Trabalho 2 Simulao Molecular

EQE-595 Modelagem e Simulao Molecular Aluno: Afrnio J. de M. Junior Professor: Charlles R. Abreu Tema: lcool

Objetivo

Utilizando o software LAMMPS, simular uma soluo diluda de lcool em gua. Calcular funes de distribuio radial considerando os diferentes tomos da molcula orgnica como tomo central. A molcula escolhida simulao foi o metanol. para fazer-se a

Campos de Fora

Ao contrrio das simulaes ab initio, no caso da mecnica molecular precisamos saber a priori como acontecem as interaes entre as partculas de um sistema para poder fazer os clculos. No jargo da rea, o conjunto equaes+parmetros que descrevem essas interaes chamam-se campo de foras. Para a gua, foi utilizado o campo de foras TIP3P discutido em sala de aula.

Campos de Fora

Foi feita uma busca na literatura por um campo de foras adequado para o metanol. Em (JORGENSEN, W., 1986) foram encontrados parmetros do modelo OPLS-UA para o metanol. No campo de foras encontrado, tanto as ligaes quanto os ngulos entre os pseudotomos so mantidos fixos.

Procedimento

Segue-se o procedimento geral adotado: 1) Os dados das molculas so descritos nos arquivos H2O.molecule e CH3OH.molecule. 2) Com o auxlio dos scripts packmol e packlammps, gerou-se para cada simulao um arquivo de configurao inicial com a extenso .lammps_data . 3) A configurao inicial carregado no arquivo de entrada via comando read_data.

Procedimento

Para calcular-se a funo de distribuio radial (rdf), utilizou-se o comando compute rdf. Para se calcular a mdia temporal da rdf, utilizou-se o comando fix ave/time. Para se obter uma boa mdia temporal, uma simulao longa precisou ser realizada (1000000 passos)

Procedimento
Seguem os dados da simulao:

Temperatura: 298.15 K (ambiente); Raio de corte: 10,00 A; Densidade: 1,0 g/cm; Mtodo para clculo de interaes coulombianas: PPPM Passo de integrao: 1.0 femtosegundo;

Procedimento
Ensemble: NVT Campo de foras (gua): TIP3P Campo de foras (metanol): OPLS-UA

Procedimento

Comandos para definir o campo de foras: pair_style, pair_modify, bond_style e angle_style Comando para fixar o comprimento de ligao: fix shake

Resultados e Discusso

Funo de Distribuio Radial

g(r) = (r)/
til para descrever a estrutura interna do lquido

Concluso

As curvas obtidas mostraram o formato clssico esperado para funes de distribuio radial de lquidos e caracterizaram fenmenos como solvatao e ligaes de hidrognio; O mtodo empregado mostrou-se bem sucedido. Os campos de foras utilizados mostraram-se suficientemente robustos para descrever o sistema no nvel de detalhamento desejado.

Bibliografia

Manual do software LAMMPS; Notas de aula: EQE595 Prof. Charlles; JORGENSEN, W.L Optimized Intermolecular Potential Functions for Liquid Alcohols - J . Phys. Chem. 1986, 90, 1276-1284. JORGENSEN, W.L, MADURA, J.D., SWENSON, C.J. - Optimized Intermolecular Potential Functions for Liquid Hydrocarbons J . Am. Chem. Soc. 1984, 106, 6638-6646