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Introduo
Complexos
o
o
o
Ferro
1. Molculas no proteicas
Siderforos - O ferro essencial para todos os organismos vivos mas est pouco diponvel
por se encontrar maioritariamnte no estado de oxidao 3 em compostos qumicos pouco
soluveis em agua; por isso os seres vivos desenvolveram tcnicas para solubilizar e transportar
o Fe 3+ para o seu uso.
Na realidade esta stecnicas so ligandos que formam complexos deste io com constantes
de estabilidade elevadas; Esses ligandos so agentes complexantes no proteicos para
capturar ferro libertados para o exterior pelas bacterias.
A transferncia do ferro complexado para o microorganismo requer o reconhecimento de
sideroforos.
Como muitos desses microorganismos so patognicos e precisam de ferro para se
propagarem vo busc-lo ao hospedeiro. Para evitar essa captura o hospedeiro impede a
sintese de sideroforos, sendo ujjma das estrategias adoptadas a subida da temperatura
corporal, pois a produao daqueles ligandos diminui para temperaturas de 37 graus.
2. Protenas
-De transporte e armazenamento
a) Transferencia electronica
- Protenas Fe-S
Estas protenas esto envolvidas em processos de transferncia electrnica e so
agregados com a composio FenSm onde n =m = 2=4, ocorrendo nalguns casos o sistema
Fe3S4. So sistemas
A ferredoxina um exemplo de um sistema ferro enxofre. Ferredoxina do tipo
cloroplasto, F2S2.
- Citocromos
So estruturas qumicas de grupos heme presentes em todos os seres vivos que, tal
como as protenas de ferro-enxofre, tambm so responsveis por transferirem electres.
O processo de transferencia de electres envolve a variao do estado de oxidaao do
ferro no centro hmico.
Esto envolvidos na respiraao anaerobia e aerobia, fotossntese das plantas e
cianobactrias, reduo da meta hemoglobina nos eritrcitos para regenerar a forma funcional
da hemoglobina.
Citocromo c- transferencia electrnica do citocromo c1 para a oxidase do citocromo c no
processo finsal de fosforilaao oxidativa (imagem)
Enzimas
Desta forma este complexo assume a estrutura octadrica, visto que o seu nmero de
coordenao 6.
Uma das suas propriedades o paramagnetismo.
Aplicaes:
Pode ser utilizado como catalisador ou estabilizador em processos e
produtos qumicos, como revestimento para vidro, para processos sintticos de acrlicos,
adesivos acrlicos, resinas de epxido,poliuretanas, combustveis, borrachas de silicone, entre
outros, processos de polimerizao, oligomerizao e transesterificao de olefinas.
Procedimento
Adicionou-se, ento, gota a gota, uma soluo saturada de cido oxlico para
redissolver o precipitado formado. A contnua adio do cido levou formao do
complexo. Redissolveu o precipitado de hidrxido de ferro que se formou durante a
adio de perxido de hidrognio.
Determinou-se o rendimento.
Resultados
Sntese do complexo tris (oxalato) ferrato (II) de potssio
1) Dissoluo de sulfato ferroso amoniacal
Aps este passo e at nova indicao consideramos que o ferro em soluo ferro (II).
2) Adio de cido oxlico
Considera-se que as guas que rodeavam o complexo esto agora dispersas no meio.
O precipitado laranja o complexo tris (oxalato) ferrato (II).
Massa (g)
Massa Molecular
(g/mol)
Estequiometria
Nmero de moles
15,15
392,14
0,0386
7,54
126,07
0,0838
10,06
184,24
0,0273
Perxido de
hidrognio
0,02 dm3
1,667 mol/dm3
0,5
0,08335
Clculo do rendimento
Reagente
Fe (II)
Fe(III)
Cor
Precipitado
Cor
Precipitado
NaOH
Verde escuro*
Sim
Laranja
Sim
Excesso NaOH
Verde escuro*
No dissolve
Laranja + escuro
No dissolve
Amnia
Verde sujo
Sim
Laranja escuro
Sim
Excesso amnia
Verde sujo
No dissolve
Laranja escuro
No dissolve
Tiocianato de amnio
Vermelho sangue
No
Oxalato de potssio
Amarelo esverdeado
No
+ tiocianato de amnio
Amarelo esverdeado
No
(produto maioritrio)
Como o ligando ambidentado pode gerar complexos do tipo
Nada acontece com a adio de mais tiocianato de amnio, j que o complexo formado
(tris(oxalato) ferrato (III)) muito estvel (a sua formao favorvel). No se consegue
deslocar a esfera de coordenao do ferro.
Existem algumas justificaes para o facto do tiocianato no conseguir substituir o oxalato
na ligao ao ferro.
9
De acordo com as posies relativas dos ligandos na srie espectroqumica, pode inferir-se
que o ligando C2O42- forma uma ligao mais estvel que o SCN-, uma vez que um ligando
mais forte. Comparando as constantes de estabilidade do complexo com os dois ligandos isto
confirmado.
Fora
inica
Ligando
C2O42-
0,5
7,53 0,1
SCN-
0,9 0,1
F-
6,0
OH-
11,81 0,03
2) Reaces com
Reagente
Fe (II)
Cor
Fe(III)
Precipitado
No
K4[Fe(CN)6]
Azul escuro*
K3[Fe(CN)6]
Azul escuro +
(azul de Turnbull)***
sim
Cor
Precipitado
Azul escuro ++
Sim
(azul da Prssia)
Amarelo
(amarelo da Prssia)
Dissolveu
Reagente
Fe(III)
Cor
Precipitado
NaF
Transparente
No
+ tiocianato de amnio
Laranja escuro
No
+ NaOH
Laranja
Sim
NaF:
11
A adio de NaOH leva formao de precipitado (hidrxido de ferro (III)) e leva o meio a
ficar de novo incolor.
O meio fortemente bsico, devido presena de NaOH, tem a capacidade de destruir o
complexo formado.
De acordo com as posies relativas dos ligandos na srie espectroqumica, pode-se inferir
que o ligando OH- possui a capacidade de substituir o F-, formando um complexo mais estvel,
sendo um ligando mais forte. Comparando as constantes de estabilidade do complexo com os
dois ligandos isto confirmado.
Ligando
Fora
inica
C2O42-
0,5
7,53 0,1
SCN-
0,9 0,1
F-
6,0
OH-
11,81 0,03
12
Fe(III)
Reagente
Cor
Precipitado
KI
Laranja
No
CHCl3
NaF + KI
Incolor
No
CHCl3
No
Reaces redox
no reagiu
Fe(III)+KI+CHCl3:
A adio de CHCl3 provoca uma separao por fases, distinguindo-se uma fase aquosa
superior e uma fase orgnica inferior;
Extraiu-se o iodo para a fase orgnica pois este apolar - ocorre formao de
precipitado na soluo violeta da fase orgnica, correspondente ao iodo;
Adio de Fe(III)+NaF+KI+CHCl3:
A modificao do estado de complexao do ferro faz com que se crie uma resistncia
reduo: modificado o potencial de reduo do ferro, aumentando-o para superior
ao do iodeto e assim o iodeto no consegue reduzir o Fe3+.
13
Concluso
Clculo do reagente limitante
Massa (g)
Massa Molecular
(g/mol)
Estequiometria
Nmero de moles
15,15
392,14
0,0386
7,54
126,07
0,0838
Oxalato de
potssio
10,06
184,24
0,0273
Perxido de
hidrognio
0,02 dm3
1,667 mol/dm3
0,5
0,08335
Reagente
Sulfato de ferro
amoniacal
cido oxlico
Clculo do rendimento
Composto modelo
14
15
Espectroscopia UV-Visvel
16
Mtodo de Lowry
Procedimento:
Colocar 10 g de carne
picada e 20 mL de
tampo fosfatos
(20mM pH 5,6) num
tubo de centrfuga
Ler Abs a 635, 580, 542
e 505 nm. O restante
sobrenadante
dividido em duas
partes
Misturar com
uma vareta,
durante cerca de
1 minuto.
Traar espectro
UV/Vis (250-800 nm)
de S, diluindo S 1:3
com o tampo inicial
Centrifugar a 5000
rpm, durante 60
minutos (Rotor JA20)
Remover e guardar
o sobrenadante (S)
com uma pipeta de
Pasteur.
17
18
Resultados:
Absorvncias
BSA
Protena ( diluda 1:20)
1
0,810
0,431
2
0,742
0,383
3
0,539
0,310
4
0,327
0,258
*Fraces recolhidas da coluna de filtrao em gel.
Tubos
F1+F2*
1,007
0,902
0,608
0,341
BSA
1- 200 L de BSA [] = 0,5 mg/mL Massa = 100 g
2- 150 L de BSA + 50 L de gua [] = 0,375 mg/mL Massa = 75 g
3- 100 L de BSA + 100 L de gua [] = 0,25 mg/mL Massa = 50 g
19
Curva de calibrao:
Abs
y = 0.0081x + 0.0766
R = 0.9525
20
40
60
80
100
120
Massa (mg)
Diluies:
1
2
20
Mdia dos valores de concentrao calculados: (0,219 + 0,252 + 0,288 + 0,448) / 4 = 0,3 mg/mL
Na cuvette colocou-se 1 mL de uma soluo anterior com 2,4 mL. Calculou-se ento a massa
de protena nessa soluo:
0,3 mg 1 mL
X 2,4 mL
X = 0,72 mg de protena.
0,1 mL da soluo de 2,4 mL foram retirados do sobrenadante diludo, que tinha 20 mL. Assim,
no sobrenadante diludo tem-se:
0,72 mg 0,1 mL
Y 20 mL
Y = 14,4 mg de protena.
O sobrenadante tinha sofrido uma diluio de 1:20, logo a massa de protena no sobrenadante
:
14,4 mg 1 mL
Z 20 mL
Z = 288 mg de protena no sobrenadante.
21
Diluies:
1
2
Mdia dos valores de concentrao calculados: (0,574 + 0,68 + 0,656 + 0,652) / 4 = 0,64 mg/mL
22
Na cuvette colocou-se 1 mL de uma soluo anterior com 2,4 mL. Calculou-se ento a massa
de mioglobina nessa soluo:
0,64 mg 1 mL
X 2,4 mL
X = 1,536 mg
0,2 mL da soluo de 2,4 mL foram retirados de uma soluo de 10 mL. Assim, tem-se:
1,536 mg 0,2 mL
Y 10 mL
Y = 76,8 mg
Na coluna inseriu-se 1mL de sobrenadante diludo, da qual se retiraram 2 mL, pelo que a
massa de protena no sobrenadante diludo :
76,8 mg 1 mL
Z 2 mL
Z = 152,4 mg
152,4 mg 1 mL
W 20 mL
W = 3048 mg de mioglobina.
Concluses:
Massa de protena em 10g de carne: 288 mg
Massa de mioglobina em 10g de carne: 3048 mg
O resultado obtido no coerente, o que pode dever-se a erros experimentais e ao facto de
nenhum valor de absorvncia da mioglobina estar contido na recta de calibrao com BSA,
podendo estar o valor da massa de mioglobina sobrestimado.
Dado que ocorreram erros experimentais e os valores das massas obtidos no so correctos,
nada se pode concluir a partir do grau de pureza.
24
Met-Mb
Forma oxidada de Mb;
Presente na carne mais envelhecida cor castanha;
O H2O liga-se na posio 6 de coordenao do ferro do grupo heme;
Forma-se nas zonas com baixa concentrao de O2 ;
Apresenta picos a 504 nm e 635 nm;
Na regio de Soret o pico a 409nm.
Os picos da regio de Soret permitem encontrar a razo oxi-Mb/met-Mb.
Reaces redox
Pode ocorrer interconverso das formas Oxi a Met, por aco de agentes
oxidantes (1), numa reaco onde um electro do ferro doado ao agente
oxidante, ou de Met a Oxi por aco de agentes redutores (2), que doam um
electro ao ferro.
Objectivo: Extrair e identificar a oxi-Mb e a met-Mb atravs das suas propriedades espectrais.
Estudo da reaco redox de interconverso.
Tcnicas utilizadas:
Centrifugao
Espectroscopia UV-Visvel
26
Procedimento:
Colocar 10 g de carne
picada e 20 mL de
tampo fosfatos
(20mM pH 5,6) num
tubo de centrfuga
Ler Abs a 635, 580, 542
e 505 nm. O restante
sobrenadante
dividido em duas
partes
Misturar com
uma vareta,
durante cerca de
1 minuto.
Traar espectro
UV/Vis (250-800 nm)
de S, diluindo S 1:3
com o tampo inicial
Centrifugar a 5000
rpm, durante 60
minutos (Rotor JA20)
Remover e guardar
o sobrenadante (S)
com uma pipeta de
Pasteur.
27
28
Resultados:
Espectro experimental da mioglobina:
Os picos 33, 35 e 36 so caractersticos da forma reduzida da mioglobina, Oxi-Mb,
sendo que pico 33 corresponde zona de Soret.
29
Comprimento de onda
409
417
505
542
546
580
635
Abs sobrenadante
1,870
1,848
0,455
0,488
0,451
0,311
Abs Oxi-Mb
1,392
1,386
0,215
0,244
0,239
0,221
0,109
Abs Met-Mb
1,945
1,412
0,332
0,272
0,266
0,222
0,194
[Met-Mb] a 409 nm
Oxi-Mb
30
31
Razo Oxi-Mb/Met-Mb
Concluses:
32
FTIR E FLUORESCNCIA
Introduo:
Luminescncia: Emisso de luz a partir de uma substncia que ocorre a partir de estados
excitados. formalmente dividida em duas categorias Fosforescncia e Fluorescncia
dependendo da natureza do estado excitado.
Fluorescncia
33
O processo que ocorre entre a absoro e emisso de luz usualmente descrito pelo
diagrama de Jablonski:
34
As molculas do estado S1 podem sofrer uma converso de spin para o primeiro estado
tripleto (T1). A emisso a partir de T1 a fosforescncia. A converso de S1 para T1
denominada cruzamento inter-sistemas (ocorre entre dois estados vibracionais isoenergticos
pertencentes a estados electrnicos com diferentes multiplicidades).
Caractersticas da Fluorescncia:
35
36
Espectrofluormetro
Com a maior parte dos espectrofluormetros possvel registar os espectros de
emisso e excitao. Estes espectros podem ser apresentados em escalas de comprimentos de
onda ou de nmeros de onda.
Para a maior parte dos fluorforos os rendimentos qunticos e os espectros de
emisso so independentes do comprimento de onda de excitao.
Num caso ideal, os espectros de excitao e emisso devem representar a intensidade
relativa de fotes por intervalo de comprimento de onda. Para obter tal espectro correcto os
componentes individuais devem ter as seguintes caractersticas:
37
Espectro de emisso
Espectro de excitao
38
Fluorescncia da Mioglobina
A mioglobina uma protena com dois resduos de triptofano (Trp-7 e Trp-14) que se
encontram no interior hidrfobo da protena. Quando a protena desnaturada, estes resduos
so expostos ao solvente e como so fluorforos polares, sofrem desvio de Stokes, havendo
desvios nos espectros de emisso da mioglobina quando esta se encontra no estado nativo e
desnaturado.
FTIR
FTIR - tcnica
Apesar de existirem tcnicas que fornecem informao mais detalhada sobre a
estrutura de protenas (como a cristalografia de raios X), estas muitas vezes no podem ser
aplicadas visto que as protenas nem sempre formam um cristal de qualidade suficiente para
anlise. A tcnica de FTIR d tambm informao sobre a estrutura secundria, enquanto que
a cristalografia de raios X e outras tcnicas fornecem informaes sobre a estrutura terciria.
40
Bandas do espectro
As bandas observadas nos espectros IV devem-se aos movimentos vibracionais dos tomos
nas molculas que faam variar o seu momento dipolar permanente, .
Existem vrias bandas caractersticas de aminocidos especficos, no entanto as mais
importantes referentes s ligaes peptdicas e que permitem um estudo da estrutura
secundria so a Amida I e a Amida II, pois relacionam-se com as ligaes por pontes de
hidrognio estabelecidas.
A banda amida I deve-se s vibraes stretching (elongamento) da ligao C dupla O do
grupo amida; o nmero de onda dos fotes absorvidos 1600-1690 cm-1
A banda amida II - deve-se s vibraes bending (dobramento) da ligao NH ; o nmero
de onda dos fotes absorvidos 1480-1575 cm-1
Ambos os grupos esto envolvidos em ligaes por pontes de hidrognio, que ocorrem
entre diferentes elementos de estrutura secundria. Assim, a existncia deste tipo de bandas e
sua posterior anlise em certos nmeros de onda especficos indicam que tipo de estrutura
secundria est presente.
Amida I vs Amida II
A regio do espectro mais sensvel estrutura secundria das protenas a banda da
Amida I (1700-1600 cm-1), resultante inteiramente do stretching da ligao C=O das ligaes
peptdicas. As frequncias dos componentes esto relacionados com cada tipo de motivo
estrutural secundrio.
41
Procedimento:
Espectros de excitao e emisso de fluorescncia do triptofano e da mioglobina
42
43
Resultados:
Espectros de fluorescncia do triptofano
No se observaram diferenas significativas nos espectros de excitao do triptofano.
44
45
pH 4: mximo de fluorescncia
FTIR
Ftir mioglobina
Nmero de onda (
Banda caracterstica
1536.99
Amida II
1656.56
Amida I (hlice )
3299.92
Amida A
Ftir globulina
Nmero de onda (
615,18
Banda caracterstica
Amida V
46
3286.12
1236.15
Amida III
1531.21
Amida II
1643.06
Amida I (folha )
Amida A
Concluso:
47
1. Introduo
Transporte electrnico e fosforilao oxidativa
A fosforilao oxidativa uma via metablica que utiliza a oxidao final de glcidos,
lpidos e protenas (e a energia libertada nestas reaces de oxidao-reduo) para produzir
ATP, atravs da fosforilao de ADP. Este processo ocorre nos mitocndrios. Nesta via ocorre
transferncia de electres a partir de doadores electrnicos at aceitadores electrnicos finais,
como o oxignio transporte electrnico.
Inibidores e desacopladores
A fosforilao oxidativa pode ser inibida directamente por uma srie de agentes qumicos.
Uma classe destes compostos (caso do antibitico oligomicina) inibe a fosforilao oxidativa e
a respirao. Uma segunda classe de agentes (caso do m-clorocarbonilocianetofenilohidrazona (CCP) e 2,4-dinitrofenol (DNP)) provoca a inibio da fosforilao por
desacoplamento, ou seja, continua a ocorrer respirao e fluxo de electres mas no ocorre
sntese de ATP (h inibio da fosforilao oxidativa mas no da respirao). Uma terceira
classe inclui os inibidores especficos da cadeia de transporte electrnico (rotenona, antimicina
A, cianeto).
Controlo respiratrio
O sistema de fosforilao oxidativa exerce um efeito regulador na velocidade de
respirao. Com efeito, as concentraes de ADP e de fosfato limitam a velocidade de
transporte electrnico. Uma vez que na maioria das clulas o fosfato inorgnico se encontra
presente em excesso, o ADP que controla a velocidade de respirao. Nos organismos
intactos, existe um alto grau de controlo respiratrio e os mitocndrios dizem-se fortemente
acoplados. Quando ocorre dano estrutural no mitocndrio perde-se este controlo.
RC (respiratory control) refere-se razo
entre as velocidades de consumo de O2 no
estado e no estado 4.
49
O controlo respitatrio pode ser ilustrado por uma srie de cinco estados que se
podem repetir ciclicamente.
estado 2 - adio de substrato, respirao baixa devido falta de ADP (no h reentrada
de protes atravs do ATP sintase e qualquer respirao deve-se fuga de protes atravs
da membrana)
estado 4 - todo o ADP foi convertido em ATP (fosforilao) e a respirao torna-se lenta
durante o estado 3 pode ser quantificada permitindo o clculo de uma razo P/O.
Razo ADP/O
A razo ADP/O o nmero de moles de ADP fosforiladas a ATP por cada dois electres
fluindo por um segmento da transferncia electrnica para o oxignio. No clculo desta razo
o oxignio o terminal aceitador.
Razes P/O podem ser determinadas atravs da extenso do estado trs acelerado,
obtido por adio de ADP no estado 2. Quase todo o ADP fosforilado a ATP: a razo ATP:ADP
normalmente de 100:1 quando o estado 4 atingido e a razo moles de ADP
adicionado/moles de O2 consumido pode ser calculada.
50
Tcnicas
O elctrodo de oxignio
Este elctrodo consiste num elctrodo de referncia de Ag/AgCl e um elctrodo de Pt,
ambos imersos em KCl aquoso e separados da cmara onde se inserem as amostras apenas
atravs de uma membrana permevel a O2. Este reduzido a H2O no elctrodo de Pt, gerando
uma voltagem referente ao elctrodo de Ag/AgCl que proporcional [O2] na cmara
reaccional.
Ctodo:
O2 + 4e-
2H2O
nodo:
+
4Ag + 4Cl-
4AgCl + 4e-
51
Objectivos:
1. A extenso da fosforilao obtida com diferentes substratos (razo ADP/O)
2. O grau de controlo respiratrio
3. O efeito de diversos inibidores e de um desacoplador da cadeia de transporte electrnico
2. Procedimento
Isolamento dos mitocndrios de batata
importante ter em conta que, sendo uma experincia em que se pretende manter a
actividade mitocondrial, todas as operaes devem ser feitas entre 0 e 4C e o processo no
deve demorar mais que 1h.
Nesta actividade experimental a primeira parte foi o isolamento dos mitocondrios de
batata, comeando por se pesar 300g de batata e cort-la em cubos pequenos.
De seguida efectuou-se a homogeneizao em 250 mL de meio de isolamento num
batedor elctrico, durante apenas 2 segundos para evitar danificar estruturas e perda de
actividade.
Procedeu-se filtrao num funil de Buckner com uma camada de gaze e posterior
centrifugao.
Aps a 1centrifugao aproveitou-se o sobrenadante e voltou-se a centriguar a
8000g durante 10 minutos e a 4 graus. Desta vez aproveitou-se o pellet, ressuspendendo-o em
meio de lavagem, juntando-se o contedo de diferentes tubos (dos vrios grupos).
Centrifugou-se novamente nas mesmas condies, aproveitou-se o pellet, ressuspendeu-se em
meio de ressuspenso e prosseguiu-se ltima centrifugao tambm a 8000g, 4 graus e
durante 10 minutos. Retirou-se o sobrenadante e ressuspendeu-se o pellet em 4-5 mL de meio
de ressuspenso.
Obteve-se assim a fraco mitocondrial a ser usada no procedimento seguinte.
Os meios utilizados foram os de isolamento, lavagem e ressuspenso. Estes meios
contm alguns componentes com concentraes adequadas para manter a actividade
mitocondrial.
O pH 6,5 o mais adequado, o manitol 0,7 M permite a manuteno da osmoralidade
do meio, a cistena previne a oxidao de produtos fenlicos prejudiciais ao mitocndrio, a BSA
(soro de albumina bovina) leva a maior controlo respiratrio pelo ADP e o EDTA remove
metais catalisadores de reaces indesejveis, mas inibe a respirao induzida pela cistena,
pelo que adicionado em concentrao baixa.
52
53
3. Resultados
Calibrao do elctrodo
Calibrou-se o elctrodo de oxignio e determinaram-se as concentraes de oxignio
correspondentes a 0% e 100% de O2. Foi calibrado a 100% com o meio reaccional oxigenado
por agitao e a 0% com o reagente ditionito de sdio.
No protocolo fornecida uma tabela que nos d informao sobre contedo em O2 de
gua saturada com ar:
Temperatura (oC)
0
5
10
15
20
25
30
35
100% O2
O2 (ppm)
14,16
14,37
10,92
9,76
8,84
8,11
7,52
7,02
O2 (mol/mL)
0,442
0,386
0,341
0,305
0,276
0,253
0,230
0,219
0% O2
Quadrculas
77
1
n (O2) /nmol
506
6,57
54
Razo ADP/O
1. Ensaio do Succinato (Complexo II)
1.
2.
Como se quer calcular a razo ADP/O, necessrio calcular as moles de O consumidas,
pelo que se tem de multiplicar por dois o nmero de moles calculado para O2:
1. 59,13 x 2 = 118,26 nmol de O consumidas.
2. 32,85 x 2 = 65,7 nmol de O consumidas.
1.
2.
a o
a o
55
Substrato
Razo ADP/O
experimental
Razo ADP/O
terica*
Succinato (1)
1,7
1,6
Citocromo c + Ascorbato
1,1
*Valores apresentados nos slides de Processos de Oxidao-Reduo em Bioqumica fornecidos pela professora da cadeira.
56
No complexo IV a razo ADP/O inferior. Isto acontece porque, ao longo da cadeia, vai
ser necessrio um maior consumo de oxignio para produzir a mesma quantidade de ATP
(consumir a mesma quantidade de ADP).
Controlo Respiratrio
Regulao da velocidade de transporte electrnico pelo ADP;
Razo entre as velocidades de consumo de O2 no estado 3 e no estado 4.
o
o
57
min
58
min
4. Concluso
A razo ADP/O o nmero de moles de ADP fosforiladas a ATP por cada dois electres
fluindo por um segmento da transferncia electrnica para o oxignio.
A razo ADP/O vai diminuindo do complexo I para o complexo IV. Isto acontece porque
ao longo da cadeia so transportados para fora da matriz menos protes, havendo menos
energia disponvel para a sntese de ATP, o que faz com que a actividade da cadeia
transportadora de electres aumente, levando ao aumento do consumo de O2.
No complexo II no ocorre transporte de protes, pelo que no h contribuio para o
gradiente electroqumico, o que leva a que a razo ADP/O seja pequena.
No complexo IV a razo ADP/O inferior. Isto acontece porque, ao longo da cadeia, vai
ser necessrio um maior consumo de oxignio para produzir a mesma quantidade de ATP
(consumir a mesma quantidade de ADP).
59
Uma vez que na maioria das clulas o fosfato inorgnico se encontra presente em
excesso, o ADP que controla a velocidade de respirao. Nos organismos intactos, existe um
alto grau de controlo respiratrio e os mitocndrios dizem-se fortemente acoplados. Quando
ocorre dano estrutural no mitocndrio perde-se este controlo.
A razo de controlo respiratrio permite determinar a extenso do acoplamento dos
mitocndrios assim como a sua integridade funcional.
Como RC>1, os mitocndrios estavam acoplados, no tendo sofrido alteraes na sua
funcionalidade.
60
1. Introduo
Transporte electrnico e fosforilao oxidativa
A fosforilao oxidativa uma via metablica que utiliza a oxidao final de glcidos,
lpidos e protenas (e a energia libertada nestas reaces de oxidao-reduo) para produzir
ATP, atravs da fosforilao de ADP. Este processo ocorre nos mitocndrios. Nesta via ocorre
transferncia de electres a partir de doadores electrnicos at aceitadores electrnicos finais,
como o oxignio transporte electrnico.
Inibidores e desacopladores
A fosforilao oxidativa pode ser inibida directamente por uma srie de agentes qumicos.
Uma classe destes compostos (caso do antibitico oligomicina) inibe a fosforilao oxidativa e
a respirao. Uma segunda classe de agentes (caso do m-clorocarbonilocianetofenilohidrazona (CCP) e 2,4-dinitrofenol (DNP)) provoca a inibio da fosforilao por
desacoplamento, ou seja, continua a ocorrer respirao e fluxo de electres mas no ocorre
sntese de ATP (h inibio da fosforilao oxidativa mas no da respirao). Uma terceira
classe inclui os inibidores especficos da cadeia de transporte electrnico (rotenona, antimicina
A, cianeto).
Tcnicas
O elctrodo de oxignio
Este elctrodo consiste num elctrodo de referncia de Ag/AgCl e um elctrodo de Pt,
ambos imersos em KCl aquoso e separados da cmara onde se inserem as amostras apenas
atravs de uma membrana permevel a O2. Este reduzido a H2O no elctrodo de Pt, gerando
uma voltagem referente ao elctrodo de Ag/AgCl que proporcional [O2] na cmara
reaccional.
Ctodo:
O2 + 4e-
2H2O
nodo:
62
4Ag+ + 4Cl-
4AgCl + 4e-
Objectivos:
1. A extenso da fosforilao obtida com diferentes substratos (razo ADP/O)
2. O grau de controlo respiratrio
3. O efeito de diversos inibidores e de um desacoplador da cadeia de transporte electrnico
2. Procedimento
Isolamento dos mitocndrios de batata
importante ter em conta que, sendo uma experincia em que se pretende manter a
actividade mitocondrial, todas as operaes devem ser feitas entre 0 e 4C e o processo no
deve demorar mais que 1h.
Nesta actividade experimental a primeira parte foi o isolamento dos mitocondrios de
batata, comeando por se pesar 300g de batata e cort-la em cubos pequenos.
De seguida efectuou-se a homogeneizao em 250 mL de meio de isolamento num
batedor elctrico, durante apenas 2 segundos para evitar danificar estruturas e perda de
actividade.
Procedeu-se filtrao num funil de Buckner com uma camada de gaze e posterior
centrifugao.
Aps a 1centrifugao aproveitou-se o sobrenadante e voltou-se a centriguar a
8000g durante 10 minutos e a 4 graus. Desta vez aproveitou-se o pellet, ressuspendendo-o em
meio de lavagem, juntando-se o contedo de diferentes tubos (dos vrios grupos).
Centrifugou-se novamente nas mesmas condies, aproveitou-se o pellet, ressuspendeu-se em
63
Efeito de inibidores
Pretende-se agora sequenciar a cadeia respiratrio usando vrios inibidores da
mesma, sendo que os ensaios devem ser adequados para calcular a actividade do oxidase
alternativo/respirao no inibida pelo KCN.
Comeou-se por adicionar na camara reaccional 1,4 mL de meio de reaco + 200 L
de mitocndrios + 20 L de succinato + 50 L de ADP obtendo-se o registo do elctrodo.
Adicionou-se + 10 L de oligomicina antes que o ADP se esgotasse e +20 L de malonato
quando comea a haver declive.
A oligomicina inibe o ATP sintase ao bloquear o seu canal de protes, que necessrio
para a fosforilao oxidativa de ADP para ATP (produo de energia). A inibio da sntese de
ATP pra tambm a cadeia transportadora de electres.
O malonato um inibidor do complexo II e a oligomicina do complexo ATP sintase.
Adiciona-se agora 20 L de malato + 20 L de glutamato (complexo I) para verificar se a
respirao retoma ou no, confirmando-se pelo registo; adiciona-se rotenona que inibe o
complexo I.
Adicionou-se NADH, registando-se, e + 20 L antimicina A (para assegurar que est
inibido); colocou-se na camara reaccional + 20 L de citocromo c + 20 L de ascorbato de sdio
(substratos), registando-se e 40 L de KCN, 20 de cada vez.
Adicionou-se + 20 L de ADP, registou-se e mais + 20 L de succinato, que estava
inibido devido ao KCN. Comea-se ento um novo registo com adio de 1,4 mL de meio de
reaco + 300 L de mitocndrios + 20 L de succinato + 20 L de ADP, registando-se.
Adicionou-se + 20 L de rotenona, substrato do complexo II e inibidor do complexo I. Registouse e adicionou-se +20 L de malonato (inibidor do complexo II).
64
65
3. Resultados
66
Ensaio 1
Succinato (Substrato do complexo II) + Malonato (Inibidor complexo II)
Malato + Glutamato (Substrato do complexo I) + Rotenona (Inibidor complexo I)
67
Ensaio 1 (2)
Antimicina A (Inibidor complexo III Para certificar que estava inibido) + Citocromo c com
ascorbato de sdio (Substrato complexo IV) + KCN (Inibidor complexo IV).
68
Ensaio 1 (3)
Succinato (Substrato complexo II) Estava inibido devido ao KCN, pelo que se comeou uma
nova reaco.
69
Ensaio 2
Succinato (Substrato complexo II) + Rotenona (Inibidor complexo I) + Malonato (Inibidor
complexo II) + Citocromo c com ascorbato de sdio (Substrato complexo IV) + Antimicina A
(Inibidor complexo III) + KCN (Inibidor complexo IV Inibe mas continua a haver consumo de
O2 devido presena de citocromo c oxidase alternativo).
70
Inicialmente adicionou-se Oligomicina que inibe o ATP sintase ao bloquear o seu canal
de protes, que necessrio para a fosforilao oxidativa de ADP para ATP (produo de
energia). A inibio da sntese de ATP pra tambm a cadeia transportadora de electres. Seria
de esperar que no ocorresse respirao, o que no observado, pelo que a soluo deve
estar mal preparada.
Atravs do Ensaio 1 possvel concluir que o Malonato inibe o Succinato, pelo que o
inibidor do complexo II. Adicionando seguidamente Malato + Glutamato (substratos do
complexo I) observa-se a ocorrncia de consumo de oxignio mas em muito pouca quantidade.
Pode concluir-se que o Malonato no inibiu ento o complexo I, pois ao adicionar substratos
do mesmo continuou a haver respirao, mas como foi muito pouco intensa, pode levar a
considerar que houve erros experimentais na preparao de solues. Estes resultados
indicam que os complexos I e II funcionam em paralelo.
Adicionando Rotenona deixa de haver respirao, pelo que se sabe que um inibidor do
complexo I. Adicionou-se depois NADH que substrato do complexo I e das actividades
alternativas do NADH desidrogenase, no se registando consumo de O2, por o complexo I estar
inibido, o que confirma que a Rotenona inibidor do complexo I.
Pelo Ensaio 1 (2) pode concluir-se que a Antimicina A no inibe o complexo IV.
Adicionou-se Citocromo c + Ascorbato e observou-se um aumento da respirao, pelo que o
complexo IV no inibido pela Antimicina A. O facto de haver consumo de O2 depois da adio
destes substratos, demonstra que o inibidor do complexo III no afecta o complexo IV,
portanto o complexo III anterior ao IV na cadeia respiratria. Com a adio de KCN o
complexo IV inibido pelo que se espera que continue a haver consumo de oxignio devido
71
Quadro resumo
Inibidor
Substrato
Rotenona
Malonato
Antimicina A
KCN
Glutamato + Malato
Succinato
Ascorbato +
Citocromo c
Apesar do KCN inibir apenas o complexo IV, no vai haver respirao quando se adiciona o
mesmo. Isto acontece porque pra o consumo de oxignio ao ser adicionado este inibidor.
4. Concluso
possvel comprovar que a Rotenona inibe o complexo I, o Malonato o complexo II, a
Antimicina A o complexo III, e o KCN o complexo IV;
A ordem dos complexos na cadeia respiratria complexo I, II, III e IV;
72
73
INCHAMENTO MITOCONDRIAL
1. Introduo
Os mitocndrios incham se forem suspensos num meio que no seja isotnico com a
matriz. O mesmo acontece se forem colocados numa soluo em que o principal soluto
permevel membrana interna. Assim, aumentando a concentrao de solutos dentro da
matriz mitocondrial, favorece-se a entrada de gua, havendo um aumento da presso
osmtica que leva ao inchamento do mitocndrio.
As suspenses mitocondriais dispersam a luz. Esta disperso principalmente funo
da diferena entre o ndice de refraco do contedo da matriz e do meio de suspenso, logo,
quando esta diferena diminui, a disperso de luz tambm diminui.
Quando o mitocndrio incha devido entrada de um soluto permevel ocorre uma
diminuio da disperso de luz (diminui a absorvncia medida no espectrofotmetro)
medida que o ndice de refraco da matriz se aproxima do ndice de refraco do meio de
suspenso.
Os mitocndrios so adequados para esta tcnica porque as suas matrizes podem
sofrer um grande aumento de volume sem rebentarem atravs do abrir das cristas da
membrana interna.
Pode, ento, estudar-se o efeito de vrios compostos no inchamento dos
mitocndrios, seguindo a disperso de luz com a utilizao de um espectrofotmetro UVVisvel. A extenso do inchamento medida pela diminuio da absorvncia.
Factores que influenciam o inchamento mitocondrial:
1. Necessidade de manter a neutralidade elctrica.
2. O gradiente electroqumico (pH + ) promove:
Sistemas de transporte que impliquem a entrada de H+ ou sada de OH- da
matriz (pH).
Movimento de ies em resposta ao (dissipando o potencial).
74
Propriedades de permeabilidade da membrana mitocondrial (Brian Chappel Inchamento mitocondrial na presena de sais de amnio de cidos fracos ou metabolitos):
Os mitocndrios comportam-se como osmmetros perfeitos; Respondem a mudanas
na presso osmtica do meio de suspenso contraindo-se ou inchando conforme a
gua flui atravs da membrana para compensar a diferena de actividade quando os
osmlitos so adicionados (ou removidos) do meio externo.
A membrana mitocondrial impermevel a pequenos ies (ex: H+, K+, Na+, NH4+, Cl-,
NO3-, etc.).
A membrana mitocondrial permevel a molculas pequenas sem carga (ex: O2, CO2,
N2, glcidos com 3 ou 4C, etc.).
Embora a membrana seja impermevel a pequenos ies, e portanto impermevel ao
acetato (CH3COO-) e NH4+, permevel ao cido actico (CH3COOH) e ao NH3, que so
pequenas molculas neutras.
75
Tcnicas utilizadas:
Centrifugao
Espectroscopia UV-Visvel
Objectivo:
Utilizar a tcnica de inchamento mitocondrial (utilizando mitocndrios de batata),
observado por medidas de disperso de luz, para verificar os processos de transporte atravs
da membrana mitocondrial interna.
76
2. Procedimento
Isolamento dos mitocndrios de batata
Meios utilizados
Meio de isolamento
Meio de lavagem
Meio de
ressuspenso
Observaes:
77
Procedimento
Constituintes
H2O + mitocndrios
78
3. Resultados
Ensaio 1
NH Cl
4
Ensaio de declive
menor ausncia de
swelling
Ensaio 2
Declive > declive controlo Swelling
Resultado previsto: Mitocndrios incham
HO
2
Ensaio 3
Declive > declive controlo Swelling
Resultado incorrecto: membrana impermevel a ies
79
KCl
Ensaio 4
Declive > declive controlo Swelling
Resultado previsto: ies atravessam a membrana na forma neutra.
+
e CH COO
3
NH CH COO
4
Ensaio 5
Declive > declive controlo Swelling
Resultado previsto: ies atravessam a membrana na forma neutra e o PO43-p passa atravs do
transportador de H2PO4- por antiporte com OH- ou simporte com H+.
80
(NH4)3PO4
Ensaio 6
1. Declive > declive controlo Swelling
2. Declives semelhantes Ausncia de swelling
Resultado incorrecto: Os ies do malato de amnio s atravessam a membrana depois da
adio de (Na)3PO4, devido ao transportador por antiporte malato/ HPO42Inicialmente o NH4+ e malato2- no atravessam a membrana, porque so ies e o NH4+ apesar
de pode ser convertido forma neutra no atravessa a membrana por inexistncia de
equilbrio de cargas atravs da mesma.
Ao adicionar-se rotenona impede-se o gasto do malato pelo complexo I, visto que a rotenona
um inibidor do complexo I.
Ao ser adicionado (Na)3PO4 o fosfato pode entrar pelo transportador de fosfato, o que leva q
entrada do malato por simporte. Com isto j ocorre um equilbrio de cargas na membrana,
pelo que o NH4+ j pode entrar na forma neutra, gerando-se assim swelling.
(Na)3PO4
Malato de
Amnio
+ Rotenona
81
Ensaio 7
1. Declive > declive controlo Swelling
2. Declives semelhantes Ausncia de swelling
3. Declives semelhantes Ausncia de swelling
Resultado incorrecto: os ies de citrato de amnio s atravessam a membrana depois da
adio de (Na)3PO4 e malato, devido aos transportadores antiporte malato/HPO42- e simporte
malato/citrato.
+
3-
turnover
Citrato de Amnio
+ Rotenona
(Na)3PO4
Malato de potssio
82
4. Concluso
Apesar de a membrana ser impermevel a pequenos ies, ocorre inchamento com
acetato de amnio porque o NH4+ atravessa a membrana como NH3 neutro e o Ac- como cido
actico, ambos atravs de difuso simples. Isso leva a que as concentraes de NH4+ e de
CH3COO- na matriz sejam iguais s do meio de suspenso. Assim no existe desequilbrio de
carga ou de pH durante o transporte e ocorre inchamento, uma vez que a matriz se expande
para atingir equilbrio osmtico com o meio de suspenso.
Quando os mitocndrios so colocados em solues de fosfato de amnio incham
rapidamente mas no noutros sais de NH4. Ao se adicionarem quantidades catalticas de
fosfato de potssio ao meio contendo malato ou citrato, observa-se um inchamento rpido
dos mitocndrios.
A presena de um transportador de fosfato permitiu ao H2PO4- fazer um antiporte com
o OH ou simporte com o H+, o que fez com que o fosfato passe a membrana como se fosse
uma espcie neutra. O transportador malato2--HPO42- permite ao malato entrar, mas apenas
quando uma quantidade cataltica de fosfato externo estava presente para permitir um
turnover rpido do transportador de fosfato. O transportador de citrato permitiu ao H-citrato2entrar por troca com o malato2-, mas este processo s ocorre rapidamente se houver malato e
fosfato externo suficientes para permitir um turnover dos seus transportadores.
-
83
Ocorrncia de swelling
Ausncia de swelling
gua
Acetato de amnio (NH4CH3COO)
Fosfato de amnio ((NH4)3PO4 )
Malato de amnio
Citrato de amnio
84
FOTOSSNTESE
1. Introduo
A fotossntese um processo fsico-qumico pelo qual as plantas, algas e bactrias
fotossintticas usam a energia luminosa para sintetizar compostos orgnicos.
Durante o processo fixam CO2 e usam gua para formar compostos orgnicos e
produzir energia (ATP), ocorrendo em simultneo a libertao de O2.
Fotossistemas
Os pigmentos fotossintticos organizam-se em fotossistemas, existindo os
fotossistemas I e II, PSI e PSII. Estes possuem: complexos antena ou de colheita de luz LHC- e
o centro reaccional fotossinttico.
Todas as molculas podem absorver fotes, mas apenas um conjunto de molculas de
clorofila associadas ao centro da reaco qumica transformam a energia da luz em energia
qumica centro reaccional. Os outros pigmentos do fotossistema chamam-se complexos de
colheita de luz e absorvem energia a partir da luz transmitindo-a eficientemente para o centro
da reaco, por transferncia de excitao.
A clorofila do centro reaccional fica com um electro a menos, que substitudo por
outro electro (de menor energia) dado por uma molcula dadora de electres (a H2O) ficando
esta positivamente carregada. O processo causa assim uma separao de cargas e inicia-se a
cadeia de oxidao reduo.
86
2. Procedimento
1. Isolamento dos cloroplastos das folhas de espinafres
Remover as nervuras de
100 g de folhas de
espinafres e cort-las em
pequenos pedaos (aprox.
5 cm).
Ressuspender o sedimento em
2,5 mL de meio de ensaio e
guarde em gelo.
Desprezar o sobrenadante e
lavar o sedimento
cuidadosamente com meio de
isolamento e centrifugar a 2000
g durante 1 min.
Registar a velocidade e
a quantidade de total
de O2 libertado.
Repetir todo o
processo com
quantidades crescentes
de DCPIP.
Antes de efectuar as
adies ao elctrodo,
envolv-lo com folha
de alumnio para que
estas se efectuem no
escuro.
Proceder do mesmo
modo com o
ferricianeto.
Adicionar 50 L de
DCPIP e gua destilada
at perfazer um
volume final de 2 mL.
DCPIP
Adicionar na cmara do
elctrodo 1 mL de meio de
reaco, 100 L de
cloroplastos, 100 L de
violognio de metilo e 0,8
mL de gua destilada
(volume final 2 mL).
Inibidor do catalase.
NaN3
88
Adicionar cmara do
elctrodo 1 mL de meio de
reaco, 50 L de
cloroplastos, 50 L de MV
e 900 L de H2O e medir a
velocidade de consumo do
dioxignio.
Adicionar 25 L de ascorbato e
80 L de DCPIP de modo a que
a cor azul desaparea.
Comentar os resultados e
discutir o que acontece em
cada fase da experincia.
Ascorbato
Medir espectrofotometricamente a
600 nm a velocidade de reduo do
DCPIP expondo a cuvette a periodos
sucessivos de 5 s ou 10 s de
iluminao.
for bloqueada pelo DCMU e se o fluxo de electres for fornecido por um dador electrnico
artificial.
Enquanto no elctrodo de oxignio, 1 molcula de O2 libertada leva reduo de 2
molculas de reagente de Hill, no caso do espectrofotmetro, 1 molcula de DCPIP reduzida
leva a meia molcula de O2 libertada.
Adicionar 0,2 mL da
suspenso de cloroplastos
a 10 mL da soluo de
acetona contida num tubo
de ensaio.
3. Resultados
Reaco de Hill
Hill fez a descoberta da existncia das duas fases da fotossntese. Iluminando extractos
de cloroplastos na presena de aceitadores artificiais de electres como o ferricianeto ou o
corante reduzvel 2,6- diclorofenolindofenol (DCPIP), verificou que os cloroplastos libertavam
oxignio e reduziam o receptor de electres, o que se traduz nesta reco designada reaco
de Hill:
, sendo A o receptor de electres e a
H2O o dador de electres.
Verifica-se assim que o CO2 no necessrio reaco. Nos sistemas biolgicos o
aceitador de electres o NADP.
90
Calibrao do elctrodo de O2
[O2] = 51 quadriculas
[O2]soluo saturada = 0,253 mol/mL (a 25C)
Vtotal = 2mL
n (O2) = 0,506 mol
1 quadrcula
0,00992 mol de O2
Ensaios
91
Ensaio 1 (DCPIP)
foi quantificado. Os tringulos azuis ajudam a fazer uma estimativa do declive enquanto que
dentro das linhas verdes se encontra a zona de linearidade (zona de interesse).
1 quadrcula
0,00992 mol de O2
velocidade papel
1 cm/min
93
Esta massa equivale a um extracto com cloroplastos de 0,2 mL. Assim a nossa
concentrao de clorofila ser
Ensaio
Reagente
de Hill
1C
1A
1B
2A
2C
2B
DCPIP
DCPIP
DCPIP
FeCN
FeCN
FeCN
Volume
(L)
(quadriculas)
(mol)
(cm/min)
Velocidade
(mol/min)
10
20
40
20
30
40
2
7
8
4,5
9,5
21
0,0198
0,0694
0,0794
0,0446
0,0942
0,208
0,43
0,41
0,5
0,8
3,925
4,6
0,046
0,17
0,159
0,056
0,024
0,045
Velocidade por
mg de clorofila
(mol/min.mg)
0,273
1
0,94
0,33
0,14
0,26
Pela anlise do quadro resumo, verifica-se que quanto maior a quantidade de reagente
de Hill adicionada, maior a quantidade de O2 libertado. No entanto verifica-se que tanto o
DCPIP como o ferricianeto de potssio funcionam como aceitadores de electres artificiais.
Verificmos ainda que o ferricianeto de potssio no funciona no escuro, porque um
aceitador final de electres na fase luminosa da fotossntese; deste modo, sem iluminao no
ocorre excitao da clorofila nem fluxo de electres gerado a partir da, pelo que no existem
electres que o ferricianeto de potssio possa aceitar.
As nossas velocidades no fazem sentido pois no apresentam nenhuma relao
aparente com o volume. Comparativamente a outros grupos com o mesmo elctrodo e
melhores resultados verificamos que as zonas de lineariedade foram diferentes, podendo advir
dai os nossos erros.
94
Volume
de Hill
(L)
(quadriculas)
1C
DCPIP
10
1A
DCPIP
20
1B
DCPIP
Ensaio
DCMU +
1D
DCPIP
Velocidade por
Velocidade
(cm/min)
(mol/min)
0,0198
0,43
0,046
0,273
0,0694
0,41
0,17
40
0,0794
0,5
0,159
0,94
50 + 40
3,5
0,0496
0,18
0,248
1,47
(mol)
mg de clorofila
(mol/min.mg)
De novo, os nossos resultados no fazem sentido, tendo-se registado para outros grupos uma
inibio por parte do DCMU, embora apenas parcial pois continuou a existir livertao de O2.
No nosso caso a velocidade de libertao de oxignio aumentou em vez de diminuir, o que nos
leva de novo a concluir que os nossos resultados esto errados.
Tempo (s)
Abs ensaio 1
Abs ensaio 2
Abs ensaio 3
Mdia Abs
1.92
1.84
1.895
1.885
1.69
1.69
1.738
1.706
10
1.495
1.495
1.53
1.506667
15
1.327
1.345
1.36
1.344
95
20
1.17
1.2
1.208
1.192667
25
1.04
1.078
1.046
1.054667
30
0.95
0.975
0.938
0.954333
35
0.845
0.88
0.838
0.854333
40
0.85
0.814
0.807
0.823667
45
0.79
0.79
Dos trs ensaios representados graficamente em baixo calculmos uma mdia dos
declives, que ser a nossa variao de absorvncia por segundo. Numa aplicao directa da lei
de Lambert-Beer, uma diviso deste valor pelo dar-nos- a concentrao de DCPIP em funo
do tempo, a partir da qual podemos calcular a quantidade de DCPIP em funo do tempo.
Aps este passo queremos transformar esta quantidade na de O2 libertado, para comparar
Ensaio 1
2.5
Absorvncia
y = -0.035x + 1.878
R = 0.9905
1.5
1
0.5
0
0
10
15
20
25
30
35
40
45
Tempo (s)
96
Ensaio 2
2
y = -0.031x + 1.8292
R = 0.9953
Absorvncia
1.5
0.5
0
0
10
15
20
25
30
35
40
45
50
Tempo (s)
Ensaio 3
2
y = -0.0343x + 1.8918
R = 0.9978
Absorvncia
1.5
1
0.5
0
0
10
15
20
25
30
35
40
45
Tempo (s)
97
x = 3,15
mol/s
Elctrodo de oxignio
Como no foi efectuada nenhuma medio com 50 L de DCPIP foi necessrio criar
uma recta com a velocidade de formao do O2 em funo do volume de DCPIP e extrapolar
este valor. Assim, de acordo com a nossa equao da recta a velocidade em mol/min.mg de
formao de O2 0,2115. No entanto temos de ter em conta que esta recta no possui muita
significncia estatstica pelo que este resultado algo duvidoso.
0.2
velocidade de formao de O2
0.18
0.16
0.14
y = 0.0032x + 0.0515
R = 0.4915
0.12
0.1
0.08
0.06
0.04
0.02
0
0
10
15
20
25
30
35
40
volume (L)
98
45
v = 0,2215 mol/min
A quantidade de cloroplastos adicionados foi 20 L e a concentrao de clorofila (j
determinada)
mg.
Assim a velocidade de formao de O2 por mg de clorofila ser 6,56
mol/min.mg
Espectrofotometria
velocidade de formao de O2 = 3,15
Autoxidao do VM2+
Ensaio 1
100
Ensaio 2
101
Ensaio 3
102
O raciocnio seguido para esta parte do trabalho foi o mesmo da anterior, exceptuando
que em vez da velocidade de libertao do O2 calculamos a velocidade de consumo.
Relembrar que
1 quadrcula
0,00992 mol de O2
velocidade papel
1 cm/min
Ensaio
Reagentes
Volume
VM (L)
1A
2A
VM
VM
100
50
(quadriculas)
17
17
(mol)
(cm/min)
Velocidade
(mol/min)
0,169
0,169
1,37
1,36
0,123
0,124
Velocidade por
mg de clorofila
(mol/min.mg)
0,729
0,735
103
3A
1B
2B
3B
VM
VM + NaN3
VM + NaN3
VM + NaN3
25
100 + 50
50 + 50
25 + 50
14
18
23
4
0,139
0,179
0,228
0,04
4,29
3,04
2,6
4,09
0,0324
0,059
0,088
0,01
0,192
0,35
0,52
0,059
Note-se que o volume de cloroplastos aplicado nestes ensaios foi 100 L pelo que a
quantidade de clorofila ser a mesma que j foi calculada anteriormente para os ensaios do
elctrodo de oxignio com os oxidantes de Hill 0,16875 mg.
Teoricamente com o aumento do volume de VM2+ sem NaN3, deve diminuir a
velocidade de consumo de O2, j que existe uma maior formao deste. Com a adio de NaN3
e com o aumento de volume de VM2+ normal que aumente o consumo j que existe cada vez
mais VM2+ que origina o radical superxido atravs da autoxidao deste.
104
Ensaio
Reagentes
C
D
VM
DCMU
Ascorbato +
DCPIP
Volume
VM (L)
(quadriculas)
(mol)
(cm/min)
Velocidade
(mol/min)
50
50
25 + 80
23
12
0,23
0,12
1,1
2,75
0,21
0,044
14
0,14
0,82
0,17
Velocidade por
mg de clorofila
(mol/min.mg)
1,24
0,261
1
106
PCR
1. Procedimento
1. Extraco do DNA a partir de carne de vaca
[O DNA total (genmico e mitocondrial) vai ser extrado de carne segundo uma variante
dos protocolos de Sambrook et al. (1989).]
Pulverizar, reduzindo em
p 500mg de carne
bovina picada num
almofariz com azoto
lquido (juntar mais
azoto se precisar).
Misturar, agitar,
centrifugar e tirar a fase
aquosa como nos pontos
6 e 7.
Adicionar 20 vol
(aproximadamente 10 ml)
tampo de extraco (100
mM Tris-HCl pH 9.0, 100
mM NaCl, 5 mM EDTA e 1%
SDS) ao p dos 500 mg de
carne de vaca, para extrair
uma de DNA/RNA .
Separar os cidos
nuclecos da mistura
anterior, atravs da
adio de igual volume
(~10ml) da mistura
fnol/clorofrmio/alcool
-isoamil (25:24:1).
Remover todo o
isopropanol e lavar o
pellet de DNA com 5 ml
etanol (70%), seguido por
centrifugao (1600 rpm,
10 min).
O DNA precipitado da
soluo final com um
volume igual de
isopropanol (<10ml)
seguido por
centrifugao (1600 rpm,
10 min).
107
Ligar o espectrofotmetro
cerca de 15 minutos antes de
iniciar as leituras e regular
para comprimento de onda
de 260nm.
Nota: Tenham muito cuidado com a manipulao das cuvetes pois so muito caras e
partem-se facilmente. Devem limpar bem as superfcies da cuvete por onde o feixe de luz
passa com papel higinico para evitar erros de leitura devido a dedadas ou outras impurezas
na superfcie da cuvete.
108
(1)
Componente Quantidade / 1 reaco
Tampo de PCR (c/ Mg2+) 10x --------------- 2,5l
dNTP Mix 100 (25mM cada dNTP)---------- 0,1l
109
(3)
Programa de PCR:
1x: 94C - 5min
35x: (94C 30 seg; 55C 30seg; 72C 2min)
1x: 72C 5min
110
Selar ambas as
extremidades do
suporte de preparao
do gel de agarose com
fita adesiva.Colocar o
suporte do gel dentro
da hotte e inserir o
pente na posio
conveniente para
definir os poos no gel.
Colocar a tampa da
tina. Verificar que os
poos com o DNA
esto do lado do polo
negativo (ctodo,
elctrodo de cor preta)
pois a migrao ser no
sentido do polo
positivo (nodo,
elctrodo de cor
vermelha).
Cuidadosamente para
no partir, e usando
luvas, retirar o gel com
o respectivo suporte da
cmara de
electroforese.
Dissolver a agarose em
forno micro-ondas ou em
banho de gua a ferver
com agitao frequente
(para que no haja
formao de agregados)
at dissoluo completa
da agarose.
Na hotte adicionar 5 l
de uma soluo de
brometo de etdio a 10
mg/m (concentra o
final de 0,5 g/mL)
soluo de agarose.
Fechar a cmara de
electroforese e ligar os
cabos elctricos a uma
fonte de alimentao
elctrica de modo a
que o ctodo da
cmara fique ligado ao
ctodo da fonte (preto
preto), assim como o
nodo (vermelho
vermelho).
Ligar a fonte de
alimentao e regular a
voltagem para 80
Volts. Verificar se h
desprendimento de
bolhas dos elctrodos
devido electrlise e
se, passados alguns
minutos, o azul de
bromofenol j
comeou a migrar no
sentido correcto, ou
seja, do polo positivo.
(1)
10 L do produto de PCR (deixar a ponta usada para pipetar o produto de PCR no tubo
da mistura
(2)
Cuidados a ter:
- Estabilizar a pipeta sobre o poo com ambas as mos
- Expelir o ar da ponta antes de carregar o gel
- Mergulhar a ponta da pipeta um pouco abaixo da superfcie do lquido (no necessrio
introduzir a ponta dentro do poo), posicion-la na direco do poo e expelir a amostra muito
lentamente. Cuidado para no furar o gel com a ponta da pipeta, e no deixar extravasar a
amostra do poo para no contaminar os poos vizinhos.
112
2. Resultados
Quantificao e determinao do grau de pureza do DNA extrado
Aps a extraco do DNA quantificou-se o mesmo e ainda se analisou a sua pureza
com o auxlio de tcnicas espectrofotomtricas.
A 260 nm, uma OD (optical density densidade ptica) equivale a cerca de 50g/mL
de DNA. Assim, obteve-se uma absorvncia de 1,417 OD, pelo que a concentrao de DNA
extrado
m .
113
Assim, in silico, para o DNA da batata o tamanho obtido foi 366bp e para o DNA da
vaca o tamanho obtido foi 1751bp.
114
Pode
tambm
calcular-se
tamanho
dos
fragmentos
amplificados
experimentalmente (in vitro) por PCR para cada reaco com diferentes pares de primers,
usando o marcador de pesos moleculares.
Os fragmentos lineares de DNA migram a velocidades inversamente proporcionais
ao log10 das suas massas moleculares devido a um maior atrito com a matriz com o
aumento do tamanho. Para simplificar, substitui-se neste caso a massa molecular dos
fragmentos pelo seu tamanho em pares de bases (bp).
Tendo em conta esta informao deve medir-se a distncia, em mm, para o
marcador de pesos moleculares desde o bordo frontal do poo a cada uma das bandas. Ao
fazer corresponder a distncia a cada banda ao tamanho do respectivo fragmento pode
traar-se uma recta de regresso com a distncia migrada no eixo dos xx e o logaritmo de
bp no eixo dos yy para os valores do marcador de pesos moleculares usado, que servir
para conhecer os pares de bases que correspondem s nossas amostras.
115
V3A
V3B
V3C
B3A
B3B
B3C
Legenda:
V3A DNA de vaca e primers de batata
V3B DNA de vaca e primers de vaca
V3C Controlo
B3A DNA de batata e primers de batata
B3B DNA de batata e primers de vaca
B3C Controlo
M Marcador Generuler 1kb
Distncia (mm)
log10 bp
bp
18
3,3
2000
Figura 3 - Comparao entre o marcador comercial e os resultados obtidos com o nosso marcador.
22
3,2
1500
26
3
1000
30
2,9
750
35
2,7
500
42
2,4
250
116
Tabela 2 - Dados relativos ao marcador para traar a recta de regresso: distncia (mm), pares de bases (bp) e
log10bp.
Recta de regresso
3.5
3
log10bp
2.5
y = -0.0376x + 4.0018
R = 0.9941
1.5
1
0.5
0
0
10
15
20
25
30
35
40
45
Distncia (mm)
Grfico 1 - Recta de regresso com dados do marcador.
Equao da recta:
, onde y o log10bp e x a distncia percorrida em mm.
Ou seja, medindo a distncia percorrida pelo DNA das amostras que temos, podemos
determinar a sua quantidade de pares de bases.
Distncia percorrida pelo DNA de V3B = 21 mm
117
Comparando com os valores acima obtidos atravs dos dados do NCBI, para o
tamanho do gene do DNA da batata temos 372 pares de bases obtidos experimentalmente em
contraste com 366 pares de bases e para o tamanho do gene DNA da vaca temos 1703 pares
de bases em contraste com 1751 pares de bases.
Os resultados so relativamente prximos sendo que para a diferena obtida
necessrio ter em conta que na construo da recta de regresso existe subjectividade por ser
um mtodo comparativo, e ainda que as amostras de DNA estavam contaminadas.
Anlise do gel
V3A
V3B
V3C
B3A
B3B
B3C
Legenda:
V3A DNA de vaca e primers de batata
V3B DNA de vaca e primers de vaca
V3C Controlo
B3A DNA de batata e primers de batata
B3B DNA de batata e primers de vaca
B3C Controlo
M Marcador Generuler 1kb
No tubo V3B verifica-se presena de DNA identificado como DNA da vaca e no tubo
B3A verifica-se presena de DNA identificado como DNA da batata. Os nossos tubos contendo
DNA no correspondem aos dos restantes grupos da turma devido a erros na ordem de
aplicao, sendo que para a maioria da turma o DNA da vaca se encontra no primeiro tubo e o
DNA da batata no quinto. Assim pode concluir-se que nestes dois tubos havia DNA e primers
118
correspondentes que tornaram possvel a hibridao e amplificao dos genes de acordo com
a tcnica de PCR.
Nos restantes tubos que continham DNA no se verifica um resultado positivo pois os
primers especficos e o DNA no eram correspondentes, no havendo por isso hibridao e
amplificao com a tcnica de PCR.
Os tubos de controlo, V3C e B3C possuem tambm um resultado negativo, esperado
porque estes tubos so controlos e no possuem DNA.
Em todos os tubos existe uma banda difusa que a mais afastada do poo. Esta banda
corresponde aos primer dimers em excesso que acabaram por hibridar entre eles formando
assim bandas visveis.
Uma vez que o nosso DNA no se encontrava puro possvel a existncia de produtos
inespecficos, nomeadamente no tubo V3B, pois apesar de no se verificar a existncia de mais
bandas alm das esperadas nota-se um arrastamento da banda muito pronunciado neste tubo.
Este arrastamento de bandas ocorreu principalmente em V3B e V3C. No primeiro caso
este arrastamento pode ser justificado devido elevada concentrao de DNA. No segundo
caso o problema foi provavelmente na micropipeta que estaria mal calibrada, uma vez que
aps esse ensaio foi utilizada uma diferente e no se registou arrastamento das bandas nos
poos seguintes.
119