Os microrganismos causam as doenças, algumas das propriedades específicas dos
microrganismos que contribuem para a patogenicidade, ou seja, a capacidade de causar doenças superando as defesas do hospedeiro, e a virulência, isto é, o grau ou a extensão da patogenicidade. Muitas vezes, a presença de partes ou de células microbianas inteiras pode induzir sintomas em um hospedeiro. Para os seres humanos, não faz sentido que o parasito mate seu hospedeiro. Por exemplo, o patógeno do cólera, Vibrio cholerae, induz rapidamente uma diarreia que coloca em risco a vida de seu hospedeiro em razão da perda de fluidos e sais, mas também cria uma forma de transmissão do patógeno de um hospedeiro a outro pela contaminação de fontes de água. A patogenicidade é a capacidade de um organismo em causar doença por meio da superação das defesas do hospedeiro, ao passo que a virulência é o grau de patogenicidade. Para causar doença, a maioria dos patógenos deve obter acesso ao hospedeiro, aderir-se aos tecidos, penetrar ou escapar das defesas e danificar os tecidos do hospedeiro. Entretanto, alguns micróbios não causam doença pelo dano direto aos tecidos do hospedeiro. Em vez disso, a doença ocorre em decorrência do acúmulo de excretas microbianas. Alguns micróbios, como aqueles que causam as cáries dentárias e a acne, podem causar doenças sem penetrar no organismo. Os patógenos podem penetrar no corpo humano ou em outros hospedeiros com a ajuda de várias vias, chamadas de portas de entrada. As portas de entrada para os patógenos incluem as membranas mucosas, a pele e a deposição direta sob a pele ou as membranas (via parenteral). O trato respiratório é a porta de entrada mais fácil e frequentemente utilizada pelos microrganismos infecciosos. As doenças mais comumente adquiridas através do trato respiratório incluem o resfriado comum, pneumonia, tuberculose, gripe e sarampo. Os microrganismos podem ter acesso ao trato gastrintestinal através de água, alimentos ou dedos contaminados. Aqueles que sobrevivem podem causar doença. Os micróbios no trato gastrintestinal podem causar poliomielite, hepatite A, febre tifoide, disenteria amebiana, giardíase, shiguelose e cólera. Esses patógenos são então eliminados nas fezes e podem ser transmitidos a outros hospedeiros pela água e por alimentos ou dedos contaminados. O trato urogenital é a porta de entrada de patógenos que são sexualmente transmissíveis. Alguns micróbios que causam doenças sexualmente transmissíveis podem entrar no organismo através das membranas mucosas íntegras. A pele é o maior órgão do corpo humano em termos de área de superfície e peso, constituindo uma importante barreira defensiva contra doenças. A pele íntegra é impenetrável para a maioria dos microrganismos. Alguns micróbios podem ter acesso ao corpo através de aberturas na pele, como folículos pilosos e ductos sudoríparos. As larvas de ancilóstomo podem perfurar a pele intacta e alguns fungos podem crescer na queratina da pele ou infectar a pele em si. Outros microrganismos podem ter acesso ao corpo quando são depositados diretamente nos tecidos sob a pele ou nas membranas mucosas, quando essas barreiras são penetradas ou danificadas. Essa rota é chamada de via parenteral. Perfurações, injeções, mordidas, cortes, ferimentos, cirurgias e rompimento da pele ou das membranas mucosas por edemas ou ressecamentos podem estabelecer vias parenterais. O HIV, os vírus que causam hepatites, e as bactérias que causam tétano e gangrenas podem ser transmitidos parenteralmente. Por exemplo, a bactéria que causa a febre tifoide, Salmonella typhi, produz todos os sinais e sintomas da doença quando engolida, mas se a mesma bactéria é esfregada na pele, não ocorre reação. A parede celular de certas bactérias contém substâncias químicas que contribuem para a virulência. Por exemplo, Streptococcus pyogenes produz uma proteína resistente ao calor e à acidez, chamada de proteína M. Essa proteína é encontrada tanto na superfície celular quanto nas fímbrias. Essa proteína faz o intermédio da aderência da bactéria às células epiteliais do hospedeiro e auxilia na resistência da bactéria à fagocitose pelos leucócitos. Dessa forma, a proteína M aumenta a virulência do microrganismo. A imunidade ao S. pyogenes depende da produção pelo organismo de anticorpos específicos contra a proteína M. A bactéria Neisseria gonorrhoeae cresce no interior das células epiteliais e dos leucócitos humanos. Essas bactérias usam suas fímbrias e outras proteínas externas, denominadas Opa, para aderir às células do hospedeiro. Após a aderência através das proteínas Opa e pelas fímbrias, as células do hospedeiro captam as bactérias. (As bactérias que produzem Opa formam colônias opacas em meio de cultura.) O lipídeo ceroso (ácido micólico) que constitui a parede celular de Mycobacterium tuberculosis também aumenta a virulência do organismo, conferindo resistência à digestão por fagócitos e permitindo até mesmo que a bactéria se multiplique no interior desses fagócitos.