1ª.

lista de exercícios – Biofísica I (março de 2005)

1) Quais são os componentes básicos das principais macromoléculas biológicas ? Comente sobre
cada um delas.

2) O Carbono (C) e o Sílicio (Si) pertencem ao Grupo IV da tabela periódica, cuja valência é 4,
entretanto a bioquímica de organismos vivos está baseada no C. Não poderia a vida ter como
elemento principal o Si? Por que?

2) A água é um solvente especial e essencial para vida. Quais são as propriedades que a distingue
de outros solventes e explique qualitativamente a origem atômica dessas propriedades.

4) Qual é a importância e quais são as interações entre átomos não ligados em sistemas biológicos?
Comente sobre sobre elas.

5) O que é o efeito hidrofóbico. Dê exemplos.

6) Dada a seguinte seqüência de aminoácidos, NH2-DRTYWAACGGNLACYGPPTTDFK-COOH,

qual é a carga teórica total do peptídeo nos pHs 3, 4, 5, ...., 9, até 10. Utilize os valores de pKa para
cada um dos resíduos tabelados. Faça o gráfico pH versus carga total teórica e interprete.
Dados os seguintes pKa (Garret & Grisham):
• grupo Carboxila Terminal (C-terminal): pKa = 2 •Histidina: pKa = 6.0
• grupo Amino Terminal (N-terminal): pKa = 9 •Lisina: pKa = 10.5
•Arginina: pKa(grupo guanidina) = 12.5 •Serine: pKa = 13
•Ácido Aspártico: pKa = 3.9 •Treonina: pKa = 13
•Cisteína: pKa = 8.3 •Tirosina: pKa = 10.1
•Ácido Glutâmico: pKa = 4.3
7) Hidrofobicidade é uma propriedade que pode ser quantificada. A tabela abaixo mostra os índices
de hidrofobicidade para os 20 aminoácidos mais comuns. Os valores são dados em unidades de
energia livre de Gibbs, ou seja, kcal/mol e tem o seguinte significado: quanto mais positivo o valor
da hidrofobicidade mais hidrofóbico é o resíduo; e quanto mais negativo mais hidrofílico, ou seja,
tem maior preferência pela água. Ela também é conhecida como tabela de escala de hidropaticidade
por motivos óbvios. Dadas as seguintes seqüências de aminoácidos (não considerar N- e C-
terminais na análise):
I) AGKLKLYVEAYDG
II) GDGEIVLIVLLLLGVIGL
III) LLLLLLLLLLLLLLLLL
IV) KDKDKDKDKEGEW
Calcule os valores totais e analise a distribuição da hidrofobicidade de cada seqüência. Como cada
peptídeo se comportaria se fosse dissolvido a) na água, b) no óleo e c) numa solução contendo água
e óleo (forma 2 fases).
Tabela de escala de hidrofobicidade
Ala 1.8 Cis 2.5 His -3.2 Met 1.9 Thr -0.7
Arg -4.5 Gln -3.5 Ile 4.5 Phe 2.8 Try -0.9
Asn -3.5 Glu -3.5 Leu 3.8 Pro -1.6 Tyr -1.3
Asp -3.5 Gly -0.4 Lys -3.9 Ser -0.8 Val 4.2
Tabela conforme: Kyte J and Doolittle RF: A simple method for displaying the hydropathic
character of a protein. Journal of Molecular Biology 157:105, 1982.