Gaussian Overview 09 Input

09 entrada de Gauss consiste em uma srie de linhas em um arquivo de texto ASCII. A

estrutura de base de um ficheiro de entrada de Gauss inclui vrias seces diferentes!
Ligao 0 Comandos ! "ocali#e e arquivos nome scratch $linha em branco n%o
terminado&.
Seo Rota $ # linhas &! 's(ecifique o ti(o de clculo dese)ado* modelo qu+mica
e outras o(es $linha em branco terminado&.
Seo Ttulo ! ,reve descri%o do clculo $linha em branco terminado&. 'sta
sec%o necessria na entrada* mas n%o de forma al-uma inter(retados (elo
(ro-rama Gaussian 09. 'le a(arece na sa+da (ara fins de identifica%o e
descri%o..ormalmente* esta se%o (ode conter o nome com(osto* sua simetria*
o estado eletr/nico* e qualquer outra informa%o relevante. A se%o de t+tulo n%o
(ode exceder cinco linhas e deve ser se-uido (or uma linha em branco
terminar. 0s se-uintes caracteres devem ser evitados na se%o de t+tulo! 1 23 4
5 6 caracteres de controle (especialmente Ctrl4G&
Especificao Molecule ! 's(ecifique sistema molecular a ser estudado $linha
em branco terminado&.
Opcional sees adicionais ! entrada adicional necessrio (ara ti(os de trabalho
es(ec+ficos $normalmente linha em branco terminado&.
7uitos Gaussian 09 (ostos de trabalho vai incluir a(enas a se-unda* terceira e quarta
sees. Aqui est um exem(lo de um arquivo* que solicita um clculo da ener-ia de
(onto 8nico na -ua!
# HF/6-31G (d) seo Rota
energia da gua seo Ttulo
0 1 especificao Molecule
O -0,464 0,177 0.0
H -0.464 1.137 0,0
H 0,441 -0,143 0,0
.este trabalho* os troos e t+tulo cada um com(osto de uma 8nica linha. A se%o de
es(ecifica%o molcula comea com uma linha dando a car-a e rota%o multi(licidade
(ara a molcula! 0 car-a $molcula neutra& e rota%o multi(licidade 9 $sin-lete& neste
caso. A linha de car-a e a multi(licidade de centrifu-a%o se-uida (or linhas
descrevendo a locali#a%o de cada um dos tomos da molcula: este exem(lo utili#a
coordenadas cartesianas (ara fa#;4lo. 's(ecificaes molcula s%o discutidos em mais
detalhes mais adiante neste ca(+tulo.
0 se-uinte arquivo de entrada ilustra o uso de li-a%o 0 comandos e uma se%o de
entrada adicional!
Chk% !e"ad# Ligao ! seo
# HF/6-31G (d) O!$ %#d&edundan$ seo Rota
'ra(a)h# O!$e seo Ttulo
0 1 seo Especificao Molecule
coordenadas at"micas ###
3 * $dicionar uma ligao e um %ngulo para os internos
+ 1 3 coordenadas utili&adas durante o geom# opt#
'sse trabalho requer uma otimi#a%o de -eometria. A sec%o de entrada se-uinte
es(ecifica%o molcula usado (elo Opt = ModRedundant (alavra4chave* e que serve
(ara adicionar uma li-a%o e <n-ulo adicional nas coordenadas internas utili#adas na
o(timi#a%o da -eometria. 0 trabalho tambm es(ecifica um nome (ara o arquivo de
verifica%o.
=or conveni;ncia* a se-uinte tabela de todos os setores (oss+veis que (odem a(arecer
dentro de um arquivo de entrada Gaussian 09* )untamente com as (alavras4chave
associadas a cada um.
Gaussian 09 Input Seo de encomenda
Seo Palavras-chave Final de
linha e
!ranco"
"i-a%o 0 comandos > comandos n%o
?oute Section $ # linhas& tudo sim
Sobre(osies extra $%traOverla&s sim
Se%o @+tulo todos* exceto Geo = 'll(hec) sim
's(ecifica%o 7olecule todos* exceto Geo = 'll(hec) sim
's(ecificaes de
conectividade
Geo = *i+ar ou Mod(onnect sim
Alteraes tomos
con-elados
Geo = ReadFree,e sim
7odificaes
coordenadas
Opt = ModRedundant sim
A B t+tulo e es(ecifica%o
molcula
Opt = -S./ ou -S.0 sim (ara
ambos
's(ecificaes de
conectividade. (ara o A B
con)unto de coordenadas
Geo = *i+ar ou Mod(onnect e Opt =
-S./ ou -S.0
sim
A Alteraes tomos
con-elados
Geo = ReadFree,e sim
7odificaes se-undo
con)unto de coordenadas
Opt = -S./ ou -S.0 sim
C B t+tulo e estrutura @S
inicial
Opt = -S.0 sim (ara
ambos
's(ecificaes de
conectividade. (ara o C B
con)unto de coordenadas
Geo = *i+ar ou Mod(onnect Opt =
1ModRedun2 -S.03
sim
Alteraes a C tomos
con-elados
Geo = ReadFree,e sim
7odificaes terceiro
con)unto de coordenadas
Opt = 1ModRedun2 -S.03 sim
=D, informaes
estrutura secundria
automtica se informaes res+duo na
es(ecifica%o molcula
sim
7assas at/micas ReadIsotopes o(%o sim
=ar<metros de mec<nica
molecular
4ardFirst2 So5tFirst2 So5tOnl&2 Modi5icar sim
Erequ;ncia de interesse (P4F = RdFre6 sim
Distribui%o de car-a de
fundo
(o!rar sim
'ntrada ,07D F AD7=
$9 ou mais sees&
'7MP e 8OM7 exi-ido entrada
e Read9elocit& *ReadM:9elocit& o(es
sim
'ntrada =C7 S(RF = 1$%ternalIteration2 *er3 sim
Coordenadas (ara mesa
de I?C
IR( = Relat;rio sim
?estries harm/nicas Geo = Read4aronic sim
=ar<metros
semi4em(+ricos $formato
Gaussian&
$ntrada de o(%o* 'M< = '!os sim
=ar<metros
semi4em(+ricos $formato
70=AC&
MOP'( * '!as as o(es sim
's(ecifica%o con)unto
de base
Gen2 Gen$(P2 $%tra8asis sim
Alteraes con)unto de
base
Massa+e sim
Coeficientes de cam(o
finito
(apo = *eitura sim
's(ecifica%o 'C= Pseudo = (art=es2 Gen$(P sim
Densidade es(ecifica%o
con)unto de base
monta-em
$%tra7ensit&8asis sim
'ntrada do modelo =C7
solvata%o
S(RF = *eitura sim
=ar<metros DE@, 7F.8 sim
Eonte (ara estimativa
inicial
'divinha = $ntrada sim
@i(os de simetria (ara
combinar
'divinha = *owS& n%o
's(ecificaes 0rbital $G
e H em se(arado&
'divinha = (art=es sim
Alteraes orbitais $G e H
em se(arado&
'divinha = 'lter sim
?eordena%o 0rbital $G e
H em se(arado&
'divinha = Peruta sim
2 0rbitais F (ar GI, G98 n%o
=esos (ara CAS mdia
estadual
('SS(F = State'vera+e n%o
Jnidos de interesse (ara
aco(lamento de s(in
Krbita
('SS(F = SpinOr!it n%o
Informaes
con-elamento 0rbital
Read:indow o(es sim
0rbitais '=@ (ara refinar $P. = ReadOr!itals sim
"ista Ltomos (ara
constantes de
aco(lamento s(in4s(in
>MR = Read'tos sim
?aios at/micos
alternativos
Pop = ReadRadii ou Read'tRadii sim
0s dados (ara as
(ro(riedades
electrostticas
Prop = *er ou Opt sim
'ntrada .,0 Pop = >8ORead n%o
Sele%o 7odo .ormal
Marmonic
Fre6 = Select>oralModes sim
?otor entrada im(edida Fre6 = Read4indered sim
Sele%o 7odo .ormal
anarm/nicas
Fre6 = Select'nharonic>oralModes sim
7odos normais (ara
ECM@
Fre6 = SelectF(4.>oralModes sim
'ntrada (ara anarm/nicas Fre6 = Read'nharonic sim
'ntrada (ara ECM@ Fre6 = ReadF(4. sim
=icNett arquivo de sa+da Output = Pic)ett n%o
=?0AI7S arquivo de
sa+da
Output = :F> n%o
Sintaxe de entrada
'm -eral* a entrada de Gauss est su)eita Os se-uintes re-ras de sintaxe!
A entrada livre de formato e case4insensitive.
's(aos* tabulaes* v+r-ulas ou barras (odem ser usados em qualquer
combina%o de itens se(arados dentro de uma linha.Irios es(aos s%o tratados
como um 8nico delimitador.
0(es (ara as (alavras4chave (odem ser es(ecificados em qualquer das
se-uintes formas!
# 'e()ord * opo
# pala+ra,cha+e $ opo &
# 'e()ord P $ opo 9* opo A* ...&
# pala+ra,cha+e $ opo 9* opo A* ...&
Irias o(es est%o entre (ar;nteses e se(arados (or qualquer delimitador vlido
$v+r-ulas s%o convencionais e s%o mostrados acima&. 0 sinal de i-ual antes do
(ar;ntese de abertura (ode ser omitido* ou es(aos (odem* o(cionalmente* ser
inclu+do antes e F ou de(ois dela. .ote que al-umas o(es tambm assumir
valores* neste caso* o nome da o(%o se-uido (or um sinal de i-ual! (or
exem(lo* (8S$%trap 1nin = ?3 .
@odas as (alavras4chave e o(es (ode ser redu#ido O sua menor abreviatura
8nica em todo o sistema Gaussian 09. Assim* oconvencional o(%o (ara
o S(F (alavra4chave (ode ser abreviado (ara conveno * mas n%o
(ara conv $devido O (resena da conver+@ncia o(%o&. Isto verdade ou n%o*
tanto convencional e (onver+@ncia acontecer a ser o(es vlidas (ara
qualquer (alavra4chave.
0 conte8do de um arquivo externo (ode ser inclu+da dentro de um arquivo de
entrada Gaussian 09 usando a se-uinte sintaxe! Anome do ar-ui+o . Isso fa#
com que todo o arquivo se)a colocado na (osi%o atual no fluxo de
entrada. Anexando F > (ara tais comandos ir im(edir o conte8do do arquivo
inclu+do de ser ecoado no in+cio do arquivo de sa+da.
0s comentrios comeam com um (onto de exclama%o $ B &* que (ode a(arecer
em qualquer lu-ar em uma linha. "inhas de comentrio se(arados (odem
a(arecer em qualquer lu-ar dentro do arquivo de entrada.
Gauss .ipos 09 epre+o
A (arte do (ercurso de um arquivo de entrada Gaussian 09 es(ecifica o ti(o de clculo a
ser reali#ado. 'xistem tr;s com(onentes (rinci(ais (ara essa es(ecifica%o!
0 ti(o de trabalho
0 mtodo
0 con)unto de base
A tabela a se-uir lista os ti(os de trabalho dis(on+veis no Gaussian 09!
SP ! a ener-ia de (onto 8nico.
Opte ! 0timi#a%o de Geometria.
Fre6 ! EreqQ;ncia e anlise termoqu+mica.
IR( ! caminho de rea%o se-uinte
IR(Ma% ! 'ncontre o mximo de ener-ia ao lon-o de um caminho de rea%o
es(ec+fica.
7i+itali,ar ! =otencial exame de su(erf+cie de ener-ia.
Polar ! (olari#abilidades e hi(er(olari#abilidades.
'7MP e 8OM7 ! Din<mica diretas clculo tra)etKria.
Fora ! foras de com(uta%o sobre os n8cleos.
$stCvel ! a estabilidade da fun%o de onda de teste.
9olue ! o volume molecular Com(ute.
7ensidade = Guess (hec)point = Soente ! ?ecom(ute somente a anlise da
(o(ula%o.
'divinha = Soente ! Im(rimir a(enas su(osi%o inicial: -erar estimativa
inicial baseada em fra-mentos.
'm -eral* deve ser es(ecificado a(enas um ti(o de trabalho de (alavras4chave. As
excees a essa re-ra s%o!
Polar e Opt (ode ser combinada com Fre6 . .este 8ltimo caso* a o(timi#a%o
da -eometria automaticamente se-uido (or um clculo de frequ;ncia na
estrutura o(timi#ada.
Opt (odem ser combinados com os com(ostos mtodo (alavras4chave* a fim de
es(ecificar as o(es (ara a (arte de otimi#a%o do clculo! (or exem(lo* Opt =
1.S2 ReadF(3 (8S--80 .
Ruando nenhum ti(o de trabalho4chave es(ecificado na se%o de rota* o ti(o de
clculo (adr%o -eralmente um 8nico clculo de (onto de ener-ia $ SP &. .o entanto*
uma (arte do (ercurso da forma! m.todo A F /ase A F F m.todo 9 F /ase 9 (ode ser usado
(ara solicitar um clculo de otimi#a%o $(elo m.todo 9 F /ase 9& se-uido (or um clculo
de (onto 8nico da ener-ia $(elo m.todo A F /aseA& na -eometria otimi#ada. =or
exem(lo* a (arte do (ercurso a se-uir solicita uma ,C"S=FT4C9G $d& otimi#a%o de
-eometria se-uido (or um clculo da ener-ia de (onto 8nico usando o CCSDFT4C9G $d&
modelo de qu+mica!
# CC,-/6-31G (d) / / .3/01/6-31G (d) 'e"$e
.este caso* o Opt (alavra4chave o(cional e o (adr%o. .ote4se que Opt
Fre6 clculos (odem no usar essa sintaxe.
Prevendo Propriedades Moleculares
A tabela a se-uir fornece um ma(eamento entre as quantidades (revistas comumente
dese)ados e os Gaussian 09 (alavras4chave que ir (rodu#i4los!
Aco(lamento antiferroma-ntico! 'divinha = Fra+ento * $sta!ilidade
Car-as at/micas! Pop
UG de hidrata%o! S(RF = SM7
7omento de di(olo! Pop
Afinidades eletr/nicas! (8S--80 * ((S7 * $P.
Densidade de eltrons! cu!e+en
Dicro+smo circular eletr/nico! (IS * .7 * MO$ * S'(-(I
=otencial eletrosttica! cu!e+en * Prop
Derivados de (otenciais car-as eletrostticas! Pop = (help * (helpG ou MD
Eorma eletr/nica banda de transi%o! Fre6 = F( * Fre6 = 4.
=olari#abilidades F hi(er(olari#abilidades! Fre6 * Polar V (P4F =
RdFre6 W* Polar = 7(S4G
'ner-ias de alta (recis%o! (8S--80 * G/ * G0 * GE * :<F * :<87
Constantes de aco(lamento MX(erfine $anisotrK(icos&! Prop
@ensores es(ectros MX(erfine $incluindo g tensores&! Fre6 = 19(72 9i!Rot V 2
anarGnicas W 3
=otenciais de ioni#a%o! (8S--80 * ((S7 * $P.
's(ectros II e ?aman! Fre6 V = anarGnicas W
0s es(ectros de ?aman (r4resson<ncia! Fre6 (P4F = RdFre6
0rbitais moleculares! Pop = re+ular
7omentos multi(olares! Pop
?7. de blinda-em e qu+micas turnos! RM>
?7. s(in4s(in constantes de aco(lamento! >MR = Mista
?otaes K(ticas! Polar = OptRot
Atividade K(tica ?aman! Fre6 = RO' * (P4F = RdFre6
Anlise termoqu+mica! Fre6
JI F es(ectros vis+vel! (IS * HI>7O * .7 * MO$ * S'(-(I
Aco(lamento vibra%o4rota%o! Fre6 = 9i!Rot
Dicro+smo circular Iibracional! Fre6 = 9(7
-uIicos odelo
A combina%o do mtodo ea base set es(ecifica um modelo de qu+mica (ara Gaussian*
es(ecificando o n+vel de teoria. @odo trabalho de Gauss deve es(ecificar um mtodo e
um con)unto de base. Isso -eralmente reali#ado atravs de duas (alavras4chave
se(aradas dentro do troo do arquivo de entrada* a(esar de al-umas (alavras4chave do
mtodo im(lica uma escolha de con)unto de base.Al-uns trabalhos utili#ando um
mtodo funcional da densidade (ode tambm incluir um con)unto adequado de
densidade $ver a se%o de con)untos de base (ara mais informaes&.
A tabela se-uinte lista os mtodos que est%o dis(on+veis em Gauss* )untamente com os
ti(os de trabalho (ara as quais cada um (ode ser utili#ado. Jm asterisco indica clculos
anal+ticos* enquanto numrica somente clculos s%o indicados (or n $ve)a a discuss%o
sobre a (alavra4chave es(ec+fica em quest%o (ara detalhes&.
Lista de mtodos e seus tipos de emprego disponveis
Se nenhuma (alavra4chave mtodo for es(ecificado* 4F assumido. A maioria das
(alavras4chave do mtodo (ode ser (refaciado (or R for4shell fechado Yavefunctions
restritos* F (ara irrestritos Yavefunctions4shell aberto* ou RO (ara Yavefunctions4shell
aberto limitado! (or exem(lo* RO4F * FMP/ ou R-(IS7 . RO est dis(on+vel a(enas
(ara Martree4EocN ener-ias e densidade mtodos funcionais e A79* =7C* =7C77*
=7T e =DDG ener-ias e -radientes* e 7=A* 7=C* 7=Z e CCSD.
'm -eral* de+e ser especificado apenas um 0nico m.todo de pala+ras,cha+e * e
incluindo mais de um deles ir (rodu#ir /i&arrasresultados. .o entanto* h excees!
('SS(F (odem ser es(ecificados )unto com MP/ (ara solicitar um clculo
CASSCE incluindo correla%o eletr/nica din<mica.
O>IOM e IR(Ma% em(re-os exi-em vrias es(ecificaes do mtodo. .o
entanto* eles s%o dadas como o(es (ara a (alavra4chave corres(ondente.
A forma do modelo A F F modelo 9 anteriormente descrito (ode ser utili#ado (ara
-erar uma o(timi#a%o automtica se-uido (or um clculo de (onto 8nico (ara a
-eometria o(timi#ada.
(onJuntos de !ase
A maioria dos mtodos requerem um con)unto de base ser es(ecificada* se nenhuma
(alavra4chave con)unto de base est inclu+do na (arte do (ercurso* ent%o a base S@04CG
ser usado. As exce(es consistem de al-uns mtodos (elos quais o con)unto de base
definida como uma (arte inte-ral do mtodo* s%o listados a se-uir!
@odos os mtodos semi4em(+ricos* incluindo HI>7O (ara estados excitados.
@odos os mtodos de mec<nica molecular.
7odelo com(osto qu+micos! tudo G n * mtodos C,S e [9.
0s se-uintes con)untos de base s%o arma#enadas internamente no (ro-rama Gaussian 09
$ver refer;ncias citadas (ara obter descries com(letas&* listados abaixo (elo seu
corres(ondente Gaussian 09 (alavra4chave $com duas excees&!
S.O-0G [ Hehre69 , Collins76 ]
0-/<G [ Binkley80a , Gordon82 , Pietro82 , Dobbs86 , Dobbs87 , Dobbs87a ]
?-/<G [ Binkley80a , Gordon82 ]
E-0<G [ Ditchield7! , Hehre72 , Hariharan7" , Gordon80 ]
?-0<G [Ditchield7!, Hehre72, Hariharan7#, Hariharan7", Gordon80, $rancl82, Binnin%90, Bla&dea&97, 'assolo(
98, 'assolo(0!]
T4C9G \! Gaussian 09 tambm inclui a T4C9G \ e T4C9G ] con)untos de bases de
Geor-e =etersson e cole-as de trabalho* definido como (arte dos mtodos
com(letos con)unto de base [ Petersson88 , Petersson9! ] . 'stes s%o acedidos atravs
da ?-0<G 1d K3 e ?-0<G 1d K2 pK3 (alavra4chave* a qual tambm (ode ser
adicionada funes individuais ou du(las difusas: (ode tambm ser adicionado
funes f! (or exem(lo* ?-0<G $ dK5 &* e assim (or diante.
?-0<<G ! 's(ecifica a base T4C99G (ara tomos de (rimeira linha ea
7c"ean4Chandler $9As* 9(& con)untos ^ $TA9999*_A999& ,ase de tomos de
se-unda linha [ )c*ean80 , 'a%ha(achari80b ] $note que os con)untos de base (ara =* S e
Cl s%o os chamados con)untos de base de +ons ne-ativos (or 7c"ean e
Chandler* estes foram considerados (ara dar melhores resultados (ara molculas
neutras tambm&* o con)unto de base ,laudeau e cole-as de trabalho (ara o Ca e
` [ Bla&dea&97 ] * os [achters4 MaX [ +achters70 , Hay77 ] tudo base eltron definido (ara
a (rimeira linha de transi%o* utili#ando os fatores de escala de ?a-havachari e
Caminhes [ 'a%ha(achari89 ] eo con)unto de base T4C99G de 7cGrath* Curtiss e
cole-as de trabalho (ara os outros elementos da terceira
linha [ Binnin%90 , )cGrath9! , C&rtiss9, ] . .ote4se que ?a-havachari e Caminhes
recomendar dimensionamento e incluindo funes difusas quando se utili#a o
con)unto de base [achters4MaX (ara elementos de linha de (rimeira transi%o*
o ?-0<< L G . formulrio deve ser es(ecificado (ara incluir as funes
difusas M(-0<<G um sin/nimo (ara ? -0<<G .
79M9 ! Dunnin- F Mu#ina-a val;ncia double4#eta [ D&nnin%76 ] .
79M ! Dunnin- F Mu#ina-a com(leto #eta du(lo [ D&nnin%76 ] .
S4( ! D9_I em (rimeira linha* Goddard F SmedleX 'C= na se-unda
linha [ D&nnin%76 , 'a--e8! ] . @ambm conhecida como S$(.
($P-EG ! Stevens F ,asch F `rauss 'C= base
m+nima [ .te(ens8" , .te(ens92 , C&ndari9# ] .
($P-0<G ! Stevens F ,asch F `rauss 'C= divis%o
saia [ .te(ens8" , .te(ens92 , C&ndari9# ] .
($P-</<G ! Stevens F ,asch F `rauss 'C= base
tri(lo4s(lit [ .te(ens8" , .te(ens92 , C&ndari9# ] .
1ote,se -ue h2 apenas um con3unto de /ase CE4 definido para al.m da
segunda fila5 e todas as tr6s pala+ras,cha+e so e-ui+alentes para esses 2tomos#
*an*/M8 ! S@04CG [ Hehre69 , Collins76 ] em (rimeira linha* "os Alamos 'C= mais
7,S em .a4"a* Mf4,i [ Hay8, , +adt8, , Hay8,a] .
*'>*/7H ! D9_I na (rimeira linha [ D&nnin%76 ] * "os Alamos 'C= mais Da no
.a4"a* Mf4,i [ Hay8, , +adt8, , Hay8,a ] .
S77 ! D9_ at A? [ D&nnin%76 ] e =A' Stutt-art F Dresden no restante do
(eriKdico 0 S77 * S4F * S7F * M4F * M7F *M:8 formas (odem ser usadas
(ara es(ecificar estes con)untos de base F (otenciais dentro Gen entrada
base. .ote4se que o n8mero de electres de n8cleo deve ser es(ecificado a se-uir
a forma $(or exem(lo* 7DEAb (ara o (otencial de substituir Ab 7DE electres
do n8cleo&. OldS77 solicita o (adr%o anterior.
S77'll ! Seleciona (otenciais 'stu-arda (ara ac A.
cc-p97H * cc-p9.H * cc-p9-H * cc-p9MH * cc-p9?H ! correla%o consistentes
con)untos de bases de
Dunnin- [ D&nnin%89 ,/endall92 , +oon9# , Peterson9" , +ilson96 ] $du(los* tri(los* qudru(los*
qu+ntu(los4#eta e s;xtu(lo4#eta * res(ectivamente&. 'stes con)untos de base ter
funes redundantes removido e foram rodados [ Da(idson96 ] * a fim de aumentar a
efici;ncia com(utacional.
'stes con)untos de bases incluem funes de (olari#a%o (or defini%o. A tabela
a se-uir lista as funes de (olari#a%o de val;ncia (resentes (ara os vrios
tomos inclu+dos nestes con)untos de base!
Ntoos

cc-p97
H

cc-p9.
H

cc-p9-
H

cc-p9M
H

cc-p9?H
M

As* 9(

Cs* A(*
9d

Zs* C(*
Ad* 9f

_s* Z(*
Cd* Af*
9-

Ts* _(* Zd*
CE* A-* 9h
'le

As* 9(

Cs* A(*
9d

Zs* C(*
Ad* 9f

_s* Z(*
Cd* Af*
9-

no
dispon+el
"i4,e

Cs* A(*
9d

Zs* C(*
Ad* 9f

_s* Z(*
Cd* Af*
9-

Ts* _(*
Zd* CE*
A-* 9h

no
dispon+el
,4.e

Cs* A(*
9d

Zs* C(*
Ad* 9f

_s* Z(*
Cd* Af*
9-

Ts* _(*
Zd* CE*
A-* 9h

ds* T(* _d*
Zf* CG* Ah*
9i
.a4Ar

Zs* C(*
9d

_s* Z(*
Ad* 9f

Ts* _(*
Cd* Af*
9-

ds* T(*
Zd* CE*
A-* 9h

no
dispon+el
Ca

_s* Z(*
Ad

Ts* _(*
Cd* 94E

ds* T(*
Zd* Af*
9-

bs* d(*
_d* CE*
A-* 9h

no
dispon+el
Sc4an

Ts* _(*
Cd* 94E

ds* T(*
Zd* Af*

bs* d(*
_d* CE*

9s* b(*
Td* Zf*

no
dispon+el
9- A-* 9h CG* Ah*
9i
Ga4`r

_s* Z(*
Ad

Ts* _(*
Cd* 94E

ds* T(*
Zd* Af*
9-

bs* d(*
_d* CE*
A-* 9h

no
dispon+el
'stes con)untos de base (ode ser aumentada com funes difusas* adicionando
a -'FG (refixo (ara a (alavra4chave con)unto de base $em ve# de usar a e e e e
nota%o ve)a abaixo&.
S9 * S9P * .H9 * .H9P [ .chaeer92 , .chaeer9" ] * -H9P [ +ei%end0, ] de Ahlrichs e
cole-as de trabalho.
7IDI3 de @ruhlar e colaboradores [ 0aston96 ] . 0 MidiO (alavra4chave usada
(ara solicitar este con)unto de base.
$PR-II e $PR-III ! 0s con)untos de bases de ,arone [ Barone96a ] que s%o
otimi#ados (ara o clculo de constantes de aco(lamento hi(erfinos (or mtodos
DE@ $(articularmente ,C"S=&. '=?4II uma base #eta double set com um
8nico con)unto de funes de (olari#a%o e uma s (arte reforada! $T*9& F VZ*9W
(ara M e $90*_*9& F VT*A*9 W (ara , a E. '=?4III um con)unto de base tri(le4#eta
incluindo funes difusas* D4(olari#aes de casal e um 8nico con)unto de
funes f4(olari#a%o. @ambm neste caso* a (arte s4 melhorado (ara melhor
descrever a re-i%o nuclear! $T*A& F VZ*AW (or M e $99*d*A*9& F Vd*Z*A*9W (ara , a E.
FG8s ! 0 con)unto de base Gaussian universal de Castro* for-e e
colaboradores [ .il(er78 , .il(er78a , )ohalle186 , )ohalle187 ,daCosta87 , da.il(a89 , 2or%e97 , 2or%e97a ,
deCastro98 ] . Eunes adicionais de (olari#a%o (ode ser adicionado atravs da
inclus%o de um sufixo (ara esta (alavra4chave!
UGBs n P 2 V 2 O
onde n um n8mero inteiro que indica se deve adicionar 9* A ou C funes de
(olari#a%o (ara cada fun%o na normalidadeFG8s con)unto de base. 0 se-undo
item uma carta de cKdi-o que indica qual fun%o deve ser aumentada funes
de (olari#a%o! P adiciona4los a todas as funes* 9 adiciona4los a todas as
funes de val;ncia* e O solicita o esquema usado no Gaussian 0C $ve)a
abaixo&. =or exem(lo* os FG8S<P (edidos de (alavra4chave nesta base definida
com uma fun%o de (olari#a%o adicional a todos os orbitais*
e FG8S/9 acrescenta dois fun%o adicional de (olari#a%o (ara todos os
orbitais de val;ncia.
0 O sufixo acrescenta as mesmas funes que os FG8s n P . (alavras4chave em
Gaussian 0C FG8S<O acrescenta fun%o a( (ara cada s* a fun%o do an8ncio
(ara cada (* e assim (or diante: FG8S/O acrescenta a( e fun%o d (ara cada s*
an8ncio e fun%o f (ara cada (* e FG8S0O acrescenta a(* d e f (ara cada s* etc
Difusas funes (odem ser adicionados como habitualmente com L ou L L * o
(rimeiro deles (ode ser es(ecificado como / L(ara adicionar duas funes
difusas (or tomos (esados.
M.Sall de 7artin e de 0liveira* definida como (arte de seu mtodo [9 $ve)a
a :<F (alavra4chave& [ )artin99 ] .
0s 7G7H9P * 7G7H9P/ e 7G.H9P con)untos de base utili#ados
na 78auss [ Godbo&t92 , .osa92 ] .
(8S8P ! Seleciona o T4C99G $Ad* d* (& con)unto de base utili#ado (elo mtodo
de ener-ia de alta (recis%o C,S4R,C [)ont%o1ery99 ] . A nota%o es(ecifica duas
funes de (olari#a%o d adicionais no se-undo tomos de linhas* uma fun%o d
em tomos de (rimeira linha e fun%o a( em hidro-;nios $note que este tr;s
cam(os sintaxe da fun%o de (olari#a%o nosu(ortado (elo Gaussian 09&.
Adicionando polarizao e Diusos !un"es
Eunes (rimeiro sin-le de (olari#a%o tambm (ode ser solicitado atravs do
costume Q ou QQ nota%o. .ote4se que $ d2 p & e QQ s%o sinKnimos4 ?-0<G QQ
equivalente a ?-0<G 1d2 p3 * (or exem(lo* e que o C4A9G g con)unto base tem funes
de (olari#a%o em tomos se-unda fileira 8nica . 0L e L L funes difusas [ Clark8# ] est%o
dis(on+veis com al-uns con)untos de base* como s%o m8lti(las funes de
(olari#a%o [ $risch8" ] . A sintaxe de (alavra4chave melhor ilustrado (or exem(lo! ?-0<
L G $ 0d52 /p & desi-na o con)unto de base T4C9G com(lementado (or funes difusas*
C con)untos de funes D e um con)unto de funes 7 em tomos (esados* e
com(lementados (or A con)untos de funes de ( sobre hidro-nios.
Ruando o -'FG (refixo usado (ara adicionar funes difusas (ara
os cc-P9 9 H con)untos de base* uma fun%o difusa de cada ti(o de fun%o em uso (or
um determinado tomo adicionado [ /endall92 , +oon9# ] . =or exem(lo*
o 'FG-cc-p9.H base lu-ares 0ne S* um d* e uma funes ( difusas sobre os tomos
de hidro-;nio e um de d* um (* um d* e uma funes difusas de f sobre , atravs de .e
e Al atravs Ar.
'xistem vrias o(es (ara aumentar as cc-P9 9 H con)untos de bases com funes
difusas!
sp'u+-cc-P9 9 H aumenta com s e ( a(enas funes* incluindo s funes de M
e Me.
7'FG-cc-p9 9 H aumenta com duas conchas de cada movimento an-ular em
ve# de um.
hCalendrioh variaes do con)unto de bases de @ruhlar [ Pa-a3ak!! ] est%o
dis(on+veis. A nomea%o desta srie de con)untos de base v;m do fato de que
os cc-P9 9 H con)untos de bases com funes adicionais de (olari#a%o s%o
conhecidos como 'u+-cc-P9 9 H . @ruhlar observou que hA-ostoh tambm
uma abrevia%o (ara o m;s de a-osto* em In-l;s* ent%o ele (ro(/s novos
esquemas de aumento (ara os cc-P9 9 H con)untos de base* tambm chamado
de(ois de meses do ano. 'les s%o constru+dos atravs da remo%o de funes
difusas a (artir dos a+osto con)untos de base. =or exem(lo*
os Jul-cc-P9 9 H con)untos de bases remover a fun%o difusa de M e ele a (artir
de a+o-cc-P9 9 H . Run-cc-P9 9 H tambm remove a maior fun%o difusa
momento an-ular de todos os outros tomos* Maio-cc-P9 9 H remove as duas
mais altas funes de momento an-ular* e 'pr-cc-P9 9 H remove as tr;s mais
altas funes momento an-ular.
.o entanto* (or (adr%o* (elo menos s e ( difusas funes s%o sem(re inclu+dos
nestes con)untos de base. Isso serve (ara evitar al-umas inconsist;ncias
inerentes* mas difere da @ruhlar e definies ori-inais hcole-as de trabalho. Jse
as formas .Rul * .Jun * e assim (or diante (ara es(ecificar as verses ori-inais
em que o limite a(licada incondicionalmente! (or
exem(lo* FS9-cc-p97H inclui a(enas uma fun%o difusa s em Cl mas ambas s
difusos e funes ( sobre E e ,r* enquanto M a&-cc-p97H tem s difusos e
funes ( sobre todos esses tomos.
Adicionando uma 8nica fun%o de (olari#a%o (ara ?-0<<G $ou se)a* ?-0<<G $ d &&
resultar em uma fun%o d (ara tomos de (rimeira e se-unda linha e uma fun%o f (ara
tomos de (rimeira linha de transi%o* uma ve# que as funes d ) est%o (resentes (ara
os eltrons de val;ncia neste 8ltimo. Da mesma forma* a adi%o de uma fun%o difusa
(ara o ?-0<<G con)unto de base ir (rodu#ir um s* um (* e um d funes difusas (ara
tomos da terceira fileira.
Ruando um clculo n8cleo con-elado feito usando o 79M base* ambos os orbitais
centrais ocu(ados e os orbitais virtuais corres(ondentes est%o con-elados. Assim*
enquanto uma 79M QQ clculo sobre a -ua tem AT funes de base* e uma QQ
?-0<Gclculo no mesmo sistema tem A_ funes* haver AZ orbitais usados em um
n8cleo de clculo (Ks4SCE con-elado envolvendo ou con)unto de base.
A tabela se-uinte lista de (olari#a%o e difusa dis(onibilidade da fun%o e da faixa de
a(licabilidade (ara cada alto4definido no Gaussian 09 base!
(onJunto de
!ase

'plica-se
a

Fun=es de
polari,ao

Fun=es 7i5usos
0-/<G

M4ie

L
?-/<G

M4Cl

Q ou QQ

E-0<G

M4.e

Q ou QQ

?-0<G

M4`r

atra+.s $ 0d52
0pd &

L * L L
?-0<<G

M4`r

atra+.s $ 0d52
0pd &

L * L L
79M

M4Cl 5
e:cepto
1a e Mg

atra+.s $ 0d52
0pd &

L * L L
79M9

M4.e

$ d & ou $ d2 p &

L * L L
S4(

M4Cl

Q

($P-EG

M4?n

Q (Li,$r somente;

($P-0<G

M4?n

Q (Li,$r somente;

($P-</<G

M4?n

Q (Li,$r somente;

*an*/M8

M4"a*
Mf4,i

*'>*/7H

M* "i4"a*
Mf4,i

S772 S77'll

todos5
mas o
padre e
Ra

cc-p97H

M4Ar*
Ca4`r

includas na
definio

adicionado
+ia 'FG- prefi:o $M4Ar*
Sc4`r&
cc-p9.H

M4Ar*
Ca4`r

includas na
definio

adicionado
+ia 'FG- prefi:o $M4Ar*
Sc4`r&
cc-p9-H

M4Ar*

includas na

adicionado
Ca4`r definio +ia 'FG- prefi:o $M4Ar*
Sc4`r&
cc-p9MH

M4Ar*
Ca4`r

includas na
definio

adicionado
+ia 'FG- prefi:o $M4.a*
Al4Ar Sc4`r&
cc-p9?H

M* ,4.e

includas na
definio

adicionado
+ia 'FG- prefi:o $M*
,0&
S9

M4`r

S9P

M4`r

includas na
definio

.H9 e .H9P

M4`r

includas na
definio

-H9P

M4?n

includas na
definio

MidiO

M* CE*
S4Cl* I*
,r

includas na
definio

$PR-II * III-$
PR

M* ,* C*
.* 0* E

includas na
definio

FG8s

M4"?

FG8s $ <2/20 & P

L * L L * / L * / L L
M.Sall

M4Ar

7G7H9P

M4ie

7G7H9P/

ME*
Al4Ar*
Sc4an

7G.H9P

M* CE*
Al4Ar

(8S8P

M4`r

includas na
definio

L * L L
S.O-0G e 0-/<G aceitar um Q sufixo* mas isso na verdade n%o adicionar quaisquer
funes de (olari#a%o.
#ase adicional Set$c%ave relacionadas
As se-uintes (alavras4chave adicionais s%o 8teis em con)unto com essas (alavras4chave
do con)unto de bases!
M7 e ?$ ! Jtili#a%o de _ ou T funes d $(uro vs cartesianas funes d&*
res(ectivamente.
PF e <0F ! Jse d ou 90 f funes $(uros vs funes f cartesianas&*
res(ectivamente. 'ssas (alavras4chave tambm se a(licam a todas as funes
su(eriores $-& e alm.
0utros con)untos de base tambm (ode ser entrada (ara o (ro-rama usando
os $%tra8asis e Gen (alavras4chave. 0 (h)8asis(alavra4chave indica que o con)unto
de base a de ler a (artir do arquivo de verifica%o $definido atravs da S (h) de
comando&.Ie)a as descries individuais destas (alavras4chave mais adiante neste
ca(+tulo (ara mais detalhes.
As &uest"es decorrentes da 'ure vs !un"es de #ase
cartesianas
Gauss usurios devem estar cientes dos se-uintes (ontos relativos (uro vs funes de
base cartesianas!
@odos os con)untos de bases internas usar funes f (uros. A maioria tambm
usar (uro funes d* as excees s%o C4A9G* T4A9G* Z4C9G* T4C9G* T4C9G \*
T4C9G ]* C'=4C9G* D9_ e D9_I. As (alavras4chave anteriores (ode ser usado
(ara substituir a confi-ura%o (adr%o (uro F cartesiano. .ote4se que as funes
de base -eralmente* s%o convertidos (ara o outro ti(o automaticamente* quando
necessrio* (or exem(lo* quando uma fun%o de onda lido a (artir do arquivo
do (onto de verifica%o (ara o uso em um clculo utili#ando uma base
constitu+da (or outro ti(o [ .chle%el9,a ] .
Dentro de um trabalho* todas as funes de d deve ser _D ou TD* e todas as
funes f e su(erior deve ser (uro ou cartesiano.
Ao usar o $%tra8asis * Gen e Gen$(P (alavras4chave* a base definida
ex(licitamente es(ecificado na se%o rota sem(re determina o formulrio (adr%o
das funes de base $(ara Gen * estes s%o M7 e PF &. =or exem(lo* se voc; usar
um con)unto de base -eral* tendo al-umas funes do C4A9G e con)untos de base
T4C9G* funes (uras ser usada a menos que voc; es(ecifique
ex(licitamente ?7 na (arte do (ercurso* alm de Gen . Da mesma forma* se
voc; adicionar funes de base (ara um metal de transi%o da base T4C99G $d&
definir via $%tra8asis a um trabalho que es(ecifica a base T4C9G $d& definido
na se%o rota* cartesianas funes d ser usado. Da mesma forma* se voc; quiser
adicionar funes de base (ara ie da base C4A9G definido (ara a base T4C99
definido atravs do $%tra8asis (alavra4chave* as funes de base ie ser
funes (uras.
(on)untos de *ases de montagem de Densidade
Gaussian 09 (ro(orciona a a(roxima%o adequada densidade (ara clculos DE@
(uros [ D&nla-8# , D&nla-00 ] . 'ssa aborda-em am(lia a densidade de um con)unto de funes
centrada no tomo ao calcular a intera%o de Coulomb em ve# de com(utar todas as
inte-rais de dois eltrons. 'le oferece -anhos si-nificativos de desem(enho (ara os
clculos DE@ (uros em sistemas de mdio (orte muito (equeno (ara tirar vanta-em dos
al-oritmos de escalonamento linear sem uma de-rada%o si-nificativa na (recis%o das
estruturas (revistas* ener-ias relativas e (ro(riedades moleculares. Gaussian 09 (ode
-erar uma base encaixe a(ro(riado automaticamente da base de A0* ou voc; (ode
selecionar um dos con)untos de monta-em embutidas.
0 con)unto de base de monta-em dese)ado es(ecificado como um terceiro
com(onente do modelo de qu+mica* como neste exem(lo!
# ./01 / '341 / '341Fi$
.ote4se que cortes devem ser utili#ados como caracteres de se(ara%o entre o mtodo*
con)unto de base e con)unto de monta-em quando a densidade de monta-em con)unto
de base es(ecificado.
As se-uintes (alavras4chave con)untos de monta-em est%o dis(on+veis no Gaussian 09!
7G'< e 7G'/ [ Godbo&t92 , .osa92 ] . 7G'< est dis(on+vel (ara M atravs de ie*
e 7G'/ est dis(on+vel (ara M* Me e , atravs de .e.
S9PFit [ 0ichkorn9, , 0ichkorn97 ] e 7e5/S9 [ +ei%end0, ] * corres(ondente
ao S9P con)unto de base.
.H9PFit [ 0ichkorn9, , 0ichkorn97 ] e 7e5.H9 [ +ei%end0, ] * corres(ondente
ao .H9P con)unto de base.
-H9P [ +ei%end0# , +ei%end0, ] * corres(ondente ao -H9P con)unto de base.
0 :0? set monta-em de Ahlrichs e cole-as de trabalho [ +ei%end0, , +ei%end06 ] .
Fit ! Selecione o con)unto de monta-em corres(ondente ao con)unto de base
es(ecificado. Se n%o houver um con)unto de monta-em tal* ocorrer um erro.
>oFit ! Desli-ue o uso con)unto a(ro(riado (ara este clculo. 'sta
(alavra4chave usado (ara substituir o 7ensit&Fit (alavra4chave com
um Default.?oute arquivo.
'uto ! Gerar um con)unto a(ro(riado automaticamente $ve)a abaixo&.
Con)untos de monta-em de densidade (odem ser -erados automaticamente a (artir dos
(rimitivos A0 dentro do con)unto de base.'ste solicitada usando o 'uto 4chave
con)unto de monta-em. 0 (ro-rama trunca automaticamente o con)unto em um
momento an-ular ra#ovel! o (adr%o 7ax $ Ma:T(p e9*A g Ma:<al &* onde Ma:T(p
o mais alto momento an-ular na base A0* e Ma:<al o mais alto momento an-ular de
val;ncia. Ioc; (ode solicitar que todas as funes -eradas ser usado com 'uto =
.odos * ou solicitar aqueles com at um certo n+vel com 'uto = 1 * onde 1 o
momentum an-ular mxima retida nas funes de a)uste.Einalmente* o P'uto forma
-era todos os (rodutos de funes A0 em um centro* em ve# de a(enas quadrados dos
(rimitivos A0* mas este -eralmente mais funes que s%o necessrias.
=or (adr%o* nenhum con)unto de monta-em usado. Densidade de monta-em con)untos
de base (ode ser aumentada com o$%tra7ensit&8asis (alavra4chave* definida na
+nte-ra com o Gen (alavra4chave e* o(cionalmente* recu(eradas do arquivo de
verifica%o $use (h)8asis a fa#;4lo&. As o(es (ara o 7ensit&Fit (alavra4chave (ode
ser usado (ara controlar al-uns as(ectos do con)unto de monta-em usado dentro de
clculos.
Densidade monta-em (ode ser feita o (adr%o (ara trabalhos usando funcionais DE@
(uros* adicionando a 7enFit (alavra4chave (ara a (arte do (ercurso $ - # - & linha
no 7e5aultTRoute arquivo. 7onta-em mais r(ido do que fa#er o termo de Coulomb
exatamente (ara sistemas de at vrias centenas de tomos $de(endendo con)unto de
base&* mas mais lento do que exata Coulomb usando tcnicas de escala linear $que s%o
li-ados automaticamente com exata Coulomb& (ara sistemas muito -randes.

9iso +eral das especi5ica=es olUcula
'sta se%o de entrada es(ecifica as (osies nucleares e o n8mero de eltrons de G4e
H4s(in. 'xistem vrias maneiras (elas quais a confi-ura%o nuclear (ode ser
es(ecificados! como uma matri#4a* como as coordenadas cartesianas* ou como uma
mistura dos dois $note que as coordenadas cartesianas a(enas um caso es(ecial da
matri#4a&.
A (rimeira linha da se%o de es(ecifica%o molcula es(ecifica a car-a l+quida eltrica
$um inteiro assinado& ea multi(licidade de s(in $-eralmente um n8mero inteiro
(ositivo&. Assim* (ara uma molcula neutra em um estado de sin-uleto* a entrada < 0
a(ro(riado. =ara um ani%o radical* -< / seriam utili#ados. Irios (ares de car-a F
rota%o (ode F deve ser inclu+da (ara al-uns ti(os de clculo.
A linha de car-a e s(in a 8nica entrada es(ecifica%o molcula necessria se Geo =
(hec)Point usado. @oda a es(ecifica%o molcula $e se%o de t+tulo& (ode ser
omitido* incluindo Geo = 'll(hec) na se%o rota.
0 restante da molcula de es(ecifica%o d o ti(o de elemento e (osi%o nuclear (ara
cada tomo do sistema molecular. 0 formato mais -eral (ara a linha no seu interior a
se-uinte!
Elemento,la/el 5- $tom do tipo 5- Carga 66 5( param +alor 5, ...6)6 $tom
posies par%metros,
Cada linha contm o ti(o de elemento* e* (ossivelmente* um ti(o de tomo de mec<nica
molecular o(cional e car-a (arcial. =ar<metros nucleares (ara este tomo s%o
es(ecificados na lista entre (ar;nteses. 0 restante da linha contm informaes sobre a
locali#a%o do tomo* ou como as coordenadas cartesianas ou como uma defini%o de
a4matri#. Iamos comear (or considerar os itens iniciais e finais e* em se-uida* (assar a
discutir os demais itens.
Aqui o formato bsico (ara es(ecificar tomos dentro da molcula de es(ecifica%o
$omitindo todos os itens o(cionais&!
Elemento,la/el 5 congelamento,code 6 : ( &
'mbora estes exem(los usam os es(aos (ara se(arar itens dentro de uma linha*
qualquer se(arador de validade* (ode ser utili#ado. A (osi%o do tomo es(ecificado
em coordenadas cartesianas. congelar,code um (ar<metro o(cional relacionado ao
con-elamento tomos durante otimi#aes usando 0.I07 $ver O>IOM (ara
detalhes&.
Elemento,la/el uma cadeia de caracteres que consiste em um ou outro o s+mbolo
qu+mico do tomo ou seu n8mero at/mico. Se o s+mbolo elementar utili#ado* ele (ode
ser o(cionalmente se-uido (or outros caracteres alfanumricos (ara criar uma etiqueta
de identifica%o (ara esse tomo. Jma (rtica comum a se-uir o nome do elemento
com um n8mero inteiro identificando secundrio! C9* CA* CC* e assim (or diante: esta
tcnica 8til na se-uinte ordem qu+mica convencional. 0 com(rimento mximo do
elemento da etiqueta Z caracteres.
.a (rimeira forma* os demais itens em cada linha s%o coordenadas cartesianas
es(ecificam a (osi%o desse n8cleo. .a se-unda forma* o 2tomo de 9* 2tomo A* 2tomo C
s%o os rKtulos dos tomos anteriormente es(ecificadas* que ser%o utili#ados (ara definir
os tomos de correntes j(osi%o $em alternativa* os outros tomosj n8meros de linha
entre a sec%o de es(ecifica%o molcula (ode ser usada (ara os valores das variveis*
onde a linha de multi(licidade de car-a e rota%o a linha 0&.
A (osi%o do tomo de corrente ent%o determinado mediante a extens%o da li-a%o
unindo4se a atom9* o <n-ulo formado (or esta li-a%o e a li-a%o unindo 2tomo 9
e 2tomo de A* e o $tor%o&* <n-ulo diedro formado (ela li-a%o unindo 2tomo A e 2tomo
de C com o (lano que contm o tomo de corrente* 2tomo e um 2tomo de A.
Aqui est uma se%o sim(les es(ecifica%o molcula de etano* que utili#a etiquetas de
elemento (ara os tomos de carbono e os ti(os de elemento (ara os tomos de
hidro-;nio!
0,1
C1 0.00 0.00 0.00
C+ 0,00 0,00 1,7+
H 1.0+ 0.00 -0.38
H -0.71 -0.** -0.38
H -0.71 0.** -0.38
H -1.0+ 0.00 1.8+
H 0.71 -0.** 1.8+
H 0,71 0,** 1,8+
's(ecificaes molcula a4matri# tambm s%o aceitos. Ie)a o A(;ndice C (ara mais
detalhes.
+speciicando Is,topos e outros par-metros nucleares
IsKto(os e outros (ar<metros nucleares (ode ser es(ecificado dentro do cam(o de ti(o
de tomo usando (alavras4chave e os valores entre (ar;nteses* como no exem(lo a
se-uir!
C (9,O 13, r#$a:;# 3) 0,0 0,0 0,0
A linha es(ecifica um
9C
tomo de C* com um s(in nuclear de CFA $C g 9FA&* locali#ado
na ori-em. 0s se-uintes itens (odem ser inclu+dos na lista de (ar<metros!
Iso = n ! sele%o Isoto(e. Se inteiros s%o usados (ara es(ecificar as massas
at/micas* o (ro-rama ir automaticamente usar a massa corres(ondente real
exata isotK(ica $(or exem(lo* 9b es(ecifica
9b
0* e Gaussian utili#a o valor
9d*9999T&.
Rotao = n ! s(in nuclear* em unidades de 9FA.
He55 = n ! car-a efetiva. 'ste (ar<metro utili#ado no aco(lamento Krbita
rota%o $ver ('SS(F = SpinOr!it &* eo 'S? gtensor eo eletr/nico
s(in4molecular hi(erfina rota%o tensor $ RM> Output = Pic)ett &.
-Mo = n ! momento de quadru(olo .uclear.
GF'( = n ! momento ma-ntico nuclear em ma-netons nucleares.
+speciicando ragmentos
Era-mentos dentro de um sistema molecular (ode ser definido usando
o 5ra+ento (ar<metro* que a(arece entre (ar;nteses a(Ks o rKtulo tomo )untamente
com qualquer isKto(o e F ou valores de (ar<metros nucleares. 0 valor de 5ra+ento
um n8mero inteiro: todos os tomos com o mesmo n8mero do fra-mento s%o definidas
como um fra-mento. 0s fra-mentos s%o 8teis (ara o clculo fra-mento su(osi%o*
clculos contra(eso* e assim (or diante.
=or exem(lo* a se-uinte estrutura de bifenilo dividido em dois fra-mentos de (elo anel
de ben#eno!
0,1 0,1 0,1 rotao total e carga5 seguidos por a-ueles especficos do fragmento#
C (Frag<en$# 1) -3,070177+8 -0,+40773++ 0,0000068*
C (Frag<en$# 1) -1,64*77747 -0,+407077+ 0,000673+7
C (Frag<en$# 1) -,84*11361 0,87+87777 0,000+0+66
C (Frag<en$# 1) -1,64**7160 +,1*67*877 -0,00083+78
C (Frag<en$# 1) -3,070+7147 +,1*67+++7 -0,00178*18
C (Frag<en$# 1) -3,770813+8 0,87+*4076 -0,0011+737
H (Frag<en$# 1) -3,7*7110** -1,16744787 0,00036777
H (Frag<en$# 1) -1,11371117 -1,1673+68+ 0,00174+76
H (Frag<en$# 1) -1,11381601 3,113+6+70 -0,001+8+*6
H (Frag<en$# 1) -3,7*731773 3,11314346 -0,00+4664*
H (Frag<en$# 1) -4,*+081317 0,87+7*8++ -0,00163677
C (Frag<en$# +) 0,781**6++ 0,87304887 0,0008374+
C (Frag<en$# +) 1,+8+7+*06 +,1*673144 0,00046787
C (Frag<en$# +) 1,+8+644+1 -0,+4076403 0,00+07466
C (Frag<en$# +) +,6838+780 +,1*678*84 0,00113737
C (Frag<en$# +) +,68404407 -0,+4048673 0,00+74+63
C (Frag<en$# +) 3,3846*780 0,8731*486 0,00++73+6
H (Frag<en$# +) 0,7776**6+ -1,167+367* 0,00+43403
H (Frag<en$# +) 0,7774*37* 3,11337+64 -0,0004011*
H (Frag<en$# +) 3,++***348 3,11347168 0,00077718
H (Frag<en$# +) 3,++80**34 -1,16711773 0,00360868
H (Frag<en$# +) 4,4646*777 0,873+3670 0,00+7*063
'ste exem(lo tambm ilustra o uso de car-a es(ec+fico do fra-mento e as es(ecificaes
de multi(licidade de s(in. 0 formato da linha de entrada corres(ondente* neste caso* a
se-uinte!
carga total , ciso total , carga fragment= , rotao fragment= , respons2+el
fragment> , rotao fragment>
Ialores de multi(licidade de s(in ne-ativos t;m um si-nificado es(ecial (ara Guess =
Fra+ento clculos* indicando que os orbitais desem(arelhados (ara o fra-mento
corres(ondente est%o a tornar4se orbitais de s(in H no con)unto combinado
es(ecificado.7ulti(licidades de s(in ne-ativos ir -erar um erro em qualquer outro ti(o
de trabalho.
=ara Guess = Fra+ento e contrapeso clculos* n8meros de fra-mentos deve comear
em 9 e executar consecutivamente. =ara outros ti(os de clculo* esta restri%o n%o
im(osta* mas sua viola%o (ode resultar em al-uns* sees de dados va#ios estranhos na
sa+da $(or exem(lo* anlises de toda a (o(ula%o de #ero fra-mento&.
GaussIieY fornece uma ferramenta -rfica (ara a defini%o de fra-mentos.
.ipos /olecular Atom /ec-nica
's(ecificaes da molcula (or clculos de mec<nica molecular (ode tambm incluir
di-ita%o tomo e as informaes de car-a (arcial. Aqui est%o al-uns exem(los!
C-C' Especifica um 2tomo de car/ono S4? alif2tico#
C-C'-0.3+ Especifica um 2tomo de car/ono S4? alif2ticos com uma carga parcial de !5?>#
OO - 0,7 Especifica um 2tomo de o:ig6nio grupo car/onila com uma carga parcial de ,!5@#
@i(os Atom e car-as (arciais o(cionais (odem ser es(ecificados (ara cada
tomo. =ar<metros nucleares tambm (ode ser definida* como nos exem(los!
C-C' (9"# 13)
C-C' - 0,1 ("!in 3)
'ar-metros ar&uivo 'D#
Irios itens adicionais (odem ser definidas* )untamente com os (ar<metros nucleares e F
ou definies de fra-mento. 'sses itens s%o (ro)etados (ara uso com arquivos =D, (ara
reter res+duos e outras informaes estruturais que cont;m e* como tal* n%o vai ser
definido (elo usurio. .o entanto* voc; (ode v;4los em Gaussian 09 arquivos de entrada
criados (or GaussIieY usando estruturas ori-inrias de arquivos =D,.
R$S>u es(ecifica o res+duo em que est locali#ado o tomo. 0 valor toma a
forma de n V A V B WW* em que n um n8mero inteiro $que n%o (recisa ser
(ositivo&* A o cKdi-o de inser%o de um carcter o(cional* e B a letra de
cadeia facultativo. Se a corrente es(ecificado* mas n%o existe um cKdi-o de
inser%o* ent%o A (ode ser um sublinhado! Res>u =-<PV( (ara o res+duo com
o n8mero 49d em cadeia C.
Res>ae es(ecifica o nome do res+duo de tr;s caracteres.
P78>ae es(ecifica o nome atribu+do ao tomo se ele n%o a(enas o nome do
elemento.
+speciicando 0tomos antasma
Jm tomo com a mec<nica di-ite 86 $(or exem(lo* O-86 & confi-urado como um
fantasma [ )acbeth ] do tomo corres(ondente* com as suas funes de base normais e de
inte-ra%o numrica (ontos de -rade* mas nenhuma acusa%o ou eltrons nuclear. 'sta
substitui%o exi-e um clculo contra(eso. @ais clculos diferir li-eiramente as
solicitadas com Massa+e nas verses anteriores do Gaussian na medida em que
incluem os (ontos de -rade dos tomos fantasmas em DE@ iC quadratura. A nova
forma uma corre%o de su(er(osi%o mais consistente e tambm mais fcil de
usar. .ote4se que os clculos contra(eso tambm (odem ser solicitados com
o contrapeso (alavra4chave.
+speciicar sistemas peri,dicos
Sistemas (eriKdicas s%o es(ecificados com uma es(ecifica%o molcula normal (ara a
clula unitria. A 8nica entrada adicional necessrio um* dois ou tr;s vetores de
tradu%o acrescentados O es(ecifica%o molcula $sem linha em branco interveniente&*
indicando a dire%o $s& de re(lica%o. =or exem(lo* a se-uinte entrada es(ecifica um
clculo da ener-ia unidimensional =,C 8nico (onto de neo(rene!
# 1.=1.=/6-31g (d, !) / >u$# ,CF a!er$ad#
ne#!ren#,-CH+-CH C (C))-CH +-ge#<e$ria #!$i<i?ada
0 1
C, -1.8+67++67+8,0.40601*0+73,0.031670+*+6
H, -+.37+3143877,0.8+0616*644,0.8131400776
H, -1.*37+738404,1.174**88113, -,770770787
C, -0,77371*+177, -0.14347*4477,0.376+*43+37
H, -0,701781+467, -0.7673384047,1.+781+*4+83
C, 0.7780**8*76,0.0++00*1677, -,3007160*48
C, 1,8+3708*673, -0.7+7*773184,0.0866+61+08
H, 1,77++3447+, -1.+711387807,0.81786+71+
H, +,36+7*684*7, -1,078+3*01*+, -,77+7117*3
C), 0.6+08*+7738,0.8*60844788, -1,7*7638*686
TV, 4.8477468928,0.1714181332,0.5112729831
A 8ltima linha es(ecifica o vetor de transla%o. .ote4se que es(ecifica .9 como o
s+mbolo do tomo.
0 se-uinte es(ecifica%o molcula (oderia ser utili#ada (ara o clculo =,C
bidimensional sobre uma folha de -rafite!
0 1
C 0.000000 0.000000 0.000000
C 0.000000 1.4+811* 0.000000
'4 +.477317 0.000000 0.000000
'4 -1,+1887+ +,133447 0,000000
Aqui a es(ecifica%o de molcula que (ode ser utili#ada (ara o clculo =,C
tridimensional sobre o arsenieto de -lio!
0 1
Ga 0.000000 0.000000 0.000000
Ga 0.000000 +.*+7000 +.*+7000
Ga +.*+7000 0.000000 +.*+7000
Ga +.*+7000 +.*+7000 0.000000
C#<# 1.41+700 1.41+700 1.41+700
C#<# 1.41+700 4.+37700 4.+37700
C#<# 4.+37700 1.41+700 4.+37700
C#<# 4.+37700 4.+37700 1.41+700
'4 7.670000 0.000000 0.000000
'4 0.000000 7.670000 0.000000
'4 0.000000 0.000000 7.670000

Ro!s ulti-passo
Irios trabalhos de Gauss (odem ser combinados em um 8nico arquivo de entrada. A
entrada (ara cada (osto de trabalho sucessivas se(arada daquela da eta(a (recedente
trabalho (or uma linha com a forma!
- /ink1 -
Aqui est um exem(lo de arquivo de entrada que contm duas eta(as de trabalho!
Chk% @reA
# HF/6-31G (d) FreA

FreAuBnCia" e< ,'1

Especificao Molecule

- /ink1 -
Chk% @reA
% D#"aEe
# HF/6-31G (d) Ge#< 4eri@iCar Gue"" /ei$ura FreA (&eadFC,
&ead9"#$#!e")

FreAuBnCia" e< 300 F

carga e rotao
300,0 +,0
Especificaes Csotope
'ste arquivo de entrada calcula freqQ;ncias vibratKrias e reali#a a anlise termoqu+mica
em duas tem(eraturas e (resses diferentes! (rimeiro a A9b*9_ ` e 9 atmosfera* e de(ois
novamente a C00 ` e A atmosferas. .ote4se que uma linha em branco deve (receder a -
*in)< - linha.

Gaussian 091 Re5er@ncia
'ste trabalho serve como refer;ncia (ara 8aussian !DE . 'le documenta a interface do
usurio (ara esta vers%o. 'le (ressu(e o conhecimento dos conceitos bsicos do
[indoYs* tcnicas e caixas de dilo-o $(or exem(lo* abertura de arquivo e
salvar&. Consulte a documenta%o do [indoYs se (recisar de assist;ncia nessas
reas. 'ste documento est or-ani#ado em torno das vrias )anelas $caixas de dilo-o&
que com(em o 8aussian !DE interface* e seu associado menus* botes e cam(os.
Consulte a Refer6ncia do Fsu2rio do 8aussian !D (ara obter informaes -erais sobre
os recursos de Gauss* (alavras4chave e utilitrios.
A tabela a se-uir lista al-umas tarefas comuns que voc; (ode querer reali#ar
com 8aussian !DE * )untamente com o n8mero da (-ina onde a discuss%o das
caracter+sticas e F ou tcnicas relevantes comea assim!
Gaussian 091 Re5er@ncia
A )anela de processamento do tra*al%o
0 =rocessamento de trabalho )anela o lu-ar a (artir do qual 8aussian !DE em(re-os
s%o controladas e executadas e onde sua (rodu%o exibida. Suas (rinci(ais (eas s%o
descritas na ilustra%o a se-uir!
0 restante desta se%o discute os menus e botes dis(on+veis nesta )anela.
O menu Arquivo
0 arquivo menu (ermite4lhe criar e acessar 8aussian !DE arquivos de entrada e definir
as (refer;ncias do (ro-rama.
.ovo
Criar nova 8aussian !DE entrada $que residem a(enas na memKria at que se)a salva
em disco&.
Abrir ...
Abra um existente 8aussian !DE arquivo de entrada. A extens%o de um 8aussian
!DE arquivo de entrada . GfE. 0 Abrir ... item de menu tambm (ode ser usado (ara
carre-ar um arquivo de controle de lote existente. A instala%o em lote descrito mais
adiante nesta se%o. Einalmente* (ode ser usada (ara abrir um ficheiro A=0 (ara a
convers%o de $este (rocesso discutido mais tarde&.
7odificar ...
'dite a entrada de corrente* atravs do 'ditar fob arquivo existente )anela.
=refer;ncias
Definir 8aussian !DE (refer;ncias. As (refer;ncias s%o descritas em uma se%o
se(arada* mais adiante neste documento.
Sair
Sair do 8aussian !DE . Ioc; ser (er-untado se dese)a salvar todos os arquivos que n%o
foram salvos novos ou modificados de entrada* bem como as alteraes n%o salvas (ara
as (refer;ncias.
O Menu de Processos
0 =rocesso de menu (ermite que voc; mani(ule os trabalhos de execu%o. @odos os
seus itens t;m +cones equivalentes no=rocessamento fob )anela $descritos mais adiante
nesta se%o&.
Comece =rocessamento
comear a executar a entrada atualmente carre-ado.
=ausa
imediatamente sus(ender o trabalho atualmente em execu%o.
=ausa ^ =rKximo "inN
sus(ender a execu%o do trabalho atualmente em execu%o a(Ks com(letar a li-a%o
actual. $0 8aussian !D (ro-rama dividido em uma srie de mKdulos conhecidos
como ligaes . Diferentes li-aes executar diferentes (artes do clculo* e as vrias
li-aes executar seqQencialmente* tornando4se o trabalho total.&
?esume
?estart execu%o de um trabalho em (ausa.
7orte fob
abortar imediatamente o trabalho atualmente em execu%o. Se um lote for executado* o
(rKximo trabalho no lote $lotes s%o formalmente definidos mais adiante nesta se%o& vai
comear a executar $a menos que o ,atch ?un 'nd em erro a (refer;ncia definida&.
,atch 'nd
=arar de executar o lote atual* quando o trabalho atual terminar.
7atar ,atch
abortar imediatamente o trabalho atualmente em execu%o e encerrar o (rocessamento
em lote* sem correr mais nenhum
trabalho.
O Menu Utilitrios
0 Jtilities menu d acesso Os instalaes em lote e convers%o de arquivos e outras
utilidades fornecidas com 8aussian !DE . Iamos consider4las em detalhe mais adiante
neste manual.
'ditar "ista ,atch
'ditar o arquivo de controle de lote atualmente carre-ado $extens%o . ,CE &* atravs
da "ista de lote 'ditar )anela $descrito mais tarde&. Se nenhum arquivo de controle de
lotes carre-ado* em se-uida* uma nova lista de lote criado e qualquer entrada
carre-ado atualmente a(a-ada da memKria.
.eYa7at
Converta arquivos usando o .eYa7at utilidade. A(Ks selecionar esta o(%o* voc;
desi-na o arquivo a ser convertido a (artir doArquivo Abrir caixa de
dilo-o. A Convers%o .eYa7at Arquivo )anela a(arece ent%o $descrito (osteriormente
neste documento&.
CubeGen
Gerar um arquivo de cubo (ara uso em um (ro-rama de visuali#a%o. Ioc; ser
solicitado (ara todas as informaes necessrias.
Cub7an
mani(ular ou transformar um ou mais arquivos de cubo existentes. Ioc; ser solicitado
(ara todas as informaes necessrias.
EreqChN
?ecu(erar freqQ;ncia e termoqu+mica de dados a (artir de um arquivo de (onto de
verifica%o. A(Ks selecionar esta o(%o* voc; desi-na o arquivo de (onto de verifica%o
(ara ser usado com o arquivo aberto caixa de dilo-o.
E0?7CM`
Converter um arquivo binrio (ara um (osto de controle $ASCII& vers%o
formatada. A(Ks selecionar esta o(%o* voc; desi-na o arquivo de (onto de verifica%o
(ara ser usado com o arquivo aberto caixa de dilo-o.
JnEchN
Converter um arquivo de verifica%o formatado (ara o formato binrio G09[. A(Ks
selecionar esta o(%o* voc; desi-na o arquivo de (onto de verifica%o (ara ser usado
com o arquivo aberto caixa de dilo-o.
ChNChN
'xibir informaes sobre o conte8do de um arquivo de verifica%o. A(Ks selecionar esta
o(%o* voc; desi-na o arquivo de (onto de verifica%o (ara ser usado com o arquivo
aberto caixa de dilo-o.
CbT09
Converta arquivos de (onto de verifica%o entre a vers%o atual e as de verses anteriores
do 8aussian (ara [indoYs. A(Ks selecionar esta o(%o* voc; desi-na o arquivo de
(onto de verifica%o (ara ser usado com o arquivo aberto caixa de dilo-o.
'xternal =D, Iisuali#ador
Ier a estrutura molecular atual com um (ro-rama de visuali#a%o =D, externo. 0
(ro-rama a ser usado es(ecificado nas (refer;ncias $descritos mais adiante neste
documento&.
O Menu Exibir
0 Ier menu controla a a(ar;ncia da )anela e (ermite invocar um editor de texto
externo. As confi-uraes (adr%o das vrias o(es de exibi%o tambm (odem ser
controladas atravs das (refer;ncias. As o(es de edi%o tambm t;m equivalentes
+cone $descritos mais adiante nesta se%o&.
,arra de ferramentas
Alterna a exibi%o da (arte da barra de ferramentas da )anela. Ruando a barra de
ferramentas vis+vel* este item verificado.
Sa+da de =rocessamento
Alterna a exibi%o da exibi%o de sa+da rea da )anela. Ruando a exibi%o de sa+da rea
vis+vel* este item verificado.
,arra de status
Alterna a exibi%o da (arte da barra de status da )anela* o que mostra uma breve
descri%o do item de menu atual. Ruando a barra de status vis+vel* este item
verificado.
'ditor de
chamar o editor externo $que editor usado definido nas (refer;ncias&.
'ditor de arquivo de sa+da ^
Chame o editor externo no arquivo de sa+da atual. .ote4se que um trabalho de execu%o
deve ser interrom(ida antes de invocar um editor em seu arquivo de sa+da.
O Menu Ajuda
A A)uda card(io se-ue as convenes (adr%o do [indoYs.
Conte8do
7ostrar a tabela de conte8dos (ara a a)uda on4line.
Sobre ...
7ostra uma )anela de informaes sobre esta vers%o e cK(ia do 8aussian !DE *
incluindo a vers%o do (ro-rama eo n8mero de srie deste exem(lar!
A)uda tambm (ode ser alcanado a qualquer momento* (ressionando o E9 chave.
cones
0s se-uintes +cones est%o dis(on+veis no (rocessamento do trabalho da )anela $o item de
menu equivalente entre (ar;nteses&!
Comece o (rocessamento do arquivo de entrada ou lote atual $ =rocesso! ?un &.
Imediatamente uma (ausa no trabalho $ (rocesso! =ausa &.
=ausa a(Ks a li-a%o atual $ =rocesso! =ausa ^ =rKximo "inN &.
?etomar a execu%o de uma tarefa interrom(ida $ =rocesso! ?esume &.
@erminar o trabalho atual $ =rocesso! 7orte fob &.
'dite o arquivo de controle de lote atual* ou criar um novo* se nenhum est
atualmente carre-ado $ Jtilities! 'ditar lista de lote&.
Acabar com o lote em execu%o a(Ks o trabalho atual conclu+da $ =rocesso! ,atch
'nd &.
Abortar imediatamente o lote atual* matando o trabalho atual $ =rocesso! 7ate
,atch &.
Abra o editor externo $ Ier! 'ditor &.
'dite o arquivo de sa+da de corrente. Certifique4se de dar uma (ausa no trabalho em
execu%o em (rimeiro lu-ar3 $ Ier! 'ditor ^ arquivo de sa+da &.

Execuo de arrastar-e-soltar arquivos
8aussian !DE em(re-os tambm (ode ser iniciada usando a tcnica de execu%o de
arrastar4e4soltar. Aqui est%o os (assos envolvidos!
Incar Gaussan 09W (se necessro).
Navegue at o dretro que contm o arquvo de entrada dese|ado
(s).
Seecone e arraste os arquvos para o Gaussan 09W cone (se o
programa mnmzado) ou em quaquer ugar dentro
doProcessamento |ob |anea. Se mas de um arquvo for arrastado e
soto, um arquvo de ote que consste nos arquvos de entrada
seeconados sero crados. O arquvo de controe de ote resutante
ser denomnada DropLst.BCF , e ser coocado no dretro atua.
Escoha ncar o processamento do Processo menu (ou cque no
cone equvaente). Voc pode dreconar Gaussan 09Wpara ncar
automatcamente o processamento de arquvos que so descartados
no Preferncas do Processo |anea (descrto mas tarde).

Gaussian 091 Re5er@ncia
A )anela +ditar 2o*
'sta )anela utili#ada (ara criar e editar 8aussian !D arquivos de entrada. 'le tem dois
t+tulos! trabalho de entrada * quando usado (ara criar novos entrada e arquivo existente
'ditar fob * quando utili#ado (ara modificar um arquivo de entrada existente. 0bserve
que a nova entrada e mudanas (ara arquivos de entrada existentes s%o arma#enados na
memKria como eles s%o feitos e* (ortanto* ser usado quando a execu%o do trabalho
comea* mas eles devem ser ex(licitamente salvas no disco.
O menu Arquivo
0 arquivo menu (ermite carre-ar e salvar de 8auss !D arquivos de entrada. Al-umas de
suas o(es t;m +cones equivalentes $descritos mais adiante nesta se%o&.
Car-a
Carre-ar um arquivo de entrada existente $extens%o . GfE &* substituindo qualquer
entrada atual. Se o cam(o nome do arquivo (reenchido* este arquivo ser
carre-ado. Se estiver em branco* ent%o voc; ser solicitado (ara o arquivo a ser
carre-ado. 0 arquivo carre-ado substitui qualquer entrada de corrente $a(Ks solicitar a
necessria salva&.
Se voc; selecionar a car-a o(%o* sem alterar o conte8do do cam(o de nome de arquivo*
em se-uida* a entrada atual ser revertido (ara a 8ltima salva formulrio no disco $desde
que voc; res(onder .%o ao salvar (rom(t&.
Salve fob
Salvar a entrada de corrente (ara o seu arquivo ori-inal $voc; ser solicitado a fornecer
um nome de arquivo* se for recm4criado entrada&.
Salvar trabalho como ...
Salve a corrente de entrada (ara um arquivo que voc; es(ecificar.
'ditor 'xterno
Chame o editor externo na entrada atual. 0 editor externo es(ecificada atravs das
(refer;ncias.
Abandonar Dados
'xit a (artir desta )anela* descartando todas as entradas e as mudanas.
Sair
Ioltar (ara a =rocessamento de trabalho )anela. 'ntrada de corrente mantido* mas n%o
salvo automaticamente.
Saia k ?un
Ioltar (ara a =rocessamento de trabalho )anela e comear a executar a entrada de
corrente $n%o salvos automaticamente (ara o disco&.
O Menu Editar
0 'ditar menu inclui o (adr%o do [indoYs 'ditar o(es de
menu Desfa#er * ?ecortar * Co(iar * Colar e A(a-ar . 'le tambm tem essa o(%o
adicional!
"im(ar formulrio
a(a-ar todas as informaes em todas as sees da )anela. .enhum aviso dado sobre
as alteraes n%o salvas. Ioc; (ode criar um novo arquivo de entrada a (artir deste
formulrio selecionando "im(ar formulrio * entrando na entrada dese)ada* e de(ois
salv4la.
A opo !ec"-#oute
'ste item executado a ?oute checN utilidade na entrada de corrente $descrito mais
adiante neste documento&. 'xiste um +cone equivalente (ara esta o(%o $descrito mais
tarde&.
A opo $et-$tart
'sta o(%o (ermite4lhe definir a eta(a de trabalho de (artida (ara este arquivo de
entrada $eta(as de trabalho adicionais s%o discutidos mais adiante nesta se%o&. 0
(adr%o o (rinci(al $(rimeiro& (asso:
Selecione o (asso de iniciar clicando duas ve#es sobre o (asso dese)ado. Sair da )anela*
escolhendo Eechar a (artir da )anela do Sistema menu $alcanado atravs da estreita
barra no canto su(erior esquerdo&. 'xiste um +cone equivalente (ara esta o(%o $descrito
mais tarde&.
cones
0s se-uintes +cones est%o dis(on+veis no fob 'ditar )anela $o item de menu
equivalente entre (ar;nteses&!
Ioltar (ara o menu (rinci(al e iniciar a execu%o do trabalho $ Arquivo ^ Sair k
?un &. Iolte ao menu (rinci(al $ Arquivo ^ Sair &. Salve todo entrada de corrente (ara
o disco $ Eile ^ Save fob &. Descartar todas as entradas e retornar ao menu (rinci(al
$Arquivo ^ Abandonar Dados &. 'xecute o utilitrio ?oute ChecN
$ ChecN4?ota &. 's(ecifique o (asso de iniciar trabalho $ Set4Start &. Carre-ue um
arquivo de entrada* sem(re (edindo o nome do arquivo* substituindo qualquer entrada
de corrente $a(Ks solicitar (ara qualquer necessidade salva& . A(enas a(resentar ao
editar um arquivo existente $ Arquivo ^ Car-a &.
O Passos boto adicional
'ste bot%o leva voc; (ara a eta(as de trabalho adicionais )anela* descrito na (rKxima
se%o. 0 cam(o de exibi%o de seu direito indica o n8mero de eta(as de trabalho
adicionais dentro deste trabalho.
3 posto de tra*al%o adicional 'assos 2anela
A eta(as de trabalho adicionais )anela usada (ara criar e editar
multicom(onentes 8aussian !D (ostos de trabalho. .ote4se que nenhuma economia de
arquivo ocorre a (artir desta )anela: salva deve ser feita a (artir do fob 'ditar )anela.
Aspecto inicial %anela
Ruando voc; (ressiona o adicional =assos bot%o (ara um arquivo de entrada com
a(enas uma 8nica eta(a de trabalho* a eta(as de trabalho adicionais )anela consiste
unicamente em sua barra de menus!
As vrias reas de entrada n%o s%o vis+veis at que voc; crie uma nova eta(a*
selecionando Adicionar 'ta(a da 'ta(a menu.
O Menu de Passo
A 'ta(a de menu usado (ara criar* remover e reor-ani#ar a ordem das eta(as de
trabalho.
Adicionar =asso
Crie uma nova eta(a de trabalho a(Ks o atual. 0 conte8do da Se%o> * Se%o
@+tulo e Car-a k 7ulti(l. reas da actividade (rinci(al s%o automaticamente co(iados
(ara a nova eta(a. 'les (odem ser editadas como dese)ado como as reas adicionais s%o
(reenchidos
'xcluir =asso
?etire a eta(a atual do trabalho.
?eordenar
Alterar a ordem das eta(as de trabalho utili#ando o re4ordena%o de dados )anela
$descrito em uma se%o se(arada* mais adiante neste documento&.
Car-a De Arquivo
Substitua a eta(a atual com o trabalho arma#enado em um arquivo externo $voc; ser
solicitado a informar o nome do arquivo&. Se o arquivo contm mais de uma eta(a de
trabalho em si ea eta(a atual a 8ltima eta(a do trabalho* ent%o todos os (assos do
arquivo ser carre-ado em sua ordem atual.
Se o arquivo contm vrias eta(as de trabalho ea eta(a atual n%o a 8ltima eta(a do
trabalho* ent%o a(enas o (rimeiro (asso a (artir do arquivo ser carre-ado* como o
(asso atual* e uma mensa-em de erro ser exibida.
Sair
Ioltar (ara a fob 'ditar )anela. 'xiste um +cone equivalente (ara este item de menu
$descrito mais adiante nesta se%o&.
O Menu Editar
0 'ditar menu contm os itens de srie! Desfa#er * Cut * Co(iar * Colar e A(a-ar .
O Menu Exibir
0 Ier menu (ermite4lhe mover4se entre os trabalhos de (assos adicionais dentro do
trabalho atual. Seus itens tambm t;m +cones equivalentes $descritos mais adiante nesta
se%o&.
=rKximo =asso
7over (ara a (rKxima eta(a $maior numerada& no trabalho.
=rev =asso
I (ara o (asso anterior neste trabalho.
'scolha =asso
7over (ara o n8mero eta(a de trabalho que voc; es(ecificar.
O !ec"-#oute item
'ste item executado a ?oute checN facilidade na eta(a de entrada de corrente $descrito
em uma se%o se(arada* mais adiante neste documento&.
cones
0s se-uintes +cones a(arecem na eta(as de trabalho adicionais )anela $o item de menu
equivalente entre (ar;nteses&!
7over (ara a (rKxima eta(a de trabalho $ Ier! =rKximo =asso &. 7over4se (ara a
eta(a anterior de trabalho $ Ier! =rev 'ta(a &. 7over4se (ara um n8mero determinado
(asso $ Ier! 'scolha 'ta(a &. 'xecute o utilitrio de verifica%o de rotas $ 'ntrada
?oute &. Iolte (ara a )anela de 'di%o de trabalho $ 'ta(a! 'xit &.
A Rota Facility Verifique
A ?ota do checN instala%o verifica a (arte do (ercurso da corrente de entrada $ou eta(a
de trabalho adicional se correr a (artir daeta(as de trabalho adicionais )anela&. 'le exibe
uma )anela que contm a (arte do (ercurso* o linN ma(a corres(ondente* e mensa-ens
de erro. Isto caracteri#a corres(onde ao testrt utilitrio fornecido com
outros 8aussian verses.
A aus;ncia de qualquer mensa-em de erro indica uma (arte do (ercurso vlido
$embora Ierifique ?oute n%o (ode determinar se o que voc; (retende ou n%o&. Ioc;
(ode sair a (artir desta )anela* (ressionando o Eeito bot%o quando tiver terminado de
examinar ochecN rota de sa+da. Consulte a Refer6ncia do Fsu2rio do 8aussian !D (ara
mais informaes sobre esta facilidade.
Gaussian 09 Palavras-chave
=alavras4chave s%o -eralmente dis(ostos em ordem alfabtica* com as se-uintes
excees!
Con)unto de base (alavras4chave n%o est%o (resentes* ver a se%o sobre
con)untos de base (ara obter informaes sobre con)untos de bases dis(on+veis e
as suas (alavras4chave associadas. .ote* entretanto* que
os (h)8asis * $%tra8asis * Gen ePseudo (alavras4chave s%o discutidos em
suas (rK(rias sees.
@odas as (alavras4chave relacionadas com a DE@ s%o coletados sob o
t+tulo MUtodos 7F. .
"i-a%o 0 comandos s%o colocados de(ois de todas as (alavras4chave do
alfabeto $ou se)a* a(Ks a discuss%o de HI>7O &* formando a (en8ltima se%o .
=alavras4chave relacionadas com a es(ecifica%o de alternativas
rotas $%tra*in)s * $%traOverla&s * >onStd * S)ip * e Fse 4s%o discutidos
no Rotas $speci5icando >onstandard se%o. Informa%o relacionada tambm
a(resentado na discuss%o dotestrt utilidade.
Dentro da discuss%o de uma determinada (alavra4chave* as o(es s%o listadas em
ordem de im(ort<ncia e freqQ;ncia de uso* em ve# de em ordem estritamente
alfabtica. "istas de o(es -randes s%o frequentemente divididos em -ru(os com
funes semelhantes.

Pro+raas FtilitCrios
'sta se%o descreve vrios (ro-ramas utilitrios inclu+dos no Gaussian 09. 0s utilitrios
s%o discutidos em ordem alfabtica dentro deste ca(+tulo.
A maioria dos utilitrios est%o dis(on+veis (ara ambas as verses do J.Ii e [indoYs
do Gauss. .o entanto* certifique4se de consultar as notas de lanamento que
acom(anham o (ro-rama (ara obter informaes referentes a sistemas o(eracionais
es(ec+ficos.
A se-uir lista os servios (8blicos dis(on+veis e suas funes $itens com estrela est%o
inclu+dos no 09[ Gaussian Ftilities menu&!
cW?09
Converte arquivos de (onto de verifica%o a (artir de verses anteriores do (ro-rama
(ara o formato Gaussian 09.
ch)ch) Q
A(resenta o (ercurso e as sees de t+tulo de um arquivo de (onto de verifica%o.
cu!e+en Q
utilitrio de -era%o de cubo Standalone.
cu!an Q
7ani(ula cubos de Gauss4(rodu#ido de densidade de eltrons e (otencial eletrosttica
$que (ermite que se)am adicionados* subtra+dos* e assim (or diante&.
FORM(4D Q
Converte um arquivo de verifica%o binria em uma forma ASCII adequados (ara uso
com (ro-ramas de visuali#a%o e (ara mover arquivos de (onto de verifica%o entre
diferentes ti(os de sistemas de com(utador.
5re6ch) Q
=rints freqQ;ncia e termoqu+mica de dados de um arquivo de (onto de verifica%o. Eator
isKto(os alternativos* tem(eratura* (ress%o e escala (odem ser es(ecificados (ara a
anlise termoqu+mica.
5re6e
Determina requisitos de memKria (ara clculos de freqQ;ncia.
+auopt
'xecuta otimi#aes de diferentes coordenadas moleculares variveis.
+help
a)uda on4line (ara Gauss.

Standalone (ro-rama mec<nica molecular.

new,at Q
Convers%o entre uma variedade de formatos de es(ecifica%o de -eometria molecular.
testrt Q
verificador de sintaxe se%o ?ota e -era%o de rota n%o4(adr%o.
un5ch) Q
Converter um arquivo de checN(oint formatado de volta O sua forma binria $(or
exem(lo* a(Ks o mover de um ti(o diferente de sistema de com(utador&.
G'FSSVM$M7$F variCvel de a!iente
0 GAJSS57'7D'E varivel de ambiente (ode ser usado (ara aumentar a memKria
dis(on+vel (ara os utilitrios que n%o oferecem essa o(%o se. Seu valor deve ser
a)ustado (ara a quantidade dese)ada de memKria em (alavras.

(orrendo Gaussian
'sta se%o descreve os comandos do sistema o(eracional necessrias (ara executar
Gaussian em sistemas de com(utadores baseados em Jnix. Consulte as instrues
adicionais que acom(anham o (ro-rama de informaes equivalentes (ara outros
sistemas o(eracionais. 'sta discuss%o (ressu(e que o (ro-rama ) foi instalado.
Correndo Gaussian envolve as se-uintes atividades!
Crando entrada Gaussan descrevendo o ccuo dese|ado.
Especcando os ocas dos vros arquvos de zero.
Especcar os requstos de recursos.
Incando a execuo do programa, ou em modo nteratvo ou batch.
.esta se%o* vamos su(or que um arquivo de entrada Gaussian bsico foi criado* e
nossa discuss%o ir examinar os restantes tr;s itens da lista.
+speciicando 4andling risco de ar&uivo e local
Gaussian utili#a vrios arquivos de #ero no curso de sua com(uta%o. 'les incluem!
O arquvo Checkpont: nome . chk
O Read-Wrte e: nome . rwf
O arquvo Integra Two-Eectron: nome . nt (vazo por padro)
O arquvo Integra Dervatvo Two-Eectron: nome . d2e (vazo por
padro)
O arquvo de zero: nome . SKR
=or (adr%o* esses arquivos recebem um nome -erado a (artir do ID de (rocesso do
(rocesso de Gauss* e eles s%o arma#enados no diretKrio rai#* desi-nado
(elo GAJSS5SC?DI? varivel de ambiente $J.Ii&. Ioc; tambm (ode ver os
arquivos da forma nome .in( neste diretKrio. 'stes s%o os arquivos de entrada internos
usados (elo (ro-rama. Se a varivel de ambiente definida* os (adres de locali#a%o
(ara o diretKrio de trabalho atual do (rocesso de Gauss.
=or (adr%o* esses arquivos s%o a(a-ados no final de uma tem(orada de sucesso. .o
entanto* voc; (ode querer salvar o arquivo de (onto de verifica%o (ara uso (osterior
em um outro trabalho de Gauss* (ara uso de um (ro-rama de visuali#a%o* (ara reiniciar
um trabalho falhou* e assim (or diante. Isto (ode ser conse-uido (or nomear o arquivo
de verifica%o* fornecendo um nome e F ou locali#a%o ex(l+cita (ara que* atravs de
uma S de (h) comando no ficheiro de entrada de Gauss. Aqui est um exem(lo!
Chk% gua
'ste comando* que colocado no in+cio do arquivo de entrada $antes da (arte do
(ercurso& d ao arquivo de verifica%o do nomeYater.chN * substituindo o nome -erado
habitual e fa#endo com que o arquivo se)a salvo na conclus%o do trabalho. .este caso* o
arquivo ir residir no diretKrio atual. .o entanto* um comando como este ir es(ecificar
um local de diretKrio alternativo* bem como nome do arquivo!
Chk% / Che</"Cra$Ch+/Ga$er
Se o es(ao em disco no diretKrio do #ero limitado* mas o es(ao est dis(on+vel em
outra (arte do sistema* voc; (ode querer dividir os arquivos scratch entre vrios locais
de disco. 0s se-uintes comandos (ermitem que voc; es(ecifique os nomes e
locali#aes dos outros arquivos scratch!
% RWF = camnho

Arquvo de gravao de etura
% Int = camnho

Arquvo Integra
% D2E = camnho

Arquvo Integra Dervatvo
'm -eral* o arquivo de leitura e escrita de lon-e o maior* e (or isso o 8nico (ara o
qual um local alternativo mais freqQentemente es(ecificado.
Arquvos Dvso de raspadnhas em dscos
Gaussian 09 (ode resolver arquivos scratch 8nicas de at 9T G, em sistemas
o(eracionais de CA bits* como o [indoYs e "inux IACA..%o h necessidade de dividir
arquivos de #ero em A arquivos G,. 0 limite de es(ao de rascunho total de 9T G,
inerente inteiros de CA bits* no entanto* e dividir o arquivo de rascunho
ser no su(er4lo.
Jma sintaxe alternativa fornecida (ara dividir o arquivo de leitura e escrita* o arquivo
Inte-ral* e F ou o arquivo Inte-ral Derivativo entre dois ou mais discos $ou sistemas de
arquivos&. Aqui est a sintaxe (ara o S R:F comando!
S R:F P loc 9* tamanho 9* loc A* tamanho A* ...
onde cada loc um local de diretKrio ou um caminho de arquivo* e cada tamanho o
tamanho mximo (ara o se-mento de arquivo naquele local. Gaussian ir -erar
automaticamente nomes de arquivos ori-inais (ara toda a loc que es(ecifica a(enas um
diretKrio. 'm sistemas J.Ii* es(ecificaes de diretKrio $sem nomes& deve incluir uma
barra terminal.
=or (adr%o* os tamanhos est%o em unidades de b bXtes (alavras. 'ste valor tambm
(ode ser se-uido (or D8 * M8 * G8 * .8 * D:* M: * G: ou .: $sem intervir
es(aos& (ara es(ecificar unidades de quilo4* me-a4* -i-a4tera4bXtes ou ou
(alavras. .ote4se que 9 7, P 90AZ
A
bXtes P 9.0Zb._dT bXtes $e n%o 9.000.000 bXtes&.
Jm valor de -< (ara qualquer (ar<metro de tamanho indica que todo e qualquer es(ao
dis(on+vel (ode ser usado* e um valor de 0 di# (ara usar o tamanho atual de um
se-mento existente. -< 8til a(enas (ara o 8ltimo arquivo es(ecificado* (ara a qual o
(adr%o.
=or exem(lo* a se-uinte diretiva divide o arquivo de leitura e escrita atravs de tr;s
discos!
% &HF / da)$#n/"0 /, 4G., / "Cra$Ch /, 3G., / $e<!/"0/<IJK#(, -1
0s tamanhos mximos (ara os se-mentos de arquivo s%o Z G,* C G,* e ilimitado*
res(ectivamente. Gaussian ir -erar nomes (ara os dois (rimeiros se-mentos* ea terceira
ser dado o nome &VJo! . .ote4se que as es(ecificaes de diretKrio incluem barras de
terminais.
Devido a limitaes no im(lementaes atuais J.Ii* -< deve ser usado com cautela*
uma ve# que ir tentar estender um se-mento de arquivo alm de toda a ca(acidade do
disco restante nesses sistemas: us4lo tambm ter o efeito colateral de manter todos os
se-mentos de arquivos adicionais inclu+dos no a lista de nunca ter sido usado.
Savando e Excuso de arquvos de Rsco
=or (adr%o* os arquivos s%o a(a-ados scratch sem nome no final da corrida de Gauss* e
arquivos nomeados s%o salvos. 0 S nosavecomando (ode ser usado (ara alterar esse
com(ortamento (adr%o. Ruando esta directiva est inclu+do em um arquivo de entrada*
chamado arquivos scratch cu)as directivas a(arecer no arquivo de entrada antes nosave
S ser%o a(a-ados no final de uma corrida $assim como todos os arquivos do #ero sem
nome&. .o entanto* se o S directiva nomear o arquivo exibido apGs o nosave
Sdirectiva* o arquivo ser mantido. =or exem(lo* esses comandos es(ecificar um nome
(ara o arquivo de verifica%o* e um nome alternativo e local do diretKrio (ara o arquivo
de leitura e escrita* e fa#er com que a(enas o arquivo de (onto de verifica%o (ara ser
salvo na conclus%o do trabalho de Gauss!
% &HF / Che</"Cra$Ch+/Ga$er ar-ui+os a ser e:cluda5 cli-ue a-ui#
% D#"aEe
Chk% gua ar-ui+os se3am sal+os a-ui#
0bserve que todos os arquivos s%o salvos quando um trabalho termina de forma
anormal.
Arquvos de Incazao
0 sistema Gaussian inclui arquivos de iniciali#a%o (ara confi-urar o ambiente de
usurio (ara executar o (ro-rama. 'sses arquivos s%o!
L G08r##$/g08/("d/g08.)#gin C shell
L g08r##$/g08/("d/g08.!r#@i)e Hourne shell
.ote que o -09root varivel de ambiente deve ser confi-urado (elo usurio. Assim*
habitual incluir linhas como o se-uinte dentro dolo-on. ou (erfil. arquivo (ara usurios
de Gauss!
# ar-ui+os de loginI
g08r##$ "e$enE locali&ao
@#n$e L g08r##$/g08/("d/g08.)#gin
# 4erfil ar-ui+osI
g08r##$ locali&ao
g08r##$ eM!#r$a:;#
. L G08r##$/g08/("d/g08.!r#@i)e
Jma ve# que as coisas est%o confi-uradas corretamente* o G09 comando usado (ara
executar Gaussian 09 $ve)a abaixo&.
(ontrolando o uso da mem,ria
A S Me comando controla a quantidade de memKria din<mica a ser utili#ado (or
Gaussian. =or (adr%o* A_T 7, $CA7[& s%o utili#ados. Isso (ode ser alterado
(ara n (alavras de du(la (recis%o* es(ecificando!
% %e< n
=or exem(lo* o comando a se-uir define o uso de memKria (ara CA0 milhes de bXtes!
% %e< 40000000
'ste valor tambm (ode ser se-uido
(or D8 * M8 * G8 * .8 * D: * M: * G: ou .: $sem intervir es(aos& (ara
es(ecificar unidades de quilo4* me-a4* -i-a4tera4bXtes ou ou (alavras. =or exem(lo* o
se-uinte comando tambm define a quantidade de memKria din<mica de 9 G,!
% 1G. %e<
=ode ser necessrio alocaes ainda maiores (ara -randes clculos SCE directos* (elo
menos C 1
A
(alavras* onde 1 o n8mero de funes de base.
$+isoI Solicitando mais memGria do -ue a -uantidade de memGria fsica realmente
dispon+el em um sistema de computador +ai le+ar a um desempenho muito po/re#
Se Gauss est sendo usado em uma mquina com memKria f+sica limitada* de modo que
o (adr%o de A_T 7, n%o est dis(on+vel* os al-oritmos (adr%o* bem como a aloca%o de
memKria (adr%o deve ser definida de forma adequada durante a instala%o.
(orrendo Gaussian em Sistemas 56I7
Jma ve# que todas as es(ecificaes de entrada e de recursos s%o (re(arados* voc; est
(ronto (ara executar o (ro-rama. Gaussian 09 de maio ser executado interativamente
usando um dos dois estilos de comando!
G09 ,nome de tra/alho
G09 Jinput,fileK output,file
.a (rimeira forma* o (ro-rama l; a entrada de nome de tra/alho . C07 e escreve sua
sa+da (ara ,nome do tra/alho . lo- . Ruando,nome do tra/alho n%o for es(ecificado* o
(ro-rama l; da entrada (adr%o e -rava na sa+da (adr%o* e estes (odem ser
redirecionados ou canali#ada na moda J.Ii habitual. De qualquer forma de comando
(ode ser forado no fundo da mesma forma como qualquer comando shell usando o '
comercial.
Scrpts e Gaussan
Scri(ts (ro)etados (ara funcionar Gaussian 09 tambm (odem ser criados de vrias
maneiras $vamos usar o shell C nestes exem(los&.=rimeiro* G09 comandos como
aqueles acima (ode ser inclu+do em um scri(t shell. 'm se-undo lu-ar* a entrada
efectiva de Gauss (ode ser inclu+do no scri(t usando o XX construto!
# / .in / C"h
G08 NN F9%O Ga$er.)#g
Chk% gua
# &HF/6-31G (d)

energia da gua

0 1
O
H 1 1,0
H 1 1,0 + 1+0,0

=D-
eCh# P$ra(a)h#P.
@odas as linhas anteriores a corda se-uindo os XX s+mbolos s%o tomados como entrada
(ara o G09 de comando.
Einalmente* laos (odem ser criados (ara executar diversos trabalhos de Gauss em
sucess%o. =or exem(lo* o se-uinte scri(t executa todos os arquivos de entrada de Gauss
es(ecificados como ar-umentos de linha de comando* e mantm um re-istro de suas
atividades no arquivo de Status !
# / .in / C"h
eCh# P="$ad# a$ua) d# $ra(a)h#QPO ="$ad#
arAuiE# @#reaCh (L argE)
eCh# P9niCiand# L @i)e arAuiE# e<R da$e RP OO ="$ad#
G08 NL @i)eO L @i)eQ r.)#g
eCh# PL @i)e Fei$# C#< # "$a$u" L e"$ad#P OO ="$ad#
@ina)
eCh# P$ud# @ei$#.P ="$ad# OO
0 se-uinte scri(t mais com(lexo cria arquivos de entrada de Gauss on4the4flX a (artir da
entrada (arcial nos arquivos de dados como ar-umentos de linha de comando do
scri(t. 0 8ltimo faltam sees com(letas de rotas* os seus troos consistem
sim(lesmente um #sinal ou # linha que contm (alavras4chave es(eciais necessrios
(ara que o sistema molecular* mas nenhum mtodo* con)unto de base* ou ti(o de
clculo.
0 scri(t cria um trabalho de dois (assos (ara cada arquivo4a otimi#a%o de
Martree4EocN entrada (arcial se-uido (or um dos dois comandos literais inclu+das no
roteiro e os conte8dos de cada arquivo es(ecificado em tem(o de execu%o do
scri(t4consistindo clculo 7=A ener-ia de (onto 8nico. 'le inclui o 8ltimo ex(lorando o
Gaussian 09 A incluem mecanismo de arquivo!
# / .in / C"h
eCh# P="$ad# a$ua) d# $ra(a)h#QPO ="$ad#
arAuiE# @#reaCh (L argE)
eCh# P9niCiand# L @i)e arAuiE# e<R da$e RP OO ="$ad#
G08 NN F9%O L @i)eQ r.)#g
Chk% L @i)eQ r
# HF/6-31G (d) FO!$
S L Fi)e / D

- /ink1 -
Chk% L @i)eQ r
% D#"aEe
# %1+/6-31 T G (d, !) ,1 Gue"" /ei$ura Ge#< >))CheCk
=D-
eCh# PL @i)e Fei$# C#< # "$a$u" L e"$ad#P OO ="$ad#
end # @i< d# @#reaCh
eCh# P$ud# @ei$#.P ="$ad# OO
Execuo em ote com SNO
Gaussian (ode ser executado usando a facilidade lote S.R nesses sistemas J.Ii que
su(ortam. 0 su!+09 comando* definida nos arquivos de iniciali#a%o* envia um arquivo
de entrada (ara uma fila de lote. 'le tem a se-uinte sintaxe!
subg09 fila,name,nome do tra/alho 5 -scrdir dir= 6 5 -eedir dir> 6 5 -!
n 6
0s dois (ar<metros necessrios s%o os nomes de filas e de em(re-o. A entrada tirado
de ,nome do tra/alho . com e sa+da vai (ara,nome do tra/alho . lo- * assim como (ara
corridas interativas. 0 arquivo de lo- S.R enviado (ara tra/alho de
nome batch4lo-. .0s (ar<metros o(cionais -scrdir e -e%edir s%o usados (ara substituir o
#ero defeito e diretKrios executveis* res(ectivamente. @odos os outros (ar<metros est%o
a ser tomadas o(es S.R. 'm (articular* p- n (ode ser usado (ara definir a (rioridade
na fila de n . 'sta a (rioridade (ara a inicia%o $9 sendo o mais baixo&* e n%o afeta a
(rioridade de tem(o de execu%o.
=ara submeter um trabalho S.R de uma sess%o interativa* um arquivo como o se-uinte
deve ser criado $com nome do arquivo nomedo trabalho. &!
# U,V.-r nome -# nome . @#ra-e#
# U,V.-)$ +000-/' +100
# U,V.-)< 34<G 34<G-/%
G08 N nome . C#<
onde nome deve ser substitu+do (or um nome que a(ro(riado (ara o seu clculo. 0s
(rimeiros nomes a linha de trabalho em execu%o* os nomes dos arquivos de sa+da e
causa erros a serem inclu+das no arquivo de sa+da. 0s (ar<metros de tem(o s%o
diferentes (ara (ermitir a adi%o de controle de trabalho (ara lim(e#a* $(or exem(lo*
arquivar o arquivo de verifica%o no caso em que o trabalho excede o seu limite de
tem(o&. 0s (ar<metros de memKria s%o utili#ados tanto (ara a (ro-rama%o inicial de
seu trabalho (ara a execu%o e (elo (ro-rama (ara determinar o uso de memKria
din<mica.
'ste trabalho seria ent%o submetido ao emitir o comando*
L "sub nome . #r$b$%&'
ea sa+da seria colocado no seu diretKrio de trabalho atual.
(orrendo Gaussian
'sta se%o descreve os comandos do sistema o(eracional necessrias (ara executar
Gaussian em sistemas de com(utadores baseados no [indoYs. Consulte as instrues
adicionais que acom(anham o (ro-rama de informaes equivalentes (ara outros
sistemas o(eracionais. 'sta discuss%o (ressu(e que o (ro-rama ) foi instalado.
Correndo Gaussian envolve as se-uintes atividades!
Crando entrada Gaussan descrevendo o ccuo dese|ado.
Especcando os ocas dos vros arquvos de zero.
Especcar os requstos de recursos.
Incando a execuo do programa, ou em modo nteratvo ou batch.
.esta se%o* vamos su(or que um arquivo de entrada Gaussian bsico foi criado* e
nossa discuss%o ir examinar os restantes tr;s itens da lista.
+speciicando 4andling risco de ar&uivo e local
Gaussian utili#a vrios arquivos de #ero no curso de sua com(uta%o. 'les incluem!
O arquvo Checkpont: nome . chk
O Read-Wrte e: nome . rwf
O arquvo Integra Two-Eectron: nome . nt (vazo por padro)
O arquvo Integra Dervatvo Two-Eectron: nome . d2e (vazo por
padro)
O arquvo de zero: nome . SKR
=or (adr%o* esses arquivos recebem um nome -erado a (artir do ID de (rocesso do
(rocesso de Gauss* e eles s%o arma#enados no diretKrio rai#* desi-nado em
=refer;ncias. Ioc; tambm (ode ver os arquivos da forma nome . in( neste
diretKrio. 'stes s%o os arquivos de entrada internos usados (elo (ro-rama. Se a
(refer;ncia definida* os (adres de locali#a%o (ara o diretKrio de trabalho atual do
(rocesso de Gauss.
=or (adr%o* esses arquivos s%o a(a-ados no final de uma tem(orada de sucesso. .o
entanto* voc; (ode querer salvar o arquivo de (onto de verifica%o (ara uso (osterior
em um outro trabalho de Gauss* (ara uso de um (ro-rama de visuali#a%o* (ara reiniciar
um trabalho falhou* e assim (or diante. Isto (ode ser conse-uido (or nomear o arquivo
de verifica%o* fornecendo um nome e F ou locali#a%o ex(l+cita (ara que* atravs de
uma S de (h) comando no ficheiro de entrada de Gauss. Aqui est um exem(lo!
Chk% gua
'ste comando* que colocado no in+cio do arquivo de entrada $antes da (arte do
(ercurso& d ao arquivo de verifica%o do nomeYater.chN * substituindo o nome -erado
habitual e fa#endo com que o arquivo se)a salvo na conclus%o do trabalho. .este caso* o
arquivo ir residir no diretKrio atual. .o entanto* um comando como este ir es(ecificar
um local de diretKrio alternativo* bem como nome do arquivo!
Chk% CQ W Che< W ,Cra$Ch+ W gua
Se o es(ao em disco no diretKrio do #ero limitado* mas o es(ao est dis(on+vel em
outra (arte do sistema* voc; (ode querer dividir os arquivos scratch entre vrios locais
de disco. 0s se-uintes comandos (ermitem que voc; es(ecifique os nomes e
locali#aes dos outros arquivos scratch!
% RWF = camnho

Arquvo de gravao de etura
% Int = camnho

Arquvo Integra
% D2E = camnho

Arquvo Integra Dervatvo
'm -eral* o arquivo de leitura e escrita de lon-e o maior* e (or isso o 8nico (ara o
qual um local alternativo mais freqQentemente es(ecificado.
Arquvos Dvso de raspadnhas em dscos
Gaussian 09 (ode resolver arquivos scratch 8nicas de at 9T G, em sistemas
o(eracionais de CA bits* como o [indoYs e "inux IACA..%o h necessidade de dividir
arquivos de #ero em A arquivos G,. 0 limite de es(ao de rascunho total de 9T G,
inerente inteiros de CA bits* no entanto* e dividir o arquivo de rascunho
ser no su(er4lo.
Jma sintaxe alternativa fornecida (ara dividir o arquivo de leitura e escrita* o arquivo
Inte-ral* e F ou o arquivo Inte-ral Derivativo entre dois ou mais discos $ou sistemas de
arquivos&. Aqui est a sintaxe (ara o S R:F comando!
S R:F P loc 9* tamanho 9* loc A* tamanho A* ...
onde cada loc um local de diretKrio ou um caminho de arquivo* e cada tamanho o
tamanho mximo (ara o se-mento de arquivo naquele local. Gaussian ir -erar
automaticamente nomes de arquivos ori-inais (ara toda a loc que es(ecifica a(enas um
diretKrio. 'm sistemas J.Ii* es(ecificaes de diretKrio $sem nomes& deve incluir uma
barra terminal.
=or (adr%o* os tamanhos est%o em unidades de b bXtes (alavras. 'ste valor tambm
(ode ser se-uido (or D8 * M8 * G8 * .8 * D:* M: * G: ou .: $sem intervir
es(aos& (ara es(ecificar unidades de quilo4* me-a4* -i-a4tera4bXtes ou ou
(alavras. .ote4se que 9 7, P 90AZ
A
bXtes P 9.0Zb._dT bXtes $e n%o 9.000.000 bXtes&.
Jm valor de -< (ara qualquer (ar<metro de tamanho indica que todo e qualquer es(ao
dis(on+vel (ode ser usado* e um valor de 0 di# (ara usar o tamanho atual de um
se-mento existente. -< 8til a(enas (ara o 8ltimo arquivo es(ecificado* (ara a qual o
(adr%o.
=or exem(lo* a se-uinte diretiva divide o arquivo de leitura e escrita atravs de tr;s
discos!
% &HF CQ W da)$#n W "0 W, 4G., eQ W ?er# W, 3G., @Q W $e<! W "0 W
<IJK#(, -1
0s tamanhos mximos (ara os se-mentos de arquivo s%o Z G,* C G,* e ilimitado*
res(ectivamente. Gaussian ir -erar nomes (ara os dois (rimeiros se-mentos* ea terceira
ser dado o nome &VJo! . .ote4se que as es(ecificaes de diretKrio incluem barras de
terminais.
Savando e Excuso de arquvos de Rsco
=or (adr%o* os arquivos s%o a(a-ados scratch sem nome no final da corrida de Gauss* e
arquivos nomeados s%o salvos. 0 S nosavecomando (ode ser usado (ara alterar esse
com(ortamento (adr%o. Ruando esta directiva est inclu+do em um arquivo de entrada*
chamado arquivos scratch cu)as directivas a(arecer no arquivo de entrada antes nosave
S ser%o a(a-ados no final de uma corrida $assim como todos os arquivos do #ero sem
nome&. .o entanto* se o S directiva nomear o arquivo exibido apGs o nosave
Sdirectiva* o arquivo ser mantido. =or exem(lo* esses comandos es(ecificar um nome
(ara o arquivo de verifica%o* e um nome alternativo e local do diretKrio (ara o arquivo
de leitura e escrita* e fa#er com que a(enas o arquivo de (onto de verifica%o (ara ser
salvo na conclus%o do trabalho de Gauss!
% &HF CQ W Che< W ,Cra$Ch+ W gua ar-ui+os a ser e:cluda5 cli-ue a-ui#
% D#"aEe
Chk% gua ar-ui+os se3am sal+os a-ui#
0bserve que todos os arquivos s%o salvos quando um trabalho termina de forma
anormal.
(ontrolando o uso da mem,ria
A S Me comando controla a quantidade de memKria din<mica a ser utili#ado (or
Gaussian. =or (adr%o* A_T 7, $CA7[& s%o utili#ados. Isso (ode ser alterado
(ara n (alavras de du(la (recis%o* es(ecificando!
% %e< n
=or exem(lo* o comando a se-uir define o uso de memKria (ara CA0 milhes de bXtes!
% %e< 40000000
'ste valor tambm (ode ser se-uido
(or D8 * M8 * G8 * .8 * D: * M: * G: ou .: $sem intervir es(aos& (ara
es(ecificar unidades de quilo4* me-a4* -i-a4tera4bXtes ou ou (alavras. =or exem(lo* o
se-uinte comando tambm define a quantidade de memKria din<mica de 9 G,!
% 1G. %e<
=ode ser necessrio alocaes ainda maiores (ara -randes clculos SCE directos* (elo
menos C 1
A
(alavras* onde 1 o n8mero de funes de base.
$+isoI Solicitando mais memGria do -ue a -uantidade de memGria fsica realmente
dispon+el em um sistema de computador +ai le+ar a um desempenho muito po/re#
Se Gauss est sendo usado em uma mquina com memKria f+sica limitada* de modo que
o (adr%o de A_T 7, n%o est dis(on+vel* os al-oritmos (adr%o* bem como a aloca%o de
memKria (adr%o deve ser definida de forma adequada durante a instala%o.

(on5i+urando Gaussian
'sta se%o descreve os (rocedimentos -erais (ara a instala%o e confi-ura%o de Gauss
em sistemas J.Ii. .%o deixe de verificar as instrues e notas de vers%o que
acom(anham a sua vers%o do (ro-rama (ara obter instrues adicionais ou alternativos
referentes ao seu sistema de com(utador (articular.
8e&uisitos do sistema
0s diretKrios de Gauss vai exi-ir cerca de 9*_4A G, de es(ao em disco (ara os
arquivos executveis* de(endendo do sistema de com(utador.
A aloca%o de memKria (adr%o no Gaussian 09 de A_T 7,. As -randes
dimenses fixas do (ro-rama exi-ir um tamanho de es(ao de troca de 94A
G,. l claro que o es(ao de sYa( adicional ser necessrio se mais memKria
solicitada em um trabalho usando a S Me "i-a%o 0 comando* ou atravs
do -M- comando no Default.?oute arquivo. 'sses requisitos s%o
(ara cada trabalho executado simultaneamente.
Consulte a lista de (lataforma que vem com o CD. A vers%o mais recente deste
documento (ode ser encontrado noYYY.-aussian.comF-095(lat.htm .
(onigurando o am*iente de execuo de Gauss
Gaussian locali#a executveis e cria arquivos de #ero em diretKrios es(ecificados (or
vrias variveis de ambiente. .o entanto* o usurio res(onsvel (ela cria%o de dois
deles!
-09root ! Indica o diretKrio onde o G09 diretKrio reside $ou se)a* o diretKrio
acima dela&.
GAJSS5SC?DI? ! Indica o diretKrio que dever ser usado (ara arquivos de
#ero.
0s arquivos de iniciali#a%o de Gauss res(onsvel (or iniciali#ar outros aliases e
variveis de ambiente* conforme necessrio. @odos os usurios de Gauss (recisa
executar o arquivo de iniciali#a%o Gaussian a(ro(riado dentro de seu arquivo de
iniciali#a%o es(ec+fica do shell J.Ii. Consulte o Ca(+tulo A (ara mais detalhes.
As variveis de ambiente criadas (elo -09.lo-in e -09.(rofile incluem!
GAJSS5'i'DI? ! 's(ecifica os diretKrios nos quais as ima-ens de Gauss s%o
arma#enados. =or (adr%o* ele inclui o (rinci(al diretKrio m -09rootF-09 e vrios
diretKrios alternativos.
GAJSS5A?CMDI? ! 's(ecifica o diretKrio no qual o (rinci(al arquivo de todo
o site mantido* e no qual arquivos de arquivo tem(orrio deve ser colocado se
o arquivo (rinci(al n%o est dis(on+vel. 0 (adr%o m -09rootF-09Farch se
desactivado.
G09,ASIS ! 0 diretKrio que contm os arquivos que es(ecificam os con)untos
de bases Gaussianas arma#enados internamente (adr%o* bem como al-uns
con)untos de bases adicionais na forma de entrada de con)unto de base
-eral. 'sta varivel de ambiente fornecido (or conveni;ncia e (ro)etado (ara
uso com o 1 incluem mecanismo.
?ede F fra-menta%o de clculos (aralelos usando "inda tambm (ode usar
a GAJSS5"E"AGS varivel de ambiente (ara (assar as o(es (ara o (rocesso de
"inda. Ie)a a discuss%o de executar trabalhos de Gauss com "inda (ara mais detalhes.
Consderaes rsco arquvo
'm sistemas J.Ii* Gaussian -era nomes exclusivos de arquivo do #ero com base na
identifica%o do (rocesso* quando nenhum nome foi es(ecificado (elo usurio. 'ste
mecanismo (ro)etado (ara (ermitir que vrios trabalhos de Gauss (ara executar
simultaneamente usando um diretKrio #ero comum.
?as(adinha arquivos s%o a(a-ados automaticamente quando uma tarefa conclu+da
com ;xito ou morre de forma lim(a (or (adr%o..o entanto* os arquivos de #ero n%o s%o
a(a-ados quando um trabalho morto externamente ou n%o terminar de forma
anormal.ConseqQentemente* os arquivos que sobraram (odem acumular4se no diretKrio
rai#.
Jm mtodo fcil (ara evitar a desordem excessiva ter todos os usurios com(artilham
um diretKrio #ero comum* e ter esse diretKrio #ero a(uradas no momento da
iniciali#a%o do sistema* adicionando um r comando (ara o scri(t de iniciali#a%o do
sistema a(ro(riado $(or exem(lo* F etc F rc ou um dos os arquivos sob F
etcFrc.dFrcC.d &. Se o sistema de lote S.R est em uso* lim(ando o diretKrio do #ero
tambm deve ser feito antes S.R iniciado* -arantindo que nenhum trabalho estiver
usando o diretKrio em que est desmarcada.

Fsando Gaussian 09 co *inda
'sta se%o descreve o (rocesso de instala%o do softYare "inda que voc; adquiriu
atravs de Gaussian* Inc. ea constru%o de uma vers%o (aralela de memKria distribu+da
de Gauss. 'le assume que voc; ) construiu e testou a vers%o re-ular do (ro-rama. 'le
tambm assume que voc; leu as instrues de instala%o normais e tambm que voc;
tem acesso a ?efer;ncia do Jsurio do Gaussian 09.
/todos 'aralelos Linda
ME* CIS P direta* e DE@ em molculas s%o "inda (aralelo* incluindo ener-ias*
otimi#aes e freqQ;ncias. 'ner-ias @DDE@ e -radientes e ener-ias 7=A e -radientes
s%o tambm "inda (aralelo. =ores de freqQ;ncia 7=A e clculos CCSD s%o "inda
(aralelo* mas outros s%o a(enas S7=4(aralelo* ent%o eles v;em al-uma acelera%o do
uso de al-uns nKs* mas nenhuma melhoria adicional de um maior n8mero de nKs.
l sem(re melhor usar S7=4(aralelismo dentro de nKs e "inda sK entre nKs. =or
exem(lo em um cluster de Z nKs* cada um com um du(lo quad4core '7TZ@* deve4se
usar
% D1r#C,hared *
% /indaH#rker" n#1, n#+, n#de3, n#de4
ao invs de usar mais de um trabalhador "inda (or nK.
Instalando o sot9are Linda e (ompilando G09:Linda
Se voc; com(rou os binrios de Gauss* "inda distribu+do no mesmo CD* como os
binrios de Gauss e nenhuma instala%o adicional necessria. Si-a as instrues do
arquivo ?'AD7' arquivo no CD de distribui%o.
Se voc; tiver adquirido o cKdi-o4fonte de Gauss* ent%o "inda distribu+do em um CD
se(arado. Si-a as instrues do arquivo?'AD7'.source arquivo no CD de distribui%o
fonte Gaussian instalar "inda e com(ilar Gaussian usar "inda.
'm ambos os casos* voc; deve executar o comando bsd F install conforme detalhado nos
arquivos "'IA47' e folhas de instrues de instala%o.
(orrendo Gaussian com Linda
0 modelo de (ro-rama%o (aralela "inda envolve um (rocesso (rinci(al* que
executado no (rocessador atual* e uma srie de (rocessos de trabalho que (odem ser
executados em outros nKs da rede. Assim* uma corrida Gaussian 09F"inda deve
es(ecificar o n8mero de (rocessadores a serem usados* a lista de (rocessadores onde os
trabalhos devem ser executados* e* ocasionalmente* outros (ar<metros de trabalho. Jma
varivel de ambiente -eralmente a maneira mais fcil de es(ecificar essas informaes
$como veremos&.
Cada um destes nKs (recisa ter al-um acesso ao diretKrio rvore Gaussian 09. A
confi-ura%o recomendada ter G09 em cada sistema que ir ser utili#ado (ara o
trabalho em (aralelo. .ote4se que os binrios "inda (recisa ter o mesmo caminho em
cada mquina. Se isso n%o for vivel* a rvore G09 (ode ser acess+vel atravs de um
disco .ES4montado que montado em um local id;ntico em todos os nKs.
=ara clculos 7=A* cada nK tambm deve ter al-um disco local onde Gaussian 09 (ode
colocar arquivos tem(orrios. 'ste definido como de costume atravs
do GAJSS5SC?DI? varivel de ambiente* que deve ser definido no . cshrc ou .
(erfil da sua conta em cada nK.
(onigurando Gaussian 09:Linda
Gaussian 09 recebe informaes de confi-ura%o a (artir de tr;s fontes (rimrias
O arquvo de entrada Gaussan va % link0 comandos.
O Defaut.Route arquvo.
A varve de ambente GAUSS_LFLAGS .
Detalhes sobre S lin)0 comandos ea Default.?oute arquivo tambm (ode ser
encontrada no manual de refer;ncia do usurio do Gaussian 09. 'ntradas es(ec+ficas
(ara Gaussian 09F"inda s%o descritos abaixo.
Especcao dos computadores TRABALHADORES
0 S *inda:or)ers directiva usado (ara es(ecificar os com(utadores em que os
(rocessos de trabalho "inda deve ser executado.'le tem a se-uinte sintaxe!
( )i*d$+'r,ers - no= 5Q n= 6 5, node> 5Q n> 66 5...6
'sta lista o nome do nK de @C= (ara cada nK de usar. =or (adr%o* um trabalhador "inda
iniciado em cada nK* mas o valor o(cional (ermite que isso se)a variada. Jm
trabalhador sem(re iniciado no nK em que o trabalho iniciado $o nK mestre& se ou
n%o a(arece na lista de nKs. S *inda:or)ers (ode ser combinada com >ProcShared
S . .este caso* um ou mais (rocessos de trabalho (aralelas ser executado em cada nK
$o n8mero ainda determinada (elos valores em S *inda:or)ers &. 0 valor a S
>ProcShared es(ecifica o n8mero de (rocessadores S7= F n8cleos de usar em cada
sistema na lista de nKs do trabalhador.
.%o use o obsoleto S >Proc*inda directiva. G09 ir calcular o n8mero total de
trabalhadores "inda baseada na S *inda:or)ersentrada.
A se-uinte diretiva fa# com que um trabalho (aralelo de rede (ara ser executado atravs
dos es(ecificados _ nKs. .odes Lamlet eOf.lia vai cada executar dois (rocessos de
trabalho.
% /indaH#rker" a)deiaQ +, O!he)iaQ +, /aer$e", H#rCi#, )ear
As se-uintes diretivas es(ecificar que um trabalho (aralelo ser executado em
hosts 1oruega * Ct2lia e Espanha . .odes 1oruega eCt2lia v%o cada executar um Z4YaX
S7= trabalhador (aralelo e Espanha vai executar dois desses trabalhadores!
% D1r#C,hared 4 Especifica -uatro +ias paralelismo SM4#
% /indaH#rker" D#ruega, 9$)ia, ="!anhaQ +
'ssas diretri#es fa#em sentido quando 1oruega e Ct2lia s%o Z com(utadores de
(rocessador F n8cleo* e Espanha um b (rocessador F com(utador central.
.ote que o nprocS diretri# usada em verses anteriores de Gauss obsoleto.
Especcando a quantdade de memra para um CALCULO PARALELO
7emKria es(ecificado usando o MeS comando linN0* assim como (ara clculos de
srie.
UTILIZAO ssh ao nvs do RSH
=or (adr%o* "inda usa rsh (ara a comunica%o entre os nKs. Ioc; (ode usar o ssh ao
invs* incluindo a se-uinte o(%o noGAJSS5"E"AGS varivel de ambiente!
% se#e*. G/U001)2)/G0 3...-'!# 4Ts*e#.5'de.%i*d$rs&$rg6 ss&43
0utra maneira de substituir esse (adr%o* voc; (recisa criar um arquivo de confi-ura%o
no seu diretKrio home no nK mestre chamadotsnet.confi-. que contm a se-uinte linha!
'"ne$.D#de.)indar"hargQ ""h
Isso far com que o ssh (ara ser usado em seu lu-ar. .ote4se que sem senha ssh lo-ins
) deve estar confi-urado com o mestre de todos os nKs do trabalhador.
ESPECIFICAO DE OUTRAS OPES LINDA
Al-umas o(es "inda* que s%o (or ve#es 8teis s%o os se-uintes!
-4 Mostrar detalhado mensagens
-EE Mostrar mensagens muito detalhados
Jse o GAJSS5"E"AGS varivel de ambiente (ara defini4las.
=or exem(lo* (ode4se ativar a sa+da "inda muito detalhado usando!
% se#e*. G/U001)2)/G0-..
'xistem muitas outras o(es de "inda* mas a maioria deles n%o s%o utili#ados (or
Gauss. Ierifique o manual "inda na Internet emYYY.lindas(aces.com F doYnloads F
lindamanual.(df . 0 opt- forma (ode ser usado em GAJSS5"E"AGS (ara invocar
qualquer vlido tsnet.confi-. directiva arquivo. .ote4se que Gauss 09F"inda n%o usa o
nativo recursos "inda min)or'er e ma:)or'er .
(omeando paralelas Gaussian 09 2o*s
0 G09 comando usado como de costume (ara iniciar uma memKria distribu+da
(aralelamente um Gaussian 09 em(re-o. =ara um trabalho (aralelo "inda (ara executar
com ;xito* as se-uintes condies devem ser verdadeiras!
Ioc; ) executou o Gaussian 09 arquivo de iniciali#a%o a(ro(riado $ m
-09rootF-09FbsdF-09.lo-in ou m -09rootF-09FbsdF-09.(rofile &. @este isso
executando um clculo Gaussian srie 09 no nK mestre.
0 diretKrio m -09rootF-09 acess+vel em todos os nKs.
0 "D5"I,?A?S5=A@M varivel de ambiente definida $ver o G09 notas de
instala%o& (ara locali#ar as bibliotecas com(artilhadas "inda.
's(ao de rascunho local est dis(on+vel em cada nK* se necessrio
$via GAJSS5SC?DI? &.
@odos os nKs em que o (ro-rama ser executado s%o confiveis (or (arte do
anfitri%o atual. Ioc; deve ser ca(a# de fa#er o lo-in remotamente com
o rlo+in ou ssh comando sem ter que dar uma senha (ara cada um
deles. Contacte o seu administrador do sistema sobre a confi-ura%o de
se-urana (ara os nKs da rede.
0s clculos (odem ent%o ser iniciado como se fosse (ara um clculo de srie!
% G09 e*#r$d$ 7
e Gaussian 09 ir iniciar os (rocessos de mestrado e de trabalho* conforme necessrio.
Acompan%amento do (;lculo
Ioc; vai ver os (rocessos iniciados nos nKs dos trabalhadores (ara os linNs que foram
(araleli#ados* (or exem(lo* eles ter%o a g . exelentrada no diretKrio G09
(rinci(al. Jsando os principais comandos ou outros em nKs trabalhadores (ermitir
que voc; ve)a lxxx.exelquando iniciado.
A medida relevante do desem(enho (ara um clculo (aralelo o tem(o decorrido do
relK-io ou na (arede. A maneira mais fcil de verificar isso usar um monitor externo
como tepo * tepos * ou tie% * (or exem(lo*
% #e8!'s de e*#r$d$ e G09
que a(resentar um relatKrio decorrido* C=J e os tem(os do sistema. .ote4se que os
dois 8ltimos s%o a(enas no nK mestre e quantidades similares de C=J e sistema de
tem(o s%o -astas em cada nK. Assim* a acelera%o a ra#%o entre o tem(o decorrido
executando um trabalho de srie e o tem(o decorrido (ara o trabalho (aralelo.
+speciicando .ra*al%adores por n, em /acs *aseados
em ''(<
A -p n o(%o (ode ser usada (ara executar Gaussian com "inda atravs de vrios de
ener-ia baseada em =C 7ac 0S i e outros sistemas com m8lti(los (rocessadores. 'le
es(ecifica o n8mero mximo de (rocessos "inda a ser (ro-ramadas (or nK. Confi-ure4a
(ara A quando todos os nKs individuais s%o (rocessadores dual.
'ersonalizao Site= 3 Ar&uivo Deault<8oute
De(endendo das caracter+sticas de um sistema de com(utador (articular* Os ve#es
necessrio (or motivos de desem(enho (ara substituir al-uns dos (adres embutidos no
(ro-rama. Isto (ode ser feito atravs da cria%o de um arquivo de (ersonali#a%o do
site.'m sistemas Jnix* este arquivo chamado Default.?oute * residente em m
-09rootF-09 . .o [indoYs* o arquivo de (adres de Gauss Default.?ou * e est
locali#ado no subdiretKrio #ero Gaussian 09[ $(or exem(lo* C! 6 G09[ 6 #ero &. 0
formato do arquivo o mesmo em todos os sistemas de com(utador.
As subsees a se-uir descrevem os ti(os de informa%o que (odem ser fornecidos no
arquivo de (adres.
Padres Rota
'sses (ar<metros s%o introdu#idos (or - # - e t;m a mesma forma que os comandos
normais do troo. =or exem(lo* esta linha ir definir o al-oritmo SCE (adr%o (ara o
al-oritmo convencional $n%o4direta&!
- # - ,CF C#nEenCi#na)
=ode haver mais do que uma - # - linha do ficheiro.
Comandos listados na Default.?oute alterar a(enas os (adres* eles s%o substitu+dos (or
nada es(ecificado na se%o de rota de um arquivo de entrada. Assim* se
o Default.?oute contm!
- # - %1+ D#-ireC$
e a (arte do (ercurso que contm o MP/ (alavra4chave* em se-uida* o al-oritmo 7=A
convencional ser utili#ado. .o entanto* se a (arte do (ercurso que contm o MP/ =
directa (alavra4chave* em se-uida* o al-oritmo directa ser usado.
@odos os sites v%o querer es(ecificar a quantidade de es(ao em disco de trabalho
dis(on+vel atravs do Ma%7is) (alavra4chave noDefault.?oute arquivo. =or exem(lo* a
se-uinte linha define Ma%7is) (ara b00 7,!
- # - %aM-i"k *00%.
A directiva -R- um sin/nimo (ara - # - .
A quantidade de es(ao em disco dis(on+vel dada em (alavras de b bXtes
$(adr%o&. 'ste valor tambm (ode ser se-uido
(or D8 *M8 * G8 * .8 * D: * M: * G: ou .: $sem intervir es(aos& (ara
es(ecificar unidades de quilo4* me-a4* -i-a4tera4bXtes ou ou (alavras T 0 es(ao em
disco do #ero definido ilimitado $ -< & (or (adr%o* ou se)a* (resume4se que o es(ao
em disco suficiente dis(on+vel (ara executar um determinado clculo sem trabalho
redundante. Assim* es(ecificando a quantidade de memKria dis(on+vel e do disco de
lon-e a mais im(ortante forma de otimi#ar o desem(enho de seus clculos. Isso (ermite
que o (ro-rama (ara decidir entre os vrios al-oritmos dis(on+veis* selecionando o
caminho ideal (ara a confi-ura%o do seu sistema (articular. @enha em mente que o
es(ao em disco dis(on+vel* o mais r(ido da avalia%o* es(ecialmente (ara 7=A.
Defaut.Route Lmtaes
.em todas as (alavras4chave (arte do (ercurso s%o homena-eados
no Default.?oute arquivo. 'm -eral* a re-ra que a(enas as o(es que n%o afetam o
resultado de um clculo $ou se)a* n%o altere os valores de quaisquer quantidades
(revistas& s%o (ermitidos no arquivo. Assim* S(F = (onveno * o que muda a(enas o
al-oritmo de arma#enamento inte-ral* ser homena-eado* enquanto Int 1Grid = 03 * o
que afeta os resultados de vrios ti(os de clculos* ser i-norado.
Padres de memra
@rabalhos de Gauss* que im(rudentemente usam memKria excessivo (ode causar
dificuldades -raves no sistema. A memKria directiva -M- im(e um limite de memKria
din<mica (adr%o. =or exem(lo* a linha a se-uir define o uso de memKria (adr%o (ara
Z00 7,!
-%-70000000
A quantidade de memKria dis(on+vel dada em (alavras de b bXtes $(adr%o&. 'ste valor
tambm (ode ser se-uido (or D8 * M8 *G8 * .8 * D: * M: * G: ou .: $sem
intervir es(aos& (ara es(ecificar unidades de quilo4* me-a4* -i-a4tera4bXtes ou ou
(alavrasT 0 tamanho da memKria (adr%o de A_T 7,. .ote4se que esse limite (ode ser
ultra(assado com a MeS "i-a%o 0 comando.
A memKria directiva -F- memKria con)untos (adr%o a ser usado em utilitrios
como FORM(4D e 5re6ch) . A -F- directiva o ar-umento de ti(o de arquivo (adr%o
(ara FORM(4D .
Execuo paraea em memra comparthada mutprocessadores
Se o seu sistema de com(utador tem vrios (rocessadores F n8cleos e (rocessamento
(aralelo com(at+vel com a sua vers%o do Gaussian* voc; (ode es(ecificar o n8mero
(adr%o de (rocessadores a serem usados no Default.?oute arquivo. =or exem(lo* o
comando a se-uir define o n8mero (adr%o de (rocessadores (ara Z!
-1-4
.ormalmente* o (ro-rama (adr%o (ara execu%o em um 8nico (rocessador. 0 S
>ProcShared "i-a%o 0 comando (ode ser usado (ara substituir o (adr%o (ara um
trabalho es(ec+fico. Claramente* o n8mero de (rocessadores solicitados n%o deve
exceder o n8mero de (rocessadores dis(on+veis* ou a uma diminui%o substancial no
desem(enho vai resultar.
Ioc; tambm (ode es(ecificar as C=Js es(ec+ficas sobre a qual s%o executados com
o -(- directiva. =or exem(lo* a se-uinte diretiva es(ecifica que o (ro-rama deve ser
executado nos (rimeiros cinco n8cleos de um sistema hexacore $reservando um n8cleo
(ara outro uso&!
-C-0,1,+,3,4
Execuo paraea Rede / Custer
Ioc; (ode es(ecificar a lista de trabalhadores "inda
em Default.?oute via -:- directiva!
-H-da)$#n, /aE#i"ierQ +, 1rie"$)eI, >ga""i?Q 3, Curie +0
'ste exem(lo vai usar os cinco nKs es(ecificados (ara execu%o (aralela* colocando
dois (rocessos de trabalho em La+oisier * C trabalhadores em $gassi& * e um trabalhador
em cada um dos outros sistemas. Se o mestre nK4nK em que o trabalho n%o foi iniciado*
um desses sistemas* um trabalhador tambm ser executado no sistema $(erfa#endo
um total de seis nKs&.
'sta directiva corres(onde ao e (ode ser substitu+do (or4do linN 0 comando >
"inda[orNers .
Com rela%o ao uso de Default.?oute com "inda* se voc; tem diferentes filas de lote
em um cluster que corres(ondem a diferentes con)untos de nKs e cada tarefa em lote
executado em seu (rK(rio diretKrio tem(orrio (adr%o* a melhor aborda-em criar um
scri(t que co(ia um (adroni#ada Default.?oute a(ro(riado (ara a fila es(ecial (ara o
diretKrio (adr%o atual.
Ruando -:- combinado com -P- n * ent%o um n (rocesso de trabalho S7= (aralelo
caminho iniciado em cada nK na lista de nKs $ou mais de um tal (rocesso* quando
mais trabalhadores s%o es(ecificados (ara que o nK em -:- & .
A -* o(es con)untos (adr%o directiva (ara "inda* que s%o ent%o (assadas (ara
o G'FSSV*F*'GS varivel de ambiente.
Nome do ste
0 nome do local (ode ser definido com -S- * cu)o valor es(ecifica o nome do local a ser
utili#ada em entradas de arquivo -erada (or Gaussian. 0 nome do site (adr%o
GI.C. =or exem(lo* a se-uinte linha define o nome do site (ara 'i=C0.S!
-,-=X1COD,
Nome do host
0 nome do host (ode ser definido com -4- * o valor es(ecifica o nome do host (ara ser
usado em entradas de arquivos -erados (or Gauss. 0 (adr%o o nome do host atual.
Conguraes padro tpcos
Aqui est%o as confi-uraes (adr%o ra#oveis (ara vrias confi-uraes de mquina!
=or uma (equena esta%o de trabalho com A G, de memKria e A00 G, de disco*
os al-oritmos (adr%o e aloca%o de memKria est%o bem. Ma%7is) tudo o que
(recisa ser es(ecificado.
- # - %aM-i"k 70G.
Em uma estao de trabaho poderosa com 8 processadores e 8 GB
de memra, sendo usados para grandes trabahos, todos os 8
processadores deve ser usado por padro. Am dsso, mas memra
deve ser dado a cada trabaho:
-%-4G.
-1-*
- # - %aM-i"k 100G.
Padres do usuro Arquvos
Gauss usurios (odem definir seus (rK(rios (adres* criando a sua
(rK(ria Default.?oute arquivo. Gaussian verifica o diretKrio de trabalho atual (ara um
arquivo com este nome quando um trabalho iniciado. Confi-uraes no arquivo local
t;m (reced;ncia sobre aquelas no arquivo de todo o site* e as o(es es(ecificadas na
(arte do (ercurso do trabalho t;m (reced;ncia sobre os dois.
Varves de Ambente
@odas essas diretri#es tambm (ode ser definido atravs de variveis de ambiente ou
ar-umentos de linha de comando J.Ii. A varivel de
ambiente G'FSSV A 7$F oferece uma linha equivalente
a 4 A, no Default.?oute arquivo. Da mesma forma* o ar-umento de linha de comando
(ara G09 - : = YvalorY es(ecifica a mesma confi-ura%o. =or exem(lo* todas as
se-uintes caracter+sticas t;m o efeito equivalente!
-%-4G. e< -e@au)$.&#u$e
eM!#r$a:;# G>V,,J%-=F 4G.
G08-< P4G.P ...

Ordem de Prordade
A ordem de (rioridade ! o ar-umento de linha de comando* varivel de
ambiente* Default.?oute defini%o* (adr%o de (ro-rama interno.
(orrendo Gaussian .este Ro!s
Jm extenso con)unto de trabalhos de teste (ara Gaussian s%o fornecidos* )untamente
com seus arquivos de sa+da corres(ondentes. 0s arquivos de entrada s%o encontrados no
diretKrio m -09rootF-09FtestsFcom . Jm ou mais subdiretKrios m -09rootF-09Ftests *
nomeados (ara os ti(os de arquitetura de com(utadores $(or exem(lo* iaTZ &* conter a
sa+da de refer;ncia (ara os vrios trabalhos de teste $arquivos de lo- -#i((ed&. Jm
arquivo de scri(t que corre faixas de (ostos de trabalho de teste automaticamente
tambm fornecido $descrito abaixo&.
Se voc; construir o (ro-rama a (artir do cKdi-o fonte sob uma arquitetura su(ortada e
sistema o(eracional e usando o com(ilador es(ecificado* bibliotecas e outros softYares
$se houver&* recomendamos que voc; executar al-umas das tarefas de teste (ara
verificar se o (ro-rama foi constru+do corretamente . .o entanto* n%o necessrio
executar todo o con)unto de testes. Ie)aYYY.-aussian.comF-095(lat.htm (ara a atual
lista de (lataformas su(ortadas e softYare necessrio.
Ioc; n%o (recisa executar todos os trabalhos de teste (ara distribuies binrias.
Arquivos de entrada trabalho de teste t;m nomes da forma teste nnn . com . @estes 9*
Ab* 9Z* 9__* 99Z* A9T* C0A e cobrem uma -ama de ca(acidades de Gauss. .ote4se que
al-uns (ostos de trabalho de teste s%o destinados a hardYare r(ido e s%o bastante caros
em menores* sistemas de com(utadores mais lentos. 0 arquivo m
-09rootF-09FtestsFtests.idx lista o que cada trabalho de teste fa#.
Renomee exstente Defaut.Route arquvo antes de executar o teste
de |obs
Se voc; o(tar (or executar al-uns ou todos os trabalhos de teste de Gauss* voc;
(recisar ter certe#a de que eles correm com as confi-uraes (adr%o built4in do
(ro-rama. =ortanto* voc; vai (recisar (ara mudar o nome de ambos os em todo o
site Default.?outearquivo $locali#ado no m -09rootF-09 diretKrio&* bem como qualquer
vers%o individual do arquivo de (adres que voc; (ode ter antes de executar qualquer
trabalho de teste. .ote que certas confi-uraes neste arquivo (odem causar al-uns
trabalhos de teste falhar.
Exempos
0 scri(t su!itTcsh (ode ser usado (ara executar tarefas de teste. 'le aceita dois
(ar<metros! os n8meros do (rimeiro e 8ltimos trabalhos a executar $(or (adr%o* todos
os testes s%o executados&. 0bserve que voc; deve executar os trabalhos de teste a (artir
de um diretKrio se(arado (ara evitar que sobre(or a sa+da de refer;ncia.
0s comandos a se-uir ilustram o (rocedimento recomendado (ara a execu%o de um
trabalho de teste* usando o diretKrio F chem F neYtests como rea de trabalho do teste
executor e trabalho de teste Ab como um exem(lo!
L 8,dir 9 c&e8 9 *e:#es#s; cd 9 c&e8 9 *e:#es#s
L . %*-s < g09r''#9g099#es#s9c'8
L 8,dir =g$u-8>"ui*$=
L < g09r''#9g099#es#s9sub8i#.cs& mn 7
0 comando final executado teste m (or n .
A(Ks cada trabalho de teste terminar* verifique se ela foi conclu+da com ;xito. 'm
se-uida* com(are a sua (rodu%o atual com a sa+da de refer;ncia usando
o d< scri(t. =or exem(lo!
L < g09r''#9g099#es#s9d1 m n
A d< roteiro filtra diferenas insi-nificantes dos arquivos de sa+da (ara trabalhos de
teste estou atravs n e envia a sa+da restante atravs de ais . As diferenas que
a(arecem deve ser limitado a itens n%o4essenciais.

(onstruindo H-Matri,es
'sta se%o a(resenta um breve (anorama das descries tradicionais de sistemas
moleculares a4matri#. M restries quanto ao tamanho de uma matri#4a! 0 n8mero
mximo de variveis eo n8mero mximo de tomos dentro de um clculo. 'stes s%o
definidos de forma consistente (ara um mximo de A_0 mil tomos de reais $incluindo
fantasma* mas os tomos n%o fict+cios&* e um mximo de A_0 mil centros de a4matri#
$tomos* tomos de fantasmas* e tomos dummX&.
5sando coordenadas internas
Cada linha de uma matri#4a d as coordenadas internas de um dos tomos dentro da
molcula. 0 formato a4matri# mais usada usa a se-uinte sintaxe!
Elemento,la/el * 2tomo 9* +nculo de
comprimento * 2tomo A* /ond,%ngulo * 2tomo C* diedro angular V formato de cGdigo W
'mbora estes exem(los use v+r-ulas (ara se(arar itens dentro de uma linha* qualquer
se(arador vlido (ode ser usado. Elemento,la/el uma cadeia de caracteres que
consiste em um ou outro o s+mbolo qu+mico do tomo ou seu n8mero at/mico. Se o
s+mbolo elementar utili#ado* ele (ode ser o(cionalmente se-uido (or outros caracteres
alfanumricos (ara criar uma etiqueta de identifica%o (ara esse tomo. Jma (rtica
comum a de se-uir o nome do elemento com um n8mero inteiro de identifica%o
secundrio! C9* CA* etcqu+mico de s+mbolo (ara o tomo ou seu n8mero at/mico. Se o
s+mbolo elementar utili#ado* ele (ode ser o(cionalmente se-uido (or outros caracteres
alfanumricos (ara criar uma etiqueta de identifica%o (ara esse tomo. Jma (rtica
comum a de se-uir o nome do elemento com um n8mero inteiro de identifica%o
secundrio! C9* CA* etc
$tom 9* 2tomo A* 2tomo C s%o os rKtulos dos tomos (reviamente es(ecificados e s%o
usados (ara definir a (osi%o dos tomos atuais. Alternativamente* os n8meros de linha
dos demais tomos dentro da se%o es(ecifica%o molcula (oder ser utili#ada (ara os
valores das variveis* onde a car-a ea linha multi(licidade de s(in a linha 0.rKtulos
(ara tomos (reviamente es(ecificados e s%o usados (ara definir a (osi%o dos tomos
atuais. Alternativamente* os n8meros de linha dos demais tomos dentro da se%o
es(ecifica%o molcula (oder ser utili#ada (ara os valores das variveis* onde a car-a
ea linha multi(licidade de s(in a linha 0.
A (osi%o do tomo de corrente ent%o determinado mediante a extens%o da li-a%o
unindo4a ao 2tomo 9* o <n-ulo formado (or esta li-a%o e a li-a%o unindo 2tomo 9
e 2tomo de A* e o $tor%o&* <n-ulo diedro formado (elo (lano que contm 2tomo
de um*2tomo de A e 2tomo de C com o (lano que contm o tomo de corrente* 2tomo e
um 2tomo de A. .ote que os <n-ulos de li-a%o deve estar no intervalo de 0 n
o %ngulo o9b0 n. pn-ulos diedros (ode assumir qualquer valor.
0 (ar<metro de formato de cKdi-o o(cional es(ecifica o formato da entrada
a4matri#. =ara a sintaxe que est sendo descrito aqui* este cKdi-o sem(re 0 . 'ste
cKdi-o necessrio a(enas quando os (ar<metros adicionais se-uir os dados normais de
es(ecifica%o a4matri#* como em um O>IOM clculo.
Como um (rimeiro exem(lo* considere o (erKxido de hidro-nio. A matri#4a (ara esta
estrutura seria!
H
O 1 0,8
O + 1 1.4 107.0
H 3 0,8 + 107,0 1 1+0,0
A (rimeira linha da matri#4a es(ecifica a(enas um tomo de hidro-nio. A linha
se-uinte lista um tomo de oxi-;nio e es(ecifica a dist<ncia internuclear entre ele eo
hidro-;nio como 0*9 An-strom. A terceira linha define outra oxi-nio com uma
dist<ncia de 9*Z An-strom 00 $isto * a (artir de tomo de A* o outro de oxi-nio& e
com um <n-ulo 00M $com tomos A e 9&* de 90_ -raus. A quarta e 8ltima linha o
8nico (ara o qual devem ser (restadas todas as tr;s coordenadas internas. 'le define o
outro hidro-nio como li-ado ao se-undo de oxi-nio com uma dist<ncia de 0*9
An-strom M0* um <n-ulo de 90_ -raus de M00 e um <n-ulo diedro M00M de 9A0
-raus.
As variveis (odem ser utili#adas (ara es(ecificar al-uns ou todos os valores dentro da
matri#4a. Aqui est outra vers%o do a4matri# anterior!
H
O 1 ?1
O + ?2 1 /
H 3 ? 1 + / 1 @
4ariEei"Q
&1 0,8
&+ 1.4
> 107,0
- 1+0,0
?estries de simetria na molcula s%o reflectidos nas coordenadas internas. As duas
dist<ncias M0 s%o es(ecificados (ela mesma varivel* assim como os dois <n-ulos de
li-a%o M00. Ruando uma tal matri# a usado (ara uma o(timi#a%o da -eometria em
coordenadas internas $ Opt = H-atri, &* os valores das variveis ser%o o(timi#ados
(ara locali#ar a estrutura de menor ener-ia. =ara uma o(timi#a%o com(leta $ FOpt &*
as variveis s%o obri-ados a ser linearmente inde(endente e incluem todos os -raus de
liberdade na molcula. =ara uma otimi#a%o (arcial $ Popt &* variveis em uma se-unda
se%o $muitas ve#es rotulado C#n"$an$e" !& s%o mantidos fixos em valor* enquanto
aqueles na (rimeira se%o s%o otimi#ados!
4ariEei"Q
&1 0,8
&+ 1.4
> 107,0
C#n"$an$e"Q
- 1+0,0
Ie)a os exem(los na discuss%o do Opt (alavra4chave (ara obter mais informaes
sobre otimi#aes em coordenadas internas.
Mstura Interna e coordenadas cartesanas
Coordenadas cartesianas s%o realmente um caso es(ecial da matri# a* como neste
exem(lo!
C 0,00 0,00 0,00
C 0,00 0,00 1,7+
H 1.0+ 0.00 -0.38
H -0.71 -0.** -0.38
H -0.71 0.** -0.38
H -1.0+ 0.00 1.8+
H 0.71 -0.** 1.8+
H 0,71 0,** 1,8+
@ambm (oss+vel a utili#a%o de ambas as coordenadas cartesianas e internas dentro
da mesma de a4matri#* tal como neste exem(lo!
O 0 0 M#. ?#
C 0 0. IC 0.
C 0 0. 0C-0.
D 0 0 Mn. 0.
H + r1 3 1 a1 (1
H + r+ 3 a+ 1 (+
H 3 r1 + a1 1-(1
H 3 r+ + 1-a+ (+
H 4 r3 + a3 3 d3
4ariEei"Q
-1 M#.
?# 0.
IC 1.
Mn 1.
r1 1,0*
r+ 1,0*
r3 1.0+
a1 1+7.
a+ 1+7.
d3 160.
(1 80.
(+ -80.
A matri# a tem vrios recursos di-nos de nota!
0s nomes das variveis (ara as coordenadas cartesianas s%o dadas*
simbolicamente* do mesmo modo como (ara as variveis de coordenadas
internas.
0 inteiro 0 a(Ks o s+mbolo at/mico indica coordenadas cartesianas simbKlicos a
se-uir.
Coordenadas cartesianas (ode ser relacionado (or uma mudana de sinal
<n-ulos diedros assim como (ode.
Aternate Z-matrz Formato
Jm formato de a4matri# alternativa (ermite (osies nucleares a serem es(ecificados
usando dois <n-ulos de li-a%o* em ve# de um <n-ulo de li-a%o e um <n-ulo
diedro. Isso indicado (or um ua em um cam(o adicional a se-uir ao se-undo <n-ulo
$este cam(o (adr%o a 0 * o que indica um <n-ulo diedro como o terceiro com(onente&!
C4 0.8 O1 O+ C+ 1+0,3 1*0,0 0
C7 1.0 O1 C+ C4 110,4 107,4 1
C6 O1 & C+ C3 >1 >+ 1
A (rimeira linha utili#a um <n-ulo diedro enquanto as duas 8ltimas usa um se-undo
<n-ulo de li-a%o.
Usando manequm Atomos
'sta sec%o ilustram a utili#a%o de tomos de manequim dentro a4matri#es* os quais
s%o re(resentados (ela (seudo atKmica s+mboloO . 0 exem(lo se-uinte ilustra o uso de
um tomo de manequim (ara fixar o eixo de tr;s ve#es na C
Cv
amon+aco!
D
X 1 1.
H 1 DH + HDX
H 1 DH + 3 1+0,0 HDX
H 1 DH + HDX 3 -1+0,0

nh 1.0
HDX 70,0
A (osi%o do manequim no eixo irrelevante* e a dist<ncia de 9*0 utili#ado (ode ter
sido substitu+do (or qualquer outro n8mero (ositivo. 4>O o <n-ulo entre uma li-a%o
.M e o eixo tri(lo.
Aqui est uma matri#4a (ara oxirane!
X
C1 X ha)@CC
OX (#i C1 80.
C+ X ha)@CC O 80. C1 1*0,0
H1 C1 Ch X HCC O hCC#
H+ C1 Ch X HCC O-hCC#
H3 C+ Ch X HCC O hCC#
H4 C+ Ch X HCC O-hCC#

ha)@CC 0,77
(#i 1.0
Ch 1,0*
HCC 130,0
hCC# 130,0
'ste exem(lo ilustra dois (ontos. 'm (rimeiro lu-ar* um tomo de manequim
colocado no centro da li-a%o CC (ara a)udar a limitar o cco tri<n-ulo isKsceles
ser. !oi em se-uida a dist<ncia (er(endicular a (artir de 0 (ara a li-a%o CC* e os
<n-ulos OO( s%o mantidas a 90 -raus. 'm se-undo lu-ar* al-umas das entradas na
matri# a s%o re(resentados (ela ne-ativa do varivel <n-ulo diedrohcco .
0s exem(los se-uintes ilustram a utili#a%o de tomos fict+cios (ara es(ecificar
li-aes lineares. 0timi#aes de -eometria em coordenadas internas s%o inca(a#es de
lidar com <n-ulos de li-a%o de -raus lb0 que ocorrem em fra-mentos moleculares
lineares* como o acetileno ou o C
Z
cadeia em butatriene. Dificuldades tambm (ode ser
encontrado em situaes quase linear* tais como os -ru(os etinilo em molculas
assimtricas. 'stas situaes (odem ser evitadas atravs da introdu%o de tomos
fict+cios ao lon-o da bissectri# do <n-ulo e utili#ando a metade do <n-ulo que a varivel
ou constante!
D
C 1 Cn
X + 1. 1 80.
H + Ch 3 80. 1 1*0.

Cn 1,+0
Ch 1,06
Da mesma forma* nesta matri# a destinados (ara uma otimi#a%o de
-eometria* etade re(resenta a metade do <n-ulo .C0 que es(erado (ara estar (erto
de linear. .ote4se que um valor de etade menor do que 90 -raus corres(onde a uma
dis(osi%o de cis!
D
C 1 Cn
X + 1. 1 <e$ade
O + CO 3 <e$ade 1 1*0,0
H 4 #h + C#h 3 0.0

Cn 1,+0
C# 1.3
#h 1.0
*0,0 <e$ade
C#h 107.
Geometria #uilder /odelo +speciica"es
0 construtor modelo outra facilidade dentro Gaussian (ara es(ecificar ra(idamente
certos ti(os de sistemas moleculares [ Po-le67a ] .l solicitado
aos Modela ou Model8 o(es (ara o Geo (alavra4chave* e que exi-e entrada
adicional em uma se%o se(arada dentro do arquivo de trabalho.
0 insumo bsico (ara o construtor do modelo chamado de matri& de fGrmula curta *
uma cole%o de linhas* cada um dos quais define um tomo $(or s+mbolo at/mico& e sua
conectividade* (or at mais seis entradas. Cada um destes (ode ser um inteiro* que
re(resenta o n8mero da linha que define um outro tomo ex(licitamente es(ecificada de
que o tomo de corrente est li-ado* ou um s+mbolo atKmico $(or exem(lo* M* E&* ao
qual o tomo de corrente est li-ado (or uma li-a%o de terminal * ou um s+mbolo (ara
um -ru(o funcional terminal que li-ado ao tomo de corrente. 0s -ru(os funcionais
dis(on+veis atualmente s%o 0M* .MA* 7e* 't* .=r* I=?* .,u* I,J* e J@,.
A matri# de fKrmula curta tambm define im(licitamente a -eometria de rota%o sobre
cada elo da se-uinte maneira. Su(onha que os tomos i e S s%o ex(licitamente
es(ecificado. 'nt%o i a(arecer%o na fila S e S a(arecer%o na fila de i. Deixe eu ser o
tomo O direita de i na linha S e M ser o tomo O direita de S na linha i. 'm se-uida*
os tomos C e M s%o colocados em a orienta%o trans sobre o v+nculo iS. A matri# de
fKrmula curta (odem ser se-uidos (or linhas o(cionais que modificam a estrutura
-erada. M #ero ou mais de cada uma das se-uintes linhas* as quais devem ser
a-ru(ados )untos na ordem dada aqui!
'toGeo2 I 2 Geom
.ormalmente a -eometria local sobre um tomo definido (elo n8mero e ti(os de
li-a%o sobre o tomo $(or exem(lo* carbono em metano tetradrico* em etileno
trian-ular* etc&. @odos os <n-ulos de li-a%o em um centro deve ser s%o
i-uais. 0 'toGeo linha muda o valor dos t+tulos no centro eu . 8eom (ode ser o
<n-ulo como um n8mero de (onto flutuante* ou uma das
cordas .etR * P&ra* .ri+ * 8ent * ou de linha .
8ondRot2 I 2 2 2 > 2 L 2 Geom
Isso muda as orientaes do C 4 M e N 4 L t+tulos sobre a M 4 N . v+nculo 8eom ou o
<n-ulo diedro ou uma das cordas (is $q 0&*.rans $q 9b0&* Gaup $q T0&* ou Gau $q
4T0&.
8ond*en2 I 2 2 2 6e9len
Isso define o com(rimento do C 4 M v+nculo com 1e)len $um valor de (onto flutuante&.
0 construtor de modelo sK (ode construir estruturas com tomos em suas val;ncias
normais. Se um radical dese)ada* sua val;ncia extra (ode ser efetivamente hamarradoh
usando tomos fict+cios* que s%o es(ecificados (or um sinal de menos antes do s+mbolo
at/mico $(or exem(lo*4M&. A(enas os tomos terminais (odem ser tomos de
manequim.
0s dois modelos dis(on+veis $A e ,& diferem em que o modelo A leva em conta o ti(o
$sim(les* du(los* tri(los* etc& de uma li-a%o na atribui%o de com(rimentos de li-a%o*
com(rimentos de li-a%o* enquanto o modelo , de(ende a(enas dos ti(os de tomos
envolvido. 7odelo , est dis(on+vel (ara todos os tomos de M (ara Cl* exceto 'le e
.e. Se o modelo A solicitada e um tomo usado (ara os quais n%o 7odel A
com(rimento de li-a%o definido* o com(rimento de li-a%o 7odelo , a(ro(riado
usado em seu lu-ar.

*iita=es do Pro+raa
'sta se%o lista as diversas limitaes de tamanho que existem dentro Gaussian 09.
0 (ro-rama inte-ral tem as se-uintes limitaes!
# 0 n8mero mximo de tomos de A_0.000.
# 0 n8mero mximo total de conchas (rimitivas d_0.000.
# 0 n8mero mximo de (rimitivas d4conchas e su(erior A_0.000.
# 0 n8mero mximo de conchas contratados A_0.000.
# A contrac%o -raus de mximo (ermitido de 900.
Opt = 1$F2 $nOnl&3 otimi#aes48teis a(enas (ara os mtodos anal+ticos* sem
-radientes est%o limitados a _0 variveis.
0 (ro-rama GI, limitado a 900 (ares de orbitais $que n%o uma restri%o* na
(rtica&.
.,0 est dimensionado (ara A_0 mil tomos e 90.000 funes de base.
Gaussian 09 Liga"es
A tabela a se-uir lista os (ro-ramas que com(em Gaussian 09 conhecidos como linNs*
)untamente com as suas (rinci(ais funes!
*0

Iniciali#a (ro-rama e controles de sobre(osi%o
*<

Se%o =rocessos rota* lista de linNs (ara executar constrKi e iniciali#a
arquivos scratch
*<0<

"; t+tulo e molcula es(ecifica%o
*<0/

0timi#aes Eletcher4=oYell
*<00

0timi#aes ,ernX a minima e @S* (esquisas estaduais S@R. transi%o
*<0M

0timi#aes 7urtau-h4Sar-ent
*<0?

Diferencia%o numrica de foras F di(olos obter (olari#abilidade F
hi(er(olari#abilidade
*<0P

"inear4s+ncrono tr<nsito $"S@& de (esquisa do estado de transi%o
*<0W

Jnrelaxed exame de su(erf+cie (otencial de ener-ia
*<09

0timi#a%o de .eYton4?a(hson
*<<0

Du(lo diferencia%o numrica de ener-ias (ara (rodu#ir freqQ;ncias
*<<<

Du(lo diferencia%o numrica de ener-ias (ara calcular (olari#abilidades e
hi(er(olari#abilidades
*<</

'xecuta o mtodo Scalin- Iirial auto4consistente $SCIS&* extens%o de @A
`eith [ *o4din,9 , )a%noli82 , *ehd9! ]
*<<0

0timi#a%o 'E usando -radientes anal+ticos
*<<E

'E otimi#a%o numrica $usando a(enas as ener-ias&
*<<M

Se-ue o caminho de rea%o usando o al-oritmo GSC
*<<?

Cam(o de rea%o numrica auto4consistente $SC?E&
*<<P

'xecuta clculos de solvata%o I=C7.
*<<W

Clculos ,07D
*</0

Controles 0.I07 clculos
*</<

Clculos AD7=
*<//

Clculos contra(eso
*</0

Se-ue o caminho da reac%o usando o al-oritmo de M=C $e outros&
*</E

'xecuta 0.I07 com =C7 e externa4itera%o =C7
*/0/

?eorienta coordenadas* calcula simetria* e verifica as variveis
*00<

Gera definir base de informa%o
*00/

Calcula sobre(osi%o* cintica e inte-rais (otenciais
*000

Calcula inte-rais multi(olares
*00W

Calcula velocidade de di(olo e inte-rais ?x V
*0<0

Calcula S=DE inte-rais A4eltrons de uma forma (rimitiva
*0<<

Calcula s( inte-rais A4eltrons
*0<E

Calcula S=DE inte-rais A4eltrons
*0<?

Im(rime inte-rais A4eltrons
*0<9

Calcula inte-rais 94eltron (ara rota%o a(roximado de aco(lamento orbital
*E0<

Eormulrios o (al(ite 70 inicial
*E0/

'xecuta semi4em(+ricos e moleculares clculos de mec<nica
*E0M

Iniciali#a um clculo 7CSCE
*M0/

Iterativamente resolve as equaes SCE $conven. JME k ?0ME* todos os
mtodos diretos* SC?E&
*M00

Iterativamente resolve as equaes SCE usando minimi#a%o direta
*M0?

'xecuta um clculo ?0ME ou GI,4==
*M0W

=ro-rama SCE quadraticamente conver-ente
*M<0

7C4SCE
*?0<

=o(ula%o e afins anlises $incluindo momentos multi(olares&
*?0/

=ro(riedades 94eltron $(otencial* cam(o e -radiente de cam(o&
*?0E

Avalia 70s ou densidade sobre uma -rade de (ontos
*?0P

?eali#a anlises .,0
*?0W

'ner-ias DE@ n%o4iterativos
*?09

Ltomos em 7olculas (ro(riedades
*?<0

Inte-ra%o numrica $(ara testar cKdi-os inte-rais&
*P0<

94eltron inte-rais (rimeiras ou se-undas derivadas
*P0/

A4eltrons inte-rais (rimeiras ou se-undas derivadas $s(&
*P00

A4eltrons inte-rais (rimeiras ou se-undas derivadas $s(df&
*P<?

=rocessos de informa%o (ara otimi#aes e freqQ;ncias
*W0<

Iniciali#a transforma%o de inte-rais de A eltrons
*W0/

'xecuta a transforma%o inte-ral $ 1
C
in4core&
*W0E

@ransforma%o Inte-ral
*W<<

@ransforma derivados inte-rais e calcula suas contribuies (ara 7=A
A
r
derivados
*90<

Anti4sXmmetri#es inte-rais A4eltrons
*90/

Determina a estabilidade da fun%o de onda de Martree4EocN
*900

0ld 7=A no interior do n8cleo
*90E

Con)unto de base com(leto $C,S& mtodo de extra(ola%o de =etersson*
et. ai.
*90M

Com(lexo 7=A
*90?

7=A Semi4direto
*90W

'lectron =ro-rama =ro(a-ator
*9<0

Calcula ener-ias (Ks4SCE e termos de -radiente
*9<E

CI4Sin-les* ?=A e aI.D0 estados excitados: estabilidade SCE
*9<M

Calcula quantidades quinta ordem $(ara 7=_* RCISD $@R& e ,D $@R&&
*9<?

7=Z e CCSD Ielho
*9<W

?eo(timi#es a fun%o de onda
*9/0

=ro-rama SAC4CI
*<00/

Iterativamente resolve as equaes C=ME: calcula vrias (ro(riedades
$incluindo ?7.&
*<000

Iterativamente resolve as equaes C=47CSCE
*<0<E

Calcula anal+ticas CI4Sin-les se-undas derivadas
*<<0<

Calcula49 eltrons derivados inte-rais
*<<0/

Calcula di(olo inte-rais derivativos
*<<<0

A4eltron contribui%o derivado inte-rante (ara E
$x&
*<<<<

7atri# densidade de (art+culas A e (Ks4SCE derivados
*<<</

Derivados 7=A se-unda
*9999

Einali#a clculo e de sa+da