Curso: Biomedicina Semestre: 2019.

Professor: Allan Cézar de Azevedo Martins Disciplina: Bioinformática

Estudante: Aline de Paula Dias da Silva Turma: 1BMD16A

ATIVIDADE 1
A aula inaugural da disciplina de Bioinformática abrangeu os conceitos básicos
da disciplina, como o histórico, campos de atuação da bioinformática e Linux,
como primeira atividade foi proposta a busca do genoma do Homo sapiens
para identificar o tamanho do genoma e número de genes nos cromossomos X
e Y e também o genoma da Escherichia coli, Drosophila melanogaster e
Influenza A. Toda a busca deveria ser feita no site do NCBI, o GenBank.
Dados salvos na pasta: bioinformatica
>cd /alunobio/Documentos/bioinformatica
ATIVIDADE 2
Já na segunda aula, foi apresentado o conceito de lógica, tabela-verdade, os
principais operadores lógicos, lógica de 1ª ordem e lógica de argumentação.
Como atividade foi passado um exercício com os principais operadores lógicos
como negação, conjunção, disjunção inclusiva, disjunção exclusiva e
condicional, nos quais após a resolução dos exercícios deveriam ser
classificados como verdadeiros ou falsos:
3 + 5 = 8 VERDADEIRO
3 + 8 = 5 FALSO
3 + 5 = 8 /\ 3 + 8 = 5 FALSO
3 + 5 = 8 \/ 3 + 8 = 5 VERDADEIRO
¬3 + 5 = 8 /\ 3 + 8 = 5 FALSO
¬(3 + 5) = 8 /\ 3 + 8 = 5 FALSO
¬3 + 5 = 8 /\ 3 + 8 > 5 FALSO
(3 + 5) -> = 8 VERDADEIRO
4 > 8 \/ 3< 6 VERDADEIRO
(2*5<500 /\ 3+5=8)/\4>10 FALSO
(2*5>500 /\ 3+5=8)\/4>10 FALSO
(¬(3 + 5) = 8 /\ 3 + 8 = 5)\/(¬3 + 5 = 8 /\ 3 + 8 = 5) FALSO
(45,6<10\/5>1)/\(25-1!=4)->(3/2=1,5\/9>=9)/\(10+2<1) FALSO

ATIVIDADE 3 - PYTHON

ATIVIDADE 4
Na aula de introdução ao Linux vimos a interface da linha de comando do Linux
(CLI) e alguns comandos como o de mudança de diretório ‘cd’ e ‘ls’. Como
atividade foi proposto criar uma pasta para a disciplina de bioinformática, para
isso utilizamos o comando ‘mkdir’ e criar também arquivos de texto no Gedit
para cada dia de aula contendo <dia>, <disciplina> e <professor> e utilizar o
comando ‘cat’ esse comando permite que se concatene os arquivos desejados.
E após foi pedido para que usássemos um comando que contasse o número
de linhas, palavras e caracteres de cada arquivo, utilizamos o comando ‘wc’
que permite contar os caracteres, linhas e palavras e exibe na saída padrão.
Foram contadas:
Linhas: 5 Palavras: 18 Caracteres:128
ATIVIDADE 5
Na aula de alinhamento, vimos alguns tipos de alinhamento e a ferramenta
BLAST que consiste em um algoritmo hospedado no site do NCBI no qual
compara as informações de sequências de aminoácidos ou nucleotídeos.
Existindo assim, o BLASTn, BLASTp, BLASTx, etc. A atividade proposta foi
acessar o BLAST Browser.

Foto: BLAST Browser

ATIVIDADE 6
Recolhemos também algumas informações no site do NCBI sobre os genomas
de Haemophilus influenzae, Methanococcus jannaschii, Saccharomyces
cerevisiae, Escherichia coli, Caenorhabditis elegans, Drosophila melanogaster,
Arabidopsis thaliana, Homo sapiens, Schizosaccharomyces pombe, Oryza
sativa, Mus musculus, Pan troglodites.
ATIVIDADE 7
Após a aula de sequenciamento, aprendemos os tipos de informação obtida e
como esses dados seriam registrados, os dados sendo gerados na forma de
bases nitrogenadas e os arquivos de sequenciamento em formatos SFF, XSQ,
FASTA, FASTAQ, SAM, BAM, UBAM. Como atividade foi proposto obter
arquivos no formato FASTA de proteínas de alguns organismos como: green
fluorescent protein [Neisseria gonorrhoeae]; protein fluorecent in blue light
[Cucurbita pepo subsp. pepo] e red fluorescent protein [Branchiostoma
belcheri], concatenar esses arquivos utilizando o comando ‘cat’ e contar o
número de sequências, para isso utilizamos o comando ‘grep-c’ que irá contar
a quantidade de linhas desse arquivo. Em relação aos arquivos de anotação,
foi proposto a obtenção do arquivo GFF do cromossomo 1 de Macaca mulatta
e do cromossomo X de Homo sapiens e importar os dados para planilhas no
excel.
Homo sapiens chromosome X

Macaca mulatta chromosome 1

ATIVIDADE 8
Vimos nas aulas seguintes que anotação é um método in silico que consiste na
identificação e caracterização de regiões funcionais e pode ser do tipo
automatizada ou manual. Como atividade foi proposto acessar o KEGG (Kyoto
Encyclopedia of Genes and Genomes) que é um banco de dados que
hospedam genomas, vias metabólicas e registram interações moleculares.
Nesse banco de dados, deveríamos pesquisar por: bicicleta de Krebs,
metabolismo de lipídeos de membrana e produção aeróbica de energia.
KREBS

METABOLISMO DE LIPÍDEOS DE MEMBRANA

ATIVIDADE 9
Na penúltima aula vimos sobre CASP (Critical Assessment of Protein Structure
Prediction) e enovelamento de proteínas e métodos como o de novo e o ab
initio. A atividade realizada consistia em acessar o PDB (Protein Data Bank) e
buscar por “Base excision repair” e identificamos 139 estruturas, 86 ligantes,
sendo 53 humanas e 72 são estruturas complexo proteína-DNA. Também
procuramos pela seção “molécula do mês” e buscamos pelo receptor de
insulina para visualização de sua estrutura 3D. Na mesma seção, procuramos
pela insulina e sua estrutura 4ins, do organismo Sus scrofa (javali), os
principais autores do trabalho e sua estrutura 3D. Como última atividade,
obtivemos a sequência do gene AAF51208 (Drosophila melanogaster) no
GenBank, salvamos em formato FASTA e utilizamos o site do SWISS-MODEL
para fazer uma predição da estrutura da proteína. No site SWISS-MODEL foi
gerada uma imagem 3D através da sequência dada, utilizando assim um
método de novo.
ARQUIVO FASTA:
>AAF51208.2 uncharacterized protein Dmel_CG2862, isoform A [Drosophila
melanogaster]MFLSTGRNFFRVFSSRQIASCSARMASEVEKSQTAAASEDTIFGKILRKEIPCKFIH
EDDKCVAFHDVAPQAPTHFLVIPRKPIAQLSLAEDGDADLLGHLMLVGRKVAKELGLADGYRVVINNGKH
GAQSVYHLHLHFLGGRQMQWPPG

SWISS-MODEL:
ATIVIDADE 10
Nessa atividade foi acessado o site physics.weber.edu e a partir dele
procuramos pela ferramenta “Interactive Molecular Dynamics” na qual consiste
em uma simulação dos movimentos dos átomos da molécula a ser analisada.
Na atividade analisamos o movimento dos átomos nos estados gasoso, líquido,
sólido, líquido com gasoso e sólido com gasoso.
GÁS:
t N V E T P
72.875 180 2500 404.72 2.3632 0.1914

LÍQUIDO:
9.875 1414 2500 1522.84 2.1875 2.7311

SÓLIDO:
3.500 2009 2500 -6125.82 0.0081 0.0000

LÍQUIDO CERCADO COM GÁS:

31.125 518 2500 823.72 1.5260 0.4563

SÓLIDO CERCADO COM GÁS:

111.750 518 2500 -332.17 0.4765 0.2685

Em todos os casos foram observadas mudanças em relação a temperatura,

pressão e energia.

GÁS IDEAL:
100 átomos, 5000 de volume:
t N V E T P
343.475 100 5041 492.89 2.2287 0.0403

100 átomos, 10000 de volume:

62.100 100 10000 492.18 4.8906 0.0566
Foi observado que a temperatura aumentou em cerca de 2x.

100 átomos, 1000 de volume:

253.675 100 1024 132.06 1.1566 0.0999
100 átomos, 2000 de volume:
97.625 100 2025 126.07 1.3810 0.0701
100 átomos, 5000 de volume:
107.525 100 5041 125.37 1.2938 0.0272
100 átomos, 10000 de volume:
120.175 100 10000 125.46 1.2771 0.0134

Foi observado que ao aumentar a área e manter a quantidade de átomos, o

valor de T teve pequenas variações enquanto o valor de P tendeu a diminuir
com o aumento da área.