Epidemiologia Molecular - 2019

Genética Médica
Prof. Dr. Vladimir da Mota Silveira Filho

vladimir.filho@upe.br
Conteúdo
Imunogenética
Farmacogenética
Distúrbios genéticos de herança mendeliana
Distúrbios genéticos de herança citoplasmática
Análise de heredograma
Distúrbios genéticos de herança complexa
Mapeamento genético funcional (Prática)
Alterações cromossômicas numéricas
Alterações cromossômicas estruturais
Técnicas de análise cromossômica
Epidemiologia molecular
Defeitos congênitos
Consulta genética
Genética do câncer
Epidemiologia
Molecular
Prof. Dr. Vladimir da Mota Silveira Filho

vladimir.filho@upe.br
Importância
• identificar origem
• detectar reservatórios e fontes de infecção
• monitorar dispersão
• elaborar estratégias de controle
sistemas de tipagem
estrutura genética de isolados
Staphylococcus aureus
Estratégias para tipagem

• baseadas em PCR
polimorfismo gênico
Staphylococcus aureus

• baseadas em PCR
• baseadas em PCR
polimorfismo do DNA amplificado aleatoriamente (RAPD)
• baseadas em PCR
• baseadas em PCR
• baseadas em PCR
Candida albicans
Klebsiella pneumoniae

• baseadas em PCR
espaçador interno transcrito (ITS-PCR)

• baseadas em PCR

• baseadas em PCR
16S 23S 5S

• baseadas em PCR
16S 23S 5S
primer
primer

• baseadas em PCR

• baseadas em PCR

• baseadas em PCR

• baseadas em PCR
• baseadas em PCR
Mycobacterium
tuberculosis
• baseadas em PCR
polimorfismo gênico Leptospira interrogans
análise de múltiplos locus VNTR (MLVA)
21 pb 21 pb 21 pb 21 pb 21 pb 21 pb 21 pb 21 pb 21 pb
• baseadas em PCR
• baseadas em PCR
17 pb 9 pb
28 pb
8 pb 11 pb
21 pb
3 pb
7 pb
60 pb
13 pb 16 pb
30 pb
• baseadas em PCR
• baseadas em PCR
• baseadas em PCR
Pseudomonas aeruginosa
• baseadas em restrição genômica
Eletroforese em gel de campo pulsado (PFGE)
Schwartz & Cantor (1984)

fragmentos de DNA >2Mb
Schwartz & Cantor (1984)

fragmentos de DNA >2Mb
Escherichia coli
Escherichia coli
Estratégias para tipagem - PFGE Pseudomonas aeruginosa
RFLP-IS (Southern blot)

PFGE (eletroforese em gel de campo pulsado)
Tampão de
Suspensão Celular
(TE 100:100 mM)

Espectrofotômetro
610 ηm
D.O. 1.0
Escherichia coli

Agarose 2%
(BioRad)
+
SDS 1%
+
Proteinase K
(20 mg/mL)

Plugs de Agarose

Solução de Lise
TE 50:50 mM
+
Sarcosyl 1%
+
Proteinase K 500 g
Escherichia coli
• Macrorrestrição genômica
Lavagens com
água Milli-Q
e
TE 10:1 mM
Escherichia coli
~3 mm do plug
AscI 20 U (NEB)
18 h
37ºC
Montagem do gel
Lambda Ladder PFG

Marker (NEB)
Seakem Gold
Agarose 1%
Polimerização do
gel
Escherichia coli
TBE 0.5X
14ºC
CHEF DR-III
(BioRad)
• 4.5 V/cm
• ângulo 120º
• Bloco 1 (13.5 h)
5 – 15 seg
• Bloco 2 (10 h)
15 – 30 seg
BioNumerics (Aplied Maths, Bélgica)

Critérios de Tenover (Tenover et al., 1995)
50
600
Kb 400 250 & 150 400 & 200

50
600
500
400
200
100
75
Critérios de Tenover (Tenover et al., 1995)
Kb
600
500
400
200
100
75
Nº de diferenças 0 3 3 2 2
classificação da relação genética entre os isolados:
0 a 1 diferença: INDISTINGUÍVEIS (A)
2 a 3 diferenças: INTIMAMENTE RELACIONADAS (A#)
4 a 6 diferenças: POSSIVELMENTE RELACIONADAS (A#)
≥7 diferenças: NÃO-RELACIONADAS (B)

Técnicas de tipagem
Salmonella enterica

• sequenciamento de DNA
Análise de CRISPR (grupos de repetições palindrômicas curtas regularmente interespaçadas)
Novo espaçador
Integração?
Proteinas Cas?
Reconhecimento
do DNA estranho
Fago ou plasmídeo
de DNA invadindo
Salmonella enterica

Streptococcus pneumoniae

Tipagem por sequenciamento de múltiplos locus (MLST)
Exercício
CASO 1
SÃO PAULO
CASO 1
CASO 1
livre
CASO 1
Isolados de Yersinia pestis
CASO 1
CASO 1
CASO 1
0≠ 0≠
CASO 1
0≠ 0≠ 1≠
CASO 1
* *
*
0≠ 0≠ 1≠ 2≠
CASO 1
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*
0≠ 0≠ 1≠ 2≠ 0≠
CASO 1
*
* * *
*
0≠ 0≠ 1≠ 2≠ 0≠ 2≠
CASO 1
* *
* * * *
*
0≠ 0≠ 1≠ 2≠ 0≠ 2≠ 3≠
CASO 1
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0≠ 0≠ 1≠ 2≠ 0≠ 2≠ 3≠ 5≠
CASO 1
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0≠ 0≠ 1≠ 2≠ 0≠ 2≠ 3≠ 5≠ 3≠
CASO 1
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* * * * *
*
*
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0≠ 0≠ 1≠ 2≠ 0≠ 2≠ 3≠ 5≠ 3≠ 7≠
CASO 1
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* *
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* * * * *
* *
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* *
0≠ 0≠ 1≠ 2≠ 0≠ 2≠ 3≠ 5≠ 3≠ 7≠ 10≠
CASO 1
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* *
* * *
* *
*
* *
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* *
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0≠ 0≠ 1≠ 2≠ 0≠ 2≠ 3≠ 5≠ 3≠ 7≠ 10≠
CASO 2
CASO 2
CASO 2
CASO 2
CASO 2
CASO 2
CASO 2
CASO 2
Isolados de S. aureus
CASO 2
CASO 2
M F1 F2 I1 QC1 H1 H2 H3 QM2 QM1 H4 H5 QM3 QC2 QC3 M
CASO 2

( )
( )
( )
( )
CASO 2
M F1 F2 I1 QC1 H1 H2 H3 QM2 QM1 H4 H5 QM3 QC2 QC3 M
CASO 2
ITS1 ITS2 ITS3 ITS4 ITS5
CD 1-2 = 2 x 5 = 0,77
8 +5
CASO 2
CASO 2
CASO 3
CASO 3
CASO 3
A- Rio Ipojuca 25/06/2015

B- Rio Ipojuca 01/07/2015
C- Rio Una (afluente do Ipojuca) 20/06/2015
D- Rio Capibaribe 01/07/2015
E- Riacho Cavoco (afluente do Capibaribe) 15/09/2015
F- Rio Capibaribe 20/06/2015
G- Riacho Fundo (afluente do Mundaú) 15/08/2015
H- Rio Mundaú 12/09/2015
I- Rio Mundaú 15/10/2015
P¹- Paciente1 (São Bento do Una) 22/06/2015
P²- Paciente2 (Limoeiro) ??/07/2015
P³- Paciente3 (Caruaru) ??/07/2015
CASO 3
PFGE MLVA
Genótipo 1 A, B
Genótipo 2 C
Genótipo 3 D, P¹, P², P³
Genótipo 4 E, G, H
Genótipo 5 F
Genótipo 6 I
CASO 3
CASO 3
D F
P² E
C P³
B
A
P¹
G
H
I
CASO 3
C
A
P¹
JUNHO
CASO 3
JUNHO
CASO 3
D P²
P³
B
JULHO
CASO 3
JULHO
CASO 3
AGOSTO
G
CASO 3
AGOSTO
CASO 3
SETEMBRO
H
CASO 3
SETEMBRO
CASO 3
OUTUBRO
I
CASO 3
OUTUBRO

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Estratégias para tipagem

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Schwartz & Cantor (1984)

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RFLP-IS (Southern blot)

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BioNumerics (Aplied Maths, Bélgica)

Kb 400 250 & 150 400 & 200

classificação da relação genética entre os isolados:

0 a 1 diferença: INDISTINGUÍVEIS (A)

2 a 3 diferenças: INTIMAMENTE RELACIONADAS (A#)

4 a 6 diferenças: POSSIVELMENTE RELACIONADAS (A#)

≥7 diferenças: NÃO-RELACIONADAS (B)

Estratégias para tipagem

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A- Rio Ipojuca 25/06/2015

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