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Universidade Federal de Pernambuco PDF
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TRABALHO DE GRADUAO
Aluno:
Arthur Umbelino Alves Rolim (auar@cin.ufpe.br)
Orientador: Manoel Eusbio de Lima (mel@cin.ufpe.br)
Recife, 03 de abril de 2007.
Assinaturas
______________________________________
Arthur Umbelino Alves Rolim
______________________________________
Manoel Eusbio de Lima
Agradecimentos
Agradeo primeiramente, a Deus que me ajudou a percorrer este longo
caminho da graduao e fora de vontade para no desistir e chegar at o fim.
Agradeo tambm toda minha famlia. Meus pais, Antonio e Elinete, que
sempre me incentivaram e apoiaram do comeo ao fim, meus irmos Dirlane,
sempre me incentivou e ajudou quando precisei, e Rodrigo, minha dupla default de
trabalho, que todas as cadeiras que pagamos juntos, sempre fez os trabalhos
comigo, me ajudando muito nesse caminho.
Quero agradecer a todos aos colegas de universidade que me ajudaram a
chegar at aqui: Ana Elizabeth, Martinelli, Marcelo, Adelma, Chico, Millena,
Lamberto, Williams, Firma, Pablo, Lauro Moura, Carol, Geraldo, BPE, Tadeu,
Marcio, Bengt, Emanoel, Leornado Lira, os 2 Carlos, Nancy, Jeane, Vito, Farley,
Pedro Lages, Paulo Piau, Sylvinha, Ulliane, Las, Joabe, Allan, Thierry, Carina,
Augusto, Gabriel, Pedro Osandy, Cristiano, Abner, Adson e todos os outros alunos
do CIn.
E finalmente, aos professores do CIn e CTG, Manoel Eusbio, Hlio
Magalhes, Frederico Dias, Silvio Meira, Andr Santos, Patrcia Tedesco, Jos
Dias e todos os outros que contriburam para minha formao, meus
agradecimentos.
Resumo
Spreading Depression um fenmeno no qual ocorre uma queda
acentuada na amplitude da atividade eltrica espontnea do crtex cerebral
quando estimulado artificialmente. O comportamento destas ondas quando
estudados podem diagnosticar doenas de causas no muito bem compreendidas,
como a epilepsia e a enxaqueca. Ento, um sistema que realizasse a maioria dos
passos da experincia de maneira automatizada e sem a interveno humana,
aumentaria em muito a qualidade do resultado, alm de deixar os cientistas livres
para executar outras tarefas mais nobres, em paralelo, aumentando sua
produtividade.
Abstract
ndice
1. INTRODUO
1.1 MOTIVAO
1.2 OBJETIVOS
1.3 ORGANIZAO DO DOCUMENTO
10
10
11
2. SINAIS BIOLGICOS
12
13
15
15
17
18
19
3. SPREADING DEPRESSION
21
23
4. SISTEMA SDVIEW
25
4.1 ARQUITETURA
4.2 CAMADA DE CAPTURA
4.2.1 AD8555
4.2.2 ARM LPC2101
4.2.2.1 MQUINA DE ESTADOS
4.3 CAMADA DE COMUNICAO
4.3.1 PACOTES
4.3.2 O PROTOCOLO
4.3.2.1 CONFIGURAO DA CAMADA DE CAPTURA
4.3.2.2 ENVIO DE DADOS PARA CAMADA DE SOFTWARE
4.4 CAMADA DE SOFTWARE
4.4.1 TECNOLOGIAS USADAS
4.4.2 CASOS DE USO
4.4.3 DESCRIO DA ESTRUTURA DO SOFTWARE
26
28
28
29
31
33
33
34
35
37
39
39
40
41
5. RESULTADOS OBTIDOS
47
5.1 CAPTURA
47
6
5.2 COMUNICAO
5.3 SOFTWARE
48
48
50
REFERNCIAS
51
ndice de figuras
Figura 1 Converso de um sinal analgico para digital _______________
Figura 2 - Esquema de um conversor A/D ____________________________
Figura 3- Filtro digital _____________________________________________
Figura 4 -Estrutura lgica de um filtro FIR[9]__________________________
Figura 5 - Estrutura lgica de um filtro IIR[10]_________________________
Figura 6. Atividade eltrica durante um spreading depression___________
Figura 7 - Experimento de "spreading depression" ____________________
Figura 8 - Estrutura do sistema SDView______________________________
Figura 9 - Arquitetura SDView ______________________________________
Figura 10 - Esquemtico funcional do AD8555[17] _____________________
Figura 11 - Diagramas de blocos do ARM ____________________________
Figura 12 - Mquina de estados do ARM[12] __________________________
Figura 13 - Estrutura de um pacote__________________________________
Figura 14 - Estrutura do HEADER ___________________________________
Figura 15 - Viso completa do pacote _______________________________
Figura 16 Fluxo de mensagens para configurao ___________________
Figura 17 Fluxo de mensagens para envio de dados _________________
Figura 18 - Exemplo de grfico usando o ZedGraph ___________________
Figura 19 - Casos de uso __________________________________________
Figura 20 - Pacote de comunicao _________________________________
Figura 21 - Pacote de armazenamento _______________________________
Figura 22 - Pacote de grficos ______________________________________
Figura 23 - Fachada do software ____________________________________
Figura 24 - Prottipo de captura ____________________________________
Figura 25 - Loopback na serial _____________________________________
Figura 26 - Software SDView _______________________________________
13
14
18
19
20
21
23
25
26
29
31
32
33
34
34
36
37
40
40
42
44
45
46
47
48
49
ndice de Tabelas
Tabela 1 - Constantes do protocolo de comunicao...................................... 38
1.
Introduo
Pesquisas tm sido feitas durante anos em buscas das razes que podem
1.1
Motivao
1.2
Objetivos
10
Enfim montar uma infra-estrutura mnima, um prottipo, que possa permitir aos
pesquisadores desenvolver de forma mais precisa seus diagnsticos e ao mesmo
tempo, formar engenheiros de computao com formao no tratamento de sinais
de pequena intensidade, sua amplificao, converso A/D e tratamento digital.
1.3
Organizao do documento
11
2.
Sinais biolgicos
A Medicina usa o termo sinal para indicar qualquer indicador objetivo de
2.1
13
212
uma faixa dinmica de 5V, a menor amplitude que pode ser resolvida :
5
212
14
2.2
Caractersticas do sinal
2.3
15
equipamentos
de
ECG
que
so
capazes
de
realizar,
16
2.4
Normalmente,
sinais
biolgicos
tm
baixa
freqncia,
que
so
17
2.4.1
FIR
Um filtro FIR[9] ou Finite Impulse Response um tipo de filtro digital
caracterizado por uma resposta ao impulso que se torna nula aps um tempo
finito, em contraste com os filtros IIR[10].
Um filtro FIR[9] digital genrico ter uma sada dada pela frmula:
18
Propriedades:
So inerentemente estveis.
2.4.2
IIR
19
Propriedades:
20
3.
Spreading Depression
A spreading depression, descoberta por Aristides Leo[20], um fenmeno
21
22
3.1
23
experimentos
so
utilizados
vrios
equipamentos
para
24
4.
Sistema SDView
O SDView foi uma soluo proposta para o Departamento de Nutrio da
25
4.1
Arquitetura
Computador
Computador
Captura
Comunicao
Software
camada de software.
26
27
4.2
Camada de captura
ARM[12].
Estes
dispositivos
trabalhando
em
conjunto
conseguem controlar a captura do sinal EEG gerado pelo rato albino durante a
experincia de spreading depression.
4.2.1
AD8555
28
4.2.2
ARM LPC2101
condicional,
com
poderosas
29
instrues
de
carga
registrador
de
resultado
so
independentemente
especificados).
30
Como pode ser visto no diagrama na Figura 10, a arquitetura fornecida pelo
microprocessador ARM bastante completa para resolvermos problemas de
diversas naturezas na rea de embarcados, inclusive neste trabalho mencionado.
4.2.2.1
Mquina de estados
31
32
4.3
Camada de comunicao
4.3.1
Pacotes
Descrio do pacote:
DATA:
corresponde
aos
dados
que
foram
capturados
pelo
33
4.3.2
O protocolo
34
4.3.2.1
35
36
4.3.2.2
um
STOP_SEND
microprocessador
envia
um
Nome
Valor em hexadecimal
CONFIG_GAIN
0x02
ACK_CONFIG
0x03
START_SEND
0x04
ACK_START_SEND
0x05
STOP_SEND
0x06
ACK_STOP_SEND
0x07
DATA
0x08
CONFIG_OFFSET
0x09
CONFIG_TIME
0x0A
CONFIG_OFFSET
0x0B
ERRO
0x3F
38
4.4
Camada de software
Tecnologias usadas
Microsoft
Visual
Studio
2005
[13]:
IDE
(integrated
development
.NET
2.0.
Ferramenta
que
ajuda
muito
durante
39
4.4.2
Casos de uso
40
4.4.3
41
Pacote de Comunicao:
43
44
Pacote de grficos:
45
Fachada SDView:
46
5.
Resultados obtidos
Este captulo apresentar os resultados obtidos a partir da implementao
5.1
Captura
47
5.2
Comunicao
5.3
Software
Nmero de classes: 31
49
6.
da engenharia da computao que apreendi durante todo curso, pois nele foi
desenvolvido em vrios mdulos de diferentes reas como mostrado no capitulo
anterior. Este trabalho proveu subsdios para a implementao de uma plataforma
para leitura, processamento e visualizao de dados oriundos de experimentos
biolgicos em cobaias, voltados para experimentos de Spreading Depresion.
Dessa maneira pude utilizar um pouco dos conhecimentos adquiridos
durante todo curso, tanto da parte de informtica como da rea de engenharia
eletrnica, abrindo um novo mundo de possibilidades de trabalhos que posso
realizar com sucesso, a partir de agora.
Este projeto permitiu tambm uma maior integrao entre os trabalhos em
desenvolvimento no Departamento de Nutrio e o no Centro de Informtica, em
sistemas embarcados, desenvolvendo trabalhos de origem interdisciplinar, de
grande proveito para ambas s partes em processamento digital de sinal e
interfaces.
Como prximos passos para o desenvolvimento do sistema podem citar:
50
Referncias
[1] Processamento dos Sinais Biolgicos,
http://www.virtual.epm.br/material/tis/currmed/temas/med5/med5t12000/tele/sinais_digitais.html - ltimo acesso em
24/03/07.
[2] Processamento de Sinais Biolgicos, http://www.leb.usp.br/psignal.html - ltimo
acesso em 24/03/07.
[3] Nutrio adequada: A base do funcionamento cerebral,
http://cienciaecultura.bvs.br/scielo.php?pid=S000967252004000100024&script=sci_arttext - ltimo acesso em 24/03/07.
[4] Conversores Digital/Analgico (D/A) e Analgico/Digital (A/D),
www.eletrica.ufpr.br/marlio/medidas/apostila/apostila3a.pdf - ltimo acesso em
24/03/07.
[5] Understanding analog to digital converter,
http://www.embedded.com/showArticle.jhtml?articleID=60403334 - ltimo acesso
em 24/03/07.
[6] Converso Analgica Digital, www.universiabrasil.net/mit/6/6071/PDF/f02lec20a_val.pdf - ltimo acesso em 24/03/07.
[7] Shiro Usui e Itzhak Amidror , Digital Low-Pass Differentiation for Biological
Signal Processing,
http://ieeexplore.ieee.org/xpl/freeabs_all.jsp?isnumber=4121322&arnumber=41213
27&count=9&index=3 - ltimo acesso em 26/03/07.
[8] Conceitos bsicos de filtragem digital multitaxa,
http://www.maxwell.lambda.ele.puc-rio.br/cgibin/PRG_0599.EXE/3731_4.PDF?NrOcoSis=7083&CdLinPrg=pt - ltimo acesso
em 26/03/07.
[9] Filtro FIR, http://pt.wikipedia.org/wiki/Filtro_FIR - ltimo acesso em 26/03/07.
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