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BIOLOGIA MOLECULAR

AULA 5 CDIGO GENTICO. BIOSSNTESE DE PROTENAS.


Luclia Parente
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CDIGO GENTICO
A relao entre a sequncia de bases no DNA a sequncia correspondente de aminocidos na protena, chamada de cdigo gentico. Este encontra-se na forma de triplets (trinucleotdeos) que so chamados de cdons. Um cdon uma sequncia de trs nucleotdeos que corresponde a um determinado aminocido. A descoberta da construo de cada cdon e o que ele especifica, levou vrios anos de estudo. Esses estudos baseavam-se em princpios j conhecidos:
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CDIGO GENTICO
- A informao gentica est no DNA (ncleo); - A sntese de protenas ocorre no citoplasma, dirigida pelo RNAm. A dvida era como a sequncia de nucleotdeos, presente no DNA e transmitida para o RNAm, era decodificada no citoplasma na forma de aminocidos. Por volta de 1955 havia duas hipteses: 1) George Gamow, propunha que a informao no DNA estaria sob a forma de cdigo;
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CDIGO GENTICO
2) Francis Crick, sugeria que haveria molculas adaptadoras que interagiriam com o RNAm e com os aminocidos, sendo, no mnimo, 20 adaptadores diferentes, um para cada aminocido. As duas hipteses estavam certas. Descobriu-se que a sequncia de nucleotdeos do DNA determina a sequncia de aminocidos de uma protena, de acordo com o cdigo gentico universal entre os organismos vivos. A molcula adaptadora proposta por Crick era o RNAt e que esse mediava a traduo do cdigo gentico.
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DECIFRANDO O CDIGO GENTICO


Os fatos de que o DNA possui 4 bases diferentes e de que existem 20 diferentes aminocidos indicavam que um grupo de nucleotdeos seria necessrio para especificar um determinado aminocido. Desse modo, deduziu-se que 3 nucleotdeos deveriam constituir 1 cdon; a utilizao de apenas 2 nucleotdeos produz apenas 16 combinaes diferentes, enquanto que a de 3 nucleotdeos resulta em 64 combinaes possveis. Brenner e Crick em 1961, demonstraram que o cdigo gentico era lido em triplets, embora eles no tivessem estabelecido que um triplet correspondia a um cdon.
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DECIFRANDO O CDIGO GENTICO


Em 1961 Nuremberg e Matthaei, comearam a determinar que combinaes de nucleotdeos determinavam quais aminocidos. Utilizando um sistema de sntese de protenas in vitro, eles demonstraram que uma sequncia sinttica de poli-uridilato-poli (U) levava sntese de poli fenilalanina. Dessa maneira, descobriram que o cdon UUU codificava fenilalanina. A partir da, outros pesquisadores comearam a realizar experimentos semelhantes, nas mais diferentes combinaes possveis, para serem determinados outros cdons. A descoberta de todo o cdigo gentico ocorreu em 1966.
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1 letra (5)

O CDIGO GENTICO
2 letra Os cdons so escritos na direo 53. A terceira base de cada cdon (em negrito) desempenha um papel menor na especificao de um aminocido que os dois primeiros. Os trs cdons de terminao so sombreadas em rosa O cdon AUG de iniciao em verde. Todos os aminocidos, exceto metionina e triptofano tm mais de um cdon. Na maioria dos casos, cdons que especificam o mesmo aminocido diferem apenas na terceira base.

CARACTERSTICAS DO CDIGO GENTICO


No processo de traduo, o RNAm lido a cada 3 nucleotdeos, cdon por cdon. A mediao entre os cdon no RNAm e os aminocidos que devem ser incorporados na protena feita pelo RNAt, j ligado a um determinado aminocido, atravs do anticdon. O anticdon uma sequncia de 3 nucleotdeos presente no RNAt e complementar ao cdon. Alguns RNAt com diferentes anticdons so ligados (ativados) a um mesmo aminocido e, consequentemente, diferentes podem codificar um mesmo aminocido.
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CARACTERSTICAS DO CDIGO GENTICO


Isso possvel porque o cdigo em forma de triplets, sendo o nmero de cdons (64) maior do que o de aminocidos (20). Esse fenmeno define uma das caractersticas do cdigo gentico: a degenerao, ou seja, um mesmo aminocido pode ser codificado por vrios cdons diferentes. Cdons que representam um mesmo aminocido so chamados de sinnimos. Excetuando-se metionina e triptofano, todos os outros aminocidos so representados por mais de um cdon.

CARACTERSTICAS DO CDIGO GENTICO


Na maioria dos casos, os vrios cdons que especificam um determinado aminocido diferem na sua terceira base. Diz-se que a degenerao parcial quando a terceira base pode ser uma das duas purinas ou uma das duas pirimidinas. Na degenerao total, qualquer uma das quatro bases pode estar presente na terceira posio. A degenerao do cdigo pode implicar, tambm, no apenas a existncia de mais de um RNAt para cada aminocido, mas que um determinado RNAt pode parear com mais de um cdon.

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CARACTERSTICAS DO CDIGO GENTICO


O pareamento com a terceira base do cdon menos rgido, devido prpria conformao da molcula de RNAt. Dessa maneira ocorre o que se chama de pareamento oscilante. O pareamento oscilante permitido aquele que mantm a distncia usual entre as riboses. Sendo assim, no possvel o pareamento entre duas purinas ou duas primidinas (distncias muito grandes e muito pequenas, respectivamente). Os pareamentos possveis esto na tabela a seguir:

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CARACTERSTICAS DO CDIGO GENTICO

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CARACTERSTICAS DO CDIGO GENTICO


Esse pareamento oscilante explica por que, para alguns aminocidos, encontrado um nmero de RNAt diferentes menor do que o nmero de cdons. Para cdons em ocorre degradao total na terceira posio, so necessrios, pelo menos, dois RNAt diferentes para cada aminocido. A degenerao do cdigo gentico, especialmente a variao na terceira base, explica a grande variao nas taxas de AT/GC, encontradas entre alguns organismos, sem uma correspondente variao nos aminocidos utilizados nas protenas.
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CARACTERSTICAS DO CDIGO GENTICO


Uma outra caracterstica do cdigo gentico a sua noambiguidade, isto , cada cdon corresponde a somente um aminocido.
Universalidade O cdigo gentico com raras excees o mesmo nos mais diversos organismos, desde as bactrias at o homem. Dentro da universalidade do cdigo gentico, h , ainda, um aspecto mais restrito que se refere aos cdons de iniciao e terminao.
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CARACTERSTICAS DO CDIGO GENTICO


O RNAm no traduzido do seu incio ao fim. A traduo comea e termina em pontos internos da molcula e esses pontos so determinados, em parte, pelos cdons de iniciao e terminao. O cdon AUG um dos sinais que determina o incio da sntese de protena, sendo, a metionina o primeiro aminocido a ser incorporado em todas as protenas de procariotos e eucariotos. Eventualmente, o cdon GUG pode ser utilizado, em E. coli, como cdon de iniciao.
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ESTRUTURA DO tRNA
Cada molcula de tRNA relativamente pequena, com cerda de 80 nucleotdeos, e sua fita-nica dobra-se sobre si mesma; Em cada clula h mais do que 60 tipos diferentes de molculas de tRNA, pelo menos um tipo para cada um dos aminocidos presentes nas protenas; Cada molcula de tRNA tem dois importantes stios de ligao. Um desses stios, o anticdon, corresponde a uma sequncia de trs nucleotdeos que ir se ligar a um cdon de uma molcula de mRNA;

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ESTRUTURA DO tRNA
O outro stio na extremidade 3 da molcula responsvel pela ligao do tRNA a um aminocido particular; A molcula de tRNA ligada ao seu aminocido correspondente denominada tRNA-aminoacil. Essa ligao catalisada por enzimas conhecidas como tRNA-aminoacil sintases; Essas enzimas que utilizam a energia liberada pela hidrlise de ATP, determinam o tipo de aminocido que se associar a cada tRNA. Existem duas caractersticas importantes presentes em todos os t-RNA:
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ESTRUTURA DO tRNA
1. So capazes de representar somente um aminocido, ligandose covalentemente a ele; 2. Contm uma sequncia de trinucleotdeos, o anticdon, que complementar ao cdon do mRNA e que representa o aminocido.

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ESTRUTURA DO tRNA
Est associado aos ribossomos, que so grandes complexos formados por molculas de RNA e protenas; Do ponto de vista funcional so mquinas de sintetizar protenas aos quais molculas de tRNA ligam-se obedecendo ordem precisa contida nas molculas de mRNA; nos ribossomos que ocorre a leitura cuidadosa da mensagem gentica no RNA; Os ribossomos possuem duas subunidades, uma grande e outra pequena, cada uma delas composta por molculas especficas de RNA e protenas;

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ESTRUTURA DO RIBOSSOMO
Na subunidade menor localiza-se o stio de ligao no mRNA. A subunidade maior possui trs stios de ligao para tRNA: stio A (Aminoacil); o stio P (peptidil), onde se instala o tRNA que est associado cadeia polipeptdica em crescimento; e stio E (sada), local onde os tRNAs deixam os ribossomos aps se haverem liberado dos aminocidos que estavam associados.

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ESTRUTURA DO RIBOSSOMO

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RNA Mensageiro Traduzido em Protenas


A sntese de protenas conhecida como traduo, pois ela envolve a transferncia de informaes de uma linguagem (sequncia de nucleotdeos) para outra (sequencia de aminocidos); As principais etapas na traduo so a INICIAO, a ELONGAO da cadeia polipeptdica e a TERMINAO da cadeia.

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PAREAMENTO ENTRE rRNA e mRNA


Para que a sntese de protenas inicie, necessrio que ocorra uma ligao entre o mRNA e o ribossomo. O tamanho dessas sequncias do mRNA que so recobertas pelos ribossomos, denominadas de stio de ligao dos ribossomos (RBS), pode variar de 35 a 40 nucleotdeos. O RBS apresenta duas caractersticas principais: 1) O cdon de iniciao AUG (raramente GUG ou UUG) est sempre contido na sua sequncia; 2) Possui uma sequncia de nucleotdeos parcialmente complementar a uma regio 3 do rRNA. Essa sequncia denominada de RBS ou de sequncia de Shine-Dalgarno.
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ETAPAS DA SNTESE DE PROTENAS


Durante a sntese de protenas, os ribossomos deslocam-se ao longo do mRNA, possibilitando um pareamento entre esses e o tRNA que carregam os diferentes aminocidos que iro compor as protenas. Os ribossomos deslocam-se no mRNA na direo 5 3, sintetizando a protena no sentido amino-terminal para carboxil-terminal. Uma mesma molcula de mRNA traduzida simultaneamente, por diferentes ribossomos. O stio A e P nos ribossomos so ocupados por diferentes tRNA durante o processo de traduo.
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ETAPAS DA SNTESE DE PROTENAS


O stio A expe o triplet correspondente ao aminocido que dever ser adicionado, sendo ocupado pelo aminoacil-tRNA contendo o anticdon correspondente. No stio P, est localizado tRNA correspondente ao cdon anterior, e ficar ocupado pelo tRNA, carregando a cadeia polipeptdica em formao (peptidil-tRNA). A sntese de protenas dividida em 3 etapas: 1) INCIO Inicia-se com a adio do primeiro aminocido da protena, sendo necessria a formao do complexo de iniciao entre o ribossomo e o primeiro aminoacil-tRNA.
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ETAPAS DA SNTESE DE PROTENAS


O complexo de iniciao dependente das subunidades separadas 30S e 50S, sendo formado pelos ribossomos intactos (70S). Essa reao ocorre em duas etapas: 1) Ligao da subunidade 30S no stio RBS do mRNA, formando o complexo de iniciao; 2) Formao do ribossomo completo pela adio da subunidade maior 50S. A ligao da subunidade 30S com o mRNA e o tRNA iniciador necessita de protenas auxiliares denominadas fatores de iniciao (IF).
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RBS
IF IF

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ETAPAS DA SNTESE DE PROTENAS


Esses fatores de iniciao esto envolvidos somente na formao do complexo de iniciao, sendo dissociados durante a formao do ribossomo completo.

2) ALONGAMENTO E TRANSLOCAO O alongamento da cadeia polipeptdica inclui todos os processos, desde a ligao dos primeiros aminocidos at a adio do ltimo aminocido peptdico. Os aminocidos so adicionados isoladamente, sendo a fase que ocorre mais rapidamente durante a sntese.
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ETAPAS DA SNTESE DE PROTENAS


Aps a formao do ribossomo completo (70S) no cdon de iniciao, o processo dever ocorrer de forma cclica, sendo os aminoacil-tRNAs adicionados no stio A e o peptdeo localizado no stio P. A apresentao dos aminoacil-tRNAs no stio A depende de m fator de alongamento (EF-Tu), que possui afinidade por todos os tRNAs ativados. Esse fator de alongamento no capaz de se ligar ao tRNA iniciador. A ligao depende da energia fornecida pelo GTP. Aps a adio do aminoacil-tRNA no stio A e a formao do pareamento cdon-anticdon, o EF-Tu liberado com gasto de 30 GTP (EF-Tu-GDP).

ETAPAS DA SNTESE DE PROTENAS


Esse fator (EF-Tu-GDP) no capaz de ligar-se aos tRNAs e necessita ser regenerado sua forma ativa. Um outro EF-Ts se liga em EF-Tu-GDP originando a forma ativa. Durante o processo de sntese de protenas, o ribossomo permanece parado, permitindo que o peptdeo formado, ligado ao tRNA localizado no stio P, seja transferido para o aminoaciltRNA no stio A. A atividade enzimtica responsvel pela ligao peptdica denominada peptidil-trasnsferase, localizada na subunidade maior.
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ETAPAS DA SNTESE DE PROTENAS


Aps a formao da ligao peptdica, o tRNA (sem aminocido) permanece ligado ao stio P e o peptidil-tRNA ao stio A. O ribossomo realiza m movimento de translocao. Com a translocao ocorrem trs efeitos: 1) O tRNA no carregado liberado do stio A; 2) O peptidil-tRNA move-se do stio A para o stio P; 3) Um novo triplet exposto no stio A. Dessa forma o stio A est preparado para receber o aminoacil-tRNA contendo anticdon correspondente, dando continuidade a sntese proteica.

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ETAPAS DA SNTESE DE PROTENAS


3) TERMINAO O fim da sntese de protenas ocorre pelo aparecimento, no stio A, de triplets especficos de terminao (UAG, UAA e UGA). O reconhecimento desses cdons realizado por protenas e no por molculas de tRNA, diferente do que acontece em outros cdons. O trmino da sntese de protenas ocorre com a localizao de um RF no stio A, a liberao do peptdeo do tRNA, a eliminao do tRNA do ribossomo e a dissociao das subunidades 30S 3 50S.
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