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CINCIA E TECNOLOGIA
DO RIO DE JANEIRO - CAMPUS DUQUE DE
CAXIAS
Bioqumica
Licenciatura em
Qumica
Prof. MSc. Michele Rocha Castro & Prof. PhD. Marcio Loureiro
michele.castro@ifrj.edu.br
Data
1 semana
(23/09/15)
1 semana
(29/09/15)
2 semana
(30/09/15)
2 semana
(06/10/15)
3 semana
(07/10/15)
3 semana
(13/10/15)
4 semana
(14/10/15)
4 semana
(20/10/15)
5 semana
(21/10/15)
5 semana
(27/10/15)
6 semana
(28/10/15)
6 semana
Contedo Programtico
Apresentao da disciplina de Bioqumica biomolculas
Introduo ao Estudo das Biomolculas conceitos gerais
Protenas e enzimas
Cintica enzimtica parte 1
Cintica enzimtica parte 2
Lipdios parte 1
Lipdios parte 2 + carboidratos
cidos nuclicos
Metabolismo do ncleo replicao e transcrio
Metabolismo do ncleo traduo
Aula prtica 1 = valor 2,0 pts
Estudo dirigido 1 = valor 3,0 pts
Data
9 semana
(18/11/15)
9 semana
(24/11/15)
10 semana
(25/11/15)
10 semana
(01/12/15)
11 semana
(02/12/15)
11 semana
(08/12/15)
12 semana
(09/12/15)
12 semana
(15/12/15)
13 semana
(16/12/15)
13 semana
(22/12/15)
14 semana
(23/12/15)
14 semana
Contedo Programtico
Regulao da via glicoltica + gliconeognese
Sntese e degradao de glicognio + desvio das pentoses
cont. metabolismo de carboidratos
Ciclo de Krebs e cadeia transportadora de eltrons (CTE)
Ciclo de Krebs + CTE e fosforilao oxidativa
Estudo dirigido 2 = valor 3,0 pts
Aula prtica 2= valor 2,0 pts
Metabolismo de lipdios introduo
2 Prova = valor 10 pts (bloco II metabolismo de
carboidratos)
Metabolismo de lipdios degradao
Metabolismo de lipdios degradao e sntese
Metabolismo de lipdios sntese de colesterol e fosfolipdios
Data
17 semana
(20/01/16)
18 semana
(26/01/16)
18 semana
(27/01/16)
18 semana
(02/02/16)
18 semana
(03/02/16)
18 semana
(17/02/16)
Contedo Programtico
Apresentao seminrios (artigos de bioenergtica) =
valor 4,0 pts
Estudo dirigido 3 = valor 3,0 pts
Aula prtica 3 = valor 2,0 pts
Trabalhos finais apresentao e entrega
3 Prova = valor 10 pts
(bloco III metabolismo de lipdios, aminocidos e
integrao metablica)
Verificao suplementar = valor 10 pts
Data de entrega do relatrio da prtica 1 03/11/15
Data de entrega do relatrio da prtica 2 15/12/15
Data de entrega do relatrio da prtica 3 02/02/16
Trabalhos finais apresentao e entrega no dia
02/02/16
Construo de um mapa metablico interativo = valor 2,0
Clculo da mdia :
(p1 + r1 + ED1) + (p2 + r2 +
ED2) + (p3 + r3 + ED3) + TF
5,5
Antgeno X Anticorpo
Enzima X Substrato
Hormnio X Receptor
Os
compostos
de
carbono
podem
frequentemente existir como estereoismeros,
molculas nas quais a ordem das ligaes a
mesma, mas a relao espacial entre os
tomos diferente. As interaes moleculares
entre biomolculas requerem esterioqumica
Biomolculas
CIDOS NUCLICOS
LIPDIOS
So macromolculas
formadas por 5
diferentes tipos de
nucleotdeos
(pentose+fosfato+base)
Responsveis pelo
fluxo de informaes
genticas.
CARBOIDRATOS
(Glicdios)
So steres formados
pela associao de 1
lcool com cidos graxos.
Atuam como fonte de
reserva energtica.
Podem atuar em
mecanismos de
sinalizao celular.
Precursores hormonais.
Principal constituinte das
membranas plasmticas.
PROTENAS
(CH2O)n
So compostos
ternrios, formados
basicamente por C, H
e O.
Possuem funo
energtica e
estrutural.
Macromolcula mais
abundante dos seres
vivos.
Compostas por 20
tipos de aminocidos.
Possui funo
estrutural, enzimtica,
motora, de transporte,
de armazenamento,
imunitria e hormonal.
Biomolculas
AMINOCIDOS E
PROTENAS
H3N
C H
COO
H
C
+
H2N
CH2
H2C
Grupo
carboxlico
COO
Cadeialateral
Carbono
CH2
Lalanina
Osresduosdeaminocidos
encontradosnasprotenasso
Lestereosismeros
Dalanina
Tipos de aminocidos
Vinte tipos de cadeias laterais, variando em tamanho, forma, carga,
capacidade de ligar hidrognio, carter hidrofbico e reatividade
qumica so comumente encontrados em protenas. Na verdade,
todas as protenas em todas as espcies bactrias, arquea e
eucariotas so construdas a partir do mesmo conjunto de 20
aminocidos com apenas algumas excees.
1. Aminocidos hidrofbicos com grupos R apolares;
2. Aminocidos polares com grupos R neutros, com a
carga distribuda de maneira desigual;
3. Aminocidos carregados positivamente, com
grupos R que tm carga positiva em pH
fisiolgico;
4. Aminocidos carregados negativamente, com
grupos R que tm carga negativa em pH
fisiolgico;
Aminocidos noessenciais
ARGININA
ALANINA
HISTIDINA
ASPARAGINA
ISOLEUCINA
ASPARTATO
LEUCINA
CISTENA
LISINA
GLUTAMATO
METIONINA
GLUTAMINA
FENILALANINA
GLICINA
TREONINA
PROLINA
TRIPTOFANO
SERINA
VALINA
TIROSINA
NH3 C C
H
O
O
+ NH3 C C
H
O
O
NH3 C
C
H2O
H O
C C
ligao peptdica
O
O
As ligaes C N em um peptdio so
incapazes de possuir rotao livre por
causa de seu carter parcial de dupla
ligao. A rotao permitida em
torno das ligaes N C e C C.
Pontes dissulfeto
Oxidao da cistena
-O grupo sulfidrlico da cistena reversivelmente oxidado.
-A oxidao de duas molculas de cistena produz a cistina uma molcula que contm uma
ponte dissulfeto.
-A sntese da cistina realizada aps a incorporao da cistena s protenas e exerce
importante papel na estabilizao da conformao protica.
-A ligao covalente pode ocorrer entre cistenas de uma nica cadeia polipeptdica
formando um anel ou entre cadeias separadas para formar pontes intermoleculares.
Pontes dissulfeto
Fibrona
-pregueada
Queratina
-hlice
=> - hlice:
Tipo de ligao
COVALENTE (forte)
OC
HH
CH
NO-COVALENTE
(fraca)
Ponte de hidrognio
Inica
Interao
hidrofbica
Van der Waals
Energia (Kcal
mol -1)
460
416
413
110
100
105
20
20
4-12
5
5
1-3
5. Foras de van der Waals. uma fora de atrao inespecfica que ocorre quando
dois tomos quaisquer esto prximos. Podem existir entre unidades de fenilalanina
e tirosina prximas umas das outras ou entre resduos vizinhos de serina. As foras
de Van der Waals so tambm proeminentes entre as cadeias laterais envolvidas nas
interaes hidrofbicas. Apesar dessas foras serem comparativamente fracas, o
efeito acumulativo de numerosos stios de interao tem substancial influncia para a
estabilidade da estrutura enovelada.
- hlice
- hlice
- hlice
n e n+3
n e n+3
- hlice
paralela
paralela
antiparalela
antiparalela
Pontes de H
Interaes hidrofbicas
Ligao inica ou eletrosttica
Ponte dissulfeto
- hlice
folha
Estrutura quaternria
4. Estrutura quaternria
caracterizada por uma protena de mltiplas unidades
que pode apresentar subunidades idnticas, no idnticas
ou grupos de subunidades no idnticas que se repetem
geralmente em arranjos simtricos.
Esto associadas por interaes nocovalentes:
interaes hidrofbicas, pontes de hidrognio e interaes
eletrostticas. O arranjo espacial das subunidades
conhecido como estrutura quaternria das protenas.
As subunidades podem atuar de forma independente ou
cooperativamente no desempenho da funo bioqumica
da protena.
Estrutura quaternria
=> Existem vrias razes para a existncia de protenas multissubunidades:
Estrutura quaternria
Hemeprotenas : transporte de oxignio
Mioglobina
Hemoglobina
Hem
e
Tipos de interaes:
Pontes de hidrognio: entre grupamentos R polares com ou
sem carga;
Interaes hidrofbicas: entre grupamentos R apolares;
Interaes eletrostticas ou inicas: entre grupamentos R
carregados.
Desnaturao X Renaturao
- A desnaturao ocorre pela alterao da conformao tridimensional nativa das protenas
(estrutura secundria, terciria e quaternria) sem romper as ligaes peptdicas (estrutura
primria).
- Como a estrutura tridimensional especfica das protenas fundamental para o exerccio de suas
funes, alteraes estruturais provocadas pela desnaturao ocasionam a perda parcial ou
completa das suas funes biolgicas.
- Muitas vezes, em condies fisiolgicas, as protenas recuperam a conformao nativa e
restauram atividade biolgica quando o agente desnaturante removido em processo denominado
renaturao.
Desnaturao X Renaturao
A desnaturao ocorre nas seguintes condies:
1. cidos e bases fortes. Modificaes no pH resultam em alteraes no estado inico de cadeias laterais das protenas, que modificam as pontes de
hidrognio e as pontes salinas (associao de grupos inicos de protenas de carga oposta). Muitas protenas tornam-se insolveis e precipitam na
soluo.
2. Solventes orgnicos. Solventes orgnicos solveis em gua como o etanol, interferem com as interaes hidrofbicas por sua interao com os
grupos R nopolares e forma pontes de hidrognio com a gua e grupos proticos polares. Os solventes no-polares tambm rompem interaes
hidrofbicas.
3. Detergentes. As molculas anfipticas interferem com as interaes hidrofbicas e podem desenrolar as cadeias polipeptdicas.
4. Agentes redutores. Em presena de reagentes como a uria e mercaptoetanol ocorre a converso das pontes dissulfeto em grupos sulfidrlicos.
A uria rompe pontes de hidrognio e interaes hidrofbicas.
5. Concentrao de sais. A ligao de ons salinos a grupos ionizveis das protenas enfraquecem as interaes entre grupos de cargas opostas da
molcula protica. As molculas de gua solvatam os grupos proticos. Com a adio de grandes quantidades de sal s protenas em soluo,
formam-se precipitados. As molculas de gua competem pelo sal adicionado tornando a quantidade de solvente muito pequena e, com isso,
promovendo a agregao de molculas proticas e a sua precipitao. Esse efeito chamado salting out.
6. ons de metais pesados. Metais pesados como o mercrio (Hg2+) e chumbo (Pb2+) afetam a estrutura protica de vrias formas. Podem romper
as pontes salinas pela formao de ligaes inicas com grupos carregados negativamente. Os metais pesados tambm se ligam com grupos
sulfidrlicos, um processo que pode resultar em profundas alteraes das estruturas e funes proticas. Por exemplo, o chumbo liga-se aos grupos
sulfidrlicos de duas enzimas da via sinttica da hemoglobina causando anemia severa (na anemia o nmero de eritrcitos ou da concentrao de
hemoglobina no sangue esto abaixo dos valores de referncia).
7. Alteraes na temperatura. Com o aumento da temperatura, a velocidade de vibrao molecular aumenta. Eventualmente, interaes fracas
como as pontes de hidrognio so rompidas promovendo alteraes na conformao das protenas.
8. Estresse mecnico. Agitao e triturao rompem o delicado equilbrio de foras que mantm a estrutura protica. Por exemplo, a espuma
formada quando a clara do ovo batida vigorosamente contm protena desnaturada.
Alzheimer
Parkinson
Estrutur
a
Transpo
rte
Regula
o
e
Sinaliza
o
Prote
nas
Catlise
Moviment
o
Quanto Forma
Fibrosas: estrutura espacial mais simples.
Globulares: estrutura espacial mais complexa.
Protenas fibrosas
- As protenas fibrosas tipicamente contm altas propores de estruturas secundrias regulares, como hlices ou
folha pregueadas. Compem os materiais estruturais de rgos e tecidos, dando a eles elasticidade e/ou resistncia.
Em geral, so pouco solveis em gua pela presena de teores elevados de aminocidos hidrofbicos tanto no interior
como no exterior das cadeias polipeptdicas helicoidais reunidas em feixes.
Colgeno
Queratina
Miosina
Protenas fibrosas
=> Queratina
Protenas fibrosas
=> Colgeno
Protenas fibrosas
Protenas fibrosas
Protenas globulares
- As protenas globulares possuem cadeias polipeptdicas enoveladas firmemente em estruturas tridimensionais compactas com
forma esfrica ou elipside. Suas massas moleculares so variveis enquanto a solubilidade em gua relativamente elevada,
pois as cadeias laterais hidrofbicas (insolveis em gua) dos aminocidos (fenilalanina, leucina, isoleucina, metionina e
valina) esto orientados para o interior das estruturas, enquanto os grupos polares hidroflicos (arginina, histidina, lisina, cido
asprtico e cido glutmico) esto situados na rea externa.
Hemoglobina
Mioglobina
As reaes catalisadas por enzimas ocorrem no stio ativo. A molcula que liga no stio ativo e sobre a qual a enzima
age denominada substrato.
A superfcie do stio ativo delimitada por resduos de aminocidos com grupos nas cadeias laterais que ligam o
substrato e que catalisam a sua transformao qumica.
Ocorre a formao de um complexo enzima-substrato.
Aceleram as reaes qumicas. Os catalisadores aumentam a velocidade das reaes por diminuirem as energias de
ativao. O equilbrio da reao no afetado pela enzima.
Apresentam alto grau de especificidade.
Capacidade de regulao da atividade cataltica.
Cofatores
Coenzimas
Classes de enzimas
=> Em geral, enzimas so nomeadas levando em considerao o tipo
de substrato em
que atuam ou a palavra que descreve a sua atividade somada ao sufixo
ase. Como exemplo, podemos destacar a ao da amilase sobre o
amido ou a DNA polimerase sobre a polimerizao de
nucleotdeos.
=> Algumas enzimas possuem nomes que no esto diretamente
ligados ao nome de seu substrato ou ao, como por exemplo, a
lisozima (responsvel pela hidrlise de carboidratos presentes na
parede bacteriana).
A Unio Internacional de Bioqumica e Biologia Molecular
(IUBMB) adotou um sistema racional e prtico de nomenclatura
identificando as enzimas em seis classes, de acordo com a
natureza da reao qumica que catalisam.
Classes de enzimas
Ajuste induzido
ocorre uma
mudana conformacional da enzima
Dihidrofolato redutase
NADP+
energia livre, G
Tetrahidrofolato
energia livre, G
Um modelo mais flexvel de interao enzima-substrato o encaixe induzido. Os stios ativos dessas
enzimas no esto completamente pr-formados e a interao inicial do substrato com a enzima induz
uma alterao conformacional na enzima. Isso promove o reposicionamento dos aminocidos
catalticos para formar o stio ativo e a estrutura correta para interagir com os grupos funcionais do
substrato.
Substrato
quimiotripsina
Exemplo: Hexoquinase
Exemplo: Hexoquinase
Mecanismos catalticos
As reaes qumicas envolvidas na transformao dos substratos variam
com os mecanismos de ao das enzimas. Os principais tipos de
mecanismos catalticos que as enzimas utilizam so:
Pepsina
Aumento da temperatura
pH
Agentes desnaturantes
Concentrao da enzima
- A velocidade mxima da reao uma funo da quantidade
de enzima disponvel, aquela aumenta proporcionalmente
pela introduo de mais enzima ao sistema.
-
Concentrao do substrato
A velocidade constante porque no depende da concentrao dos reagentes, mas de outros fatores.
A quantidade de reagente o suficiente grande para saturar todos os stios catalticos das molculas
enzimticas. Assim, o reagente s existe na forma de complexos enzimasubstrato (ES).
Como a curva velocidade-substrato hiperblica, a fase de ordem zero atinge uma velocidade mxima Vmx.
Reao enzimtica :
ES
E+S
ES
E + P
Equao de Michaelis-Menten
diretamente
relacionada ao nmero de stios ocupados.
- Em concentraes altas do substrato, todos
os stios ativos so ocupados e a reao
torna-se independente da concentrao do
substrato, pois no h como formar mais
complexos enzima-substrato (ES).
- Pode ser observado que quando V0 =1/2
Vmax, Km=[S].
Resumindo
- A equao de MichalisMenten relaciona a velocidade inicial (V0, mudana na
concentrao de reagente ou produto durante os primeiros poucos segundos da
reao) de uma reao catalisada por enzima com a concentrao do substrato.
- As duas constantes nessa equao, a velocidade mxima (Vmax, velocidade
atingida sob condies de saturao da enzima em condies especficas de
temperatura, pH e fora inica) e Km so especficas para cada enzima sob
condies especificadas de pH e temperatura.
- O valor do Km (constante de Michaelis) numericamente igual concentrao do substrato
(mol/L) na qual a velocidade inicial da reao corresponde metade da velocidade mxima.
Ou seja, na concentrao de substrato em que [S] = Km, a equao de MichaelisMenten
torna-se 0 = Vmax/2. A concentrao da enzima no afeta o Km.
- Valores pequenos de Km refletem afinidade elevada da enzima pelo substrato e, portanto,
atingir a mxima eficincia cataltica em baixas concentraes de substrato. Valores grandes
de Km refletem baixa afinidade da enzima pelo substrato.
Resumindo
e
x
V0=
Vmax[S]
Km + [S]
1 = Km + [S]
V0
Vmax[S]
1
1 = Km
+
V0 V [S] V
max
max
Inibidores enzimticos
1.
2.
sem inibidor
inclinao
sem inibidor
denominados
de
moduladores
alostricos
ou
efetores
moduladores alostricos
aspartato
transcarbamoilase
Lipdios
- Lipdios so biomolculas insolveis em gua e solveis em
solventes orgnicos.
Desempenham vrias funes no organismo, entre elas:
=>
Componentes de membranas
Isolantes trmicos e protetores de atrito
Reserva energtica
Vitaminas
Hormnios
leos e gorduras
Ai < As
Ai < As
mega - 3
+ estvel
+ compacto
- estvel
- compacto
A conformao linear dos cidos graxos saturados permite que estes interajam
mais fortemente uns com os outros.
Pelo contrrio, os cidos graxos insaturados apresentam uma toro na cauda
aliftica, o que leva a que o seu empacotamento no seja to perfeito, e por isso,
as interaes sejam mais fracas.
leos vegetais
Isolante trmico e reserva energtica
Folhas impede a
Aves aquticas impermeabilizam as penas
evaporao excessiva e
protege contra parasitas
=> Flip-flop
Fosfolipdios - glicerofosfolipdios
cido fosfatdico
Fosfatidiletanolamina
Fosfatidilcolina
Fosfatidilserina
Fosfatidilglicerol
Fosfatdilinositol-4,5bifosfato
Cardiolipina
so derivad
da esfingosina
Ceramida
Esfingomielina
Fosfolip
dio
Glicosilcerebrosdeo
Lactosilceramida
(globosdeo)
Gangliosdeo
Glicolip
dios
(esfingolipdio)
- Similaridades na forma e na estrutura molecular.
Fosfolipdio
s
polar
Funes do colesterol
colesterol
transportado
no
plasma
na
forma
de
Colesterol total
Abaixo de 200
LDL colesterol
Abaixo de 130
HDL colesterol
Acima de 40
cortisol
aldosterona
de
um
hormnio
que
regula
Vitaminas
Vitaminas
Vitaminas
Vitaminas
Carboidratos
Os carboidratos so compostos orgnicos com pelo menos trs
carbonos onde todos os carbonos possuem uma hidroxila, com
exceo de um, que possui a carbonila primria (grupamento
aldedico) ou a carbonila secundria (grupamento cetnico).
Exemplos de monossacardeos
Monossacardeo
s
Exemplos de monossacardeos
=> ALDOSES
Exemplos de monossacardeos
=> CETOSES
Hexgono
Pentgono
=> A base qumica para a formao do anel reside no fato de que um aldedo
pode reagir com um lcool para formar um hemiacetal.
Monossacardeos comuns
Reao de Fehling -
xido cuproso
Os acares fosforilados so
intermedirios essencias na gerao de
energia e processos biossintticos
Ligaes N-glicosdicas
Exemplos de dissacardeos
A sacarose o dissacardeo denominado nacionalmente de acar que
est presente em grandes quantidades na cana-de-acar e na beterraba. A
hidrlise deste dissacardeo possvel pela ao da enzima sacarase, tambm
denominada de invertase.
Exemplos de dissacardeos
A sacarose (acar comum extrado da cana) constituda pela unio de uma -Dglicose com a Dfrutose, pela ligao glicosdica ,(12) indicando que a
ligao ocorre entre os carbonos anomricos de cada acar (C1 na glicose e C2
na frutose).
A sacarose um acar no-redutor por no ter terminao redutora livre. No
apresenta, tambm, atividade ptica (mutarrotao), pois no contm carbono
anomrico livre.
Heteropolissaca
rdeos
Peptideoglicano (bactrias)
Glicosaminoglicanos (bactrias e animais)
Componente do
peptideoglicano da parede celular de
Staphylococcus aureus (bactria gram +).
Peptdeoglicano em
bactrias
Staphylococcus aureus
Staphylococcus aureus
So
de
Uma das duas unidades de monossacardeo um cido urnico (o queratansulfato uma exceo) e a outra um aminoacar N-acetilado.
Exemplos de heteropolissacardeos
Amilose - as cadeias no so
ramificadas e tendem a assumir
um arranjo helicoidal
Amilose
Amilose
Amilopectin
a
1,4
Glicognio
1,6
Gros de glicognio
( 1 > 4)
Glicolipdeos
covalentemente.
contm
oligossacardeos
ligados
Obrigada !!!