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RESUMO
A genmica comparativa e a biologia de sistemas oferecem oportunidades sem
precedentes para testar os princpios fundamentais da biologia evolutiva formulada por Darwin
em A Origem das Espcies, em 1859 e expandida na Sntese Moderna 100 anos mais
tarde. Os estudos da Genmicas-evolutiva mostram que a seleo natural apenas uma das
foras que moldam a evoluo do genoma e no quantitativamente dominante considerando
que os processos no-adaptativos so muito mais proeminente do que se suspeitava
anteriormente. As principais contribuies de transferncia de genes horizontal e diversos
elementos genticos egostas para a evoluo do genoma minam o conceito da rvore da
Vida. Uma adequada discrio da evoluo requer um conceito mais complexo de uma rede ou
"floresta" de vida. No h nenhuma tendncia consistente da evoluo para o aumento da
complexidade genmica, e quando a complexidade aumenta, esta parece ser uma
consequncia no adaptativa da evoluo sob seleo purificadora fraca, em vez de uma
adaptao. Vrios fundamentos universais da evoluo do genoma foram descobertos,
incluindo as distribuies invariantes das taxas evolutivas entre genes ortlogos de diversos
genomas e do tamanho da famlia de genes parlogos, e a correlao negativa entre o nvel de
expresso gnica e taxa de sequncia da evoluo. Simples modelos de evoluo noadaptativo explicam alguns destes fundamentos universais sugerindo que uma nova sntese da
biologia evolutiva pode se tornar vivel em um futuro no to distante.
INTRODUO
O livro A Origem das Espcies de Charles Darwin que apareceu em Londres em 1859
(1) foi o primeiro relato plausvel detalhado da evoluo biolgica j publicada, juntamente com
os contornos breves simultneos e independentes de Darwin e Alfred Russell Wallace
publicado no ano anterior (2-3). claro que Darwin no descobriu a evoluo e nem sequer
ofereceu a primeira descrio coerente da evoluo - sem dvida, essa honra pertence a JeanBaptiste Lamarck, cujo magnum opus Philosophie Zoologique (4) foi, estranhamente,
publicado no ano do nascimento de Darwin. No entanto, a imagem da evoluo de Lamarck
baseou-se em um impulso inato de organismos evoluindo rumo perfeio, uma ideia que no
pode ser aceitvel para uma mente racionalista. Alm disso, Lamarck no proclamar o carter
universal da evoluo: ele postulou mltiplos atos de criao, aparentemente, um para cada
espcie. Darwin foi o primeiro a apresentar um retrato racional, mecanicista, e sem dvida,
magnfico da origem de toda a diversidade de formas de vida 'de um comeo to simples',
provavelmente, a partir de um nico ancestral comum (1). A viso de Darwin da evoluo da
vida era suficientemente completa e poderosa para conquistar, ou, pelo menos, afetar
profundamente as mentes dos maiores biologistas (e cientistas em geral, e o pblico culto em
geral), de modo que todas as pesquisas em biologia durante os ltimos 150 anos se
desenvolveu dentro da estrutura estabelecida pela Origem (mesmo quando em oposio s
ideias de Darwin).
A viso de Darwin no tinha a base essencial em gentica porque os mecanismos da
hereditariedade eram desconhecidos em seus dias (o trabalho de Mendel passou
despercebido, ao passo que as prprias ideias de Darwin nesta rea foram menos produtivas).
A base gentica da evoluo foi estabelecida aps a redescoberta das leis de Mendel, com o
desenvolvimento da gentica populacional no primeiro tero do sculo 20, principalmente,
atravs do trabalho pioneiro de Fisher, Wright e Haldane (5-7). O novo entendimento avanado
da evoluo, informado pelo trabalho terico e experimental em gentica, foi consolidado na
Sntese Moderna da biologia evolutiva, geralmente, associado com os nomes de Dobzhansky,
Julius Huxley, Mayr e Simpson (8-11). Aparentemente, a Sntese Moderna (neo- Darwinismo)
aprovou a sua forma madura durante a celebrao do centenrio da origem em Chicago em
1959 (12-14).
Agora, 50 anos aps a consolidao da Sntese Moderna, a biologia evolutiva, sem
dvida, enfrenta um novo desafio importante e, ao mesmo tempo, a perspectiva de um novo
avano conceitual (15). Se a Sntese Moderna pode ser sucintamente descrita como
darwinismo Luz de Gentica (muitas vezes referida como neo-darwinismo), ento, a nova
fase Biologia Evolutiva luz da Genmica. Neste artigo, vou tentar descrever as alteraes
ocorridas nos princpios bsicos da biologia evolutiva trazidas pela genmica comparativa e
funcional e argumentar que, em muitos aspectos, a fase genmica poderia ser uma sada mais
radical do neo-darwinismo que o ltimo foi do darwinismo clssico. Claro que, para isso,
necessrio primeiro recapitular os principais conceitos da evoluo proposta por Darwin e
alterados pelos arquitetos da Sntese Moderna. No resto do artigo, eu voltarei para cada um
destes pontos.
(i)
Sem direo, a variao aleatria o principal processo que fornece o
material para a evoluo. Darwin foi o primeiro a propor o acaso como fator
importante na histria de vida, e sem dvida, essa foi uma das suas maiores
ideias.
(ii) A evoluo prossegue por fixao das raras variaes benficas e
eliminao das variaes deletrias: este o processo de seleo natural que,
juntamente com a variao ao acaso, a principal fora motriz da evoluo
segundo Darwin e a Sntese Moderna. A seleo natural, que , obviamente,
semelhante ao e inspirado pela "mo invisvel" (do mercado), que governou a
economia de acordo com Adam Smith, foi o primeiro mecanismo de evoluo j
proposto que era simples, plausvel, e no requeria nenhuma misteriosa tendncia
inata. Como tal, esta foi a segunda viso fundamental de Darwin. Os fundadores
da gentica de populaes, em particular, Sewall Wright, enfatizou que o acaso
poderia desempenhar um papel importante na fixao de mudanas durante a
evoluo, no s em seu surgimento, via o fenmeno da deriva gentica, que
implica a fixao aleatria de mudanas neutras ou at mesmo prejudicial. A teoria
de populao gentica indica que o desvio particularmente importante em
pequenas populaes que passam por pontos de estrangulamento (6,16). No
entanto, a sntese moderna, na sua forma "endurecida" (13), de forma eficaz,
rejeitada a deriva como uma fora evolutiva importante, e aderente a um modelo
puramente adaptacionista da evoluo (17). Este modelo leva inevitavelmente ao
conceito de "progresso", a melhoria gradual de "rgos" durante a evoluo, uma
ideia que Darwin aprovou como uma tendncia geral, apesar de seu claro
entendimento de que os organismos so menos do que perfeitamente adaptado,
como notavelmente exemplificado por rgos rudimentares, e, apesar de sua
averso a qualquer aparncia de uma inata procura pela perfeio da turma
lamarckiana.
(iii) As mudanas benficas que so corrigidas pela seleo natural so
"infinitamente" pequenas, de modo que a evoluo prossegue, atravs do acmulo
gradual desses pequenas modificaes. Darwin insistiu em rigoroso gradualismo
como numa referncia essencial da sua teoria: "A seleo natural s pode agir pela
preservao e acumulao de infinitamente pequenas modificaes hereditrias,
cada uma rentvel ao ser preservada. . . Se pudesse ser demonstrado que existiu
algum rgo complexo que no poderia ter sido formado por numerosas,
sucessivas e ligeiras modificaes, minha teoria seria absolutamente quebrar. '[(1),
captulo 6]. Mesmo alguns contemporneos de Darwin acreditava que era uma
estenose desnecessrio na teoria. Em particular, as objees iniciais de Thomas
Huxley so bem conhecidos: mesmo antes da publicao da Origem Huxley
escreveu a Darwin'' Voc tem carregado a si mesmo com uma dificuldade
desnecessria na adoo da Natureza no faz salto to incondicionalmente
(18).
(iv) Um aspecto da biologia evolutiva clssica que est relacionada, mas
no idntica aos princpios do gradualismo a uniformitarianismo (absorvido por
Darwin a partir da Geologia de Lyell), isto , a crena de que os processos
evolutivos permaneceram, essencialmente, os mesmos ao longo da histria de
vida.
(v) A evoluo da vida pode ser apresentada como uma "grande rvore",
como simbolizada pela simples, famosa ilustrao da Origem [(1), captulo 4].
(vi) Um conceito corolrio da nica rvore da vida (TOL) que, no entanto,
merece o status de um princpio separado: toda a diversidade existente de formas
de vida evoluram a partir de um nico ancestral comum [ou muito poucas formas
ancestrais, sob a frmula cautelosa de Darwin (1) , captulo 14], que mais tarde foi
apelidado de ltima Universal comum (Cellular) Ancestral (LUCA) (19).
foram corrigidas no curso da evoluo so seletivamente neutras de modo que a fixao ocorre
atravs de deriva aleatria. Um corolrio dessa teoria que as sequncias de genes evoluem
de aproximadamente relgio de maneira semelhante (em apoio hiptese de relgio molecular
original do Zuckerkandl e Pauling), enquanto que mutaes benficas episdicas sujeitas
seleo natural so suficientemente raras para ser desconsideradas com segurana por uma
descrio quantitativa do processo evolutivo. Naturalmente, a teoria neutra no deve ser
tomada para significar que a seleo no importante para a evoluo. O que mantm
efetivamente a teoria que o modo dominante de seleo no a seleo positiva Darwiniana
de mutaes adaptativas, mas a estabilizao ou seleo purificadora que elimina as mutaes
deletrias, enquanto que permite a fixao de mutaes neutras por deriva (17).
Estudos subsequentes refinou a teoria e fez-se mais realista, que, para ser fixada, uma
mutao no precisa ser literalmente neutra, mas apenas precisa exercer um efeito deletrio
que seja suficientemente pequeno para escapar da eliminao eficiente atravs da seleo
purificadora da moderna teoria 'quase neutras' (38). Quais mutaes so "vistas" pela seleo
purificadora como deletria depende criticamente do tamanho das populaes eficazes: em
pequenas populaes, a trao pode corrigir mutaes mesmo com um efeito deletrio
significativo (16). O principal teste emprico da teoria (quase) neutra vem de medies da
constncia das taxas evolutivas em famlias de genes. Embora tenha sido observado
repetidamente que o relgio molecular significativamente sobre-dispersa (39,40), esses
testes sugerem fortemente que a frao de mutaes neutras entre as amostras fixadas , de
fato, substancial (36). A teoria (quase) neutra um importante ponto de partida a partir do
paradigma selecionista da Sntese Moderna, uma vez que postula explicitamente que a maioria
das mutaes fixadas durante a evoluo no so afetados por seleo (positivo) darwiniana
(Darwin parece ter pressagiava o paradigma neutralista observando que seletivamente
caracteres neutros serviria melhor para fins de classificao (1), no entanto, ele no entrou em
detalhes sobre essa idia, e ele no se tornou parte da Sntese Moderna).
Importante, nas elaboraes posteriores da teoria neutra, Kimura e outros perceberam
que as mutaes que foram (quase) neutras, no momento da fixao no foram indiferentes
evoluo. Pelo contrrio, essas mutaes consistiram-se no conjunto de variao que poderia
ser explorado pela seleo natural em condies mudadas, um fenmeno que poderia ser
potencialmente importante para a macroevoluo (17,41).
ADN genmico deve ser considerado refugo (lixo). Este ponto de vista do genoma difere
radicalmente da imagem implicada pelo paradigma selecionista sob o qual a maioria, se no
todos os nucleotdeos no genoma seriam afetados pela (ou um purificador de positivo) seleo,
atuando ao nvel do organismo.
Um desenvolvimento importante conceitualmente foi a descoberta, em primeiro lugar em
plantas por McClintock, na dcada de 1940 (47), e, subsequentemente, em animais (48), de
"genes saltadores ', mais tarde conhecida como elementos mveis, isto , os elementos
genticos que eram propensos frequentemente a alterar a sua posio no genoma. A
demonstrao da ubiquidade dos elementos mveis sugeriu a imagem de genomas altamente
dinmicos, em constante mutao do genoma mesmo antes do advento da genmica
modernos (49,50).
Evoluo por duplicao de genes e do genoma
O princpio central de Darwin, a insistncia gradual de mudanas infinitesimais como o
nico material da evoluo, foi contestada pelo conceito de evoluo por duplicao de genes,
que foi desenvolvida por Ohno em seu clssico livro de 1970 (51). A ideia de que a duplicao
de partes de cromossomos pode contribuir para a evoluo remonta a alguns dos fundadores
da gentica moderna, em particular Fisher (52), mas Ohno foi o primeiro a propor que a
duplicao de genes foi fundamental para a evoluo dos genomas e dos organismos e apoiou
esta proposio por uma teoria qualitativa. A partir da evidncia da duplicao precoce de um
genoma inteiro na evoluo dos cordados , Ohno sups que a duplicao do gene pode ser
importante, se no o principal, o caminho para o desenvolvimento de novas funes biolgicas,
porque aps um duplicao umas cpias de genes estariam livres das restries impostas pela
seleo purificadora, e teriam o potencial de desenvolver uma nova funo (um fenmeno mais
tarde nomeado neofuncionalizao). Claramente, o surgimento de um novo gene como
resultado de uma duplicao, e quanto mais a duplicao de uma regio genmica, incluindo
mltiplos genes ou a duplicao do genoma inteiro, esto longe de serem as mudanas
"infinitesimais", e se tais eventos maiores so realmente importantes para a evoluo, o
paradigma gradualista entra em perigo.
Tmpanos, exaptao*, ajustes e a deficincia do paradigma panglossiano da evoluo
Uma espirituosa, crtica radical do programa adaptacionista da biologia evolutiva foi
montado por Gould e Lewontin nos famosos papeis de "Tmpanos das San Marco (53). Gould
e Lewontin sarcasticamente descreveram a viso de mundo adaptacionista como o paradigma
panglossiano, depois que o personagem notrio em Cndido de Voltaire, que insistiu em que
"tudo era o melhor neste melhor de todos os mundos" (mesmo as grandes catstrofes). Gould
e Lewontin enfatizaram que, ao invs de inventar s pressas "apenas assim histrias' de
adaptaes plausveis, bilogos evolucionistas deveriam buscar explicaes sobre as
caractersticas observadas de organizao biolgica sob uma abordagem pluralista que leva
em conta no s a seleo, mas tambm limitaes intrnsecas, deriva aleatria e outros
fatores. A metfora do tmpano sustenta que muitos elementos funcionalmente importantes de
organizao biolgica no evoluram como dispositivos especficos para desempenhar suas
funes atuais mas antes so produtos de restries arquitetnicas no-adaptativos - muito
como tmpanos que inevitavelmente aparecem em arcos de catedrais e outros edifcios, e pode
ser utilizado para vrias funes, como elementos-chave de habitao do adorno imaginrio da
catedral. Ao processo de utilizao de tmpanos para as funes biolgicas foi dado o nome
especial de exaptao proposto por Gould como uma importante via de evoluo (54).
Em uma ainda mais cedo, o desenvolvimento conceitual relacionado, Jacob promoveu a
metfora da evoluo como ajustes (55). O argumento de Jacob, com base, principalmente,
dos resultados da anlise comparativa dos mecanismos de desenvolvimento, que a evoluo
no atua como um engenheiro ou designer, mas sim como um funileiro que fortemente
dependente de imprevistos anteriores para resolver os problemas pendentes e cujas aes
so, portanto, imprevisvel e inexplicvel sem o conhecimento detalhado da evoluo anterior.
A evoluo no mundo dos micro-organismos e vrus
Talvez, o desenvolvimento em biologia que teve o mais profundo efeito sobre as
mudanas em nossa compreenso da evoluo foi extenso da investigao evolutiva no
uma adaptao
biolgica que
no evoluiu dirigida
principalmente
por presses
seletivas relacionada
sua funo atual.
Em vez disso evoluiu
por
presses
seletivas diferentes
relacionadas a uma
adaptao
para
outras funes, at
que eventualmente
chegou a um estado
ou construo em
que veio a ser
utilizada para uma
nova funo.
complexidade gentica, pelo menos, ao mais simples dos procariontes modernos de vida livre
(88,93). Do ponto de vista da biologia evolutiva, parece que as sequncias de muitos genes
que codificam as funes celulares essenciais, especialmente, traduo, transcrio,
replicao e vias metablicas centrais, esto sujeitos a forte seleo purificadora que
permaneceu no local por intervalos de tempo prolongado, em muitas ocasies, durante todos
os 3,5 bilhes de ano da histria da vida celular.
Surpreendentemente, no apenas a sequncia e a estrutura das protenas codificadas,
mas tambm as caractersticas da arquitetura dos genes que no so, necessariamente,
diretamente relevantes para a funo do gene que so altamente conservadas atravs de
longos perodos de histria de vida. Em particular, as posies de uma grande frao de
ntrons esto conservadas mesmo entre os mais distantes genomas de eucariotas ricos em
ntron (conservao de 25-30% em ortlogos de plantas e cordados) (94-96), e a grande
maioria das posies dos ntrons so compartilhadas por mamferos e animais basais, como
Trichoplax e a anmona do mar (84,86).
A conservao impressionante de sequncias e estruturas de genes contrape a fluidez
da composio gentica de genomas de todas as formas de vida que revelada pela
genmica comparativa e a reconstruo evolutiva. Os (quase) genes universais compem uma
minscula frao do universo inteiro de gene: no total, este ncleo central da vida celular
composto por, no mximo, 70 genes, isto , no mais de 10% dos genes mesmo no menor dos
genomas das formas de vida celulares, mas normalmente, mais prximos de 1% dos genes ou
menos (90,97,98). Embora em cada genoma individual, a maioria dos genes pertence a uma
conservada gentica moderadamente "concha", que partilhada com organismos
distantemente relacionados, dentro de todo o universo de genes, os genes do ncleo e concha
(ou, mais precisamente, conjuntos de genes ortlogos) so uma pequena minoria (83). Dada
esta estrutura distinta do universo do gene, reconstrues evolutivas inevitavelmente produzem
uma imagem dinmica da evoluo do genoma, com numerosos genes perdidos e muitos
outros obtidos atravs de HGT (na maior parte, em procariotas) e duplicao de genes (ver
abaixo).
Mesmo em maior medida do que a composio gentica dos genomas, a arquitetura do
genoma, que o arranjo dos genes de um genoma, mostra instabilidade evolutiva em
comparao com sequncias de genes (99). Com a exceo da organizao de pequenos
grupos de genes funcionalmente relacionados em operons que so, em alguns casos,
partilhadas por bactrias e archaea distantemente relacionadas, em parte, provavelmente,
devido a uma extensa HGT (ver a seguir), no , geralmente, relativamente pouco conservao
da ordem dos genes mesmo entre organismos estreitamente relacionados (100.101). Em
particular, em procariotas, a conservao de longo alcance da ordem do gene desaparece
completamente, mesmo em alguns grupos de genomas muito afins que retm quase uma-auma correspondncia de genes ortlogos e mais de 99% de identidade significativa de
sequncia entre protenas ortlogas (75). Assim, em procariontes, a organizao dos genes
para alm do nvel de operons , principalmente, determinada pelo grande embaralhamento
aleatrio, em particular, atravs de inverses centradas na origem da replicao (75102103).
Eucariontes mostram uma conservao um pouco maior de longo alcance a sintenia genmica
mas, mesmo nesse caso, h poucos elementos comuns da arquitetura do genoma entre, por
exemplo, diferentes filos animais, e nenhuma entre todos os diferentes reinos (99).
A variabilidade das arquiteturas genmicas apresenta um dilema interessante para os
bilogos evolucionistas: os organismos possuem arquiteturas genmicas exclusivos que so
especificamente adaptados para satisfazer as demandas funcionais originais dos respectivos
organismos, ou a evoluo da arquitetura do genoma um processo principalmente neutro?
Embora o agrupamento local dos genes funcionalmente relacionados e outros padres
sugestivos de co-expresso gentica funcionalmente relevantes foram observados
repetidamente, essas tendncias so relativamente fracas e de nenhuma maneira ubqua
(104.105). Assim, o fator dominante na evoluo da arquitetura do genoma parece ser o
rearranjo aleatrio, no adaptativa, em vez de uma seleo purificador ou positiva.
Figura 1. Duas vises da histria de vida para substituir a rvore da vida. (A) O "TOL
como uma tendncia central" do modelo. A histria de vida representado como uma rvore,
com linhas de conexo entre os ramos que retratam trapzios HGT e sombreada
representando as fases de comprimido cladognese (276). A origem dos eucariotos
representado de acordo com a hiptese archezoan em que o hospedeiro do endosimbiontes
mitocondrial era um proto-eucariotas (archezoan). Um ltimo ancestral celular comum universal
(LUCA) est previsto. (B) O modelo de 'Big Bang'. A histria de vida representada como uma
sucesso de fases de rvores como acompanhado por HGT e no como rvore, Big Bang
fases. Linhas de conexo entre os galhos de rvores retratam HGT e trapzios coloridas
retratam estrondo fases grandes (151). A origem dos eucariotos representada de acordo com
o modelo simbiognese em que o hospedeiro da endosymbiontica mitocondrial foi um
archaeon. A Estado pr-celular ltimo Ancestral Universal Comum (LUCAS) est previsto. Ar,
archaeon (hospedeiro da mitocndria na alnea b), AZ, archezoan (hospedeiro da mitocndria
em a), BB, Big Bang, C, cloroplasto, CC, comprimido cladognese, M, mitocndria.
Metagenmica, o mundo em expanso de replicons egostas e fuso de replicon
A metagenmica uma nova direo da pesquisa genmica que defende (em geral,
parcial, nesta fase) o sequenciamento dos genomas de todas as formas de vida que se
desenvolvem em um determinado habitat. Embora seja um campo novo, a metagenmica pode
j reivindicar grandes avanos na caracterizao da diversidade bacteriana de uma variedade
de ambientes, em particular, aqueles nos oceanos (152-154). A direo que eu gostaria de
enfatizar como sendo de particular importncia conceitual para a biologia evolutiva
metagenmica de vrus (155). A concluso surpreendente de vrios estudos metagenmicos
virais que, pelo menos, em alguns, especialmente, de habitats marinhos, os vrus
(bacterifagos) so entidades biolgicas mais abundantes, com o nmero de partculas virais
excedendo por ordem de magnitude o nmero de clulas (156,157). Embora genomas virais
sejam pequenos em comparao com os genomas das formas de vida celulares, estes
resultados indicam que a metagenmica de genomas virais incluem uma grande parte do
universo gentico que , pelo menos, comparvel em tamanho com a parte tomada por
genomas dos organismos celulares. Alm disso, dado que, nos vrus com grandes genomas,
uma frao substancial de genes no possuem homlogos detectveis em bancos de dados de
sequncias atuais (158-160), parece mais provvel que os vrus abranjam a maior parte da
diversidade gentica do planeta. Estes resultados repercutem com a alta prevalncia de vrias
classes de elementos mveis dentro dos genomas de muitos organismos celulares. De facto,
em genomas de mamferos, sequncias derivadas a partir de elementos celulares,
principalmente, retrotransposes (SINEs e LINEs) parecem constituir, pelo menos, 40% do
ADN genmico (161).
Vrus e outros replicons egostas (definidos como elementos genticos que no
codificam um sistema completo de traduo), tais como diversos plasmdeos e transposons,
compreendem um conjunto gentico interligado que tambm conhecido como o mobilome, o
virosphere ou o mundo dos vrus (76.162 - 164). A identidade do mundo dos vrus manifesta-se
na existncia de um conjunto de genes marcantes" que codificam protenas com funeschave na reproduo de elementos egostas (incluindo as protenas do capsdeo viral) e esto
presentes em elementos extremamente diversificados que se propagam em uma ampla
variedade de hospedeiros, mas no nas formas de vida celular. A existncia de um conjunto
distinto de genes marcantes, que inclui, entre outros, o RNA dependente de RNA e DNA
polimerase, enzimas de replicao que, provavelmente, antecedem os grandes genomas de
ADN, sugere fortemente que o mundo dos vrus coexiste com formas de vidas celulares ao
longo da sua histria, e possivelmente, mesmo se origina de um primordial conjunto de
elementos genticos pr-celulares (164).
Embora distintos, o mundo do vrus constantemente interage com o conjuto genmico
de formas de vida celulares, como ilustrado pelo movimento constante de genes entre
bacterifagos transdutores, plasmdeos e cromossomos bacterianos (83), ou pelo mtodo de
captura de genes celulares (proto-oncogenes) por retrovrus animais (165). As observaes
recentes da transferncia de genes mediada por bacterifago entre bactrias distantemente
relacionadas, mesmo sem propagao do fago no organismo receptor, sugerem que o fluxo de
genes mediado por replicons egostas poderia ser mais extensa do que at agora se suspeite
(166). importante ressaltar que partes dos elementos mveis so frequentemente recrutados
(exaptado) por genes hospedeiros como elementos reguladores (167,168) e, em alguns casos,
as partes de sequncias codificadoras de protenas (169). Casos individuais de exaptao de
genes completos de elementos mveis so tambm conhecidos como notavelmente
exemplificado pela evoluo do gene do ourio, um regulador chave do desenvolvimento
animal, a partir de um intein (170.171).
Todos os genomas de procariotas, sem exceo, contm traos de integrao de
mltiplos plasmdeos e fagos. Ainda mais revelador, que os genomas de arqueia
normalmente carregam vrias verses de um operon que codifica os principais componentes
da mquina de particionamento plasmdeo, e muitas vezes possuem mais de uma origem de
replicao (172). Assim, a fuso de distintos replicons parece ocorrer rotineiramente em
procariontes, e ao longo da evoluo, tal fuso pode ter sido um fator importante em definir a
observada arquitetura de cromossomos procariotas (83.173).
Em resumo, a genmica comparativa e a metagenmica revelam uma grande dinmica
mundial de replicons egostas interconectados que interage com os genomas de formas de
vida celulares e, ao longo de grandes extenses da evoluo, faz grandes contribuies para a
composio dos cromossomos. Em procariontes, a interao entre os cromossomos das
bactrias e Archaea e replicons egostas to intensa, e a distino entre cromossomos e
megaplasmdios turva, de tal forma que os cromossomos so, provavelmente, melhor vistos
como "ilhas" de relativa estabilidade no mar turbulento de elementos mveis (83). Em
eucariotos, principalmente, em formas multicelulares que evoluram a separao entre o
germinativa e a soma, a distino entre cromossomos e replicons egostas mais ntida. No
entanto, a mobilidade intragenmica de elementos transponveis egostas extensa e a
mobilidade intergenmica, pelo menos, dentro de uma espcie, realmente facilitada pelo
sexo, com rajadas de propagao dos elemento transponveis provavelmente marcando as
transies evolutivas (16). O papel central dos elementos mveis no genoma enfraquece ainda
mais a evoluo do conceito TOL, embora rvores filogenticas de genes marcantes
individuais possam ser altamente informativas para a reconstruo da evoluo dos prprios
elementos egostas (174,175).
A natureza e o incio das transies evolutivas do ltimo ancestral comum universal
A genmica comparativa justifica a conjectura de Darwin sobre a origem de todas as
formas de vida existentes a partir de um nico ancestral comum. Na verdade, as reconstrues
evolucionistas sugerem que centenas de genes conservados, muito provavelmente, remontam
a LUCA (88,89-91). Mais especificamente, estas reconstrues indicam que LUCA j possua
um completo sistema de traduo que no era drasticamente diferente das (pelo menos)
verses mais simples das mquinas modernas de traduo (isto , constituda por,
aproximadamente, 100 molculas de RNA e de protenas), assim como o sistema de
transcrio do ncleo e de vrias vias metablicas centrais, tais como a biossntese de
nucleotdeos de purina e pirimidina (90). No entanto, os conjuntos de genes atribudos a Luca
nestas reconstrues faltam certos componentes essenciais da maquinaria celular moderna.
Em particular, os componentes do ncleo da maquinaria de replicao de DNA no so
homloga (ou, pelo menos, no ortlogos) em bactrias, por um lado, e arqueobactrias e
eucariontes, por outro lado (176). Numa outra diviso ntida, os lpidos da membrana tm
estruturas distintas, e as enzimas da biognese de membrana so consequentemente no
homloga (no ortlogos) (177).
Estas grandes lacunas na reconstruo do conjunto de gene de LUCA apoia a ideia de
que diferentes sistemas celulares 'cristalizou' de forma assncrona e sugere "transies de
fase" nas primeiras fases de evoluo celular (151.178). Uma categoria de hipteses sustenta
que LUCA foi radicalmente diferente das clulas modernas, possivelmente, nem uma clula
absolutamente, mas sim um conjunto de elementos genticos que estratgias independente e
diversificada de replicao e expresso e pode ter povoado compartimentos inorgnicos como
os observados em fontes hidrotermais (179,180). Nestas situaes, os sistemas e membranas
dos tipos modernos de replicaes de DNA evoluram pelo menos duas vezes de forma
independente em dois domnios da vida (supondo uma origem symbiogentica para os
eucariontes). Neste caso, o prprio conceito de um LUCA distinto torna-se ambgua, e que
poderia ser mais apropriado falar de LUCAS, o ltimo Estado do Ancestral Universal Comum
(181). A classe alternativa de cenrios postula que LUCA era um tipo de clula-moderna tanto
~400 genes (~2,5%) que parecem ter experimentado seleo positivo em pelo menos um ramo
da rvore filogentica das espcies analisadas, sendo os valores para a maioria dos ramos
individuais serem muito pequenos (188). Estas estimativas, mas conservadoras mostram que,
pelo menos, em mamferos, a seleo positiva afetando toda a sequncia de gene bastante
rara, embora muitos genes que so, em geral, sujeitos a seleo purificadora so susceptveis
a incluir stios selecionados positivamente. A anlise detalhada de locais de codificao de
aminocidos em 12 genomas de Drosophila produziu resultados muito diferentes, o que sugere
que uma frao substancial e, talvez, a maioria das substituies de aminocidos so
acionados por seleo positiva, apesar dos efeitos benficos da maioria destas substituies
parecerem muito pequenas (189.190). Notavelmente, a distribuio dos stios selecionados
positivamente fortemente no aleatria entre as categorias funcionais de genes, com os
genes envolvidos na imunidade e outras funes de defesa, reproduo, e percepo sensorial
sendo particularmente sensvel a seleo positiva; esta distribuio parece ser estvel entre
animais amplamente diferentes, incluindo mamferos, moscas e nematoides (188189191).
Uma pergunta urgente em estudos evolutivos de todo o genoma, especialmente, para os
mamferos com seus enormes genomas, que frao do DNA no-codificante 'realmente'
lixo, e quanto est sujeita a limitaes funcionais ainda desconhecidas. A possibilidade de que,
apesar da falta de conservao evolutiva detectvel, uma fraco grande se no a maior parte
do DNA humano , na verdade, importante funcionalmente e mantido consequentemente por
seleo est frequentemente sendo discutido, especialmente, luz das demonstraes que
uma frao muito grande do genoma transcrita (192-194). Alm disso, uma fraco
considervel do DNA "lixo" pode estar envolvido em papis funcionais que implicam apenas na
conservao da sequncia limitada, mas, no entanto, so importantes, em particular, para as
manutenes e remodelaes da estrutura de cromatina tais como as regies de ligao ao
esqueleto / matriz (RAE / MARS) (197.198). No entanto, uma anlise recente da distribuio da
insero e deleo de grandes genoma (em comparaes de genomas de humano, rato e co)
sugere que apenas ~3% do DNA humano eucromatina sob constrangimentos seletivos (199).
Dado que as sequncias codificantes de protena compreendem apenas ~1,2% da
eucromatina, estes resultados indicam que a maioria das sequncias de ADN funcionalmente
importantes em mamferos no codificam protenas, mas tambm reivindica as primeiras
conjecturas de que a maior parte do genoma humano no funcional que , afinal, lixo (45,46).
Claro, deve-se ter em mente que qualquer definio de lixo condicional na qual o lixo de
ontem amanh pode ser recrutado para um papel funcional. Em contraste, as comparaes de
inter-espcies da regies genmicas no-codificantes em Drosophila indicam que a maioria
(70% ou mais dos nucletidos) dessas sequncias evoluram sob constrangimentos seletivos, e
uma frao significativa (superior a 20%) parece ser afetada pela seleo positiva (200-202).
Certamente, esses estudos so baseados em diferentes hipteses simplificadoras (que no
pode ser discutida em detalhe), ento a concluso sobre as principais diferenas em regimes
seletivos entre as diferentes linhagens devem ser avaliadas com cautela e est sujeita a uma
validao adicional. No entanto, o simples facto de que os organismos com tamanhos
comparveis dos conjuntos de genes e nveis de complexidade organizacional, tais como
insetos, por um lado, e mamferos, por outro lado, que diferem to dramaticamente em termos
de densidade e quantidade de genes do evidente "lixo" genmico (Figura 2), sugerem que os
seus genomas evoluram sob diferentes presses seletivas.
O estudo da interao entre os processos neutros, seleo de purificao e seleo
positiva ainda est em seus estgios iniciais. A coleo de conjuntos de genomas
estreitamente relacionados de taxa diversos que essencial para esta anlise pequena
atualmente, embora esteja rapidamente crescendo, e os mtodos para discriminar os
diferentes modos de evoluo ainda esto em desenvolvimento ativo. No entanto, mesmo os
resultados j disponveis tornam claro que a contribuio de cada um destes fatores
altamente varivel entre os organismos, dependendo do tamanho efetivo da populao, das
caractersticas taxas de mutao e recombinao e, provavelmente, de outros fatores que
ainda no foram elucidados.
Duplicao de gene e genoma: a principal via de inovao genmica
A anlise dos inmeros genomas sequenciados deu razo viso da duplicao de
genes de Ohno como um mecanismo evolutivo importante (51), talvez, at mesmo em maior
medida do que o autor do conceito poderia antecipar. A maioria dos genes, na maioria dos
Ao nvel dos conceitos gerais da biologia evolutiva com a qual eu estou aqui
principalmente em questo, os estudos genmicos sobre a duplicao dos genes levam a, pelo
menos, duas generalizaes substanciais. Em primeiro lugar, a demonstrao do significado
evolutivo primrio de duplicaes, incluindo duplicaes de regies do genoma de grande porte
e de genomas inteiros, uma sentena de morte virtual para o gradualismo darwiniano: mesmo
uma nica duplicao de genes dificilmente se qualifica como uma infinitamente pequena
variao enquanto WGD qualifica-se como um evento saltatrio fidedigno. Em segundo lugar, a
supremacia da duplicao de genes com a posterior diversificao (por vezes, rpida) dos
parlogos, como a rota de origem de genes novos refora a metfora da evoluo como um
funileiro: a evoluo tende claramente para gerar novos dispositivos funcionais por mexer com
os antigos depois fazendo uma cpia de segurana em vez de criar novidade a partir do zero.
Surgimento e evoluo da complexidade genmica: o paradigma no-seletivo e a falcia
do progresso evolutivo
Sem dvida, eucariontes multicelulares, como animais e plantas, so caracterizados por
uma bem maior complexidade organizacional do que formas de vida unicelulares, e no esprito
da sntese moderna, essa complexidade geralmente vista como um resultado de inmeras
mudanas adaptativas impulsionadas pela seleo natural, e, sendo assim considerado, pode
ser visto como uma manifestao de "progresso" na evoluo. A correspondncia entre a
complexidade organizacional e a complexidade genmica uma questo em aberto, em parte,
porque a complexidade genmica no fcil de definir. Uma definio simples e plausvel pode
ser o nmero de nucleotdeos que carregam a informao funcionalmente relevante, isto , so
afetados pela seleo (229.230). Sob esta definio, os genomas de eucariotas multicelulares,
claro, so muito mais complexos do que os genomas de formas unicelulares, e este nmero
mais elevado de complexidade genmica se traduz em complexidade funcional tambm.
Um exemplo notvel no ponto de splicing alternativo, que um dispositivo funcional
fundamental em organismos complexos, como mamferos, onde ele cria vrias vezes mais
protenas do que os genes existentes para a codificao de protenas (231-233) (assim, o facto
de que os seres humanos possuem ~20.000 genes em relao aos ~10.000 genes na bactria
Myxococcus xanthus no deve ser traduzido para a afirmao de que "a proteoma humano
duas vezes mais complexo que o de uma bactria: a diferena real maior devido ao splicing
alternativo). O splicing alternativo possvel atravs de sinais de emenda fracos que so
processados ou ignorados pelo spliceossomo com frequncias semelhantes (234). Num certo
sentido, o funcionamento importante dos eventos de splicing alternativo so codificados nestas
momentos de unio e, em certa medida, tambm em sequncias intrnicas adicionais. No
entanto, teria splicing alternativo evoludo como uma adaptao funcional? Em toda a
probabilidade, no. Com efeito, demonstrou-se que os genomas ricos em intron possuem
tipicamente sinais de splice fracos enquanto que os genomas pobres em intron (principalmente,
aqueles de eucariotas unicelulares) tm junes de processamento apertados,
presumivelmente, assegurando uma elevada fidelidade de splicing (235). Estudos detalhados
recentes demonstraram baixa fidelidade de splicing em organismos ricos em intron, a fim de
que numerosas variantes misspliced sejam produzidos e sejam, na maior parte, destrudas pelo
sistema de decaimento disparate mediada (NMD) (236). As reconstrues evolucionistas
sugerem fortemente que os eucariotos antigos, incluindo o ltimo ancestral comum de formas
existentes possuam altas densidades de intron comparveis aos mais modernos genomas
ricos em intron, tais como vertebrados (237-239) e, por deduo, tinha sinais de emenda fracos
produzindo numerosas transcries alternativas (235). A conservao das mquinas NMD em
todos os eucariontes (240) completamente compatvel com esta hiptese. Assim, parece que
o splicing alternativo emergiu como um "defeito genmico do qual osa respectivos organismos
no podia se livrar, presumivelmente, devido fraca seleo purificadora, e desenvolveram um
mecanismo especial para lidar com ele, nomeadamente, o NMD. Aos poucos, eles tambm
desenvolveram maneiras de utilizar este tmpano para mltiplas funes.
O relato acima da origem do splicing alternativo poderia resumir a teoria da gentica de
populao no adaptacionista da evoluo da complexidade genmica, que foi recentemente
exposta por Lynch (16183184). Como j foi mencionado na seo anterior, o princpio central
da teoria que as alteraes genticas que levam a um aumento da complexidade, como a
duplicao de genes ou inseres de ntron so ligeiramente deletrio e, portanto, pode ser
fixado a um ritmo considervel somente quando a seleo purificadora em uma populao
fraca. Por conseguinte, dado que a fora da seleo purificadora proporcional ao tamanho
eucariotas unicelulares no pode ser moldado por seleo de 'racionalizao do genoma', mas
sim pela melhoria eficaz de sequncias, mesmo que ligeiramente deletrias em grandes
populaes (83). A viso no-adaptativa da evoluo da complexidade genmica no implica
que nenhum dos recursos complexos sempre evoluem como adaptaes diretas ou
racionalizao do genoma que nunca pode ser uma importante fora motriz da evoluo do
genoma. No entanto, acredito que a evidncia acumulada pela genmica evolutiva suficiente
para exigir a mudana da hiptese nula central da evoluo do genoma de adaptacionista para
o neutro, com o nus da prova transferida para os adeptos da adaptao generalizada (230).
O conceito do carter substancialmente no-adaptativo da evoluo do genoma
realmente parece afetar nossa compreenso bsica do significado da conservao de recursos
genmicos. Como um caso em apreo, a conservao bastante enigmtica das posies de
uma grande frao de ntron ao longo da evoluo dos eucariotos pode no ser uma
consequncia da forte seleo purificadora que poderia causar a eliminao de variantes em
que o respectivo ntron estivesse perdidos (o padro de interpretao implcita na prpria
noo de seleo purificadora e totalmente compatvel com a teoria neutra). Pelo contrrio, a
conservao de ntrons e outras caractersticas genmicas sem funes bvias poderia ser a
consequncia da seleo purificadora fraca em pequenas populaes de organismos
complexos, que no suficiente para remover eficientemente estes elementos. Isto no
pretende afirmar que os muitos caracteres genmicas (como genes individuais, os resduos de
aminocidos ou nucleotdeos) no so conservados durante a evoluo, devido sua
importncia funcional, mas sugere que mesmo este "sagrado" princpio central da biologia
evolutiva - 'o que conservado funcionalmente relevante' - no um absoluto, e a alternativa
no adaptativa para ser levado a srio. Juntamente com a constatao de que a contrao
do genoma, pelo menos, to comum na evoluo como a expanso do genoma, e o aumento
da complexidade genmica no uma tendncia evolutiva central, o conceito de evoluo no
adaptativa do genoma implica que a ideia do progresso evolutivo pode ser colocada de forma
segura para descansar.
s vezes se argumenta que os desenvolvimentos recentes em genmica e biologia de
sistemas produzem um labirinto de conexes entre diferentes tipos de dados que so
intratveis por qualquer forma explcita, eliminando assim qualquer esperana para a
descoberta de simples, 'lei como" regularidades e reduzindo grande parte da pesquisa nestas
reas para o desenvolvimento de algoritmos de previso (275). No entanto, exatamente esse
tipo de regularidade simples e aparentemente universal que surge a partir da anlise conjunta
dos dados da genmicas comparativa e da biologia de sistemas. A distribuio das taxas
evolutivas atravs de conjuntos de genes ortlogos, a distribuio dos tamanhos das famlias
de genes parlogas, a correlao negativa entre o nvel de expresso e a taxa de evoluo da
sequncia de um gene e outras relaes entre as chaves evolutivas e as variveis phenomic
parecem ser verdadeiros fundamentos universais da evoluo. A simplicidade dessas
regularidades universais sugere que elas so formadas por processos evolutivos fundamentais
igualmente simples, e no pela seleo para funes especficas. Em alguns casos, os
modelos explcitos de tais processos j foram desenvolvidos e mostrados para ajustar os
dados. Estes modelos no querem incluir a seleo em tudo ou dar uma nova interpretao a
seleo. Um bom exemplo a hiptese generalizada do enrolamento incorreto da
mistranslation induzida que explica a co-variao da expresso gnica e a taxa de evoluo
pela seleo de sequncia de robustez ao enrolamento incorreto que surge como um dos
principais determinantes da evoluo da protena. A consequncia inesperada deste modelo
que a principal fora motriz da seleo purificadora no pode ser a manuteno de uma funo
biolgica mas antes a preveno de efeitos deletrios no especficos de uma protena
misfolded.
Coletivamente, os desenvolvimentos em genmica evolutiva e biologia de sistemas
descritos aqui parecem sugerir que, embora, atualmente, apenas elementos isolados de uma
nova sntese "ps-moderno" da biologia evolutiva esto comeando a ser formulados, tal
sntese de fato vivel. Alm disso, provvel assumir um modelo definitivo muito antes do
250 aniversrio de Darwin.