LISTA DE EXERCÍCIOS

(Nucleotídeos e Ácidos Nucléicos)

1. Os nucleosídeos adenosina, guanosina, citidina e uridina são estáveis numa solução diluída
de base. Contudo, em meio ácido diluído, eles sofrem hidrólise rapidamente resultando no
açúcar e na base heterocíclica. Explique como ocorre essa hidrólise.

2. Na biossíntese de DNA, a hidroxila 3’ ataca o átomo de fósforo-α do próximo nucleotídeo

trifosfatado a ser incorporado na cadeia. Mostre como isto acontece.

3. A hidrólise do RNA ocorre via formação do 2’,3’-fosfodiéster cíclico, o qual sofre ataque pela
água formando uma mistura de nucleotídeos 2’e 3’-fosfato. Proponha um mecanismo para essa
reação.

4. Escreva a sequência complementar (na notação padrão 5’→3’) para (a) GATCAA, (b)
TCGAAC, (c) ACGCGT e (d) TACCAT.

5. A composição (em unidades de fração molar) de um dos filamentos da molécula de dupla-

hélice de DNA é [A] = 0,30 e [G] = 0,24. (a) O que você pode dizer sobre [T] e [C] do mesmo
filamento? (b) O que você pode dizer sobre [A], [G], [T] e [C] do filamento complementar?

6. (a) Suponha que você queira marcar com radioatividade o DNA mas não o RNA em
bactérias que estão crescendo e se dividindo. Que molécula radioativa você adicionaria ao
meio de cultura? (b) Suponha que você queira preparar um DNA no qual os átomos de fósforo
do arcabouço sejam uniformemente marcados com 32P. Que precursores devem ser
adicionados a uma solução contendo DNA polimerase I e um DNA molde com primer?
Especifique a posição dos átomos radioativos nestes precursores.

7. A desaminação espontânea de bases de citosina no DNA ocorre em freqüência baixa, mas

mensurável. A citosina é transformada em uracila pela perda de sua amina. Após esta
conversão, que par de bases ocupa esta posição em cada um dos filamentos filhos resultante
de uma rodada de replicação? E após duas rodadas de replicação?

8. Compare a DNA polimerase I com a RNA polimerase com relação a cada uma das
seguintes características: (a) precursores ativados, (b) direção de alongamento da cadeia, (c)
conservação do molde e (d) necessidade de um primer. Compare, também, a DNA polimerase
I e III com relação à direção de alongamento da cadeia.

9. A sequência abaixo refere ao filamento codificante do DNA escrito no sentido 5’3’. (a)
Qual é a sequência do mRNA para este filamento de DNA? Indique o sentido de leitura que
você escreveu. (b) Qual é a sequência de aminoácidos codificada por esse mRNA. Escreva a
sequência da proteína de amino para carboxi-terminal utilizando a nomenclatura de uma letra.
ATGGCGAATGACGCCAGGATCATG

10. As sequências de aminoácidos de uma proteína de levedura e uma proteína humana que
desempenham a mesma função foram vistas como sendo 60% idênticas. Entretanto, as
sequências correspondentes de DNA são apenas 45% idênticas. Explique este grau diferente
de identidade.

11. O RNA é prontamente hidrolisado por um álcali, enquanto o DNA não. Por quê?
12. Um RNA transportador com um anticódon para UGU é enzimaticamente conjugado a uma
cisteína marcada com 14C. O cadeia lateral da cisteína é então modificada quimicamente para
render alanina (com o uso de níquel de Raney, que remove o átomo de enxofre da cisteína). O
aminoacil-tRNA alterado é adicionado a um sistema de síntese de proteína contendo
componentes normais exceto quanto a este tRNA. O mRNA adicionado a esta mistura contém
a seguinte sequência:
5’-UUUUGCCAUGUUUGUGCU-3’
Qual a sequência do peptídeo radiomarcado correspondente?

13. A DNA polimerase I, a DNA ligase e a topoisomerase I catalisam a formação da ligação

fosfodiéster. Qual o intermediário ativado na reação de ligação catalisada por cada uma destas
enzimas? Qual o grupamento que sai?

14. Um mRNA transcrito de um gene contém a sequência de bases:

5’-AAAUGCAGAGGUAACACAAGAUGGCU-3’
Preveja o efeito de uma mutação que mude o G (sublinhado) para A.

15. Liste a sequência de eventos nos seguintes processos:

a. Replicação do DNA, especificando a função das principais enzimas envolvidas.
b. Transcrição do DNA, especificando a função das principais enzimas envolvidas.
c. Tradução do mRNA para o peptídeo, mostrando como as ligações peptídicas são
formadas no ribossomo.

16. Compare e contraste a síntese de proteínas por ribossomos com a síntese de proteínas
pelo método em fase sólida.

17. A ornitina é estruturalmente similar à lisina, exceto no fato que a cadeia lateral da ornitina
ter um metileno a menos do que a lisina. As tentativas de produzir e isolar ornitil-tRNA não
foram bem sucedidas. Proponha uma explicação.

18. O que são éxons e íntrons? Explique, basicamente, como funciona a recomposição do
mRNA. Como esse processo afeta a proteína que seria originada do mRNA não-recomposto?

19. O “Human Genome Project”, que sequenciou o DNA humano, determinou o número de
sítios promotores em 25.000, sugerindo a existência do mesmo número de genes no genoma
humano. Entretanto, o número de proteínas existentes foi previsto ser muito maior do que isto.
Por quê?