16/09/2019

Diferentes células e localização de

material genético

Procarioto (ausência de um núcleo celular)

Biologia Molecular

• Metabolismo de ácidos nucleicos

Eucarioto
• Fluxo da informação genética (material genético
presente no núcleo
celular – membrana
nuclear)

Escherichia coli (uma bactéria; possui um genoma de 4,7 milhões de nucleotídeos)

plasmídeo
(DNA extra-cromossomal)

Estrutura de nucleotídeos

DNA genômico
(cromossomo)

NUCLEOTÍDEO
BASES NITROGENADAS - PURINAS

trifosfato

difosfato

monofosfato A G

ribonucleotídeos → RNA (ácido ribonucleico)

2´-desoxirribonucleotídeos → DNA (ácido desoxirribonucleico)

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BASES NITROGENADAS - PIRIMIDINAS Como é formado um polímero de

nucleotídeos

T U
C

Síntese de ácido nucleico – sentido 5´→ 3´ Síntese de ácido nucleico – sentido 5´→ 3´

5´
Base 1

3´

+
5´ 3´
Base 2

Pirofosfato (PPi)

A reação envolve a OH da posição 3´ e o fosfato  na posição 5´ do nucleotídeo

O fosfato  do novo nucleotídeo a ser adicionado é ligado à hidroxila 3´ da cadeia
que será adicionado.
pré-formada

Sequência de
bases

2´ 2´

Sentido 5’ → 3’

 Observe que o polímero formado possui uma extremidade 5´fosfato e a outra

extremidade 3´OH.
 A sequência de bases, por convenção, é escrita no sentido 5´→ 3´

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Bases complementares  Par de bases

Par de base
Guanina ≡ Citosina
G≡C
Estrutura de ácidos nucleicos

Pareamento de bases nitrogenadas

Par de base
Adenina = Timina (Uracila)
A = T (U)
O fluxo da informação genética é decorrente do pareamento de bases nitrogenadas

O pareamento entre as bases estabiliza a estrutura do ácido nucleico Pareamento de bases intracadeia em moléculas de RNA
• Na estrutura em dupla-fita, as bases estão localizadas internamente enquanto o
açúcar e fosfato estão externos (voltados para o solvente). RNA
Dupla fita
• A dupla-fita é composta de cadeias em sentidos opostos

RNA ribossomal 16S

RNA transportador

As ligações de hidrogênio entre as bases nitrogenadas

Desnaturação e Renaturação podem ser quebradas através de aquecimento ou através
da ação de enzimas (obs.: pH > 12 desnatura DNA, mas degrada RNA)
de ácidos nucleicos

A quebra das ligações de hidrogênio entre as bases leva a separação da dupla fita
de ácido nucleico:
Nesta situação o DNA sofre DESNATURAÇÃO

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A temperatura (tm) aonde ocorre a separação entre as fitas de

DNA depende do conteúdo de bases

< G+C > G+C

O processo de
desnaturação é mais fácil
que o de renaturação
tm = “melting point temperature”

Fluxo da Informação Genética

Regiões ricas em A+T desnaturam em temperatura mais baixa
Direcionado pelo pareamento de bases
que regiões ricas em C+G
REPLICAÇÃO

DNA
TRANSCRIÇÃO

RNA RNA
funcional mensageiro

TRADUÇÃO

proteína
(Uracila)

Fluxo da Informação Genética - REPLICAÇÃO A replicação utiliza as duas fitas de DNA

como molde

REPLICAÇÃO
DNA • Cada cadeia do DNA a ser copiado
é utilizado como molde para a
• Processo de síntese de DNA a
síntese de uma nova cadeia
partir de DNA
TRANSCRIÇÃO
• Toda a molécula de DNA é copiada:
• Ocorre a cópia completa do DNA
resultado = 2 duplas-fitas de DNA
• A síntese é direcionada pela
RNA RNA formação dos pares de base
• A dupla-fita resultante possui uma
funcional mensageiro cadeia correspondente a fita-molde
(fita mãe) e uma fita recém-
sintetizada (fita filha).
TRADUÇÃO

proteína

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A partir do início do processo de replicação, a síntese das novas cadeias

A replicação inicia-se em uma região conhecida como “origem de replicação” ocorre de forma bidirecional

Fita recém
sintetizada
Início da replicação
(“origem de replicação”) Durante a replicação não
Fita-molde há desnaturação total do
DNA.
A desnaturação do DNA
ocorre conjuntamente à
síntese das novas fitas de
DNA
Fita-molde

Fita recém A forquilha de replicação

sintetizada corresponde a estrutura que
contem o DNA que está sendo
copiado. Engloba a região
contendo as enzimas responsáveis
pela síntese do DNA

Síntese de DNA ocorre no sentido 5’ 3’ Pareamento de bases

(dNMP)n + dNTP (dNMP)n+1 + PPi

2Pi

A região em azul corresponde ao espaço disponível

O novo nucleotídeo é adicionado na posição 3’ OH da cadeia pré-formada no sítio ativo da enzima DNA polimerase

A DNA polimerase adiciona novos nucleotídeos a um

segmento pré-formado e utiliza uma fita de DNA como molde

“primer”
5´ 3´
Síntese da nova fita de DNA

3´ 5´
Fita molde de DNA

 “primer” (ou oligonucleotídeo iniciador) corresponde a um oligonucleotídeo que

• Catalisa a adição de dNTPs a uma cadeia de oligonucleotídeos pré-
formada utilizando um DNA simples fita como molde
• A síntese ocorre no sentido 5´→ 3’
• Apresenta atividade exonuclease 3´→ 5’ aumentando a fidelidade da
síntese
forma uma dupla-fita com o DNA molde e apresenta uma extremidade 3´ OH que
permite a adição dos novos nucleotídeos pela DNA polimerase
 Fisiologicamente o “primer” é uma molécula de RNA e é sintetizado por uma RNA
polimerase específica (primase)
 Em reações in vitro o “primer” é uma molécula de DNA devido a maior estabilidade
A DNA polimerase não diferencia um “primer” de RNA ou DNA, mas utiliza somente
desoxirribonucleotídeos (dNTP) como precursores e DNA como fita molde
 Na ausência de um “primer” não há síntese de DNA

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DNA nucleases são enzimas que degradam o DNA Ação da atividade de editoração (exo 3´→ 5´) da DNA polimerase
(aumenta a fidelidade do processo de síntese de DNA)
5´ 3´
Exonuclease 3´→ 5´
3´ 5´
5´ 3´
DNA
DNA
exonuclease 3´ 5´
endonuclease

5´ 3´ 5´ 3´

3´ 5´ Exonuclease 5´→ 3´

Uma DNA endonuclease pode 5´ 3´

atuar em uma cadeia do DNA
Ou 3´ 5´
quebrar as duas fitas de DNA

Exonucleases degradam o ácido nucleico

5´ 3´ 5´ 3´ a partir de uma extremidade;
endonucleases clivam internamente a
3´ 5´ 3´ 5´
cadeia de ácido nucleico

A síntese da nova cadeia de DNA ocorre no sentido 5’ 3’ e acompanha a DNA polimerase III de E. coli
abertura da forquilha de replicação • Sintetiza as duas novas fitas de DNA ao mesmo tempo
• Cada fita de DNA é sintetizada no sentido 5´→ 3´

 Uma “volta” na fita molde de

DNA permite a síntese das
duas cadeias
simultaneamente
acompanhando a abertura da
forquilha de replicação
 Esta fita é sintetizada em
fragmentos conhecidos como
• A DNA polimerase utiliza uma fita de DNA como molde (esta fita deve estar anti- “fragmentos de Okazaki”.
paralela em relação à síntese)
• O DNA molde é desnaturado simultaneamente à síntese de DNA. Não há longos
segmentos de DNA desnaturado durante a replicação.
Para visualização da DNA polimerase III replicando o DNA, acesse
http://www.youtube.com/watch?v=4jtmOZaIvS0&feature=related

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União dos Fragmentos de Okazaki –

A DNA polimerase I apresenta
(DNA polimerase I de E. coli) atividade exo 5´→ 3´ que retira os
nucleotídeos que formam o “primer”

atividade exonuclease 5´3´

Eliminação da quebra de DNA – (DNA ligase)

Taxa de erro durante a manutenção do DNA

etapa Taxa de erro

Pareamento de bases 1/104 bases
+ Exonuclease 3´→ 5’ (editoração) 1/107 bases
+ Reparo de lesões 1/1011 bases