At.Mol.Opt.Phys.4035153524 [2]Gianturco,FA;Mukherjee,T;Occhigrossi,A.2001Phys.Rev.A64032715 [3]Zecca,A;Sanyal,D;Chakrabarti,MandBrunger,MJ.2006J.Phys.B:At.Mol.Opt. Phys.391597604 [4]Sueoka,O;Mori,SandKatayama,Y.1986J.Phys.B:At.Mol.Phys.19L373378 [5]Horcek,JandSasakawa,T.1983Phys.Rev.A282151

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Resumo15
ModelagemMoleculardeumasriedefenilamidinasantagonistasdoreceptor deNMDAedesenhoracionaldenovosderivadosdetriazolilamidinas
Abreu,P.A.1,2 ;Castro,H.C.*1,2;Frugulhetti,I.C.P.P.1,2;PaesDeCarvalho,R.2,3;Rodrigues,C.R.4; Giongo,Viveca1;Caversan,O.M.3;Marins,L.M.S.5;AndrM.Henriques5;Pinheiro,S.*5, Albuquerque,M.G.6.
(1) Laboratrio de Antibiticos, Bioqumica e Modelagem Molecular (LABioMol), Instituto de Biologia, UFF (2) ProgramadePsGraduao emNeuroimunologia,UFF; (3) LaboratriodeNeurobiologiaCelular,I.B.,UFF; (4) LaboratriodeModelagemMoleculareQSAR(ModMolQSAR),FaculdadedeFarmcia,UFRJ; (5) Laboratriode SnteseAssimtrica,InstitutodeQumica,UFF (6) LaboratriodeModelagemMolecular(LabMMol),Institutode Qumica,UFRJ.

OreceptordeNMDAummembrodafamliadereceptoresdeglutamatoionotrpicos.A neurotoxicidadeinduzidapelasuahiperativaoresultaeminmerascondiespatolgicasquevo desdedoenasneurodegenerativasagudas,comoderrameetrauma,atdoenascrnicas,como Huntington,maldeParkinsoneAlzheimer,quepodemcausaramorteneuronal. Recentemente muitos esforos tm sido feito para desenvolver antagonistas do receptor de NMDA para o tratamento destasdoenas,masosefeitoscolaterais aindalimitamousodamaioriadeles (i.e. ifenprodil)sendonecessriasnovasopesmaisseletivas. Nestetrabalhofoirealizadaumaanlisedarelaoestruturaatividadequantitativa(QSAR) de17fenilamidinas(1a1q)(Claiborne etal.,2003)descritascomoantagonistasdoreceptorde NMDAeestesresultadosforamusadosparadesenhardeformaracionalumasriedetriazolil amidinas (2a2g). A anlise de algumas caractersticas estruturais e eletrnicas calculadas no programa Spartan`06 demonstrou que energia de HOMO, volume molecular, rea superficial molecularenmerodegrupamentosaceptoresdeligaodehidrognioestavamcorrelacionados comaatividadebiolgica(pIC50)epermitiuaconstruodeummodelodeQSARquereproduzisse efetivamenteapotnciaexperimental.Baseadonasriedefenilamidinas,nsusamosamodelagem moleculareasubstituioaromticaisostricaparadesenharduastriazolilamidinas(2a2b).Estes compostosforamsintetizadosetestadosemculturadeneurniosmostrandoefeitoneuroprotetor contraaexcitotoxicidadeinduzidapeloglutamato.Apartirdestesresultadospreliminaresforam propostasmodificaesestruturaisem 2a e 2b paradesenharcinconovoscompostos(2c2g)que apresentaramumperfilsuperiorsquatrofenilamidinasmaisativasnaprediodasuapotncia atravsdomodelodeQSAR. Astriazolilamidinasapresentaramaindaaltosvaloresdedruglikenessedrugscoreebaixo riscodetoxicidadeterica.Almdisso,todososcompostosdesenvolvidosapresentaramumaboa biodisponibilidadeoraldeacordocomaanlisedaregradoscincomodificadadeLipinskipara penetraonosistemanervosocentral,apontandoastriazolilamidinascomomolculaspromissoras parafuturaexploraosintticaebiolgica,oquepodeauxiliarnodesenhodenovosfrmacosmais seletivosecommenosefeitosadversosteisnaterapiadasdoenasneurodegenerativas.

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Resumo16

Kineticandstructuralcharacterizationoffumaratehydratasefrom Leishmaniamajor PatrciaRosaFeliciano1andMariaCristinaNonato1 LaboratriodeCristalografiadeProtenasFaculdadedeCinciasFarmacuticasdeRibeiro PretoUSP,RibeiroPreto,S.P.,Brazil

Leishmania major Friedlin (LmjF) is a protozoan parasite responsible for Leishmaniasis that currentlythreatens350millionmen,womenandchildrenin88countriesspreadaroundtheworld andwhosegenomicsequencehasbeenrecentlyelucidated.Inthepresentwork,wehavecloned, overexpressed,purifiedandkineticallyanalyzedtheproductofthegenefromLmjFchromosome 24:LmjF24.0320,whichencodesaproteinwithputativefumaratehydrataseactivity(LmFH1). Fumarate hydratase, also called fumarase, catalyses the stereospecific reversible hydration of fumaratetomalate.Recentstudiesintrypanosomatids,utilizing Trypanosomabrucei asmodel, suggestthatfumarasesareessentialforsurvivaloftheseparasites. LmFH1hasbeenclonedin pET28avectorusingL.majorgenomicDNAasatemplate.ThepredictedenzymefromL.major wasoverexpressedinEscherichiacolistrainBL21(DE3)asahistidinetagfusionprotein.Cellswere grown in LuriaBertani (LB) medium supplemented with kanamicin (30 g/ml) and protein expressionwasinducedbyIPTG.LmFH1waspurifiedtohomogeneitybyaffinitychromatography in NiNTA (QIAGEN) column using a step gradient of imidazole. The final product was homogeneous in SDSPAGE gel electrophoresis. Preliminary kinetic studies are performed by monitoringtheproductformationthroughspectrophotometricanalysisat250nm.Ourstudieshave demonstratedthatLmFH1isreadilyoxidizedbyoxygenleadingtothelossofproteinactivity.For thisreason,all steps,frompurificationtoenzymaticassays,havetobeperformedinanaerobic conditions.Kineticexperimentsarenowinprogressinordertodeterminethecatalyticconstants. The studies here proposed correspond to the first step in the biochemical and kinetic characterizationofLmFH1.Theoverexpressionandtheimplementationofanenzymaticassayfor LmFH1willbefurtherusedforitscrystallographiccharacterizationandfor invitro searchfor potentialligands. Ourresultswillprovidevaluableinformationforthedesignofpotentialdrugs againstleishmaniasisthroughthetechnologyofstructurebaseddrugdesign. ThisworkwassupportedbyFAPESP.

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Resumo17
IdentificaodaAtividadeAntimicrobianadenor-lapachonas frenteacepasdeEnterococcusfaecalis

UniversidadeFederalFluminense;InstitutodeBiologia,DepartamentodeBiologiaCelulareMolecular,LABioMol, 24020150Niteri,RiodeJaneiro,Brazil; b Universidade Federal Fluminense; Instituto de Qumica, Departamento de Qumica OrgnicaPQO, 24020150 Niteri,RiodeJaneiro,Brazil; c UniversidadeFederaldoRiodeJaneiro;FaculdadedeFarmcia,24020150RiodeJaneiro,Brazil;
a

AndrLuizPintoGuedesLourenoa,PaulaA.Abreua,CarlosRangelRodriguesc,Eufranio_Jniorb, VitorF.Ferreirab,HelenaC.Castroa,

Oprincipalreservatriohumanodebactriasenterococcicasotratogastrointestinal,noentanto,ele podeserencontradocommenosfreqncianacavidadeoral,vesculabiliar,uretraevagina(Murray,1990; Moellering,1992).Aimportnciadoenterococosedevenosomenteasuaelevadafreqnciaeminfeces hospitalaresnosltimosanos,mastambmasuacapacidadededesenvolverresistnciaaosantimicrobianos comumenteutilizados.Apressoseletivaprovocadapelousoextensivodecefalosporinasdeamploespectro, aminoglicosdeoseoutrosantimicrobianoscomatividadelimitadacontraenterococostempermitidoque esse patgeno sobreviva e prevalea entre bactrias que colonizam o trato gastrointestinal de pacientes graves, imunossuprimidos e neutropnicos. Conseqentemente, a ocorrncia de infeces graves por enterococotemaumentadoprogressivamente,principalmenteemhospitaisterciriosondeessepatgeno responsvel por um nmero importante de infeces que apresentam alta morbidade e mortalidade. Particularmentetemvelacapacidadedoenterococodetransferirgenesaespciesmaisvirulentascomo, porexemplo,oestafilococo. Diante da importncia desta bactria em Sade Pblica, o objetivo deste estudo foi verificar a atividadedequatrocompostossintticospertencentesfamliadas -lapachonas (1, 2, 3 e 4),contra cepasde Enterococcusfaecalis isoladasdepacientesinternadosnoHospitalUniversitrioAntonioPedro. Para isso, os compostos derivados da -lapachona foram testados em ensaios de antibiogramas (Teste de DifusoemDisco)padronizadossegundooNCCLSeaanlisedesuas estruturasmolecularesfoirealizadaparaestudodarelaoestruturaatividade.NostestesdeDifusoem Disco, discos embebidos em cada um dos derivados (5mg/mL) foram inseridos em uma placa de Petri contendoacepaisoladade Enterococcusfaecalis espalhadadeformahomogneapelomeiodecultura, possibilitandoassim,aanlisedaatividadedosderivados.Apsumperodode24hobservouseumhalode difusodedimetroequivalentea18mmsomenteparaocomposto1,caracterizandoassimumaregiode inibiodocrescimentobacterianosuperiorregioobtidapelocontrolepositivo,aVancomicina(Halo=16 mm). Oestudodaestruturamoleculardocompostoativofoirealizadoutilizandotcnicasdemodelagem molecularecomparadoaosdosderivados2,3e4,revelandoqueapresenadafunoazidanaposioem queoscompostos2,3,4possuamrespectivamentegrupamentosfenilamina;4florfenilaminae3cloro fenilamina,pareciaserofatordeterminanteparaaatividade.Acontinuaodoestudomolecularevidenciou aindaqueocompostoativoatendeaosparmetrospropostosporLipinskinaRegradosCinco(nmerode grupamentosdoadoresdeligaodehidrognio<5;nmerodeaceptoresdeligaodehidrognio<10; pesoMolecular<500DaeLogPLipofilicidade<5)quebaseadaemumasriedeanlisesestruturaisde caractersticasqueserepetemparagrandepartedefrmacosadministradosviaoral,possibilitandoassima comparaodecompostosqumicosdotadosdecertaatividadefarmacolgicaoubiolgicacomosfrmacos existentes.Combasenosdadosobtidos,outrosquatroderivadosforamsintetizadosapartirdaestruturado compostoativo1esubmetidasateste,ondeobservouseasensibilidadedeEnterococcusfaecalisatodosos novosderivados,sugerindoopotencialdaslapachonas comofuturosantimicrobianoseficazesempacientes internadoscomquadrodeinfecourinriaporEnterococcusfaecalis.SuporteFinanceiro:CNPq,FAPERJe UFF

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Resumo18
SIMULAOVIADINMICAMOLECULARDASINTERAESENTREOFRMACO ANTITUMORALECTEINASCIDINAEOLIGONUCLEOTDEOS. MelinaMottin,AlexSandroC.deAndrade,PauloAugustoNetz,HermesL.N.deAmorim.
Neste trabalho utilizamos simulaes via Dinmica Molecular para analisarmos interaes e alteraesestruturaisemcomplexosnocovalentesecovalentesentreofrmacoEcteinascidina(ET743)1,2,3e oligonucleotdeos(fragmentosdeDNA).Deacordocomaliteratura4,aEcteinascidinaprimeiroformaum complexo nocovalente, determinado por ligaes de hidrognio, com um segmento do DNA, e posteriormente alquila uma guanina, levando a formao de um complexo covalente ET743DNA. DependendodaseqnciadeDNA,constataseaexistnciadediferentesreatividadesfrenteET743.Assim, foramescolhidasparaaformaodoscomplexostrsseqncias:d(CGATCGGATCCG)dealtainterao com o frmaco, d(CGATAGGATCCG) de moderada e d(CGATAGTATCCG) de baixa interao. A interaodofrmacoinduzumatoroestruturaldoDNAemdireoaosulcomaior,impedidoaaodo sistemadereparocelular,levandoamortedaclula.Todasassimulaesenvolveramocampodefora GROMOS6,nasuaparametrizao53A67eopacoteGROMACS3.3.16. EmsimulaesenvolvendoDNAeligantes,fundamentalaboaparametrizaoedescriodas interaeseletrostticaseacaracterizaodosparmetrosestruturais,bemcomodesuasflutuaes.As simulaes confirmaram a interao entre a ET743 e as seqncias escolhidas, sendo constatada a permannciadofrmaconostiodeinteraoporumlongoperododetempoeumafortedistorodos oligonucleotdeos.Aanlisedasligaesdehidrognio(HBs)confirmoualgumasdasligaesprevistaspela literatura,almdeobservarmosaformaodeligaesdehidrognioalternativas. Aanlisetermodinmicafoirealizadacalculandoseasenergiasdeinteraoemcomplexosno covalentesET743DNA.Paraisso,afastousegradualmenteofrmacoemrelaoaoDNAemonitorouseos diversostermosenergticosataconvergncia.Apesardasuaestabilidadeaanlisetermodinmica,mostrou queaformaodocomplexonocovalenteendotrmica.Almdisso,oprocessofoimaisendotrmicopara aseqnciadebaixainteraoAGTcomaET743,gradativamentemenosendotrmicoparaaseqnciade moderadareatividade AGG emenosendotrmicoaindaparaaseqnciadealtainterao CGG.Assim, podendo haver uma relao entre a seletividade de interao pelo frmaco e a energia de formao do complexo.NocasodaseqnciaAGG,demoderadainteraocomofrmaco,constatouseamigraoda ET743emdireoaumstiodeinteraodemaiorreatividadepodendoseconfirmarquetambmhuma seletividadedaET743emrelaosbasesqueflanqueiamaguaninacentral5. Ametodologiadesenvolvidaparaconstruodoscomplexoscovalentesmostrouseeficazparaos mesmos.Comparandoseasflutuaesestruturaisdooligonucleotdeoisolado,complexonocovalentee complexocovalente,podemosconcluirqueaointeragircomoDNA,aET743diminuiamobilidaderelativa dos segmentos, mesmo quando esta interao de carter nocovalente. A simulao dos complexos covalentesET743DNAmostroufortesdistoresinduzidasparaastrsseqnciaseparaaseqnciaCGG houveumestreitamentodafendamenorduranteasimulao,apesardissonotaseumamaiorestabilizao daestruturadoDNAnocomplexocovalenteemrelaoaonocovalente.
Referncias 1.NationalHorizonScanningCentre,Trabectedin(Yondelis)forsofttissuesarcoma.Jan,2003. 2.B.M.Moore,F.C.Seaman,L.H.Hurley,.J.Am.Chem.Soc.119,54755476,1997. 3.K.L.Rinehart,T.G.Holt,N.L.Fregeau,J.G.Stroh,P.A.Keifer,F.Sun,L.H.Li,D.G.Martin.J.Org.Chem.55, 45124515,1990. 4.M.ZewailFoote,L.H.Hurley.J.Med.Chem.42,24932497,1999. 5.F.C.Seaman,L.H.Hurley. MolecularBasisfor theDNASequenceSelectivityofEcteinascidin736and743: EvidencefortheDominantRoleofDirectReadoutvia HydrogenBonding.J.Am.Chem.Soc.120,1302813041,1998 6.http://www.gromacs.org,vanderSpoel,D.;Lindahl,E.;Hess,B.;vanBuuren,A.R.;Apol,E.Acessadoem 09/03/2006. 7.OostenbrinkC.,VillaA.,MarkA.E.,VanGunsterenW.F..J.Comput.Chem.,25,1656,2004.

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Resumo19
ESTRUTURAESOLVATAODODIAZEPAMEMMEIOAQUOSOUSANDO MTODOMQ/MM Margarido,R.S.1;Preza,S.L.E.1;Ludwig,V.E.1;Ferreira,J.V.B.1;Kassab,N.M.2; Amaral,M.S.1,*
1

LaboratriodeModelagemMolecular,DepartamentodeFsica,CCET,UniversidadeFederaldeMatoGrossodoSul, CampoGrande,MS,email:marcos@dfi.ufms.br 2 DepartamentodeFarmciaBioqumica,CCBS,UFMS,CampoGrande,MS

O diazepam classificado quimicamente como benzodiazepnico, sendo til no combate dos sintomas de abstinncia dos alcolatras e no tratamento de epilepsia1. Seu ndice de ligao protica no plasma alto, sendo transportado pela albumina, e apenas o frmaco livre no plasma farmacologicamente ativo2. Afim de obter propriedades conformacionais, espectroscpicas e eletrnicas desse frmaco em meio fisiolgico, realizouse simulaes computacionais por DM do diazepamemgua(figuraaolado).Foramutilizados os Campos de Foras GROMOS96 (clssico) e PM3/AMBER99, no esquema hbrido QM/MM3. As simulaesdosistemafrmacohidratadoocorreram, emequilbriotermodinmico,durante1.000ps(clssico)e100ps(QM/MM)temperaturade298K emcaixascbicasde3,396nmdeladoecondiesperidicasdecontorno.Todasassimulaes foramrealizadasnoEnsembleCannico(NVT),usandoospacotescomputacionaisGROMACS4e AMBER5 para clculos clssicos e QM/MM, respectivamente. As simulaes por DM permitiramavaliarahidrataododiazepam,seu comportamento estrutural, efeitos de solvente no espectro de absoro tica e determinao de regies hidrofbicas ehidroflicasdessefrmaco. Na figura ao lado, so apresentados os espectros tericos obtidos para o diazepam em vrias aproximaes para efeitos de solvente no clculo INDO/SCIS:vcuo(preta),potencialeletrosttico das molculas de gua (azul) e modelo de contnuo eletrosttico de Nancy6 (vermelha). Experimentalmente,odiazepamemguaapresentamximodeabsoroemtornode284nm.Dessa forma,levandoseemcontaasoutrasanlises,osresultadosdessassimulaesservirodebasepara estudosdodiazepamfrenteaalbuminahumanaeseualvoteraputico. Referncias:
1.KOROLKOVAS,A;BURCKHALTER,J.H.QumicaFarmacutica.Ed.GuanabaraDois,1988. 2.KATZUNG,B.G.FarmacologiaBsica&Clnica,6.ed.,EditoraGuanabaraKoogan,1998. 3.WARSHEL,A.;LEVITT,M.J.Mol.Biol.103,227,1976 4.GROMACSGroningerMachineforChemicalSimulations,Release3.3.2.Disponvelem:http://www.gromacs.org/. Acessadoem:22setembro2008. 5.AMBER,Release9.Disponvelem:http://www.amber.scripps.edu/.Acessadoem:22setembro2008. 6.Rinaldi,D.;RuizLopez,M.F.;Rivail,J.L.J.Chem.Phys.78,874,1982. ApoioFinanceiro:FUNDECT/MS,PROPP/UFMS

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Resumo20

RelaoentreosparmetrosQumicosQunticoseaAtividadeBiolgica deAnlogosdaDeoxartemisininacomSubstituionoC10
CarlaCarolinaF.Menezes,MariadaGloriaG.Cristino,EliergeBarrosCosta,CleydsonB.Rdos santos,FbioMotaRosa,JosCiracoPinheiro.
LaboratriodeQumicaTericaeComputacional,DepartamentodeQumica,InstitutodeCinciasExatase Naturais,UniversidadeFederaldoPar,CP101101,CEP66075110,BelmPA,Brasil.

Oconhecimentodaestruturamolecularfundamentalparaoentendimentodadinmicamolecular, uma vezque, aestruturadeumcompostoafetaaspropriedadesqueserelacionamatividade biolgicaOentendimentoprecisodasestruturasmolecularesesuasdistribuieseletrnicasvma determinarmuitasdesuaspropriedadesfsicoqumicaseistodefundamentalimportncianum estudoqumicofarmacolgico,vistoqueasmolculaspodemserconsideradasunidadesbsicasque preservamaspropriedadesdossistemasmacroscpicos,portantonadamaisnaturalqueprocurar determinaraspropriedadesdossistemasmoleculares,edasinteraesentreestas molculaseo meio nas quais esto inseridas. Para este estudo as geometrias das molculas de anlogos da Deoxartemisininaforamotimizadas,noestadofundamental,empregandoseofuncionalB3LYPea funodebase631G*comGaussian98,equeconformeprviaavaliaoquandocomparadocom osdadosexperimentais,demonstrouseramelhorbaseparadescreverossistemasemestudo.Entre osdescritoresqunticoscalculados,tomouseosparmetrosparacorrelaoentreaestruturaea atividade,asenergiasdeHOMOeLUMOpois,jfoidemonstradoqueestesorbitaistmpapel fundamental nareatividadedoscompostos em muitostipos dereaoqumica.As energias de HOMO so diretamente relacionadas ao Potencial de Ionizao e do LUMO relacionada afinidade eletrnica, e caracterizam respectivamente suscetibilidade da molcula ao ataque de eletrfilos(HOMO)easuscetibilidadeaoataquepornuclefilos(LUMO).Asenergiasassociadas aosorbitaismolecularesdefronteiraumindicadordocarctereletrodoadoroueletroaceptorde um composto. Valores altos de HOMO (Highest Occupied Molecular Orbital) indicam a alta capacidadededoaoeletrnica,equandoosvaloresdeLUMO(LowestUnnoccupiedMolecular Orbital)soaltos,istoindicacompostosdealtacapacidadedeacepodeeltronsDestaformafoi possvelestabelecerqueumaumentonosvaloresdaenergia(em mdulo)doHOMOeLUMO sugeremumaumentodaatividadedamolculaoquepodesercomprovadoatravsdosresultados calculadosparaoscompostos6deoxcomvaloresdeatividaderelativa*eenergiasdeHOMOe LUMO respectivamente 0,16,0,00374eV, 0,01383eV epara 15deoxbeta6,8, 0,24866 eV 0,02000eV.*AtividadeRelativa=IC50(artemisinina)/IC50anlogos).

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Resumo21

EstudodedockingmanualdeinibidoresdaFAK(FocalAdhesionKinase)esuacorrelaocom dadosexperimentais Autores:DanielAugustoBarradeOliveira,MaraldeOliveiraNeto InstitutodeQumicaUniversidadedeBraslia

Umdosprocessoschavesnaevoluodosorganismosmulticelularesfoiaquisiode capacidadedeadesodeumasclulassoutras,oquepossibilitouacomunicaoentreelas.O resultadodaadesocelularedacomunicaointercelularpermiteumfuncionamentocoordenado dostecidos.Aadesomediadaporumasriedemolculasdeadesodenominadaskinasesque permitemainteraoentreasclulaseamatrizextracelular(ECM). UmaimportanteprotenadaclassedaskinasesaFAK(FocalAdhesionKinase).Essa responsvelpelamodulaodocrescimentodocrescimentoemotilidadecelular.AFAKproduz efeitoscelularesatravsdainduodesinaisintracelulares. Amaioriadostumoresenvolvealteraescelularesqueseassociamaalteraesmoleculares deadesoclulaclulaeclulamatriz.DessemodoaprotenaFAK,atravsdatransduodesinais entreomeioextracelularcomomeiointracelular,desempenhafunesessenciaisno desenvolvimentoeprogressodeneoplasias. Nessetrabalhofoidesenvolvidooestudoterico(computacional)dealgunsinibidores1da protenaFAKutilizandoastcnicasdemodelagemmolecular.Astcnicascomputacionaisforam usadasparadescreverepreverasestruturasmolecularesdosfrmacos(clculosabinitio),bem comoefetuarodockingmanualdosfrmacosinibidoresdaFAK,comaferramentacomputacional conhecidacomomecnicamolecular. Osresultadostericosadvindosdaobtenodaestruturademaiorestabilidade,foram comparadoscomparmetrosexperimentaisquedizemrespeitoinibiodeumadrogaa50%(IC 50)1.Nossosresultadosmostramquehumacorrelaosatisfatriaentreageometriademaior estabilidadecomoIC50(inibiodaconcentraoa50%). InvestigaestericasforamigualmentedesenvolvidasrelativasamutaodaFAK, medianteatrocadoaminocidolisinapeloaminocidoarginina,cujoresultadoainativaodesta protena2.Comparamososresultadosdeclculosdeotimizao,viamecnicamolecular,da protenaFAKativacomaFAKmutada,observandoseumadiminuiodaestabilidadedosistema molecularparaaFAKmutada. Bibliografia
1HaSoon,zhichengWang,WendyRichmond,XiaohuiHe,KunyongYanh,TaoJiang,taeboSim,DonaldKaranewsky,XiangjuGu,Vickizhou,Yi Liu,Osamuohmori,JeremyCaldwell,NathanaelGrayandYuHe.Designandsynthesisof7Hpyrrolo[2,3d]pyrimidinesasfocaladhesinonkinase inhibitors.Part1.BioorganiceMedicinalChemistryLetters16(2006)21732176. 2D.Lietha,X.Cai,D.F.J.Ceccarelli,y.Li,M.D.SchallerM.J.Eck.StructuralBasisfortheAutoinhibitionofFocalAdhesionkinaseCell (Cambridge,Mass.)v.12911772007

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Resumo22

STRUCTURALANDBIOCHEMICALCHARACTERIZATIONOFANEWINORGANIC PYROPHOSPHATASEFROMTHECATTLETICKRHIPICEPHALUS(Boophilus)MICROPLUS EveniltonP.Costa1,JorgeH.Fernandez1,EldoCampos1,CarolineP.deAndrade2,PaulaC. 2 Pohl ,ArnoldoR.Faanha1,AoiMasuda2,ItabajaraVazJr.2andCarlosLogullo1

1LQFPPandLBCTCBBUENF,CamposdosGoytacazes,RJ,Brazil. 2CBiotUFRGS,PortoAlegre,RS,Brazil.

Solubleinorganicpyrophosphatase(sPPase,EC3.6.1.1),isanessentialmetaldependentenzyme thatconvertspyrophosphateintoorthophosphate.Thisenzymeisrepresentedbytwofamilies:PPase Family I (Mg2+dependent) andFamily II (Mn2+dependent) distributedamonglivingorganisms whichtypicallyproduceeitheroneortheother.ThesecharacteristicsmakesPPasesaclearexample oftheconvergentevolutionofanessentialcatalyticactivity. Inthepresentwork,wereportthe cloningofacDNAwith1020b.p.encodingthesPPase from R.microplus (RmPPase)andthe partialcharacterizationoftheprotein.TheR.micropluscDNAencodesaputativeproteinof341aa withtheoreticalmolecularmassandpIvaluesof38.7kDaand5.56respectively.Thealignmentof RmPPase with other PPase sequences revealed the conservation of three Asp residues, characterizing the family I PPase signature (PROSITE PDOC00325), and 10 other residues surroundingtheactivesite.Moreover,potentialphosphorylationsiteonRmPPasewerepredictedby SCAN PROSITE including casein kinase II phosphorylation and Nmyristoylation sites. A remarkablecharacteristicofRmPPasewasthepresenceofCysresiduesin138and339positions, differingfromotherfamilyIPPaseswithsolvedstructure.Toassessthe3DstructureofRmPPase, homology modelingprocedurewasimplementedin Modeller9v4, usingthe S.cerevisiae PPase structure(pdb1M38)asthetemplate.Bestmodelwaselectedbyglobalstereochemicalqualityin Verify3D and Procheck servers, and visualized using NOC v3.01. Obtained results suggest the possibilityofCys138Cys339 disulfidebridgeasbothCysresidueswereaccommodated3.5 one fromanotherinourinitialmodelandobtainedstereochemicalcharacteristicsformodeledCys 138 Cys339 disulfidebridgewereinagreementwithgoodsolvedstructures. Takentogether the data describesthestructuralandbiochemicalcharacteristicsofanewfamilyIPPaseinR.microplus. Grants:FAPERJ,CNPqandCAPES.

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Resumo23

PAPELDAGLICOSIDASENASNTESEDEHEMOZONAEMRhodniusprolixus
1

Mury,FB.,1Ferreira,LS.,1Silva,J.R.,1S,LFR,2Oliveira,M.F.,2Oliveira,PL.,3Silva,CP,1Dansa Petretski,M. 1 LQFPP,CBB,UENF,CamposdosGoytacazes,RJ 2 Inst.BioqumicaMdica,UFRJ,RJ 3 DeptodeBioqumica,CCB,UFSC,SC

R.prolixusdigeregrandesquantidadesdehemoglobinaeliberahemepotencialmentetxiconoseu lmenintestinal.Hemelivredetoxificadoatravsdeumprocessodebiomeneralizao,formando hemozona(Hz).Nstemosobservadoqueumaglicosidaseligadaamembranaestenvolvidana formaodeHzemR.prolixus.Paraexaminaraparticipaoda glicosidasenesteprocesso,ns realizamos alguns experimentos com extrato protico de intestino mdio de R. prolixus e correlacionamosasatividadesde glicosidaseesntesedeHz.UsamosNPGlueheminacomo substratos,naausnciaoupresenadealgunsinibidores.Cloroquina(600 M ),usadacomodroga antimalria,conduziuumanotvelreduonaatividadedeglicosidase.Estamesmaconcentrao tambm inibiu a atividade de formao de Hz. Um inibidor especfico da glicosidase,castanoespermina,tambmreduziuasatividadesde glicosidaseeformaodeHzde uma maneira dependente de concentrao. Esses resultados sugerem que a formao de Hz e atividade de glicosidase parecem partilhar caractersticas em comum em seu stio ativo. Um estudopreliminardemodelagemmoleculardestaenzimarevelouumaaltaidentidadecomoutras glicosidases.Soobservadosresduosdehistidinaecidoasprticonostioativo,quesimilara outras glicosidases. Histidina um importante aminocido para ligao de heme. Dietilpirocarbamato,ummodificadorderesduosdehistidina,promovemumefeitoinibitrioem ambas as atividades de glicosidase e sntese de Hz, sugerindo sua importncia para estas atividades.Outrosexperimentosestosendorealizadoscomintuitodecaracterizaraplasticidade destaenzimaeentendersuaparticipaonaadaptaoparahematofagiaemalgunsgrupos. Apoio:UENF,CNPq Palavraschave:glicosidase,Hemozona, R.prolixus

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Resumo24

InvestigationofIntrinsicPlasticityofFalcipain2onSubstrateRecognition Celestino,P.S.F.1,Gomes,D.E.B2,Pascutti,P.G.3
UniversidadeFederaldoEstadodoRiodeJaneiro1,UniversidadeFederaldoRiodeJaneiro2,3

Malariaremainsoneofthemostinfectiousdiseaseintheworld.Apotentialtargettonewtreatment isthecysteineproteaseFalcipain2(FP2),oneofthemajorenzymesofP.falciparumthatactsatthe destruction of hemoglobin, major source of aminoacids for the parasite. The nonespecific inhibitionofFP2leadstoparasiteinviability.AlthoughthestructuralbasisofFP2substratebinding hasalreadybeendetermined,thesourceoftheexperimentallyobservedsubstrateselectivitycannot becompletelyunderstoodonthebasisofthestaticpictureofcrystalstructures.Therearetwomain challengesinthiswork:oneistodefinethebindingmodeofmanypeptidesubstratestoFP2,the other is to try to unravel the linkage between protein flexibility and enzymatic function, investigating how the intrinsic plasticity of FP2 influences substrate recognition and catalysis, provindinginsightstoleadintorationaldrugdesign.Toinvestigatethiswedocked(Autodock3, grid0.25,LGA)tennaturalsmallpeptidesubstrateswithpreviouslyknownbindingconstantsto the crystal structure of FP2 (1YVB) and performed Molecular Dynamics Simulations (MD) (Gromacs3.3.1,10ns/310K/1atm/NPT/Reactionfield=54/Vdw1.4nm/Coulomb1.5nm). Wemeasuredtheresiduespecificproteinligandinteractions,localcontactsandhydrogenbonds, elucidatingthebindingmechanismprotein.

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Resumo25
BINDINGSSITESOFPROTOPORPHYRINIXONHUMANSERUM ALBUMIN:AMOLECULARDYNAMICSTUDY
TeobaldoRicardoCuyaGuizado(1)(*),SoniaReanuxWanderleyLouro(1),PedroGeraldoPascutti(2)
(1) (2) (n)

DepartamentodeFsica,PontifciaUniversidadeCatlicadeRiodeJaneiro.

LaboratriodeModelagemeDinmicaMolecular,InstitutodeBiofisica,UFRJ. 22451900,RiodeJaneiro,Brasil. teobaldo.ricardo@fis.pucrio.br

DepartamentodeFsica,UniversidadeCatlicadeRiodeJaneiro.RuaMarquesdeSoVicente294,Gavea.CEP

Abstract Protoporphyrin IX (PPIX) has a relevant importanceinphotodynamictherapy(PDT), and other biotechnological applications, the interaction of this porphyrin with the Human serum albumin (HSA), is important in blood substituteresearch,becauseithaveagreataffinity bythePPIX(anditsFe2+complex)andanother porphyrins with oxygen capacity binding. Recently PPIX has been characterized for Gromos53A6 force field [1] showing their no homogeneous hydrophobic character, this characterizationisthebasisforthepresentstudy. ToknowhowmanybindingsitesthePPIXhave onHAS,wouldproportionaterelevantinformation for the transport of PPIX, will explain the fluorescencequenchingoftheHASbindtoPPIX and will give us information about the possible bindingsitesofferrouscomplex.Inthispaperwe determine and characterized the PPIX binding sitesonHSAusingbothDockingandMolecular Dynamics (MD) techniques for this purpose we usedAutoDock4andGromacsrespectively.We found six bindings sites, however the current literatureshows~2bindingsitesforPPIXonHSA but other few studies that consider the photoproduct competition report ~47 binding

sites[7].AsthePPIXisahydrophobicmolecule andcreateaggregatesbyhydrophobiceffect,our simulationshowsthatispossiblethatadimerbind themainbindingsiteoftheHSA.Ourresultsalso show that only one main binding site has the volumeandsurfacetobindthisaggregate,forthe othersecondarybindingsitesonlyonemolecule willbebond.

Fig.1:BindingsitesoftheProtoporphyrinIXon HumanSerumAlbumin. References: [1]TCGuizado,SdaRochaPita,SRWanderley Louro, PG Pascutti, International Journal of QuantumChemistry,2008. [2] Brancaleon L., Moseley H. Effects of photoprodutcs on the binding properties of protoporphyrin IX to proteins. Biophysical Chemistry2002;96:7787

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Resumo26
InvestigaodaAditividadedaRotaoticaemSistemasQuirais.
RenatoV.daSilva1*(PG),BenedettaMennucci2(PQ)eClarissaO.daSilva1(PQ)
1 2

DepartamentodeQumica,UFRuralRJ,RodoviaBR465KM47,Seropdica/RJ,Brasil,CEP23890000.

DipartimentodiChimicaeChim.Ind.,UniversitdegliStudidiPisa,viaRisorgimento35,Pisa,Itlia. *email:renvisil@hotmail.comPalavrasChave:rotaotica;sistemasmultiquirais.

Introduo
Arotao tica (RO)desempenha um papel significativonapesquisadecarboidratos,devido ao elevadonmerode centros quiraispresentes nestescompostos. Os clculos de RO so muito sensveis ao nvel de clculo e dependem da geometria dos compostos1.Aseleodomtodocomputacional e do conjunto de funes de base nos clculos tmgrandeinfluncianosresultadosdeRO2. Stephensetal.3,4mostraramqueclculosDFT combinados com um apropriado conjunto de funes de base rendem resultados mais confiveisparasistemasrgidos. Os sacardeos pelo contrrio, so sistemas comgrande variedadeconformacionale muitos centros quirais, e conseqentemente, a complexidadedosclculosamplificada. Entretanto, apesar destas dificuldades, da Silvaetal.1calcularamvaloresdeROparaasoito estruturasmaisabundantesdaglicoseemsoluo aquosa. Os resultados obtidos foram bem prximosdosresultadosexperimentais.Comeste estudo podese ter idia da contribuio individual de cada confrmero para a propriedade.Porexemplo,todososconfrmeros apresentaramvaloresdeROpositivosenquanto que os confrmeros tanto positivos quanto negativos,dependendobasicamentedaorientao dogrupohidroxiladocarbonoanomrico.Estes resultados levantaram suspeitas a respeito da localidadedaRO5. Investigaremos, atravs de clculos tericos DFT,umpossvelcarteraditivoexistenteparaa RO, para assim estudar a criao de prottipos para facilitar os clculos de RO de compostos multiquiraiscomoossacardeos. Esto sendo investigados sistemas modelo com distncias variadas entre seus dois centros quirais e com variao de configurao destes centros,emdistintosnveisdeclculo(Figura1).

substituio de um grupamento OH por um tomodehidrognio. ResultadoseDiscusso Em cada modelo biquiral proposto foram realizados clculos de otimizao da geometria emnvelB3LYP/321Geposterioresclculosde rotaoticaemcadanveldeclculoestudado. Analisando os resultados obtidos para os valoresdeRO,apenasosdiasteroismerosRRe RSforamconsiderados,poispodemospercebera relaoenatiomricaentreosmodelosRReSSe os modelos RS e SR, uma vez que seus respectivosvaloresdeenergiaseigualarameos modelossediferenciamapenaspelosvaloresde RO. Obtivemosvaloresdadiferenadosvaloresde rotaotica(R.O.),paracadamodeloproposto, em funo de N(onde N varia de 2 a 4) nos diferentesnveisdeclculo. OsvaloresdeR.O.foramobtidosapartirda
90 80 70 60 RO 50 40 30 20 10 0

RO=|RO(bi)N=4 321G [RO(mono1)+RO(mono2)]| 321+G

631++G(d,p) augccpVDZ 6311++G(2d,2p)

RR

RS

seguinteexpresso: Figura2:Grficode ROemfunodonvel declculo,paraN=4. Afigura2reportavaloresde R.O.paracada modeloproposto,emfunodosdiferentesnveis declculo,paraN=4. Concluses ApartirdeN=3podeseconsiderarqueh aditividadenaROparaossistemasestudados. ComamelhoranadecriodaROobtidacom autilizaodefunesdebasemaisextensas,a aditividadeaumenta.
.____________________ daSiva,C.O.;Mennucci,B.eVreven,T.J.Org.Chem.2004,69,81618164. 2 Zhao,SL;Zhou;ZY;Wang,WJeMa,HK.InternationalJournalofQuantumChemistry 2007,107,10151026. 3 Stephens,P.J.;Devlin,F.J.;Cheeseman,J.R.eFrisch,M.J.J.Phys.Chem.A2001,105, 53565371. 4 Stephens,P.J.;Devlin,F.J.;Cheeseman,J.R.eFrisch,M.J.J.Phys.Chem.A2000,104, 10391046.5daSiva,C.O.eMennucci,B..J.Chem.TheoryComput.2007,3,6270.

Apartirdestessistemas,comNdefinidos,so construdos compostos monoquirais eliminando um centro quiral por vez pela

N Figura1:Modelobiquiralgenrico.OndeN onmerodegrupamentosCH2paracadamodelo.

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Resumo27

AlgoritmoEvolutivoeModeloHPparaPrediodeEstruturasdeProtenas1
P.H.R.Gabriel,T.W.Lima,A.C.B.Delbem UniversidadedeSoPaulo InstitutodeCinciasMatemticasedeComputao AvenidaTrabalhadorSocarlense,400,SoCarlos/SPBrasil Fone:551633739727 Emails:{phrg,telma,acbd}@icmc.usp.br

Palavraschave: predio de estruturas de protenas; algoritmos evolutivos; modelo HP; modelosminimalistas. Algoritmosevolutivos(AEs)sotcnicasdebuscaprobabilsticadesoluesbaseadosno processo de evoluo natural dos seres vivos. Esses algoritmos constituem a rea de pesquisa denominadacomputaoevolutiva(CE).OsAEstmsidointeressedediferentesreas(cincias naturais, engenharia, biologia e cincia da computao) na busca por soluo para problemas complexos. AEs tm sido aplicados, tambm, a diversos problemas de biologia molecular computacional. Dentre esses problemas, um dos mais estudados a predio de estruturas de protenas(PSP,doinglsProteinStructurePrediction).Demodoarepresentarassolues(ou seja,asestruturaspreditas),modelossimples(chamados minimalistas)tmsidoempregados.Um dosmaisbemestudadosomodelohidrofbicopolar(tambmchamadomodeloHP),noqualas interaeshidrofbicassoconsideradasasmaisimportantesnoprocessodedobramento.Alm disso,oespaodedobramentorepresentadoporumamalhadepontos,oulattice.Pararealizara buscaapenasporsoluesfactveis,osAEsparamodeloHPanalisamtodasasestruturasgeradas, associando uma penalidade a cada soluo infactvel encontrada durante o processo evolutivo. Entretanto,aadiodapenalidadetendeaprejudicarodesempenhodoAE,umavezquetodasas interaesentreaminocidossoavaliadasmaisdeumavez. Neste projeto investigado um AE para modelo HP que evita a gerao de solues infactveis,demodoasimplificaroprocessodebusca.OAEutilizaumamatrizbidimensionalque enderea a posio espacial de cada aminocido nas molculas eliminando, assim, todas as molculasinapropriadas(emoutraspalavras,eliminandosoluesnasquaisocorremcolisesentre aminocidos). Atcnicapropostaavaliadacombaseeminstnciaspropostasnaliteratura.Resultados mostram que esta abordagem encontra solues adequadas demandando pouco tempo de processamento.Almdisso,oAEpropostopodemelhorarodesempenhodeabordagensbaseadas emmodelosfullatom,umavezquepodeencontrarregiespromissorasnoespaodebusca.

ComapoiofinanceirodaFundaodeAmparoPesquisadoEstadodeSoPaulo(FAPESP).

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Resumo28
EstudodoCampodeForaparaaEmodina.
AntonioR.Cunha(antcunha@if.usp.br),M.TeresaLamye KalineCoutinho(kaline@if.usp.br) InstitutodeFsicadaUSP Desdedosanos80,Jorgensenetal[1]realizaramestudosdasinteraesmolecularespara sistemaslquidos,incluindomolculasorgnicosedeinteressebiolgico.Elesdesenvolveramo campodeforaOPSL(OtimizedParametersforSimpleLiquids).Nestetrabalhoestudamosa transferabilidadedoOPLSparaamolculaEmodina,afimderealizarumestudoterico sistemticodaspropriedadesestruturaiseeletrnicasdessamolculaisoladamente,emsoluo aquosaeemsoluodeclorofrmioquemimetizaumambientelipdico.AEmodina(Figura1) umprodutonaturaleprincipalantraquinonadoAloevera(conhecidapopularmentecomoBabosa), queamplamenteutilizadonaindstriadeprodutosalimentcios,decosmticoefarmacutica[2]. Umparticularinteressequetemosnessa OH OH O molculaseucaracterhidro/lipoflico,uma veza H H elapossuigruposhidrofbicosehidroflicose seu dipolovariade1.7a5.5Ddependendodas orientaesrelativasdashidroxilas. H3C OH CompreenderesseaspectodaEmodinapode auxiliar H O H ainterpretaodeexperimentosdessa Figura1.EstruturaqumicadaEmodina. molculaesimilarescommembranas[3]. Nestetrabalhotestamosotermo CoulombianodocampodeforaOPLSatravsdetrsconjuntosdiferentesdecargasatmicas:(i) cargasdoOPLSadotandoasistemticadeneutralizarosgruposqumicosdiferentes;(ii)cargas obtidasdoajustedopotencialeletrosttico(procedimentoCHELPG)daconfiguraodemnima energia;(iii)cargasmdiasobtidasdoajustedopotencialeletrostticode21rotmeros.Opotencial eletrostticofoiobtidoatravsdeclculosqunticoscomnvelB3LYP/631G*econsiderandoo solventeatravsdomodelocontnuopolarizvel(PCM),utilizandooprogramaGAUSSIAN/03.No casodaguacomosolvente,observamosqueessestrsconjuntosdecargasnodiferemmuitoe fornecemdipolosde4.0,4.9e4.5D,respectivamente.Essascargasforamutilizadasemsimulaes computacionaiscomomtodoMonteCarlo(programaDICE)eDinmicaMolecular(programa THINKER)eobservamosquesuasinteraescomaguasotambmpoucomodificadas considerandoaenergiadeinteraoeaestruturadesolvatao.Sendoassim,conclumosquea transferabilidadedosparmetrosOPLSbemsucedidaequeessesparmetrospodemserusados paradescriodasinteraescomaEmodinaesimilaresemsoluo. Referncias:
[1]W.L.Jorgensen,D.S.Maxwell,J.TiradoRives,J.Am.Chem.Soc.118(1996)11225. [2]R.H.Thomson,NaturallyOccurringQuinonesIII.RecentAdvances,ChapmanandHall,London,(1986). [3]E.L.Duarte,T.R.Oliveira,D.S.Alves,V.Micol,M.T.Lamy,Langmuir24(2008)4041. Financiamento:CNPq,FAPESPeUSP

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Resumo29

EstruturaodoEumenineMastoparano(EMPAF)
DeniseC.deMelo1,JorgeChahine2
1

DepartamentodeFsicoQumica,InstitutodeQumica,Unicamp,Campinas.2DepartamentodeFsica,IBILCE Unesp,SoJosdoRioPreto.

OtetradecapeptdeoEumeninemastoparanoAF(EMPAF)extradodovenenode vespa,em soluo aquosa contendo trifluoretanol (TFE) mostra conformao helicoidal comosdadosdeRessonnciaMagnticaNuclear(RMN)eDicrosmo de 14 aminocidos tem o Nterminal amidado e trs lisinas investigamos a estrutura conformacional desse simulaodedinmicamolecularusandoo usandoumacaixacbicaqueincluioTFE anfipticadeacordo

Circular(CD).Aseqncia

carregadas(5,8e12).Nessetrabalho,

peptdeoemsoluoaquosacontendoTFEpor pacoteGROMACS.Assimulaesforamfeitas

(30%)emolculasdegua(70%).Omtododatrocaderplicafoiusadoparasimularosistema nointervalodetemperatura280K350Kuniformementedistribudaem14processadores.Cada rplicanumadadatemperaturaTtemumaestruturaaleatriacomoconformaoinicial.Em intervalosfixosdetempo,duasrplicasvizinhastentamtrocarconformaesdeacordocoma probabilidadedeBoltzmann(e D onde D=(Db)(DU), b 1/BTeUaenergiapotencial). Apresentamos trajetrias que mostram claramente a formao de uma estrutura helicoidal (resduos3e12),eoutrasconformaestaiscomoestruturashelicoidaisparciaisefolhasb tambmexibemestabilidaderelativamentealta.Aestruturahelicoidalestdeacordocomas20 estruturasdisponveisobtidasporRMN,comvalorespequenosdeRMSD.Tambmmostramos queadiversidadedeestruturasobtidasporRMNestrelacionadacomflutuaesglobaisda cadeia, como indicado pela anlise de componentes principais. A projeo da trajetria de equilbrio na primeira componente principal, de uma estrutura helicoidal obtida como conformao inicial, mostrou flutuaes que aproximadamente reproduzem a diversidade de estruturasdeRMN,quesodevidasprincipalmenteflexibilidadedoNterminaldopeptdeo.

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Resumo30
Estudotericodainteraodocomplexo5a,6anidrotetraciclinaaquocloroplatina(II) com5GPG3:umhbridointercalantealquilante
BrunaLuanaMarcial1*(PG)eHlioF.DosSantos1(PQ)*blmarcial@yahoo.com.br
1

NcleodeEstudoemQumicaComputacionalNEQC,DepartamentodeQumicaICE,UniversidadeFederalde JuizdeFora,JuizdeForaMG,36036900.

Ocidodesoxirribonucleico(DNA)umdosprincipaisalvosdemolculascomatividadebiolgica. Dentre os vrios compostos que interagem direta ou indiretamente com o DNA destacamse os antineoplsicos,comoacisplatinaeseusanlogos,quetmseumododeaodiretamenterelacionadosua coordenao com as bases nitrogenadas1. Apesar da ampla aplicao e da eficincia dessas drogas no tratamento de diversos cnceres, os severos efeitos colaterais relacionadas s mesmas motivam intensas pesquisas,nasdiferentesreasdacinciaembuscademaiorseletividadeemenortoxicidade.Umdosalvos derecentespesquisastmsidooscompostosquepodeminteragirduplamentecomoDNA,sooschamados hbridosmoleculares,quesoagentesalquilanteseintercalantessimultaneamente2. O complexo 5a6anidrotetraciclinaaquocloroplatina(II) [Pt(AHTC)(H2O)Cl]+, um anlogo da cisplatina,fortecandidatoaagentealquilanteintercalante,umavezquealmdocentrometlicoapresenta comoliganteaAHTC,umderivadodatetraciclina.Esseligantealmdoreconhecidopotencialantibitico apresentaumaestruturaadequadaintercalaocomoDNA,oquecertamentemodificariaomododeao dadroga.Recentementenossogrupotemestudadoatermodinmicaecinticadeinteraodessecomplexo comnuclefilosdeimportnciabiolgica,comoasbasesnitrogenadas3.Entretantocomoobjetivodeavaliar as diferentes formas de interao com o DNA nesse trabalho expandimos nosso modelo para um dinucleotdeo(5GPG3)eforamrealizadosclculosparaocomplexointercaladoecoordenado(Figura1). Foi utilizada a metodologia QM:MM de acordo com o formalismo ONIOM, duas camadas foram consideradascomoHF/LANL2DZparaacamadaaltadefinidapelasbaseseointercalanteeocampode foraUFFparacamadabaixadefinidapeloesqueletoacarfosfato. Os anis da AHTC formam um ngulo de 90 com o eixo do DNA e interagem com as bases forandooaumentodoespaamentoentreosparesdebaseGG,comomostraTabela1,oquecaracterstico domododeaodeagentesintercalantes.Asinteraesdehidrognio,responsveispelaestabilidadeda duplahlice,somantidascomaintercalao,sugerindoaeficciadomodeloONIOMnadescriodesse tipodesistema.AdistanciadaplatinaaoN7daguanina,queoalvodeinteresseparacoordenaode4 nocomplexointercalado,logoocomplexopoderiaintercalareemseguidacoordenar.

Tabela1.Variaodeenergia(kcal/mol)edistancias emAngstroms.ONIOM(HF/LANL2DZ:UFF) Complexos E[ O6O6(G) G] 2 [GPG] 5,01 2 [GPG<AHTC] 30,31 8,21 [GPG<Pt(AHTC)(H2O)Cl]
32,79 13,95

6,98

Figura1.Complexointercalado [GPG<Pt(AHTC)(H2O)Cl]otimizadousandooONIOM(HF/LANL2DZ:UFF).

1vanZutphen,S.;Reedijk,J.;Coord.Chem.Rev.2005,249,2845. 2Guddneppanavar,R.;Wright,M.W.;Tomsey,A.K.;Bierbach,U.;J.Inorg.Biochem.2006,100,972 3(a)DosSantos,H.F.;Marcial,B.L.;DeMiranda,C.F.;Costa,L.A.S.;DeAlmeida,W.B.; J.Inorg.Biochem. 2006,100,1594,(b)Marcial,B.L.;Costa,L.A.S.;DeAlmeida,W.B.;J.Braz.Chem.Soc.2008,noprelo.

40

Resumo31
ModelageminsilicodaprotenaMelittinIIdeApismellifera
FaculdadedeMedicinadeRibeiroPretoUSP FaculdadedeFilosofiaCinciaseLetrasdeRibeiroPretoUSP

deSouza,M.L.,,Jorge,D.M.,Giuliatti,S.

Introduo

Estruturas tercirias de protenas esto intimamenterelacionadasfunodasmolculas e,portanto,suadeterminaopartefundamental noestudodasprotenas.Essasestruturaspodem ser obtidas por mtodos experimentais como cristalografia de raiox e espectroscopia de ressonnciamagnticanuclear(RMN),masesses mtodos possuem limitaes tcnicas. A Bioinformtica estrutural apresenta ferramentas alternativasparaqueestruturasproticaspossam serpreditasentreaseqnciaalvodeinteressee seqncias proticas com estruturas tercirias conhecidasqueservirodemodelos. Dentreasdiversasprotenasquepoderiam ser modeladas, as contidas no veneno das Apis mellifera despertam um grande interesse, devido ao grande nmero de acidentes causados por picadasdessasabelhas.Seuvenenocomposto por vrias substncias qumicas como peptdeos, enzimas e aminas biognicas, que apresentam atividades farmacolgicas e alrgicas. Esses compostos so de grande importncia para a sadepblicaeindstriasdefrmacos.Aprotena melittin foi selecionada devido importncia aplicadanosestudosfarmacolgicoseporserum dosprincipaiscomponentedovenenodasabelhas, motivando assim os estudos da modelagem por homologiadesuaestrutura.

um banco de dados com as seqncias encontradas no GenBank [4] e as estruturas conhecidas j depositadas no PDB [5], esse sistema ir integrar e disponibilizar todas as informaesobtidasduranteoprojeto.

ResultadosParciaiseConcluso
Dentre as melittins que no possuam estruturastercirias,selecionouseaseqnciada melittin II (gi229389) para ser modelada por homologia. Aps a busca por seqncias de protenasmodelo,selecionouseaestrutura2MLT para ser usada como molde, a qual apresentou 74,9% de similaridade com a seqnciaalvo. A estruturaobtidafoivalidadaatravsdoProcheck, quegerouumgrficodeRamachandram,ondeum poucomaisde90%dosresduossoencontrados emregiessatisfatrias. At o momento apenas a modelagem da melittin II foi concluda e o modelo validado. A prximaetapasermodelaredisponibilizaroutros modelos de melittin que ser acessvel em um ambientewebparaconsultapblica.

Referncias
1. HOMEPAGEMODELLER.Disponvelem:
<http://www.salilab.org/modeller/>.

2. LASKOWSKI,R.A.,etal,J.Appl.Crys.26, 3. 4. 5.
283291,1993. HOME PAGE Verify 3D. Disponvel em:< http://nihserver.mbi.ucla.edu/Verify_3D>. HOME PAGE NCBI Nacional Center for Biotechnology Information. Disponvel em: <http://www.ncbi.nlm.nih.gov/>. HOMEPAGERCSBPDB Welcometothe RCSBPDB. Disponvel em: <http://pdbbeta.rcsb.org/pdb/Welcome.do>.

Objetivos

Realizaramodelagem por homologiadas estruturas proticas de melittins, encontrada em venenosdeApismellifera.

Metodologia
A modelagem foi realizada atravs do software Modeller [1], que foi executado em um servidorlocal.Partindodoalinhamentoatravsdo BLASTbuscouseporsimilaridademnimade30% entreprotenaalvoemodelo.Depoisdeobtidoo alinhamento as coordenadas cartesianas da protena foram determinadas e sua estrutura gerada,estandoprontaparaavalidaoquepode serrealizadaporsoftwarescomoPROCHECK[2] ou VERIFY 3D [3]. Os dados obtidos na modelagem sero inseridos em um sistema web, quepermitirlivreacessoaopblicoesercriado

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Resumo32
EstudosTericosdosEfeitosdeSolventesnaEstabilidadeConformacionalenoEspectrode AbsoroEletrnicadoxidoMesitil MarcusV.A.Damasceno(mvaraujo@if.usp.br)eKalineCoutinho(kaline@if.usp.br)
InstitutodeFsica,UniversidadedeSoPaulo,CP66318,05315970SoPaulo,SP Recentemente, tem havido uma grande necessidade em compreender melhor as propriedades conformacionaiseaestruturaeletrnicadesistemasemsoluo,poisnestafasequeocorremgrandeparte dosprocessosfisicoqumicos.NestetrabalhoestudamosaaplicaodomtodohbridoseqencialQM/MM [1]noestudodosefeitosdesolventenaestabilidadeconformacionalenoespectrodeabsorodamolcula de xido mesitil, 2(CH3)CCHOCH3. Essa molcula apresenta duas formas ismeras synanti com estabilidade relativa dependente da polaridade do solvente e uma grande sensibilidade em seu espectro eletrnico.Davemointeresseemseuestudoterico. Emumaprimeiraetapa,realizamosclculosqunticos(QM)nosismeroseestadodetransioda molculaisoladaeanalisamossuaspropriedadescomoageometria,opotencialeletrosttico,omomentode dipoloeoespectrodeabsoro.ObtivemosqueoismerosynmaisestvelqueoantiporumG synanti = 2,4kcal/mol (geometria e correes ZPE e vibracional com B3LYP/631G* e energia com MP2augcc pVDZ).ParaoclculodoespectrodeabsorotestamososfuncionaisB3LYP,PBEPBEeHandHLYPcom vriosconjuntosdefunesbase.OmelhorresultadofoiobtidousandoTD/B3LYP/augccpVDZ,comvalor de43,5x103cm1,paraaconfigurao syn emconcordnciacomoresultadoexperimentalde43,4x10 3cm1 [2,3]medidoemisooctano(solventedebaixapolaridade).Paraincluirmosoefeitodosolventenoespectro deabsorodoxidomesitilnsrealizamossimulaescomputacionaisdemecnicamolecular(MM)em soluoaquosaquegeraramconfiguraesacessveisaosistemaeposteriormenterealizamosclculosQM. Nesseprocedimento,chamadodemtodohbridoseqencialQM/MM,inclumosapolarizaoatravsde umprocessoiterativo[4],ondeencontramosumdipolode5,0Dparaoismero syn e7,0Dparao anti, calculadoscomMP2/augccpVDZ.Issocorrespondeaumaumentode80%nosvaloresobtidosemfase gasosa. Umavezrealizadaapolarizaodosolutonapresenadosolvente,nsrealizamosassimulaesdo sistemaemsoluoaquosa.Fizemosoestudodaestabilidadeconformacionalatravsdoclculodavariao da energia livre utilizando Teoria de Perturbao Termodinmica (TPT) e encontramos que G synanti = 3,6kcal/mol.Destaforma,conclumosqueemfasegasosaouemsolventesdebaixapolaridadeoxido mesitilseencontranoismero syn eemsolventesdealtapolaridadenoismero anti,comumabarreira rotacionalde4,3kcal/mol.OsclculosdosefeitosdesolventenoespectrodeabsoroUVVisforamfeito comomtodosemiempricoINDO/CIScomparametrizaoespectroscpicadamolculadesolutorodeada pormolculasdeguaatumadistnciade24,8.Issocorrespondeaumsistemade1xidomesitil+136 guasexplcitase114comocargaspontuais.Comonossomelhorresultadoobtivemosumdeslocamento de239070cm1 datransio*paraoismeroanti,ondedessetotal620cm1devidoamudana conformacionalsynantie2990cm1 devidoaosolvente.Esseresultadoestemboaconcordnciacomo resultado experimental que apresenta um deslocamento de 2150 350 cm1 [2,3]. Nesse trabalho os clculosqunticosforamrealizadoscomosprogramasGaussian/03 eZINDOeassimulaesclssicas foramfeitascomoDICE.

Referncias
[1]K.CoutinhoandS.Canuto;Adv.QuantumChem.,28,89(1997). [2]C.Reichardt;SolventEffectsinOrganicsChemistry,VerlagChemie,Weinheim,NewYork,(1979);Chem.Rev.,94, 2319(1994). [3]E.M.Kosower,J.Am.Chem.Soc.,80,3261(1958). [4]H.C.Georg,K.CoutinhoandS.Canuto;Chem.Phys.Lett.429,119(2006). Financiamento:CNPq,FAPESPeUSP

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Resumo33
Analysisofouterandcytoplasmicmembranesproteinsfrom
ManuelaLealdaSilva*,PatrciaM.deBarros, LetciaMirandaLerySantos,PauloMascarelloBisch *manuela@biof.ufrj.br LaboratriodeFsicaBiolgica,InstitutodeBiofsicaCarlosChagasFilho, UniversidadeFederaldoRiodeJaneiro,RiodeJaneiro,Brazil; In this work, we studied the gramnegative endophytic bacterium Gluconacetobacter diazotrophicus.Itisfoundwithinplantssuchassugarcane,pineapple,coffeeandsweetpotato.This bacteriafixesatmosphericnitrogen,producesplantgrowthpromotinghormonesandbacteriocins andhelpssolubilizationofzinccompounds.Weperformacomputationalanalysisofmembrane proteinsofG.diazotrophicususingtherecentlysequencedgenome[Refseq:NC_010125]. We used PSORTb to predict subcellular localization of proteins and MHOLline to predict transmembraneregionsandtobuildstructurecomparativemodels.Proteinssubcellularlocalization canprovidecrucialinformationregardingitsfunctioninanorganism.Further,itsestimatedthat about25%ofallproteinsareintegraltransmembraneproteins,andprobablytheyareinvolvedin signalingandrecognitioninplantbacteriaassociation. MHOLlineisanexampleofabioinformaticsworkflowforstructuralgenomicprojects.Itcombines aspecificsetofprogramsforcomparativemodelingapproach(Figure1).

GluconacetobacterdiazotrophicususingMHOLline

Figure1TheMHOLlineworkflowcomponents.Orangeboxrepresentsinputfile.Blueboxesrepresentfreeprograms:BLAST, HMMTOP,PsiPred,Modeller,Procheck,TCoffee,ThreaderandSCOP.Blueellipsesrepresentsinputandoutput(results).BATS program(inyellow),developedbyRssleetall,separesinthreegroups:G1notemplateinPDB,G2templategoodinPDBand G3pooralignmentwithPDBfiles(representedinboxesgreen).

In the workflow, BATS identifies the sequences that comparative modeling technique can be applied,choosethetemplatessequencesfromtheBLASToutputfile.BATSalsoconstructtheinput filesforMODELLERautomatedalignmentandmodelbuilding. TheG.diazotrophicusPAL5genomecouldcodifyabout3778proteinsequences.Fromthese,585 proteins (15.48%) were cytoplasmic membrane proteins and 70 proteins (1.86%) were outer membrane proteins as predicted by PSORTb. All outer membrane proteins and cytoplasmic membraneproteinswereselectedandprocessedbyMHOLline,wichconstructedthe3Dmodels. 43

Resumo34 ComparativemodelingofproteinsinvolvedinVibriocholeraeO1Pi starvationresponse

Leite,D.M.C1.,VianezJnior,J.L.S.G1,,Bisch,P.M.1
1

InstitutodeBiofsicaCarlosChagasFilho.UFRJCCSBlocoGIlhadoFundo,RiodeJaneiroRJBrasil.

Abstract In order tosurviveandadapttodifferentenvironments,microorganismshavedeveloped waystoregulatethegeneexpression.Oneofthosewaysareadaptiveresponsesregulatedbytwo component regulator (TCR) systems, which are also responsible for many bacterial pathogenic responses. A TCRsystemhomologueof Escherichiacoli PhoBRhasbeendescribedin Vibrio cholerae [1].ThisTCRsystemhasakeyroleintheresponsetolowlevelsofphosphate,and V. choleraeexpressesgenesoftwomajorregulonsinresponsetophosphatestarvation[2].Previously, severalproteinsinvolvedinthisresponsewereidentifiedbypeptidemassfingerprintingandpeptide sequencing[2],andamongthosemanyhypotheticalproteinswerefound.Inthepresentwork,sixty proteinsidentifiedby vonKrger etal. (2006) werecomputationallyanalyzed.Allproteinsare involved in the response to phosphate starvation in V. cholerae. A structure based annotation approach,developedinourgroup[3]wasapplied.Thepipelineusessecondarystructureprediction [4],threading[5]andcomparativemodelling[6]techniques.Thisallowedtoreviewthoseproteins annotationsinthelightofthelatestdatabases, toaddinformationtothe proteinsannotatedby traditionalmethodsandtoassignfunctionstosomehypotethicalones.Comparativemodelswere builtwhenpossibleandthequalityofthemodelswereevaluated.Wecouldbuildcomparative modelsofgoodqualityfor75%oftheproteinsandassignfunctionsto7proteins,outof13,that wereannotatedonlyashypotheticals.Wecouldalsobuildmodelsforthreehypotheticalproteins. Amongtheproteinsanalyzed,aporinproductofthegeneVCA1008isofspecialinterest.Its expressionisinducedduringinfectionofinfantmice,anditsmutationcausesa40foldattenuation intheinfectivity[7].Acomparativemodelofvca1008isalsopresented. References
[1]vonKrger,W.M.,Humphreys,S.,Ketley,J.M.AroleforthePhoBRregulatorysystemhomologueintheVibrio choleraephosphatelimitationresponseandintestinalcolonization.Microbiology.1999,145:24632475. [2]vonKrger,W.M.,Lery,L.M.S.,Soares,M.R.,NevesMantal,F.S.,BatistaeSilva,C.M.,FerreiraNeves,A.G. C.,Perales,J.,Bisch,P.M.ThephosphatestarvationresponseinVibriocholeraeO1andphoBmutantunderproteomic analysis:Disclosingfunctionsinvolvedinadaptation,survivalandvirulence.Proteomics.2006,6:14951511. [3]Rossle,S.C.Desenvolvimentodeumsistemacomputacionalparamodelagemcomparativaemgenmicaestrutural: AnlisedeseqnciasdogenomadaGluconacetobacterdiazotrophicus.2004.TesedeDoutorado,InstitutodeBiofsica CarlosChagasFilho,UniversidadeFederaldoRiodeJaneiro.RiodeJaneiro,Brasil. [4]Mcguffin,L.J.,Bryson,K.,Jones,D.T.ThePSIPREDproteinstructurepredictionserver.Bioinformatics.2000,4: 404405. [5]Jones,D.T.,Taylor,W.R.,Thornton,J.M.Anewapproachtoproteinfoldrecognition.Nature.1992,358:8689. [6]Sali,A.,Blundell,T.L.Comparativeproteinmodellingbysatisfactionofspatialrestraints.1993,234:779815. [7]Osorio,C.G.,WilsonMartinez,H.,Camilli,A.TheompUparaloguevca1008isrequiredforvirulenceofVibrio cholerae.JournalofBacteriology.2004,186:51675171

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Resumo35

CRYSTALOGRAPHICSTUDIESOFCHLOROCATECHOL1,2DIOXYGENASEFROM PSEUDOMONASPUTIDA JoaneKathelenRodriguesRustiguel(1)jkrustiguel@usp.br;AnaPaulaUliandeArajo(2), AntonioJosdaCostaFilho(2),MariaCristinaNonato(1) (1) LaboratriodeCristalografiadeProtenasFaculdadedeCinciasFarmacuticasdeRibeiro PretoUSP,RibeiroPreto,S.P.,Brazil (2)GrupodeBiofsicaMolecularSergioMascarenhasInstitutodeFsicadeSoCarlosUSP, SoCarlos,S.P.,Brazil Theincreasingdemandofindustrializedproductsanddecadesofmodernagriculturepracticesare responsible for the increase of organic pollutants discarded in the environment. Aromatic compounds,suchascatechol,chlorocatecholandtheirderivatives,areamongthemosthazardous onesduetotheircarcinogenesispotentialandrecalcitrantpropertiestodegradation.Amodernand efficientbiotechnologicalstrategyfortheeliminationofthesecompoundsiscalledbioremediation anditisbasedontheuseoflivingmicroorganisms,ortheirsenzymes,tocleanupcontaminatedsoil orwater.Anexampleofthisstrategyistheuseofdioxygenases,whicharebacterialnonhemeiron enzymes responsible for the aerobic biodegradation of aromatic compounds. In this work, we presenttheoverexpression,purificationandpreliminarycrystallographicstudiesofchlorocatechol 1,2dioxygenasefromPseudomonasputida(Pp1,2CCD).Thisenzymeisadioxygenasebelonging to the intradiol class which shows high specificity to catechol, chlorocatechol and halogenated substrates derived from substituted catechol. Recombinant Pp 1,2CCD was produced in EscherichiacoliBL21(DE3)asainteintagfusionprotein.Proteinexpressionwasinducedwith0,5 mMIPTG,for5hat22oC.Pp1,2CCDwaspurifiedbyaffinitychromatographyusingchitinbeads resin. The protein is eluted with 30 mM of DTT. Following, the enzyme was successfully crystallizedusingbothhangingandsittingdropvapordiffusionmethods.Crystalsofproteinhave beenobtainedusingpolyethyleneglycol8000and10000asaprecipitantagentplusmagnesium acetate tetrahydrate as an additive. The brown crystals, with dimensions of 450x80x80 M, appearedafterthreedaysanddisplayarectangularshape.Inordertosolvethecrystalstructure,the crystalswillbetakentoXraydiffractionexperimentsatMX1beamlinelocatedatLaboratrio NacionaldeLuzSncrotronandthestructurewillbesolvedbymolecularreplacementtechniques. Ourstudies,corroboratedwithpreviousbiochemicalandbiophysicalanalysis,willbeusedtofully characterizetheenzyme.Ourresultscanbefurtherexploredtopotentializethebiotechnologicaluse ofPp1,2CCDasabioremediator. Keywords:chlorocatechol1,2dioxygenase,bioremediation,crystallization,tertiarystructure.

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Resumo36 EstudoTericodeNovosDerivadosdaartemisininaContendo AcarcomatividadeantimalricausandoSAReQSAR

EliergeBarrosCosta,CleydsonB.Rdossantos,WilliamsJ.C.Macedo,Mariada GloriaG.Cristino,ThiagoLuizDiasGomes,JosCiracoPinheiro.
LaboratriodeQumicaTericaeComputacional,DepartamentodeQumica,InstitutodeCinciasExatase Naturais,UniversidadeFederaldoPar,CP101101,CEP66075110,BelmPA,Brasil.

Artemisininaevintedeseusderivadoscomatividadeantimalarialcontraclonesdemalriahumana PlasmodiumfalciparumW2oriundodaIndochina,resistenteamefloquina,foramestudadoscoma ajudademtodosdequmicaquntica(HartreeFock631G**)eanlisemultivariada(PCA,HCAe PLS).Aanlisedecomponentesprincipais(PCA)comtrscomponentesprincipais(3PCs)explicou 93,9461%davarinciatotalefoipossvelobtermosaseparaodoscompostosestudadosemduas classes(maispotentesemenospotentes).OmodeloPLScomtrsvariveislatentes(3VLs)deteve 95,0945% da informao total, com os parmetros de performance do modelo, R 2=0,9690, R2ajust=0,9613,s=02865,F(4,11)=86,0828,Q2=0,9478,SEP=0,1876,PRESS=0,5632eSPRESS=0,0682.O modelo PLS foi construdo com 16 compostos de um total de 21 pertencentes ao conjunto de treinamento, sendo os outros 5 compostos pertencentes ao conjunto de validao externa. Os descritoresresponsveispelaclassificaodoscompostosemmaispotentesemenospotentesforam energiadehidratao(EH),cargasobreotomodeoxignioO11(QO11),ngulodetoroD2 (O2O1FeN2) e o ndice de R/eletronegatividade de Sanderson (RTe+). O modelo PLS foi utilizadoparapredizeraatividadeantimalarialdequinzenovosderivadosdaartemisininapropostos, sendoquetrsnovoscompostos(23,24e30)podemserconsideradosnovosderivadospreditos comomaisativosqueartemisinina,diidroartemisininaederivadosdaartemisininacontendoacar doconjuntotreinamento,reportadosnaliteratura.Mapasdepotencialeletrostticomolecular(MEP) foram construdos para todos os compostos estudados visandose identificar caractersticas das molculasquesoresponsveispelaatividadebiolgica,suportandoosresultadosobtidoscomo modelo PLS. Os docking moleculares foram obtidos com o objetivo de melhor representar a interao entre frmacoreceptor dos compostos estudados, sendo construdos apenas para os compostosmaisativos(conjuntotreinamentoeteste).
Palavraschaves:Artemisinina.Malria.Plasmodiumfalciparum.Mtodosdequmicaquntica.PCA.PLS.MapasMEP. Dockingmolecular.

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Resumo37

ABINITIOSTUDYOFTHEHSANTERMINALBINDINGSITE 1. BrownGonalves1,G.F.Caramori2,L.deRezende2,A.M.D.C.Ferreira2,H.M.Petrilli1
1

InstitutodeFsica,DepartamentodeFsicadeMateriaiseMecnica,USP,SoPaulo 2 InstitutodeQumica,DepartamentodeQumicaFundamental,USP,SoPaulo browngon_if.usp.br

Human serum albumin (HSA) has two Cu(II) binding sites: the specific Nterminal and the multimetalbindingsite.TheNterminalisthestrongestbindingsite,whichhasasquareplanar configurationwithfournitrogenatomsfromtheaminoterminaltripeptideAspAlaHis.Themetal transport site of serum albumin is one of the most extensively studied metalbinding sites in proteins.TheinteractionoftheNterminalgroupwiththeaquaCu(II)species,[Cu(H2O)4]2+,aswell aswithimineCu(II)complexesevennowisintensivelystudied[1]. InthisworkwefocusedtheoligopeptideNAspAlaHisLysasamimicoftheNterminalmetal bindingsiteofHSA,combiningtwodifferentcomputationalapproachesintheframeworkofthe electronicstructurecalculation.Thefirstone,veryfamiliartothechemistrycommunity,isbythe computational code Gaussian03 [2]. The second one, more familiar to the solid state physics community,isbythecomputationalcodeCPPAW[3]. WestudiedthestructuralandelectronicpropertiesoftheNterminalbindingsite,thefreeSchiff baseligandsanditscorrespondingcoppercomplexes[Cu(apyhist)H2O]2+and[Cu(apzhist)H2O]2+. Weverifiedtheconformational,energeticandelectronicchanges,lookingforthedifferencesinthe affinitiesoftheHSANterminalbindingsiteforthesespecies.Ourtheoreticalresultsarediscussed inthelightofexperimentaldata. [1]A.M.C.Ferreiraetal.,Inorg.Chim.Acta,3572269(2004) [2]Frisch,M.J.etal.,Gaussian03,RevisionA.1,GaussianInc.:Pittsburgh,PA,2003 [3]P.E.Blchl,Phys.Rev.B.,50(1994)17953[1]M.RzgaetalJ.Biol.Inorg.Chem.12(2007) 913

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Resumo38

AnlisedePropriedadesDinmicaseEstruturaisdoxidodePolietilenode DiferentesComprimentosemSoluoAquosa

DeniseC.deMelo,ricaT.Prates,EdvaldoSabadini,MunirS.Skaf Autilizaodepolmerossintticosparaaplicaesbiomdicastemcrescidorapidamente nosltimosanos.Existeumagrandevariedadedepolmerosfuncionaiscapazesdeadotarfunes como encapsulamento, camuflagem (capacidade de impedir reconhecimento pelo sistema imunolgico),adesocelular,ereconhecimentocelular,bemcomoatuaremoutrasfunes.Estas caractersticassoinfluenciadasprincipalmentepelasuperfciepolimricaderecobrimento.Dentre ospolmerosquetemumlargousonessessetoresestooPEO(xidodepolietileno),ouPEG (polietileno glicol), que tem unidade monomrica HO(CH2CH2O)nH, sendo n o nmero de repetiesdacadeia.EstudosexperimentaisdeRMN,aindaemandamento,mostramquemolculas de PEO em soluo aquosa com massas molares de 200g/mol e de 300g/mol apresentam comportamentosanmalosnotempoderelaxaotransversaldosolvente(T2tempoderelaxao spinspin).OsvaloresdeT2sodiferentesparamolculasdesolventelivreseligadassuperfciedo soluto, devido processos dinmicos, principalmente a difuso rotacional. Neste trabalho, apresentamosestudosdeDinmicaMoleculardeduassoluesaquosascontendoPEO:umacom n=4eoutracomn=8com10nscada,realizadasnoNAMD.Investigamosocomportamentodagua emtornodamolculaPEG,seutamanho(distnciamdiapontaaponta),ameiavidadasligaes dehidrognio,ocoeficientededifusoPEGegua,eoraiodegirao.Nossoobjetivoinvestigar anvelmolecularocomportamentoestrutural(conformacional)edinmicodoPEOdedistintos tamanhos visando auxiliar na interpretao dos resultados experimentais de espectroscopia por RMN.

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Resumo39
DINMICAMOLECULARDEPROTENAS:ESPECTROSDOABSORODE REPRESSORDETETRACICLINA Preza,S.L.E.1;Margarido,R.S.1;Ludwig,V.E.1;Ferreira,J.V.B.1;Kassab,N.M.2; Amaral,M.S.1,*
1

LaboratriodeModelagemMolecular,DepartamentodeFsica,CCET,UniversidadeFederaldeMatoGrossodoSul, CampoGrande,MS,email:marcos@dfi.ufms.br 2 DepartamentodeFarmciaBioqumica,CCBS,UFMS,CampoGrande,MS

Atetraciclina(Tc)eseusderivadosformamumafamliadeantibiticoscomatividadebacteriostticafrente

a bactrias GramPositivas e GramNegativas e outras infeces patognicas. O sistema repressor/operador (TetR/TetO)omaisimportantemecanismoderesistncia das bactrias GramNegativas a classe de antibiticos tetraciclina1. A estrutura tridimensional do complexo tetraciclinarepressor foi obtida do servidor Protein Data Bank (cdigo PDB: 2TRT). Afim de obter propriedades estruturais, espectroscpicas e eletrnicas do resduo TRP (W43) do TetR, realizouse simulaes por DM dessa protenaisoladaemmeioaquoso:comopacotedeprograma GROMACS2.Aprotenafoicolocadanocentrodeumacaixa cbica contendo 28.908 molculas de gua SPC/E. A simulao ocorreu em equilbrio usando o Ensemble NpT (298Ke1bar).Duassimulaesforamrealizadas,com1,0ns cada,variandoapenasoCampodeForas:GROMOS96ouOPLSAA.Osclculosdosestadosexcitadosdo resduo W43 foram realizados a partir das geometrias armazenadas durante as DM e com estruturas adaptadasaoclculoQM.Duasaproximaesforamutilizadasnessaadaptaoparaseformargrupamento metilaeforambaseadasnoscarbonos ou .Paraosestadosexcitados,usouseosmtodosINDO/SCISe TDDFT/6311++G(d,p),acada0,5pse100psdeDM, respectivamente. Na figura acima, temse a representaogrficadorepressorTetR,obtidaapartir dos resultados de DM, com seus resduos TRP destacados. Podese observar que o resduo W43 est exposto ao solvente. Utilizando a aproximao do carbono para a formao da metila e o mtodo INDO/SCIS,obteveseoespectrotericoapresentado na figura ao lado. Esses resultados apresentam boa concordnciacomdadosexperimentaisdoTRPisolado em meio aquoso. Outras anlises sero discutidas em relao s propriedades conformacionais e eletrnicas doresduoW43.OspacotescomputacionaisGEOMOP3 eGAUSSIAN4foramutilizadosparaosclculosqunticossemiempricoseabinitio,respectivamente.

Referncia:
[1]GENNAROA.R.Remington'sPharmaceuticalSciences,17.ed.Easton,Pennsylvania:ThePhiladelphiaCollegeof FarmacyandSciencesMackPublishingCompany,1985. [2]GROMACS.Disponvelem:www.gromacs.org.Acessadoem:22setembro2008. [3]GEOMOP.Disponvelem:http://www.mloos.eti.br/oldqt1/geomop/index.html.Acessadoem:22setembro2008. [4]GAUSSIAN03,RevisionE.01,Disponvelem:http://www.gaussian.com.Acessadoem:22setembro2008. ApoioFinanceiro:FUNDECT/MS,PROPP/UFMS

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Resumo40

EFEITOSDEDPINITOLNOARMAZENAMENTODEPROTENASEAMIDODURANTEA GERMINAODESEMENTES
Ribeiro,E.S.,Souza,S.C.,GomesdaSilva,L.,Fernandes,K.V.S.,XavierFilho,J.&Oliveira,A.E.A.

Dpinitolumcompostonaturalencontradoemdiversostecidosdeplantas.Estudos sobre a germinaode sementes e o desenvolvimento de plntulas mostraram que Dpinitol estimulouodesenvolvimentopsgerminativoderadculaseepictilos.Oobjetivodestetrabalho investigar do tratamento com Dpinitol exgeno no armazenamento de protenas e amido duranteagerminaodesementes.SementesdeCanavaliaensiformis,GlycineMax,Phaseolus vulgariseVignaunguiculatagerminadasemsoluescontendoDpinitolougua(experimento controle).AgerminaodesenvolveuseemplacasdePetrinumaestufaincubadoracomciclosde 12horasdeclaro/escuroemtemperaturade28C.Emintervalosdetempode6horas,at72 horas,oscotildonesetegumentosforamseparadoseutilizadosnosexperimentosdescritosa seguir.Essestecidosforamsubmetidosadosagensdeprotenastotais,vicilinas,atividadede proteinasescistenicaseatividadede?amilase.Nossosresultadosmostraramqueotratamento comDpinitolestimulouasntesedeprotenasemcotildonesenotegumentodesementesem alguns intervalos de tempo. Aumentos dos nveis de vicilina foram tambm observados. O tratamentocomDpinitoltambminfluenciouaatividadedeproteinasescistenicaseamilase emcotildonesemalgunsintervalosdetempotestados.EstesresultadossugeremqueDpinitol pode estar envolvido numa via de sinalizao durante a germinao e desenvolvimento ps germinativo.

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Resumo41

GNATT:UmaFerramentaparaauxiliaranlisederedesgnicaseproticas JosL.RybarczykFilho InstitutodeFsicaUniversidadeFederaldoRioGrandedoSul Av.BentoGonalves9500,PortoAlegre91501970,CaixaPostal15051,Brasil MauroA.A.Castro DepartamentodeBioqumica,UniversidadeFederaldoRioGrandedoSul, RuaRamiroBarcelos2600anexo,PortoAlegre90035003,Brasil RitaM.C.deAlmeida InstitutodeFsicaUniversidadeFederaldoRioGrandedoSul Av.BentoGonalves9500,PortoAlegre91501970,Brasil RESUMO Nosltimosanostivemosumaumentoexponencialnaaquisiodedadosbiolgicos,issosedeveao fatodocrescenteaumentodopoderdeprocessamentodoscomputadores,refinamentoecriaode novastcnicasdeanlisebiolgicas,surgimentodeferramentascomputacionais.Comisso,acadadia surgem novos bancos de dados espalhados pelo mundo, sejam eles sobre genomas, proteomas, metabolomas,transcriptomas,interatomas,etantosoutros'omas'.Comopodemostrabalharcomtanta informao? Nossoobjetivodesenvolverumsoftwarequepossaauxiliarumbioqumicoausar conhecimentosfsicossemterumaoseuladoparaauxililoeviceversa.Construmososoftware GNATT(Gene/ProteinNetworkAnalysisToolsforTracingInteractomeOrdering)quecomposto por seis funes: i) Anlise de Clusterizao, ii) Anlise de Expresso; iii) Anlise de Funcionalidade;iv)construodeinteratomas(Homosapiens,Saccharomycescerevisae,Escherichia coli);v)AnliseporcamadasdoInteratoma;vi)AnliseEstatstica.Aanlisedeclusterizao constituda por duas tcnicas. A primeira usa o OverlapTopolgico para gerar uma matriz de dissimilaridades. Pressupondo um agrupamento hierrquico como mtodo aglomerativo de encadeamento simples (vizinho mais prximo), esta matriz utilizada para obteno de um dendogramacomsubseqenteformaodeclustersdeprotenasmaissimilaresentresi.Asegunda tcnica consiste em organizar o interatoma aplicando minimizao de energia virtual atravs de mtododeMonteCarlo.JanlisedeFuncionalidadebaseadanostermosdoGeneOnthology (GO), como ordenamentofinaldointeratomasendocruzadocomfunesselecionadasdo GO. DessaformapodemosvisualizaraorganizaodointeratomaviatermosdoGO. REFERNCIAS MauroA.A.Castro,JosC.M.Mombach,RitaM.C.deAlmeida,andJosC.F.Moreira.Nucleic AcidsResearch,35,18591867 B.Snel,G.Lehmann,P.Bork,andM.A.Huynen.NucleicAcidsResearch,18,34423444 ThegeneOntologyConsortium,NatureGenetic,25,2529

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Resumo42

UtilizaodeFerramentasComputacionaisparaCaracterizaodeSeqnciasGenticas LauritadosSantos(1),ReinaldoR.Rosa(2)eGntherJ.L.Gerhardt(3) (1)MestradoemComputaoAplicadaLaboratrioAssociadodeComputaoeMatemtica AplicadaInstitutoNacionaldePesquisasEspaciais(INPE) (2)LaboratrioAssociadodeComputaoeMatemticaAplicadaInstitutoNacionaldePesquisas Espaciais(INPE) (3)DepartamentodeFsicaeQumicaUniversidadedeCaxiasdoSul(UCS) Oestudodasseqnciasgenticasexigeoempregodediversasferramentascomputacionais. Duasferramentasqueestosendotestadasparaanlisedeseqnciasgnicasounognicassoo Coeficiente de Disperso (D) e o Coeficiente de Assimetria (G) que baseado na Anlise de PadresGradientes(GPA).Essasferramentasauxiliamnoreconhecimentodasestruturasgnicase nognicaspresentesemumaseqnciadeDNA,podendoconfirmarqueestasestruturaspossuem ounoumadiferenciaoentreelas.Paraescolhadosorganismosforamselecionadosaquelesque podem ser inseridos em um contexto exobiolgico como a Escherichia coli e Saccharomyces cerevisiae.

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Resumo43

IDENTIFICATIONANDCHARACTERIZATIONOFPROTEINSINVOLVEDINmRNAEXPORT FROMNUCLEITOCYTOPLASMINT.cruzi SERPELONIM.1,HOFFMANG.F.1,VIDALN.M1.,MUNIZJ.R.C2.,FIGUEIREDOQ.B.C.R.3, PROBSTC.M.1,ALVESL.1,GOLDENBERGS.1,VILAA.R1.

1

.InstitutodeBiologiaMoleculardoParanIBMP/ICC.RuaProf.AlgacyrMunhozMader,3775,Curitiba,

PR

LaboratoriodeCristalografiadeProteinaseBiologiaEstrutural.CentrodeBiotecnologiaMolecular EstruturalCEPID/FAPESP.InstitutodeFisicadeSoCarlosUniversidadedeSoPauloAv.do TrabalhadorSocarlense,400 3 CentrodePesquisaAggeuMagalhesFiocruz.DepartamentodeBiologiaCelulare UltraestruturasRecife,PE

2

Regulation of gene expression in eukaryotes involves transcriptional and posttranscriptional mechanisms.InTrypanosomatids,transcriptional mechanismsappeartoplayaminorroleandthereare severalexamplesofchangesingeneexpressionthatare controlledposttranscriptionally.Thesechanges arecontrolledprincipallybyRNAbindingproteinsthatarepartofribonucleoprotein(mRNP)complexes.The nuclearexportofmRNAsisaposttranscriptionaleventthatinvolvestheshuttlingofmRNPfromnucleito citoplasm.ThismechanismofregulationmaybeimportantinTrypanosomatidsbutitisstilllittleunderstood. Inothereukaryotes,itisalsoamajorpointforcontrollingproteinexpressionduringcelldevelopmentand differentiation.Thegoalofthisworkistheidentificationofthemolecularfactorsinvolvedintonuclearexport of mRNAs to characterize their role in the regulation of gene expression during the life cycle of these parasites.Bioinformaticanalysesallowedtheidentificationoffiveproteinsgenesfrom Trypanosomacruzi and Trypanosoma brucei orthologous to proteins from Saccharomyces cerevisiae that are involved with mRNA transport from nucleus to cytoplasm. We present phylogenies that illuminate the evolutionary relationshipsofeachoftheseproteins.Weperformedmolecularevolutionanalysesofeachofthesegenes toevaluatetheroleofpositiveDarwinianselectionintheevolutionoftheseproteinsaswell.Inaddition,we usedinsilicothreedimensionalhomologymodelingtechniques toreconstructstructuralchanges.Inferencesderivedfromthesecomputationalanalyseswillbevalidatedby functional analyses. The combination of computational and biochemical data generated in this work will consolidate the identification of protein factors and pave the way for a better understanding of the mechanisms of nuclear export of mRNA in Trypanosomes and its relevance in the regulation of gene expression. FinancialSupport:CNPq,Fiocruz

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Resumo44 NovaMetodologiadeDeterminaodeCargasAtmicas
LourdesM.deMorais,FernandoC.Rangel,KleberC.Mundim.

Arepresentaomaissimplesdadensidadedecargamolecularobtidapormeiodascargas atmicas, cujas aplicaes em qumica so grandes, sobretudo em estudos da reatividade de sistemas moleculares cujas interaes predominantes so eletrostticas. Entretantosua obteno experimentalspossvelparacristais,demaneiraindireta,enohumoperadorquantomecnico associadocargasatmicas. Inmerosmtodosforampropostoscomafinalidadededescreveradistribuioeletrnica molecularemtermosdecargasatmicas.Entretanto,noexisteentreestesummtodoqueseja robustoeaplicvelaumagrandevariedadedesistemas. Ascargasderivadasdeumpotencialeletrostticosobastanteutilizadas,poressepotencial serobtidofacilmentedeumclculoSCF(SelfConsistentField).Ascargasatmicassoajustadas deformaareproduziressepotencialemumconjuntoprdefinidodepontosaoredordamolcula. OpotencialeletrostticoV(r)nopontordadopor:
V (r )
A

ZA r RA

dr ' r r' (1)

EmqueRAopontoondeoncleoAestcentrado,Poelementodamatrizdensidadeobtido pelomtodoHartreFockeesoasfunesdebase. OpotencialcoulombianoVc(r)geradopelascargasatmicaspontuais:

Vc (r )
A

qA (2) r RA

Paraoajustedascargasatmicas(qA)commpontospredefinidosaoredordamolcula. Esse trabalho visa utilizar o algoritmo de otimizao Generalized Simulated Annealing (GSA)nabuscadosnovosvaloresdecargasatmicasdeformaaseobterumajustemaisprecisodo potencialeletrosttico.Buscandoosvalorestimosqueajustemaequao(4):
'
m i 1

V '(r ) Vc '(r )

(4)
q 'A r RA

OndeospotenciasV(r)eVc(r)so: V (r )

dr ' (5) e r r'

Vc '(r )

(6)

Eestovinculadoscomosvaloresdascargaspor: Z A q ' A q A (7). O Generalized Simulated Annealing (GSA) um algoritmo estocstico aleatrio de otimizaodeproblemascommuitosmnimos.Suaconvergnciagarantida,umavezquesua varreduradoespaodebuscabastanteabrangente,aomesmotempoemquesebuscanoso mnimo global, mas tambm distintas solues associadas a diferentes mnimos locais da hipersuperfcie. Esperaseumareproduomaisprecisadaspropriedadesderivadasdadensidadeeletrnica, portanto, um mtodo mais robusto e eficiente na descrio da estrutura eletrnica de sistemas moleculares. RefernciasBibliogrficas
1.Guadagnini,P.H.;Bruns,R.E.;Quim.Nova1996,19,148. 2.Breneman,C.M.;Wiberg,K.B.;J.Comput.Chem.1990,11,361. 3.Mundim,K.C.;Tsallis,C.;Int.J.QuantumChem.1996,58:(4),373.

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Resumo45

PORTALMHOLline:UMWORKFLOWPARAMODELAGEM COMPARATIVAEMGRANDEESCALA DamsioA.A.Ferreira, LaurentE.DardenneePriscilaV.S.Z.Capriles

A resoluotridimensional de estruturas proticas no tem acompanhadoo aumento do nmero de seqencias genmicas depositadas em bancos de dados genmicos. Desta forma, ferramentas como o MHOLline, um workflow desenvolvido para a predio de estruturas de protenasemgrandeescala,sodealtarelevncia,pois,possibilitamcomunidadecientficacom pesquisas na rea de genmica o fcil acesso e uso de ferramentas integradas de modelagem comparativa. Originalmente,oprogramaMHOLlinefoiescritoemlinguagemdeprogramaoPerlcom funcionamento em desktop e os programas BLAST eBATS eraminterligados por scripts com acesso local, o que dificultava seu acesso multiusurio e multiplataforma. Neste trabalho, foi desenvolvido o portal MHOLline adaptandose os programas j em funcionamento e dandose prosseguimentonaimplementaodosdemaisprogramasqueintegramesteworkflow:HMMTOP, TCOFFEE,FILTERS,MODELLERePROCHECK.Iniciouse,tambm,aelaboraodainterface web, das funes de gerenciamento de processos submetidos e de obteno dos resultados pertinentesdecadaprogramaparticipantenoprocesso. Os testes preliminares, com esta primeira verso do workflow MHOLline, apresentaram resultadossatisfatrios,tendosecomoprximaetapaaconclusodoportalwebdeste workflow. Comafinalizaodoportal,oMHOLlinesercolocadadisposioda comunidade cientfica paratestesdeavaliao.ParaasegundaversodoMHOLline,sero instalaodoMHOLlineparafuncionamentoemcluster. implementados os programasECNGet,PSIPREDeTHREADEReobancodedadosSCOP, bem como a

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Resumo46
ConstruodeBibliotecasdeFragmentosparaaPrediodeEstruturasdeProtenas Santos,K.B.,Custdio,F.L.,Dardenne,L.E{karinabs,flc,dardenne}@lncc.br GrupodeModelagemMoleculardeSistemasBiolgicosGMMSB/LNCC
H alguns anos tmse obtido sucesso com uma metodologia para a determinao de estruturas de protenasbaseadanousopequenaspartes(fragmentos)deestruturasdeprotenasjconhecidas[1].O sucesso de tais tcnicas, ditas baseadas em fragmentos, pode ser explicado pelo fato de trechos de seqncias de estruturas proticas possurem restries conformacionais para a cadeia polipeptdica devidosinteraesentreosresduosdeaminocidos[2].Muitosgruposdepesquisa,atuandodeforma independente, desenvolveram mtodos de predio de protenas baseados emfragmentos e obtiveramresultadospromissores[16],pormaconstruodeprotenasatravsdefragmentossteve ummaiorreconhecimentoapsosucessodoalgoritmo Rosetta [6] apresentado no CASP4 (Critical Assessment of Structure Prediction), uma competio formal, entre os mtodos de predio de estruturas,queocorreacadadoisanos,desde1994.Oobjetivodestetrabalhofoiaconstruodeum programaparagerar deformaautomtica,umabibliotecadefragmentosdeprotenasapartirdeum banco de dados com estruturas tridimensionais de protenas determinadas experimentalmente. O programafoidesenvolvidoutilizandocomobasecomparativaabibliotecadefragmentos desenvolvidapor Boneauetal[6].Comoumdiferencialdasoutrasbibliotecasjcriadas,oprogramapermiteaoseuusurio escolheraquantidadederesduosdeaminocidosdesejadosemseusfragmentosequalobancodedados deestruturasserusadoparageraodasgeometriasdos fragmentos. Em perspectiva futura esperase adicionarbibliotecainformaesarespeitoda estruturasecundriadeseusfragmentoseincorporla aoprogramadepredioabinitiodeestruturasdesenvolvidopeloGMMSB/LNCC[7].
[1]Bradley,J.,Holmes,Tsai,J.2004.Somefundamentalaspectsofbuildingproteinstructuresfromfragmentlibraries.ProteinSci.13:16361638. [2]Kolodny,R.,Koehl,P.,Guibas,L.,Levitt,M.2002.SmalllibrariesofProteinFragmentsModelNativeProteinStructuresAccurately.J.Mol.Biol. 323:297305. [3]Jones,T.A.andThirup,S.1986.Usingknownsubstructuresinproteinmodelbuildingandcrystallography.TheEMBOJournal.5:819822. [4]Bystroff,C.,BakerD.1998.PredictionofLocalStructureinProteinsUsinga LibraryofSequenceStructureMotifs.J.Mol.Biol.281:566574. [5]Lee,I.,Soong,T.,Ho,J.2004.DerivationandAnalysisofFragmentLibrariesofProteinStructures.FourthIEEFSymposiumonBioinformatics andBioengineering(BIBE04).12,6. [6]Boneau,R.,Tsai,J.,Rucinski,I.Chivian,D.,Rohl,C.,Strauss,C.,Baker,D.2001.RosettainCASP4:ProgressinAbInitioProteinStructure Prediction.PROTEINS:Structure,FunctionandGenetics5:119120. [7]Custdio,F.L.2008.AlgoritmosGenticosparaPredioAbInitiodeEstruturadeProtenas.LaboratrioNacionaldeComputaoCientfica.

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Resumo47
Obtenotericadeumprottipoparamembranascelularesde fosfatidilcolina
CinthiaSantosSoares1eClarissaOliveiradaSilva2
1.DiscentedemestradodoPPGQ/UFRRJ;cinthiasoares_css@ufrrj.br

2.DocentedoDEQUIM/UFRRJ

Introduo Segundoateoriadequeaprimeiraclulaseformouquandosurgiuumamembranacapazdeconter seucontedocitoplasmtico,concluisequeaintegridadedestaltimafundamentalparaapreservao da vida. O dissacardeo trealose vem sendo reportado por sua capacidade de conservar materiais biolgicos. Devido s interaes que so estabelecidas entre dissacardeo e a membrana, este projeto utilizaaqumicatericanatentativadedescriodosistematrealosemembranacelular. MateriaiseMtodos Este projeto foi organizado em trs partes: anlise conformacional do dissacardeo1; obteno dos prottipos de membrana e descrio do sistema trealosemembrana celular. O presente texto trata da segundapartedesteprojeto. Admitindoqueasinteraesdeinteresseocorramcomafaceexternadamembrana,propesecomo prottipo um dmero constitudo por duas molculas do fosfolipdio1,2hexadecil,3fosfatidilcolina,glicerol (Fig1). Dadaanaturezaanfipticadosfosfolipdios,aobtenodoprottipodemembranavemorganizadaem 2etapas:estudodaporohidroflicaedaporohidrofbica.Paraaobtenodasconformaesmais estveis para as cabeasfosfolipdicas, utilizouse o funcional hbrido B3LYP. O estudo da poro hidrofbica vm sendo desenvolvido com o funcional puro PBE, reportado como sendo capaz de bem descreverasgeometriasdesistemasondecompareceminteraesdotipodispersivas2.

Resultados Segundo esta metodologia, parece haver somenteduasconformaesestveisparaacabea fosfolipdica, com distribuies relativas de 65 e 15%. Os resultados para a poro hidrofbica encontramseemfasedeobteno. Fig1. Prottipode membrana celular fosfolipdica constitudade fosfatidilcolina.

1.Soares,C.S.;daSilva,C.O.Quim.Nova,200831,280284. 2. Johnson,E.R.;Wolkow,R.A.;DiLabio,G.A.Chem.Phys.Let.2004394,334338

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