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Técnicas microbiológicas
dependente de
crescimento
Testes Bioquímicos
Métodos imunológicos Métodos moleculares Testes imunológicos
Testes moleculares
TP 328 Princípios de Ciência de Alimentos
Profa. Dirce Yorika Kabuki
MÉTODOS MOLECULARES
MÉTODOS DE GENOTIPAGEM
Métodos de Fenotipagem
Tipagem plasmidial
Sorologia
Análise de restrição do DNA cromossômico (¨restriction endonuclease
Fagotipagem analysis¨ - REA)
MEE (Multilocus enzyme electrophoresis)
Eletroforese em gel de campo pulsante (¨pulsed-field gel eletrophoresis¨
Análise do perfil de ácidos graxos - PFGE)
Cromatografia gasosa
DNA polimórfico amplificado aleatoriamente (¨randomly amplified
Eletroforese bidimensional polymorphic DNA¨ - RAPD)
Diferenciação de proteínas celulares PCR - polimorfismo do comprimento do fragmento de restrição (PCR-
Espectrometria de massa MALDI-TOF (matrix-assisted laser ¨restriction fragment length polymorphism¨ - PCR-RFLP)
desorption/ionozation –time of fligth)
Ribotipagem
Detecção e identificação de proteínas
Sequenciamento de DNA
Métodos de Genotipagem
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GENÉTICA MICROBIANA
Replicação ou Duplicação do DNA
Tradução: síntese de
proteínas; mRNA serve
como fonte de
informação para síntese
de proteínas
Códon: grupo de 3
nucleotídeos; a
sequencia de códons
determina a sequencia
de aminoácidos da
proteína
TÉCNICA DA PCR
(POLYMERASE CHAIN REACTION) GENES DE VIRULÊNCIA DE LISTERIA MONOCYTOGENES
Gene Produto
Método de replicação in vitro de uma prfA fator regulador (PrfA)
sequência de DNA. hlyA listeriolisina O (LLO)
mlp metaloprotease (Mpl)
É uma amplificação enzimática actA proteína ActA (ActA)
Taq DNA polimerase copia a sequência alvo; plcB fosfatidilcolina fosfolipase C (PC-PLC)
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PCR PCR
Detecção de bactéria diretamente do alimento Reagentes (Master Mix) (µl)
Água ultra pura
Extração de DNA do alimento
Tampão PCR
Extração de DNA após enriquecimento da amostra de alimento
MgCl2 (mM)
Kits de extração
dNTPs (A, T, C e G) (mM)
Primers (µM)
Identificação de culturas isoladas
Taq DNA polimerase (U/µL)
Extração do DNA de cultura
Alta temperatura (100°C por 10 min.)
Uso de enzimas (Lisozima e proteinase K) DNA (amostra)
Kits de extração
Purificação
Controle positivo (cultura positiva)
PCR
Etapas da reação
• Desnaturação (94-95°C)
Inicial – 1 a 3 min.
Ciclos - 0,5 a 2 min.
https://www.youtube.com/watch?v=DkT6XHWne6E
https://www.youtube.com/watch?v=NYlT3f-MZ5o
ELETROFORESE
PCR
Eletroforese em gel de agarose
Ciclo da amplificação:
• Concentração da agarose depende do tamanho do produto da PCR:
(Termociclador) • 0,5% - 30 a 1 kb
94°C – ciclo inicial • 1,0% - 10 a 0,5 kb
• 1,5% - 3 a 0,2 kb
94°C
• Potência: 90 – 120 V
50 - 65°C 30-40 x
• Corrente: 30mA
72°C
72°C – ciclo final DNA (negativo) – corre para o ânodo (positivo)
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Eletroforese
horizontal
Corante de corrida
(loading dye):
•Azul bromofenol –
migra com fragmento TBE ou TAE
de 300bp
•xileno cianol – 4.000
bp
Corantes
Brometo de etídio (0,5 a 1 µg/ml)
mutagênico
Syber SAFE ™
Menos tóxico que o brometo de
etidio
PCR MULTIPLEX
IDENTIFICAÇÃO DE L. MONOCYTOGENES
PCR que detecta simultaneamente mais de um gene
PCR para fragmento 858 bp do hlyA Vários pares de primer são usados concomitantemente numa
mesma reação
1 2 3 4 5 6 7 + - M bp
Amplificação simultânea de várias regiões do DNA
2.645
Cuidados com a técnica:
1.198
Verificar as interações entre os primers
676
Ajustar as concentrações dos reagentes da reação
Pouca reprodutibilidade, portanto necessário padronização do
método
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FDA-BAM
MÉTODOS DE GENOTIPAGEM
RT-PCR
Tipagem plasmidial
Análise de restrição do DNA cromossômico (¨restriction endonuclease
analysis¨ - REA)
Eletroforese em gel de campo pulsante (¨pulsed-field gel eletrophoresis¨
- PFGE)
DNA polimórfico amplificado aleatoriamente (¨randomly amplified
polymorphic DNA¨ - RAPD)
PCR - polimorfismo do comprimento do fragmento de restrição (PCR-
¨restriction fragment length polymorphism¨ - PCR-RFLP)
Ribotipagem
Sequenciamento de DNA
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RAPD RAPD
O RAPD é um método baseado na PCR. A comparação e a interpretação de perfis com intensidades
diferentes é difícil porque algumas bandas podem representar
Difere da PCR convencional em dois aspectos:
reações ineficientes e os fragmentos obtidos a partir de um isolado
i) os primers usados são curtos (9 a 10 nucleotídeos) e as podem variar nas diferentes reações de amplificação.
sequências a serem amplificadas são escolhidas aleatoriamente; fatores que podem causar uma variação no padrão de perfil:
ii) a temperatura de pareamento do primer é menor do que na pureza e composição do primer usado,
PCR convencional.
equipamento (termociclador)
Método rápido, simples, de fácil execução e não requer
origem da Taq DNA polimerase
conhecimento anterior da sequência de DNA.
Para L. monocytogenes, o RAPD pode ser reprodutível sob
A reprodutibilidade depende da padronização do método. condições cuidadosamente controladas
Um protocolo bem padronizado deve ser seguido e usado para
obter resultados confiáveis
PFGE PFGE
PFGE caracteriza a bactéria em subtipos pela geração de perfil de Alguns fatores que afetam a resolução dos fragmentos de DNA
bandas de DNA após digestão do DNA bacteriano por enzimas de durante a separação no campo pulsante são:
restrição. • força do campo elétrico,
• ângulo e forma do campo,
DNA bacteriano é purificado e posteriormente é cortado em fragmentos
usando-se enzimas de restrição. Após a digestão, os fragmentos de • concentração e tipo de agarose,
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• equipamento de eletroforese
(relativamente caro)
Chiu et al. Improvement of strain discrimination by combination of RAPD qith PFGE for the
analysis of the swine isolates of Salmonella enterica serovar Choleraesuis. World J
Microbiol Biotechnol. V. 27, p. 465-469, 2010
SEQUENCIAMENTO DE DNA
ddNTPs são dNTPs que perderam o resíduo hidroxila
• Quando o ddNTP é incorporado na cadeia de uma nova fita de DNA
na posição 3’ da desoxirribose sintetizada, ele não pode formar a ligação fosfodiester com outro dNTP e,
consequentemente, a cadeia de DNA termina.
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Leitura da sequência
TATCCACTG
RIBOTIPAGEM RIBOTIPAGEM
A ribotipagem refere-se ao uso de sondas de DNA marcado para Detecção dos fragmentos contendo a informação específica do
reconhecer os genes ribossomal presente em todas as bactérias gene codificador do ácido ribonucléico ribossômico (rRNA) pelo uso
de sondas de DNA marcado (hibridização)
Este método consiste da digestão do DNA bacteriano por uma
Os perfis de banda de DNA resultantes são baseados somente
endonuclease de restrição (EcoRI)
naqueles fragmentos de DNA que contêm os genes rRNA.
As enzimas usadas na ribotipagem cortam o DNA em muitos A enzima de restrição EcoRI normalmente é usada para
fragmentos pequenos (300 a 500) de aproximadamente 2 a 20 kb. ribotipagem. O uso de diferentes enzimas em reações separadas,
Separação dos fragmentos por eletroforese em gel de agarose, proporciona um aumento na discriminação de cepas.
PstI e SphI para S. Enteritidis
Transferência dos fragmentos para uma membrana de nylon ou
PvuII para L. monocytogenes
celulose (blotting)
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Avaliação de surtos.
País: Alemanha
TP-187 Limpeza e sanitização
Koch et al. Large listeriosis outbreak linked to cheese made from pasteirized milk, Germany,
2006-2007. Foodborne Pathogens and Disease. v.7,n.12, p.1581-1584, 2010.
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paredes, outros)
Técnica diferencia 2 tipos 2.645
1.605
111 queijos frescos 1.198
alélicos para actA 676
517
Coleta de amostras ambientais: Técnica da esponja 460
Técnica diferencia 8 396
350
Table 3. L. monocytogenes contamination patterns and subtyping results for three Latin-style soft Table 5a. Positive sites for L. monocytogenes in
cheese processing plants Factory A
TM
Plant Visit Sites (sample code) actA hlyA Lineage Ribotype RiboPrinter pattern Sites 1st visit 2nd visit 3rd visit 4th visit
type type (DUP)
Drain 10 L. monocytogenes - - -
A 1 Drain 10, processing area 2 4 1 I 1044A DUP-1044A
Drain 13 - L. monocytogenes - -
Floor, processing area 2 4 1 I 1044A DUP-1062C
2 Drain, cooler room 4 2 II 1062C Floor 2 L. monocytogenes - - -
DUP-1044A
3 Crate 4 2 II 1062C
Crate NA* - L. monocytogenes -
B 1 Drain, processing area 4 1 I 1042C DUP-1062C
Floor, processing area 4 1 I 1042C * NA = not analysed
Crate 3 1 I 1042A
2 Drain, processing area 4 1 I 1042C Table 5b. Positive sites for L. monocytogenes in
1
Crate 3 1 I 1042A Factory B
4 2 II 1049A Sites 1st visit 2nd visit 3rd visit 4th visit
3 Drain, processing area 4 1 I 1042C Drain 1 L. monocytogenes L. monocytogenes L. monocytogenes -
1 DUP-1042C DUP-1042C DUP-1042C
4 Crate 3 1 I 1042A
Floor 2 L. monocytogenes - - -
4 2 II 1062C DUP-1042C
Milk package 3 1 I 1052 Crate L. monocytogenes L. monocytogenes - L. monocytogenes
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Two subtypes as determined by allelic analysis of hly and actA were isolated from these samples; subtype characteristics DUP-1042A DUP-1042A DUP-1042A
for both strains are shown. DUP-1049A DUP-1062C
Milk package NA - - L. monocytogenes
DUP-1052
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• Farber, J. M.; Gendel, S.M.; Tyler, K. D. Boerlin, P.; Landry, W. L.; Fritschel, S.; Barret, T.
J. Molecular typing and differentiation. In: Downes, F. P.; Ito, K. Compendium of Methods
for the Microbiological Examination of Foods. 4rd Ed. APHA, Washington, D.C., Cap. 11,
p.127-156, 2001.
• Fung, D.Y.C.; Rapid Methods for Detecting Microbial contaminats in Foods: Past present
and future. In Wilson, C. Microbial Food Contamination. CRC Press. 2nd ed. 2008. Cap.7.
• Kabuki, D. Y.; Kuaye, A. Y.; Wiedmann, M.; Boor, K. J. Molecular subtyping and tracking
of Listeria monocytogenes in latin-style fresh-cheese processing plants. Journal of Dairy
Science, v. 87, n. 9, p. 2803-2812, 2004.
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