UFRJUniversidadeFederaldoRio

deJaneiro
FaculdadedeNanotecnologia
BioqumicadeMacromolculas

AntonioCarlosMonteiroMiranda

RIODEJANEIRO
2016

Anlisedesequenciamentoproteico

DeacordocomaanlisedoBlast,possivelidentificarqueosaminocidosde
1at498compatvelcomasequnciade291at771dapoliprotenado
ZikaVirus.Portanto,podemosconcluir,queessegrupodeaminocidos
propostosnestaordemparaestetrabalhopartedapoliprotenadoZicavrus.
Ouseja,ela100%idnticacompartedoZikaVirus.
uma
polyprotein
doZikaVirus
100%decompatibilidadecomsequenciadoEnvelopeviralproteicoque
protegeomaterialgentico.
Deacordocomarvorefilogenticasuasequnciaestrelacionadaa
muitasoutrasramificaesdeprotenasdeenvoltrioexternodevruse
umparentescocomumaoutrosviruscomoDengueeoutrosflavovrus
dafamliadoflavovruscomgenedeRNAdefitasimplescom
sentido
positivo.
4principaisdomniosdasequnciaestudada:
Flavi_E_C>DomniosemelhanteaimunoglobulinaIII(domniodo
Cterminal)doFlavivirusedaglicoprotenadoenvelope.Almdisso,
possuibaixasafinidadescomGlicoaminoglicanosquepossuemcargas
negativasnasuperfciedaclulavetor.

Flavi_glycoprot>Domniorelacionadosacentralizaoedimerizaoda
glicoprotena.Etambm,compatvelcomodaglicoprotena.

Flavi_E_stem>Domnioqueserelacionaaancoragem.Este,
relacionaseaoCTerminal,regioaqualdescrevearegiodaHaste,
seguidaporoutrosdoisdomniostransmembrnicosdeancoragem,que
clivadadapoliprotenadoFlavoVirus.

Flavi_glycop_C>OutroDomniodaimunoglobulinadapoliproteinado
FlavoVirus.

ExaminandoumaprotenaHomologadasequnciaproposta,com
100%decompatibilidade,dapoliprotenadoZikaVirusID:
gb|ABI54475.1|podeseinferiralgunsdadoscomoestruturais,
sobreafunoehistriaevolutivadaprotena.Dessamaneira,
possveldeduzirtambmarelaoentreaestruturaeafuno
combasenessesdados.

OrganismodeOrigem
:
Zikavirus
>VirusesssRNAvirusesssRNA
positivestrandviruses,noDNAstageFlaviviridaeFlavivirusSpondwenivirus
group.
FunodaProtenaMoleculareBiolgica
:Envelopeproteicoeparteda
hastedeancoragem.
ZikaVrus:
OZikavrus(querecebeestenome,pois,oprimeirocasoreportadodeste
vrusaparentementesedeunaZikaForestemUganda,emqueummacaco
Rhesusfoicontaminadoporele)umvrusdeRNAcontendo10794
nucleotdeoscodificantese3419aminocidos,elemuitosemelhanteaovrus
Spondweni(cujasemelhanaserdiscutidamaisfrente),esoos2nicos
membrosdoseucladedentrodoclusterdosflavirusdedoenastransmitidas
pormosquitos.OZikaviruspodecausar
sintomasqueincluemfebre,dornas
articulaesemsculos,almdeconjuntiviteemanchasvermelhasnapele.
MuitosartigosepesquisasreferemseaomosquitoAedesaegypticomoo
vetordetransmissodestevrus,sendocitadaspesquisasemquea
transmissodoZikavirusfoifeitaatravsdemosquitosaedesaegypti
alimentadosartificialmenteemmacacoseemroedoresemlaboratrioem
1956(
BoormanJP,PorterfieldJSAsimpletechniqueforinfectionofmosquitoes
withvirusestransmissionofZikavirus.TransRSocTropMed
Hyg195650:2384210.1016/00359203(56)900293).
Atravsdestesartigos,podesetambmentenderafunodaprotenaque,
emsuma,seriaasuaimportnciaparaareplicaoviral,ouseja,possuia
funodeentrarnaclulaeajudarnareplicaodovrusistomelhor
explicadonotrechoseguir,squemaisrelacionadoaosflavrusemgeral:

Assimcomoacontececomosvirusdainfluenzaeosalphavirus,os
flavivirusentramnaclulaporendocitosemediadaporreceptor.Oambiente
acidofilicodoendossomoresponsavelpordesencadearumamudana
conformacionalnasglicoproteinasdefuso.Nestecaso,amudanaocorrena
glicoproteinadoenvelopequearesponsveltantopelaligaoaoreceptor
quantopeloprocessodefusocomamembranacelulardoendossomoe
liberaodoscomponentesviraisnocitoplasmacelular.

Estruturadaprotena
:
Primria
:
IRCIGVSNRDFVEGMSGGTWVDVVLEHGGCVTVMAQDKPTVDIELVT
TTVSNMAEVRSYCYEASISDMASDSRCPTQGEAYLDKQSDTQYVCKR
TLVDRGWGNGCGLFGKGSLVTCAKFTCSKKMTGKSIQPENLEYRIML
SVHGSQHSGMIVNDENRAKVEVTPNSPRAEATLGGFGSLGLDCEPRT
GLDFSDLYYLTMNNKHWLVHKEWFHDIPLPWHAGADTGTPHWNNKE
ALVEFKDAHAKRQTVVVLGSQEGAVHTALAGALEAEMDGAKGRLFSG
HLKCRLKMDKLRLKGVSYSLCTAAFTFTKVPAETLHGTVTVEVQYAGT
DGPCKVPAQMAVDMQTLTPVGRLITANPVITESTENSKMMLELDPPFG

DSYIVIGVGDKKITHHWHRSGSTIGKAFEATVRGAKRMAVLGDTAWDF
GSVGGVFNSLGKGIHQIFGAAFKSLFGGMSWFSQILIGTLLVWLGLNTK
NGSISLTCLALGGVMIFLSTAVSA
PI:
6,8
GrandeMdiadeHidrofobicidade
:0,06
Proporodosaminocidos:
Ala(A)37
7.4%
Arg(R)18
3.6%
Asn(N)16
3.2%
Asp(D)25
5.0%
Cys(C)13
2.6%
Gln(Q)13
2.6%
Glu(E)24
4.8%
Gly(G)54
10.8%
His(H)16
3.2%
Ile(I)20 4.0%
Leu(L)43
8.6%
Lys(K)29
5.8%
Met(M)17
3.4%
Phe(F)19
3.8%
Pro(P)16
3.2%
Ser(S)36
7.2%
Thr(T)40
8.0%
Trp(W)10
2.0%
Tyr(Y)10
2.0%
Val(V)42
8.4%
Pyl(O)0
0.0%
Sec(U)0
0.0%
Nmerototalderesduosnegativos(Asp+Glu):
49
Nmerototalderesduospositivos(Arg+Lys):
47

Composioatmica:
CarbonC
2377
HydrogenH
3740
NitrogenN
652
OxygenO
712
SulfurS
30

Frmula:

C
H
N
O
S
2377
3740
652
712
30
Nmerototaldetomos:
7511

AnliseresumidadasequnciacompatvelcomoZika
Virus(291at788):
o 291..586:Flaviglycoprot
o 595..687:FlaviEC
o 600..601,603..604,611..612,659:InterfacedeHomodmero

o 607,624,643..646,648:InterfacedebaixoPh
o 692..788:FlaviEstem

Pdeseverificarqueapoliprotenalevementenegativa,vistoqueexistem
somentedoisresduosnegativamentecarregadosamaisdoqueos
positivamentecarregados,oquepodeserclaramenteverificadoobservandose
seupontoisoeltrico(6,8)prximodophneutro,vistoqueeletendebempouco
paraocartercido(abaixode7).Almdisso,podesetambm,verificara
existnciamajoritriadeaminocidosnocarregadosnaestrutura,vistoque
estescompem402dos498aminocidospresentesnesta
protena(aproximadamente80,72%dototal).Podeseverificar,tambm,queos
aminocidoshidrofbicosnestaprotena,somandoseAlanina(377,4%),
Valina(428,4%),Isoleucina(204%),Leucina(438,6%),Fenilalanina(19
3,8%)Metionina(173,4%),Tirosina(102%)eTriptofano(102%),
totalizam(aproximadamente)39,6%.Enquantoqueoshidroflicosirototalizar,
aproximadamente,60,4%dosaminocidospresentesnestapoliprotena,ou
seja,verificase20%amaisdeaminocidoshidroflicosnela.
Almdisso,pelobaixondicedeinstabilidade,verificaseumaprotena
estvel(deacordocomoProtParam).
Nocasodaanalogiadaprotenaoriginalcomapolyprotein[Kedougou
virus],observadomodificaessignificativasnacadeiaprimria.

Secundria
:PossuifolhasBetaPregueadaeAlfaHlice.Possuiuma
maiorproporodefolhasBetasdoqueAlfasHlices.Oque
normalmenteinfereaumaproteinamaisestruturaldoquemotora.
Comparandocomprotenashomologaspodeserpercebergrande
quantidadedeligaesdeHidrognioealgumasligaesdisulfetona
partemaisexternadaprotena.

 TerciriaeQuaternria
:Apartirdosdadossobreosdadosde
hidrofobicidade,solubilidade,afinidadeesimetriadaprotenarelacionar
aestruturacomafunodeformamaisclaraoqueexplicaessa
sequnciaserdeumaprotenadeenvelope.

Analisedogrficodehidrofobicidade:
Aointerpretaressegrfico,podese
perceberqueestamesmaprotenapossuiaminocidoscompoucaafinidade
aguaeoutroscommuitaafinidade.Dessaforma,possvelinferirquequanto
maiorahidrofobicidademaisoaminocidoemquestoestarinternalizado
(umavezqueelepossuiaversoagua),eoinversotambmvlido,quanto
menoshidrofbicomaisexpostoeleestaragua.Portanto,comessesdados
identificamosainteraoprimariadeumasequnciacomseurearranjo
espacialnoestadoenovelado.
OspicosdemenoshidrofbicoscorrespondemaoGRKQNeode
maisporvoltaVLIVF.Osaminocidosencontradosnopicomais
hidrofbicossoaminocidoscomcaractersticashidrofbicas.(Valina,
Fenilalanina,Isoleucina,Leucina).Josmaishidroflicostambmso
coerentesapareceraminocidoscomcaractersticashidroflicas
(Glicina,Glutamina,Asparagina)conjugadosentreaArgininaeLisina
quesoneutros.

Anlisedoalinhamentogentico

Utilizandooalinhamentogenticode10protenascomgrausde
similaridadediferentes,variandoentre30%e100%,podemosconcluir
queacompatibilidadedasmesmascomasequnciadadaparao
trabalhoserefereproximidadedasequnciaemcomparaocoma
mesmasequnciamaisprximadecadaprotena(haproximadamente
3400aminocidostotaisnasprotenas).Portanto,hnasprotenas
utilizadasumasequnciaquepossuicertograudesemelhanaa
sequnciadadaparaotrabalho,dessamaneiraquantomaiorograude
similaridademaisidnticaserasequnciadaprotenaescolhidapara
adada.
>gi|969945757|gb|ALU33341.1|polyprotein[Zikavirus]
>gi|146411781|gb|ABI54475.1|polyprotein[Zikavirus]
>gi|380036386|gb|AFD30972.1|polyprotein[Zikavirus]
>gi|345132143|gb|AEN75264.1|polyprotein[Zikavirus]
>gi|647734798|gb|AIC06934.1|Eprotein[Zikavirus]
>gi|937349379|gb|ALI16232.1|envelopeprotein[Denguevirus3]
>gi|378532009|gb|AFC17395.1|envelopeprotein,partial[Japanese
encephalitisvirus]>gi|378532011|gb|AFC17396.1|envelopeprotein,
partial[Japaneseencephalitisvirus]>gi|378532019|gb|AFC17400.1|
envelopeprotein[Japaneseencephalitisvirus]
>gi|126010839|ref|YP_001040007.1|polyprotein[Kokoberavirus]
>gi|54399540|gb|AAV34157.1|polyprotein[Kokoberavirus]
>gi|156754271|gb|ABU94629.1|polyprotein[Japaneseencephalitis
virus]>gi|682235344|gb|AIN36632.1|envelopeprotein[Japanese
encephalitisvirus]

Anlisedarvorefilogentica:

Atravsdaanlisedarvore,considerandoadistnciaentreosramose
folhasemqueestolocalizadasasprotenas,podemostirardiversas
concluses(hipotticas).Umadelas,porexemplo,podesertiradaatravsda
localizaodaprotenadadengue(envelopeprotein[DengueVirus3]na
rvore),secomparadacomalocalizaodaprotenapresentenoZika
virus(polyprotein[Zikavirus])podesenotarqueadistnciaentreosramose
suasrespectivasfolhasdemasiadamentegrande,e,seconsiderarmosquea
rvorefilogenticaconstruidapode,atravsdadistnciaentreosramos,ser
usadaparacomparaodedistnciasevolutivas,podeseconcluir,quea
protenadadengueestmuitodistantementerelacionadocomadozikavirus,
ouseja,estumadistnciaevolutivamuitogrande,medidaqueambos
esto,praticamente,emladosopostosdarvorefilogentica.

Podeseainda,concluirhipoteticamente,quehumarelaobemestreita
dapoliprotenapresentenozikavruscomapoliprotenadoSpondwenivrus.
Equeestescompartilhamumancestralcomumentresimaisrecentedoque
comadovirusdadengue.Este,porsuavez,possuirelaesmaisestreitas
comovirusKendougou,StratfordeTorres,doquecomosoutroslistadosna
rvorefilogenticaporm,oancestralcomumentreeleetodosestesoutros
virus(incluindoodozikavirus)bemmaisvelhodoque,porexemplo,o
ancestralcomumentreasprotenasdoWestNileVirusedoJapanese
encephalitisvirus.

Resumindo,secomparaseovrusdadenguecomodo
zika(filogeneticamente)(comoascomparaesfeitaspelamdiadequeovrus
dazikaumamutaodovrusdadengue)podeseconcluir,atravsda
rvorefilogentica,que,asprotenasdestesviruspossuemumancestral
comumbemvelhoequeestorelacionadosdeformabemdistante
evolutivamente.
ConstruodoModelo
porHomologiada
ProtenadeInteresse:
Omelhortemplate
encontradofoio
4gsx.1.A
correspondenteaprotena
Edoenvelopedovrusda
Denguetipo1.Mesmo
possuindoapenas57,7%
deidentidadecomapoli
protenaemquesto,a

melhorsequncia,poiscobreamelhorproporodosaminocidos(1498)do
Zikavrus.Omodelodotemplateemquestocorrespondenteaessaposio
ade(2406).Apartenocobertapelotemplatearegiodaprotenaquetem
afunodeancoragem.(coverage:0.8)
GMQE:0.7QMEAN4:
3.26Xray,1.90Seq
Similarity:0.48