01 RESUMO BIOFSICA ESTRUTURA PRIMRIA DE PROTENAS 1) PROTENAS: - MACROMOLCULAS MAIS ABUNDANTES, OCORRENDO EM TODAS AS CLULAS; - SO CONSTRUDAS A PARTIR DE 20 AMINOCIDOS

LIGADOS COVALENTEMENTE;

2) AMINOCIDOS (aas): SO TODOS -AMINOCIDOS COM UM GRUPAMENTO AMINO (NH3), UM CARBOXIL (COOH), UM HIDROGNIO E UM RADICAL LIGADOS A UM CARBONO QUE O CENTRO QUIRAL DA MOLCULA. TODOS OS AMINOCIDOS DOS SERES VIVOS AT HOJE ENCONTRADOS SO LAMINOCIDOS. ALGUNS D-aas SO ENCONTRADOS EM PEPTDEOS BACTERIANOS E ANTIBITICOS.

3) CARACTERSTICAS RADICAL APOLAR: HIDROFBICO GLY-ALA-PRO-VAL-LEU-ILE-MET RADICAL AROMTICO PHE-TYR-TRP RADICAL POLAR NO CARREGADOS SER-THR-CYS-ASN-GLN RADICAL POLAR CARREGADO POSITIVAMENTE(BSICOS) LYS-HIS-ARG RADICAL POLAR CARREGADO NEGATIVAMENTE (CIDOS) ASP-GLU 4) LIGAO PEPTDICA - LIGAO COVALENTE AMDICA ENTRE DOIS AMINOCIDOS (MONOMROS) PARA FORMAR PROTENAS OU PEPTDEOS (POLMEROS); - SADA DE OH DO CARBOXIL E H DO GRUPO AMINO; - LINEAR: ESTRUTURA ZIGUE-ZAGUE; - CARATER DE DUPLA LIGAO-PLANAR 5) FORAS NO COVALENTES* QUE ESTABILIZAM AS PROTENAS: -O NMERO DE CONFORMAES DE UMA PROTENA n, CONTANTO QUE NO QUEBRE AS LIGAES COVALENTES. -MENOR ENERGIA LIVRE DE GIBBS MAIOR ESTABILIDADE *LIGAES DISSULFETO (COVALENTES): ENTRE RESDUOS DE CISTENA: S-S LIGAES DE HIDROGNIO: ATRAO ELETROSTTICA ENTRE H(ligado a F.O.N.Cl.Br) e um tomo eletronegativo (FONClBr).

INTERAES HIDROFBICAS MANTM AS REGIES APOLARES UNIDAS. COMPOSTOS ALIFTICOS FORMAM MICELAS EM SOLUO POLAR. REGIES APOLARES AGLOMERAM PARA APRESENTAR MENOR REA POSSVEL AO SOLVENTE AQUOSO. INTERAES DE van der WAALS: ATRAO ENTRE QUAISQUER DOIS TOMOS PRXIMOS UM DO OUTRO : NUVEM DE ELTRONS: FORA ELETROSTTICA LEVE

Estrutura Primria dada pela seqncia de aminocidos e ligaes peptdicas da molcula. o nvel estrutural mais simples e mais importante, pois dele deriva todo o arranjo espacial da molcula. A estrutura primria da protena resulta em uma longa cadeia de aminocidos semelhante a um "colar de contas", com uma extremidade "amino terminal" e uma extremidade "carboxi terminal". A estrutura primria de uma protena destruda por hidrlise qumica ou enzimtica das ligaes peptdicas, com liberao de peptdeos menores e aminocidos livres. Sua estrutura somente a seqncia dos aminocidos, sem se preocupar com a orientao espacial da molcula. ESTRUTURA SECUNDRIA DE PROTENAS dada pelo arranjo espacial de aminocidos prximos entre si na seqncia primria da protena. - o ltimo nvel de organizao das protenas fibrosas, mais simples estruturalmente. - Ocorre graas possibilidade de rotao das ligaes entre os carbonos a dos aminocidos e seus grupamentos amina e carboxila.
- O arranjo secundrio de um polipeptdeo pode ocorrer de forma regular; isso acontece quando os ngulos

das ligaes entre carbonos a e seus ligantes so iguais e se repetem ao longo de um segmento da molcula. ALFA-HLICE: estruturas cilindricas estabilizadas por pontes de hidrognio entre grupamentos NH e CO da cadeia principal. As cadeias laterais dos aminocidos encontram-se viradas para fora. Cada volta possui 3,6 resduos de aas e toro para o lado direito, na maioria. 5tipos de restries influenciam a estabilidade: - tendncia para forma alfa hlice: alanina tem maior tendncia;

-interaes entre grupos R: grupos carboxilixos de GLU repelem-se fortemente impedindo a formao da hlice; -volume dos grupos R: ASN, SER, THR,CYS podem desestabilizar se estiverem muito prximos; - Ocorrncia de PRO e GLY: PRO, anel rgido e GLY por ser mais flexvel tende a formar estruturas espiraladas diferentes de uma -hlice. FOLHA-BETA: padro estrutural nas quais regies vizinhas da cadeia polipeptdica associam-se por meio de ligaes de hidrognio, resultando em uma estrutura achatada e rgida. Forma de zigue-zague. Quando o
nmero de cadeias associadas grande, resulta uma estrutura flexvel, mas no elstica. As pontes de hidrognio so perpendiculares ao eixo das cadeias, e os grupos R dos aminocidos projetam-se para cima e para baixo do plano da folha pregueada.

Paralelas: orientao amino e carbxi terminal iguais Anti: oposta VOLTAS BETA:elementos conectores de -hlice e folhas-. Volta de 180 com 4 aas. Aas flexveis Gly e Pro (imino na configurao cis) esto presentes. ESTRUTURA TERCIRIA DE PROTENAS - Dada pelo arranjo espacial de aminocidos distantes entre si na seqncia polipeptdica. a forma tridimensional como a protena se "enrola". - Ocorre nas protenas globulares, mais complexas estrutural e funcionalmente. - Cadeias polipeptdicas muito longas podem se organizar em domnios, regies com estruturas tercirias semi-independentes ligadas entre si por segmentos lineares da cadeia polipeptdica. - Os domnios so considerados as unidades funcionais e de estrutura tridimensional de uma protena. ESTRUTURA QUATERNRIA DE PROTENAS - Surge apenas nas protenas oligomricas. - Dada pela distribuio espacial de mais de uma cadeia polipeptdica no espao, as subunidades da molcula. - Estas subunidades se mantm unidas por foras covalentes, como pontes dissulfeto, e ligaes no covalentes, como pontes de hidrognio, interaes hidrofbicas, etc. - As subunidades podem atuar de forma independente ou cooperativamente no desempenho da funo bioqumica da protena * Quanto Forma: - Protenas Fibrosas - Na sua maioria, as protenas fibrosas so insolveis nos solventes aquosos e possuem pesos moleculares muito elevados. So formadas geralmente por longas molculas mais ou menos retilneas e paralelas ao eixo da fibra. A esta categoria pertencem as protenas de estrutura, como colgeno do tecido conjuntivo, as queratinas dos cabelos, as esclerotinas do tegumento dos artrpodes, a conchiolina das conchas dos moluscos, ou ainda a fribrina do soro sanguneo ou a miosina dos msculos. Algumas protenas fibrosas, porm, possuem uma estrutura diferente, como as tubulinas, que so formadas por mltiplas subunidades globulares dispostas helicoidalmente. Alfa queratina: FORA. Somente em mamferos. Hlice alfa de sentido horrio. Toro de duas no sentido anti-horrio. Rica em aas hidrofbicos ALA,VAL,LEU,ILE,MET E PHE. Aresistncia est nas ligaes dissulfeto de resduos de cistena. Colgeno: Resistncia. Sentido anti-horrio e 3 aas por volta e toro no sentido horrio. Fibrona da Seda: Flexibilidade. Conformao . flexvel pois h inmeras interaes fracas ao invs de ligaes covalentes. Protenas Globulares - De estrutura espacial mais complexa, so mais ou menos esfricas. So geralmente solveis nos solventes aquosos e os seus pesos moleculares situam-se entre 10.000 e vrios milhes. Nesta categoria situam-se as protenas ativas como enzimas, transportadores como a hemoglobina, etc. Compactas e variadas.

A estrutura 3D considerada por um conjunto de segmentos polipeptdicos nas conformaes hlice alfa e folhas beta ligados pelos segmentos de conexo. Mioglobina: ligadora de O2 das clulas musculares. Ncleo denso hidrofbico no interior e hidroflico no exterior. Em geral: Aminocidos no-polares no interior Val, Leu, Ile, Met, Phe Aminocidos carregados na superfcie Arg, Lys, His, Asp, Glu Aminocidos polares no-carregados na superfcie ou interior Ser, Thr, Asn, Gln, Tyr, Trp MOTIVOS: estruturas super secundrias ou dobramento Ala beta-alfa-beta Barril beta Hlice-loop-hlice DOMNIOS: Parte da cadeia que independentemente estvel ou pode se movimentar como uma entidade isolada. DESNATURAO E DOBRAMENTO DE PROTENAS A perda da estrutura da protena resulta na perda de funo - Solventes orgnicos: detergentes e uria atuam rompendo as interaes hidrofbicas -pH: altera carga lquida da protena; -T: atua nas ligaes de H. -Dobramento espontneo: compactao mediada por interaes hidrofbicas entre resduos apolares -Dobramento assistido: Chaperonas: usam energia da hidrlise de ATP para desnovelar protenas, possibilitando
novo enovelamento, dessa vez na forma correta ou no lugar correto. As chaperonas tambm esto envolvidas no transporte de protenas para dentro das organelas, ncleo, etc., desenovelando-as para tanto.

Chaperonas (Hsp70) se ligam a regies no dobradas ricas em resduos hidrofbicos: Essa chaperona tem duas tarefas importantes: ajudar o enovelamento e impedir que vrias protenas malformadas, com seqncias hidrofbicas expostas, formem agregados, que alm de inteis podem ser muito nocivos. Ela ajuda protenas que estejam sendo sintetizadas em ribossomos livres no citoplasma ou protenas que foram transferidas atravs do translocon para o retculo endoplasmtico. Nesse caso, entra em ao outro conjunto de chaperonas do grupo hsp70, que mora dentro do retculo; a mais conhecida delas a BIP, que considerada marcadora do retculo endoplasmtico As hsp60 e o controle de qualidade As chaperonas do grupo hsp60 agem sempre sobre uma protena j pronta que tenha um erro na configurao terciria. O erro aparece sempre como uma seqncia de aminocidos hidrofbicos que ficam expostos e so reconhecidos pelas chaperonas (alis, todas as chaperonas reconhecem e se ligam a seqncias hidrofbicas de aminocidos). Uma vez detectado o erro, as hsp60 se ligam protena, aprisionando-a dentro de uma reentrncia da prpria chaperona, formando um ambiente separado do citossol, propcio para que a energia do ATP, que a chaperona hidrolisou, consiga modificar o enovelamento da protena. As chaperonas do grupo das hsp60 parecem um barrilzinho. Proteassomas: trituradores de protenas E se as chaperonas no conseguirem consertar as protenas mal-enoveladas? Na verdade, elas tentam vrias vezes, mas, ainda assim, nem sempre conseguem. Se no for possvel consertar a protena, as chaperonas encaminham essa protena para degradao. Se voc acha que a degradao de protenas dentro de uma clula s pode ocorrer dentro dos lisossomos, saiba que durante muitos anos essa era a idia em vigor. Depois, atravs de experimentos de fracionamento celular e, mais tarde, de Biologia Molecular, descobriu-se que existem enzimas que degradam protenas (enzimas proteolticas) no citossol tambm. Eram enzimas que funcionavam muito bem em pH 7,0. A descoberta surpreendeu muito, j que se achava que as enzimas proteolticas no saam degradando tudo porque estavam presas aos lisossomos. Mas o fato

que elas no saem degradando tudo! Como explicar? A resposta veio do fato de as enzimas proteolticas citosslicas no estarem dispersas, e sim arranjadas em conjuntos enzimticos chamados proteassomas. Esse arranjo de enzimas parece um pequeno triturador de papel, ou um apontador de lpis automtico, que tem as lminas voltadas para dentro. Proteassomas e chaperonas mantm a clula com todas as protenas em ordem Alm da vantagem bvia de evitar o acmulo de protenas malformadas e, portanto, inteis, a importncia do trabalho das chaperonas e dos proteassomas fica mais evidente quando examinamos as conseqncias do acmulo de protenas malformadas. comum que protenas malformadas tenham seqncias hidrofbicas indevidamente expostas. Esta exposio leva a uma tendncia de agregao. Os agregados proticos s se formam se o sistema de degradao no funcionar, mas, uma vez iniciada a agregao, a atividade das proteases fica difcil porque as proteases no tm acesso s protenas e eles (os agregados) tambm no entram nos proteassomas. Um agregado protico que cresa muito pode levar a clula morte, ou, se a clula conseguir expeli-lo, causar enorme prejuzo ao tecido, acumulando-se no meio extracelular. Um tipo particular de agregado protico formado quando regies -pregueadas anormalmente expostas em vrias protenas provocam o empilhamento dessas protenas, formando o que se chama placa amilide . As placas -amilides so marcantes em algumas doenas neurodegenerativas, como o mal de Alzheimer e a doena de Huntington, embora no se possa atribuir a essas placas a causa das doenas. Em biologia, chaperonas so protenas que tm por funo assistir outras protenas na obteno de seu dobramento apropriado. Muitas chaperonas so protenas heat shock , ou seja, protenas expressadas em resposta a elevao de temperatura ou outra criticidade celular. A razo para este comportamento que o dobramento da protena muito afetada pelo calor e, portanto, algumas chaperonas agem em reparar o dano potencial causado pela falha de dobramento. Outras chaperonas esto envolvidas no dobramento de novas protenas que deixam o ribossomo. Apesar da maioria das novas protenas sintticas poderem dobrar na ausncia de chaperonas, uma estrita minoria as requer.