Genética de Populações Base Física da Evolução

Reinaldo A de Brito brito@power.ufscar.br

Sala 5 – 3351-8787
• DNA pode replicar
Curso constará de: • DNA pode mutar e recombinar
• Aula Teórica
• 1/3 pts Discussões Semanais
• DNA codifica informação que interage com
• 1/3 pts Exercícios Práticos (06) o ambiente para influenciar o fenótipo
• 1/3 pts Prova Final

Identidade por Descendência

DNA pode replicar
Alguns alelos são idênticos porque são
descendentes replicados de um único
Por causa da replicação, um único alelo ancestral
tipo de gene pode existir tanto no
tempo quanto no espaço em uma
maneira que transcende aos
indivíduos que temporariamente
os contém.

A existência de genes no espaço e no tempo Evolução

• É o fado de formas alternativas de genes ou
• Manifesta-se apenas no nível da população combinações gênicas no espaço e no tempo
que está se reproduzindo em uma população que está se
reproduzindo
• Fornece a continuidade espacial e temporal
• É um processo que se manifesta apenas no
que é necessária à evolução nível de uma população que está se
reproduzindo
• Nunca pode ser entendida apenas em
termos individuais.
• Requer Variação Genética

1
 DNA pode Mutar e Recombinar Mutação

Ocorre em nível molecular antes da

informação contida no DNA seja
expressa; Portanto, mutações são
aleatórias com respeito à necessidade dos
indivíduos em relação ao meio ambiente.

“Aleatoriedade” significa que mutações tem um

amplo espectro de ação em seus carreadores Aleatoriedade refere-se às conseqüências
10 fenotípicas. O ambiente pode e influencia a
8
taxa e o tipo de mutação no nível molecular.
Número 6
de
Linhagens 4
2
0
0.6 0.8 1.0
Habilidade competitiva relativa a linhagem original

Efeito de 50 linhagens com mutações expontâneas derivadas de uma

linhagem de levedura crescendo em laboratório.

Mutação cria variação alélica,

recombinação e diploidia a amplificam

• P.ex., MHC é um agrupamento autossômico

Mutação cria de 20 Loci com um conjunto total de 698
variação e Alleles (até 1997);
destrói • Recombinação pode produzir 1.21×1021
identidade por combinações gaméticas destes 698 Alelos
descendência • Tais gametas podem criar 1042 genótipos
• Existem 6 ×109 humanos na terra

2
Single Nucleotide Polymorphisms (SNPs)
“Polimorfismos de base única” Alta variação genética implica que:

• Até Fev de 2001, cerca de 1.420.000 SNPs

bialélicos haviam sido identificados em
humanos (agora são cerca de 3 milhões)
• Cada indivíduo é único
• Tais SNPs definem 21.420.000 = 10427.463 tipos
possíveis de gametas • Evolução pode ocorrer
• Tais SNPs definem 31.420.000 = 10677.512
genótipos potenciais
• Existem 1080 elétrons no universo

O que é uma população?

• Pode ser qualquer agrupamento de indivíduos
– Todos os indivíduos de uma localidade
– Os indivíduos de um estado
– Os indivíduos de um ecossistema
– Indivíduos de uma espécie
Deme
Um Deme é uma população local de
indivíduos que se reproduzem e têm
continuidade física no tempo e no
espaço.
Demes são o nível biológico mais
fundamental que pode evoluir.

Demes são caracterizados por freqüências

Demes genotípicas. P.ex., considere uma população de
índios Pueblo tipados para o marcador sangüíneo MN
• Têm em comum o sistema de acasalamento: Tipo
M MN N
Sangüíneo
Total
• regras que indivíduos usam para o acasalamento
(reprodução sexual) Genótipo MM MN NN

N 83 46 11 140

Freq. 83/140= 46/140= 11/140=

1
Genot. 0.59 0.33 0.08

3
Demes são caracterizados por freqüências genotípicas.
Demes com os mesmos alelos podem ter
P.ex., considere uma população de Aborígenes
australianos tipados para o marcador sangüíneo MN freq. genotípicas muito diferentes:
Tipo Índios Pueblo
Sangüíneo M MN N
MM MN NN
Total
0.59 0.33 .08
Genótipo MM MN NN
MM
N 9 113 250 372 0.024 Aborígines Australianos
Freq. 9/372 = 113/ 372 250/ 372 MN NN
1
Genot. 0.024 = 0.304 = 0.672 0.304 0.672

Pools gênicos são caracterizados por Freqüências gaméticas (Freq.

alélicas quando considerando apenas1 locus). P.ex., considere
Pool Gênico aqueles índios Pueblo tipados para MN

Tipo Sangüíneo M MN N
Um Pool Gênico é a população de Tot
Genótipo MM MN NN
cópias gênicas que são
coletivamente mantidas pelos N 83 46 11 140
indivíduos de um deme. Alelo (Tipo
M N
gamético)
(2*83+46)/280 (2*11+46)/280
Freq. Alélica = 0.76 = 0.24 1

Pools gênicos são caracterizados por Freqüências gaméticas (Freq.

alélicas quando considerando apenas1 locus). P.ex., considere
aqueles Aborígenes Australianos tipados para MN Pool Gênico
(definição alternativa)
Blood Type M MN N
Sum
Genotype MM MN NN Pool Gênico é a população de gametas
potenciais que podem ser produzidos
Number 9 113 250 372 pelos indivíduos de um deme.
Allele (Gamete
M N
Type)
(2*9+113)/744 (2*250+113)/744
Allele Freq.
= 0.176 = 0.824 1

4
 Pool gênico como uma população de Pool gênico como uma população de
gametas potenciais gametas potenciais

Deme • Gametas são a ponte de uma geração a

próxima
• Tal definição enfatiza a continuidade
Pool gênico genética de um deme no tempo
• Tal definição é mais útil à teoria evolutiva

Demes e Pools gênicos: Demes e Pools gênicos:

Deme de índios Pueblo MM
0.024 Deme de Aborígenes Australianos
MM MN NN MN NN
diplóide diplóide
0.59 0.33 .08 0.304 0.672

Probabilidades
1 1/ 1/ 1 1 1/ Probabilidades 1/ 1
Meiose Mendelianas 2 2 Meiose 2 2
Mendelianas
na meiose
na meiose

M N M N
haplóide haplóide 1(.024) + 1/2(.304)
1(0.59) + 1/ (0.33)
2 = 0.76 1(.08) + 1/2(.33) = .24 = 0.176 1(0.672) + 1/ (0.304)
2 = 0.824
Pool gênico de índios Pueblo Pool gênico de Aborígenes Australianos

Demes com os mesmos alelos podem ter pools Demes e Pools gênicos:
gênicos com freqüências alélicas diferentes

Índios Pueblo • Meiose interconecta o deme ao pool gênico

• Logo, dadas as leis de Mendel e uma meiose
M N normal, pode-se sempre calcular as freq.
0.76 0.24 alélicas no pool gênico a partir das freq.
genotípicas do deme
Aborígenes Australianos • Pode-se também prever o deme (freq.
genotípicas) a partir do pool gênico ( freq.
M N alélicas)?
0.176 0.824

5
 Demes
Definição de Evolução
AA aa AA Aa aa
1/ 1/ 1/ 1/ 1/
2 2 4 2 4

1 1 1 1/
2
1/
2 1 A definição operacional de
evolução em nível de deme é
A a A a mudanças na freqüência alélica
1/
2
1/
2
1/
2
1/
2 ou genotípica ao longo do tempo.
Pools Gênicos

Evolução Arquitetura Genética

• É uma propriedade emergente dos organismos que • número de loci e localização genômica
se reproduzem e não dos indivíduos. • número de alelos por locus
• taxa e modo de mutação
• 3 mecanismos principais devem ser investigados • regras de herança dos elementos genéticos
– como produzir gametas
– como unir gametas
– como criar fenótipos

Estrutura Populacional Contexto Ambiental

• Sistema de acasalamento da população • fenótipos são interações entre genes e ambientes

• Tamanho populacional
• Presença, quantidade e padrão de troca genética • Desenvolvimento fenotípico - os mecanismos que
com outras populações descrevem como zigotos adquirem fenótipos
• Estrutura etárea de indivíduos na população. naquele contexto ambiental

6
 G. H. Hardy

1908: Punnett x Yule I am reluctant to

intrude…
Ao Editor de Science: I am reluctant to intrude in a
discussion concerning matters which I have no expert
knowledge, and I should have expected the very
simple point which I wish to make to have been
familiar to biologists. However, some remarks of Mr.
Udny Yule, to which Mr. R. C. Punnett has called my
attention, suggest that it may be worth making...
Punnett disse que braquidactilia era uma doença autossômica
dominante com alta penetrância. Yule disse que o Mendelismo
estava errado, pois não existe uma razão de 1:1 entre De Hardy, G. H. Mendelian Proportions in a Mixed Population
braquidáctilos e pessoas não afetadas. Science 28:49-50. 1908.

Pressupostos de Hardy Weinberg

Hardy (e Weinberg) resolveram o
problema de Punnett • Produção de alelos: 1 locus autossômico
2 alelos
sem mutação
1ª Lei de Mendel

• União de alelos:
– Sistema de acasalamento aleatório
– Tamanho populacional infinito
FERTILIZAÇÃO
– Troca genética Ausente
– Estrutura etária Nenhuma (gerações discretas)

• Criação de fenótipos: Genótipos têm fenótipos

Para ir do Pool gênico (Gametas) ao Deme (Zigotos inicialmente), idênticos (sem Seleção Natural)
precisa-se explicitar as regras pelas quais os gametas se unem

Sistemas de Acasalamento Acasalamento ao acaso

Acasalamento ao acaso ocorre quando ambos

Sistemas de Acasalamento são as regras em nível
de deme que regulam como gametas se unem na
fertilização, portanto, definindo a transição de
haploidia a diploidia.
os gametas unidos em um gameta são retirados
ao acaso, e independentemente, do pool gênico.
Isto significa que a probabilidade do gameta ter
um alelo específico é igual à freq. daquele alelo
no pool gênico, e isto é verdade para todos os
gametas envolvidos na fertilização.

7
 Acasalamento ao acaso
Freqüências Genotípicas de Hardy-
A a
Pool Gênico Weinberg
p q = 1-p

Gameta Materno
A a
p q AA Aa aa
A AA Aa p2 2pq q2
Gameta Paterno

p p×p=p2 pq
a aA aa
q qp q×q=q2

O ciclo de vida de uma população Teste de Hardy-Weinberg das freq. genotípicas

P.ex., a população de índios Pueblo tipados para MN
Deme de indivíduos AA Aa aa Tipo Sangüíneo M MN N
diplóides Soma
PAA PAa Paa Genótipo MM MN NN
Meiose Probabilidades 1 1/
2
1/
2 1 N 83 46 11 140
Mendelianas
(0.76)2 = 2(0.76)(0.24) (0.24)2 = 1
Freq. H.-W.
Pool gênico de A a 0.58 = 0.36 0.06
gametas Haplóides p=PAA+ 1/2PAa q=Paa+ 1/2PAa
0.58(140) 0.36(140) 0.06(140) 140
N Esp.
Acasalamento = 81.2 = 50.4 = 8.4
Fertilização ao acaso p p p q q q

AA Aa aa
Deme de indivíduos
diplóides p2 2pq q2

Hardy-Weinberg implica que NÃO se espera

Acasalamento ao acaso que caracteres Mendelianos apresentem
razões Mendelianas nos demes
• Hardy assumiu que indivíduos são monoécios
AA Aa aa
• Weinberg assumiu que freqüências são iguais em p2 2pq q2
ambos os sexos

Fenótipo Dominante Fenótipo

Recessivo

Razão Dominante:Recessivo é p2+2pq : q2

8
 As freqüências genotípicas conformam-se ao
Evolução em populações em EHW esperado no EHW?

p’ = p2 + pq MM MN NN
p2 2 pq q2
= p (p+q) 0 .29 4 0 .49 6 0 .20 9

=p
Genótipos MM MN NN
Experado 294 496 209
Ou seja, basta uma geração de acasalamento ao Observado 298 489 213
acaso para a população entrar em Equilíbrio de
Hardy-Weinberg.
χ2 = Σ(O-E)2/E

Teste de Hardy-Weinberg das freq genotípicas

P.ex., a população de índios Pueblo tipados para MN
Tipo Sangüíneo M MN N
Soma
Genótipo MM MN NN
N 83 46 11 140
(0.76)2 = 2(0.76)(0.24) (0.24)2 = 1
Freq. H.-W.
0.58 = 0.36 0.06
0.58(140) 0.36(140) 0.06(140) 140
N Esp.
= 81.2 = 50.4 = 8.4
(Obs.-Esp.)2 (83-81.2)2 (46-50.4)2 (11-8.4)2 1.23
Esp. 81.2 50.4 8.4
Graus de Liberdade = 3 Categorias - 1 - 1 parâmetro estimado = 1

Testes de Equilíbrio de HW

• Qui Quadrado
Razão de
fenótipos
• Teste exato de Fisher dominantes a
recessivos

• Cadeias de Markov de Monte Carlo

Razão 3:1

• etc...
p = Freq do alelo dominante

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 Hardy-Weinberg explica porque doenças
genéticas autossômicas recessivas letais não
podem ser eficientemente eliminadas por
seleção natural
AA Aa
p2 2pq
Fenótipo
Fenótipo viável
Taxa de eliminação de alelo letal a = q2
Taxa de criação de alelo letal a = pμ ≈ μ
No equilíbrio, q2 = μ, logo qeq = √μ
Incidência de doenças letais recessivas
autossômicas em humanos
aa • Taxas de Mutação para tais doenças: ~10-5
q2 • Sob acasalamento ao acaso, a freq. de equilíbrio
de tais alelos é de ~ 0.003
• Cerca de 1.000 Loci em humanos apresentam
alelos letais que matam após o nascimento
Letal
• Número de alelos letais apresentados em média
por um indivíduo é (0.003) x 1.000 = 3
• O número de letais “equivalentes” observados por
pessoa é entre 3-7.

Freqüências de Hardy-Weinberg representam um equilíbrio Freqüências de Hardy-Weinberg representam um equilíbrio

Nenhum pressuposto é AA Aa aa A freqüência do alelo A a

feito acerca destas A no Pool gênico da p=PAA+ 1/2PAa q=Paa+ 1/2PAa
freqüências genotípicas;
PAA PAa Paa próxima geração será:
Elas podem ou não estar Probabilidades 1 1/ 1/ 1 Acasalamento p p p q q q
2 2 ao acaso
em equil. H-W. Mendelianas
p’= p2 + 1/22pq
A a = p2 + pq
AA Aa aa
p=PAA+ 1/2PAa q=Paa+ 1/2PAa = p(p + q) p2 2pq q2
=p Probabilidades
Acasalamento 1 1/ 1/ 1
p p p q q q Mendelianas 2 2
ao acaso

Uma geração de acasalamento Portanto, o pool A a

ao acaso garante que as freq. AA Aa aa
gênico não se alterará p’=p2+ 1/22pq q’=q2+ 1/22pq
fenotípicas fiquem em equil. p2 2pq q2 =p(p+q) = p =q(q+p)=q
de H-W

Pode também ser usado para caracteres

Acasalamento ao acaso é específico
ligados ao X
para cada locus
Sexo Homogamético Sexo Heterogamético
XA XA p2 XA Y p
Embora os índios Pueblo estejam se XA Xa 2pq
acasalando ao acaso para MN, eles Xa Xa q2 Xa Y q
não estão se acasalando ao acaso para
todos os loci.

p.ex., loci nos cromossomos sexuais

10
 If 8% of men are color blind =>
Xa allele frequency q = 0.08
XA allele frequency p = 1 - q = 0.08
Genot ype Allele Genot ype
What proportion of women are color blind?
fr equency fr equency
XA Y p p
Xa Y q =0.08 q
Genot ype Expect ed fr equency
XA XA p2 0 .84 6 4
XA Xa 2 pq 0 .14 7 2
0 .00 6 4
Xa Xa q2
1 .00 0 0

What proportion of women are heterozygous carriers?

Equilíbrio em genes ligados ao sexo.

Dois Loci

• Mantém-se mesmos pressupostos de um

locus, porém, permite-se recombinação.
• Pool Gênico pode ser definido pelas
freqüências dos 4 gametas: AB, Ab, aB, ab

• Da mesma forma que p e q, a soma destas

freqüências também é 1

Dois Loci Dois Loci

• Prob de um genótipo particular é também o

produto das freqüências gaméticas
• Duas formas de se obter AaBb.
• Regras iguais ao locus único, mas temos agora 10
combinações genotípicas
• Tudo muda quando vamos de uma geração de
adultos a outra!

11
 Dois Loci Dois Loci

• Duplo homozigoto - apenas um tipo de gameta • A diferença do modelo de locus único cria
• Heterozigoto - 2 tipos de gametas um fato importante:
• Duplo heterozigoto - 4 tipos de gametas! • As duas definições de pool gênico não são
mais equivalentes!
• Prob definida pela recombinação r (0 ≤ r ≤ 0.5) – Genes comuns aos adultos de uma população
– Gametas potenciais produzidos pelos adultos
• Não significa que não esteja ocorrendo
recombinação em outras combinações

Conseqüências para a evolução Conseqüências para a evolução

g'Ab = 1. g2Ab + ½ (2gABgAb) + ½(2gAbgab ) + ½(1- r)(2gAbgaB) + ½r(2gABgab )
• Quando alcançará o equilíbrio?
= gAb + rD

g'AB = 1. g2AB + ½ (2gABgAb) + ½(2gABgaB ) + ½(1- r)(2gABgab) + ½r(2gAbgaB )

g'aB = 1. g2AB + ½ (2gABgaB) + ½(2gaBgab ) + ½(1- r)(2gAbgaB) + ½r(2gABgab )
= gaB + rD
= gAB[ gAB + gAb + gaB + (1- r)gab] + r.gAbgaB

g'ab = 1. g2AB + ½ (2gABgab) + ½(2gaBgab ) + ½(1- r)(2gABgab) + ½r(2gAbgaB )

= gAB[ gAB + gAb + gaB + gab] + rgAbgaB - rgABgab
= gab - rD

= gAB + r(gAbgaB - gABgab) = gAB - rD

Onde D é gAbgaB - gABgab sendo comumente conhecido como

desequilíbrio de ligação, ou desbalanço de fase gamética
E está ocorrendo evolução?

Conseqüências para a evolução Conseqüências para a evolução

• Enquanto r >0 e D ≠0 --> g'ab ≠ gab • E quanto a D na próxima geração?

• Se r = 0, funciona como locus único D’ = gABgab - gAb gaB

= [(gAb + rD)(gaB + rD)-(gAB + rD)(gab + rD)
• Se D = 0 populações estão em equilíbrio (o que = D(1-r)
não quer dizer que não esteja havendo D” = D(1-r)2
recombinação!)
Dt = D0(1-r)t tende a 0

12
 Conseqüências para a evolução
LD reduz a ritmo que depende de (1-r)
Mesmo loci independentes podem possuir LD> 0 e
equilíbrio não é alcançado imediatamente.

Quando r é grande, queda é rápida (5 gerações para 3%)

Quando r é pequeno, queda é lenta (345 gerações para 3%)

Fatores que afetam D

Fatores que afetam D
No desequilíbrio de ligação temos que:
• Deriva genética 0 ≤ gAB ≤ min (pA, pB), como D = gAB – pApB
• Regras de Acasalamento – pApB ≤ D ≤ min (pA – pApB, pB – pApB)
• Fluxo Gênico = min (pA (1– pB), pB (1– pA)) ou min (pApb, papB)
• Seleção Natural
D
min (pApB, papb) D < 0
• Mutação
D´ =
D
min (pApb, papB) D>0

Fatores que afetam D

• Novas mutações têm desequilíbrio máximo
imediatamente.
• Processo pode demorar a se estabilizar
• Conseqüências disto para a investigação do
efeito de genes
Conseqüências para a evolução
Corolário
O estado do pool gênico de uma população e sua
evolução atual são influenciados por sua história
passada.
O passado não pode ser ignorado para se entender o
presente e predizer o futuro em sistemas
biológicos.

13
 Conseqüências para a evolução
• Vantagem: sistemas multi-loci contém informação
sobre origem e história da variação hoje existente

• Desvantagem: efeitos duradouros do desequilíbrio

inicial podem limitar nossas inferências

Dt = D0(1-r)t

14