UNIVERSIDADE FEDERAL DO PIAUÍ

CENTRO DE CIÊNCIAS DA NATUREZA

DEPARTAMENTO DE COMPUTAÇÃO

PLANO DE ENSINO 2024.1

Disciplina: Tópicos em Bioinformática – DC/CCN067
Biocomputação - DIE0155
Bioinformática – DIE0159
Créditos: 2.2.0
Carga horária: 60h
Curso: Bacharelado em Ciência da Computação - BCC
Professor: Dr. Luiz Cláudio Demes da Mata Sousa

Ementa
Bioinformática e evolução molecular, aplicando a tecnologia da informação ao
gerenciamento de dados biológicos; Conceitos sobre as bases moleculares da
evolução de sequencias nucleotídicas e proteicas, substituições sinônimas e não
sinônimas, algoritmos e inferências filogenéticas, pesquisa biológica na WEB e manejo
de Banco de Dados; Utilização da WEB para pesquisa biomédica em bioinformática,
planejamento, construção, alimentação e análises utilizando banco de dados, métodos
de alinhamentos múltiplos, modelos de substituições nucleotídicas, métodos de
distância, verossimilhança máxima e testes estatísticos para suporte filogenético, além
da utilização das ferramentas para analise computacional de sequências proteicas.

Objetivos
• Aprender a utilizar ferramentas de bioinfomática para resolver
problemas na área biológica.
• Conhecer as diferentes linhas de pesquisa e estudo da
Bioinformática.
• Implementar os principais algoritmos de Bioinformática

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Cronograma e Conteúdo Programático

Aula# Data Aula Hyperlink/Video

Aula introdutória e apresentação da disciplina e Plano de
19/03/2024
1 Disciplina
21/03/2024 A Revolução da Genômica/Bioinformática
Description:
2
PCR: https://www
26/03/2024 Biologia Molecular e Computação .youtube.com/wa
tch?v=hPnwVnnG
3 Zv8
Artigo 1 - Bioinformatics in China - A Personal
28/03/2024
Perspective (assíncrona)
4
SEQUENCIAMENT
O DE
02/04/2024 Processamento Pós-Transcricional DNA: https://ww
w.youtube.com/w
atch?v=Qp2nqZzp
5 avU
6 04/04/2024 Alinhamento Global e Local de sequencias Parte 1
Teste de
paternidade:
09/04/2024 Alinhamento Global e Local de sequencias Parte 2
https://www.yout
ube.com/watch?v
7 =qCKmtBXrdj0
11/04/2024 Exercícios de Alinhamento Local e Global
8
O que é
Bioinformática: ht
16/04/2024 Exercícios de Alinhamento Local e Global
tps://www.youtu
be.com/watch?v=
9 uMoyqU2Wz2A
https://www.yout
ube.com/watch?v
Desenvolvimento Algoritmo Smith-Waterman
18/04/2024 =6nxRxoGME_I
ASSÍNCRONO https://www.yout
ube.com/watch?v
10 =lZStH_Be1mw
11 23/04/2024 Desenvolvimento Algoritmo Smith-Waterman
Desenvolvimento Algoritmo Smith-Waterman https://www.yout
25/04/2024
ASSÍNCRONO ube.com/watch?v
12 =HXEpBnUbAMo

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Quem sou eu?:
GLSDGEWQLVLNV
WGKVEADVAGHG
QEVLIRLFKGHPET
LEKFDKFKHLKSED
EMKASEDLKKHGN
30/04/2024 Desenvolvimento Algoritmo Smith-Waterman
TVLTALGGILKKKG
HHEAELTPLAQSH
ATKHKIPVKYLEFIS
EAIIQVLQSKHPGD
FGADAQGAMSKA
LELFRNDMAAKYK
13 ELGFQG
Global:
02/05/2024 Desenvolvimento Algoritmo Smith-Waterman https://www.yout
ASSÍNCRONO ube.com/watch?v
14 =vqxc2EfPWdk
Desenvolvimento Algoritmo Smith-Waterman
07/05/2024 Algoritmo de
ASSÍNCRONO Smith.Waterman.
15
Entrega do Algoritmo Smith-Waterman Enviar fontes e Local:
resposta do exercício de teste (síncrona) - https://www.yout
09/05/2024
Avaliação do Primeiro grupo ube.com/watch?v
16 =QphFHG9tmOY
14/05/2024 Avaliação do Segundo grupo
17
Prova Etapa II – Aspectos teóricos, artigo 1 e algoritmo
16/05/2024
Smith-Waterman
18
21/05/2024 100.1 - Replicação do DNA
19
23/05/2024 100.2 Shotgun e Kmer.
20
28/05/2024 100.3- Genoma Path
21
04/06/2024 100.4 - Grafos de De Bruijn
22
06/06/2024 100.5 - Grafos de De Bruijn pareados
23
Artigo 2 - TRANSMISSION OF HEPATITIS B VIRUS TO
11/06/2024
MULTIPLE PATIENTS (assíncrona)
24
25 13/06/2024 Exercícios de Remontagem
18/06/2024 Exercícios de Remontagem
26
Artigo3 - Resurrecting ancient animal genomes
20/06/2024
(assíncrona)
27
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Prova Etapa III – algoritmo de remontagem e artigos 2 e
3.
25/06/2024 Entrega de todos os trabalhos não entregues. Aprovação
mediante trabalhos 2 e 3 feitos e entregues (Smith-
Waterman)
28
27/06/2024 Prova Final
29
02/07/2024 Prova Final (2ª chamada)
30

Atividades e Pontuação
Pontos máximos
ID De Até
Computação/Biologia
AT1 - Artigo 1 -Bioinformatics in China -
AT1 02/04/2024 04/04/2024
A Personal Perspective 3,0
AT2 - Artigo 2 TRANSMISSION OF
AT2 HEPATITIS B VIRUS TO MULTIPLE 11/06/2024 13/06/2024
PATIENTS 1,5
AT3 - Artigo 3 Resurrecting ancient
AT3 20/06/2024 22/06/2024
animal genomes 1,5
AT4 – Algoritmo Smith-waterman -
AT4 18/04/2024 09/05/2024
implementação 10,00
ATF- Atividade para envio de atividades
ATF 25/06/2024 25/06/2024
atrasadas Até 50% da nota original

Entrega de Atividade dentro do prazo (SIGAA)

As atividades da tabela são pontuadas e equivalem a uma avaliação, somando 10
pontos. As atividades serão aceitas apenas por meio da plataforma SIGAA e
dentro do prazo. O não envio de uma atividade não supervisionada (assíncrona)
também será finalizada com falta. O SIGAA não alerta sobre datas limites de
envio, sendo assim, sugere-se que cada aluno mantenha um calendário próprio
das datas limites disponibilizados neste Plano de Disciplina.

Entrega de atividade fora do prazo (SIGAA)

Envios atrasados serão aceitos no final da disciplina e valendo no máximo 50% da
pontuação máxima (ver quadro em Atividades e Pontuação). Será aberta uma
atividade específica para que o aluno envie a atividade fora do prazo. Sendo
assim, perdido o prazo de envio, o aluno deverá esperar a abertura da atividade
especial. Atividades não enviadas serão zeradas.

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Sistemática de Avaliação
Para efeito de avaliação será observada a Resolução 043/95-CEPEX que regulamenta
a Verificação do Rendimento Escolar nos Cursos de Graduação da Universidade
Federal do Piauí.

Avaliações
O aluno será avaliado conforme a seguir (três avaliações):

Avaliação Nº Atividade Pontos Máximos

AV 1 Artigo 1 1,0
Prova escrita 7,0
Total AV1 10,00
AV 2 Algoritmo Smith-Waterman 10,00
(implementação)
Total AV 2 10,00
AV 3 Artigo 2 1,5
Artigo 3 1,5
Prova escrita 7,0
Total AV 3 10,00
Exame Final Prova Escrita* 10,00
Total Exame Final 10,00

*Prova escrita da Final: Será permitida apenas para alunos que tenham obtido nota 7.0
ou superior na Etapa II (Desenvolvimento do Algoritmo Smith Waterman). Caso o
aluno não tenha sido aprovado na etapa II, precisará entregar o algoritmo para que
possa fazer o exame final (prova escrita).

Requisitos para aprovação

Será aprovado na disciplina o aluno que:
• Obtiver frequência igual ou superior a 75% da carga horária da disciplina;
• Alcançar média aritmética nas três avaliações maior ou igual a 7,0 (sete) ou
média aritmética igual ou superior a 6,0 (seis), resultante da média aritmética
das avaliações e da nota do exame final. Será reprovado e não poderá realizar
a prova final o aluno que obtiver média aritmética nas três avaliações inferior a
4,0 (quatro).

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Segunda chamada
O aluno que não comparecer às avaliações e/ou exame final terá o direito de
requerer a oportunidade de realizá-los em segunda chamada. Os alunos aptos
serão avisados pelo SIGAA acerca do local e hora do exame de segunda
chamada.
O candidato a exame de segunda chamada poderá requerê-lo por si, ou por
procurador legalmente constituído, ao professor da disciplina, através do
departamento responsável pela mesma, em um prazo de três dias úteis,
justificando através de documento o motivo da ausência. Sendo deferido o
processo, o aluno estará apto a realizar a segunda chamada
Recursos de Ensino
Serão utilizados no processo ensino-aprendizagem: Laboratório com Computadores,
Notebook e Datashow, quadro acrílico e pincel.
Bibliografia Básica
Gibas, C. & Jambeck, P. Desenvolvendo bioinformática. Editora Campus. 2001.
Mount, D.W. Bioinformatics: sequence and genome analysis. Cold Spring Harbor
Laboratory Press. 2001.
Setubal, J. & Meidanis, J. Introduction to computational molecular biology. PWS Publishing
Company. 1997.
Salzberg, S.L., Searls, D.B. & Kasif, S. (Eds). Computational methods in molecular biology.
Elsevier Science. 1998.
Chen, J., Sidhu, A.S., Biological database modeling. Artech House. 2008.
Sites recomendados pelo professor.
Artigos científicos de periódicos especializados.