Tutorial 3Dslicer

Processamento de Imagens
Mdicas

Professor: Luiz Otvio Murta Junior

Monitor: Gustavo Canavaci Barizon

Dvidas:
Sala Infobio 524 (CSIM) DCM Trreo
Email: gustavo.canavacibarizon@gmail.com

3DSlicer
O 3DSlicer, ou simplesmente Slicer, um pacote gratuito,
software para visualizao e anlise de imagens . 3D Slicer
originalmente

concebido

para

estar

disponvel

em

mltiplas

plataformas, incluindo Windows, Linux e Mac OS X. A ultima vero do

3DSlicer 4.2 o lanamento oficial de outubro de 2012, e possui
capacidades

robustas

de

manipulao

de

imagens

DICOM1,

segmentao interativa, renderizao volumtrica, corregistro rgido e

no

rgido

de

volumes,

funcionalidade

de

captura

de

tela

"sceneSnapshot", visualizado de imagens 4D, interface grfica com

layouts e visualizadores de fatias flexveis, e gerenciador de extenso
para a explorao e instalao de plug-ins.
O 3DSlicer uma plataforma de comunidade criado com a
finalidade de anlise

e visualizao de imagens para finalidades

especficas.

Imagem multi-modalidade, incluindo, IRM, CT, US, medicina

nuclear e microscopia
Suporte a vrios rgos da cabea aos ps com funcionalidades

especficas,
Interface bidirecional

teraputicos que podem ser guiados por imagens2,

Expansvel e interface com vrios toolkits

para

dispositivos

diagnsticos

O 3DSlicer foi iniciado como um projeto no Laboratrio de

Planejamento Cirrgico no Hospital Brigham and Women e do
Laboratrio de Inteligncia Artificial do MIT em 1998. Uma variedade
de publicaes foram permitidas pelo software 3DSlicer. Com
1 DICOM - Digital Imaging and Communications in Medicine um padro de troca de
arquivos e informao que suporta imagens de vrios tipos e modalidades, alm de
metadados.
2 Esta uma importante caracterstica do software, uma vez que permite um fcil
interfaceamento com variados tipos de hardware de aquisio de imagens e de
equipamentos responsveis por tratamentos guiados por imagens.

protocolos clnicos devidamente criados e geridos, o 3DSlicer tem

sido utilizado em pesquisa clnica. Na investigao sobre a terapia
guiada por imagem, o 3DSlicer frequentemente usado para
construir e visualizar conjuntos de dados de IRM que esto
disponveis pr e intra-operatrio para permitir a aquisio de
coordenadas espaciais para rastreamento instrumento. O 3DSlicer
fornece uma interface grfica para interagir com os dados. Alm da
segmentao manual e a criao de modelos de superfcie 3D a partir
de imagens de ressonncia magntica convencional, o 3DSlicer
tambm tem sido utilizado para o corregistro e para incorporar
modelos da ramificao vascular cerebral baseada em IRM permitindo
a conduo guiada de cateter para intervenes.

Criao de extenses
Neste tpico sero apresentadas as etapas necessrias para a
criao de uma extenso com mdulo CLI (command line interface)
no 3DSlicer.
Inicialmente, abra o 3DSlicer para desenvolvedores na pasta
/Super-build com o comando: ./Slicer

Em seguida abra a opo Extension Wizard. Aparecer uma tela

para a criao e seleo de uma extenso. Clique em Create
Extension.

Em seguida defina o nome, tipo e destino da extenso. Aps

clicar em OK, clique em Add Module to Extension. Em seguida defina
o nome e o tipo dever ser CLI.

Aps a etapa de criao do mdulo CLI na extenso criada, abra o

QtCreator, v em File->OpenFile or Project e localize o arquivo CmakeList.txt
no path da extenso criada, como apresentado abaixo.

Em seguida defina o path do diretrio onde ficaro as libs

geradas aps compilao. Recomendo criar o diretorio /build atravs
do comando mkdir /dir no path da extenso.

Aps concluir a etapa acima, clique em Run Cmake e em

seguida clique em Finish.

Se a etapa anterior for obtida com sucesso, voc poder criar seus
mtodos na extenso criada pr configurada com o 3DSlicer. Para
compilar seu projeto (extenso), voc pode clicar no icone do martelo

no canto inferior esquerdo do QtCreator, ou ento utilizar o comando

make pelo terminal no path []/build da extenso desejada.

Se o make (build) no apresentar erros, voc pode incluir o path da

libs geradas da sua extenso no 3DSlicer. Para isso voc deve abrir
novamente o 3DSlicer, ir em Edit->Application Settings e clicar em Modules,
como apresentado na figura abaixo.

Para adicionar o path das libs geradas da sua extenso, clique no

simbolo >> encontrado no lado direito do Additional module paths, e
entre com o seguinte diretrio da sua extenso: []/build/lib/Slicer-4.4/climodules.

Em seguida, voc deve reiniciar o 3DSlicer.

Aps reiniciar o 3DSlicer, voc pode encontrar sua extenso

disponvel no programa. Nas figuras abaixo apresentado um
exemplo de aplicao de um mdulo CLI default criado pelo Extension
Wizard.