A Real-Time ECG Data Compression and Transmission Algorithm for an e-Health Device

SangJoon Lee, Student Member, IEEE, Jungkuk Kim, Member, IEEE, and Myoungho Lee IEEE TRANSACTIONS ON BIOMEDICAL ENGINEERING, VOL. 58, NO. 9, SEPTEMBER 2011 D.O.I. 10.1109/TBME.2011.2156794

Srgio Espnola - Mestrando em Cincia da Computao / COPIN sergiodbe@lad.dsc.ufcg.edu.br Engenharia de Software em Sistemas Pervasivos - 2011.3 (Out 2011) Prof. Dr. Hyggo Almeida - Embedded/ DSC / UFCG

Destaques

1. Problemtica
(Global e Tcnica)

2. Soluo
(Motivaes e modelo proposto)

3. Resultados
(Contexto e Validao)

4. Tcnicas 5. Anlise Crtica

Fonte Figura fundo: (c) Photo by Lali Masriera. CC-BY-2.0.

Problemtica: Doenas Cardacas

So responsveis por um tero do total de mortes e se tornam um problema de sade pblica (mundo) [1] Relevncia: o 2 causa de mortes (Brasil) o 1 causa de mortes entre mulheres (EUA)
Diminuir as mortes associadas:
Previso (ou preveno) de situaes de perigo 24h, No mundo, ocorre o aumento da longevidade em populaes de mais idade (maior ateno requerida).

[1] Fonte: Doenas Cardacas: um mal que se pode prevenir < http://boasaude.uol.com.br/lib/ShowDoc.cfm?LibDocID=3977&ReturnCatID=18 > Figura: http://www.onlinemedicinetips.com/disease/heart-disease/heart-attack/Heart-Attack-Signs-And-Symptoms.html

Motivaes Operacionais e Impacto

"A computao pervasiva, tambm chamada de computao ubqua (Weiser, 1991), tem sido reconhecida como a terceira onda na Cincia da Computao, aps as eras do Mainframe e dos Computadores Pessoais. Se no completamente endereada, todavia a computao pervasiva ser o paradigma predominante do sculo 21" (Loureiro, Ferreira, Almeida & Perkusich; 2007)

Gastos associados s Doenas CardioVasculares (2004) *

Custos o R$ 28,8 bilhes (bi) em casos +graves, idade >= 35 anos o Comparativamente R$ 66 bi (despesa pblica em sade) R$ 37 bi (acidentes/violncia) Nmeros o Populao 35+ anos: 61.614.637 o Mortes todas as causas: 816.523 o DCV Mortes 266.736 Internaes 1.536.488 Mortes no Hospital 121.770 Aposentadorias 300.757 Pessoas/ano-auxlio 144.944

* Fonte Informaes: Custos Associados com Doenas Cardiovasculares no Brasil. Dr. Aloysio Achutti, Dra. Maria Ins R. Azambuja, Dr. Murilo Foppa e Dr. Mrio Maranho, 2007. Figura: http://portaldocoracao.uol.com.br/cardiologia-preventiva/ansiedade-e-depresso-aumentam-riscos-de-infarto-do-miocardio-em-60

Preveno e Diagnostico a Tempo?

Problema a ser resolvido:

Poder identificar ou antecipar as situaes-perigo (medio da atividade cardaca) por meio de uma rede de terminais bio-sensores altamente disponveis.

Fundamentos 1. Confiabilidade Respostas em Tempo-Real Alta-disponibilidade

Fonte Figura: www.rgbstock.com

A Computao pervasiva e uma instncia

"Computao Pervasiva parte de uma cadeia de evolues que consiste em sistemas distribudos e computao mvel" (Satyanarayanan, 2001)

Um sistema de preveno pervasivo deve:

1. Poder acompanhar a condio cardaca; 2. Ser robusto, disponvel e transparente. o Robustez: considerar o uso eficaz e eficiente de recursos limitados e possibilitar escalabilidade; o Disponibilidade: assegurar efeitos de demanda na totalidade do tempo requerido; o Estar presente de forma 'calma'.
Fonte Figura: http://www.research.philips.com/downloads/pictures/downloads/health_pershealth_22-0_h.jpg

Monitoramento do Corao
"O exame de Eletro-Cardiograma (ECG ou EKG) o mais importante teste no-invasivo para interpretao dos ritmos cardacos, anomalias do sistema condutor e deteco de isquemia do miocrdio" [1]
o

o registro das alteraes de potencial eltrico entre dois pontos Despolarizao e repolarizao das clulas cardacas A atividade eltrica cardaca se inicia no nodo sinusal (clulas auto-rtmicas) que induz a despolarizao dos trios e dos ventrculos

Ocorre pela anlise de padres nos pontos de interesse mdico: P, Q, R, S e T

[1] Fonte Informaes: Instant ECG app e Wikipedia. Figura: <http://www.nhlbi.nih.gov/health/health-topics/topics/ekg/during.html>

(proposed)

Sistema Proposto

Compresso, 'Transmisso' e Reconstruo de sinais de ECG (em tempo-real) Comparar o desempenho contra o Mtricas de Referncia (validao local), o Outras tcnicas propostas, o Caractersticas de Tempo Real Diferenciais o Deteco dos picos de ECG diferenciados, o Realizar DCT entre o pico atual e o pico anterior do fluxo do sinal.

Fonte Figura fundo: (c) Photo by Incase Designs. CC-BY-2.0.

Figura Dr: www.rgbstock.com

Validao
Modelo foi Implementado em software "Lab/windows CVI 8.5 baseado na linguagem C". o Parmetros analisados
1.
o

Fator de Compresso: CR Diferena Percentual Quadrtico: PRD Diferena Percentual Quadrtico Normalizada: PRDN Erro Quadrtico: RMS Relao Sinal-Rudo: SNR Escore de Qualidade: QS

Compresso usada: Tipo "com perdas" (lossy)

Testes realizados com 48 MIT-BIH * dados de arritmias. Cada um contem:

o o

Duas ECG data (lead) Tamanho cada lead 650 kbits (formato 16bits). Obs. Apenas um lead foi considerado.

The source of the ECGs is a set of over 4000 long-term Holter recordings that were obtained by the Beth Israel Hospital Arrhythmia Laboratory between 1975 and 1979. Approximately 60% of these recordings were obtained from inpatients. The database contains 23 records (numbered from 100 to 124 inclusive with some numbers missing) chosen at random from this set, and 25 records (numbered from 200 to 234 inclusive, again with some numbers missing) selected from the same set to include a variety of rare but clinically important phenomena that would not be well-represented by a small random sample of Holter recordings. Each of the 48 records is slightly over 30 minutes long.

Fonte Figura ECGs: <thttp://www.j2fi.net/wp-content/uploads/2008/08/example_ecg.gif>. Figura Validar: www.rgbstock.com

* Harvard-MIT Division of Health Sciences and Technology. http://physionet.org/physioban/database/html/mitdbdir/intro.htm

Procedimentos Efetuados
Compresso
1. Subamostragem e Diferena de Sinal 2. Deteco e Classificao dos picos de Amplitude 3. Transformada do Cosseno Discreta (DCT) 4. Janelamento 5. Cdigo de Hufmann (CH)

Descompresso
1. CH(-1) DCT ^(-1) Interpolao spline Diferena Inversa

Fonte Figura: (c) Apple Automator app

Validao Visual (Execuo)

Legibilidade
Diferenas mnimas (original e reconstruda): Figs. "a" e "d" o At 30% os sinais so muito prximos
o

Validao Local (Proposed)

Alguns destaques o Reduo at 27,9:1 (CR em 15%) o "Raiz quadrada da diferena das mdias" PRD<=2,93

Abaixo do janelamento de 30%, h diferenas bem distintas entre o sinal original e o recuperado.

Validao II (proposed X outros esquemas)

Comparao dos desempenhos do modelo proposto contra tcnicas (de 1999-2008) publicadas recentemente. Apenas trs instncias MIT-BIH confrontadas Janela de 30%

Proposed foi melhor!

Validao III (proposed X outros tipos)

Comparao dos desempenhos do modelo proposto contra tipos de compresso comuns, Apenas uma instncia MIT-BIH confrontada, Com 25% window, ajuste entre CR e PRD pode ser necessrio.

Proposed foi bem (melhor em alguns casos)

Validao IV: Tempo Real e eventual Entrave

Rudo Gaussiano foi somado ao sinal original Considerou-se DP o aspecto mais crtico:
"Since the proposed algorithm compresses the differenced ECG data which are segmented by peak detection, incorrect peak detection affects the performance of the algorithm"

A varivel Gaussiana (desvio padro) foi variada de 0 a 60 (u=0). Onde 0 o sinal original. Valores de janelas considerados: [50%, 20%]

A acurcia da DP no afetada por CR Outras mtricas (PRD, PRDN, RMS, SNR) podem levar a DP incorretas para alta taxa de compresso (Tabela VI)

Contribuies
Compresso e 'Transmisso' em tempo-real assegurados; Sistema proposto pode compor solues maiores: o LAN com largura de banda limitada, o Conexo de biosensores ou com vrios canais

Fonte Figura fundo: (c) Photo by Jon Fife. CC-BY-SA-2.0.

Deteco de Picos
Considera as diferenas do sinal; Realizar DCT entre o pico corrente e o anterior do fluxo de dados;

Janelamento (Windowing)
Multiplica os dados de entrada pelo FFT com um valor que atenua para zero no fim de cada dado; Seu propsito eh reduzir as aberraes na sada do FFT que so introduzidos por bruscas mudanas nos dados no incio e fim dos dados.

Fonte: http://www.wavemetrics.com/products/igorpro/dataanalysis/signalprocessing/spectralwindowing.htm

DCT (Discrete Cossine Transform)

Transformada rpida de Fourier Applet: http://falstad.com/fourier Codificao de Transformada Adaptativa (ATC) De implementao prtica e 'rpida' (computacionalmente) Idias: o "Assinalar mais bits para os coeficientes espectrais mais importantes e menor quantidade para os outros." o "Alocar dinamicamente o nmero de bits para os coeficientes espectrais em funo da estatsticas do sinal".

Fonte: http://www.cs.auckland.ac.nz/software/AlgAnim/huffman.html Figura: Livro "The transform and data compression handbook"

Cdigo de Hufmann - Motivao

Mtodo de compresso Usa probabilidades de ocorrncia dos smbolos no conjunto de dados a ser comprimido para determinar cdigos de tamanho varivel para cada smbolo. Desenvolvido em 1952 por David A. Huffman Tamanho mdio da reduo de dados: 22.27%

Fonte: http://www.cs.auckland.ac.nz/software/AlgAnim/huffman.html

Operaes inversas e complementares

Ajustes foram necessrios diante da compresso com perdas (lossy) Pontos 'faltantes' obtidos por interpolao spline.

Fonte: http://www.wavemetrics.com/products/igorpro/dataanalysis/signalprocessing/spectralwindowing.htm

Anlise Crtica
O cenrio gerado verossmil e representativo?
o o o

48 amostras 'apenas' podem no ser suficientes! A amostra enderea a Populao? Correspondem a pessoas com mais idade? Qual perfil dos ECG testados? Usado apenas um lead/Artigo. Quando, segundo professor de medicina (cardiologia/UFCG), um bom exame usa 12 leads.

Profissional mdico (especialista) validou resultados? o A modificao do sinal recebido at 30% (DCT window) pode ser considervel satisfatria?

Fonte Figura fundo: (c) Photo by Michell Zappa. CC-BY-2.0

Anlise Crtica 2
Tcnicas empregadas so apropriadas para dispositivos embarcados? o Complexidade associada (memria e processamento) no mencionada o Custos em funo de Energia, Memria ou Taxa de Compresso no foram apresentados Validao cruzada usou apenas trs (100,117 e 119) e uma (117) amostra(s) de ECG para validar os esquemas e tipos respectivamente. o Quantidade e os usados foram escolhidos de que forma? o Qual (is) critrio(s) e o porqu? Base com dados da dcada de 70 representa condies atuais para a populao idosa? Uma sesso de ECG tem baixa sensibilidade ( prtico mas apenas o primeiro passo de diagnstico de atividades cardacas) . Ideal seria monitorar por mais tempo ou associar com outras medies e exames (mapa da presso no brao, por ex.) para compor melhor anlise da condio cardaca.
Fonte Figura fundo: (c) Photo by Michell Zappa. CC-BY-2.0

Referncias
A Real-Time ECG Data Compression and Transmission Algorithm for an e-Health Device. <http://ieeexplore.ieee.org/stamp/stamp.jsp? tp=&arnumber=5771057>. Acessado em 02/09/2011 Eletrocardiograma. <http://en.wikipedia.org/wiki/Electrocardiography > ECG em 100 passos. <http://www.lifehugger.com/doc/120/ecg100-steps>. Acessado em 2/10/2011 Cdigo de Hufmann <http://www.cs.auckland.ac.nz/software/AlgAnim/huffman.html> Acessado em 10/10/2011 Extrao de Caractersticas. <http://clopinet.com/isabelle/Projects/ETH/> Acessado em 5/10/2011 The transform and data compression handbook / editors, P.C. Yip, K.R. Rao. (Electrical engineering and signal processing series) ISBN 0-8493-3692-9 Fourier Anlise: http://www.fftw.org/doc/1d-Real_002devenDFTs-_0028DCTs_0029.html#g_t1d-Real_002deven-DFTs_0028DCTs_0029 Acessado em 2/10/2011 Ubiquitous and prevasive knowledge and learning management : semantics, social networking and new media to their full potential / Miltiadis Lytras and Ambjorn Naeve, editors. 2007 by Idea Group Inc. Custos Associados com Doenas Cardiovasculares no Brasil. Dr. Aloysio Achutti, Dra. Maria Ins R. Azambuja, Dr. Murilo Foppa e Dr. Mrio Maranho, 2007. Disponvel em < http://www.diabetes.org.br/apresentacoes/Diversas/ac hutti_custos.php >. Acessado em 14/10/2011

Fonte Figura: www.rgbstock.com

Srgio Espnola - Mestrando em Cincia da Computao / COPIN sergiodbe@lad.dsc.ufcg.edu.br

Obrigado!

Engenharia de Software em Sistemas Pervasivos - 2011.3 Prof. Dr. Hyggo Almeida - Embedded/ UFCG

Fonte Figura fundo: (c) Photo by Ed Schipul. CC-BY-SA2.0.