 Para que serve?

Comparar sequências
 Recuperação de Informação: dada uma chave, buscar em um
dicionário por palavras que se assemelham à chave.

 Biologia Molecular: dadas duas sequências de DNA, identificar se

são semelhantes.
 Por que alinhamos sequências ?

Comparar genes de DNA

Estudar a estrutura de proteínas

 Estudar evolução molecular

Detecção de doenças, vírus, etc.

 Um alinhamento de duas sequências de caracteres α e β é
obtido inserindo-se espaços (gaps) nas sequências e então
colocando-se uma sobre a outra de modo que cada
caractere ou espaço esteja emparelhado a um único
caractere (ou a um espaço) da outra cadeia.
• Exemplo:
• Sequências:
• α = AAACTGCACAATCTTAATGCCCTTTTAT
• β = GCGGATCAACTTATTCCATCTCTT
• Alinhamento:
• α′ = AAACTGCA-CAATCTTAATGCC--CTTTTAT
• β ′ =--GC-GGATCAA-CTT-ATTCCATCTCTT--
 Cálculo do Score
O score que é a soma dos valores associados a cada posição, de
acordo com o grau de similaridade entre os elementos
correspondentes.

Ex: match +1 (good)

mismatch -1 (bad)
gap -2 (worse)

GA-CGGATTAG
GATCGGAATAG
score = 9 ·1+ 1·(-1) + 1·(-2) = 6
Problema: Alinhamento de duas cadeias de caracteres.

Entrada: Duas cadeias de caracteres

Saída: O alinhamento ideal das cadeias, possivelmente

incluindo as lacunas “gap’s”.
1. Subestrutura Ótima
Sendo assim, há três alternativas possíveis para resolver o problema:

i) (m, n) ∈ M
ii) a m-ésima posição de X ∉ M
iii) a n-ésima posiçao de Y ∉ M

Caso ocorra o caso (i), teremos

OPT(m, n) = αXmYn + OPT(m -1, n -1).

Caso ocorra o caso (ii), teremos que “pagar” o custo de um intervalo desde a m-
ésima posição de X que não foi encontrada e alinhar X 1, X2, ..., Xm-1 bem como Y1, Y2,
..., Yn. Deste modo teremos:
OPT(m, n) = δ + OPT(m -1, n).

Caso ocorra o caso (iii), será semelhante ao caso (ii), porém: OPT(m, n) = δ +
OPT(m, n -1).
2. Expressão Recursiva

i *δ se j=0
j *δ se i=0
OPT(i,j)
MAX [αXiYj + OPT(i -1, j -1), δ
+ OPT(i -1, j), δ + OPT(i, j -1)]

δ – gap (custo pelo espaço)

αXiYj – custo de emparelhar Xi e Yj
3. Algoritmo utilizando a força bruta (RECURSIVO)
1. Alinhamento_recursivo(X,m,Y,n)
2. If m = 0
3. then return n*δ
4. If n = 0
5. then return m*δ
6. A = αXiYj + Alinhamento_recursivo(X,m-1,Y,n-1)
7. B = δ + Alinhamento_recursivo(X,m-1,Y,n)
8. C = δ + Alinhamento_recursivo(X,m,Y,n-1)
9. return max (A,B,C)
3.1 Análise do algoritmo alinhamento_ recursivo
• A complexidade para o algoritmo alinhamento_recursivo(X,i,Y,j) baseado
na expressão recursiva é:

T(m,n) = T(m-1,n-1) + T(m,n-1) + T(m-1,n) + Θ(1)

T(m,n) ≥ 3T(m-1,n-1) + Θ(1)
T(m,n) = Ω(3min(m,n))

 Ordem exponencial!
3.2 Algoritmo Utilizando Programação Dinâmica
1. Alinhamento_PD(X,Y,δ)
2. Initialize A[i,0] = i*δ for i = 0, ..., m
3. Initialize A[0,j] = j*δ for j = 1, ..., n
4. For i = 1, ..., m
5. For j = 1, ..., n
6. A[i,j] = max (αXiYj + A[i -1, j -1], δ + A[i -1, j], δ + A[i, j -1])
7. Endfor
8. Endfor
9. Return A[m,n]
3.3 Análise do algoritmo Alinhamento_PD(X,Y,δ)

 A complexidade para o algoritmo Alinhamento_PD é Θ(m*n), pois é o

tempo de preencher a matriz A.

 Este custo está expresso nas linhas 3 à 5 do algoritmo

Alinhamento_PD(X,Y,δ). As demais linhas têm tempo constante, ou
seja, Θ(1).

 O espaço ocupado é Θ(m*n), pois o tamanho da matriz é (m+1)*(n+1).

 Tempo de execução Θ(m*n)

4. Algoritmo para mostrar a solução ótima
Para alinhar as sequencias (traceback) começa-se na última entrada da matriz, onde está
o score, e percorre-se a matriz pelos precedentes diretos de cada célula, até a posição
inicial da matriz. As regras de alinhamento são dadas pela orientação relativa das setas:


Matches: (+1) • Diagonal: xi alinha com yi;

Mismatches: (-1) • Vertical: yi alinha com espaço;
Gaps: (-1) • Horizontal: xi alinha com espaço.
entrada rec pd
5 0,01 0,011
10 0,086 0,011

15 406,265 0,01

16 2290,402 0,011

17 12069,45 0,012

18   0,011

19   0,01

20   0,011
• Diferentes aplicações, diferentes formas de 
solução.

• Algoritmo recursivo tem tempo exponencial.

• Programação Dinâmica oferece uma solução 
em tempo polinomial.
• T. H. Cormen, C. E. Leiserson, and R. L. Rivest, Introduction to algorithms, 1st 
ed., The MIT Press, 1990.

• V.  Bafna,  E.  L.  Lawler,  and  P.  A.  Pevzner,  Approximation  algorithms  for 
multiple sequence alignment, Theoretical Computer Science 182 (1997), 233–
244.

• Freitas, Ana T., Alinhamento de Sequências, Guia do 2o Laboratório de 
Biologia Computacional, Outubro de 2007.

• P. Bonizzoni and G. D. Vedova, The complexity of multiple sequence 
alignment with SP-score that is a metric, Theoretical Computer Science 259 
(2001), 63–79.